Phaeohyphomycosis Caused by Alternaria Infectoria Presenting as Multiple Vegetating Lesions in a Renal Transplant Patient

The genus Alternaria is one of the most common black moulds and appears to be increasing as a causative agent of subcutaneous phaeohyphomycosis, particularly among immunosuppressed patients. A 53-year-old patient who had received a kidney transplant presented with multiple verrucous lesions on the distal extremities. Positive histopathology and cultures, in addition to rDNA ITS region sequencing, identified the fungal isolate as Alternaria infectoria. Oral itraconazole was administered for 10 months. A follow-up at 15 months demonstrated no signs of infection. Clinical manifestations of cutaneous alternariosis vary significantly and only a few cases have been described in the literature. Although optimal treatment options remain controversial, this case of phaeohyphomycosis was successfully treated with itraconazole monotherapy.

Lean construction in rehabilitation works – suitability analysis and contribution for the definition of an implementation model

Proceedings IGLC-19, July 2011, Lima, Perú

Identificação de micobactérias não tuberculosas através de métodos moleculares não comerciais

Embora Mycobacterium tuberculosis, o agente etiológico da tuberculose humana, seja a principal causa de micobacteriose no Homem, outras micobactérias não tuberculosas (MNT), podem também causar infecção em seres humanos, sendo cada vez mais frequentemente isoladas no laboratório de micobacteriologia. Dada a morosidade da identificação de MNT por métodos convencionais, torna-se essencial o desenvolvimento de métodos rápidos e fiáveis para a sua identificação. Neste estudo foram comparados três métodos moleculares para a identificação de MNT, baseados na análise de restrição enzimática após amplificação de: (i) região rRNA 16S-23S “Internal Transcribed Spacer” (ITS), (ii) gene hsp65, e (iii) zona ITS e regiões adjacentes, 16S e 23S rDNA. Para este fim, avaliamos 50 isolados, correspondendo a 47 isolados clínicos de MNT e três estirpes de referência, representando as 11 espécies de MNT mais frequentemente isoladas no laboratório de Micobactérias do Instituto de Higiene e Medicina Tropical (IHMT, UNL) e uma estirpe referência de M. tuberculosis, e identificadas anteriormente utilizando o sistema comercial GenoType® Mycobacterium CM/AS (Hain Lifescience). O PCR-RFLP do gene hsp65 proporcionou os melhores resultados, identificando correctamente 42 dos 49 isolados de MNT, pertencentes a M. avium, M. gordonae, M. intracellulare, M. kansasii, M. chelonae, M. fortuitum, M. abscessus, M. szulgai, M. peregrinum e M. xenopi. O PCR-RFLP da região ITS identificou correctamente 28 dos 49 isolados testados, não distinguindo M. intracellulare/M. scrofulaceum, M. avium/M. bohemicum e M. kansasii/M. szulgai. Finalmente, o PCR-RFLP da região ITS e regiões adjacentes mostrou o pior desempenho, com apenas oito isolados correctamente identificados e falhando na amplificação de diversos isolados. Dos três métodos testados, o PCR-RFLP do gene hsp65 e da região ITS mostraram maior capacidade de identificação e reprodutibilidade. No entanto, a sua aplicação exige uma optimização cuidadosa das condições de análise e a sua aplicabilidade depende, em grande parte, da diversidade xi de MNT em cada laboratório. Verificaram-se também várias dificuldades a nível da interpretação dos resultados. Assim, apesar das vantagens referidas na literatura para estes três métodos, verificou-se que o grau de variabilidade e dificuldade de interpretação associados aos padrões obtidos, limitam a sua implementação no laboratório de diagnóstico de micobacteriologia.

A Lean construction em obras de reabilitação – análise de adequabilidade e contributo para a definição de um modelo de aplicação

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Civil – Perfil de Construção

Identificação de genoespécies do complexo Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.) circulantes na fauna ixodideológica em portugal

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Microbiologia Médica

Implementação da metodologia Kaizen no entreposto de logística inversa da Worten

A logística inversa de artigos eletrónicos permite reduzir os custos associados à obso-lescência dos mesmos. Neste sentido, é preponderante existir uma uniformização dos processos na cadeia logística inversa e um fluxo contínuo de materiais e de informa-ção. No âmbito da 6ª edição do programa Call for Solutions, criado pelo grupo Sonae, foi realizado o trabalho, que deu origem a esta dissertação, na Unidade de Tratamento e Recuperação de Artigos Depreciados (UTRAD) da Worten. Devido ao volume de arti-gos tratados e recuperados por esta Unidade estar a aumentar, as fontes de desperdí-cio de material e recursos também têm aumentado ao longo do tempo. Assim, no sen-tido de identificar e reduzir, ou mesmo eliminar, estas fontes de desperdício, foram aplicados os princípios da filosofia Lean através de várias ferramentas da metodologia Kaizen. Esta metodologia, vastamente aplicada nas várias empresas do grupo Sonae, promove a melhoria contínua dos processos e leva a que, frequentemente e com pou-co investimento, se consiga reduzir as atividades que não acrescentam valor. Para reduzir o desperdício na UTRAD utilizou-se a ferramenta 5S, incidindo na organi-zação e normalização do espaço físico da UTRAD. Foram registados todos os proces-sos em documentos denominados Procedimentos Operacionais Padrão, com o objeti-vo de normalizar os processos. Transversalmente às ferramentas utilizadas foi aplica-do o conceito de gestão visual de forma a tornar a informação mais acessível aos ope-radores. No fim do projeto conseguiu reduzir-se o tempo na procura de peças de reparação dos artigos, normalizaram-se todos os processos evitando, assim, erros na triagem dos artigos recebidos na UTRAD, e organizou-se o espaço de arrumação do stock tendo em conta a rotatividade do mesmo.

PCR-RFLP of 16S ribosomal DNA to confirm the identification of Enterococcus gallinarum and Enterococcus casseliflavus isolated from clinical and food samples

INTRODUCTION: This study aimed to confirm the identification of Enterococcus gallinarum and Enterococcus casseliflavus isolated from clinical and food samples by PCR-RFLP. METHODS: Fifty-two strains identified by conventional biochemical exams were submitted to PCR amplification and digested with HinfI. Only 20 (38.5%) of the 52 strains showed a DNA pattern expected for E. gallinarum and E. casseliflavus. RESULTS: Analysis of the results of this study showed that E. gallinarum and E. casseliflavus are occasionally erroneously identified and confirmed the potential application of 16S rDNA analysis for accurate identification of these species. CONCLUSIONS: A correct identification is important to distinguish between intrinsic and acquired vancomycin resistance.

Evaluation of pathogenic fungi occurrence in traumatogenic structures of freshwater fish

INTRODUCTION: Fungal infections in human skin, such as sporotrichosis, can occur after fish induced trauma. This work aimed to identify fungi in freshwater fish that are pathogenic to humans. METHODS: Extraction of dental arches from Serrassalmus maculatus (piranha) and Hoplias malabaricus (wolf fish), stings from Pimelodus maculatus (mandis catfish), dorsal fin rays from Plagioscion spp. (corvina) and Tilapia spp., for culture in Mycosel agar. Some cultures were submitted to DNA extraction for molecular identification by sequencing ITS-5.8S rDNA. RESULTS: Cultures identified most yeast as Candida spp., while sequencing also permitted the identification of Phoma spp. and Yarrowia lipolytica. CONCLUSIONS: While the search for S. schenckii was negative, the presence of fungus of the genera Phoma and Candida revealed the pathogenic potential of this infection route. The genus Phoma is involved in certain forms of phaeohyphomycosis, a subcutaneous mycosis caused by dematiaceous fungi, with reports of infections in human organs and systems. Traumatizing structures of some freshwater fish present pathogenic fungi and this may be an important infection route that must be considered in some regions of Brazil, since there are a large number of a fisherman in constant contact with traumatogenic fish.

Dipodascus capitatus (Geotrichum capitatum): infecção sistêmica fatal em paciente com leucemia mielocítica aguda

As infecções causadas por Dipodascus capitatus são raras e de difícil tratamento. Aqui se relata um caso em paciente com leucemia mielocítica aguda. O isolamento fúngico ocorreu a partir de hemocultura e a identificação fenotípica baseou-se em métodos micológicos clássicos; a identificação genotípica foi realizada através do sequenciamento da região D1/D2 do 26 rDNA. Os testes de suscetibilidade foram realizados através do Etest® e microdiluição em caldo. A antifungicoterapia foi ineficaz, registrando-se óbito da paciente no 17° dia após o diagnóstico. Os autores comparam o caso com relatos similares e discutem a emergência destas infecções bem como suas dificuldades diagnósticas e terapêuticas.

Polymerase chain reaction and nested-PCR approaches for detecting Cryptosporidium in water catchments of water treatment plants in Curitiba, State of Paraná, Brazil

Introduction Cryptosporidium is an important protozoan cause of waterborne disease worldwide of concern to public health authorities. To prevent outbreaks of cryptosporidiosis, the monitoring of this parasite in drinking water is necessary. In the present work, the polymerase chain reaction (PCR) and nested-PCR techniques were used to detect Cryptosporidium in raw water from catchment points of four water treatment plants (WTP) in Curitiba, Paraná, Brazil. Methods First, DNA extraction techniques were tested in samples containing decreasing amount of oocysts in reagent water, and PCR and nested-PCR with specific primers for 18SSU rDNA of Cryptosporidium were conducted to determine their sensitivity. In reagent water, a commercial extraction kit provided the best analytical sensitivity, and PCR and nested-PCR allowed the detection of five and two oocysts, respectively, with the primers XIAOR/XIAOF and XIAO1F/XIAO2R. Results In the spiking experiments, only the PCR with the primers AWA995F/AWA1206R was successful at detecting concentrations of 0.1 oocysts/mL. Two catchments samples of raw water and/or water sludge from four WTPs were contaminated with Cryptosporidium. Conclusions The application of the techniques to monitor Cryptosporidium in water and detect contamination in water catchments of WTPs in Curitiba are discussed in the present work.

Estudo de melhoria da gestão da manutenção de um terminal petrolífero

A manutenção industrial tem ganho cada vez maior importância nas empresas. As exigências atuais obrigam os responsáveis pela manutenção a procurarem novas formas de organização, utilizando técnicas e metodologias que são normalmente utilizadas na gestão de outras áreas funcionais de empresas A presente dissertação foi elaborada no seguimento de um estágio profissional no âmbito da gestão das operações e manutenção de uma empresa do ramo petrolífero. O terminal petrolífero da Trafaria é uma instalação de comercialização, distribuição e armazenagem de produtos de origem petrolífera. Procurando sempre a melhoria do serviço de manutenção fornecido atualmente, esta dissertação busca investigar e intervir nos pontos em que seja possível uma melhoria do atual sistema de gestão da manutenção. No decorrer da avaliação das atividades da manutenção foi analisado o sistema atual de gestão da manutenção, bem como as diversas reparações efetuadas no dia-a-dia da instalação, com o objetivo de compreender o funcionamento do serviço da manutenção e quais as necessidades da instalação. É nos pontos que se evidenciaram como oportunidades de melhoria que se pretendeu atuar, otimizando o serviço da manutenção, e reduzindo ou eliminando os problemas identificados. Um outro foco de atenção do estudo esteve relacionado com a implementação de novas técnicas de manutenção industrial, nomeadamente, a Manutenção Produtiva Total e a Metodologia 5S. Foram desenvolvidos procedimentos e/ou planos de inspeções que sustentam os novos métodos implementados. Também é de salientar a implementação de uma nova aplicação informática de gestão da manutenção, acompanhada de uma revisão e reestruturação do plano de manutenção do terminal. Na realização desta tarefa foram revistas todas as intervenções e ordens de trabalho preconizadas pelo plano de manutenção. Algumas das melhorias propostas já foram implementadas, outras encontram-se em processo de implementação ou serão implementadas a médio/longo prazo. A implementação destas medidas vai permitir ao terminal ganhos significativos tanto ao nível quantitativo (utilização mais racional de todos os recursos) como também qualitativo (aumento da motivação, segurança e disciplina organizacional).

The existence of only one haplotype of Leishmania major in the main and potential reservoir hosts of zoonotic cutaneous leishmaniasis using different molecular markers in a focal area in Iran

IntroductionLeishmania major is the causative agent of zoonotic cutaneous leishmaniasis (ZCL), and great gerbils are the main reservoir hosts in Iran. Abarkouh in central Iran is an emerging focal point for which the reservoir hosts of ZCL are unclear. This research project was designed to detect any Leishmania parasites in different wild rodent species.MethodsAll rodents captured in 2011 and 2012 from Abarkouh district were identified based on morphological characteristics and by amplification of the rodent cytochrome b (Cyt b) gene. To detect Leishmania infection in rodents, deoxyribonucleic acid (DNA) of each ear was extracted. Internal transcribed spacer-ribosomal deoxyribonucleic acid (ITS-rDNA), microsatellites, kinetoplast deoxyribonucleic acid (kDNA) and cytochrome b genes of Leishmania parasites were amplified by polymerase chain reaction (PCR). Restriction fragment length polymorphism (RFLP) and sequencing were employed to confirm the Leishmania identification.ResultsOf 68 captured rodents in the region, 55 Rhombomys opimus were identified and nine Leishmaniainfections (9/55) were found. In addition, eight Meriones libycus and two Tatera indicawere sampled, and one of each was confirmed to be infected. Two Meriones persicus and one Mus musculuswere sampled with no infection.ConclusionsThe results showed that all 11 unambiguously positive Leishmania infections were Leishmania major. Only one haplotype of L. major(GenBank access No. EF413075) was found and at least three rodents R. opimus, M. libycus and T. indica—appear to be the main and potential reservoir hosts in this ZCL focus. The reservoir hosts are variable and versatile in small ZCL focal locations.

Determinação e comparação de genótipo de Candida albicans pelo Método de PCR com base nos polimorfismos da região 255rDNA e das sequências ALT/RPS

As leveduras da espécie Candida albicans são comensais do ser humano, podendo em certos casos, como a toma prolongada de antibióticos de largo espectro, a diminuição da imunidade, ou a quimioterapia, causar infecções severas. Estas infecções classificam-se em superficiais ou sistémicas, consoante a zona anatómica ou os órgãos afectados. As infecções hospitalares por fungos, nomeadamente as causadas por C. albicans, têm vindo a aumentar nos últimos anos, assim como a mortalidade e a morbilidade associadas, e ainda os custos relacionados com os cuidados de saúde. Torna-se por isso importante a implementação de terapêutica de uma forma rápida, eficaz e correcta. Assim, é imperativo que os laboratórios de microbiologia clínica possuam métodos de diagnóstico rápidos, simples e económicos em relação a uma correcta identificação ao nível de espécie e em relação ao estudo da sensibilidade aos antifúngicos. Contudo, esta identificação ao nível de espécie não permite averiguar a origem das infecções, facto importante para a compreensão da evolução das infecções nosocomiais. Para tal, é necessário realizar um estudo ao nível de estirpe através de métodos moleculares que permitam fazer a distinção acurada entre isolados de C. albicans. Os métodos moleculares têm vindo a desenvolver um papel importante no diagnóstico de infecções: são rápidos, sensíveis, precisos e possuem a vantagem de se poder trabalhar pequenas quantidades de amostra. Têm no entanto a desvantagem de ser métodos caros, por vezes demasiado elaborados para serem instituídos num laboratório de microbiologia clínica com grande volume de amostras diárias. O principal objectivo deste trabalho consistiu na diferenciação de estirpes de C. albicans através de uma metodologia molecular inovadora, nunca antes efectuada no ocidente, simples e rápida, por meio de simples amplificações por PCR. Para tal, foram seleccionados 60 isolados clínicos de leveduras obtidas a partir de amostras clínicas de três localidades: Covilhã (Centro Hospitalar Cova de Beira, E.P.E) Lisboa (Instituto Português de Oncologia e Hospital de Santa Maria, E.P.E) e Viseu (Hospital de São Teotónio). O trabalho baseou-se na genotipagem de isolados clínicos de C. albicans por amplificação por PCR com primers dirigidos às sequências 25S rDNA e às regiões ALT das sequências RPS. Foi possível a sua diferenciação e distinção em estirpes, fazendo deste método um bom recurso para estudos epidemiológicos. Realizou-se ainda um estudo de sensibilidade in vitro das estirpes de C. albicans ao antifúngicos Fluconazol e Voriconazol pelo método de difusão em disco, segundo os procedimentos padronizados e publicados pelo CLSI. Através deste estudo foi verificada elevada susceptibilidade aos antifúngicos estudados. Com este trabalho conclui-se que a diferenciação ao nível de estirpe é muito importante para compreender padrões de surtos de infecções e ainda para averiguar a origem, endógena ou exógena, destas infecções nosocomiais. Como tal, este estudo epidemiológico torna-se essencial para definir um controlo mais rigoroso das infecções.

Aplicação de metodologias Lean na secção de tecelagem de uma empresa têxtil

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia e Gestão Industrial

Estudo da variabilidade da cobertura de nuvens altas na Amazônia Central

Foram estudados os fenômenos meteorológicos que ocorrem na Amazônia Central (Manaus) utilizando-se um conjunto de imagens de satélites, com o objetivo de identificar as oscilações que mais contribuem para a variabilidade da cobertura de nuvens, e verificar se há modificações nestas oscilações em anos de El Niño e La Niña. O ciclo anual e o ciclo semi-anual são os principais responsáveis pela variabilidade da cobertura de nuvens altas na região. As oscilações interanuais associadas aos fenômenos El Niño/La Niña também contribuem fortemente para a variabilidade total da cobertura de nuvens altas. As oscilações intra-sazonais e interdiurnas apresentam uma variabilidade menor. Estendendo-se a análise para uma região compreendida de 1,5ºS a 6ºS e 68ºW a 54ºW, centrados em Manaus, observa-se que os períodos de 60, 45 e 30 dias possuem maior porcentagem de potência a leste de Manaus; o período de 20 dias possui maior porcentagem de potência no centro (próximo de Manaus); e os períodos de 8, 6 e 4 dias possuem maior porcentagem de potência a oeste de Manaus. As frentes frias que alcançam a janela de 10º de longitude e 2,5º de latitude centrada em Manaus, modulam de alguma forma a atividade convectiva na região de Manaus atuando como uma forçante das oscilações interdiurnas (47% dos casos), das oscilações intra-sazonais, (15%) e das oscilações de 55 a 65 dias (13%). Convém ressaltar que não necessariamente as frentes frias causaram as oscilações. As frentes podem favorecer ou induzir a convecção no local.