Precious transition metals: the importance of Zn2+, Mn2+ and Cu2+ in the human pathogen Enterococcus faecalis

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology

Enterococcus faecalis V583 prophages: Dynamic interactions and contribution to bacterial pathogenic traits

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology.

Morphogenesis of the ureterovesical junction:a histologic and microanatomic study in the rat.

OBJECTIVES: To investigate the development of the ureterovesical junction in rats. METHODS: A total of 110 albino rats (50 prenatal and 60 newborn) with a gestation of 21 days were studied at the age of 17 days after conception until 5 days after birth. The lower urinary tract was microdissected. Microphotography (110 animals), histologic examination (44 animals), and scanning electron microscopy (66 animals) of the ureterovesical junction were performed. Urea and creatinine from the amniotic fluid of 20 fetuses and from the urine of 10 neonates were measured. RESULTS: At day 17 after conception, separate penetration of the mesonephric duct and ureter into the wall of the urogenital sinus was observed. Continuity between the lumen of the ureter and the urogenital sinus was established on day 19 after conception. The straight passage of the intramural ureter into the urogenital sinus at day 17 after conception changed to the definitive L-shape with a vertical entry into the bladder on day 5 after birth. In the distal ureter, the change of the mesenchymal tissue into immature smooth muscle was first observed at birth, and the muscle became mature on the fifth postnatal day. At birth, Waldeyer's sheath was recognized. The creatinine and urea levels were stable prenatally (average 22.4 micromol/L and 6.88 mmol/L, respectively) and rose significantly postnatally (average 133 micromol/L and 32.65 mmol/L, respectively). CONCLUSIONS: The attachment of the ureter to the urogenital sinus and later to the bladder, the modification of its passage, and its mobility within Waldeyer's sheath may be essential in preventing vesicoureteral reflux. The production of urine and its flow does not seem to be the trigger of ureteral smooth muscle formation.

Switch to Sirolimus-based immunosuppresion in stable renal transplant recipients

Purpose: Sirolimus (SRL) has been used to replace calcineurin inhibitors (CNI) for various indications including CNI-induced toxicity. The aim of this study was to evaluate the efficacy and safety of switching from CNI to SRL in stable renal transplant recipients (RTR) with low grade proteinuria (<1 g/24 h). Methods and materials: Between 2001 and 2007, 41 patients (20 females, 21 males; mean age 47 ± 13) were switched after a median time post-transplantation of 73.5 months (range 0.2-273.2 months). Indications for switch were CNI nephrotoxicity (39%), thrombotic micro-angiopathy (14.6%), post-transplantation cancer (24.4%), CNI neurotoxicity (7.4%), or others (14.6%). Mean follow-up after SRL switch was 23.8±16.3 months. Mean SRL dosage and through levels were 2.4 ± 1.1 mg/day and 8 ± 2.2 ug/l respectively. Immunosuppressive regiments were SRL + mycophenolate mofetil (MMF) (31.7%), SRL + MMF + prednisone (36.58%), SRL + prednisone (19.51%), SRL + Azathioprine (9.75%), or SRL alone (2.43%). Results: Mean creatinine decreased from 164 to 143 μmol/l (p <0.03), mean estimated glomerular filtration rate (eGFR) increased significantly from 50.13 to 55.01 ml/minute (p <0.00001), mean systolic and diastolic blood pressure decreased from 138 to 132 mm Hg (p <0.03) and from 83 to78 mm Hg (p <0.01), but mean proteinuria increased from 0.21 to 0.63 g/24 h (p <0.001). While mean total cholesterolemia didn't increased significantly from 5.09 to 5.56 mmol/l (p = 0.06). The main complications after SRL switch were dermatitis (19.5%), urinary tract infections (24.4%), ankle edema (13.3%), and transient oral ulcers (20%). Acute rejection after the switch occurred in 7.3% of patients (n = 3), and 2 acute rejections were successfully treated with corticosteroids and 1 did not respond to treatment (not related to switch). SRL had to be discontinued in 17% of patients (2 nephrotic syndromes, 2 severe edema, 1 acute rejection, 1 thrombotic micro-angiopathy, and 1 fever). Conclusion: In conclusion, we found that switching from CNI to SRL in stable RTR was safe and associated with a significant improvement of renal function and blood pressure. Known side-effects of SRL led to drug discontinuation in less than 20% of patients and the acute rejection rate was 7.3%. This experience underlines the importance of patient selection before switching to SRL, in particular regarding preswitch proteinuria.

Screening for foetal malformations: performance of routine ultrasonography in the population of the Swiss Canton of Vaud.

OBJECTIVE: To determine the sensitivity of ultrasonography in screening for foetal malformations in the pregnant women of the Swiss Canton of Vaud. STUDY DESIGN: Retrospective study over a period of five years. METHOD: We focused our study on 512 major or minor clinically relevant malformations detectable by ultrasonography. We analysed the global sensitivity of the screening and compared the performance of the tertiary centre with that of practitioners working in private practice or regional hospitals. RESULTS: Among the 512 malformations, 181 (35%) involved the renal and urinary tract system, 137 (27%) the heart, 71 (14%) the central nervous system, 50 (10%) the digestive system, 42 (8%) the face and 31 (6%) the limbs. Global sensitivity was 54.5%. The lowest detection rate was observed for cardiac anomalies, with only 23% correct diagnoses. The tertiary centre achieved a 75% detection rate in its outpatient clinic and 83% in referred patients. Outside the referral centre, the diagnostic rate attained 47%. CONCLUSIONS: Routine foetal examination by ultrasonography in a low-risk population can detect foetal structural abnormalities. Apart from the diagnosis of cardiac abnormalities, the results in the Canton of Vaud are satisfactory and justify routine screening for malformations in a low-risk population. A prerequisite is continuing improvement in the skills of ultrasonographers through medical education.

Medication use in pregnancy: a cross-sectional, multinational web-based study.

OBJECTIVES: Intercountry comparability between studies on medication use in pregnancy is difficult due to dissimilarities in study design and methodology. This study aimed to examine patterns and factors associated with medications use in pregnancy from a multinational perspective, with emphasis on type of medication utilised and indication for use. DESIGN: Cross-sectional, web-based study performed within the period from 1 October 2011 to 29 February 2012. Uniform collection of drug utilisation data was performed via an anonymous online questionnaire. SETTING: Multinational study in Europe (Western, Northern and Eastern), North and South America and Australia. PARTICIPANTS: Pregnant women and new mothers with children less than 1 year of age. PRIMARY AND SECONDARY OUTCOME MEASURES: Prevalence of and factors associated with medication use for acute/short-term illnesses, chronic/long-term disorders and over-the-counter (OTC) medication use. RESULTS: The study population included 9459 women, of which 81.2% reported use of at least one medication (prescribed or OTC) during pregnancy. Overall, OTC medication use occurred in 66.9% of the pregnancies, whereas 68.4% and 17% of women reported use of at least one medication for treatment of acute/short-term illnesses and chronic/long-term disorders, respectively. The extent of self-reported medicated illnesses and types of medication used by indication varied across regions, especially in relation to urinary tract infections, depression or OTC nasal sprays. Women with higher age or lower educational level, housewives or women with an unplanned pregnancy were those most often reporting use of medication for chronic/long-term disorders. Immigrant women in Western (adjusted OR (aOR): 0.55, 95% CI 0.34 to 0.87) and Northern Europe (aOR: 0.50, 95% CI 0.31 to 0.83) were less likely to report use of medication for chronic/long-term disorders during pregnancy than non-immigrants. CONCLUSIONS: In this study, the majority of women in Europe, North America, South America and Australia used at least one medication during pregnancy. There was a substantial inter-region variability in the types of medication used.

Les Escherichia coli pathogènes extra-intestinaux (ExPEC) et la résistance aux antimicrobiens des carcasses de poulets au détail au Vietnam

Les marchés traditionnels et maintenant les supermarchés approvisionnent les demandes sans cesse en augmentation pour la viande de volaille au Vietnam. Peu d’études ont examiné la présence des E. coli pathogènes extra-intestinaux (ExPEC), une cause commune d’infection urinaire chez les humains, de même que la résistance aux antimicrobiens, la multi-résistance des Escherichia coli dans la viande de volaille au Vietnam. Le but de cette étude était d’évaluer la salubrité de la viande de volaille au Vietnam et de comparer les patrons de résistance aux antimicrobiens entre le Canada et le Vietnam. Des carcasses fraîches et congelées des marchés traditionnels et des supermarchés ont été échantillonnées au Vietnam. Les E. coli obtenus par rinçage des carcasses ont été caractérisé pour les gènes de virulence ExPEC (iucD, cnf, papC, tsh, Kps, afa, sfa) et pour la résistance aux antimicrobiens, phénotypiquement (Sensititre Aris®) et génotypiquement par PCR. Une multi-résistance et une fréquence élevée de résistance aux antimicrobiens d’importance pour les humains ont été détectées dans les isolats ExPEC. Les E. coli producteurs de β-lactamases à spectre élargi et de type AmpC et les gènes de résistance CTX-M et CMY correspondant ont été détectés. Des isolats multi-résistants BLSE putatif ont été identifiés appartenant au phylogroupe F. Les stratégies sur les antimicrobiens employés sur la ferme au Canada et au Vietnam pourraient influencer les profils de résistance des E. coli provenant des carcasses de poulets. En conclusion, la présence des ExPEC, la fréquence élevée de la résistance aux antimicrobiens et la détection des beta-lactamases soulignent la présence de danger pour la santé humaine de la viande de volaille crue ou insuffisamment cuite au Vietnam.

Molecular Epidemiology of Escherichia coli isolates from Environmental, Food and Clinical Sources

In the present study diversity of E. coli in the water samples of Cochin estuary were studied for a period of 3 years ranging from January 2010- December 2012. The stations were selected based on the closeness to satellite townships and waste input. Two of the stations (Chitoor and Thevara) were fixed upstream, two in the central part of the estuary namely Bolgatty and Off Marine Science Jetty, and one at the Barmouth. Diversity was assessed in terms of serotypes, phylogenetic groups and genotypes. Two groups of seafood samples such as fish and shellfish collected from the Cochin estuary were used for isolation of E. coli. One hundred clinical E. coli isolates were collected from one public health centre, one hospital and five medical labs in and around Cochin City, Kerala. From our results it was clear that pathogen cycling is occurring through food, water and clinical sources. Pathogen cycling through food is very common and fish and shellfish that harbour these strains might pose potential health risk to consumer. Estuarine environment is a melting pot for various kinds of wastes, both organic and inorganic. Mixing up of waste water from various sources such as domestic, industries, hospitals and sewage released into these water bodies resulting in the co-existence of E. coli from various sources thus offering a conducive environment for horizontal gene transfer. Opportunistic pathogens might acquire genes for drug resistance and virulence turning them to potential pathogens. Prevalence of ExPEC in the Cochin estuary, pose threat to people who use this water for fishing and recreation. Food chain also plays an important role in the transit of virulence genes from the environments to the human. Antibiotic resistant E. coli are widespread in estuarine water, seafood and clinical samples, for reasons well known such as indiscriminate use of antibiotics in animal production systems, aquaculture and human medicine. Since the waste water from these sources entering the estuary provides selection pressure to drug resistant mutants in the environment. It is high time that the authorities concerned should put systems in place for monitoring and enforcement to curb such activities. Microbial contamination can limit people’s enjoyment of coastal waters for contact recreation or shellfish-gathering. E. coli can make people sick if they are present in high levels in water used for contact recreation or shellfish gathering. When feeding, shellfish can filter large volumes of seawater, so any microorganisms present in the water become accumulated and concentrated in the shellfish flesh. If E. coli contaminated shellfish are consumed the impact to human health includes gastroenteritis, urinary tract infections (UTIs), and bacteraemia. In conclusion, the high prevalence of various pathogenic serotypes and phylogenetic groups, multidrug-resistance, and virulence factor genes detected among E. coli isolates from stations close to Cochin city is a matter of concern, since there is a large reservoir of antibiotic resistance genes and virulence traits within the community, and that the resistance genes and plasmid-encoded genes for virulence were easily transferable to other strains. Given the severity of the clinical manifestations of the disease in humans and the inability and/or the potential risks of antibiotic administration for treatment, it appears that the most direct and effective measure towards prevention of STEC and ExPEC infections in humans and ensuring public health may be considered as a priority.

Caracterización de las alteraciones en la función renal, la presión arterial y las malformaciones anatómicas renales- urinarias y cardiovasculares en pacientes con Sindrome de Turner en la Fundación Cardioinfantil entre 1999 y 2009

Se caracterizan las malformaciones renales y urinarias (MRU), y cardiovasculares (CV), así como la función renal (FR) y la presión arterial (PA) en pacientes con Sindrome de Turner (ST) mediante un estudio retrospectivo entre 1999 y 2009 en Bogotá. Se encontró 10 pacientes con algún grado de insuficiencia renal crónica (IRC). Además 4 pacientes presentaron prehipertensión arterial, y 5 (HTA); en ellos se encontró hidronefrosis y riñón poliquístico. Las MRU más frecuentes fueron únicas; en ellas las mayores alteraciones cromosómicas son la monosomía y el mosaicismo. La mayor malformación CV fué la válvula aórtica bicúspide. El ST amerita seguimiento de FR y PA para prevenir complicaciones a largo plazo por IRC e HTA.

Relación entre síntomas urinarios bajos y calidad de vida antes y después de la RTUP

Determinar el impacto en la calidad de vida de los pacientes con STUB dados por HPB en el Hospital de la Samaritana y Hospital universitario mayor MEDERI, que son llevados a resección transuretral de próstata y definir cual es la relación de dicho impacto con la severidad de los síntomas antes y después del tratamiento. Métodos: Se incluyeron 72 pacientes con síntomas de tracto urinario bajo dados por crecimiento prostático que fueron llevados a resección transuretral de próstata. Se realizo medición de síntomas urinarios según el IPSS y medición de calidad de vida según el cuestionario índice de impacto BPH (BII) antes de la cirugía y 3 meses luego de la misma. Resultados: Se realizó análisis de correlación entre los síntomas del IPSS y el BII antes de la resección transuretral de próstata y 3 meses después de la misma, encontrándose una correlación significativa entre las dos escalas en ambos momentos. Se realizó un modelo de regresión con las variables de las 2 escalas utilizadas, encontrando que antes de la cirugía los síntomas que deterioran más la calidad de vida son chorro débil, nicturia y frecuencia y los síntomas que al mejorar luego de la cirugía, mejoran la calidad de vida son intermitencia, chorro débil y pujo. Conclusión: Existe una correlación entre la escala IPSS y el índice de calidad de vida BII en los pacientes con STUB que van a ser llevados a RTUP antes y después de la intervención; por lo que el BII podría ser una herramienta para la evaluación inicial y para el seguimiento de los pacientes que son llevados a resección transuretral de próstata .

Complicaciones postoperatorias tempranas de la colporrafia anterior por técnica tradicional versus técnica de sitio específico

El prolapso del piso pélvico es una entidad frecuente, especialmente en pacientes postmenopáusicas y en su gran mayoría requiere tratamiento quirúrgico. En este estudio comparamos la aparición de complicaciones postoperatorias tempranas entre la colporrafia anterior con técnica clásica (TC) versus la colporrafia anterior con técnica de sitio especifico (CSE). Se realizó un estudio observacional analítico, retrospectivo, de dos cohortes de pacientes que requirieron colporrafia anterior entre agosto de 2009 hasta junio de 2012. Las características de cada grupo fueron homogéneas y comparables. El desenlace de mayor frecuencia fue dehiscencia de la línea de sutura, sin embargo, no se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre las dos técnicas. La aparición de reprolapso temprano y el diagnóstico de abscesos o hematomas presentaron frecuencias que carecen de diferencia significativa. No hubo complicaciones tempranas graves tales como sangrado intraoperatoria mayor o lesiones vesicouretrales. Los resultados sugieren que las dos técnicas tienen una incidencia baja de complicaciones postoperatorias tempranas y por lo tanto parecen ser seguros dentro del manejo quirúrgico del prolapso del componente anterior del piso pélvico.

Patrones de resistencia bacteriana en infecciones urinarias en pacientes ambulatorios. JAVESALUD IPS. 2011-2012

Introducción: El aumento de la resistencia bacteriana, el uso inadecuado de antibióticos y las formulaciones empíricas, en infecciones urinarias, obligan a establecer las características epidemiológicas y de resistencia de nuestro medio. Método: Se revisaron todos los urocultivos positivos (RUFC mayor a 100000) solicitados en JAVESALUD entre junio/2011 y marzo/2012 y las historias clínicas correspondientes, con el objeto de realizar análisis descriptivo de variables demográficas, microorganismos aislados y resistencia bacteriana. Posteriormente se identificaron los factores de riesgo que favorecen aparición de multirresistencia en los pacientes mediante una regresión logística binaria. Resultados: Se obtuvieron 204 urocultivos, correspondientes a 120 pacientes. El 87% fueron mujeres (edad promedio 58,9 años). La bacteria más aislada: E. coli (64%). La resistencia antibiótica fue: ampicilina 57,39%, ciprofloxacina 28,9%, nitrofurantoína 9,71% y TMP/SMX 32,47%. La multirresistencia (24,3%) muestra asociación con el antecedente de múltiples tratamientos recibidos (p 0.015) y las infecciones urinarias a repetición (p 0.005). Discusión: La distribución por géneros y la resistencia son similares a lo reportados en la literatura, sin embargo, la frecuencia de infecciones por E. coli resulta menor a lo reportado. Los altos niveles de multirresistencia se encuentran relacionados con el tipo de pacientes manejados en la institución. Los manejos empíricos, con nitrofurantoína se deben limitar a los pacientes que cumplan a cabalidad con los criterios diagnósticos de infección urinaria simple. El urocultivo es fundamental en el manejo de pacientes con infecciones a repetición que hayan recibido múltiples tratamientos y que consulten de manera repetida al servicio de medicina general.

Uso de lisados bacterianos en la prevención de la infección respiratoria recurrente en pediatría. Revisión sistemática de la literatura

Las infecciones respiratorias altas y bajas son una causa común de morbimortalidad infantil. Se ha propuesto el uso de los lisados bacterianos para prevenir las infecciones recurrentes sin embargo su uso aún se considera controversial. Metodología: Se realizó una revisión sistemática de la literatura. La búsqueda se realizó a través de las bases de datos PUBMED, Embase, Ovid, LiLaCS y Cochrane library plus. Se incluyeron metanálisis publicados en idiomas inglés y español, entre los años 1998 y 2012. Se realizó una evaluación de calidad siguiendo la estrategia Quorum y un análisis cualitativo y cuantitativo de los resultados. Resultados: Se incluyeron 4 revisiones sistemáticas de la literatura con metanálisis. Fue apreciable la disminución de las recurrencias de las infecciones respiratorias relacionadas con el uso de los lisados bacterianos. Los lisados bacterianos disminuyen la necesidad de uso de antibióticos. No se encontró evidencia sobre el uso de los lisados sobre desenlaces como la necesidad de intervenciones adicionales, tiempo de hospitalización, costo relacionado con la atención en salud. No se reportaron eventos adversos de importancia. Conclusión: Los lisados bacterianos son eficaces en disminuir la recurrencia de las infecciones respiratorias en pacientes en edad pediátrica.

¿Qué factores inciden en la hospitalización de pacientes con cálculos ureterales menores a 10 mm en Fundación Santa Fe?

Debido a que el 12% de la población tendrá un cálculo en uréter hacia la mitad de su vida y a que las tasas de recurrencia en los que ya lo presentan son del 50% es necesario estudiar esta patología para aproximarse a un manejo adecuado en el servicio de urgencias. La literatura identifica un conjunto de factores que pueden contribuir a un cambio en el manejo médico. Objetivo: El objetivo de este estudio fue determinar los factores demográficos y clínicos asociados a manejo hospitalario en los pacientes con diagnóstico de cálculo ureteral menor de 10 mm. Métodos: Se diseñó un estudio de casos y controles no emparejados. Un caso fue definido como un paciente de 18 o más años con diagnóstico de urolitiasis con cálculo menor a 10 mm realizado por urotac que consultó (por primera vez para ese episodio) al servicio de urgencias de la Fundación Santa Fe de Bogotá entre el 1 de marzo de 2007 y 30 de abril de 2012. Se indagaron factores como edad, sexo, tamaño y localización del cálculo, respuesta a los analgésicos, evidencia de obstrucción e infección urinaria, además de otros antecedentes medicamentosos y clínicos. Se utilizó regresión logística no condicional bivariada y multivariada para evaluar la asociación entre tipo de manejo (hospitalario o ambulatorio) y las variables recolectadas, calculando odds ratio (OR) e intervalos de confianza al 95% (IC95%). Resultados: El riesgo de hospitalización se incrementó con: 1. La localización del cálculo en tercio superior o medio (OR=1.49; IC95%: 0.751-2.966) al comparar con el inferior, 2. El aumento del tamaño del cálculo (OR=1.49; IC95%: 0.751-2.966, por cada milímetro de incremento), y 3: Por la evidencia de obstrucción o infección urinaria y elevación de azoados. Por el contrario, hubo menos riesgo de hospitalización en aquellos pacientes con una respuesta analgésica apropiada en urgencias.

Prevalencia de insuficiencia renal crónica en niños con displasia renal multiquística, Fundación Cardioinfantil de Bogotá

Introducción: La displasia renal multiquistica es una variante de displasia renal, anomalía congénita frecuente del tracto urinario, con una prevalencia del 2.9 - 50 % de insuficiencia renal crónica; frecuentemente asociada a otras malformaciones urinarias, sin datos en bogotá sobre prevalencia y comportamiento clínico. Objetivo: Evaluar la prevalencia de insuficiencia renal crónica en niños con displasia renal multiquistica valorados en consulta de nefrología en Fundación Cardioinfantil, instituto de cardiología de Bogotá. Metodología: Estudio de corte transversal, en niños con displasia renal multiquistica, confirmado por ecografía, valorados en consulta de Nefrología Pediátrica en los últimos diez años. Se realizó un análisis descriptivo de las variables, cálculos de prevalencia de Insuficiencia renal crónica. Resultados: Se revisó información de 70 pacientes, encontrando una prevalencia de IRC de 22.85% (IC 95 % 13.0 %-35.1 %); mayor frecuencia mujeres 12.85 %; 14.28% con otras malformaciones renales; 5.71 % en involución parcial, 4.28% en pacientes con involución completa del tamaño del riñón displásico. Se encontró 31.4% proteinuria; 22.8 % hiperfiltración; 4.28% hipertrofia compensadora del riñón sano; 24.2% involución parcial, 31.4 % involución completa del tamaño renal; frecuencia de HTA de 7,1% (IC95% 1%-9%). El 87.14% tuvo diagnóstico prenatal (IC 95% 81.0%-96.0%). Discusión: La prevalencia se encuentra dentro de los rangos de la literatura mundial, mayor a la colombiana y suramericana, predominando en pacientes con otras malformaciones renales asociadas, con mayor prevalencia de hipertensión arterial, que requiere estudios multicéntricos para determinar causalidad o presencia de otros factores.