AVALIAÇÃO DA ACEITAÇÃO DO PORTAL INOVAÇÃO: UM ESTUDO DE CASO

Esta pesquisa apresenta estudo de caso cujo objetivo foi analisar a aceitação do Portal Inovação, identificando os fatores preditivos da intenção comportamental de uso e do comportamento de uso direcionadores da adoção da tecnologia por seus usuários via extensão do Modelo Unificado de Aceitação de Tecnologia, denominado pela sigla UTAUT (Unified Theory of Acceptance and Use of Technololgy) de Venkatesh et al. (2003). O objeto da pesquisa o Portal Inovação foi desenvolvido pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI) em parceria com o Centro de Gestão e Estudos Estratégicos (CGEE), Associação Brasileira de Desenvolvimento Industrial (ABDI) e Instituto Stela, visando atender às demandas do Sistema Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação (SNCTI) do País. Para atingir os objetivos propostos, recorreu-se às abordagens qualitativa, que foi subsidiada pelo método estudo de caso (YIN, 2005) e quantitativa, apoiada pela metodologia UTAUT, aplicada a usuários do portal e que contemplou o resultado de 264 respondentes validados. Quanto ao material de análise, utilizou-se da pesquisa bibliográfica sobre governo eletrônico (e-Gov), Internet, Sistema Nacional de Inovação, modelos de aceitação de tecnologia, dados oficiais públicos e legislações atinentes ao setor de inovação tecnológica. A técnica de análise empregada quantitativamente consistiu no uso de modelagem por equações estruturais, com base no algoritmo PLS (Partial Least Square) com bootstrap de 1.000 reamostragens. Os principais resultados obtidos demonstraram alta magnitude e significância preditiva sobre a Intenção Comportamental de Uso do Portal pelos fatores: Expectativa de Desempenho e Influência Social. Além de evidenciarem que as condições facilitadoras impactam significativamente sobre o Comportamento de Uso dos usuários. A conclusão principal do presente estudo é a de que ao considerarmos a aceitação de um portal governamental em que a adoção é voluntária, o fator social é altamente influente na intenção de uso da tecnologia, bem como os aspectos relacionados à produtividade consequente do usuário e o senso de utilidade; além da facilidade de interação e domínio da ferramenta. Tais constatações ensejam em novas perspectivas de pesquisa e estudos no âmbito das ações de e-Gov, bem como no direcionamento adequado do planejamento, monitoramento e avaliação de projetos governamentais.

ESTUDO DA ADOÇÃO INDIVIDUAL DA REDE SOCIAL PROFISSIONAL LINKEDIN

A intenção de rotatividade refere-se à probabilidade de os indivíduos deixarem o seu trabalho atual. Este tema se tornou relevante para as organizações por ser um potencial problema que pode afetar a competitividade das organizações, entre outros motivos. Acredita-se que alguns dos indivíduos com intenção de rotatividade possivelmente buscam meios de comunicação, novas tecnologias, como a rede social profissional LinkedIn objetivando disseminar suas informações profissionais, localizar oportunidades profissionais, obter mais contatos e informações sobre o mercado de trabalho, entre outras possibilidades. Desse modo, a intenção de rotatividade pode ser avaliada como um fator antecedente à adoção individual da rede social profissional LinkedIn. Este estudo analisou os fatores antecedentes que podem influenciar a intenção de uso e o comportamento de uso da rede social profissional LinkedIn, apoiando-se na perspectiva teórica da Teoria Unificada de Aceitação e Uso da Tecnologia (UTAUT), de Venkatesh et al (2003), e na escala de intenção de rotatividade, de Siqueira et al (2014) e Van Dam (2008). A pesquisa fundamenta-se em uma abordagem de investigação quantitativa na qual os dados foram coletados por meio de um instrumento de pesquisa com a obtenção de 292 questionários respondidos, o que possibilitou a validação dos relacionamentos entre os construtos componentes do modelo de pesquisa desenvolvido para o estudo da adoção individual da rede social profissional LinkedIn. Para realizar o teste das hipóteses do estudo, procedeu-se a análise de equações estruturais, com base no PLS-PM (Partial Least Squares Path Modeling) a partir do qual foram apresentadas medidas satisfatórias para os construtos investigados e o modelo proposto, sendo significativas todas as relações entre os construtos. Os resultados obtidos por esta pesquisa confirmam a influência dos fatores antecedentes Expectativa de Desempenho, Expectativa de Esforço, Influência Social e Intenção de Rotatividade na intenção de uso da rede social profissional LinkedIn. O estudo concluiu que Expectativa de Desempenho revelou-se o fator que mais influencia na intenção de uso do LinkedIn, pois há a percepção de que ao utilizar o LinkedIn pode-se obter benefícios profissionais, entre outros aspectos. O segundo fator que apresentou maior influência na intenção de uso do LinkedIn foi a intenção de rotatividade, uma vez que alguns dos indivíduos, ao adotarem o LinkedIn, provavelmente tendem a mostrar para as outras pessoas/organizações interessadas quais são os seus talentos, suas experiências, competências, além de obter mais contatos, entre outros motivos. Já a Expectativa de Esforço demonstrou que alguns indivíduos percebem que é fácil a interação desta tecnologia. A Influência Social constatou que existe a percepção dos indivíduos quanto à influência da sua rede de contatos na intenção de uso do LinkedIn.

A INFLUÊNCIA DA COMPATIBILIDADE PESSOA-TRABALHO SOBRE O ENGAJAMENTO NO TRABALHO SÃO BERNARDO DO CAMPO 2015

O engajamento no trabalho é um dos objetivos dos gestores de pessoas. Este trabalho se propõe a analisar se a compatibilidade da pessoa com o ambiente de trabalho tem relação com o seu engajamento. Há três fatores na compatibilidade com o ambiente de trabalho (person-environment fit): person-job fit, que aborda a compatibilidade entre as habilidades da pessoa e o trabalho que ela realiza; person-organization fit, que está relacionado com os valores da pessoa frente os valores organizacionais; e needs-supply, que aborda a percepção do indivíduo quanto a ter suas necessidades atendidas pelo seu trabalho e pela organização em que trabalha. Construtos do comportamento organizacional, tais como satisfação no trabalho, comprometimento organizacional e intenções de rotatividade são comumente utilizados como variáveis sucessoras nos estudos de compatibilidade (fit), porém não foram encontrados estudos da relação entre a compatibilidade com o ambiente de trabalho (person-environment fit) e o engajamento no trabalho. Esta pesquisa de abordagem quantitativa baseou-se no instrumento Perceptions Fit, proposto por Cable e DeRue, em 2002; e no instrumento UWES Ultrech Work Engagement Scale, de Schaufelli e colaboradores, de 2006. Participaram da pesquisa 114 respondentes com no mínimo seis meses na atividade atual e pelo menos há cinco anos no mercado de trabalho. As análises por Modelagem de Equações Estruturais pelo método PLS (Partial Least Squares) comprovaram a hipótese de que quanto maior a compatibilidade entre a pessoa e seu trabalho, maior é seu engajamento. Além da hipótese central do trabalho de que a compatibilidade pessoa-trabalho influencia o engajamento no trabalho, a influência das dimensões de fit sobre o engajamento foi testada e os resultados mostraram que a dimensão necessidades atendidas (needs-supply) é a que mais influência tem sobre o engajamento. Este estudo inicia a discussão sobre a relação entre a compatibilidade da pessoa com o ambiente de trabalho e o seu engajamento, sugerindo reaplicação do método em públicos diferenciados, a fim de que os resultados possam ser utilizados para uma melhor eficácia da gestão de pessoas.

O IMPACTO DO CAPITAL PSICOLÓGICO E DO SUPORTE ORGANIZACIONAL SOBRE A SATISFAÇÃO NO TRABALHO

A necessidade de obter e manter níveis de excelência e de satisfação no trabalho cada vez mais altos leva as organizações a um crescente investimento em modelos de gestão orientados ao suporte dos seus colaboradores. Desse cenário emergem alguns questionamentos: o suporte organizacional impacta na satisfação dos colaboradores? Indivíduos com alto capital psicológico possuem um maior nível de satisfação no trabalho? Buscando responder a essas perguntas, o estudo teve como objetivo comparar e analisar o impacto individual e combinado dos construtos Percepção de Suporte Organizacional e Capital Psicológico na Satisfação no Trabalho. A pesquisa foi realizada com 304 profissionais de empresas públicas e privadas, com escolaridade mínima equivalente ao nível médio, de ambos os gêneros e idades variadas. O instrumento para coleta dos dados foi um questionário de autopreenchimento composto de três escalas: Satisfação no Trabalho EST, Percepção de Suporte Organizacional EPSO e Escala de Capital Psicológico ECP. Para atingir os objetivos propostos no modelo conceitual, foi utilizada a abordagem quantitativa. Os dados foram analisados por modelagem de equação estrutural pelo algoritmo dos mínimos quadrados parciais (PLS). Os resultados demonstraram que as variáveis Percepção de Suporte Organizacional e Capital Psicológico impactam positivamente a variável Satisfação no Trabalho, sendo que a Percepção de Suporte Organizacional exerce maior impacto na Satisfação do Trabalho do que Capital Psicológico.  

ESTUDO DOS FATORES ANTECEDENTES DA ATITUDE FACE AOS BENS DE LUXO: UMA ANÁLISE ENTRE GRUPOS DE PESSOAS PORTADORAS DE DEFICIÊNCIA FÍSICA E PESSOAS SEM DEFICIÊNCIA

Os produtos de luxo são capazes de transmitir significados sociais e individuais, bem como sua carga simbólica e emocional. Por meio desses produtos, é possível conhecer um pouco dos valores, crenças e atitudes das pessoas que os consomem. O número de pessoas com deficiência no Brasil chega a 45 milhões da população brasileira, e o mercado brasileiro voltado para pessoas com deficiência ainda é pouco explorado pelas empresas. Esse trabalho objetiva analisar os efeitos dos fatores antecedentes da atitude face aos bens de luxo entre pessoas portadoras de deficiência física e pessoas sem deficiência. A pesquisa fundamenta-se em uma abordagem de investigação quantitativa, onde os dados foram coletados por meio de um instrumento de pesquisa com a obtenção de 239 questionários respondidos, possibilitando a análise dos relacionamentos entre os construtos Status, Influência Social, Autoestima, Não funcionalidade sobre a Atitude Face aos Bens de Luxo. Para realizar os testes das hipóteses do estudo, foi realizada a análise de equações estruturais, com base no PLS-PM (Partial Least Squares Path Modeling), onde foram apresentadas medidas satisfatórias para os construtos investigados e o modelo proposto, sendo significantes algumas relações entre os construtos. O estudo concluiu que a percepção de status influencia positivamente a Atitude face ao luxo, pois os indivíduos buscam aumentar seu status através do consumo de bens de luxo. Concluiu-se também que a influência social e autoestima impactam positivamente a Atitude face aos bens de luxo. Não foram encontradas influências significantes da não funcionalidade com a atitude face ao luxo e, além disso, não foi confirmado que a autoestima influencia a percepção de status e de influência social. Os resultados evidenciam também que pessoas sem deficiência possuem maior percepção de Status se comparados com as pessoas com deficiência física. O grupo de pessoas com deficiência física tem maior percepção de Funcionalidade atribuída aos produtos e maior Autoestima se comparado com o grupo de pessoas sem deficiência. De acordo com os resultados, o impacto da Autoestima sobre a Atitude Face ao Luxo é moderado pelo porte de deficiência.

A INFLUÊNCIA DAS PRÁTICAS PEDAGÓGICAS DOCENTES E DAS BARREIRAS DISCENTES SOBRE O DESENVOLVIMENTO DA CRIATIVIDADE DO FUTURO ADMINISTRADOR

As empresas que almejam garantir e melhorar sua posição dentro de em um mercado cada vez mais competitivo precisam estar sempre atualizadas e em constante evolução. Na busca contínua por essa evolução, investem em projetos de Pesquisa & Desenvolvimento (P&D) e em seu capital humano para promover a criatividade e a inovação organizacional. As pessoas têm papel fundamental no desenvolvimento da inovação, mas para que isso possa florescer de forma constante é preciso comprometimento e criatividade para a geração de ideias. Criatividade é pensar o novo; inovação é fazer acontecer. Porém, encontrar pessoas com essas qualidades nem sempre é tarefa fácil e muitas vezes é preciso estimular essas habilidades e características para que se tornem efetivamente criativas. Os cursos de graduação podem ser uma importante ferramenta para trabalhar esses aspectos, características e habilidades, usando métodos e práticas de ensino que auxiliem no desenvolvimento da criatividade, pois o ambiente ensino-aprendizagem pesa significativamente na formação das pessoas. O objetivo deste estudo é de identificar quais fatores têm maior influência sobre o desenvolvimento da criatividade em um curso de graduação em administração, analisando a influência das práticas pedagógicas dos docentes e as barreiras internas dos discentes. O referencial teórico se baseia principalmente nos trabalhos de Alencar, Fleith, Torrance e Wechsler. A pesquisa transversal de abordagem quantitativa teve como público-alvo os alunos do curso de Administração de uma universidade confessional da Grande São Paulo, que responderam 465 questionários compostos de três escalas. Para as práticas docentes foi adaptada a escala de Práticas Docentes em relação à Criatividade. Para as barreiras internas foi adaptada a escala de Barreiras da Criatividade Pessoal. Para a análise da percepção do desenvolvimento da criatividade foi construída e validada uma escala baseada no referencial de características de uma pessoa criativa. As análises estatísticas descritivas e fatoriais exploratórias foram realizadas no software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS), enquanto as análises fatoriais confirmatórias e a mensuração da influência das práticas pedagógicas e das barreiras internas sobre a percepção do desenvolvimento da criatividade foram realizadas por modelagem de equação estrutural utilizando o algoritmo Partial Least Squares (PLS), no software Smart PLS 2.0. Os resultados apontaram que as práticas pedagógicas e as barreiras internas dos discentes explicam 40% da percepção de desenvolvimento da criatividade, sendo as práticas pedagógicas que exercem maior influencia. A pesquisa também apontou que o tipo de temática e o período em que o aluno está cursando não têm influência sobre nenhum dos três construtos, somente o professor influencia as práticas pedagógicas.

ANALISANDO A RELAÇÃO DOS VOLUMES DE EXPORTAÇÃO E DE IMPORTAÇÃO, PIB, TAXAS DE CÂMBIO E INFLAÇÃO NO PERÍODO DE 2004 A 2014. SÃO BERNARDO DO CAMPO 2015

As empresas que almejam garantir e melhorar sua posição dentro de em um mercado cada vez mais competitivo precisam estar sempre atualizadas e em constante evolução. Na busca contínua por essa evolução, investem em projetos de Pesquisa & Desenvolvimento (P&D) e em seu capital humano para promover a criatividade e a inovação organizacional. As pessoas têm papel fundamental no desenvolvimento da inovação, mas para que isso possa florescer de forma constante é preciso comprometimento e criatividade para a geração de ideias. Criatividade é pensar o novo; inovação é fazer acontecer. Porém, encontrar pessoas com essas qualidades nem sempre é tarefa fácil e muitas vezes é preciso estimular essas habilidades e características para que se tornem efetivamente criativas. Os cursos de graduação podem ser uma importante ferramenta para trabalhar esses aspectos, características e habilidades, usando métodos e práticas de ensino que auxiliem no desenvolvimento da criatividade, pois o ambiente ensino-aprendizagem pesa significativamente na formação das pessoas. O objetivo deste estudo é de identificar quais fatores têm maior influência sobre o desenvolvimento da criatividade em um curso de graduação em administração, analisando a influência das práticas pedagógicas dos docentes e as barreiras internas dos discentes. O referencial teórico se baseia principalmente nos trabalhos de Alencar, Fleith, Torrance e Wechsler. A pesquisa transversal de abordagem quantitativa teve como público-alvo os alunos do curso de Administração de uma universidade confessional da Grande São Paulo, que responderam 465 questionários compostos de três escalas. Para as práticas docentes foi adaptada a escala de Práticas Docentes em relação à Criatividade. Para as barreiras internas foi adaptada a escala de Barreiras da Criatividade Pessoal. Para a análise da percepção do desenvolvimento da criatividade foi construída e validada uma escala baseada no referencial de características de uma pessoa criativa. As análises estatísticas descritivas e fatoriais exploratórias foram realizadas no software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS), enquanto as análises fatoriais confirmatórias e a mensuração da influência das práticas pedagógicas e das barreiras internas sobre a percepção do desenvolvimento da criatividade foram realizadas por modelagem de equação estrutural utilizando o algoritmo Partial Least Squares (PLS), no software Smart PLS 2.0. Os resultados apontaram que as práticas pedagógicas e as barreiras internas dos discentes explicam 40% da percepção de desenvolvimento da criatividade, sendo as práticas pedagógicas que exercem maior influencia. A pesquisa também apontou que o tipo de temática e o período em que o aluno está cursando não têm influência sobre nenhum dos três construtos, somente o professor influencia as práticas pedagógicas.

GESTÃO DO CONHECIMENTO: UM ESTUDO SOBRE A RELAÇÃO ENTRE A LIDERANÇA TRANSFORMACIONAL, A CONVERSÃO DO CONHECIMENTO E A EFICÁCIA ORGANIZACIONAL

Este estudo teve como objetivo principal analisar a relação entre a Liderança Transformacional, a Conversão do Conhecimento e a Eficácia Organizacional. Foram considerados como pressupostos teóricos conceitos consolidados sobre os temas desta relação, além de recentes pesquisas já realizadas em outros países e contextos organizacionais. Com base nisto identificou-se potencial estudo de um modelo que relacionasse estes três conceitos. Para tal considera-se que as organizações que buscam atingir Vantagem Competitiva e incorporam a Knowledge-Based View possam conquistar diferenciação frente a seus concorrentes. Nesse contexto o conhecimento ganha maior destaque e papel protagonista nestas organizações. Dessa forma criar conhecimento através de seus colaboradores, passa a ser um dos desafios dessas organizações ao passo que sugere melhoria de seus indicadores Econômicos, Sociais, Sistêmicos e Políticos, o que se define por Eficácia Organizacional. Portanto os modos de conversão do conhecimento nas organizações, demonstram relevância, uma vez que se cria e se converte conhecimentos através da interação entre o conhecimento existente de seus colaboradores. Essa conversão do conhecimento ou modelo SECI possui quatro modos que são a Socialização, Externalização, Combinação e Internalização. Nessa perspectiva a liderança nas organizações apresenta-se como um elemento capaz de influenciar seus colaboradores, propiciando maior dinâmica ao modelo SECI de conversão do conhecimento. Se identifica então na liderança do tipo Transformacional, características que possam influenciar colaboradores e entende-se que esta relação entre a Liderança Transformacional e a Conversão do Conhecimento possa ter influência positiva nos indicadores da Eficácia Organizacional. Dessa forma esta pesquisa buscou analisar um modelo que explorasse essa relação entre a liderança do tipo Transformacional, a Conversão do Conhecimento (SECI) e a Eficácia Organizacional. Esta pesquisa teve o caráter quantitativo com coleta de dados através do método survey, obtendo um total de 230 respondentes válidos de diferentes organizações. O instrumento de coleta de dados foi composto por afirmativas relativas ao modelo de relação pesquisado com um total de 44 itens. O perfil de respondentes concentrou-se entre 30 e 39 anos de idade, com a predominância de organizações privadas e de departamentos de TI/Telecom, Docência e Recursos Humanos respectivamente. O tratamento dos dados foi através da Análise Fatorial Exploratória e Modelagem de Equações Estruturais via Partial Least Square Path Modeling (PLS-PM). Como resultado da análise desta pesquisa, as hipóteses puderam ser confirmadas, concluindo que a Liderança Transformacional apresenta influência positiva nos modos de Conversão do Conhecimento e que; a Conversão do Conhecimento influencia positivamente na Eficácia Organizacional. Ainda, concluiu-se que a percepção entre os respondentes não apresenta resultado diferente sobre o modelo desta pesquisa entre quem possui ou não função de liderança.

Response-based segmentation using Finite Mixture Partial Least Squares: theoretical foundations and an application to American Customer Satisfaction Index Data

When applying multivariate analysis techniques in information systems and social science disciplines, such as management information systems (MIS) and marketing, the assumption that the empirical data originate from a single homogeneous population is often unrealistic. When applying a causal modeling approach, such as partial least squares (PLS) path modeling, segmentation is a key issue in coping with the problem of heterogeneity in estimated cause-and-effect relationships. This chapter presents a new PLS path modeling approach which classifies units on the basis of the heterogeneity of the estimates in the inner model. If unobserved heterogeneity significantly affects the estimated path model relationships on the aggregate data level, the methodology will allow homogenous groups of observations to be created that exhibit distinctive path model estimates. The approach will, thus, provide differentiated analytical outcomes that permit more precise interpretations of each segment formed. An application on a large data set in an example of the American customer satisfaction index (ACSI) substantiates the methodology’s effectiveness in evaluating PLS path modeling results.

Satisfaction with knowledge and competencies:a multi-country study of employers and business graduates

This study critically discusses findings from a research project involving four European countries. The project had two main aims. The first was to develop a systematic procedure for assessing the balance between knowledge and competencies acquired in higher, further and vocational education and the specific needs of the labor market. The second aim was to develop and test a set of meta-level quality indicators aimed at evaluating the linkages between education and employment. The project was designed to address the lack of employer input concerning the requirements of business graduates for successful workplace performance and the need for more specific industry-driven feedback to guide administrative heads at universities and personnel at quality assurance agencies in curriculum development and revision. Approach: The project was distinctive in that it combined different partners from higher education, vocational training, industry and quality assurance. Project partners designed and implemented an innovative approach, based on literature review, qualitative interviews and surveys in the four countries, in order to identify and confirm key knowledge and competency requirements. This study presents this step-by-step approach, as well as survey findings from a sample of 900 business graduates and employers. In addition, it introduces two Partial Least Squares (PLS) path models for predicting satisfaction with work performance and satisfaction with business education. Results: Survey findings revealed that employers were not very confident regarding business graduates’ abilities in key knowledge areas and in key generic competencies. In subsequent analysis, these graduate abilities were tested and identified as important predictors of employers’ satisfaction with graduates’ work performance. Conclusion: The industry-driven approach introduced in this study can serve as a guide to assist different types of educational institutions to better align study programs with changing labor market requirements. Recommendations for curriculum improvement are discussed.

Chemometric modelling to relate antioxidants, neutral lipid fatty acids and flavour components in chicken breast

Relationships among quality factors in retailed free-range, corn-fed, organic, and conventional chicken breasts (9) were modeled using chemometric approaches. Use of principal component analysis (PCA) to neutral lipid composition data explained the majority (93%) of variability (variance) in fatty acid contents in 2 significant multivariate factors. PCA explained 88 and 75% variance in 3 factors for, respectively, flame ionization detection (FID) and nitrogen phosphorus (NPD) components in chromatographic flavor data from cooked chicken after simultaneous distillation extraction. Relationships to tissue antioxidant contents were modeled. Partial least square regression (PLS2), interrelating total data matrices, provided no useful models. By using single antioxidants as Y variables in PLS (1), good models (r2 values > 0.9) were obtained for alpha-tocopherol, glutathione, catalase, glutathione peroxidase, and reductase and FID flavor components and among the variables total mono and polyunsaturated fatty acids and subsets of FID, and saturated fatty acid and NPD components. Alpha-tocopherol had a modest (r2 = 0.63) relationship with neutral lipid n-3 fatty acid content. Such factors thus relate to flavor development and quality in chicken breast meat.

Toward the prediction of class I and II mouse major histocompatibility complex-peptide-binding affinity:in silico bioinformatic step-by-step guide using quantitative structure-activity relationships

Quantitative structure-activity relationship (QSAR) analysis is a cornerstone of modern informatics. Predictive computational models of peptide-major histocompatibility complex (MHC)-binding affinity based on QSAR technology have now become important components of modern computational immunovaccinology. Historically, such approaches have been built around semiqualitative, classification methods, but these are now giving way to quantitative regression methods. We review three methods--a 2D-QSAR additive-partial least squares (PLS) and a 3D-QSAR comparative molecular similarity index analysis (CoMSIA) method--which can identify the sequence dependence of peptide-binding specificity for various class I MHC alleles from the reported binding affinities (IC50) of peptide sets. The third method is an iterative self-consistent (ISC) PLS-based additive method, which is a recently developed extension to the additive method for the affinity prediction of class II peptides. The QSAR methods presented here have established themselves as immunoinformatic techniques complementary to existing methodology, useful in the quantitative prediction of binding affinity: current methods for the in silico identification of T-cell epitopes (which form the basis of many vaccines, diagnostics, and reagents) rely on the accurate computational prediction of peptide-MHC affinity. We have reviewed various human and mouse class I and class II allele models. Studied alleles comprise HLA-A*0101, HLA-A*0201, HLA-A*0202, HLA-A*0203, HLA-A*0206, HLA-A*0301, HLA-A*1101, HLA-A*3101, HLA-A*6801, HLA-A*6802, HLA-B*3501, H2-K(k), H2-K(b), H2-D(b) HLA-DRB1*0101, HLA-DRB1*0401, HLA-DRB1*0701, I-A(b), I-A(d), I-A(k), I-A(S), I-E(d), and I-E(k). In this chapter we show a step-by-step guide into predicting the reliability and the resulting models to represent an advance on existing methods. The peptides used in this study are available from the AntiJen database (http://www.jenner.ac.uk/AntiJen). The PLS method is available commercially in the SYBYL molecular modeling software package. The resulting models, which can be used for accurate T-cell epitope prediction, will be made are freely available online at the URL http://www.jenner.ac.uk/MHCPred.

Statistical deconvolution of enthalpic energetic contributions to MHC-peptide binding affinity

Background - MHC Class I molecules present antigenic peptides to cytotoxic T cells, which forms an integral part of the adaptive immune response. Peptides are bound within a groove formed by the MHC heavy chain. Previous approaches to MHC Class I-peptide binding prediction have largely concentrated on the peptide anchor residues located at the P2 and C-terminus positions. Results - A large dataset comprising MHC-peptide structural complexes was created by re-modelling pre-determined x-ray crystallographic structures. Static energetic analysis, following energy minimisation, was performed on the dataset in order to characterise interactions between bound peptides and the MHC Class I molecule, partitioning the interactions within the groove into van der Waals, electrostatic and total non-bonded energy contributions. Conclusion - The QSAR techniques of Genetic Function Approximation (GFA) and Genetic Partial Least Squares (G/PLS) algorithms were used to identify key interactions between the two molecules by comparing the calculated energy values with experimentally-determined BL50 data. Although the peptide termini binding interactions help ensure the stability of the MHC Class I-peptide complex, the central region of the peptide is also important in defining the specificity of the interaction. As thermodynamic studies indicate that peptide association and dissociation may be driven entropically, it may be necessary to incorporate entropic contributions into future calculations.

Toward prediction of class II mouse major histocompatibility complex peptide binding affinity:in silico bioinformatic evaluation using partial least squares, a robust multivariate statistical technique

The accurate identification of T-cell epitopes remains a principal goal of bioinformatics within immunology. As the immunogenicity of peptide epitopes is dependent on their binding to major histocompatibility complex (MHC) molecules, the prediction of binding affinity is a prerequisite to the reliable prediction of epitopes. The iterative self-consistent (ISC) partial-least-squares (PLS)-based additive method is a recently developed bioinformatic approach for predicting class II peptide−MHC binding affinity. The ISC−PLS method overcomes many of the conceptual difficulties inherent in the prediction of class II peptide−MHC affinity, such as the binding of a mixed population of peptide lengths due to the open-ended class II binding site. The method has applications in both the accurate prediction of class II epitopes and the manipulation of affinity for heteroclitic and competitor peptides. The method is applied here to six class II mouse alleles (I-Ab, I-Ad, I-Ak, I-As, I-Ed, and I-Ek) and included peptides up to 25 amino acids in length. A series of regression equations highlighting the quantitative contributions of individual amino acids at each peptide position was established. The initial model for each allele exhibited only moderate predictivity. Once the set of selected peptide subsequences had converged, the final models exhibited a satisfactory predictive power. Convergence was reached between the 4th and 17th iterations, and the leave-one-out cross-validation statistical terms - q2, SEP, and NC - ranged between 0.732 and 0.925, 0.418 and 0.816, and 1 and 6, respectively. The non-cross-validated statistical terms r2 and SEE ranged between 0.98 and 0.995 and 0.089 and 0.180, respectively. The peptides used in this study are available from the AntiJen database (http://www.jenner.ac.uk/AntiJen). The PLS method is available commercially in the SYBYL molecular modeling software package. The resulting models, which can be used for accurate T-cell epitope prediction, will be made freely available online (http://www.jenner.ac.uk/MHCPred).

Towards the in silico identification of class II restricted T-cell epitopes:a partial least squares iterative self-consistent algorithm for affinity prediction

Motivation: The immunogenicity of peptides depends on their ability to bind to MHC molecules. MHC binding affinity prediction methods can save significant amounts of experimental work. The class II MHC binding site is open at both ends, making epitope prediction difficult because of the multiple binding ability of long peptides. Results: An iterative self-consistent partial least squares (PLS)-based additive method was applied to a set of 66 pep- tides no longer than 16 amino acids, binding to DRB1*0401. A regression equation containing the quantitative contributions of the amino acids at each of the nine positions was generated. Its predictability was tested using two external test sets which gave r pred =0.593 and r pred=0.655, respectively. Furthermore, it was benchmarked using 25 known T-cell epitopes restricted by DRB1*0401 and we compared our results with four other online predictive methods. The additive method showed the best result finding 24 of the 25 T-cell epitopes. Availability: Peptides used in the study are available from http://www.jenner.ac.uk/JenPep. The PLS method is available commercially in the SYBYL molecular modelling software package. The final model for affinity prediction of peptides binding to DRB1*0401 molecule is available at http://www.jenner.ac.uk/MHCPred. Models developed for DRB1*0101 and DRB1*0701 also are available in MHC- Pred