Too many copies: confusion between duplication and versioning

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Providing Discourse Services for Researchers in a Repository Setting

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Distributed Repositories of Medieval Calendars and Crowd-Sourcing of Transcription

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Teollisuuspuhaltimille tarkoitetun suunnittelujärjestelmän kehittäminen

Diplomityön tavoitteena oli kehittää Dust Control Systems Oy:n nykyistä suunnittelujärjestelmää yrityksen toiminnan laadun ja suunnittelun tehokkuuden parantamiseksi. Suunnittelun suurin pullonkaula on valmistusdokumenttien tuottaminen, joten keskeinen tehtävä oli dokumenttien laadun parantaminen ja tuottamisen nopeuttaminen. Lisäksi tärkeää oli selkeyttää nykyistä nimikkeiden hallintaa ja ylläpitoa. Kehitystyö keskittyi suurelta osin suunnittelujärjestelmän ohjelmistoympäristön päivittämiseen ja sen muokkaamiseen. Teoriaosuudessa käsiteltiin nykyaikaista suunnittelua ja sen kehittämismahdollisuuksia. Lisäksi tarkasteltiin suunnittelun automatisoinnin tuomia hyötyjä sekä erilaisia tuotannon tehostamismenetelmiä. Kehitysosiossa tutkittiin yrityksen nykyistä suunnittelujärjestelmää ja ohjelmistoympäristöä, tuotteiden asettamia vaatimuksia sekä järjestelmän puutteita. Näihin liittyi suuresti yhteistyö henkilöstön sekä ohjelmistotoimittajan kanssa. Tutkimuksen perusteella ryhdyttiin kehittämään uutta järjestelmäkokonaisuutta, johon liitettiin tarvittavia ohjelmistoja ja päivityksiä. Käyttöönottoa varten ohjelmistot konfiguroitiin yrityksen tarpeita vastaaviksi. Työn tuloksena saatiin kehittyneempi ja nykyaikaisempi suunnittelujärjestelmä ja ohjelmistoympäristö. Suunnittelijoiden työtaakkaa saadaan kevennettyä toistuvien työvaiheiden pidemmälle viedyllä automatisoinnilla. Uudistettu ohjelmistoympäristö luo osaltaan ehtoja ja sääntöjä, jotta virheitä syntyy yhä vähemmän. Lisäksi suunnittelun läpimenoaikaa saadaan lyhennettyä parannetulla dokumenttien tuottamisella.

Transduction motif analysis of gastric cancer based on a human signaling network

To investigate signal regulation models of gastric cancer, databases and literature were used to construct the signaling network in humans. Topological characteristics of the network were analyzed by CytoScape. After marking gastric cancer-related genes extracted from the CancerResource, GeneRIF, and COSMIC databases, the FANMOD software was used for the mining of gastric cancer-related motifs in a network with three vertices. The significant motif difference method was adopted to identify significantly different motifs in the normal and cancer states. Finally, we conducted a series of analyses of the significantly different motifs, including gene ontology, function annotation of genes, and model classification. A human signaling network was constructed, with 1643 nodes and 5089 regulating interactions. The network was configured to have the characteristics of other biological networks. There were 57,942 motifs marked with gastric cancer-related genes out of a total of 69,492 motifs, and 264 motifs were selected as significantly different motifs by calculating the significant motif difference (SMD) scores. Genes in significantly different motifs were mainly enriched in functions associated with cancer genesis, such as regulation of cell death, amino acid phosphorylation of proteins, and intracellular signaling cascades. The top five significantly different motifs were mainly cascade and positive feedback types. Almost all genes in the five motifs were cancer related, including EPOR,MAPK14, BCL2L1, KRT18,PTPN6, CASP3, TGFBR2,AR, and CASP7. The development of cancer might be curbed by inhibiting signal transductions upstream and downstream of the selected motifs.

Bioinformatics analysis of biomarkers and transcriptional factor motifs in Down syndrome

In this study, biomarkers and transcriptional factor motifs were identified in order to investigate the etiology and phenotypic severity of Down syndrome. GSE 1281, GSE 1611, and GSE 5390 were downloaded from the gene expression ominibus (GEO). A robust multiarray analysis (RMA) algorithm was applied to detect differentially expressed genes (DEGs). In order to screen for biological pathways and to interrogate the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway database, the database for annotation, visualization, and integrated discovery (DAVID) was used to carry out a gene ontology (GO) function enrichment for DEGs. Finally, a transcriptional regulatory network was constructed, and a hypergeometric distribution test was applied to select for significantly enriched transcriptional factor motifs. CBR1, DYRK1A, HMGN1, ITSN1, RCAN1, SON, TMEM50B, and TTC3 were each up-regulated two-fold in Down syndrome samples compared to normal samples; of these, SON and TTC3 were newly reported. CBR1, DYRK1A, HMGN1, ITSN1, RCAN1, SON, TMEM50B, and TTC3 were located on human chromosome 21 (mouse chromosome 16). The DEGs were significantly enriched in macromolecular complex subunit organization and focal adhesion pathways. Eleven significantly enriched transcription factor motifs (PAX5, EGR1, XBP1, SREBP1, OLF1, MZF1, NFY, NFKAPPAB, MYCMAX, NFE2, and RP58) were identified. The DEGs and transcription factor motifs identified in our study provide biomarkers for the understanding of Down syndrome pathogenesis and progression.

Homeliarum (partie d'hiver)

F. I. Fragments d'un temporal d'hiver. Extraits d'Isaïe, LV, LVI, LX-LXII : « Omnes sitientes... », « Surge illuminare... », « Gaudens gaudebo... » F. 1-7. Le premier cahier contenant des homélies liées à la fête de l'Ascension, provient certainement d'un homéliaire d'été : sermons sur Matth., XIX, 21 et VIII, 5 (f. 1-2) ; sermons de s. Augustin et de s. Léon sur l'Ascension (f. 3-7). F. 8-224. Partie primitive du manuscrit : temporal d'hiver suivi de la fête de s. André. — Vers sibyllins (Carmen de die Judicii) (40) ; — Oratio Jeremiae (214v)F. 218v, début du sanctoral (9 leçons).

Recueil de lettres et de pièces originales, et de copie de pièces indiquées comme telles dans le dépouillemen qui suit.

Contient : 1 Traité entre le duc d'Alençon et les États généraux des Pays-Bas. « Faict à Bourdeaulx, le XXIIIe jour de jan vier, l'an mil V.C.. quatre vingts ung » ; 2 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à monseigneur Des Pruneaux,... Escrit à Evreulx, le premier jour de juin 1581 » ; 3 Lettre de « FRANÇOIS [duc D'ALENÇON]... à monseigneur Des Pruneaulx,... A Mante, le IXe jour de juillet 1581 » ; 4 Lettre de « GUILLAUME DE NASSAU,... à monsieur Des Pruneaulx,... Escript à Amsterledam, ce XIe jour de juing 1581 » ; 5 Lettre de « GUILLAUME DE NASSAU,... à monsieur Des Pruneaulx,... Escript à La Haye, ce premier jour de juillet 1581 » ; 6 Lettre de « FRANÇOYS », duc D'ALENÇON, à « messieurs de Meaulx... A Montereau Faut Ionne, le XXIIe jour de juillet 1581 » ; 7 Lettre de « FRANÇOYS », duc D'ALENÇON, à « messieurs de Vertus,... A Montereau Fault Yonne, le XXIIe jour de juillet 1581 » ; 8 Interrogatoire de NICOLAS SALCEDE. « Du mercredy XXIXe jour d'aoust 1582, au chasteau du boys de Vinceynes » ; 9 Lettre de « GUILLAUME DE NASSAU,... à monsieur Des Pruneaulx » ; 10 « Instruction de... FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à monsieur Des Pruneaux, depesché de Son Altesse vers messieurs les Estatz generaux des Païs Bas et monsieur le prince d'Orenge,... Faict à Londres, le XXIIe decembre 1581 » ; 11 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à monseigneur de Trellon, admiral et gouverneur de Dunquerque... A Londres, le XVIIIe jour de decbre 1581 » ; 12 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messieurs du conseil d'Estat des Bas Païs... A Londres, le XVIIIe jour de decembre 1581 » ; 13 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messieurs les quatre membres des Estatz de Flandre... A Londre, le XVIIIe jour de decbre 1581 » ; 14 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messieurs les bourguemestres et eschevins de Gan... A Londres, le XVIIIe jour de decbre 1581 » ; 15 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messrs les bourgmes et eschevins de Bruxelles... A Londres, le XVIIIe jour de decbre 1581 » ; 16 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à messieurs les Estatz generaux des Bas Païs... A Londres, le XVIIIe jour de decembre 1581 » ; 17 « Estat des vivres... faict à Mante, le premier jour de juillet 1581 ». Signé : « FRANÇOYS », duc D'ALENÇON ; 18 « Articles qui sont couchés au pied de la requeste presentée à Son Alteze [le duc d'Alençon]. 1581 » ; 19 Lettre de « LA NOUE,... à monseigneur Des Pruneaux,... De Bruxelles, ce 26 de janvier 1582 » ; 20 Lettre de « FRANÇOYS [duc D'ALENÇON]... à monseigneur Des Pruneaulx,... Le XIIIe jour de feuvrier 1582 » ; 21 « Moyens pour empescher que soubz le nom et tiltre des vins de La Rochelle et de Ré aultres vins ne puissent couller ou passer » ; 22 « Copie des fres fes pour le port des blés et farines par... Loïs Marescal et Estienne de Beaulieu, marchans munitionnaires de l'armée » du duc d'Alençon. « 1581 » ; 23 « Liste contenant la contribucion des artilleries accordée par les Estatz generaulx, le 5e de juillet 1581, assamblez à La Haye, pour le service de Son Alteze » le duc d'Alençon ; 24 « Liste contenant declaration particuliere des pieches d'artillerie, pouldres, maisches et balles, appartenans à Son Alteze [le duc d'Alençon], avec declaration sommiere des pieches d'artillerie, lesquelz aulcunes villes possedent sans estre inventoriez par le contrerolleur de ladicte artillerie » ; 25 « Instructions aux Srs Girard et Troyan, commissaires generaux des vivres de l'armée de Son Altesse [le duc d'Alençon]... Faict à Anvers, le Xme jung 1582 » ; 26 Lettre des Srs « GIRARD » et « TROYAN,... à monsieur Des Prunaulx,... Du Castellet, ce IXe de juillet 1582 » ; 27 Lettre des Srs « GIRARD » et « TROYAN,... à monsieur Des Pruneaulx,... De St Quentin, le XIIe jullet 1582 » ; 28 Contrat passé entre « Jehan de Girard, Sr de Valpiane, et Jullien Troyen », d'une part, et « Loys Marescal » et « Inocent de Harbes », d'autre part, pour la fourniture des vivres de l'armée du duc d'Alençon. « Faict et passé à St Quintin, en l'hostel dudict Troyan, le douziesme jour de juillet, l'an mil cinq cens quatre vingtz deux » ; 29 Double copie de deux pièces relatives à l'achat d'un cabinet précieux par le duc d'Alençon. Juillet 1582 ; 30 « Actes fais en presence de Son Altesse [le duc d'Alençon] pour les etablisemens des conseilz d'Estat et privé... En Anvers, le XXIIe d'octobre XV.C. quatre vingtz deux » ; 31 « Raisons pour lesquelz la vente des biens ecclesiastiques doibt estre retardée. 1582... » ; 32 Articles arrêtés entre le duc d'Alençon et les Etats généraux des Pays-Bas. « Faict en l'assemblée des Estatz generaulx, le XIIe jour d'aoust M.V.C.IIII.XX » ; 33 « Articles tirés hors les instructions des finances decretées par Son Alze [le duc d'Alençon], demonstrantz les poinctz reservés à icelle ». 1582 ; 34 « Pour demonstrer à Son Alteize [le duc d'Alençon] en quoy consiste le faict du demaine en finance du roy nostre sire, et quelles matieres se traictent au colleige d'icelles... Delivré par ceux des finances au feu le Sr Don Jehan, au mois de may 1577 » ; 35 Copie d'une lettre du duc D'ALENÇON aux États généraux des Pays-Bas. « Escrit à Mons » ; 36 Remontrances adressées par les États généraux des Pays-Bas à M. le comte de Lalain, à l'occasion de lettres interceptées. « Faict en Anvers, le XVme de juing 1578 » ; 37 Mémoire sur les finauces des Pays-Bas ; 38 Requête de « la compaignie de chevaulx de monsieur de Ryhoué » au duc d'Alençon, pour réclamer deux mois de gage ; 39 Lettre de « GUILLAUME LOUYS, conte DE NASSAU,... à monsieur de Prouneault,... De Franicker, le 17e jour de octobre, anno 48 stilo vieu » ; 40 « Memoire pour monseigneur [le duc d'Alençon], sur la resolution qu'il semble à quoy Sa Grandeur se doibt arrester sur l'entreprise qu'il peult faire aux Pays Bas, envoyé par le Sr Des Pruneaux » ; 41 Lettre de M. DE « CASTELNAU,... à monsieur Des Pruneaux » ; 42 Lettre de « P. DE DAMPMARTIN,... à monsieur Des Pruneaus à Mons... D'Anvers, ce XXIIIIme juin » ; 43 « Brief Esclarcissement des raisons pour quoy il n'est conseillable que le prince d'Orange vienne pour le present en la ville de Gand » ; 44 « Annotation sur le fond et subject des finances exhibé à feu le Sr Don Jehan » ; 45 Lettre de « FRANÇOIS BOUCHART,... à monsieur Des Pruneaux,... De Nerac, ce 16 novembre 1582 » ; 46 Lettre de « CANJAY,... à monseigneur le prince d'Orange,... De Colledin, ce XVIe jour de decembre 1582 » ; 47 Lettre de « CANJAY,... à monsieur Des Pruneaux,... De Colledin, ce XVIe jour de decembre 1582 »

Livre des Morts de Nésyménou. Egyptien 127

Fragment 4 :Col. 1 : scène du champ des souchets.Col. 2 + vignette : chapitre 111 (formule pour connaître les bas des Occidentaux). La vignette montre le défunt en adoration devant Horus.Col. 3 + vignette : chapitre 113 (formule pour connaître les bas de Nekhen). Le défunt est en adoration devant une divinité à tête de chacal.Col. 4 + vignette : chapitre 115 (?) (formule pour connaître les bas d'Hermopolis). La vignette montre le défunt debout devant une divinité.Fragment 2 :Col. 1 + vignette (fragmentaires) : chapitre 116 avec titre "formule pour connaître les bas d'Héliopolis". La vignette montre le défunt devant deux divinités.Col. 2 + vignette : chapitre 117 (formule pour prendre les chemins de Rosetjaou). La vignette montre une divinité à tête de chacal devant une tombe.Col. 3 (très fragmentaire) : chapitre 124 (?) (formule pour faire une transformation en phénix). Fragment 3 : Col. 1 + vignette : ? La vignette montre le défunt incliné.Col. 2 : chapitre 125.Fragment 1 :Col. 1 (fragmentaire).Col. 2 (fragmentaire) : la vignette correspond au chapitre 126 et montre quatre babouins au bord d'un lac.

Schémas de classification et repérage des documents administratifs électroniques dans un contexte de gestion décentralisée des ressources informationnelles

Les employés d’un organisme utilisent souvent un schéma de classification personnel pour organiser les documents électroniques qui sont sous leur contrôle direct, ce qui suggère la difficulté pour d’autres employés de repérer ces documents et la perte possible de documentation pour l’organisme. Aucune étude empirique n’a été menée à ce jour afin de vérifier dans quelle mesure les schémas de classification personnels permettent, ou même facilitent, le repérage des documents électroniques par des tiers, dans le cadre d’un travail collaboratif par exemple, ou lorsqu’il s’agit de reconstituer un dossier. Le premier objectif de notre recherche était de décrire les caractéristiques de schémas de classification personnels utilisés pour organiser et classer des documents administratifs électroniques. Le deuxième objectif consistait à vérifier, dans un environnement contrôlé, les différences sur le plan de l’efficacité du repérage de documents électroniques qui sont fonction du schéma de classification utilisé. Nous voulions vérifier s’il était possible de repérer un document avec la même efficacité, quel que soit le schéma de classification utilisé pour ce faire. Une collecte de données en deux étapes fut réalisée pour atteindre ces objectifs. Nous avons d’abord identifié les caractéristiques structurelles, logiques et sémantiques de 21 schémas de classification utilisés par des employés de l’Université de Montréal pour organiser et classer les documents électroniques qui sont sous leur contrôle direct. Par la suite, nous avons comparé, à partir d'une expérimentation contrôlée, la capacité d’un groupe de 70 répondants à repérer des documents électroniques à l’aide de cinq schémas de classification ayant des caractéristiques structurelles, logiques et sémantiques variées. Trois variables ont été utilisées pour mesurer l’efficacité du repérage : la proportion de documents repérés, le temps moyen requis (en secondes) pour repérer les documents et la proportion de documents repérés dès le premier essai. Les résultats révèlent plusieurs caractéristiques structurelles, logiques et sémantiques communes à une majorité de schémas de classification personnels : macro-structure étendue, structure peu profonde, complexe et déséquilibrée, regroupement par thème, ordre alphabétique des classes, etc. Les résultats des tests d’analyse de la variance révèlent des différences significatives sur le plan de l’efficacité du repérage de documents électroniques qui sont fonction des caractéristiques structurelles, logiques et sémantiques du schéma de classification utilisé. Un schéma de classification caractérisé par une macro-structure peu étendue et une logique basée partiellement sur une division par classes d’activités augmente la probabilité de repérer plus rapidement les documents. Au plan sémantique, une dénomination explicite des classes (par exemple, par utilisation de définitions ou en évitant acronymes et abréviations) augmente la probabilité de succès au repérage. Enfin, un schéma de classification caractérisé par une macro-structure peu étendue, une logique basée partiellement sur une division par classes d’activités et une sémantique qui utilise peu d’abréviations augmente la probabilité de repérer les documents dès le premier essai.

Quelques repères épistémologiques pour une approche cognitive de la traduction spécialisée – Application à la biomédecine

Département de linguistique et traduction

Modulation de l’expression du gène CFTR par le produit du gène FIC1 responsable de la cholestase familiale intra-hépatique progressive de type 1 : Identification des mécanismes moléculaires impliqués

Réalisé en cotutelle avec l'Université de Cergy-Pontoise

A Type-Preserving Compiler from System F to Typed Assembly Language

L'utilisation des méthodes formelles est de plus en plus courante dans le développement logiciel, et les systèmes de types sont la méthode formelle qui a le plus de succès. L'avancement des méthodes formelles présente de nouveaux défis, ainsi que de nouvelles opportunités. L'un des défis est d'assurer qu'un compilateur préserve la sémantique des programmes, de sorte que les propriétés que l'on garantit à propos de son code source s'appliquent également au code exécutable. Cette thèse présente un compilateur qui traduit un langage fonctionnel d'ordre supérieur avec polymorphisme vers un langage assembleur typé, dont la propriété principale est que la préservation des types est vérifiée de manière automatisée, à l'aide d'annotations de types sur le code du compilateur. Notre compilateur implante les transformations de code essentielles pour un langage fonctionnel d'ordre supérieur, nommément une conversion CPS, une conversion des fermetures et une génération de code. Nous présentons les détails des représentation fortement typées des langages intermédiaires, et les contraintes qu'elles imposent sur l'implantation des transformations de code. Notre objectif est de garantir la préservation des types avec un minimum d'annotations, et sans compromettre les qualités générales de modularité et de lisibilité du code du compilateur. Cet objectif est atteint en grande partie dans le traitement des fonctionnalités de base du langage (les «types simples»), contrairement au traitement du polymorphisme qui demande encore un travail substantiel pour satisfaire la vérification de type.

Adopter Tchekhov : étude sociolinguistique de trois traductions québécoises d'Oncle Vania (1983-2001)

Réalisé en codirection avec Hélène Buzelin

In silico analysis of mitochondrial proteins

Le rôle important joué par la mitochondrie dans la cellule eucaryote est admis depuis longtemps. Cependant, la composition exacte des mitochondries, ainsi que les processus biologiques qui sy déroulent restent encore largement inconnus. Deux facteurs principaux permettent dexpliquer pourquoi létude des mitochondries progresse si lentement : le manque defficacité des méthodes didentification des protéines mitochondriales et le manque de précision dans lannotation de ces protéines. En conséquence, nous avons développé un nouvel outil informatique, YimLoc, qui permet de prédire avec succès les protéines mitochondriales à partir des séquences génomiques. Cet outil intègre plusieurs indicateurs existants, et sa performance est supérieure à celle des indicateurs considérés individuellement. Nous avons analysé environ 60 génomes fongiques avec YimLoc afin de lever la controverse concernant la localisation de la bêta-oxydation dans ces organismes. Contrairement à ce qui était généralement admis, nos résultats montrent que la plupart des groupes de Fungi possèdent une bêta-oxydation mitochondriale. Ce travail met également en évidence la diversité des processus de bêta-oxydation chez les champignons, en corrélation avec leur utilisation des acides gras comme source dénergie et de carbone. De plus, nous avons étudié le composant clef de la voie de bêta-oxydation mitochondriale, lacyl-CoA déshydrogénase (ACAD), dans 250 espèces, couvrant les 3 domaines de la vie, en combinant la prédiction de la localisation subcellulaire avec la classification en sous-familles et linférence phylogénétique. Notre étude suggère que les gènes ACAD font partie dune ancienne famille qui a adopté des stratégies évolutionnaires innovatrices afin de générer un large ensemble denzymes susceptibles dutiliser la plupart des acides gras et des acides aminés. Finalement, afin de permettre la prédiction de protéines mitochondriales à partir de données autres que les séquences génomiques, nous avons développé le logiciel TESTLoc qui utilise comme données des Expressed Sequence Tags (ESTs). La performance de TESTLoc est significativement supérieure à celle de tout autre outil de prédiction connu. En plus de fournir deux nouveaux outils de prédiction de la localisation subcellulaire utilisant différents types de données, nos travaux démontrent comment lassociation de la prédiction de la localisation subcellulaire à dautres méthodes danalyse in silico permet daméliorer la connaissance des protéines mitochondriales. De plus, ces travaux proposent des hypothèses claires et faciles à vérifier par des expériences, ce qui présente un grand potentiel pour faire progresser nos connaissances des métabolismes mitochondriaux.