Bayesian Networks and the Value of the Evidence for the Forensic Two-Trace Transfer Problem

Forensic scientists face increasingly complex inference problems for evaluating likelihood ratios (LRs) for an appropriate pair of propositions. Up to now, scientists and statisticians have derived LR formulae using an algebraic approach. However, this approach reaches its limits when addressing cases with an increasing number of variables and dependence relationships between these variables. In this study, we suggest using a graphical approach, based on the construction of Bayesian networks (BNs). We first construct a BN that captures the problem, and then deduce the expression for calculating the LR from this model to compare it with existing LR formulae. We illustrate this idea by applying it to the evaluation of an activity level LR in the context of the two-trace transfer problem. Our approach allows us to relax assumptions made in previous LR developments, produce a new LR formula for the two-trace transfer problem and generalize this scenario to n traces.

Genome-wide DNA polymorphism analyses using VariScan

BACKGROUND: DNA sequence polymorphisms analysis can provide valuable information on the evolutionary forces shaping nucleotide variation, and provides an insight into the functional significance of genomic regions. The recent ongoing genome projects will radically improve our capabilities to detect specific genomic regions shaped by natural selection. Current available methods and software, however, are unsatisfactory for such genome-wide analysis. RESULTS: We have developed methods for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the genome-wide scale. These methods, which have been tested on a coalescent-simulated and actual data files from mouse and human, have been implemented in the VariScan software package version 2.0. Additionally, we have also incorporated a graphical-user interface. The main features of this software are: i) exhaustive population-genetic analyses including those based on the coalescent theory; ii) analysis adapted to the shallow data generated by the high-throughput genome projects; iii) use of genome annotations to conduct a comprehensive analyses separately for different functional regions; iv) identification of relevant genomic regions by the sliding-window and wavelet-multiresolution approaches; v) visualization of the results integrated with current genome annotations in commonly available genome browsers. CONCLUSION: VariScan is a powerful and flexible suite of software for the analysis of DNA polymorphisms. The current version implements new algorithms, methods, and capabilities, providing an important tool for an exhaustive exploratory analysis of genome-wide DNA polymorphism data.

CR1Dmod: A Matlab program to model 1D complex resistivity effects in electrical and electromagnetic surveys

We have constructed a forward modelling code in Matlab, capable of handling several commonly used electrical and electromagnetic methods in a 1D environment. We review the implemented electromagnetic field equations for grounded wires, frequency and transient soundings and present new solutions in the case of a non-magnetic first layer. The CR1Dmod code evaluates the Hankel transforms occurring in the field equations using either the Fast Hankel Transform based on digital filter theory, or a numerical integration scheme applied between the zeros of the Bessel function. A graphical user interface allows easy construction of 1D models and control of the parameters. Modelling results are in agreement with other authors, but the time of computation is less efficient than other available codes. Nevertheless, the CR1Dmod routine handles complex resistivities and offers solutions based on the full EM-equations as well as the quasi-static approximation. Thus, modelling of effects based on changes in the magnetic permeability and the permittivity is also possible.

Detecting, quantifying and adjusting for publication bias in meta-analyses: protocol of a systematic review on methods.

BACKGROUND: Health professionals and policymakers aspire to make healthcare decisions based on the entire relevant research evidence. This, however, can rarely be achieved because a considerable amount of research findings are not published, especially in case of 'negative' results - a phenomenon widely recognized as publication bias. Different methods of detecting, quantifying and adjusting for publication bias in meta-analyses have been described in the literature, such as graphical approaches and formal statistical tests to detect publication bias, and statistical approaches to modify effect sizes to adjust a pooled estimate when the presence of publication bias is suspected. An up-to-date systematic review of the existing methods is lacking. METHODS/DESIGN: The objectives of this systematic review are as follows:âeuro¢ To systematically review methodological articles which focus on non-publication of studies and to describe methods of detecting and/or quantifying and/or adjusting for publication bias in meta-analyses.âeuro¢ To appraise strengths and weaknesses of methods, the resources they require, and the conditions under which the method could be used, based on findings of included studies.We will systematically search Web of Science, Medline, and the Cochrane Library for methodological articles that describe at least one method of detecting and/or quantifying and/or adjusting for publication bias in meta-analyses. A dedicated data extraction form is developed and pilot-tested. Working in teams of two, we will independently extract relevant information from each eligible article. As this will be a qualitative systematic review, data reporting will involve a descriptive summary. DISCUSSION: Results are expected to be publicly available in mid 2013. This systematic review together with the results of other systematic reviews of the OPEN project (To Overcome Failure to Publish Negative Findings) will serve as a basis for the development of future policies and guidelines regarding the assessment and handling of publication bias in meta-analyses.

Genetic diversity of irrigated barley based on molecular and quantitative data and on malting quality

The objective of this work was to quantify the genetic diversity of elite genotypes of irrigated barley in the Brazilian savanna. Thirty elite barley genotypes from Embrapa Cerrados' collection were evaluated using 160 RAPD markers, 12 agronomic traits related to yield components, and 10 malting quality parameters. The genetic dissimilarity matrices based on molecular markers, quantitative traits, and malting quality characters were calculated and a cluster analysis was performed using the unweighted pair-group method with arithmetic mean (UPGMA) as grouping criterion. High genetic diversity among accessions were observed. The estimated genetic dissimilarities were weakly correlated, showing the complementarity of the different character groups. Selection indices and graphical dispersion analysis allowed the selection of promising genotypes and the indication of suitable crosses for maximizing the heterotic effects in breeding programs for irrigated barley in the Brazilian savanna.

A Secure Mobile-based Authentication System

Financial information is extremely sensitive. Hence, electronic banking must provide a robust system to authenticate its customers and let them access their data remotely. On the other hand, such system must be usable, affordable, and portable.We propose a challengeresponse based one-time password (OTP) scheme that uses symmetriccryptography in combination with a hardware security module. The proposed protocol safeguards passwords from keyloggers and phishing attacks.Besides, this solution provides convenient mobility for users who want to bank online anytime and anywhere, not just from their owntrusted computers.

EasyStrata: evaluation and visualization of stratified genome-wide association meta-analysis data.

The R package EasyStrata facilitates the evaluation and visualization of stratified genome-wide association meta-analyses (GWAMAs) results. It provides (i) statistical methods to test and account for between-strata difference as a means to tackle gene-strata interaction effects and (ii) extended graphical features tailored for stratified GWAMA results. The software provides further features also suitable for general GWAMAs including functions to annotate, exclude or highlight specific loci in plots or to extract independent subsets of loci from genome-wide datasets. It is freely available and includes a user-friendly scripting interface that simplifies data handling and allows for combining statistical and graphical functions in a flexible fashion. AVAILABILITY: EasyStrata is available for free (under the GNU General Public License v3) from our Web site www.genepi-regensburg.de/easystrata and from the CRAN R package repository cran.r-project.org/web/packages/EasyStrata/. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Kaukokäyttöliittymä liikkuvalle robotille

Lappeenrannan teknillinen yliopiston Tietotekniikan osaston Tietojenkäsittelytieteen laitoksen tutkimuskäytössä olevaan liikkuvaan robottiin toteutettiin tässä työssä graafinen kaukokäyttöliittymä. Työlle on motivaationa laajennettavuus, jota olemassaoleva suljetun lähdekoodin käyttöliittymä ei pysty tarjoamaan. Työssä olennaisin on olio-ohjelmointitekniikalla toteutettu robotin datamallin, ja sen graafisen esityksen arkkitehtuurillinen erottaminen. Lisäksi tarkastellaan lyhyesti liikkuvien robottien kaukokäyttöliittymien teoriaa, ja WLAN-tekniikan soveltuvuutta robotin ja käyttöliittymän välisen yhteyden toteuttamiseen.

Automated User Interface testing in Symbian Operating System

Tässä diplomityössä tutkitaan automatisoitua testausta ja käyttöliittymätestauksen tekemistä helpommaksi Symbian-käyttöjärjestelmässä. Työssä esitellään Symbian ja Symbian-sovelluskehityksessä kohdattavia haasteita. Lisäksi kerrotaan testausstrategioista ja -tavoista sekä automatisoidusta testaamisesta. Lopuksi esitetään työkalu, jolla testitapausten luominen toiminnalisuus- ja järjestelmätestaukseen tehdään helpommaksi. Graafiset käyttöliittymättuovat ainutlaatuisia haasteita ohjelmiston testaamiseen. Ne tehdään usein monimutkaisista komponenteista ja niitä suunnitellaan jatkuvasti uusiksi ohjelmistokehityksen aikana. Graafisten käyttöliittymien testaukseen käytetään usein kaappaus- ja toistotyökaluja. Käyttöliittymätestauksen testitapausten suunnittelu ja toteutus vaatii paljon panostusta. Koska graafiset käyttöliittymät muodostavat suuren osan koodista, voitaisiin säästää paljon resursseja tekemällä testitapausten luomisesta helpompaa. Käytännön osuudessa toteutettu projekti pyrkii tähän tekemällä testiskriptien luomisesta visuaalista. Näin ollen itse testien skriptikieltä ei tarvitse ymmärtää ja testien hahmottaminen on myös helpompaa.

GTK+ toolkit on mobile Linux devices

Linux -käyttöjärjestelmä on laajasti käytössä palvelin- ja työpöytätietokoneissa. Linux on lisäämässä suosiotaan kuitenkin myös sulautetuissa laitteissa, kuten PDA:issa, kännyköissä sekä erilaisissateollisuusjärjestelmissä. Näytön koko, suorituskyky ja käytettävyys asettavat omia erityisiä tarpeitaan laitteiden graafiselle käyttöliittymälle. Linux -käyttöjärjestelmälle on olemassa useita käyttöliittymäkirjastoja, joista GTK+ on yksi yleisimmin käytetyistä. Tämä diplomityö esittelee sulautetun Linux -käyttöjärjestelmän ja GTK+ käyttöliittymäkirjaston, selvittäen miten hyvin ne soveltuvat mobiileihin päätelaitteisiin. Yksi suurimmista esteistä työpöytäkäyttöön suunnattujen teknologioiden, kuten GTK+, muokkaamisessa mobiileihin päätelaitteisiin on suorituskyky. Osana tätä työtä kehitettiin GtkPerf -niminen työkalu, jolla GTK+:n suorituskykyä eri alustoilla pystytään helposti mittaamaan ja havaitsemaan mahdollisia pullonkauloja. Tämän työn johtopäätöksenä on, että pienillä muokkailuilla ja optimoinneilla GTK+ soveltuu myös mobiileihin päätelaitteisiin. Ensimmäinen kaupallisesti saatavilla oleva GTK+ -pohjainen päätelaite, Nokia 770 Internet Tablet, on tästä osoituksena.

Virtuaalitodellisuuslaboratorion laiteympäristön kehittäminen - ohjaimet ja ohjelmistot

Tämä diplomityö on tehty osana HumanICT-projektia, jonka tavoitteena on kehittää uusi, virtuaalitekniikoita hyödyntävä, työkoneiden käyttäjäliityntöjen suunnittelumenetelmä. Työn tarkoituksena oli kehittää VTT:n Tuotteet ja tuotanto tutkimusyksikköön kuluvan Ihminen-kone-turvallisuus ryhmän nykyistä virtuaalitodellisuuslaboratoriota siten, että sitä voidaan käyttää työkoneiden suunnittelussa sekä monipuolisissa ergonomiatarkasteluissa. Itse ympäristön kehittäminen pitää sisällään uuden ohjainjärjestelmän suunnittelun sekä sen implementoinnin nykyisin käytössä olevaan virtuaaliympäristöön. Perinteisesti ohjaamosimulaattorit ovat olleet sovelluskohteisiin räätälöityjä, joten ne ovat kalliita ja niiden konfiguroinnin muuttaminen on vaikeaa, joskus jopa mahdotonta. Tämän työntarkoituksena oli kehittää PC-tietokoneeseen ja yleiseen käyttöjärjestelmään perustuva ohjainjärjestelmä, joka on nopeasti kytkettävissä erilaisiin virtuaaliympäristön sovelluksiin, kuten ohjaamomalleihin. Työssä tarkasteltiin myös tapoja mallintaa fysikaalisia ilmiöitä reaaliaikasovelluksissa, eli on-line simuloinnissa. Tämän tarkastelun perusteella etsittiin ja valittiin jatkokäsittelyyn ohjelmistoja, joiden reaaliaikaisen dynamiikan simulointialgoritmitolivat kaikkein kehittyneimpiä ja monipuolisia.

Grouping sunflower genotypes for yield, oil content, and reaction to Alternaria leaf spot using GGE biplot

Abstract:The objective of this work was to evaluate the suitability of the multivariate method of principal component analysis (PCA) using the GGE biplot software for grouping sunflower genotypes for their reaction to Alternaria leaf spot disease (Alternariaster helianthi), and for their yield and oil content. Sixty-nine genotypes were evaluated for disease severity in the field, at the R3 growth stage, in seven growing seasons, in Londrina, in the state of Paraná, Brazil, using a diagrammatic scale developed for this disease. Yield and oil content were also evaluated. Data were standardized using the software Statistica, and GGE biplot was used for PCA and graphical display of data. The first two principal components explained 77.9% of the total variation. According to the polygonal biplot using the first two principal components and three response variables, the genotypes were divided into seven sectors. Genotypes located on sectors 1 and 2 showed high yield and high oil content, respectively, and those located on sector 7 showed tolerance to the disease and high yield, despite the high disease severity. The principal component analysis using GGE biplot is an efficient method for grouping sunflower genotypes based on the studied variables.

RiskDiff: A web tool for the analysis of the difference due to risk and demographic factors for incidence or mortality data.

Background Analysing the observed differences for incidence or mortality of a particular disease between two different situations (such as time points, geographical areas, gender or other social characteristics) can be useful both for scientific or administrative purposes. From an epidemiological and public health point of view, it is of great interest to assess the effect of demographic factors in these observed differences in order to elucidate the effect of the risk of developing a disease or dying from it. The method proposed by Bashir and Estève, which splits the observed variation into three components: risk, population structure and population size is a common choice at practice. Results A web-based application, called RiskDiff has been implemented (available at http://rht.iconcologia.net/riskdiff.htm webcite), to perform this kind of statistical analyses, providing text and graphical summaries. Code from the implemented functions in R is also provided. An application to cancer mortality data from Catalonia is used for illustration. Conclusions Combining epidemiological with demographical factors is crucial for analysing incidence or mortality from a disease, especially if the population pyramids show substantial differences. The tool implemented may serve to promote and divulgate the use of this method to give advice for epidemiologic interpretation and decision making in public health.

Retinal Image Analysis Using Machine Vision

The topic of this thesis is studying how lesions in retina caused by diabetic retinopathy can be detected from color fundus images by using machine vision methods. Methods for equalizing uneven illumination in fundus images, detecting regions of poor image quality due toinadequate illumination, and recognizing abnormal lesions were developed duringthe work. The developed methods exploit mainly the color information and simpleshape features to detect lesions. In addition, a graphical tool for collecting lesion data was developed. The tool was used by an ophthalmologist who marked lesions in the images to help method development and evaluation. The tool is a general purpose one, and thus it is possible to reuse the tool in similar projects.The developed methods were tested with a separate test set of 128 color fundus images. From test results it was calculated how accurately methods classify abnormal funduses as abnormal (sensitivity) and healthy funduses as normal (specificity). The sensitivity values were 92% for hemorrhages, 73% for red small dots (microaneurysms and small hemorrhages), and 77% for exudates (hard and soft exudates). The specificity values were 75% for hemorrhages, 70% for red small dots, and 50% for exudates. Thus, the developed methods detected hemorrhages accurately and microaneurysms and exudates moderately.

PEAP 802.1x-tunnistuksen toteutus RADIUS-palvelimeen

Valimo iDServer -tunnistuspalvelin on ohjelmisto, joka tukee eri käyttäjientunnistusmenetelmiä, kuten tekstiviestillä lähetettävää kertakäyttösalasanaa tai normaaliakäyttäjätunnusta ja salasanaa. Tässä diplomityössä kuvataan, kuinka palvelimeenon lisätty tuki käyttäjien kirjautumiselle langattoman verkon tukiasemien ja virtuaalilähiverkkoa tukevien kytkinten kautta käyttäen normaaleja Windows-käyttöjärjestelmän mukana tulevia asiakasohjelmistoja. Työn ensimmäisessä vaiheessa kuvataan lähtökohdat ja vaatimukset tulevalle järjestelmälle. Työn osana käytännössä tehty kokonaisuus muodostuu useista eri määrityksistä koostuvista osista. Työn toisessa vaiheessa käydään läpi korkealla tasolla sovelluksen vaatimat protokollat. Osana näihin protokolliin kuului erilaisten avainten jatarkisteiden laskenta sekä salausmenetelmien käyttö, jotka myös kuvataan tässä työssä. Viimeisessä kappaleessa analysoidaan työn tuloksia jakäydään läpi toteutukseen ja itse sovelluksen toimintaan liittyvät ongelmat. Suurin osa havaituista ongelmista liittyi tilanteisiin, joihin itse palvelinsovelluksen toteutuksella ei voitu vaikuttaa. Eniten ongelmia aiheuttivat asiakasohjelmiston sekä verkkokorttien ja niiden ajureiden toiminta ongelmatilanteissa. Asiakasohjelmistoa ei selkeästi ole suunniteltu käytettäväksi kuin muuttumattomien salasanojen kanssa, koska käyttäjän näkökulmasta käyttökokemus ei ollut optimaalinen. Ongelmista huolimatta työn tuloksena saatiin asiakkaan vaatimukset täyttävä järjestelmä. Myös tuotekehitysnäkökulmasta projektia voitaneen pitää onnistuneena, koska nyt tehty sovellus luo pohjan uusien tunnistustapojen ja menetelmien toteuttamiselle tuotteen jatkokehitystä ajatellen.