Expression analysis and in silico characterization of intronic long noncoding RNAs in renal cell carcinoma: emerging functional associations

Abstract Background Intronic and intergenic long noncoding RNAs (lncRNAs) are emerging gene expression regulators. The molecular pathogenesis of renal cell carcinoma (RCC) is still poorly understood, and in particular, limited studies are available for intronic lncRNAs expressed in RCC Methods Microarray experiments were performed with custom-designed arrays enriched with probes for lncRNAs mapping to intronic genomic regions. Samples from 18 primary RCC tumors and 11 nontumor adjacent matched tissues were analyzed. Meta-analyses were performed with microarray expression data from three additional human tissues (normal liver, prostate tumor and kidney nontumor samples), and with large-scale public data for epigenetic regulatory marks and for evolutionarily conserved sequences. Results A signature of 29 intronic lncRNAs differentially expressed between RCC and nontumor samples was obtained (false discovery rate (FDR) <5%). A signature of 26 intronic lncRNAs significantly correlated with the RCC five-year patient survival outcome was identified (FDR <5%, p-value ≤0.01). We identified 4303 intronic antisense lncRNAs expressed in RCC, of which 22% were significantly (p <0.05) cis correlated with the expression of the mRNA in the same locus across RCC and three other human tissues. Gene Ontology (GO) analysis of those loci pointed to 'regulation of biological processes’ as the main enriched category. A module map analysis of the protein-coding genes significantly (p <0.05) trans correlated with the 20% most abundant lncRNAs, identified 51 enriched GO terms (p <0.05). We determined that 60% of the expressed lncRNAs are evolutionarily conserved. At the genomic loci containing the intronic RCC-expressed lncRNAs, a strong association (p <0.001) was found between their transcription start sites and genomic marks such as CpG islands, RNA Pol II binding and histones methylation and acetylation. Conclusion Intronic antisense lncRNAs are widely expressed in RCC tumors. Some of them are significantly altered in RCC in comparison with nontumor samples. The majority of these lncRNAs is evolutionarily conserved and possibly modulated by epigenetic modifications. Our data suggest that these RCC lncRNAs may contribute to the complex network of regulatory RNAs playing a role in renal cell malignant transformation.

Membrane properties and synaptic integration of identified neuronal populations in the developing rodent neocortex

In my PhD work I concentrated on three elementary questions that are essential to understand the interactions between the different neuronal cell populations in the developing neocortex. The questions regarded the identity of Cajal-Retzius (CR) cells, the ubiquitous expression of glycine receptors in all major cell populations of the immature neocortex, and the role of taurine in the modulation of immature neocortical network activity.rnTo unravel whether CR cells of different ontogenetic origin have divergent functions I investigated the electrophysiological properties of YFP+ (derived from the septum and borders of the pallium) and YFP− CR cells (derived from other neocortical origins). This study demonstrated that the passive and active electrophysiological properties as well as features of GABAergic PSCs and glutamatergic currents are similar between both CR cell populations. These findings suggest that CR cells of different origins most probably support similar functions within the neuronal networks of the early postnatal cerebral cortex.rnTo elucidate whether glycine receptors are expressed in all major cell populations of the developing neocortex I analyzed the functional expression of glycine receptors on subplate (SP) cells. Activation of glycine receptors by glycine, -alanine and taurine elicited membrane responses that could be blocked by the selective glycinergic antagonist strychnine. Pharmacological experiments suggest that SP cells express functional heteromeric glycine receptors that do not contain 1 subunits. The activation of glycine receptors by glycine and taurine induced a membrane depolarization, which mediated excitatory effects. Considering the key role of SP cells in immature cortical networks and the development of thalamocortical connections, this glycinergic excitation may influence the properties of early cortical networks and the formation of cortical circuits.rnIn the third part of my project I demonstrated that tonic taurine application induced a massive increase in the frequency of PSCs. Based on their reversal potential and their pharmacological properties these taurine-induced PSCs are exclusively transmitted via GABAA receptors to the pyramidal neurons, while both GABAA and glycine receptors were implicated in the generation of the presynaptic activity. Accordingly, whole-cell and cell-attached recordings from genetically labeled interneurons revealed the expression of glycine and GABAA receptors, which mediated an excitatory action on these cells. These findings suggest that low taurine concentrations can tonically activate exclusively GABAergic networks. The activity level maintained by this GABAergic activity in the immature nervous system may contribute to network properties and can facilitate the activity dependent formation of adequate synaptic projections.rnIn summary, the results of my studies complemented the knowledge about neuronal interactions in the immature neocortex and improve our understanding of cellular processes that guide neuronal development and thus shape the brain.rn

El valor humano de las PYMES

Fil: Sava, Laura Cecilia

Lógicas y tendencias de la expansión residencial en áreas periurbanas. El Partido de La Plata, Buenos Aires, Argentina, entre 1990 y 2010

Con el propósito de contribuir al conocimiento de las lógicas y tendencias de la expansión residencial en áreas periurbanas y su impronta en la organización futura de las ciudades medias, tendiente al logro de una relación armónica entre la actividad residencial y las otras actividades socioeconómicas que se presentan en dichas áreas, en la presente Tesis doctoral se aborda el estudio del proceso de expansión residencial que se han venido desarrollando en el espacio periurbano del Partido de La Plata desde principios de los años '90 hasta nuestros días. Para tal fin, se profundiza en el estudio de espacios periurbanos, caracterizados por su dinamismo, heterogeneidad y complejidad. En relación a los espacios residenciales que se desarrollan en estas áreas periféricas del Partido, fueron reconocidas tres tendencias diferenciadas: a) el proceso de urbanización cerrada, con tendencias al aislamiento de viviendas y complejos habitacionales, b) la "producción de periferia" relacionada con los sectores de población que no consiguen acceder al mercado formal de la tierra y la vivienda, asociada por lo general a modalidades de asentamiento espontáneo; y c) la ocupación gradual de baldíos urbanos con escasa o nula provisión de servicios y redes de infraestructura. En la presente Tesis se profundizará en las dos primeras de estas modalidades expansivas, indagándose en las lógicas de los distintos actores -sociales, políticos y económicos- que intervienen en el proceso urbano expansivo que hemos denominado "formal cerrado" e "informal abierto", respectivamente. La hipótesis que guía nuestro trabajo plantea que la expansión urbana en el Partido de La Plata trae aparejada una competencia por el territorio entre diferentes usos del suelo y actividades, con el consecuente incremento en los precios de la tierra, abandono de los sectores de bajos ingresos como habitantes originales y disminución del uso de tierra rural. Para dar respuesta a los objetivos e hipótesis planteados en nuestra Tesis, los criterios metodológicos adoptados parten de considerar al territorio como un sistema complejo. En este marco, el abordaje desde una visión sistémica y de la complejidad de nuestro objeto de estudio necesita de un abordaje dialéctico y de la convergencia metodológica para obtener distintos puntos de vista sobre el mismo. En el desarrollo de esta Tesis se han utilizado como herramientas de investigación: el método del estudio de caso, la construcción tipológica, la realización de entrevistas semiestructuradas y en profundidad, la utilización de modelos y la construcción de escenarios urbanos. Finalmente, producto de estos años de investigación en la temática, se arribó a las siguientes conclusiones, que han sido estructuradas en cinco apartados principales en función de su carácter predominantemente teórico, empírico, metodológico y/o propositivo, a saber: 1. el periurbano: ¿espacio de competencia o complementariedad?; 2. la construcción de tipologías como camino explicativo en materia de espacios periurbanos; 3. las lógicas residenciales periféricas: la "privatópolis" y la "precariópolis"; 4. las tendencias residenciales periféricas y los desafíos de la planificación urbana, y 5. nuevos interrogantes y perspectivas surgidos de esta Tesis.

Lógicas y tendencias de la expansión residencial en áreas periurbanas. El Partido de La Plata, Buenos Aires, Argentina, entre 1990 y 2010

Con el propósito de contribuir al conocimiento de las lógicas y tendencias de la expansión residencial en áreas periurbanas y su impronta en la organización futura de las ciudades medias, tendiente al logro de una relación armónica entre la actividad residencial y las otras actividades socioeconómicas que se presentan en dichas áreas, en la presente Tesis doctoral se aborda el estudio del proceso de expansión residencial que se han venido desarrollando en el espacio periurbano del Partido de La Plata desde principios de los años '90 hasta nuestros días. Para tal fin, se profundiza en el estudio de espacios periurbanos, caracterizados por su dinamismo, heterogeneidad y complejidad. En relación a los espacios residenciales que se desarrollan en estas áreas periféricas del Partido, fueron reconocidas tres tendencias diferenciadas: a) el proceso de urbanización cerrada, con tendencias al aislamiento de viviendas y complejos habitacionales, b) la "producción de periferia" relacionada con los sectores de población que no consiguen acceder al mercado formal de la tierra y la vivienda, asociada por lo general a modalidades de asentamiento espontáneo; y c) la ocupación gradual de baldíos urbanos con escasa o nula provisión de servicios y redes de infraestructura. En la presente Tesis se profundizará en las dos primeras de estas modalidades expansivas, indagándose en las lógicas de los distintos actores -sociales, políticos y económicos- que intervienen en el proceso urbano expansivo que hemos denominado "formal cerrado" e "informal abierto", respectivamente. La hipótesis que guía nuestro trabajo plantea que la expansión urbana en el Partido de La Plata trae aparejada una competencia por el territorio entre diferentes usos del suelo y actividades, con el consecuente incremento en los precios de la tierra, abandono de los sectores de bajos ingresos como habitantes originales y disminución del uso de tierra rural. Para dar respuesta a los objetivos e hipótesis planteados en nuestra Tesis, los criterios metodológicos adoptados parten de considerar al territorio como un sistema complejo. En este marco, el abordaje desde una visión sistémica y de la complejidad de nuestro objeto de estudio necesita de un abordaje dialéctico y de la convergencia metodológica para obtener distintos puntos de vista sobre el mismo. En el desarrollo de esta Tesis se han utilizado como herramientas de investigación: el método del estudio de caso, la construcción tipológica, la realización de entrevistas semiestructuradas y en profundidad, la utilización de modelos y la construcción de escenarios urbanos. Finalmente, producto de estos años de investigación en la temática, se arribó a las siguientes conclusiones, que han sido estructuradas en cinco apartados principales en función de su carácter predominantemente teórico, empírico, metodológico y/o propositivo, a saber: 1. el periurbano: ¿espacio de competencia o complementariedad?; 2. la construcción de tipologías como camino explicativo en materia de espacios periurbanos; 3. las lógicas residenciales periféricas: la "privatópolis" y la "precariópolis"; 4. las tendencias residenciales periféricas y los desafíos de la planificación urbana, y 5. nuevos interrogantes y perspectivas surgidos de esta Tesis.

Lógicas y tendencias de la expansión residencial en áreas periurbanas. El Partido de La Plata, Buenos Aires, Argentina, entre 1990 y 2010

Con el propósito de contribuir al conocimiento de las lógicas y tendencias de la expansión residencial en áreas periurbanas y su impronta en la organización futura de las ciudades medias, tendiente al logro de una relación armónica entre la actividad residencial y las otras actividades socioeconómicas que se presentan en dichas áreas, en la presente Tesis doctoral se aborda el estudio del proceso de expansión residencial que se han venido desarrollando en el espacio periurbano del Partido de La Plata desde principios de los años '90 hasta nuestros días. Para tal fin, se profundiza en el estudio de espacios periurbanos, caracterizados por su dinamismo, heterogeneidad y complejidad. En relación a los espacios residenciales que se desarrollan en estas áreas periféricas del Partido, fueron reconocidas tres tendencias diferenciadas: a) el proceso de urbanización cerrada, con tendencias al aislamiento de viviendas y complejos habitacionales, b) la "producción de periferia" relacionada con los sectores de población que no consiguen acceder al mercado formal de la tierra y la vivienda, asociada por lo general a modalidades de asentamiento espontáneo; y c) la ocupación gradual de baldíos urbanos con escasa o nula provisión de servicios y redes de infraestructura. En la presente Tesis se profundizará en las dos primeras de estas modalidades expansivas, indagándose en las lógicas de los distintos actores -sociales, políticos y económicos- que intervienen en el proceso urbano expansivo que hemos denominado "formal cerrado" e "informal abierto", respectivamente. La hipótesis que guía nuestro trabajo plantea que la expansión urbana en el Partido de La Plata trae aparejada una competencia por el territorio entre diferentes usos del suelo y actividades, con el consecuente incremento en los precios de la tierra, abandono de los sectores de bajos ingresos como habitantes originales y disminución del uso de tierra rural. Para dar respuesta a los objetivos e hipótesis planteados en nuestra Tesis, los criterios metodológicos adoptados parten de considerar al territorio como un sistema complejo. En este marco, el abordaje desde una visión sistémica y de la complejidad de nuestro objeto de estudio necesita de un abordaje dialéctico y de la convergencia metodológica para obtener distintos puntos de vista sobre el mismo. En el desarrollo de esta Tesis se han utilizado como herramientas de investigación: el método del estudio de caso, la construcción tipológica, la realización de entrevistas semiestructuradas y en profundidad, la utilización de modelos y la construcción de escenarios urbanos. Finalmente, producto de estos años de investigación en la temática, se arribó a las siguientes conclusiones, que han sido estructuradas en cinco apartados principales en función de su carácter predominantemente teórico, empírico, metodológico y/o propositivo, a saber: 1. el periurbano: ¿espacio de competencia o complementariedad?; 2. la construcción de tipologías como camino explicativo en materia de espacios periurbanos; 3. las lógicas residenciales periféricas: la "privatópolis" y la "precariópolis"; 4. las tendencias residenciales periféricas y los desafíos de la planificación urbana, y 5. nuevos interrogantes y perspectivas surgidos de esta Tesis.

Discarge compilation from The Global River Discharge (RivDIS) Project

The Global River Discharge (RivDIS) data set contains monthly discharge measurements for 1018 stations located throughout the world. The period of record varies widely from station to station, with a mean of 21.5 years. These data were digitized from published UNESCO archives by Charles Voromarty, Balaze Fekete, and B.A. Tucker of the Complex Systems Research Center (CSRC) at the University of New Hampshire. River discharge is typically measured through the use of a rating curve that relates local water level height to discharge. This rating curve is used to estimate discharge from the observed water level. The rating curves are periodically rechecked and recalibrated through on-site measurement of discharge and river stage.

O ADMINISTRATIVO E O PEDAGÓGICO NA GESTÃO ESCOLAR

Este estudo se dedica à relação entre o administrativo e o pedagógico na gestão da escola, centrada na figura do diretor escolar. Ele tem por objetivo principal contribuir para a reflexão acerca desta relação, utilizando-se de perspectivas teóricas consideradas relevantes e de sua discussão com profissionais da prática. Os trabalhos dedicados ao tema retratam que a gestão escolar, no Brasil, é marcada por práticas distantes e fragmentadas entre as dimensões administrativa e pedagógica, um dilema que tem o diretor escolar como personagem central; eles mostram, também, que esta relação é um assunto que carece de reflexões, debates e análises complementares. A pesquisa se desenvolveu através de dois movimentos principais. O primeiro deles compreendeu uma revisão teórico-bibliográfica que culminou com a seleção de três perspectivas teóricas que nos pareceram mais relevantes para o tema: i) do conflito funcional (Saes & Alves), ii) da interconexão para a gestão escolar (Medeiros) e iii) do olhar multirreferencial (Barbosa). O segundo movimento envolveu a busca de interlocução destas perspectivas teóricas com a vivência de dois diretores escolares e dois supervisores de ensino que atuam na Secretaria de Educação do Estado de São Paulo. Os resultados confirmam a pertinência das três contribuições teóricas para a análise e encaminhamento da relação entre o administrativo e o pedagógico na escola e sua gestão, embora tenha havido certa dificuldade dos profissionais da prática em apreender o pedagógico na concepção dos autores selecionados. Evidenciou-se, igualmente, a pertinência da concepção e do entendimento das dimensões administrativas e pedagógicas sob a perspectiva da relação.(AU)

O ADMINISTRATIVO E O PEDAGÓGICO NA GESTÃO ESCOLAR

Este estudo se dedica à relação entre o administrativo e o pedagógico na gestão da escola, centrada na figura do diretor escolar. Ele tem por objetivo principal contribuir para a reflexão acerca desta relação, utilizando-se de perspectivas teóricas consideradas relevantes e de sua discussão com profissionais da prática. Os trabalhos dedicados ao tema retratam que a gestão escolar, no Brasil, é marcada por práticas distantes e fragmentadas entre as dimensões administrativa e pedagógica, um dilema que tem o diretor escolar como personagem central; eles mostram, também, que esta relação é um assunto que carece de reflexões, debates e análises complementares. A pesquisa se desenvolveu através de dois movimentos principais. O primeiro deles compreendeu uma revisão teórico-bibliográfica que culminou com a seleção de três perspectivas teóricas que nos pareceram mais relevantes para o tema: i) do conflito funcional (Saes & Alves), ii) da interconexão para a gestão escolar (Medeiros) e iii) do olhar multirreferencial (Barbosa). O segundo movimento envolveu a busca de interlocução destas perspectivas teóricas com a vivência de dois diretores escolares e dois supervisores de ensino que atuam na Secretaria de Educação do Estado de São Paulo. Os resultados confirmam a pertinência das três contribuições teóricas para a análise e encaminhamento da relação entre o administrativo e o pedagógico na escola e sua gestão, embora tenha havido certa dificuldade dos profissionais da prática em apreender o pedagógico na concepção dos autores selecionados. Evidenciou-se, igualmente, a pertinência da concepção e do entendimento das dimensões administrativas e pedagógicas sob a perspectiva da relação.(AU)

O ESTUDANTE DA EAD (EDUCAÇÃO A DISTÂNCIA): UM ESTUDO DE PERFIL E INTERAÇÃO GERACIONAL

A aprendizagem formal e tradicional tem dado lugar a um cenário desafiador no qual educador e educando não comungam do mesmo espaço físico. A Educação a Distância (EAD), ainda é vista como uma solução que agrega cada vez mais alunos de diferentes idades que desejam uma graduação de ensino superior ou a continuidade dela. A pesquisa com o título: “O estudante da EAD (educação a distância): um estudo de perfil e interação geracional” propõe conhecer as características do perfil atual do estudante da EAD, abordando o diálogo entre as gerações no ambiente social escolar. O enfoque da pesquisa é qualitativa, exploratória e descritiva com dados que foram coletados através de entrevista com 08 alunos das gerações X e Y para assim entender se este perfil tem sido renovado com alunos mais jovens, do que a faixa etária de 25 a 45 anos. O resultado demonstra que alunos na faixa de 17 a 24 anos a cada ano aumentam 1% das matrículas. Já a faixa de 25 a 45 anos prevalece com 70% das matrículas. Portanto, este resultado revela que o perfil do aluno EAD ainda é o do jovem adulto, para adulto mais experiente, que busca a graduação com o propósito de progressão no ambiente profissional. As duas gerações citadas geração X e geração Y, mesmo em contextos históricos diferenciados de valores, crenças e comportamentos participam atualmente de uma transformação social que contempla os meios de produção do trabalho, a formação educacional e as relações sociais. O diálogo intergeracional direciona a um aprendizado compartilhado, participativo na troca de experiências mutuas. Para a geração X o jovem atual não é mais nomeado como o que precisa escutar e aprender, mas tem muito a partilhar, principalmente diante da facilidade com os meios tecnológicos. E para a geração Y, na partilha não há barreiras de idade, mas a segurança de interagir e se comunicar diante da troca de experiências

L'ús d'animals a la medicina de la tradició llatina: estudi del Tresor de la Beutat, un tractat medieval dedicat als cosmètics femenins

L’ús de productes derivats d’animals (Zooteràpia) ha format part de l’arsenal terapèutic dermatològic en les diverses cultures a través del temps. El Tresor de Beutat és un tractat medieval dedicat als cosmètics femenins i la salut, escrit en català medieval que es conserva a la Biblioteca de la Universitat de Barcelona. Descriu més de 200 remeis i tractaments per a les dones del segle XIV . Molts d’aquests tractaments eren productes d’origen animal. Estudiem el Tresor de Beutat per determinar quins animals i quines de les seves parts eren emprades, així com la forma d’utilització i indicacions terapèutiques. El document original va ser transcrit al català formal i el text analitzat per tal d’identificar totes les substàncies d’origen animal destinades a la teràpia. Aquestes substàncies van ser ordenades segons l’espècie, i es van estudiar les diferents parts emprades dels animals, la manera de preparació i les seves indicacions. Es van identificar un total de 223 substàncies o elements (animals, plantes i minerals) utilitzats com a remeis. D’ells, 47 (21%) eren d’origen animal, pertanyents a 30 animals, 15 mamífers, 7 aus, 4 animals marins, 2 de rèptils i amfibis i 2 insectes. Les diferents parts dels animals utilitzats inclouen la pell, el greix, els ronyons, el cervell, les banyes, les ungles, les secrecions anals, glàndules mamàries o salivals, la femta, o fins i tot l’animal sencer, en el cas dels mamífers. De les aus, s’usaven les plomes, ous, greixos, els nius, el cap, el suc propi de l’animal, i els excrements. Dels animals marins es va emprar l’animal a trossos, els ossos i els ous, i dels insectes els ous de formiga; la mel i la cera d’abelles; dels rèptils i amfibis els ous i la sang. Els tractaments s’utilitzen principalment per a la cara, com a cosmètics per al cabell i el cos, la higiene, la salut general i per la pell. També per l’esfera otorinolaringològica, ocular, els trastorns dentals, i ginecològics, així com per a l’alleugeriment del dolor. El Tresor de Beutat proporciona informació sobre el coneixement dels tractaments tòpics, amb una base científica (i no màgica) amb una àmplia gamma de recursos d’origen animal, amb les formulacions acuradament elaborades per a fins cosmètics i terapèutics dissenyats per assolir l’ideal de la bellesa i la salut en les dones medievals, sent evident en les bases d’alguns tractaments tòpics utilitzats en el segle XXI.