Decreased expression of the Id3 gene at 1p36.1 in ovarian adenocarcinomas

The molecular events that drive the initiation and progression of ovarian adenocarcinoma are not well defined. We have investigated changes in gene expression in ovarian cancer cell lines compared to an immortalized human ovarian surface epithelial cell line (HOSE) using a cDNA array. We identified 17 genes that were under-expressed and 10 genes that were over-expressed in the cell lines compared to the HOSE cells. One of the genes under-expressed in the ovarian cancer cell lines, Id3, a transcriptional inactivator, was selected for further investigation. Id3 mRNA was expressed at reduced levels in 6 out of 9 ovarian cancer cell lines compared to the HOSE cells while at the protein level, all 7 ovarian cancer cell lines examined expressed the Id3 protein at greatly reduced levels. Expression of Id3 mRNA was also examined in primary ovarian tumours and was found in only 12/38 (32%) cases. A search was conducted far mutations of Id3 in primary ovarian cancers using single stranded conformation polymorphism (SSCP) analysis. Only one nucleotide substitution, present also in the corresponding constitutional DNA, was found in 94 ovarian tumours. Furthermore no association was found between LOH at 1p36 and lack of expression of Id3. These data suggest that Id3 is not the target of LOH at 1p36. (C) 2001 Cancer Research Campaign.

Was there a second adaptive radiation of giant tortoises in the Indian Ocean? Using mitochondrial DNA to investigate speciation and biogeography of Aldabrachelys (Reptilia, Testudinidae)

A radiation of five species of giant tortoises (Cylindraspis ) existed in the southwest Indian Ocean, on the Mascarene islands, and another (of Aldabrachelys ) has been postulated on small islands north of Madagascar, from where at least eight nominal species have been named and up to five have been recently recognized. Of 37 specimens of Madagascan and small-island Aldabrachelys investigated by us, 23 yielded significant portions of a 428-base-pair (bp) fragment of mitochondrial (cytochrome b and tRNA-Glu), including type material of seven nominal species (A. arnoldi, A. dussumieri, A. hololissa, A. daudinii, A. sumierei, A. ponderosa and A. gouffei ). These and nearly all the remaining specimens, including 15 additional captive individuals sequenced previously, show little variation. Thirty-three exhibit no differences and the remainder diverge by only 1-4 bp (0.23-0.93%). This contrasts with more widely accepted tortoise species which show much greater inter- and intraspecific differences. The non-Madagascan material examined may therefore only represent a single species and all specimens may come from Aldabra where the common haplotype is known to occur. The present study provides no evidence against the Madagascan origin for Aldabra tortoises suggested by a previous molecular phylogenetic analysis, the direction of marine currents and phylogeography of other reptiles in the area. Ancient mitochondrial DNA from the extinct subfossil A. grandidieri of Madagascar differs at 25 sites (5.8%) from all other Aldabrachelys samples examined here.

Distribution of Chlamydia pneumoniae DNA in atherosclerotic carotid arteries: significance for sampling procedures

Despite extensive efforts to confirm a direct association between Chlamydia pneumoniae and atherosclerosis, different laboratories continue to report a large variability in detection rates. In this study, we analyzed multiple sections from atherosclerotic carotid arteries from 10 endartectomy patients to determine the location of C. pneumoniae DNA and the number of sections of the plaque required for analysis to obtain a 95% confidence of detecting the bacterium. A sensitive nested PCR assay detected C. pneumoniae DNA in all patients at one or more locations within the plaque. On average, 42% (ranging from 5 to 91%) of the sections from any single patient had C. pneumoniae DNA present. A patchy distribution of C. pneumoniae in the atherosclerotic lesions was observed, with no area of the carotid having significantly more C. pneumoniae DNA present. If a single random 30-mum-thick section was tested, there was only a 35.6 to 41.6% (95% confidence interval) chance of detecting C. pneumoniae DNA in a patient with carotid artery disease. A minimum of 15 sections would therefore be required to obtain a 95% chance of detecting all true positives. The low concentration and patchy distribution of C. pneumoniae DNA in atherosclerotic plaque appear to be among the reasons for inconsistency between laboratories in the results reported.

Phytophthora sojae avirulence genes Avr4 and Avr6 are located in a 24kb, recombination-rich region of genomic DNA

A cross between two different races (race 7 x race 25) of the soybean root and stem rot pathogen Phytophthora sojae was analyzed to characterize the genomic region flanking two cosegregating avirulence genes, Anur4 and Anur6. Both genes cosegregated in the ratio of 82:17 (avirulent:virulent) in an F-2 population, suggestive of a single locus controlling both phenotypes. A chromosome walk was commenced from RAPD marker OPE7.1C, 2.0 cM distant from the Anur4/6 locus. Three overlapping cosmids were isolated which included genetic markers that flank the Anur4/6 locus. The chromosome walk spanned a physical distance of 67 kb which represented a genetic map distance of 22.3cM, an average recombination frequency of 3.0kb/cM and 11.7-fold greater than the predicted average recombination frequency of 35.3 kb/cM for the entire P. sojae genome. Six genes (cDNA clones) expressed from the Anur4/6 genomic region encompassed by the cosmid contig were identified. Single nucleotide polymorphisms and restriction fragment length polymorphisms showed these six genes were closely linked to the Anur4/6 locus. Physical mapping of the cDNA clones within the cosmid contig made it possible to deduce the precise linkage order of the cDNAs. None of the six cDNA clones appear to be candidates for Anur4/6. We conclude that two of these cDNA clones flank a physical region of approximately 24 kb and 4.3 cM that appears to include the Anur4/6 locus. (C) 2003 Elsevier Inc. All rights reserved.

DNA vaccine coding for the full-length infectious Kunjin virus RNA protects mice against the New York strain of West Nile virus

A plasmid DNA directing transcription of the infectious full-length RNA genome of Kunjin (KUN) virus in vivo from a mammalian expression promoter was used to vaccinate mice intramuscularly. The KUN viral cDNA encoded in the plasmid contained the mutation in the NS1 protein (Pro-250 to Leu) previously shown to attenuate KUN virus in weanling mice. KUN virus was isolated from the blood of immunized mice 3-4 days after DNA inoculation, demonstrating that infectious RNA was being transcribed in vivo; however, no symptoms of virus-induced disease were observed. By 19 days postimmunization, neutralizing antibody was detected in the serum of immunized animals. On challenge with lethal doses of the virulent New York strain of West Nile (WN) or wild-type KUN virus intracerebrally or intraperitoneally, mice immunized with as little as 0.1-1 mug of KUN plasmid DNA were solidly protected against disease. This finding correlated with neutralization data in vitro showing that serum from KUN DNA-immunized mice neutralized KUN and WN,viruses with similar efficiencies. The results demonstrate that delivery of an attenuated but replicating KUN virus via a plasmid DNA vector may provide an effective vaccination strategy against virulent strains of WN virus.

Increased expression of the SNARE accessory protein Munc18c in lipid-mediated insulin resistance

Fatty acids inhibit insulin-mediated glucose metabolism in skeletal muscle, an effect largely attributed to defects in insulin-mediated glucose transport. Insulin-resistant mice transgenic for the overexpression of lipoprotein lipase (LPL) in skeletal muscle were used to examine the molecular mechanism(s) in more detail. Using DNA gene chip array technology, and confirmation by RT-PCR and Western analysis, increases in the yeast Sec1p homolog Munc18c mRNA and protein were found in the gastrocnemius muscle of transgenic mice, but not other tissues. Munc18c has been previously demonstrated to impair insulin-mediated glucose transport in mammalian cells in vitro. Of interest, stably transfected C2C12 cells overexpressing LPL not only demonstrated increases in Munc18c mRNA and protein but also in transcription rates of the Munc18c gene. jlr To confirm the relevance of fatty acid metabolism and insulin resistance to the expression of Munc18c in vivo, a 2-fold increase in Munc18c protein was demonstrated in mice fed a high-fat diet for 4 weeks. Together, these data are the first to implicate in vivo increases in Munc18c as a potential contributing mechanism to fatty acid-induced insulin resistance.

Faeces as a source of DNA for molecular studies in a threatened population of great bustards

With recent advances in molecular biology, it is now possible to use the trace amounts of DNA in faeces to non-invasively sample endangered species for genetic studies. A highly vulnerable population of approximately 100 great bustards (Otis tarda) exists in Morocco necessitating the use of non-invasive protocols to study their genetic structure. Here we report a reliable silica-based method to extract DNA from great bustard faeces. We found that successful extraction and amplification correlated strongly with faeces freshness and composition. We could not extract amplifiable DNA from 30% of our samples as they were dry or contained insect material. However 100% of our fresh faecal samples containing no obvious insect material worked, allowing us to assess the levels of genetic variation among 25 individuals using a 542 bp control region sequence. We were able to extract DNA from four out of five other avian species, demonstrating that faeces represents a suitable source of DNA for population genetics studies in a broad range of species.

A genetic map of macadamia based on randomly amplified DNA fingerprinting (RAF) markers

The first genetic linkage map of macadamia (Macadamia integrifolia and M. tetraphylla) is presented. The map is based on 56 F-1 progeny of cultivars 'Keauhou' and 'A16'. Eighty-four percent of the 382 markers analysed segregated as Mendelian loci. The two-way pseudo-testcross mapping strategy allowed construction of separate parental cultivar maps. Ninety bridging loci enabled merging of these maps to produce a detailed genetic map of macadamia, 1100 cM in length and spanning 70-80% of the genome. The combined map comprised 24 linkage groups with 265 framework markers: 259 markers from randomly amplified DNA fingerprinting (RAF), five random amplified polymorphic DNA (RAPD), and one sequence-tagged microsatellite site (STMS). The RAF marker system unexpectedly revealed 16 codominant markers, one of them a putative microsatellite locus and exhibiting four distinct alleles in the cross. This molecular study is the most comprehensive examination to date of genetic loci of macadamia, and is a major step towards developing marker-assisted selection for this crop.

Avalia????o de pol??ticas de financiamento a micro e pequenas empresas na gera????o de postos de trabalho: o caso do Proger ??? principais aspectos

O artigo se prop??e a apresentar os principais aspectos e resultados de uma nova metodologia de avalia????o de programas de financiamento a micro e pequenas empresas aplicada ao Programa de Gera????o de Emprego e Renda na ??rea urbana ??? Proger urbano, tanto no que se refere aos seus custos efetivos, at?? ent??o desconhecidos, quanto no que se refere ao seu impacto sobre a gera????o de empregos, estimado utilizando dados prim??rios oriundos do cruzamento de dois bancos de dados do Minist??rio do Trabalho e Emprego, quais sejam, o do Sistema de Acompanhamento da Execu????o do Proger (Saep), e o do Cadastro Geral de Empregados e Desempregados. S??o apresentados, preliminarmente, alguns dos resultados de duas avalia????es anteriores do programa, uma realizada pelo Ibase, atrav??s de question??rios aos benefici??rios do programa, e outra, uma primeira experi??ncia de cruzamento dos dois referidos bancos de dados, que serviu de base para a avalia????o que se apresenta.

Enquadramento de corpos de água em pequenas e micro bacias hidrográficas rurais de base agrícola familiar : subsídios à elaboração da fase diagnóstica

Este trabalho tem como proposta geral fornecer subsídios para o desenvolvimento da fase diagnóstica do processo de Enquadramento de corpos de água superficiais de pequenas e micro bacias hidrográficas (PMBH). Sua justificativa ampara-se no fato de que a implementação de processos de Enquadramento ainda é restrita, principalmente, no que tange as PMBH, escala de gestão ainda não considerada pelo gerenciamento de recursos hídricos. Apresenta como objetivos a identificação, análise e seleção de itens de diagnósticos adotados em processos de Enquadramento; avaliação quanto as particularidades / especificidade quanto à utilização desses itens de diagnóstico para a realidade de PMBH, e por fim, a proposição de diretrizes para o estabelecimento de procedimentos orientativos para avaliações diagnósticas para fins de Enquadramento de corpos de agua superficiais em PMBH. Metodologicamente, embasado por meio de análise de estudos técnicos e científicos, os itens de diagnóstico identificados foram agrupados de forma sistematizada, e realizada avaliação quanto a aplicabilidade desses itens na elaboração de diagnóstico para Enquadramento em PMBH. Como resultado, mostrou ser possível obter maior nível de detalhamento para os itens de diagnósticos sugeridos pela Resolução nº 91/08 do CNRH no Artigo 4º. Apresentou como produto, um de conjunto de itens de diagnóstico de referência para a fase de avaliações diagnósticas do Enquadramento. Também demonstrou haver, de fato, particularidades que devem ser levadas em consideração quanto ao desenvolvimento de estudos de Enquadramento em pequenas regiões hidrográficas. Além disso, com a proposição de diretrizes para o estabelecimento de procedimentos orientativos para a fase de diagnósticos do Enquadramento, verificou que os desafios para tornar realidade o Enquadramento de corpos de água superficiais em PMBH são de natureza financeira, política e técnico-científica.

Desenvolvimento de metodologia para determinação de Co, Cr, Fe, Mn, Ni, Se e V em amostras de água produzida da indústria do petróleo através da técnica ICP OES utilizando digestão por micro-ondas

O descarte ou reutilização da água produzida da indústria do petróleo é difícil por causa dos impactos ambientais causados devido à presença de alta salinidade e componentes tóxicos, ou pelo risco de obstrução nas colunas de produção devido à formação de incrustações que causam redução na produção de petróleo e enormes perdas no processo de extração. Assim, o conhecimento da composição química da água produzida é muito importante. O método proposto por este trabalho visa a determinação de elementos traço (Co, Cr, Fe, Mn, Ni, Se e V) em amostras de água produzida de petróleo por espectrometria de emissão óptica com plasma indutivamente acoplado (ICP OES) utilizando a digestão ácida assistida por micro-ondas para o preparo das amostras (15 g de amostra e 2 mL de HNO3 concentrado). A curva analítica construída em HNO3 2% v v-1 foi adotada para o método após verificar que não é necessário o uso de salinidade para equiparação de matriz. Para o elemento Ni, não há necessidade do uso de padrão interno, para os elementos Co, Cr, Fe, Mn e V os melhores resultados foram obtidos usando Sc como padrão interno. Para o elemento Se é recomendado o uso de Y como padrão interno. Os limites de detecção obtidos foram Co 0,67, Cr 1,2, Fe 2,3, Mn 0,49, Ni 1,9, Se 3,7 e V 5,5 μg L-1; e os limites de quantificação foram Co 2,2, Cr 4,0, Fe 7,7, Mn 1,6, Ni 6,5, Se 12,4 e V 18,3 μg L-1. A exatidão do procedimento foi verificada através de testes de recuperação em dois níveis de concentração (40 e 80 μg L-1) e análise dos materiais certificados de referência de água estuarina SLEW-2 e de água do mar NASS-5. Bons valores de recuperação foram obtidos e não houve diferença significativa (95% de confiança) entre os resultados obtidos e os valores certificados dos materiais de referência.

Design gráfico : análise da relação com a performance da micro e pequena empresa

O design possui um papel central nos negócios, participando de forma crucial no intercambio cultural e econômico da sociedade. Uma das competências do profissional de design gráfico é o desenvolvimento da Identidade Visual Corporativa (IVC). Ela tem como função definir visualmente o perfil de uma empresa, configurando-se, assim, como um composto mercadológico de fundamental importância para diferenciação das organizações, possuindo um importante papel para o crescimento das micro e pequenas empresas (MPEs). O objetivo desta pesquisa é verificar de que forma os gestores de MPEs percebem a atuação do design gráfico sobre a performance do seu negócio, avaliada a partir da sua experiência com a IVC desenvolvida por um profissional de design e aplicada pela empresa em suas atividades. A pesquisa é aplicada, em relação a sua finalidade, e exploratória, quanto ao seu objetivo. Sua condução se deu a partir de pesquisa bibliográfica, entrevista semiestruturada com os gestores das MPEs investigadas e pesquisa documental em materiais fornecidos pelos sujeitos da pesquisa, realizando-se, desta forma, uma triangulação metodológica a fim de contribuir para o exame do fenômeno. Como estratégia de investigação foi utilizado o estudo de casos múltiplos, realizado com 7 (sete) MPEs que haviam incorporado sua IVC há pelo menos 2 (dois) anos, dos setores de comércio e serviço, localizadas nos municípios de Vitória, Vila Velha, Serra ou Cariacica. Os dados coletados foram analisados por meio da Análise de Conteúdo, com base nas etapas descritas por Bardin (1977) e Laville (1999), distribuindo as unidades de análise (frases e parágrafos) nas categorias desenvolvidas: Motivação, Integração da IVC, Gestão da IVC, Relevância da IVC, IVC e Performance e Expressão Visual. A análise utilizou a abordagem quantitativa, realizada por meio da técnica de percentagem, e qualitativa, com maior ênfase na última, onde foram analisadas as categorias e seus elementos, assim como as relações entre elas, buscando extrair os significados construídos. Desta forma, foi possível verificar que a maior parte dos gestores das MPEs investigadas identificam que o design gráfico, por meio da IVC, contribui de forma positiva para a performance do seu negócio, proporcionando diferentes tipos de benefícios, dentre os mais citados foram: Identificação/Reconhecimento, Fortalecimento (solidez, estabilidade, profissionalismo), Novos Clientes, Imagem, Receptividade, Agregação de Valor para a Marca e Diferenciação.

Design gráfico : análise da relação com a performance da micro e pequena empresa

O design possui um papel central nos negócios, participando de forma crucial no intercambio cultural e econômico da sociedade. Uma das competências do profissional de design gráfico é o desenvolvimento da Identidade Visual Corporativa (IVC). Ela tem como função definir visualmente o perfil de uma empresa, configurando-se, assim, como um composto mercadológico de fundamental importância para diferenciação das organizações, possuindo um importante papel para o crescimento das micro e pequenas empresas (MPEs). O objetivo desta pesquisa é verificar de que forma os gestores de MPEs percebem a atuação do design gráfico sobre a performance do seu negócio, avaliada a partir da sua experiência com a IVC desenvolvida por um profissional de design e aplicada pela empresa em suas atividades. A pesquisa é aplicada, em relação a sua finalidade, e exploratória, quanto ao seu objetivo. Sua condução se deu a partir de pesquisa bibliográfica, entrevista semiestruturada com os gestores das MPEs investigadas e pesquisa documental em materiais fornecidos pelos sujeitos da pesquisa, realizando-se, desta forma, uma triangulação metodológica a fim de contribuir para o exame do fenômeno. Como estratégia de investigação foi utilizado o estudo de casos múltiplos, realizado com 7 (sete) MPEs que haviam incorporado sua IVC há pelo menos 2 (dois) anos, dos setores de comércio e serviço, localizadas nos municípios de Vitória, Vila Velha, Serra ou Cariacica. Os dados coletados foram analisados por meio da Análise de Conteúdo, com base nas etapas descritas por Bardin (1977) e Laville (1999), distribuindo as unidades de análise (frases e parágrafos) nas categorias desenvolvidas: Motivação, Integração da IVC, Gestão da IVC, Relevância da IVC, IVC e Performance e Expressão Visual. A análise utilizou a abordagem quantitativa, realizada por meio da técnica de percentagem, e qualitativa, com maior ênfase na última, onde foram analisadas as categorias e seus elementos, assim como as relações entre elas, buscando extrair os significados construídos. Desta forma, foi possível verificar que a maior parte dos gestores das MPEs investigadas identificam que o design gráfico, por meio da IVC, contribui de forma positiva para a performance do seu negócio, proporcionando diferentes tipos de benefícios, dentre os mais citados foram: Identificação/Reconhecimento, Fortalecimento (solidez, estabilidade, profissionalismo), Novos Clientes, Imagem, Receptividade, Agregação de Valor para a Marca e Diferenciação.

Neural Electrode Array Based on Aluminum: Fabrication and Characterization

A unique neural electrode design is proposed with 3 mm long shafts made from an aluminum-based substrate. The electrode is composed by 100 individualized shafts in a 10 × 10 matrix, in which each aluminum shafts are precisely machined via dicing-saw cutting programs. The result is a bulk structure of aluminum with 65 ° angle sharp tips. Each electrode tip is covered by an iridium oxide thin film layer (ionic transducer) via pulsed sputtering, that provides a stable and a reversible behavior for recording/stimulation purposes, a 40 mC/cm2 charge capacity and a 145 Ω impedance in a wide frequency range of interest (10 Hz-100 kHz). Because of the non-biocompatibility issue that characterizes aluminum, an anodization process is performed that forms an aluminum oxide layer around the aluminum substrate. The result is a passivation layer fully biocompatible that furthermore, enhances the mechanical properties by increasing the robustness of the electrode. For a successful electrode insertion, a 1.1 N load is required. The resultant electrode is a feasible alternative to silicon-based electrode solutions, avoiding the complexity of its fabrication methods and limitations, and increasing the electrode performance.