La atenuación en artículos de revisión odontológicos en español: estudio exploratorio

Describimos el uso de estrategias de atenuación en 40 artículos de revisión (AR), publicados en español en revistas iberoamericanas entre 1994 y 2004. Identificamos las estrategias empleadas en las secciones retóricas por medio de un análisis contextual de género y clasificamos los atenuantes en cinco categorías: construcciones impersonales, deícticos temporales, aproximadores, escudos y atenuantes compuestos. Los resultados muestran que hay abundantes y variadas estrategias de atenuación en las tres secciones retóricas del AR, aunque son más frecuentes en el desarrollo y en la introducción. Predomina el modal epistémico “poder”, los adverbios y los adjetivos de posibilidad y probabilidad, y los verbos epistémicos. Registramos varias construcciones impersonales empleadas para atenuar. Los aproximadores se usan para expresar honestidad y varios niveles de certidumbre en las proposiciones; los deícticos temporales, para expresar provisionalidad y sugerir varias interpretaciones. Concluimos que la atenuación puede estar relacionada con la posición de los autores en la comunidad científica y con las características del AR como género discursivo. Asimismo, el nivel de expectativa en la escritura de este género podría condicionar cómo se presentan las proposiciones.

Textual autocorrelation : formalism and illustrations

Abstract Textual autocorrelation is a broad and pervasive concept, referring to the similarity between nearby textual units: lexical repetitions along consecutive sentences, semantic association between neighbouring lexemes, persistence of discourse types (narrative, descriptive, dialogal...) and so on. Textual autocorrelation can also be negative, as illustrated by alternating phonological or morpho-syntactic categories, or the succession of word lengths. This contribution proposes a general Markov formalism for textual navigation, and inspired by spatial statistics. The formalism can express well-known constructs in textual data analysis, such as term-document matrices, references and hyperlinks navigation, (web) information retrieval, and in particular textual autocorrelation, as measured by Moran's I relatively to the exchange matrix associated to neighbourhoods of various possible types. Four case studies (word lengths alternation, lexical repulsion, parts of speech autocorrelation, and semantic autocorrelation) illustrate the theory. In particular, one observes a short-range repulsion between nouns together with a short-range attraction between verbs, both at the lexical and semantic levels. Résumé: Le concept d'autocorrélation textuelle, fort vaste, réfère à la similarité entre unités textuelles voisines: répétitions lexicales entre phrases successives, association sémantique entre lexèmes voisins, persistance du type de discours (narratif, descriptif, dialogal...) et ainsi de suite. L'autocorrélation textuelle peut être également négative, comme l'illustrent l'alternance entre les catégories phonologiques ou morpho-syntaxiques, ou la succession des longueurs de mots. Cette contribution propose un formalisme markovien général pour la navigation textuelle, inspiré par la statistique spatiale. Le formalisme est capable d'exprimer des constructions bien connues en analyse des données textuelles, telles que les matrices termes-documents, les références et la navigation par hyperliens, la recherche documentaire sur internet, et, en particulier, l'autocorélation textuelle, telle que mesurée par le I de Moran relatif à une matrice d'échange associée à des voisinages de différents types possibles. Quatre cas d'étude illustrent la théorie: alternance des longueurs de mots, répulsion lexicale, autocorrélation des catégories morpho-syntaxiques et autocorrélation sémantique. On observe en particulier une répulsion à courte portée entre les noms, ainsi qu'une attraction à courte portée entre les verbes, tant au niveau lexical que sémantique.

[Céfalù. Duomo]

Référence bibliographique : Weigert, 77

Identification of the minimal promoter region of the mouse NKX5-3, a transcription factor implicated in eye development.

Early ocular development is controlled by a complex network of transcription factors, cell cycle regulators, and diffusible signalling molecules. Together, these molecules regulate cell proliferation and apoptosis, and specify retinal fate. NKX5-3 is a homeobox transcription factor implicated in eye development. The analysis of the 5'-flanking region of the mouse Nkx5-3 gene revealed a predicted TATA-less promoter sequence between -416 and -166 of the translation start site. To functionally characterise Nkx5-3 promoter activity, serial deletions of the promoter sequence were introduced in pGL-3 basic vector and promoter activity of these 5'- and 3'-deleted constructions was tested in HeLa and CHO cells. Transactivation assays identified a region between -350 and -296 exhibiting promoter-like activity. Combined analysis by deletions and point mutations showed that this sequence, containing multiple Sp1 binding sites was necessary to promote transcriptional activity. Binding of Sp1 to this region was confirmed by electrophoretic mobility shift assay (EMSA) and chromatin immunoprecipitation, using an antibody specific for Sp1. Altogether, these results demonstrated that the immediate upstream region of Nkx5-3 gene possessed a strong intrinsic promoter activity in vitro, suggesting a potential role in Nkx5-3 transcription in vivo.

Poètiques del desig. Alteritat i escriptura a l’obra de Gabriel Ferrater, Maria-Mercè Marçal i Enric Casasses

[cat] La present investigació parteix de la urgència de revisar la poesia catalana contemporània des dels paràmetres de la teoria literària que abracen la representació del desig. Partint de l’estreta vinculació entre aquest marc teòric i les noves formulacions del subjecte líric postmodern, hem proposat l’estudi de tres grans poètiques que han marcat, cada una d’elles en el seu context socioliterari, un punt d’inflexió a la poesia catalana des d’aquest quadre teòric: Gabriel Ferrater, Maria-Mercè Marçal i Enric Casasses. Per aquest motiu, l’objectiu central de la tesi és demostrar, a través de la categoria del desig, com l’alteritat eroticoamorosa és un dels centres de representació i experimentació dels límits del subjecte poètic i quins efectes té en la construcció de la identitat textual i en el que hem anomenat matèria-emoció. La tesi no pretén ser un estudi comparatiu dels tres autors, sinó que, capturant les tres trajectòries en paral•lel, situa cada poètica en un punt de no retorn respecte al desig i la seva representació. Atès això, és, metafòricament, el signe desig, en els seus tres plans, el que unifica els tres paradigmes que hem sotmès a anàlisi: Gabriel Ferrater com a referent, Maria-Mercè Marçal en qualitat de significat i Enric Casasses, portador del significant. El primer capítol va més enllà de la ruptura moderna entre escriptura i exaltació d’una subjectivitat única i monolítica, per comprendre en què consisteix la dissolució del jo líric en tant que fonament de l’enunciació del subjecte en el vers. És una proposta metodològica que, prenent com a centre l’intent de construcció d’una teoria del poema basada en l’expansió del jo cap a l’Altre, analitza algunes de les variables retòriques i ontològiques que coparticipen en la formulació teòrica de subjecte líric incomplet o fragmentat en el moment d’enunciar-se. D’aquesta manera, amb una voluntat de teixir uns ítems teòrics per on circuli el concepte de jo líric versus l’Altre (poesia de l’alteritat, “llei de l’assentiment”, “apropiació” de l’enunciat o, sobretot, matèria-emoció), l’escriptura poètica es concep com un joc de forces entre la performativitat del subjecte líric i la recerca de la seva pròpia subjectivitat. Aquesta crisi del subjecte i la impossibilitat de restituir una relació unilateral respecte a l’Altre, cobren una especial rellevància quan el motor o força que activa la relació d’alteritat és el moviment que impulsa el jo fora de les seves pròpies estructures per atènyer l’altre/a (subjecte desitjat) o absorbir-lo: el desig. La segona part del primer capítol està destinada a definir les aproximacions teòriques sobre la representació del desig —encercades en un posicionament postestructuralista conjuminat amb la crítica literària feminista—, que ens permeten assentar les coordenades interpretatives per portar a terme l’estudi de la formalització de tres subjectes lírics que cerquen en l’escriptura el seu propi esdevenir com a subjectes desitjants. Així és que al llarg del segon capítol hem interrogat les tres poètiques resseguint els espais comuns erigits en la nostra proposta de marc interpretatiu. Per fer-ho, ens hem centrat en Les dones i els dies de Gabriel Ferrater, amb especial èmfasi a “Teoria dels cossos”. En el cas de Maria-Mercè Marçal, hem estudiat exhaustivament el primer poemari que inaugura l’escriptura del desig lèsbic, Terra de Mai, tot establint una contigüitat temàtica amb “Sang presa” (dins de La germana, l’estrangera). I, finalment, hem resseguit la poesia d’Enric Casasses d’una forma transversal, a partir de les obres més significatives entorn al subjecte de recerca, com ara La cosa aquella, “Alquímia d’amor” (dins de Començament dels començaments i ocasió de les ocasions), D’equivocar-se així, Calç i, sobretot, Do’m. Drama en tres actes. Primer de tot, hem definit les coordenades del subjecte desitjant en relació amb el subjecte del desig, la qual cosa ens ha exigit l’anàlisi de l’enunciació del jo líric, respectivament. La recerca de les directrius fundacionals de les subjectivitats líriques —actives des del moment en què sorgeix la demanda del desig (implícita o explícita)―, han fet palesa, progressivament, la problemàtica suficiència ontològica del subjecte que deriva, al seu torn, de l’encontre amb l’altre/a. Així hem arribat a mesurar la distància inexorable que separa el jo del tu, amb resultats ben diferents. Ferrater, que anihila sorprenentment el subjecte líric, ha estat el primer port d’una singladura que, en arribar a Marçal, ens ha permès conèixer la continuïtat del ser: el despertar del desig és l’origen de la individuació dels subjectes agents del plaer en detriment de la compleció identitària. I hem navegat, finalment, fins a Casasses, qui defensa al llarg de la seva obra una individuació com a centre ètic de l’acte amorós. En una segona part, hem estudiat la representació de l’altre/a en cada corpus poètic. En el cas de Ferrater, les dones no només activen l’alteritat eroticoamorosa concreta en cada poema, sinó que, des d’un punt de vista metapoètic, esdevenen constitutives de la subjectivitat lírica en la recerca de la identitat que té lloc al llarg de Les dones i els dies. Partint de la figura de “Teseu”, poema que emmiralla i significa el procés d’escriptura poètica, hem explorat la formalització del desig en funció de les diferents representacions de la dona en paral•lel amb les posicions enunciatives del jo líric. Al llarg d’aquest recorregut, la representació del cos del desig (la fragmentació, la carícia, la mirada, etc.) i l’espai on aquest cos s’esdevé (la cambra), han estat els dos epicentres mitjançant els quals hem conclòs que la dona es presenta com un cos resistent que guia el jo líric a negar, paradoxalment, el mateix desig. La impossibilitat de satisfer el desig es manifesta, així, amb una reformulada pèrdua dels límits del subjecte desitjant. En els versos marçalians el desig emergeix com un gran torrent que arrossega al jo líric a mesurar-se en la distància que la separa de l’altra. A partir de l’altra especular, les primeres sextines de Terra de mai obren un nou ordre del jo i del tu en el discurs amorós: l’equivalència física dels cossos amants/amats extrema la fusió tant física com amorosa que es convertirà en l’acció transformadora i afirmativa de la identitat. Amb això, Marçal desarticula la gestió fal•logocèntrica del desig i l’ubica com una categoria des de la qual emprèn la construcció d’una subjectivitat lírica femenina i lèsbica. En aquest sentit, mitjançant la presència nítida d’una exploració i reconstrucció del cos de dona albirat des del desig homoeròtic, la poeta desplega la renovació d’una simbologia eròtica que configura un cosmos corporal totalment nou: cossos d’aigua i sang. Marçal busca en els fluids corporals femenins (l’aigua, la sang menstrual, la sang del trau o, fins i tot, el vòmit), la transposició dels marges corporals als textuals, convertint el poema no en un paral•lel verbal de l’experiència del desig sinó en un paral•lel corporal. En un primer moment, la representació de l’altra és indissociable de les imatges especulars (aigua o mirall). Aquesta és la fase de continuïtat, de la compleció identitària a través de l’experiència de la jouissance, i està constituïda per tres eixos: la confusió dels límits entre el jo i la seva altra, la fusió de les dues subjectivitats i l’afirmació de la unicitat amb el verb “som”. A continuació, hem resseguit com aquest “ser u” es trenca a mesura que el jo poètic es va singularitzant. Aquest segon moment és on el desig irromp al llenguatge del plaer i es converteix en una passió altament destructiva. La dissimilació amb el tu i la nostàlgia de la “fal•laç utopia d’una fusió absoluta” bolquen el poema cap a un jo poètic mutilat, que cerca un cos absent i l’espai de plenitud d’un subjecte líric que es troba irreparablement ferit (“Sang presa”). La poesia de Casasses trava la representació de l’altre amorós en la modalitat dialògica dels versos (el parlar). El fenomen de l’enunciació poètica casassiana s’emmarca en unes estructures poemàtiques que invoquen, des de l’origen, el Tu, apel•lant, així, al problema estrictament postmodern de la unicitat del jo líric i de la identitat en el procés d’escriptura. Atès això, el poema es convertirà en un dir ofert a l’Altre com a demanda del llenguatge, motiu pel qual el desig emergeix com a motor de l’escriptura poètica. Abans d’endinsar-nos específicament a l’eclosió del Tu en tant que altre amorós, ha calgut esclarir les coordenades generals del Tu en majúscules per esbossar els trets fonamentals de la significació poètica. Així, doncs, hem analitzat com es despleguen els diferents tu en l’enunciació, ja sigui quan aquest refereix al lector o a la poesia (recursos metapoètics), quan correspon a l’amor/desig (governador del subjecte de l’escriptura) i, finalment, quan el tu condensa l’altre amorós (amor particular). En aquest darrer cas, hem proposat una possible escala de transcendència del tu respecte al jo líric: d’un tu amorós totalitzador (la lluna) fins al subjecte del desig, la dona. Paral•lelament, la representació de l’amada és indissociable del concepte d’emoció lírica creada a través de la modelització del dir del jo poètic. Per aquest fet, hem classificat la irrupció del subjecte desitjat en diferents graus de referencialitat: el “tu” present, el “tu” absent i el “tu” de destinació. En un tercer apartat, hem intentat respondre a una de les grans problemàtiques que giren entorn a les escriptures del desig: és possible la seva representació? Ferrater ens enfronta davant de l’indicible. La poètica ferrateriana se situa en un distanciament deliberat de les emocions, la qual cosa circumscriu l’expressió del desig en el marc d’allò incomunicable de l’experiència. Consegüentment, hem abordat la formalització del desig a través del concepte d’imaginació tot analitzant com el poeta aconsegueix elevar l’energia emotiva del llenguatge a partir de les relacions entre la paraula i els seus absents, i com això ens permet parlar del poema en tant que matèria-emoció. Així mateix, hem conclòs que Ferrater captura l’indicible en el text jugant amb els límits representatius del llenguatge. Per abordar les escriptures del desig marçaliana i casassiana hem recorregut als plecs de la matèria-emoció encarats a l’écart: la fractura de l’epidermis del poema causada per l’erupció de la vida corporal, pulsional i afectiva del subjecte de l’escriptura. El ritme pulsional del desig (escena d’escriptura i escena amorosa) i la veu (poiesis) es converteixen en els fonaments de la construcció d’unes subjectivitats líriques que s’inscriuen en una posició femenina, allà on el cos amb estat d’apetència cerca la continuïtat en l’escriptura. Concretament, hem resseguit la formalització de l’absència de l’altra en els versos de Marçal, la qual recorre a figuracions com l’espera, el buit, la desfeta del mirall, l’assassinat dels cossos en plenitud, entre altres imatges que activen el salt de l’eros al thanatos; així com, també, les estructures interrogatives que signifiquen la impossibilitat d’experimentar el desig del desig de l’altra. Respecte a l’obra de Casasses, el poeta troba en la forma dramàtica el mitjà idoni per experimentar les possibilitats de la representació del desig: Do’m. Mitjançant una exegesi detallada del drama, hem pogut concloure que, tal com postula Barthes, l’única construcció textual possible d’allò amorós es troba en formular el que té d’intractable, i això només es pot representar a partir de l’acció mateixa. Talment, Casasses porta a l’extrem la modalitat dialògica pròpia de la seva poesia per escenificar l’encontre amorós i la construcció in progress del subjecte desitjant a través del dir-se l’amor. Finalment, la investigació intenta oferir una resposta al voltant de la conjunció desig, subjectivitat lírica i identitat. Aquestes tres coordenades ens permeten elevar les diferents representacions del desig a l’alçada de les millors poètiques contemporànies. L’ètica i l’estètica ferrateriana es congreguen en l’espai de l’erotisme moral. Ferrater concep el vers com un mètode fenomenològic a través del qual inscriu una actitud poètica que no es pot pensar sense la formalització del subjecte desitjant. Atès això, amb Les dones i els dies s’inaugura la categoria del desig en relació amb els límits d’expressió del subjecte líric. Marçal obre les portes a l’espai literari femení i lèsbic amb una escriptura poètica creadora de nous àmbits per a l’expressió del desig. La cerca d’un nou ordre simbòlic en el llenguatge poètic està estretament vinculada amb la construcció d’una subjectivitat tant política com poètica, un dels trets principals de la qual és la reivindicació i afirmació del plaer sexual femení. D’aquesta manera, el desig a l’obra de la poeta és portador d’una actitud i praxi política que troba la seva màxima expressió en la conquesta d’una llengua abolida. Per acabar, Casasses invoca l’espai de la paraula viva per articular l’acompliment de la funció poètica. A través de la poesia recitada, ja sigui des d’un punt de vista teòric com en la seva performance escènica, construeix una nova i fundacional experiència poètica que troba el seu paral•lel amb l’experiència amorosa. En aquest nou espai de circulació de la paraula poètica hi situa una subjectivitat lírica fundada en el moviment ètic cap a l’altre encarnat en el cos, la veu i el ritme.

Multi-scale systems analysis of plant development : beyond cellular signaling and tissue morphodynamics

Les plantes sont essentielles pour les sociétés humaines. Notre alimentation quotidienne, les matériaux de constructions et les sources énergétiques dérivent de la biomasse végétale. En revanche, la compréhension des multiples aspects développementaux des plantes est encore peu exploitée et représente un sujet de recherche majeur pour la science. L'émergence des technologies à haut débit pour le séquençage de génome à grande échelle ou l'imagerie de haute résolution permet à présent de produire des quantités énormes d'information. L'analyse informatique est une façon d'intégrer ces données et de réduire la complexité apparente vers une échelle d'abstraction appropriée, dont la finalité est de fournir des perspectives de recherches ciblées. Ceci représente la raison première de cette thèse. En d'autres termes, nous appliquons des méthodes descriptives et prédictives combinées à des simulations numériques afin d'apporter des solutions originales à des problèmes relatifs à la morphogénèse à l'échelle de la cellule et de l'organe. Nous nous sommes fixés parmi les objectifs principaux de cette thèse d'élucider de quelle manière l'interaction croisée des phytohormones auxine et brassinosteroïdes (BRs) détermine la croissance de la cellule dans la racine du méristème apical d'Arabidopsis thaliana, l'organisme modèle de référence pour les études moléculaires en plantes. Pour reconstruire le réseau de signalement cellulaire, nous avons extrait de la littérature les informations pertinentes concernant les relations entre les protéines impliquées dans la transduction des signaux hormonaux. Le réseau a ensuite été modélisé en utilisant un formalisme logique et qualitatif pour pallier l'absence de données quantitatives. Tout d'abord, Les résultats ont permis de confirmer que l'auxine et les BRs agissent en synergie pour contrôler la croissance de la cellule, puis, d'expliquer des observations phénotypiques paradoxales et au final, de mettre à jour une interaction clef entre deux protéines dans la maintenance du méristème de la racine. Une étude ultérieure chez la plante modèle Brachypodium dystachion (Brachypo- dium) a révélé l'ajustement du réseau d'interaction croisée entre auxine et éthylène par rapport à Arabidopsis. Chez ce dernier, interférer avec la biosynthèse de l'auxine mène à la formation d'une racine courte. Néanmoins, nous avons isolé chez Brachypodium un mutant hypomorphique dans la biosynthèse de l'auxine qui affiche une racine plus longue. Nous avons alors conduit une analyse morphométrique qui a confirmé que des cellules plus anisotropique (plus fines et longues) sont à l'origine de ce phénotype racinaire. Des analyses plus approfondies ont démontré que la différence phénotypique entre Brachypodium et Arabidopsis s'explique par une inversion de la fonction régulatrice dans la relation entre le réseau de signalisation par l'éthylène et la biosynthèse de l'auxine. L'analyse morphométrique utilisée dans l'étude précédente exploite le pipeline de traitement d'image de notre méthode d'histologie quantitative. Pendant la croissance secondaire, la symétrie bilatérale de l'hypocotyle est remplacée par une symétrie radiale et une organisation concentrique des tissus constitutifs. Ces tissus sont initialement composés d'une douzaine de cellules mais peuvent aisément atteindre des dizaines de milliers dans les derniers stades du développement. Cette échelle dépasse largement le seuil d'investigation par les moyens dits 'traditionnels' comme l'imagerie directe de tissus en profondeur. L'étude de ce système pendant cette phase de développement ne peut se faire qu'en réalisant des coupes fines de l'organe, ce qui empêche une compréhension des phénomènes cellulaires dynamiques sous-jacents. Nous y avons remédié en proposant une stratégie originale nommée, histologie quantitative. De fait, nous avons extrait l'information contenue dans des images de très haute résolution de sections transverses d'hypocotyles en utilisant un pipeline d'analyse et de segmentation d'image à grande échelle. Nous l'avons ensuite combiné avec un algorithme de reconnaissance automatique des cellules. Cet outil nous a permis de réaliser une description quantitative de la progression de la croissance secondaire révélant des schémas développementales non-apparents avec une inspection visuelle classique. La formation de pôle de phloèmes en structure répétée et espacée entre eux d'une longueur constante illustre les bénéfices de notre approche. Par ailleurs, l'exploitation approfondie de ces résultats a montré un changement de croissance anisotropique des cellules du cambium et du phloème qui semble en phase avec l'expansion du xylème. Combinant des outils génétiques et de la modélisation biomécanique, nous avons démontré que seule la croissance plus rapide des tissus internes peut produire une réorientation de l'axe de croissance anisotropique des tissus périphériques. Cette prédiction a été confirmée par le calcul du ratio des taux de croissance du xylème et du phloème au cours de développement secondaire ; des ratios élevés sont effectivement observés et concomitant à l'établissement progressif et tangentiel du cambium. Ces résultats suggèrent un mécanisme d'auto-organisation établi par un gradient de division méristématique qui génèrent une distribution de contraintes mécaniques. Ceci réoriente la croissance anisotropique des tissus périphériques pour supporter la croissance secondaire. - Plants are essential for human society, because our daily food, construction materials and sustainable energy are derived from plant biomass. Yet, despite this importance, the multiple developmental aspects of plants are still poorly understood and represent a major challenge for science. With the emergence of high throughput devices for genome sequencing and high-resolution imaging, data has never been so easy to collect, generating huge amounts of information. Computational analysis is one way to integrate those data and to decrease the apparent complexity towards an appropriate scale of abstraction with the aim to eventually provide new answers and direct further research perspectives. This is the motivation behind this thesis work, i.e. the application of descriptive and predictive analytics combined with computational modeling to answer problems that revolve around morphogenesis at the subcellular and organ scale. One of the goals of this thesis is to elucidate how the auxin-brassinosteroid phytohormone interaction determines the cell growth in the root apical meristem of Arabidopsis thaliana (Arabidopsis), the plant model of reference for molecular studies. The pertinent information about signaling protein relationships was obtained through the literature to reconstruct the entire hormonal crosstalk. Due to a lack of quantitative information, we employed a qualitative modeling formalism. This work permitted to confirm the synergistic effect of the hormonal crosstalk on cell elongation, to explain some of our paradoxical mutant phenotypes and to predict a novel interaction between the BREVIS RADIX (BRX) protein and the transcription factor MONOPTEROS (MP),which turned out to be critical for the maintenance of the root meristem. On the same subcellular scale, another study in the monocot model Brachypodium dystachion (Brachypodium) revealed an alternative wiring of auxin-ethylene crosstalk as compared to Arabidopsis. In the latter, increasing interference with auxin biosynthesis results in progressively shorter roots. By contrast, a hypomorphic Brachypodium mutant isolated in this study in an enzyme of the auxin biosynthesis pathway displayed a dramatically longer seminal root. Our morphometric analysis confirmed that more anisotropic cells (thinner and longer) are principally responsible for the mutant root phenotype. Further characterization pointed towards an inverted regulatory logic in the relation between ethylene signaling and auxin biosynthesis in Brachypodium as compared to Arabidopsis, which explains the phenotypic discrepancy. Finally, the morphometric analysis of hypocotyl secondary growth that we applied in this study was performed with the image-processing pipeline of our quantitative histology method. During its secondary growth, the hypocotyl reorganizes its primary bilateral symmetry to a radial symmetry of highly specialized tissues comprising several thousand cells, starting with a few dozens. However, such a scale only permits observations in thin cross-sections, severely hampering a comprehensive analysis of the morphodynamics involved. Our quantitative histology strategy overcomes this limitation. We acquired hypocotyl cross-sections from tiled high-resolution images and extracted their information content using custom high-throughput image processing and segmentation. Coupled with an automated cell type recognition algorithm, it allows precise quantitative characterization of vascular development and reveals developmental patterns that were not evident from visual inspection, for example the steady interspace distance of the phloem poles. Further analyses indicated a change in growth anisotropy of cambial and phloem cells, which appeared in phase with the expansion of xylem. Combining genetic tools and computational modeling, we showed that the reorientation of growth anisotropy axis of peripheral tissue layers only occurs when the growth rate of central tissue is higher than the peripheral one. This was confirmed by the calculation of the ratio of the growth rate xylem to phloem throughout secondary growth. High ratios are indeed observed and concomitant with the homogenization of cambium anisotropy. These results suggest a self-organization mechanism, promoted by a gradient of division in the cambium that generates a pattern of mechanical constraints. This, in turn, reorients the growth anisotropy of peripheral tissues to sustain the secondary growth.

Occasional adnominal idiom modification : a cognitive linguistic approach

abstract:occasional Adnominal Idiom Modification - A Cognitive Linguistic Approach From a cognitive-linguistic perspective, this paper explores alternative types of adnoniinal modification in occasional variants of English verbal idioms. Being discussed against data extracted from the British National Corpiis (BNC), the model claims that in idioni-production idiomatic constructions are activated as complex linguistic schemas to code a context-specific target-conceptualisation. Adnominal pre- and postmodifications are one specific form of creative alteration to adapt the idiom for this purpose. Semantically, idiom-interna1 NPextension is not a uniforni process. It is necessary to distinguish two systematic types of adnominal modification: external and internal modification (Ernst 1981). While external NPmodification has adverbial function, ¡.e. it modifies the idiom as a unit, internal modification directly applies to the head-noun and thus depends on the degree of motivation and analysability of a given idiom. Following the cognitive-linguistic framework, these dimensions of idiom-transparency result from the language user's ability to remotivate the bipartite semantic structure by conceptual metaphors and metonymies.

Nuevos elementos escultóricos del recinto de culto del Concilium Provinciae Hispaniae Citerioris (Tarraco, Hispania Citerior)

The work of the Director Plan for the Cathedral of Tarragona has allowed us to make a revision regarding the knowledge, chronology and features of the sacred area of the Concilium Provinciae Hispaniae Citerioris. We present diverse elements of architectural and sculptured decoration recovered from constructive levels of 1st century A.D, and the 6th century A.D levels of re-use and transformation, in contemporary constructions. All these elements ratify the process of imitation of the Forum Augustum made in the capital of the Hispania Citerior.

Optimisation of data analysis method for a fluidized bed combustion test rig

Nowadays the used fuel variety in power boilers is widening and new boiler constructions and running models have to be developed. This research and development is done in small pilot plants where more faster analyse about the boiler mass and heat balance is needed to be able to find and do the right decisions already during the test run. The barrier on determining boiler balance during test runs is the long process of chemical analyses of collected input and outputmatter samples. The present work is concentrating on finding a way to determinethe boiler balance without chemical analyses and optimise the test rig to get the best possible accuracy for heat and mass balance of the boiler. The purpose of this work was to create an automatic boiler balance calculation method for 4 MW CFB/BFB pilot boiler of Kvaerner Pulping Oy located in Messukylä in Tampere. The calculation was created in the data management computer of pilot plants automation system. The calculation is made in Microsoft Excel environment, which gives a good base and functions for handling large databases and calculations without any delicate programming. The automation system in pilot plant was reconstructed und updated by Metso Automation Oy during year 2001 and the new system MetsoDNA has good data management properties, which is necessary for big calculations as boiler balance calculation. Two possible methods for calculating boiler balance during test run were found. Either the fuel flow is determined, which is usedto calculate the boiler's mass balance, or the unburned carbon loss is estimated and the mass balance of the boiler is calculated on the basis of boiler's heat balance. Both of the methods have their own weaknesses, so they were constructed parallel in the calculation and the decision of the used method was left to user. User also needs to define the used fuels and some solid mass flowsthat aren't measured automatically by the automation system. With sensitivity analysis was found that the most essential values for accurate boiler balance determination are flue gas oxygen content, the boiler's measured heat output and lower heating value of the fuel. The theoretical part of this work concentrates in the error management of these measurements and analyses and on measurement accuracy and boiler balance calculation in theory. The empirical part of this work concentrates on the creation of the balance calculation for the boiler in issue and on describing the work environment.

Rakennusinvestointien käsittelyprosessin tehostaminen

Suomen valtionhallinnon maaliskuussa 2005 julkaisemat tuloksellisuuden tavoitteet koskettavat kaikkia hallinnonaloja. Maa- ja metsätalousministeriön ohjeistamat Työvoima- ja elinkeinokeskusten maaseutuosastot ovat yksikköjä, joita vaikuttavuus- ja tuloksellisuustavoitteet velvoittavat. Tehokasta elintarviketuotantoa ja maatalouden kustannuskehityksen hallintaa voidaan tarkastella kiinteiden tuotannontekijöiden, kuten maatalousrakennusten ja investointituilla tuetun rakentamisen, vaikuttavuuden kautta. Työn tavoitteena oli tehostaa rakennusinvestointien käsittelyprosessia: kehittää sekä tehostamisen menetelmiä että työväline toiminnan ohjaukseen maa- ja metsätalousministeriölle. Ratkaisuja etsittiin teorian ja empirian pohjalta kehitettävien käsitteistöjen ja menetelmien avulla. Teoriaosuudessa haettiin kirjallisuudesta välineitä joilla prosesseja voitaisiin analysoida, mitata ja kehittää. Prosessimallinnukset, Italian vastaavan järjestelmän tutkimus ja Suomen rakennustoimelle tehty kysely muodostavat empiirisen aineiston, jonka perusteella lopulliset tehostamisen keinot ja konstruktiot kehitettiin. Tehostamisen menetelmäksi kehitettiinaluehallinnolle sovellettu suorituskyvyn mittausjärjestelmä, panosprisma. Tuloksellisuus, vaikuttavuus ja laatu riippuvat työn tuottamisen lähtökohdista. Prosessia voidaan tehostaa kiinnittämällä huomiota tulosohjaukseen, asiakirjojen saatavuuteen ja laatuun, neuvonnan oikea-aikaiseen ajoittuvuuteen ja riittävyyteen sekä tietojärjestelmien kehittämiseen. Näiden avulla voidaan saavuttaa käsittelyprosessin aika- ja kustannussäästöjä, tukivarojen käyttöön saaminen ja hyödynnettävyys paranevat ja tukipäätöksen tuottamisen asiakaspalveluprosessi tehostuu.

Simulating Communication Routes in Mediterranean Alluvial Plains

Societies exchange knowledge, ideas and merchandise throughout their territories. Topography plays a fundamental role in the trajectory of such movements whilst helping to explain the distribution of human constructions. Standard GIS functions have been employed widely to simulate communication routes between settlements, but the straight application of published least cost route models proved inadequate for Mediterranean alluvial plain areas in which seasonal floods become an important factor to acknowledge. The objective of this study is the production of a new model, using topographic and hydrologic factors as variables from which it would be possible to simulate a route, and test it against known Roman itineraries. The selected Roman stretches are Girona – Coll de Pannisars and Tarragona – Montblanc. The new model shows the need to consider each case individually but also stresses the hydrologic factor, expressed in seasonal floods, as being of prime importance in the creation and development of Roman roads in Mediterranean alluvial plains.

Vincenzo Monti traduttore di Voltaire : lingua e stile della "Pulcella d'Orléans"

RESUME : Cette étude est une analyse métrique et stylistique de La Pulcella d'Orléans de Vincenzo Monti - traduction-réécriture de l'homonyme poème de Voltaire, La Pucelle d'Orléans - commencée à Milan en 1798 et terminée à Chambéry, en Savoie, en 1799. Le texte italien a été considéré comme une version autonome par rapport au texte français, étant donné le particulier choix de réduire la composante philosophique et idéologique d'origine, et de mettre en relation le modèle avec une littérature italienne spécifique, principalement par l'adoption d'une grille strophique fortement marquée. La Pulcella est traduite en octaves, un mètre chevaleresque qui possède au moins depuis trois siècles sa propre "grammaire" ainsi qu'une formidable tradition de référence. De plus, avec sa traduction, l'auteur a voulu mettre l'accent sur les aspects de l'histoire les plus amusantes et provocatrices de Jeanne d'Arc - déjà narrée par Voltaire avec un ton ironique et irrévérencieux - dans le but d'une grande expérimentation au niveau de la langue, de la métrique et de la syntaxe. La traduction de la Pucelle est en effet liée à une dimension hédonistique et livresque: elle n'est pas un prétexte pour connaitre une oeuvre étrangère, ni un texte conçu pour être publiée; il s'agit plutôt d'un exercice personnel, un divertissement privé, demeuré dans le tiroir de l'auteur. Alors que pour Voltaire le but principal du poème est la polémique idéologique du fond, exprimée par un registre fort satirique, pour Monti la réécriture est un jeu stylistique, une complaisance littéraire, qui repose autant sur les composantes désacralisantes et provocatrices que sur les éléments poétiques et idylliques. Le modèle français est donc retravaillé, en premier lieu, au niveau du ton: d'un côté la traduction réduit l'horizon idéologique et la perspective historique des événements; de l'autre elle accroît les aspects les plus hédonistiques et ludiques de Voltaire, par la mise en évidence de l'élément comique, plus coloré et ouvert. En raison de la dimension intime de cette traduction, de nos jours la tradition de la Pulcella italienne se fonde sur trois témoins manuscrits seulement, dont un retrouvé en 1984 et qui a rouvert le débat philologique. Pour ma thèse j'ai utilisé l'édition critique qu'on possède à présent, imprimée en 1982 sous la direction de M. Mari et G. Barbarisi, qui se fonde seulement sur deux témoins du texte; de toute façon mon travail a essayé de considérer aussi en compte le nouvel autographe découvert. Ce travail de thèse sur la Pulcella est organisé en plusieurs chapitres qui reflètent la structure de l'analyse, basée sur les différents niveaux d'élaboration du texte. Au début il y a une introduction générale, où j'ai encadré les deux versions, la française et l'italienne, dans l'histoire littéraire, tout en donnant des indications sur la question philologique relative au texte de Monti. Ensuite, les chapitres analysent quatre aspects différents de la traduction: d'abord, les hendécasyllabes du poème: c'est à dire le rythme des vers, la prosodie et la distribution des différents modules rythmiques par rapport aux positions de l'octave. La Pucelle de Voltaire est en effet écrite en décasyllabes, un vers traditionnellement assez rigide à cause de son rythme coupé par la césure; dans la traduction le vers français est rendu par la plus célèbre mesure de la tradition littéraire italienne, l'endécasyllabe, un vers qui correspond au décasyllabe seulement pour le nombre de syllabes, mais qui présente une majeure liberté rythmique pour la disposition des accents. Le deuxième chapitre considère le mètre de l'octave, en mettant l'accent sur l'organisation syntaxique interne des strophes et sur les liens entre elles ; il résulte que les strophes sont traitées de manière différente par rapport à Voltaire. En effet, au contraire des octaves de Monti, la narration française se développe dans chaque chant en une succession ininterrompue de vers, sans solutions de continuité, en délinéant donc des structures textuelles très unitaires et linéaires. Le troisième chapitre analyse les enjambements de la Pulcella dans le but de dévoiler les liaisons syntactiques entre les verses et les octaves, liaisons presque toujours absentes en Voltaire. Pour finir, j'ai étudié le vocabulaire du poème, en observant de près les mots les plus expressives quant à leur côté comique et parodique. En effet, Monti semble exaspérer le texte français en utilisant un vocabulaire très varié, qui embrasse tous les registres de la langue italienne: de la dimension la plus basse, triviale, populaire, jusqu'au niveau (moins exploité par Voltaire) lyrique et littéraire, en vue d'effets de pastiche comique et burlesque. D'après cette analyse stylistique de la traduction, surgit un aspect très intéressant et unique de la réécriture de Monti, qui concerne l'utilisation soit de l'endécasyllabe, soit de l'octave, soit du vocabulaire du texte. Il s'agit d'un jeu constant sur la voix - ou bien sur une variation continue des différents plans intonatives - et sur la parole, qui devient plus expressive, plus dense. En effet, la lecture du texte suppose une variation mélodique incessante entre la voix de l'auteur (sous forme de la narration et du commentaire) et la voix de personnages, qu'on entend dans les nombreux dialogues; mais aussi une variation de ton entre la dimension lexical littéraire et les registres les plus baissés de la langue populaire. Du point de vue de la syntaxe, par rapport au modèle français (qui est assez monotone et linéaire, basé sur un ordre syntactique normal, sur le rythme régulier du decasyllabe et sur un langage plutôt ordinaire), Monti varie et ennoblit le ton du discours à travers des mouvements syntaxiques raffinés, des constructions de la période plus ou moins réguliers et l'introduction de propositions à cheval des vers. Le discours italien est en effet compliquée par des interruptions continues (qui ne se réalisent pas dans des lieux canoniques, mais plutôt dans la première partie du vers ou en proximité de la pointe) qui marquent des changements de vitesse dans le texte (dialogues, narration, commentaires): ils se vérifient, en somme, des accélérations et des décélérations continues du récit ainsi qu'un jeu sur les ouvertures et fermetures de chaque verse. Tout se fait à travers une recherche d'expressivité qui, en travaillant sur la combinaison et le choc des différents niveaux, déstabilise la parole et rend l'écriture imprévisible.

La fourmilière des fourmis des bois

Parmi les constructions réalisées par les insectes dans les régions tempérées, les fourmillières des fourmis des bois sont parmi les plus spectaculaires. Pour abriter leurs sociétés, les fourmis des bois (Formica sous-genre Formica, groupe rufa) construisent de grands dômes de matériel végétal sec (aiguilles de conifères, brindilles, tiges de graminées...). Selon les espèces, le milieu colonisé et la nature des matériaux disponibles, la forme et la taille du nid peuvent varier, mais la fonction reste toujours la même : assurer un abri pour les fourmis et un climat favorable pour le développement de leur couvain (oeufs, larves et nymphes). Grâce à des expériences menées dans le Jura suisse, nous décrivons dans cet article quelques aspects importants de la dynamique de la construction de la fourmillière chez Formica paralugubris. Nous présentons en outre en introduction un historique des précurseurs qui se sont intéressés aux fourmillières et un survol des connaissances acquises jusqu'à nos jours.

Control of gene expression in melanocytes and RPE by conserved distal regulatory elements

Résumé Durant le développement embryonnaire, les cellules pigmentaires des mammifères se développent à partir de deux origines différentes : les melanocytes se développent à partir de la crête neurale alors que les cellules de la rétine pigmentaire (RP) ont une origine neuronale. Un grand nombre de gènes sont impliqués dans la pigmentation dont les gènes de la famille tyrosinase à savoir Tyr, Tyrp1 et Dct. Certaines études ont suggéré que les gènes de la pigmentation sont régulés de manière différentielle dans les mélanocytes et dans la RP. Dans ce travail, les gènes de la famille tyrosinase ont été étudiés comme modèle de la régulation des gènes de la pigmentation par des éléments régulateurs agissant à distance. II a été montré que le promoteur du gène Tyrp1pouvait induire l'expression d'un transgène uniquement dans la RP alors que ce gène est aussi exprimé dans les mélanocytes comme le montre le phénotype des souris mutantes pour Tyrp1. Ce résultat suggère que les éléments régulateurs du promoteur sont suffisants pour l'expression dans la RP mais pas pour l'expression dans les mélanocytes. J'ai donc cherché à identifier la séquence qui régule l'expression dans les mélanocytes. Un chromosome artificiel bactérien (CAB) contenant le gène Tyrp1 s'est avéré suffisant pour induire l'expression dans les mélanocytes, comme démontré par la correction du phénotype mutant. La séquence de ce CAB contient plusieurs régions très conservées qui pourraient représenter de nouveaux éléments régulateurs. Par la suite, j'ai focalisé mon analyse sur une séquence située à -I5 kb qui s'est révélée être un amplificateur spécifique aux mélanocytes comme démontré par des expériences de cultures cellulaire et de transgenèse. De plus, une analyse poussée de cet élément a révélé que le facteur de transcription Sox 10 représentait un transactivateur de cet amplificateur. Comme pour Tyrp1, la régulation du gène tyrosinase est contrôlée par différents éléments régulateurs dans les mélanocytes et la RP. Il a été montré que le promoteur de tyrosinase n'était pas suffisant pour une forte expression dans les mélanocytes et la RP. De plus, l'analyse de la région située en amont a révélé la présence d'un amplificateur nécessaire à l'expression dans les mélanocytes à la position -15 kb. Cet amplificateur n'est toutefois pas actif dans la RP mais agit comme un répresseur dans ces cellules. Ces résultats indiquent que certains éléments nécessaires à l'expression dans les deux types de cellules pigmentaires sont absents de ces constructions. Comme pour Tyrp1, j'ai en premier lieu démontré qu'un CAB était capable de corriger le phénotype albinique, puis ai inséré un gène reporter (lacZ) dans le CAB par recombinaison homologue et ai finalement analysé l'expression du reporter en transgenèse. Ces souris ont montré une expression forte du lacZ dans les mélanocytes et la RP, ce qui indique que le CAB contient les séquences régulatrices nécessaires à l'expression correcte de tyrosinase. Afin de localiser plus précisément les éléments régulateurs, j'ai ensuite généré des délétions dans le CAB et analysé l'expression du lacZ en transgenèse. La comparaison de séquences génomiques provenant de différentes espèces a permis par la suite d'identifier des régions représentant de nouveaux éléments régulateurs potentiels. En utilisant cette approche, j'ai identifié une région qui se comporte comme un amplificateur dans la RP et qui est nécessaire à l'expression de tyrosinase dans ce tissu. De plus, j'ai identifié les facteurs de transcription Mitf et Sox10 comme transactivateurs de l'amplificateur spécifique aux mélanocytes situé à -15 kb. L'identification et la caractérisation des ces éléments régulateurs des gènes tyrosinase et Tyrp1confirme donc que la régulation différentielle des gènes dans les mélanocytes et la RP est liée à des éléments régulateurs séparés. Summary Pigment cells of mammals originate from two different lineages: melanocytes arise from the neural crest, whereas cells of the retinal pigment epithelium (RPE) originate from the optic cup of the developing forebrain. A large set of genes are involved in pigmentation, including the members of the tyrosinase gene family, namely tyrosinase, Tyrp1 and Dct. Previous studies have suggested that pigmentation genes are differentially regulated in melanocytes and RPE. In this work, the tyrosinase gene family was used as a model for studying the involvement of distal regulatory elements in pigment cell-specific gene expression. The promoter of the Tyrp1 gene has been shown to drive detectable transgene expression only to the RPE, even though the gene is also expressed in melanocytes as evident from Tyrp1-mutant mice. This indicates that the regulatory elements responsible for Tyrp1 gene expression in the RPE are not sufficient for expression in melanocytes. I thus searched for a putative melanocyte-specific regulatory sequence and demonstrate that a bacterial artificial chromosome (BAC) containing the Tyrp1 gene and surrounding sequences is able to target transgenic expression to melanocytes and to rescue the Tyrp1 b (brown) phenotype. This BAC contains several highly conserved non-coding sequences that might represent novel regulatory elements. I further focused on a sequence located at -15 kb which I identified as amelanocyte-specific enhancer as shown by cell culture and transgenic mice. In addition, further functional analysis identified the transcription factor Sox10 as being able to bind and transactivate this enhancer. As for Tyrp1, tyrosinase gene regulation is mediated by different cis-regulatory elements in melanocytes and RPE. It was shown that the tyrosinase promoter was not sufficient to confer strong and specific expression in melanocytes and RPE. Moreover, analysis of tyrosinase upstream sequence, revealed the presence of a specific enhancer at position -15 kb which was necessary to confer strong expression in melanocytes. This enhancer element however failed to act as an enhancer in the RPE, but rather repressed expression. This indicates that some regulatory elements required for tyrosinase expression in both RPE and melanocytes are still missing from these constructs. As for Tyrp1, I first demonstrated that a BAC containing the Tyr gene is able to rescue the Tyr c (albino) phenotype in mice, then I inserted a lacZ reporter gene in the BAC by homologous recombination, and finally analysed the pattern of lacZ expression in transgenic mice. These mice showed strong lacZ expression in both RPE and melanocytes, indicating that the BAC contains the regulatory sequences required for proper tyrosinase expression. In order to localize more precisely these regulatory elements, I have then generated several deletions in the BAC and analysed lacZ expression in transgenic mice. Multi-species comparative genomic analysis then allowed identifying conserved sequences that potentially represent novel regulatory elements. Using this experimental approach, I identified a region that behaves as a RPE-specific enhancer and that is required for tyrosinase expression in the retina] pigment epithelium. In addition, I identified the transcription factors Mitf and Sox l0 as being transactivators of the melanocyte-specific enhancer located at -l5 kb. The identification and characterization of these tyrosinase and Tyrp1 distal regulatory element supports the idea that separate regulatory sequences mediate differential gene expression in melanocytes and RPE.