Genome selection in fruit breeding: application to table grapes.

Genomic selection (GS) has recently been proposed as a new selection strategy which represents an innovative paradigm in crop improvement, now widely adopted in animal breeding. Genomic selection relies on phenotyping and high-density genotyping of a sufficiently large and representative sample of the target breeding population, so that the majority of loci that regulate a quantitative trait are in linkage disequilibrium with one or more molecular markers and can thus be captured by selection. In this study we address genomic selection in a practical fruit breeding context applying it to a breeding population of table grape obtained from a cross between the hybrid genotype D8909-15 (Vitis rupestris × Vitis arizonica/girdiana), which is resistant to dagger nematode and Pierce?s disease (PD), and ?B90-116?, a susceptible Vitis vinifera cultivar with desirable fruit characteristics. Our aim was to enhance the knowledge on the genomic variation of agronomical traits in table grape populations for future use in marker-assisted selection (MAS) and GS, by discovering a set of molecular markers associated with genomic regions involved in this variation. A number of Quantitative Trait Loci (QTL) were discovered but this method is inaccurate and the genetic architecture of the studied population was better captured by the BLasso method of genomic selection, which allowed for efficient inference about the genetic contribution of the various marker loci. The technology of genomic selection afforded greater efficiency than QTL analysis and can be very useful in speeding up the selection procedures for agronomic traits in table grapes.

Efeito de sistemas de manejo, consorciação e adubação sobre o crescimento de coqueiros.

O experimento foi realizado em área de baixada litorânea do Estado de Sergipe, com o objetivo de avaliar o efeito do manejo das entrelinhas e do cultivo consorciado sobre o crescimento de coqueiros da variedade gigante-do-Brasil aos 18, 29 e 46 meses de idade, cultivados em sequeiro, em solo do tipo Latossolo Amarelo distrófico. Comparou-se o efeito da gradagem e da roçagem mecânica para controle da vegetação natural, em relação ao cultivo consorciado com mandioca e à testemunha, onde se utilizou controle manual das plantas daninhas. Avaliou-se também a alternância da gradagem no período seco e roçagem no período chuvoso. Nas subparcelas, testou-se o efeito da adubação dos coqueiros e da mandioca em presença e ausência. Os resultados obtidos aos 18 meses de idade indicaram superioridade dos tratamentos que fizeram uso da gradagem em relação à maioria dos parâmetros de crescimento avaliados. O cultivo consorciado apresentou nesta fase, valores significativamente inferiores, com destaque para o menor número de folhas vivas. As avaliações subsequentes realizadas aos 29 meses, confirmada aos 46, demonstraram a recuperação do consórcio, o qual se equiparou aos tratamentos com gradagem que apresentaram os melhores resultados. Os tratamentos que utilizaram somente roçagem no controle dasplantas daninhas se refletiram no menor crescimento dos coqueiros. Embora tenha sido observada interação positiva para o fator adubação para a maioria dos tratamentos, este efeito foi superado pelomanejo das entrelinhas que condicionou o crescimento das plantas.

Gênese e evolução da pesquisa agropecuária no Brasil: da instalação da corte portuguesa ao inicio da Republica.

Trata-se do primeiro ensaio de uma trilogia que analisa o processo evolutivo das instituições de pesquisa agropecuária no Brasil, relacionando a dinâmica dessa trajetória com as transformações sociopolíticas e econômicas que, em última instância, a determina. A criação do Jardim Botânico, em 1808, é o primeiro marco institucional de pesquisa agrícola no Brasil. Em 1859, estando o País sob nova égide política, surgem os primeiros institutos de pesquisa agrícola, por decretos do Imperador Pedro I: são os Imperiais Institutos da Bahia, Rio de Janeiro, Pernambuco, Sergipe e Rio Grande do Sul. Apenas os Institutos Baiano e Fluminense chegaram a funcionar efetivamente. Nesse período, muitos trabalhos foram realizados, destacando-se a introdução e seleção de espécies animais e vegetais, fertilidade do solo, combate a pragas e doenças, multiplicação assexuada de plantas, produção e distribuição de sementes e mudas. O advento da República viria golpear mortalmente esses Institutos, terminando por inviabilizá-los, juntamente com o Ministério da Agricultura, extinto depois de 32 anos de existência.

Predição de ganhos genéticos via modelos mistos em progênies de café Conilon.

Objetivou-se, neste trabalho, avaliar os ganhos genéticos preditos por meio de diferentes índices de seleção pela metodologia REML/BLUP, em cinco caracteres de interesse ao programa de melhoramento do café conilon do Incaper. Foram avaliadas 8 progênies de meios-irmãos, de ciclo de maturação precoce, média de duas safras, com três repetições, o que totalizou 1368 observações, utilizados os índices de seleção clássico, multiplicativo e com base na soma de postos. Avaliaramse, na época de colheita, as características tamanho dos grãos (TG), produtividade (PRO), porte (PT), vigor vegetativo (VIG) e grau de inclinação (GI). A população foi avaliada na Fazenda Experimental de Marilândia, região Noroeste do estado do Espírito Santo. As análises genético-estatísticas foram realizadas pelo programa Selegen - REM/BLUP. Verificou-se, a partir da análise dos parâmetros genéticos, um excelente potencial seletivo entre famílias, para todas as características avaliadas. O índice Mulamba e Mock foi o que mostrou maior eficiência de seleção entre famílias de meios-irmãos de café conilon.

Physical soil attributes of Conilon coffee (Coffea canephora) under organic and conventional management systems.

Coffea sp. is cultivated in large areas, using both conventional and organic management. However, information about the sustainability of these two management systems is still deficient. The objective of the present study was to evaluate the physical properties of soil cultivated with Conilon coffee (C. canephora) under organic and conventional management. Two areas cultivated with Conilon coffee (under organic and conventional management) and a fragment of Atlantic forest, used as a reference, were selected for the experiment. Soil granulometry, hydraulic conductivity, water retention curve, resistance to penetration, porosity, optimal hydric interval, and other physical characteristics were measured at depths of 0 to 10 and 10 to 20 cm. The data was submitted to multivariate and descriptive statistical analyses. Higher similarity was observed between the soil cultivated with Conilon coffee under organic management and the Atlantic forest soil. Soil resistance to penetration at 10, 30, 100, 500 and 1500 kPa, macro porosity, density and total porosity were the main physical properties that differentiated both management systems studied. The non-use of agricultural machinery and the addition of organic matter may be the main reasons for higher soil sustainability observed under organic management when compared with the conventional system.

Humified fraction of organic matter due to plant mixture cultivation.

The aim of this study was to assess the organic matter changes in quantity and quality, particularly of the humic fraction in the surface layer (0?20 cm), of a Typic Plinthustalf soil under different management of plant mixtures used as green manure for mango (Mangifera indica L.) crops. The plant mixtures, which were seeded between rows of mango trees, were formed by two groups of leguminous and non -leguminous plants. Prior to sowing, seeds were combined in different proportions and compositions constituting the following treatments: 100% non-leguminous species (NL); 100% leguminous species (L); 75% L and 25% NL; 50% L and 50% NL; 25% L and 75% NL; and 100% spontaneous vegetation, considered a control. The plant mixtures that grew between rows of mango trees caused changes in the chemical composition of the soil organic matter, especially for the treatments 50% L and 50% NL and 25% L and 75% NL, which increased the content of humic substances in the soil organic matter. However, the treatment 25% L and 75% NL was best at minimising loss of total organic carbon from the soil. The humic acids studied have mostly aliphatic characteristics, showing large amounts of carboxylic and nitrogen groups and indicating that most of the organic carbon was formed by humic substances, with fulvic acid dominating among the alkali soluble fractions.

Qualidade da biomassa em híbridos de capim-elefante para fins energéticos.

Além do uso como forrageira, o capim-elefante vem sendo utilizado como fonte de energia alternativa. Isso se deve pela sua alta capacidade de produção de biomassa. É desejável que essa biomassa tenha alto teor de fibras e baixo de cinzas, por isso há necessidade de se obter materiais genéticos com essas características. Com isso, o objetivo deste trabalho foi avaliar as características químicas dos híbridos de capim-elefante e dos seus genitores para produção de biomassa energética. O experimento foi conduzido na Empresa de Pesquisa Agropecuária do Estado do Rio de Janeiro, localizada em Campos dos Goytacazes, nos anos de 2011 e 2012. Foram efetuados dois cortes onde foram avaliadas: Porcentagem de cinzas (%CIN); fibra de detergente neutro (%FDN) e ácido (%FDA); celulose (%CEL); hemicelulose (%HEM); e lignina (%LIG). O delineamento foi em blocos ao acaso, com três repetições. Os tratamentos foram quatro genitores femininos, quatro genitores masculinos, 16 híbridos obtidos em esquema de cruzamento em dialelo parcial e uma testemunha. As médias foram comparadas pelo teste de Tukey (P < 0,05). Em relação às características avaliadas no presente estudo, as combinações híbridas H1, H3, H5, H7, H9 e os genitores P4 e P6 possuem boas qualidades de biomassa e, com isso, apresentam potencial para uso para fins energéticos.

Doppler ultrasound in the diagnosis of early pregnancy in sheep.

2016

Correlations between testicular surface temperatures measured by infrared thermography and seminal parameters in rams of distinct genotypic groups.

The aim of this study was to correlate the testicular surface temperature with rectal temperature and semen quality in rams of different genotypic groups.

Follicular population on the estimation of the superovulatory response in Santa Ines sheep.

The aim was to verify the correlation between follicular population count, superovulatory response and the recovery of viable structures in the in vivo production of sheep embryos. In conclusion, there is a median correlation between follicular population observed by ultrasonography and viable recovered structures after superovulation protocol. Therefore, this tool is not indicated as a screening tool, alone, in the selection of Santa Inês sheep embryo donors.

Follicular wave synchronization on in vivo embryo production in Santa Ines sheep.

This study aimed to evaluate two hormonal protocols for synchronization of follicular wave emergence on in vivo embryo production in Santa Ines sheep under tropical conditions. The greater PRCL rate in GT probably contributed to the smaller number of viable embryos. Thus, it is suggested the appliance indicated the GEm protocol for in vivo embryo production in Santa Ines sheep under tropical conditions.

Influence of mini-Percoll techniques in sperm capacitation and plasma membrane integrity of ram frozen-thawed sperm.

2016

Reproductive seasonality in Saanen goats managed in southeast Brazil.

The aim of this study was to characterize the reproductive seasonality during the period of one year in Saanen goats managed in southeastern Brazil These results endorse hormonal methods (estrus synchronization and induction of synchronized estrus) or natural (male effect, flushing or light treatment) more appropriate according to the time of year in the region. Saanen goats, managed under tropical climate in southeastern Brazil, have a breeding season set from March until mid-August with the transitional phase to the anestrus in September. It is extends to mid-December at the new one transition phase for the reproductive season in March.

Route of Oxytocin administration and nonsurgical embryo recovery in Santa Inês ewes after induction synchronous estrus.

Oxytocin has been used to promote cervical dilation with the objective to access uterus both in artificial insemination and transcervical embryo recovery in sheep and goats. The objective of this study was to test the effect of two routes of oxytocin administration on nonsurgical embryo recovery efficiency in Santa Inês ewes after induction of synchronous estrus. Results of this study showed that nonsurgical transcervical embryo recovery can be efficiently done in some ewes; a higher number of individuals is needed to conclude that transcervical embryo recovery can be efficiently done in ewes and surgery embryo collections can be avoided in near to 60% of pluriparous Santa Inês ewes; and that the route of oxytocin administration did not affect the parameters evaluated.

Manejo inadequado do solo e reflexo na qualidade dos recursos hídricos superficiais e subterrâneos em São José de Ubá/ Noroeste do Estado do RJ.

O objetivo do trabalho é avaliar como o manejo inadequado do solo e da água, principalmente nas atividades agrícolas, tem interferido na qualidade das águas superficiais e subterrâneas de São José de Ubá, município do Noroeste Fluminense. Foram realizadas cinco campanhas para monitorar 31 pontos de coleta de água, estes incluíram poços profundos e rasos, nascentes e pontos superficiais. Nas amostras coletadas foram analisados diversos cátions e ânions, materiais sólidos da água, alcalinidade total, nitrogênio total, fósforo total, parâmetros biológicos, temperatura, pH e Condutividade Elétrica. Os resultados das análises foram confrontados com os limites estabelecidos pelo CONAMA 357/05 (classe 2) para águas superficiais e CONAMA 396/08 para águas subterrâneas (consumo humano) e apontam para o comprometimento da qualidade das águas do município. Esta degradação está ligada as atividades antrópicas, principalmente as relacionadas a agropecuária. O uso excessivo de fertilizantes e pesticidas, excrementos de animais e esgotos domésticos estão entre as principais fontes poluidoras da área de estudo. Portanto, as águas de São José de Ubá devem continuar sendo monitoradas, para que a avaliação da qualidade de seus recursos hídricos continue sendo realizada, a fim de se evitar um maior comprometimento da diversidade dos sistemas aquáticos, bem como da saúde humana.