Investigation of candidate division TM7, a recently recognized major lineage of the domain bacteria with no known pure-culture representatives

A molecular approach was used to investigate a recently described candidate division of the domain Bacteria, TM7, currently known only from environmental 16S ribosomal DNA sequence data, A number of TM7-specific primers and probes were designed and evaluated. Fluorescence in situ hybridization (FISH) of a laboratory scale bioreactor using two independent TM7-specific probes revealed a conspicuous sheathed-filament morphotype, fortuitously enriched in the reactor. Morphologically, the filament matched the description of the Eikelboom morphotype 0041-0675 widely associated with bulking problems in activated-sludge wastewater treatment systems. Transmission electron microscopy of the bioreactor sludge demonstrated that the sheathed-filament morphotype had a typical gram-positive cell envelope ultrastructure. Therefore, TM7 is only the third bacterial lineage recognized to have gram-positive representatives. TM7-specific FISH analysis of two full-scale wastewater treatment plant sludges, including the one used to seed the laboratory scale reactor, indicated the presence of a number of morphotypes, including sheathed filaments. TM7-specific PCR clone libraries prepared from the two full-scale sludges yielded 23 novel TM7 sequences. Three subdivisions could be defined based on these data and publicly available sequences. Environmental sequence data and TM7-specific FISH analysis indicate that members of the TM7 division are present in a variety of terrestrial, aquatic, and clinical habitats. A highly atypical base substitution (Escherichia coli position 912; C to U) for bacterial 16S rRNAs was present in almost all TM7 sequences, suggesting that TM7 bacteria, like Archaea, may be streptomycin resistant at the ribosome level.

NMR analysis of covalent intermediates in thiamin diphosphate enzymes

Enzymic catalysis proceeds via intermediates formed in the course of substrate conversion. Here, we directly detect key intermediates in thiamin diphosphate (ThDP)-dependent enzymes during catalysis using H-1 NMR spectroscopy. The quantitative analysis of the relative intermediate concentrations allows the determination of the microscopic rate constants of individual catalytic steps. As demonstrated for pyruvate decarboxylase (PDC), this method, in combination with site-directed mutagenesis, enables the assignment of individual side chains to single steps in catalysis. In PDC, two independent proton relay systems and the stereochemical control of the enzymic environment account for proficient catalysis proceeding via intermediates at carbon 2 of the enzyme-bound cofactor. The application of this method to other ThDP-dependent enzymes provides insight into their specific chemical pathways.

Abnormal left ventricular filling with increasing age reflects abnormal myocardial characteristics independent of ischemia or hypertrophy

Abnormal left ventricular (IV) filling may occur with increasing age despite apparently normal IV size and function, and is usually attributed to IV hypertrophy and coronary artery disease. The purpose of this study was to determine whether myocardial abnormalities could be identified in 67 such patients (36 men, mean age 57 +/- 9 years) whose IV hypertrophy and coronary artery disease were excluded by dobutamine echocardiography. All patients underwent gray scale and color tissue Doppler imaging from 3 apical views, which were stored and analyzed off line. Disturbances in structure and function were assessed by averaging the cyclic variation of integrated backscatter, strain rate, and peak systolic strain from each myocardial segment. Calibrated integrated backscatter (corrected for pericardial backscatter intensity) was measured in the septum and posterior wall from the parasternal long-axis view. Abnormal IV filling was present in 36 subjects (54%). Subjects with and without abnormal IV filling had similar IV mass, but differed in age (p <0.01), cyclic variation (p = 0.001), strain rate (p <0.01), and peak systolic strain (p <0.001). Multivariate logistic regression analysis demonstrated that age (p = 0.016) and cyclic variation (p = 0.042) were the most important determinants of abnormal IV filling in these apparently normal subjects. (C) 2003 by Excerpta Medica, Inc.

Characterization of E-cadherin endocytosis in isolated MCF-7 and Chinese hamster ovary cells - The initial fate of unbound E-cadherin

The endocytosis of E-cadherin has recently emerged as an important determinant of cadherin function with the potential to participate in remodeling adhesive contacts. In this study we focused on the initial fate of E-cadherin when it predominantly exists free on the cell surface prior to adhesive binding or incorporation into junctions. Surface-labeling techniques were used to define the endocytic itinerary of E-cadherin in MCF-7 cells and in Chinese hamster ovary cells stably expressing human E-cadherin. We found that in this experimental system E-cadherin entered a transferrin-negative compartment before transport to the early endosomal compartment, where it merged with classical clathrin-mediated uptake pathways. E-cadherin endocytosis was inhibited by mutant dynamin, but not by an Eps15 mutant that effectively blocked transferrin internalization. Furthermore, sustained signaling by the ARF6 GTPase appeared to trap endocytosed E-cadherin in large peripheral structures. We conclude that in isolated cells unbound E-cadherin on the cell surface is predominantly endocytosed by a clathrin-independent pathway resembling macropinocytotic internalization, which then fuses with the early endosomal system. Taken with earlier reports, this suggests the possibility that multiple pathways exist for E-cadherin entry into cells that are likely to reflect cell context and regulation.

Intramolecular electron transfer in a bacterial sulfite dehydrogenase

Sulfite dehydrogenase (SDH) from Starkeya novella, a sulfite-oxidizing molybdenum-containing enzyme, has a novel tightly bound αβ-heterodimeric structure in which the Mo cofactor and the c-type heme are located on different subunits. Flash photolysis studies of intramolecular electron transfer (IET) in SDH show that the process is first-order, independent of solution viscosity, and not inhibited by sulfate, which strongly indicates that IET in SDH proceeds directly through the protein medium and does not involve substantial movement of the two subunits relative to each other. The IET results for SDH contrast with those for chicken and human sulfite oxidase (SO) in which the molybdenum domain is linked to a b-type heme domain through a flexible loop, and IET shows a remarkable dependence on sulfate concentration and viscosity that has been ascribed to interdomain docking. The results for SDH provide additional support for the interdomain docking hypothesis in animal SO and clearly demonstrate that dependence of IET on viscosity and sulfate is not an inherent property of all sulfite-oxidizing molybdenum enzymes.

Independent contribution of plaque complexity to myocardial ischemia during Dobutamine stress echocardiography

The influence of complex plaque morphology on the extent of demand-induced ischemia in unselected patients is not well defined. We sought to investigate the functional significance of lesion morphology in patients who underwent coronary angiography and dobutamine stress echocardiography (DSE).,Angiography and DSE were performed within a 6-month period (mean 1 +/- 1 month) in 196 patients. Angiographic assessments involved quantification of stenosis severity, assessment of the extent of jeopardized myocardium, and categorization of plaque morphology according to the Ambrose classification. DSE was interpreted by separate investigators with respect to wall motion score index (WMSI) and number of coronary territories involved. A general linear model was constructed to assess,the independent contribution of patient characteristics and angiographic and DSE results with respect to extent of ischemic myocardium. Complex lesion morphology was seen in 62 patients (32%). Patients with complex lesions were more likely to have had prior myocardial infarction (p < 0.001) and be current smokers (p = 0.03). During angiography, they exhibited a trend toward a greater number of diseased vessels, had a greater coronary jeopardy score (p < 0.001) and more frequent collateral flow (p = 0.03). During echocardiography, patients had a higher stress WMSI (p < 0.001) and were more likely to show ischemia in all 3 arterial territories (p < 0.01). On multivariate regression, the coronary artery jeopardy score and the presence of complex plaque morphology were independent predictors of the extent of ischemic myocardium (R 2 = 34%, p < 0.001). Thus, patients with complex plaque morphology are older, more likely to smoke, and more likely to have had prior myocardial. infarction. They exhibit more extensive disease with higher coronary jeopardy scores and a higher resting and peak stress WMSI. Despite these differences, complex plaque morphology remains an independent predictor of the extent of ischemia during stress. (C) 2003 by Excerpta Medica, Inc.

Investigation of the vapor-phase grafting of styrene onto PFA

Poly(tetrafluoroethylene-co-perfluoropropyI vinyl ether), PFA, was grafted with styrene from the vapor phase using a simultaneous radiation grafting method. The graft yields were measured as a function of the dose and dose rate and were found to be initially linearly dependent on the dose and independent of the dose rate up to dose rates of similar to3 kGy/h. However, at a dose rate of 6.2 kGy/h, the slope of the yield-grafting time plot decreased. Raman depth profiles of the grafts showed that the polystyrene concentrations were greatest near the surface of the grafted samples and decreased with depth. The maximum penetration depth of the graft depended on the radiation dose for a fixed dose rate. Fmoc-Rink loading tests showed that the grafts displayed superior loading compared to grafts prepared from bulk styrene or from styrene solutions other than methanol.

Caminhos da sustentabilidade para o cinema brasileiro

O artigo pretende mostrar as dificuldades de sustentabilidade da atividade cinematogr??fica brasileira. Com base na an??lise da cadeia produtiva, na estrutura tribut??ria e nas falhas da legisla????o de incentivo fiscal, prop??e-se a exist??ncia de um ciclo vicioso de depend??ncia aos incentivos fiscais. Tendo em vista as dificuldades de acesso a salas de cinema, devido, entre outros fatores, ao baixo poder aquisitivo da popula????o e ?? concentra????o geogr??fica de cinemas nas grandes cidades, prop??e-se uma parceria efetiva entre cinema e televis??o, facilitada pela tecnologia digital. Isso implicar?? altera????es na legisla????o atual, bem como a cria????o de regras regulat??rias, como forma de ampliar o acesso de filmes nacionais ?? grade de programa????o televisiva e tamb??m de viabilizar, em termos industriais, essa atividade econ??mica.

Forma????o das elites pol??tico-administrativas no Brasil: as institui????es de pesquisa econ??mica aplicada

O presente estudo mostra o papel desempenhado pelas institui????es de pesquisa econ??mica, na forma????o das elites administrativas encarregadas da gest??o das pol??ticas macroecon??micas no Brasil, e como elas contribu??ram para a transforma????o de seus membros em importantes interlocutores pol??ticos. S??o, assim, analisados os mais significativos organismos governamentais e n??o-governamentais de pesquisa econ??mica aplicada, como o Ibre/FGV, o Ipea e a Fipe/USP. Alguns aspectos principais se destacam. Como think tanks, isto ??, ag??ncias independentes, mas produtoras de subs??dios para as pol??ticas governamentais, estes institutos s??o espa??os intermedi??rios entre o mundo acad??mico e o governo, a?? residindo sua particularidade. Indica-se ainda a import??ncia dos v??nculos estabelecidos entre estas institui????es de pesquisa, universidades americanas e organismos internacionais. Isso permitiu, relativamente, uma grande homogeneidade dos paradigmas te??ricos e pol??ticos orientadores das a????es dos gestores das pol??ticas econ??micas no pa??s, afinados com aqueles em vigor em ag??ncias como FMI, Banco Mundial, etc. Por fim, deve-se mencionar a quest??o da instabilidade institucional. Refletindo caracter??sticas mais amplas do sistema pol??tico brasileiro, as ag??ncias de pesquisa, especialmente as governamentais, t??m seu destino definido por vari??veis contingenciais, tais como o peso pol??tico de um patrono que as prestigie junto aos ??rg??os financiadores ou demandadores de encomendas p??blicas.

Memória e experiência no cinema de Wim Wenders - evidências de um diálogo com a filosofia de Walter Benjamin : cenas para uma educação dos sentidos

Esta dissertação apresenta o resultado de uma pesquisa, de cunho teórico, cujo escopo é apreender, na obra fílmica de Wim Wenders, o percurso estético narrativo que esse cineasta faz, tendo como eixo central de discussão o conceito de memória e experiência. As perguntas que norteiam a pesquisa são: de que forma a estética fílmica dos filmes de Wenders elabora a memória e como esta está vinculada à ideia de experiência? De que forma o fazer fílmico desse cineasta pode ser uma referência e estímulo para o âmbito da educação, em especial para a formação dos sentidos? A pesquisa propõe uma tríade dialógica entre cinema, filosofia e educação. Para tanto, traça um panorama sobre a estética de alguns filmes de Wenders em diálogo com a filosofia ensaística de Walter Benjamin. O principal objeto de análise é o filme Alice nas cidades (WENDERS, 1973). Com isso, pretende-se estabelecer um diálogo e traçar um paralelo (relação) entre os conceitos de experiência e memória, presentes na estética fílmica de Wenders, e o conceito de memória e experiência tal como apresentada em alguns ensaios benjaminianos. A hipótese principal considera que a memória coletiva e a experiência fazem par e caminham com a história da educação, e são elementos fundamentais para a formação dos sentidos. A compreensão desses dois conceitos, a partir de uma perspectiva crítica, pode ensejar uma experiência e formação estética que produzem as condições de possibilidade para a contraposição à barbárie que conduz à pobreza da experiência, também entendida como regressão dos sentidos. A segunda hipótese é de que o conceito de memória e experiência no cinema de Wim Wenders expressa uma estética comprometida na construção de uma expressão artística que dirige a atenção à ressurgência do passado no presente, isto é, evidências da experiência e da memória na linguagem cinematográfica. O esforço da pesquisa pode ser resumido na tentativa de um exercício de análise e discussão teórica em torno da relação entre educação e cinema. Para tanto, apontam-se, por meio da obra cinematográfica de Wenders, evidências de aproximação com o pensamento de Benjamin, em especial com relação aos conceitos de memória e experiência, tal como se apresenta no percurso criativo do cineasta. Tais conceitos contribuem, por meio da obra de Wenders, em diálogo com a filosofia de Benjamin, para produzirem um contraponto à educação estética na formação do professor.

Entre imagens cinema e imagens escola, movimentando o pensamento com a formação de professores

A presente pesquisa aborda o estudo dos movimentos do pensamento nas redes formação com professores no Ensino Fundamental. Procura problematizar a constituição de processos formativos não dogmáticos nos cotidianos escolares, pela articulação de imagens cinema e imagens escola, exibidas, compartilhadas e criadas nas redes de conversações em uma escola municipal de Vitória/ES, entre os anos de 2013 a 2014. Apresenta um campo problemático que se dedica a compreender que movimentos do pensamento são produzidos a partir do uso de imagens cinema nas redes de conversações com professores em formação continuada, a partir de uma cartografia de pesquisa que articula o mapeamento de virtualidades presentes no banco de teses da CAPES e as cinecartografias do cotidiano escolar em duas dobras do tempo. Tece um debate teórico que se compõe pelas linhas de pensamento, principalmente, de Bergson (2006a; 2006b), Carvalho (2008; 2009; 2010; 2012) Deleuze (1988; 1991; 1992; 1995; 1996; 2003; 2006; 2007; 2010; 2011), Foucault (1979; 1999. 2006a; 2006b; 2008), Guéron (2010; 2011), Pelbart (2011), Sauvagnargues (2009), dentre outros. As opções teórico-metodológicas estabelecem uma pesquisa de campo na intercessão entre os estudos com o cotidiano escolar e os da pesquisa cartográfica, tomando o plano de imanência como mundo material para a ocorrência de acontecimentos. Utiliza, para a produção de dados a observação participante, os registros em diário de campo, considerados como uma descrição cristalina, assim como, as narrativas cristalinas que emergiam nas redes de conversações com as personagens-escolas (docentes), que se configuram como imagensnarrativas de pesquisa. Organiza o debate dos dados produzidos em sete capítulos. Apresenta como considerações três principais agrupamentos do movimento do pensamento nas redes de conversações com professores provocados pelas imagens cinema: cinescola-clichês, imagensformação docente e cristaisescolas. Destaca que não há uma realidade que comporte uma só verdade sobre a formação com professores, mas o que existe são cortes, percepções, afecções e produções de verdades que entrelaçam os diferentes modos de existir e reexistir na educação brasileira. As telasescolas, assim como as telas do cinema, apresentam e nos cercam com um mundo que articula um cinescola-clichê, imagensformação docente e cristaisescolas, que para além do pensamento reto e dogmático, exibem entre imagens cinema e imagens escolas, outros movimentos do pensamento com a formação de professores, sendo capazes de potencializar as pesquisas educacionais a não ir em ‘busca de um tempo perdido, mas de um tempo a ser redescoberto’, fazendo crer ainda mais nesse mundo e na educação.