Impact of phenotype definition on genome-wide association signals: empirical evaluation in human immunodeficiency virus type 1 infection.

Discussion on improving the power of genome-wide association studies to identify candidate variants and genes is generally centered on issues of maximizing sample size; less attention is given to the role of phenotype definition and ascertainment. The authors used genome-wide data from patients infected with human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) to assess whether differences in type of population (622 seroconverters vs. 636 seroprevalent subjects) or the number of measurements available for defining the phenotype resulted in differences in the effect sizes of associations between single nucleotide polymorphisms and the phenotype, HIV-1 viral load at set point. The effect estimate for the top 100 single nucleotide polymorphisms was 0.092 (95% confidence interval: 0.074, 0.110) log(10) viral load (log(10) copies of HIV-1 per mL of blood) greater in seroconverters than in seroprevalent subjects. The difference was even larger when the authors focused on chromosome 6 variants (0.153 log(10) viral load) or on variants that achieved genome-wide significance (0.232 log(10) viral load). The estimates of the genetic effects tended to be slightly larger when more viral load measurements were available, particularly among seroconverters and for variants that achieved genome-wide significance. Differences in phenotype definition and ascertainment may affect the estimated magnitude of genetic effects and should be considered in optimizing power for discovering new associations.

Différences induites par la définition des périodes diurnes et nocturnes sur la pression artérielle et le dipping lors d'une mesure ambulatoire de la pression artérielle [Effects of nighttime and daytime interval definition on blood pressure and dipping in patients referred for ambulatory blood pressure measurement].

Ambulatory blood pressure monitoring (ABPM) has become indispensable for the diagnosis and control of hypertension. However, no consensus exists on how daytime and nighttime periods should be defined. OBJECTIVE: To compare daytime and nighttime blood pressure (BP) defined by an actigraph and by body position with BP resulting from arbitrary daytime and nighttime periods. PATIENTS AND METHOD: ABPM, sleeping periods and body position were recorded simultaneously using an actigraph (SenseWear Armband(®)) in patients referred for ABPM. BP results obtained with the actigraph (sleep and position) were compared to the results obtained with fixed daytime (7a.m.-10p.m.) and nighttime (10p.m.-7a.m.) periods. RESULTS: Data from 103 participants were available. More than half of them were taking antihypertensive drugs. Nocturnal BP was lower (systolic BP: 2.08±4.50mmHg; diastolic BP: 1.84±2.99mmHg, P<0.05) and dipping was more marked (systolic BP: 1.54±3.76%; diastolic BP: 2.27±3.48%, P<0.05) when nighttime was defined with the actigraph. Standing BP was higher (systolic BP 1.07±2.81mmHg; diastolic BP: 1.34±2.50mmHg) than daytime BP defined by a fixed period. CONCLUSION: Diurnal BP, nocturnal BP and dipping are influenced by the definition of daytime and nighttime periods. Studies evaluating the prognostic value of each method are needed to clarify which definition should be used.

FOSS License Selection and Code Management

With nearly 2,000 free and open source software (FLOSS) licenses, software license proliferation¿ can be a major headache for software development organizations trying to speed development through software component reuse, as well as companies redistributing software packages as components of their products. Scope is one problem: from the Free Beer license to the GPL family of licenses to platform-specific licenses such as Apache and Eclipse, the number and variety of licenses make it difficult for companies to ¿do the right thing¿ with respect to the software components in their products and applications. In addition to the sheer number of licenses, each license carries within it the author¿s specific definition of how the software can be used and re-used. Permissive licenses like BSD and MIT make it easy; software can be redistributed and developers can modify code without the requirement of making changes publicly available. Reciprocal licenses, on the other hand, place varying restrictions on re-use and redistribution. Woe to the developer who snags a bit of code after a simple web search without understanding the ramifications of license restrictions.

Wigner higher-order spectra: definition, properties, computation and application to transient signal analysis

The Wigner higher order moment spectra (WHOS)are defined as extensions of the Wigner-Ville distribution (WD)to higher order moment spectra domains. A general class oftime-frequency higher order moment spectra is also defined interms of arbitrary higher order moments of the signal as generalizations of the Cohen’s general class of time-frequency representations. The properties of the general class of time-frequency higher order moment spectra can be related to theproperties of WHOS which are, in fact, extensions of the properties of the WD. Discrete time and frequency Wigner higherorder moment spectra (DTF-WHOS) distributions are introduced for signal processing applications and are shown to beimplemented with two FFT-based algorithms. One applicationis presented where the Wigner bispectrum (WB), which is aWHOS in the third-order moment domain, is utilized for thedetection of transient signals embedded in noise. The WB iscompared with the WD in terms of simulation examples andanalysis of real sonar data. It is shown that better detectionschemes can be derived, in low signal-to-noise ratio, when theWB is applied.

A peptide inhibitor of c-Jun N-terminal kinase protects against both aminoglycoside and acoustic trauma-induced auditory hair cell death and hearing loss.

Hearing loss can be caused by a variety of insults, including acoustic trauma and exposure to ototoxins, that principally effect the viability of sensory hair cells via the MAP kinase (MAPK) cell death signaling pathway that incorporates c-Jun N-terminal kinase (JNK). We evaluated the otoprotective efficacy of D-JNKI-1, a cell permeable peptide that blocks the MAPK-JNK signal pathway. The experimental studies included organ cultures of neonatal mouse cochlea exposed to an ototoxic drug and cochleae of adult guinea pigs that were exposed to either an ototoxic drug or acoustic trauma. Results obtained from the organ of Corti explants demonstrated that the MAPK-JNK signal pathway is associated with injury and that blocking of this signal pathway prevented apoptosis in areas of aminoglycoside damage. Treatment of the neomycin-exposed organ of Corti explants with D-JNKI-1 completely prevented hair cell death initiated by this ototoxin. Results from in vivo studies showed that direct application of D-JNKI-1 into the scala tympani of the guinea pig cochlea prevented nearly all hair cell death and permanent hearing loss induced by neomycin ototoxicity. Local delivery of D-JNKI-1 also prevented acoustic trauma-induced permanent hearing loss in a dose-dependent manner. These results indicate that the MAPK-JNK signal pathway is involved in both ototoxicity and acoustic trauma-induced hair cell loss and permanent hearing loss. Blocking this signal pathway with D-JNKI-1 is of potential therapeutic value for long-term protection of both the morphological integrity and physiological function of the organ of Corti during times of oxidative stress.

Improving component management in an electronics company

Elektroniikka alalla tuotteet sisältävät yhä enemmän ja enemmän komponentteja joiden käyttöä yrityksen tulee hallita. Viime-aikaiset ympäristömääräykset ja lainsäädännöt ovat lisänneet yritysten painetta hallita käyttämiään komponentteja ja niiden tietoa tehokkaasti. Tässä työssä on tutkittu kolmen palveluntarjoajan tarjoamaa komponentinhallinta palvelua verrattunamahdolliseen talon omaan komponentti-insinööriin. Jotta tutkittuja vaihtoehtoja pystyisi vertailemaan, selvitettiin asiantuntija haastatteluja käyttäen komponenttien hallinnan erityispiirteet. Erityispiirteet yhdessä yrityksen vaatimuksien kanssa muodostivat kriteristön johon tutkittuja palveluja vertaillaan. Kriteeristö koostuu kahdeksasta osasta jotka puolestaan voidaan jaotella kolmeen ryhmään niiden keston ja luonteen mukaan. Neljän kriteerin katsottiin olevan tärkeämpiä kuin toiset, joten niille annettiin suurempi painoarvo palveluja vertailtaessa. Kaikki tutkitut palvelut täyttävät osan kriteereistä mutta mikään ei yksistään tarjoa riittävän kattavaa ratkaisua kohdeyrityksen ongelmiin. Suurimmat ongelmat yrityksellä ovat sisäisessä tiedonkulussa ja tietokantojen ja järjestelmien ylläpidossa ja hallinnassa. Jotta nämä ongelmat saataisiin ratkaistua on yrityksen saatava komponenttiprosessit toimimaan sekä tietokanta ajantasalle. Nämä tavoitteet saavutetaan vain jos yrityksessä on joku hoitamassa asiaa sisältä päin. Tutkitut kolme palvelua eivät tällaista sisäistä resurssia tarjoa vaan keskittyvät vain ulkoapäin tapahtuvaan tiedon välitykseen ja hallinnointiin.

Tasasähkön hyödyntämismahdollisuudet sähkönjakelussa

Tässä työssä on tutkittu tasasähkönsiirron tuomia mahdollisuuksia sähkönjakelussa, kun pienjännitedirektiivin pienjännitemäärittelyn soveltamista laajennetaan koskemaan vaihtojännitteen lisäksi myös tasajännitettä. Aiemmin tasasähköjärjestelmiä on käytetty ainoastaan sähköistymisen alkuaikoina 1900-luvun alussa. Viime vuosikymmeninä on sähkönjakelussa käytetty pelkästään vaihtosähköverkkoja, koska tehoelektronisten laitteiden korkea hintataso ja tekniset ominaisuudet ovat mahdollistaneet tasasähkön käytön vain suurjännitteellä. Suomalaisten sähkönkäyttö on lisääntynyt muutamalla prosenttiyksiköllä vuosittain ja kasvun taantumista ei ole odotettavissa lähiaikoina. Samaan aikaan yhteiskunta muuttuu jatkuvasti yhä riippuvaisemmaksi sähköstä ja odotukset toteutuvasta sähkönlaadusta ovat jatkuvasti korkeammat. Sähkönlaadun näkökulmasta ilmasto on tuonut aiempia suurempia haasteita sähkön toimitusvarmuudelle, kun myrskyjen aiheuttamat tuhot ovat olleet yhä entisiä suurempia. Toimitusvarmuuden parantamiseksi ovat muutamat vuosikymmenen alun rajut myrskyt johtaneet pohdintaan tulevien haasteiden hoitamiseksi ja edelleen uuden 3-portaiseen 20/1/0,4 kV vaihtosähköjärjestelmän kehittämiseen. Tasasähkönsiirron avulla halutaan tuoda käyttöön niitä hyötyjä, joita järjestelmän vaihdolla on saavutettavissa. Täysimääräisellä tasajännitteen hyödyntämisellä voidaan saavuttaa mm. aiempaa edullisempia investointivaihtoehtoja,parempi sähkönlaatu, parempi hajautetun tuotannon liitettävyys verkkoon ja erilaisten asiakaskohtaisten laitteiden helppo integroitavuus osaksi jakelujärjestelmää. Tämän työn puitteissa on pohdittu sekä teknisiä ratkaisuja että järjestelmän teknistaloudellista käyttöaluetta. Lisäksi on pyritty hahmottamaan eri tekijöiden vaikutuksia sähkönjakeluun.

KPI definition for measuring customer extranet benefits for a forest company

Tutkimuksen tavoitteena oli määrittää hyötyjä, joita Stora Enso on saavuttanut ottamalla käyttöön extranet-järjestelmän, jonka avulla asiakkaat voivat seurata toimitusketjuaan. Tässä tutkimuksessa keskityttiin taloudellisten hyötyjen määrittämiseen ja aineettomien hyötyjen tutkiminen rajattiintyön ulkopuolelle. Samalla tuli kehittää mittarit itsepalveluasteiden laskemiseksi tietyille toiminnoille, joita asiakkaat voivat hyödyntää järjestelmässä. Myös toiminnot, joita järjestelmässä pääasiassa käytetään, tuli määrittää kvantitatiivisen tutkimuksen avulla. Myyntihenkilöstön haastattelut toimivat apuna laskettaessa taloudellisia hyötyjä. Teoriaosuudessa käsitellään yleisesti sähköisiä palveluita erityisesti yritysten välistä kaupankäyntiä koskevalla alueella. Myös toimitusketjua ja tunnusluku mittareiden rakentamista on esitelty yleisellä tasolla teoriaosassa. Työn keskeisimmät tulokset ovat itsepalveluasteiden mittarit, niiden avulla lasketut itsepalveluasteet sekä taloudelliset hyödyt, joita yrityson saavuttanut järjestelmän käyttöönoton jälkeen.

Development of the Acoustic Emission Based Diagnostics Concept for the Rotary Lime Kiln

Reaaliaikainen, ennakoiva kunnonvalvonta on erittäin tärkeä osa modernin tehtaan tai tuotantolinjan toimintaa. Diplomityön teettäjä haluaa edelleen kehittää akustiseen emissioon perustuvaa kunnonvalvonta järjestelmäänsä, jotta siitä olisi enemmän hyötyä asiakkaalle. Diplomityö sisältää johdannonakustiseen emissioon ja akustisiin emissio sensoreihin. Työn tavoitteena oli kehittää päätöksentekojärjestelmä, jota käytettäisiin työn teettäjän valmistamien sensoreiden antaman tiedon automatisoituun analysointiin. Työssä on vertailtu kolmea eri ohjelmistotoimittajaa ja heidän ohjelmiaan, ja tehty ehdotus hankittavasta ohjelmistosta. Lisäksi työssä on kehitetty ohjeita, joiden avulla ohjelmisto ohjelmoidaan tuottamaan reaaliaikaista tietoa ja huolto-ohjeita sen käyttäjille. Lisäksi työssä annetaan ehdotuksia kunnonvalvonta- ja päätöksentekojärjestelmän edelleen kehittämiseen.

2

In 1959, Swerdlow reported a case of a 27-year-old woman with a pelvic tumour that seemed to arise from the peritoneum, in the presence of normal ovaries, fallopian tubes and uterus, and that was histologically similar to papillary serous carcinoma of the ovary [52]. Since then several authors have described this disease using different names, such as extraovarian primary peritoneal carcinoma (EOPPC), peritoneal papillary serous carcinoma, peritoneal adenocarcinoma of Müllerian type, serous surface papillary carcinoma, normal sized ovary carcinoma syndrome, peritoneal mesothelioma, and primary peritoneal carcinoma. This illustrates the confusion about definition, histogenesis and clinicopathologic features of this entity. In 1993, in an attempt to sort out these confounding variables, the Gynecologic Oncology Group (GOG) developed criteria to define EOPPC: - Both ovaries must be either physiologically normal in size or enlarged by a benign process. - The involvement in extraovarian sites must be greater than the involvement on the surface of either ovary. - Microscopically, the ovarian component must be one of the following: non existent; confined to ovarian surface epithelium with no evidence of cortical invasion; involving ovarian surface epithelium and underlying cortical stroma but with tumour size less than 5x5mm within ovarian substance with or without surface disease. The histological and cytological characteristics of the tumour must be predominantly of the serous type that is similar or identical to ovarian serous adenocarcinoma of any grade [8, 55].

Comparing potentially avoidable hospitalization rates related to ambulatory care sensitive conditions in Switzerland: the need to refine the definition of health conditions and to adjust for population health status.

BACKGROUND: Regional rates of hospitalization for ambulatory care sensitive conditions (ACSC) are used to compare the availability and quality of ambulatory care but the risk adjustment for population health status is often minimal. The objectives of the study was to examine the impact of more extensive risk adjustment on regional comparisons and to investigate the relationship between various area-level factors and the properly adjusted rates. METHODS: Our study is an observational study based on routine data of 2 million anonymous insured in 26 Swiss cantons followed over one or two years. A binomial negative regression was modeled with increasingly detailed information on health status (age and gender only, inpatient diagnoses, outpatient conditions inferred from dispensed drugs and frequency of physician visits). Hospitalizations for ACSC were identified from principal diagnoses detecting 19 conditions, with an updated list of ICD-10 diagnostic codes. Co-morbidities and surgical procedures were used as exclusion criteria to improve the specificity of the detection of potentially avoidable hospitalizations. The impact of the adjustment approaches was measured by changes in the standardized ratios calculated with and without other data besides age and gender. RESULTS: 25% of cases identified by inpatient main diagnoses were removed by applying exclusion criteria. Cantonal ACSC hospitalizations rates varied from to 1.4 to 8.9 per 1,000 insured, per year. Morbidity inferred from diagnoses and drugs dramatically increased the predictive performance, the greatest effect found for conditions linked to an ACSC. More visits were associated with fewer PAH although very high users were at greater risk and subjects who had not consulted at negligible risk. By maximizing health status adjustment, two thirds of the cantons changed their adjusted ratio by more than 10 percent. Cantonal variations remained substantial but unexplained by supply or demand. CONCLUSION: Additional adjustment for health status is required when using ACSC to monitor ambulatory care. Drug-inferred morbidities are a promising approach.

Definition of key variables for the induction of optimal NY-ESO-1-specific T cells in HLA transgene mice.

An attractive treatment of cancer consists in inducing tumor-eradicating CD8(+) CTL specific for tumor-associated Ags, such as NY-ESO-1 (ESO), a strongly immunogenic cancer germ line gene-encoded tumor-associated Ag, widely expressed on diverse tumors. To establish optimal priming of ESO-specific CTL and to define critical vaccine variables and mechanisms, we used HLA-A2/DR1 H-2(-/-) transgenic mice and sequential immunization with immunodominant DR1- and A2-restricted ESO peptides. Immunization of mice first with the DR1-restricted ESO(123-137) peptide and subsequently with mature dendritic cells (DCs) presenting this and the A2-restriced ESO(157-165) epitope generated abundant, circulating, high-avidity primary and memory CD8(+) T cells that efficiently killed A2/ESO(157-165)(+) tumor cells. This prime boost regimen was superior to other vaccine regimes and required strong Th1 cell responses, copresentation of MHC class I and MHC class II peptides by the same DC, and resulted in upregulation of sphingosine 1-phosphate receptor 1, and thus egress of freshly primed CD8(+) T cells from the draining lymph nodes into circulation. This well-defined system allowed detailed mechanistic analysis, which revealed that 1) the Th1 cytokines IFN-gamma and IL-2 played key roles in CTL priming, namely by upregulating on naive CD8(+) T cells the chemokine receptor CCR5; 2) the inflammatory chemokines CCL4 (MIP-1beta) and CCL3 (MIP-1alpha) chemoattracted primed CD4(+) T cells to mature DCs and activated, naive CD8(+) T cells to DC-CD4 conjugates, respectively; and 3) blockade of these chemokines or their common receptor CCR5 ablated priming of CD8(+) T cells and upregulation of sphingosine 1-phosphate receptor 1. These findings provide new opportunities for improving T cell cancer vaccines.