How to build a bioinformatics service in a year

Introduction: Biomedical scientists need to choose among hundreds of publicly available bioinformatics applications, tools, and databases. Librarian challenges include raising awareness to valuable resources, as well as providing support in finding and evaluating specific resources. Our objective is to implement an education program in bioinformatics similar to those offered in other North American academic libraries. Description: Our initial target clientele included four research departments of the Faculty of Medicine at Universite´ de Montréal. In January 2010, I attended two departmental meetings and interviewed a few stakeholders in order to propose a basic bioinformatics service: one-to-one consultations and a workshop on NCBI databases. The response was favourable. The workshop was thus offered once a month during the Winter and Fall semesters, and participants were invited to evaluate the workshop via an online survey. In addition, a bioinformatics subject guide was launched on the library’s website in December 2010. Outcomes: One hundred and two participants attended one of the nine NCBI workshops offered in 2010; most were graduate students (74%). The survey’s response rate was 54%. A majority of respondents thought that the bioinformatics resources featured in the workshop were relevant (95%) and that the difficulty level of exercises was appropriate (84%). Respondents also thought that their future information searches would be more efficient (93%) and that the workshop should be integrated in a course (78%). Furthermore, five bioinformatics-related reference questions were answered and two one-to-one consultations with students were performed. Discussion: The success of our bioinformatics service is growing. Future directions include extending the service to other biomedical departments, integrating the workshop in an undergraduate course, promoting the subject guide to other francophone universities, and creating a bioinformatics blog that would feature specific databases, news, and library resources.

Spondylolisthésis, morphologie et orientation sacro-pelviennes chez une population de jeunes gymnastes

De multiples études ont rapporté une prévalence augmentée de spondylolyse et de spondylolisthésis chez certains groupes d’athlètes, en particulier les gymnastes, pouvant atteindre jusqu’à 40 à 50%. À cela s’ajoute le fait que plusieurs études récentes ont démontré une association entre le spondylolisthésis et une morphologie et orientation sacro-pelviennes déviante de la normale. La morphologie et l’orientation sacro-pelviennes chez les gymnastes ainsi que leur relation avec le spondylolisthésis n’ont jamais été analysées. L’objectif de cette étude était donc d’évaluer la prévalence du spondylolithésis au sein d’une cohorte de gymnastes ainsi que les caractéristiques démographiques et paramètres de morphologie et orientation sacro-pelviennes associés. Afin d’atteindre cet objectif, une évaluation des caractéristiques démographiques et des paramètres radiologiques d’une cohorte de 92 jeunes gymnastes a été menée. Les deux études présentées ont démontré une prévalence de spondylolisthésis chez les jeunes gymnastes de 6.5%, similaire à celle retrouvée dans la population générale. Le nombre d’heures d’entraînement hebdomadaire a été le seul facteur statistiquement différents entre les gymnastes avec et ceux sans spondylolisthésis. Nos résultats ont aussi démontré que les gymnastes atteints d’un spondylolisthésis présentent une morphologie et une orientation sacro-pelviennes sagittales différentes, en terme d’incidence pelvienne (p = 0.02) et d’angle de table sacrée (p = 0.036), de celles des gymnastes sans spondylolisthésis. Nos observations supportent donc l’importance du rôle de la morphologie et de l’orientation sacro-pelviennes dans le développement du spondylolisthésis.

La santé orale compromise comme facteur de risque potentiel pour le cancer colorectal sporadique (COLDENT) : une étude de faisabilité

Introduction: Le cancer colorectal (CCR) demeure un véritable fardeau de santé publique au Canada. Malgré les énormes avancés scientifiques, l’étiologie du CCR n’est pas encore clairement définie. La prévention du CCR nécessite l’identification de nouveaux facteurs de risque. Durant ces dernières années, des études épidémiologiques ont rapporté l’association entre la santé buccodentaire et le cancer colorectal. Cependant, aucune étude n’a été conçue spécifiquement pour vérifier cette association. Objectifs : L’objectif principal de l’étude était de tester la faisabilité d’une grande étude épidémiologique ultérieure, conçue pour vérifier l’association entre la santé buccodentaire compromise et le risque de CCR. Les objectifs secondaires étaient de standardiser les procédures de l’étude, d’évaluer le taux de participation et le succès des approches proposées pour le recrutement, d’évaluer la faisabilité et la validité des méthodes de la collecte des données sur la santé buccodentaire et de produire des données préliminaires concernant l’association entre la santé buccodentaire compromise et le risque de CCR. Méthodologie: Il s’agit d’une étude de faisabilité, de devis cas-témoins à base populationnelle. Les participants dans le groupe de cas (n=30) ont été recrutés dans deux hôpitaux de Montréal. Les témoins (n=39) ont été recrutés dans la population générale de Montréal. Les données sur la santé buccodentaire ont été collectées aussi bien par un questionnaire sur la santé buccodentaire que par un examen clinique. Les données sur plusieurs facteurs de risque du CCR ont été collectées par des questionnaires validés. Résultats: L’étude de faisabilité a rencontré un taux de participation de 73% (30) chez les cas et de 32,5% (39) chez les témoins. Seulement 26% (7) des participants dans le groupe des cas et 79% (26) des participants dans le groupe de témoins ont complété l’examen dentaire. La santé buccodentaire compromise était associée au risque de CCR chez les participants plus âgés que 59 ans (OR=8,4 ; IC à 95% : 0,94 – 389,4; p=0,036). Les mesures de santé buccodentaire auto-rapportées par les participants par l’utilisation du questionnaire ont montré une bonne validité par rapport aux mesures de l’examen clinique. Conclusion: L’étude épidémiologique ultérieure est jugée faisable en apportant des modifications. Les résultats préliminaires plaident pour une association possible entre la santé buccodentaire compromise par la maladie parodontale et/ou l’édentement et le risque du CCR.

Étude d’impact : comparaison et analyse des données anthropométriques et biologiques d’enfants d’âge scolaire au Burkina Faso

L’ Initiative des Écoles Amies de la Nutrition (IEAN) est une initiative développée par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) en 2006 pour contrer le Double Fardeau Nutritionnel (DFN). TRANSNUT est une équipe de professeurs de l’Université de Montréal et Centre collaborateur OMS sur la transition nutritionnelle et le développement. En 2009, il a participé à une étude de base au Burkina Faso, qui a recueilli des données anthropométriques et biologiques des élèves du cours moyen. Cinq ans plus tard, en 2014, de nouvelles données anthropométriques et biologiques ont été recueillies dans les mêmes écoles mais non chez les mêmes élèves. Le but de cette étude est d'analyser les données de 2014 et de comparer les résultats avec ceux de 2009, afin d'évaluer l'impact et l’efficacité de l'initiative. C’est une étude transversale menée dans 12 écoles à Ouagadougou, la capitale du Burkina Faso. Six écoles «intervention» et six écoles «témoin» ont été sélectionnées, en tenant compte de la nature des écoles (privées/publiques) et de leurs zones géographiques (urbaines/périurbaines). L'échantillon total comprenait 651 écoliers (54,7% de filles) âgés de 8 à 14 ans. Des mesures anthropométriques et de la concentration d'hémoglobine ont été effectuées sur tous les enfants, alors que le rétinol sérique a été mesuré dans un sous-échantillon aléatoire de 184 enfants. Le test de t et du Khi Carré ont été utilisés pour la comparaison des moyennes et des proportions. L'âge moyen des enfants était de 11,4 ± 1,1 ans. Les taux d'anémie et de déficience en vitamine A (DVA) étaient respectivement de 35,6% et 26,1%. La prévalence du retard de croissance était de 8,1% et celle de la maigreur, de 8,4%. Chez les filles, 2,8% étaient en surpoids contre 0,9% des garçons (p = 0,036). Moins d'élèves étaient maigres en 2014 (7,2%) par rapport à 2009 (13,7%), et ce résultat était significatif avec p < 0,001. En outre, les carences en micronutriments ont été moins présentes dans les écoles en 2014 par rapport à 2009 (p = 0,007 pour l'anémie, p = 0,044 pour la DVA). Nos résultats ont confirmé une grande amélioration du statut nutritionnel des enfants d’âge scolaire à Ouagadougou. Toutefois, il n’est pas possible présentement d’évaluer jusqu'à quelle mesure l’IEAN a été impliquée dans ces changements, ni d’attribuer ces améliorations à cette initiative uniquement. Les recherches futures doivent être axées sur des études longitudinales pour évaluer de manière plus précise la croissance des mêmes élèves qui font partie des écoles « amies de la nutrition ».

« L'affaire Tartuffe, or the Garrison officers rehearse Molière »

Compte rendu critique de la pièce de théâtre de Marianne Ackerman « L'affaire Tartuffe, or the Garrison officers rehearse Molière » (mise en scène : Fernand Rainville; assistance à la mise en scène : Monique Corbeil; scénographie : Jean Bard; éclairages : Lou Arteau; costumes : Paule-Josée Meunier; musique : Bill Gagnon et Geneviève Mauffette. Avec Anne-Marie Desbiens, Gaétan Dumont, Marie-Josée Gauthiet.J.M. Henry, Neil Kroetsch, Jœl Miller, Luc Picard, Yvon Roy, Philip Spensley, Aron Tager, Robert Vézina et Jeannie Walker. Production bilingue du Théâtre 1774, présentée au Théâtre Centaur du 6 au 23 septembre 1990).

Effects of different tillage treatments on labile soil organic matter pools and stabilization processes

An improved understanding of soil organic carbon (Corg) dynamics in interaction with the mechanisms of soil structure formation is important in terms of sustainable agriculture and reduction of environmental costs of agricultural ecosystems. However, information on physical and chemical processes influencing formation and stabilization of water stable aggregates in association with Corg sequestration is scarce. Long term soil experiments are important in evaluating open questions about management induced effects on soil Corg dynamics in interaction with soil structure formation. The objectives of the present thesis were: (i) to determine the long term impacts of different tillage treatments on the interaction between macro aggregation (>250 µm) and light fraction (LF) distribution and on C sequestration in plots differing in soil texture and climatic conditions. (ii) to determine the impact of different tillage treatments on temporal changes in the size distribution of water stable aggregates and on macro aggregate turnover. (iii) to evaluate the macro aggregate rebuilding in soils with varying initial Corg contents, organic matter (OM) amendments and clay contents in a short term incubation experiment. Soil samples were taken in 0-5 cm, 5-25 cm and 25-40 cm depth from up to four commercially used fields located in arable loess regions of eastern and southern Germany after 18-25 years of different tillage treatments with almost identical experimental setups per site. At each site, one large field with spatially homogenous soil properties was divided into three plots. One of the following three tillage treatments was carried in each plot: (i) Conventional tillage (CT) with annual mouldboard ploughing to 25-30 cm (ii) mulch tillage (MT) with a cultivator or disc harrow 10-15 cm deep, and (iii) no tillage (NT) with direct drilling. The crop rotation at each site consisted of sugar beet (Beta vulgaris L.) - winter wheat (Triticum aestivum L.) - winter wheat. Crop residues were left on the field and crop management was carried out following the regional standards of agricultural practice. To investigate the above mentioned research objectives, three experiments were conducted: Experiment (i) was performed with soils sampled from four sites in April 2010 (wheat stand). Experiment (ii) was conducted with soils sampled from three sites in April 2010, September 2011 (after harvest or sugar beet stand), November 2011 (after tillage) and April 2012 (bare soil or wheat stand). An incubation study (experiment (iii)) was performed with soil sampled from one site in April 2010. Based on the aforementioned research objectives and experiments the main findings were: (i) Consistent results were found between the four long term tillage fields, varying in texture and climatic conditions. Correlation analysis of the yields of macro aggregate against the yields of free LF ( ≤1.8 g cm-3) and occluded LF, respectively, suggested that the effective litter translocation in higher soil depths and higher litter input under CT and MT compensated in the long term the higher physical impact by tillage equipment than under NT. The Corg stocks (kg Corg m−2) in 522 kg soil, based on the equivalent soil mass approach (CT: 0–40 cm, MT: 0–38 cm, NT: 0–36 cm) increased in the order CT (5.2) = NT (5.2) < MT (5.7). Significantly (p ≤ 0.05) highest Corg stocks under MT were probably a result of high crop yields in combination with reduced physical tillage impact and effective litter incorporation, resulting in a Corg sequestration rate of 31 g C-2 m-2 yr-1. (ii) Significantly higher yields of macro aggregates (g kg-2 soil) under NT (732-777) and MT (680-726) than under CT (542-631) were generally restricted to the 0-5 cm sampling depth for all sampling dates. Temporal changes on aggregate size distribution were only small and no tillage induced net effect was detectable. Thus, we assume that the physical impact by tillage equipment was only small or the impact was compensated by a higher soil mixing and effective litter translocation into higher soil depths under CT, which probably resulted in a high re aggregation. (iii) The short term incubation study showed that macro aggregate yields (g kg-2 soil) were higher after 28 days in soils receiving OM (121.4-363.0) than in the control soils (22.0-52.0), accompanied by higher contents of microbial biomass carbon and ergosterol. Highest soil respiration rates after OM amendments within the first three days of incubation indicated that macro aggregate formation is a fast process. Most of the rebuilt macro aggregates were formed within the first seven days of incubation (42-75%). Nevertheless, it was ongoing throughout the entire 28 days of incubation, which was indicated by higher soil respiration rates at the end of the incubation period in OM amended soils than in the control soils. At the same time, decreasing carbon contents within macro aggregates over time indicated that newly occluded OM within the rebuilt macro aggregates served as Corg source for microbial biomass. The different clay contents played only minor role in macro aggregate formation under the particular conditions of the incubation study. Overall, no net changes on macro aggregation were identified in the short term. Furthermore, no indications for an effective Corg sequestration on the long term under NT in comparison to CT were found. The interaction of soil disturbance, litter distribution and the fast re aggregation suggested that a distinct steady state per tillage treatment in terms of soil aggregation was established. However, continuous application of MT with a combination of reduced physical tillage impact and effective litter incorporation may offer some potential in improving the soil structure and may therefore prevent incorporated LF from rapid decomposition and result in a higher C sequestration on the long term.

Curso de consumo para enseñantes.

Presentar la experiencia asturiana en el campo de los cursos de consumo para enseñantes. Descripción de un curso de consumo para enseñantes realizado en Gijón en julio de 1988 y reflexión sobre determinadas constantes en la realización de cursos. Con respecto al curso de Gijón se presentan sus objetivos y se explica cómo fue organizado: bases metodológicas, diseño del proyecto, programa del curso, actividades realizadas y un extracto de las ponencias expuestas en él. Al margen de éste, se hacen una serie de consideraciones a tener en cuenta en la organización de un curso: diseño, selección de participantes y ponencias, elección del lugar, horario y materiales. Fichas de análisis de productos y tiendas. Ficha de estudio de mercado. Encuestas a comerciantes, consumidores y ciudadanos. Productos de la competencia. Visita a una fábrica. Legislación vigente. Comparación de los productos comprados: análisis y comparación de etiquetas, precios, cantidad y relación entre los dos últimos. Pruebas ciegas de sabor. Análisis de laboratorio. Se expone con detalle cómo aplicar la técnica metodológica 'una fábrica en la escuela' en el aula, mostrando como ejemplos las actividades que se realizaron en el curso citado: cómo seleccionó cada grupo el producto, cómo lo elaboró, cómo planteó la campaña publicitaria y cómo presentó el producto al cliente. Se presenta un extracto de las siguientes ponencias: 'Educación del consumidor en Asturias', 'Ecología y consumo: los recursos naturales y las decisiones del consumidor', 'Aspectos socioculturales de la nutrición, problemática de los consumidores referentes a la vivienda', 'Publicidad, nuevas tecnologías en el envasado de productos: los fraudes al consumidor', 'Envases y residuos', 'La Ley General de Publicidad, el lenguaje publicitario, los servicios públicos y el consumidor', 'Salud y seguridad: los accidentes infantiles y los productos de uso y consumo' y 'Lanzamiento de un producto al mercado'.

Global Depth Perception from Familiar Scene Structure

In the absence of cues for absolute depth measurements as binocular disparity, motion, or defocus, the absolute distance between the observer and a scene cannot be measured. The interpretation of shading, edges and junctions may provide a 3D model of the scene but it will not inform about the actual "size" of the space. One possible source of information for absolute depth estimation is the image size of known objects. However, this is computationally complex due to the difficulty of the object recognition process. Here we propose a source of information for absolute depth estimation that does not rely on specific objects: we introduce a procedure for absolute depth estimation based on the recognition of the whole scene. The shape of the space of the scene and the structures present in the scene are strongly related to the scale of observation. We demonstrate that, by recognizing the properties of the structures present in the image, we can infer the scale of the scene, and therefore its absolute mean depth. We illustrate the interest in computing the mean depth of the scene with application to scene recognition and object detection.

Lenguas extranjeras : unidades de inglés en Educación Primaria : unidades didácticas de francés.

Carmen García Merina es únicamente la responsable de las unidades didácticas en francés

Módulos didácticos : ¿cómo mejorar la enseñanza sobre la nutrición de las plantas verdes?

Esta unidad didáctica está destinada a los profesores y profesoras que quieran despejar dudas o mejorar sus conocimientos científicos sobre la temática de la nutrición de las plantas verdes. Se ha desarrollado con el objetivo de facilitar la reflexión sobre los problemas de enseñanza y aprendizaje que genera el trabajo en relación con esta temática, así como para facilitar y fundamentar la toma de decisiones en el diseño de unidades didácticas cercanas a los intereses de los alumnos y alumnas, y que guarden alguna relación (próxima o lejana) con el campo de conocimiento de la nutrición de las plantas verdes.

Actualizaci??n psicom??trica y funcionamiento diferencial de los ??tems en el State Trait Anxiety Inventory (STAI)

Resumen tomado de la publicaci??n

Manejo interdisciplinario integrado de vida real contra uno multidisciplinario desintegrado para disminuir exceso de peso : Endocare-Bogotá, Colombia

Introducción: la problemática del Sistema Colombiano de Salud, no favorece que los pacientes reciban un manejo interdisciplinario integrado para disminuir su exceso de peso. Metodología: estudio retrospectivo, comparativo y de serie de casos en el período comprendido entre junio de 2006 y febrero de 2009 en el centro de investigación endocrinológica Endocare. Se seleccionaron 62 pacientes (46 mujeres y 16 varones entre 22 y 88 años): 31 pacientes en el grupo interdisciplinario integrado y 31 pacientes en el grupo multidisciplinario desintegrado. Se les realizó un manejo por endocrinología, nutrición y deportología; si recibían y cumplían con las tres valoraciones en Endocare se definían como tratamiento interdisciplinario integrado de lo contrario se definían como tratamiento multidisciplinario desintegrado. Se evaluaron los cambios de peso y de perímetro de cintura logrados por cada paciente durante doce meses. Resultados: se observó una diferencia estadísticamente significativa mediante un análisis Anova de un factor para la reducción de peso, con una media de reducción de -6% (-8 a -3.9%) del manejo integrado comparado con -3.6% (-4.5 a -2.8%) del manejo desintegrado (IC95%,F= 4.58,p= 0.036). También se observó una disminución del perímetro de cintura, con una media de reducción de -8.1% (-10.6 a -5.5%) del manejo integrado comparado con -4.6% (-5.9 a -3.3%) del manejo desintegrado (IC95%,F=4.58,p=0.036), en un seguimiento a doce meses. Se encontró correlación entre disminución de peso y disminución del perímetro de cintura (Pearson=0.455 p=0.044). Discusión: es posible que un manejo interdisciplinario integrado produzca a un año una mayor reducción de exceso de peso y cintura.

Producci??n en tesis doctorales de los profesores funcionarios de Psicolog??a en Espa??a m??s productivos en la Web of Science

Resumen tomado de la publicaci??n