Improving Short DNA Sequence Alignment with Parallel Computing

Variations in different types of genomes have been found to be responsible for a large degree of physical diversity such as appearance and susceptibility to disease. Identification of genomic variations is difficult and can be facilitated through computational analysis of DNA sequences. Newly available technologies are able to sequence billions of DNA base pairs relatively quickly. These sequences can be used to identify variations within their specific genome but must be mapped to a reference sequence first. In order to align these sequences to a reference sequence, we require mapping algorithms that make use of approximate string matching and string indexing methods. To date, few mapping algorithms have been tailored to handle the massive amounts of output generated by newly available sequencing technologies. In otrder to handle this large amount of data, we modified the popular mapping software BWA to run in parallel using OpenMPI. Parallel BWA matches the efficiency of multithreaded BWA functions while providing efficient parallelism for BWA functions that do not currently support multithreading. Parallel BWA shows significant wall time speedup in comparison to multithreaded BWA on high-performance computing clusters, and will thus facilitate the analysis of genome sequencing data.

Map - Plan of Operation against Cantigny

A map titled "Plan of Operation against Cantigny" and dated 17 December 1918.

Pointers on Design and Operation of Cattle Restrainer Systems

The article discusses the importance of design and the people who run handling systems.

Note to S.D. Woodruff regarding the plan of operation

Note to S.D. Woodruff regarding the plan of operation. First, “draw up a report showing the cost of work”. This note is unsigned, n.d.

Bundling under the Threat of Parallel Trade

This paper examines the use of bundling by a firm that sells in two national markets and faces entry by parallel traders. The firm can bundle its main product, - a tradable good- with a non-traded service. It chooses between the strategies of pure bundling, mixed bundling and no bundling. The paper shows that in the low-price country the threat of grey trade elicits a move from mixed bundling, or no bundling, towards pure bundling. It encourages a move from pure bundling towards mixes bundling or no bundling in the high-price country. The set of parameter values for which the profit maximizing strategy is not to supply the low price country is smaller than in the absence of bundling. The welfare effects of deterrence of grey trade are not those found in conventional models of price arbitrage. Some consumers in the low-price country may gain from the threat of entry by parallel traders although they pay a higher price. This is due to the fact that the firm responds to the threat of arbitrageurs by increasing the amount of services it puts in the bundle targeted at consumers in that country. Similarly, the threat of parallel trade may affect some consumers in the hight-price country adversely.

Multi-Prover and parallel repetition in non-classical interactive games

Depuis l’introduction de la mécanique quantique, plusieurs mystères de la nature ont trouvé leurs explications. De plus en plus, les concepts de la mécanique quantique se sont entremêlés avec d’autres de la théorie de la complexité du calcul. De nouvelles idées et solutions ont été découvertes et élaborées dans le but de résoudre ces problèmes informatiques. En particulier, la mécanique quantique a secoué plusieurs preuves de sécurité de protocoles classiques. Dans ce m´emoire, nous faisons un étalage de résultats récents de l’implication de la mécanique quantique sur la complexité du calcul, et cela plus précisément dans le cas de classes avec interaction. Nous présentons ces travaux de recherches avec la nomenclature des jeux à information imparfaite avec coopération. Nous exposons les différences entre les théories classiques, quantiques et non-signalantes et les démontrons par l’exemple du jeu à cycle impair. Nous centralisons notre attention autour de deux grands thèmes : l’effet sur un jeu de l’ajout de joueurs et de la répétition parallèle. Nous observons que l’effet de ces modifications a des conséquences très différentes en fonction de la théorie physique considérée.

Our Lady of Ocotlán and our Lady of Guadalupe : investigation into the origins of parallel virgins

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Parallel metaheuristics for stochastic capacitated multicommodity network design

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Improving sampling, optimization and feature extraction in Boltzmann machines

L’apprentissage supervisé de réseaux hiérarchiques à grande échelle connaît présentement un succès fulgurant. Malgré cette effervescence, l’apprentissage non-supervisé représente toujours, selon plusieurs chercheurs, un élément clé de l’Intelligence Artificielle, où les agents doivent apprendre à partir d’un nombre potentiellement limité de données. Cette thèse s’inscrit dans cette pensée et aborde divers sujets de recherche liés au problème d’estimation de densité par l’entremise des machines de Boltzmann (BM), modèles graphiques probabilistes au coeur de l’apprentissage profond. Nos contributions touchent les domaines de l’échantillonnage, l’estimation de fonctions de partition, l’optimisation ainsi que l’apprentissage de représentations invariantes. Cette thèse débute par l’exposition d’un nouvel algorithme d'échantillonnage adaptatif, qui ajuste (de fa ̧con automatique) la température des chaînes de Markov sous simulation, afin de maintenir une vitesse de convergence élevée tout au long de l’apprentissage. Lorsqu’utilisé dans le contexte de l’apprentissage par maximum de vraisemblance stochastique (SML), notre algorithme engendre une robustesse accrue face à la sélection du taux d’apprentissage, ainsi qu’une meilleure vitesse de convergence. Nos résultats sont présent ́es dans le domaine des BMs, mais la méthode est générale et applicable à l’apprentissage de tout modèle probabiliste exploitant l’échantillonnage par chaînes de Markov. Tandis que le gradient du maximum de vraisemblance peut-être approximé par échantillonnage, l’évaluation de la log-vraisemblance nécessite un estimé de la fonction de partition. Contrairement aux approches traditionnelles qui considèrent un modèle donné comme une boîte noire, nous proposons plutôt d’exploiter la dynamique de l’apprentissage en estimant les changements successifs de log-partition encourus à chaque mise à jour des paramètres. Le problème d’estimation est reformulé comme un problème d’inférence similaire au filtre de Kalman, mais sur un graphe bi-dimensionnel, où les dimensions correspondent aux axes du temps et au paramètre de température. Sur le thème de l’optimisation, nous présentons également un algorithme permettant d’appliquer, de manière efficace, le gradient naturel à des machines de Boltzmann comportant des milliers d’unités. Jusqu’à présent, son adoption était limitée par son haut coût computationel ainsi que sa demande en mémoire. Notre algorithme, Metric-Free Natural Gradient (MFNG), permet d’éviter le calcul explicite de la matrice d’information de Fisher (et son inverse) en exploitant un solveur linéaire combiné à un produit matrice-vecteur efficace. L’algorithme est prometteur: en terme du nombre d’évaluations de fonctions, MFNG converge plus rapidement que SML. Son implémentation demeure malheureusement inefficace en temps de calcul. Ces travaux explorent également les mécanismes sous-jacents à l’apprentissage de représentations invariantes. À cette fin, nous utilisons la famille de machines de Boltzmann restreintes “spike & slab” (ssRBM), que nous modifions afin de pouvoir modéliser des distributions binaires et parcimonieuses. Les variables latentes binaires de la ssRBM peuvent être rendues invariantes à un sous-espace vectoriel, en associant à chacune d’elles, un vecteur de variables latentes continues (dénommées “slabs”). Ceci se traduit par une invariance accrue au niveau de la représentation et un meilleur taux de classification lorsque peu de données étiquetées sont disponibles. Nous terminons cette thèse sur un sujet ambitieux: l’apprentissage de représentations pouvant séparer les facteurs de variations présents dans le signal d’entrée. Nous proposons une solution à base de ssRBM bilinéaire (avec deux groupes de facteurs latents) et formulons le problème comme l’un de “pooling” dans des sous-espaces vectoriels complémentaires.

Uncovering parallel ribosome biogenesis pathways during pre-60S subunit maturation

Paralogs are present during ribosome biogenesis as well as in mature ribosomes in form of ribosomal proteins, and are commonly believed to play redundant functions within the cell. Two previously identified paralogs are the protein pair Ssf1 and Ssf2 (94% homologous). Ssf2 is believed to replace Ssf1 in case of its absence from cells, and depletion of both proteins leads to severely impaired cell growth. Results reveal that, under normal conditions, the Ssf paralogs associate with similar sets of proteins but with varying stabilities. Moreover, disruption of their pre-rRNP particles using high stringency buffers revealed that at least three proteins, possibly Dbp9, Drs1 and Nog1, are strongly associated with each Ssf protein under these conditions, and most likely represent a distinct subcomplex. In this study, depletion phenotypes obtained upon altering Nop7, Ssf1 and/or Ssf2 protein levels revealed that the Ssf paralogs cannot fully compensate for the depletion of one another because they are both, independently, required along parallel pathways that are dependent on the levels of availability of specific ribosome biogenesis proteins. Finally, this work provides evidence that, in yeast, Nop7 is genetically linked with both Ssf proteins.

On Space-Time Trade-Off for Montgomery Multipliers over Finite Fields

La multiplication dans le corps de Galois à 2^m éléments (i.e. GF(2^m)) est une opérations très importante pour les applications de la théorie des correcteurs et de la cryptographie. Dans ce mémoire, nous nous intéressons aux réalisations parallèles de multiplicateurs dans GF(2^m) lorsque ce dernier est généré par des trinômes irréductibles. Notre point de départ est le multiplicateur de Montgomery qui calcule A(x)B(x)x^(-u) efficacement, étant donné A(x), B(x) in GF(2^m) pour u choisi judicieusement. Nous étudions ensuite l'algorithme diviser pour régner PCHS qui permet de partitionner les multiplicandes d'un produit dans GF(2^m) lorsque m est impair. Nous l'appliquons pour la partitionnement de A(x) et de B(x) dans la multiplication de Montgomery A(x)B(x)x^(-u) pour GF(2^m) même si m est pair. Basé sur cette nouvelle approche, nous construisons un multiplicateur dans GF(2^m) généré par des trinôme irréductibles. Une nouvelle astuce de réutilisation des résultats intermédiaires nous permet d'éliminer plusieurs portes XOR redondantes. Les complexités de temps (i.e. le délais) et d'espace (i.e. le nombre de portes logiques) du nouveau multiplicateur sont ensuite analysées: 1. Le nouveau multiplicateur demande environ 25% moins de portes logiques que les multiplicateurs de Montgomery et de Mastrovito lorsque GF(2^m) est généré par des trinômes irréductible et m est suffisamment grand. Le nombre de portes du nouveau multiplicateur est presque identique à celui du multiplicateur de Karatsuba proposé par Elia. 2. Le délai de calcul du nouveau multiplicateur excède celui des meilleurs multiplicateurs d'au plus deux évaluations de portes XOR. 3. Nous determinons le délai et le nombre de portes logiques du nouveau multiplicateur sur les deux corps de Galois recommandés par le National Institute of Standards and Technology (NIST). Nous montrons que notre multiplicateurs contient 15% moins de portes logiques que les multiplicateurs de Montgomery et de Mastrovito au coût d'un délai d'au plus une porte XOR supplémentaire. De plus, notre multiplicateur a un délai d'une porte XOR moindre que celui du multiplicateur d'Elia au coût d'une augmentation de moins de 1% du nombre total de portes logiques.

Supporting Parallel Legal Systems as a Means of Improving Access to Justice in Guatemala

Parallel legal systems can and do exist within a single sovereign nation, and rural Guatemala offers one example. Such parallel systems are generally viewed as failures of legal penetration which compromise the rule of law. The question addressed in this paper is whether the de facto existence of parallel systems in Guatemala benefits the indigenous population, or whether the ultimate goal of attaining access to justice requires a complete overhaul of the official legal system. Ultimately, the author concludes that while the official justice system needs a lot of work in order to expand access to justice, especially for the rural poor, the existence of a parallel legal system can be a vehicle for, rather than a hindrance to, expanding such access.

Slot coupled sqaure microstrip antenna for compact dual-frequency operation

A novel dual frequency design of a square microstrip antenna coaxially fed along the diagonal with a chip capacitor mounted at the bottom of the stub is introduced. This design provides enhanced area reduction and good cross-polarization levels. The antenna design can be used as a compact antenna system where limited size is a major requirement. The details of the antenna design and experimental results are presented

Compact Microstrip Slot Antenna for Broadband Operation

An arrow-shaped microstrip antenna with a pair of narrow slots embedded near the non-radiating edges gives wide impedance bandwidth. The experimental and simulated (!E3D) results show that antenna bandwidth is -3.5 times that of a conventional patch with the added advantage of reduced antenna size. The radiation characteristics are found to he uniform throughout the operating band