Empleo de marcadores moleculares para el análisis de la prevalencia y diseminación de cepas de beauveria bassiana

El hongo entomopatógeno Beauveria bassiana se emplea en todo el mundo gracias a su comprobada virulencia y su amplio rango de hospederos. El objetivo de este estudio fue comparar diferentes técnicas clásicas y de biología molecular, con el fin de comparar las diferencias de metabolismo y su adaptación en cepas y aislados de suelos agrícolas de B. bassiana, y por otra parte analizar una cepa confirmada como su uso como bioinsecticida (BB38) y la comparación con 42 aislamientos. Con el fin de detectar su prevalencia y diseminación en suelo de campos agrícolas de Guanajuato previamente tratados con bioinsecticidas para control de plagas se desarrolló esta estrategia para asociar dichos marcadores con las cepas de liberación. El ADN extraído de cada aislamiento se amplificó mediante la técnica RAPD-PCR. Al realizar el análisis de las secuencias purificadas de regiones de los transcritos de espaciadores internos (ITS), en conjunto con el ADN amplificado, no se observaron diferencias que pudieran determinar un patrón distintivo. Los resultados de diferenciación usando oligonucleótidos partidores de las series OPA-A, OPA-B y OPA-AB, seleccionados para B. bassiana, mostraron que las cepas nativas BBPTG1, BBPTG2, BBPTG4 y BBPTG6 tuvieron polimorfismos distintivos entre ellas, pero al compararlas contra los 42 aislamientos de suelo, tanto el aislamiento de estudio BB38 como la cepa de referencia GHA (Mycotech) mostraron el mismo patrón que el observado por el aislamiento BBPTG2. Al estudiar la producción de proteasas y de las toxinas beauvericina y basianólido por RT-PCR con oligonucleótidos seleccionados, las 4 cepas nativas amplificaron los transcritos, aunque con la cepa BBPTG6 se observó en general una reducción en la expresión. Por otra parte, se analizaron los intrones presentes en la subunidad grande del ADN ribosomal (LSU) de los 42 aislamientos de campo frente a los del aislamiento BB38, cuyo patrón permitiera distinguir entre los aislamientos y así determinar prevalencia y diseminación en suelos agrícolas. Mientras que en otro análisis en base a las secuencias de las ITSs se realizó la construcción de un árbol filogenético y se determinó el porcentaje de identidad para evaluar la diferencia genética entre cepas, lo que ayudó a validar los resultados obtenidos previamente y así poder seleccionar marcadores que apoyen a la identidad de la cepas y aislados.

Marcadores moleculares específicos de candida parapsilosis

A través de estudios genómicos comparamos locus que por sintenia parecen ser regiones prometedoras para el desarrollo de marcadores moleculares específicos de Candida parapsilosis, una levadura oportunista cuya incidencia va aumentando y que ha registrado altas tasas de morbilidad y mortalidad a nivel mundial. C. parapsilosis junto a C. orthopsilosis y C. metapsilosis comprenden un grupo de estrecha filogenia pero diferente virulencia denominado complejo parapsilosis. A pesar de su importancia como patógenos emergentes las técnicas de identificación microbiológicas y moleculares se han visto limitadas no sólo entre el complejo, sino además entre otras especies de importancia médica como lo son C. guillermondi, C. lusitaniae y C. glabrata. Gracias a la disponibilidad de secuencias genómicas y mediante programas bioinformáticos de alta capacidad como Geneious, Symap y prfectBLAST, comparamos los genomas completos de C. albicans, C. parapsilosis y C. orthopsilosis; ubicando bloques colineales sinténicos y analizando una de las familias génicas de proteasas, encontramos eventos de expansión de genes en C. parapsilosis y C. orthopsilosis Para cada una de estas duplicaciones se diseñaron sondas específicas, obteniendo así 9 diferentes marcadores moleculares; dos de estos han sido utilizados para la identificación de dos de las tres especies que conforman el complejo parapsilosis: C. parapsilosis y C. orthopsilosis. Los oligonucleótidos fueron denominados 420 y 830 con amplicones de 1000 y 900pb respectivamente. Además de ser validados en cepas ATCC, ha sido probados en 35 aislados clínicos que fueron identificados de la siguiente manera; 19 cepas como C. parapsilosis, 1 cepa como C. orthopsilosis, mientras que las 15 cepas restantes mostraron alta similitud con C. glabrata, C. guillermondi y C. lusitaniae al ser identificadas mediante secuenciación del fragmento ITS1 e ITS2 de la secuencia de DNA ribosomal 18S.

Marcadores Tumorales

Los marcadores tumorales son moléculas (generalmente glucoproteínas), que pueden estar elevadas en presencia de un cáncer, bien como reacción del huésped ante el tumor o bien como producto del propio tumor. Estas moléculas, cuya concentración sérica también depende de la variabilidad biológica del paciente, son detectables en diferentes fluidos biológicos. La utilidad de los marcadores tumorales viene determinada por la sensibilidad y especificidad de cada uno de ellos. No existe un marcador tumoral 100 % sensible y específico. Un marcador tumoral con una alta sensibilidad sería aquél que se encuentra elevado en la mayoría de los pacientes que presentan una determinada neoplasia, mientras que la especificidad vendría dada por aquellos pacientes con niveles normales del marcador tumoral que no presentan ningún tipo de neoplasia. Así, los marcadores con altos valores de sensibilidad y especificidad permitirían detectar a los pacientes que padecen cáncer y diferenciarlos de individuos sanos o de pacientes que presenten patologías benignas. Podemos decir que, en general, debido a la falta de una elevada sensibilidad y especificidad diagnósticas, los marcadores tumorales no sirven para la detección temprana de las neoplasias, pero sí ayudan a la confirmación de un diagnóstico ya establecido por métodos más sensibles. La mayoría de ellos tienen además un valor pronóstico en el momento del diagnóstico, ya que su concentración se relaciona con el tamaño tumoral. Su verdadero valor clínico reside, sin embargo, en el seguimiento de los pacientes, tanto para detectar una recidiva temprana, como para evaluar la efectividad del tratamiento instaurado. Nos proponemos en esta revisión hacer un repaso de los marcadores tumorales más utilizados en nuestra práctica clínica y de algunas recomendaciones que se han consensuado sobre la indicación de determinación de los mismos en diversos tumores.

Perfis sensoriais dos vinhos jovens tranquilos brancos e tintos com indicação geográfica protegida. Potenciais marcadores da tipicidade num estudo à escala nacional

Doutoramento em Engenharia Alimentar - Instituto Superior de Agronomia - UL

Estudo dos marcadores genéticos dos sistemas CODIS e ESS numa população de indivíduos provenientes de Cabo Verde residente em Lisboa

Poster apresentado na II Conferência Nacional do Instituto Nacional de Medicina legal e Ciências Forenses (INMLCF). Universidade de Coimbra, 29-30 Outubro 2015

Otimização de marcadores desenvolvidos para PCR convencional para uso em qPCR visando a diagnose de Xanthomonas campestris pv viticola em videira.

No Brasil, Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv), causadora do cancro bacteriano em videira, é uma praga quarentenária A2, com ocorrência no Semiárido Nordestino. A bactéria pode ser disseminada de plantas assintomáticas pela distribuição de material propagativo e ocorrências restritas da doença em outras regiões foram identificadas. Para diagnose confiável por PCR convencional, o DNA deve ser extraído de culturas de bactérias isoladas de tecido com sintomas suspeitos. Com a técnica, é possível detectar até 0,25 pg de DNA bacteriano total. Atualmente, métodos que empregam tecidos assintomáticos não estão disponíveis. O objetivo deste trabalho foi desenvolver um protocolo sensível à detecção de Xcv por qPCR, empregando iniciadores disponíveis da técnica convencional.

Desenvolvimento de marcadores para a seleção assistida de ausência de sementes em videiras no programa de melhoramento da Embrapa Uva e Vinho.

desenvolvimento de novas cultivares de uvas sem sementes é uma das prioridades dos programas de melhoramento de uvas de mesa do mundo. Em trabalho anterior o nosso grupo detectou um QTL (quantitative trait locus) para ausência de sementes no cromossomo 18 no locus SDI (seed development inhibitor). Evidências adicionais demonstraram que o gene VvAGL11, localizado neste locus, possui papel fundamental na morfogênese de sementes em videira. O objetivo deste trabalho foi genotipar acessos apirêincos e pirênicos com nove marcadores do tipo SNP e INDEL únicos para o alelo associado a ausência de sementes em Vitis vinifera e verificar se a metodologia de genotipagem baseada em KASP? tem potencial de uso em seleção assistida.

Diversidade genética estimada através de marcadores ISSR de Colletotrichum graminicola no Brasil.

A antracnose do milho causada pelo fungo Colletotrichum graminicola é uma das principais doenças da cultura no Brasil e no mundo, atacando praticamente todas as partes da planta. Neste trabalho, foi avaliada a variabilidade genética de 95 isolados monospóricos de C. graminicola provenientes dos estados de Goiás, Minas Gerais, Santa Catarina, São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul. Foram avaliados 15 primers ISSR, sendo selecionados nove que resultaram em um maior polimorfismo. Os fragmentos de DNA gerados pelas análises de ISSR foram avaliados mediante inspeção visual dos géis. Bandas de mesmo peso molecular, em indivíduos diferentes, foram consideradas idênticas e designadas em função da ausência (0) e presença (1) no gel. Baseado na matriz, foi gerado um dendrograma pelo método UPGMA, utilizando as 66 bandas amplificadas pelos nove primers ISSR. Ao analisar o dendrograma, foi traçada uma linha divisória no valor da distância de dissimilaridade de 0,3, dividindo os isolados em sete grupos. Baseado nos resultados, foi possível concluir que a variabilidade genética entre os isolados de C. graminicola é alta, sendo os marcadores ISSR eficazes na determinação de sua variabilidade. Os isolados utilizados no presente trabalho não apresentam estruturação geográfica.

Diversidade genética entre acessos de taperebazeiro (Spondias mombim L.) do banco ativo de germoplasma da Embrapa Amazônia Oriental com uso de marcadores ISSR.

Spondias mombim L. uma árvore frutífera encontrada nos estados do Norte e Nordeste brasileiro, cujo fruto é conhecido como cajá ou taperebá, possui importância econômica nessas regiões devido a fabricação de derivados da polpa. Esta pesquisa foi realizada com o objetivo de conhecer a variabilidade genética entre os acessos presentes no Banco Ativo de Germoplasma do Taperebazeiro, situado na Embrapa Amazônia Oriental, a fim de servir como indicativo para o programa de melhoramento da espécie. Foram analisados 29 acessos procedentes de diferentes municípios do Estado do Pará, utilizando-se sete primers ISSR. os quais produziram 30 fragmentos polimórficos. As dissimilaridades genéticas tiveram variação de 0,034 a 0,189, onde os acessos 3 e 12 foram os menos similares e acessos 19 e 22 os mais similares. Os acessos foram agrupados em quatro grupos pelo método UPGMA, a partir do ponto de corte definido pela média das distâncias. Os marcadores ISSR mostram-se bastante eficientes para estudos com a espécie mostrando-se nítidos e polimórficos.

Caracterização genética de uma população natural de bacurizeiro (Platonia insignis Mart.) por meio de marcadores ISSR.

Nativa da Região Amazônica, o bacuri (Platonia insignis Mart) é uma espécie frutífera comumente utilizada na cultura alimentar da região Norte do Brasil. Apresenta grande importância para as populações rurais como fonte de renda, devido à sua comercialização. Devido à alta capacidade de reprodução, por meio da reprodução assexuada, pode ocorrer adensamento de indivíduos com alta similaridade, ocasionando diminuição na variabilidade genética populacional. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar a diversidade genética presente em uma população natural de Platonia insignis localizada no município de Bragança, no Estado do Pará, por meio de marcadores ISSR (inter simple sequence repeats). Dessa forma, foram genotipadas 78 plantas adultas de uma população de floresta secundária com seis primers ISSR. Os primers amplificaram 42 locos, dos quais 34 foram polimórficos, representando uma taxa de 81% polimorfismo com média de 5,66 de locos polimórficos por primer. Dentro das áreas de coleta, foram encontrados 53 indivíduos considerados clones, representando 68 % do total, considerando similaridade mínima de 0,95. Desta forma, foi possível visualizar a alta incidência de clones na população.

Certificação da obtenção de híbridos de Paspalum spp. da safra 2014/2015 com o uso de marcadores microssatélites.

2016

Seleção de marcadores microssatélites e otimização de protocolo de amplificação em alfafa.

2016

Discriminação de raças primitivas de pupunha (Bactris gasipaes) na Amazônia brasileira por meio de marcadores moleculares (RAPDs).

O objetivo deste trabalho é avaliar a hipótese de três raças de pupunha (Pará, Solimões e Putumayo) com base na caracterização molecular por RAPDs.

Aplicações de marcadores moleculares em Byrsonima crassifolia.

O uso de marcadores moleculares em espécies vegetais pode auxiliar no estudo da diversidade genética ao verificar a forma de distribuição da variação genética entre e dentro de populações naturais e os locais de maior ocorrência de variação. Também pode contribuir para inferir acerca da forma de reprodução das espécies. Os marcadores podem indicar locais no quais está ocorrendo maior incidência de cruzamentos entre aparentados, taxas de fluxo gênico entre as populações e relações entre os componentes da população. Além disso, auxiliam no melhoramento genético ao determinar a variação existente nas coleções/bancos de germoplasma, no direcionamento de cruzamentos, em testes de paternidade, verificação de métodos que geram variabilidade, seleção assistida por marcadores e obtenção de marcas que possam descrever clones/variedades/cultivares recomendadas. Dessa forma, o uso de marcadores moleculares em Byrsonima crassifolia pode contribuir em diversos aspectos.