Design and standardization of PCR primers and protocols for detection of clonal immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations in suspect lymphoproliferations: report of the BIOMED-2 Concerted Action BMH4-CT98-3936.

In a European BIOMED-2 collaborative study, multiplex PCR assays have successfully been developed and standardized for the detection of clonally rearranged immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor (TCR) genes and the chromosome aberrations t(11;14) and t(14;18). This has resulted in 107 different primers in only 18 multiplex PCR tubes: three VH-JH, two DH-JH, two Ig kappa (IGK), one Ig lambda (IGL), three TCR beta (TCRB), two TCR gamma (TCRG), one TCR delta (TCRD), three BCL1-Ig heavy chain (IGH), and one BCL2-IGH. The PCR products of Ig/TCR genes can be analyzed for clonality assessment by heteroduplex analysis or GeneScanning. The detection rate of clonal rearrangements using the BIOMED-2 primer sets is unprecedentedly high. This is mainly based on the complementarity of the various BIOMED-2 tubes. In particular, combined application of IGH (VH-JH and DH-JH) and IGK tubes can detect virtually all clonal B-cell proliferations, even in B-cell malignancies with high levels of somatic mutations. The contribution of IGL gene rearrangements seems limited. Combined usage of the TCRB and TCRG tubes detects virtually all clonal T-cell populations, whereas the TCRD tube has added value in case of TCRgammadelta(+) T-cell proliferations. The BIOMED-2 multiplex tubes can now be used for diagnostic clonality studies as well as for the identification of PCR targets suitable for the detection of minimal residual disease.

The detection of contaminating clonal cells in apheresis products is related to response and outcome in multiple myeloma undergoing autologous peripheral blood stem cell transplantation.

In the present paper, we report on the use of the heteroduplex PCR technique to detect the presence of clonally rearranged VDJ segments of the heavy chain immunoglobulin gene (VDJH) in the apheresis products of patients with multiple myeloma (MM) undergoing autologous peripheral blood stem cell (APBSC) transplantation. Twenty-three out of 31 MM patients undergoing APBSC transplantation with VDJH segments clonally rearranged detected at diagnosis were included in the study. Samples of the apheresis products were PCR amplified using JH and VH (FRIII and FRII) consensus primers and subsequently analyzed with the heteroduplex technique, and compared with those obtained at diagnosis. 52% of cases yielded positive results (presence of clonally rearranged VDJH segments in at least one apheresis). The presence of positive results in the apheresis products was not related to any pretransplant characteristics with the exception of response status at transplant. Thus, while no one patient with positive apheresis products was in complete remission (CR), negative immunofixation, before the transplant, five cases (46%) with negative apheresis were already in CR at transplant (P = 0.01). The remaining six cases with heteroduplex PCR negative apheresis were in partial remission before transplant. Patients with clonally free products were more likely to obtain CR following transplant (64% vs 17%, P= 0.02) and a longer progression-free survival, (40 months in patients transplanted with polyclonal products vs 20 with monoclonal ones, P = 0.03). These results were consistent when the overall survival was considered, since it was better in those patients with negative apheresis than it was in those with positive (83% vs 36% at 5 years from diagnosis, P= 0.01). These findings indicate that the presence of clonality rearranged VDJH segments is related to the response and outcome in MM transplanted patients.

Análisis del impacto de la dirección de recursos humanos orientada a la gestión de la calidad y la excelencia organizativa : una aplicación en los servicios de medicina intensiva del complejo hospitalario universitario insular-materno infantil

Programa de doctorado: Avances en Medicina Interna. La fecha de publicación es la fecha de lectura

El complejo Gallotia galloti (Oudart, 1839) (Sauria: Lacertidae) de las Islas Canarias: nuevos datos para la interpretación filogenética del grupo

[ES] El estudio de la variabilidad genética dentro del complejo Gallotia galloti ha puesto de manifiesto la existencia de dos linajes bien diferenciados; el primero de ellos agrupa las poblaciones de las islas de El Hierro y La Gomera, y el segundo a las de Tenerife y La Palma. El análisis de las frecuencias alélicas, la proyección de cada individuo sobre el plano principal de dos análisis factoriales de correspondencias y la bajísima viabilidad de los híbridos sugieren una separación a nivel específico de los dos linajes (Gallotia galloti s.str. y G. caesaris) y la validez de, al menos, una subespecie por isla.

El complejo régimen que disciplina la responsabilidad civil por daños derivados del acoso escolar

El acoso escolar en todas sus manifestaciones (directas e indirectas) encaja y puede ser penado conforme a diversos tipos delictivos que, además del reproche criminal que merecen, conforme a la legislación penal del menor, producen un daño efectivo, que nadie tiene obligación de soportar (menos un menor de edad); por lo que ese daño, injustamente causado, da lugar al nacimiento de la correspondiente responsabilidad civil. Sin embargo, en nuestro ordenamiento jurídico coexisten una pluralidad de regímenes jurídicos «injustificables» que disciplinan una misma realidad jurídica en materia de Derecho de daños. Nuestro trabajo analiza, el distinto régimen regulador de la responsabilidad civil, en función del tramo de edad del menor y en función de si la legislación a aplicar es la civil (menores de 14 años) o la derivada de la LORPM (14 a 18 años). Diferencias sustantivas y procesales también, en función de si el hecho ilícito causante del daño y en que se subsumen las conductas de acoso escolar o ciberacoso está o no tipificado penalmente (ilícito penal o ilícito civil). Lo que, como se ha dicho, dará lugar a la aplicación de regímenes jurídicos diferenciados y a órdenes jurisdiccionales distintos (civil, contencioso y jurisdicción de menores) para su enjuiciamiento; ya sea condenado el Centro docente (público, privado o concertado), la propia Administración Educativa o los padres del menor o menores infractores. De ello nos ocupamos para clarificar la cuestión aportando las soluciones que adoptan los Tribunales.

Digestibilidad de una mezcla de sorgo con un complejo enzimático en dietas para cerdos

Para determinar la digestibilidad total aparente de la materia seca (DMS), energía (EDA), y nitrógeno (DAN) de una mezcla de sorgo (MSO) con un complejo enzimático (CE) en dietas para cerdos en crecimiento, se realizó un experimento en dos periodos de ocho días cada uno. Se utilizaron 24 cerdos (35 kg de peso vivo) distribuidos en un diseño de bloques al azar (periodo como bloque) con cuatro dietas y seis cerdos por dieta en un arreglo factorial de tratamientos 2 × 2. Los factores fueron dos ingredientes (MSO y maíz) con o sin CE resultando en las siguientes dietas: basal con maíz (DBM); DBM con la adición del CE (DBM+CE); dieta a base MSO (DMSO) y DMSO+CE. Los cerdos fueron alojados individualmente en jaulas metabólicas para la recolección total de heces. Los datos fueron analizados mediante el programa estadístico PROC MIXED de SAS, aplicando pruebas de ANAVAR, utilizando el procedimiento GLM-Tukey. No se encontró efecto del CE sobre las variables evaluadas. La EDA varió significativamente (P = 0,003) entre los dos ingredientes con valores de 3641,49 ± 42,95 kcal/kg MS y 3540,61 ± 55,82 kcal/kg MS para DBM y DMSO, respectivamente. La DAN fue mayor (P = 0,002) en la DBM (81,75±1,55 %) con respecto a la DMSO (77,06 ± 3,44%). Se concluye que la adición del CE no afectó la DMS, DAN y EDA de la mezcla de granos de sorgo evaluada en dietas para cerdos en crecimiento.

Anemia por deficiencia de Hierro en niños de 8 a 10 años de edad que estudian en el Complejo Educativo Rancho Quemado, Cantón Casa Blanca, municipio de Perquín, departamento de Morazán en el periodo de Julio a septiembre de 2014

La anemia por deficiencia de hierro es uno de los diagnósticos más comunes a nivel mundial, afecta tanto a niños como adultos y tiene muy diversas causas. Aparece cuando la ingestión de hierro es inadecuada para cumplir un nivel estándar de demanda, cuando aumentan los requerimientos de hierro o hay una perdida crónica de hemoglobina. El objetivo de la investigación fue determinar anemia por deficiencia de hierro en niños de 8 a 10 años de edad que estudian en el Complejo Educativo Rancho Quemado, Cantón Casa Blanca, municipio de Perquín en el periodo de julio a septiembre de 2014. Para lo cual la metodología que se utilizó fue de tipo prospectiva, transversal, descriptiva y de laboratorio. La población fue constituida por 81 niños y niñas entre 8 a 10 años de edad a los cuales se les realizó las pruebas de laboratorio siguientes: Hemograma completo, conteo de reticulocitos, frotis de sangre periférica, hierro sérico y capacidad de captación del hierro. Resultados obtenidos: en la determinación de hematocrito, hemoglobina e índices hematimétricos no hubo población con valores disminuidos, en la lectura del Frotis de sangre periférica, las células se encontraron con normalidad en el 100% de la población, en el conteo de reticulocitos no hubo disminución , encontrándose normal en el 100% de la población, para la determinación de hierro sérico un niño (1.25%) y una niña (1.25%)de la población resultó con hierro disminuido, capacidad de captación de hierro aumentada y porcentaje de saturación de transferrina disminuida, según la clasificación de las etapas de la anemia el 2.5% (un niño y una niña) de la población se encontró con niveles bajos de hierro sérico, aumento de la capacidad de captación de hierro, y disminución en el porcentaje de saturación de transferrina. Conclusión: En la edad de 8 años no se encontró afectación aparente, resultando con deficiencia de hierro en la edad de 9 años 1.25% y en la edad de 10 años 1.25%.

Anteproyecto de modelo arquitectónico de complejo alimentario, por medio de granjas agrícolas de La Geo

El presente trabajo consistió en el desarrollo del anteproyecto arquitectónico de un complejo alimentario, donde básicamente se propone la solución espacial para las instalaciones de un prototipo de anteproyecto propuesto por La Geo, el cual está compuesto de granjas agrícolas de La Geo, en un conjunto de espacios necesarios para la creación de un combustible alternativo a partir de procesos químicos y de tecnología biogás, todo esto producto de la granja avícola con capacidad para medio millón de aves, todos los desechos serán transformados a biogás para que este sea autosustentable. También cuenta con espacios complementarios como: Guardería y clínica asistencial, para el servicio de las comunidades aledañas y personal del complejo

Distribución y abundancia de Opistobranchios (Mollusca) en el área natural protegida complejo Los Cóbanos, Sonsonate, El Salvador

Se estudió la distribución y abundancia de la fauna opistobranchia en cuatro estaciones de monitoreo ubicadas en cuatro playas que forman parte del Área Natural Protegida Complejo Los Cóbanos, siendo estas: playa Los Cóbanos, playa El Faro, playa La Privada y playa de Decameron (Salinitas); en el municipio de Acajutla, departamento de Sonsonate, El Salvador; durante los meses de diciembre de 2014, a abril de 2015. Se utilizó la metodología de transectos lineales de 300m perpendiculares a la costa, en la zona intermareal y cuadrantes de 10m2 aplicando conteos visuales con buceo libre. Se contabilizaron un total de 9 especies, pertenecientes a los órdenes anaspidea, sacoglossa, nudibranchia, cephalaspidea; con un total de 2728 individuos, de estos la especie más abundante fue Elysia diomedea, con 1417 individuos; seguida de Stilocheilus striatus con 1171 individuos. La playa con mayor riqueza de especies fue El Faro y con menor Los Cóbanos; se presentó una mayor abundancia en el mes de abril, y menor abundancia en el mes de febrero. Respecto a la distribución, el mayor número de individuos de Elysia diomedea fueron encontrados a los 200m, Estilocheilus striatus hasta los 200m presenta mayor número de individuos y Dolabrifera dolabrifera presenta mayor número de individuos hasta los 100m, siendo su amplitud de distribución corta; el resto de especies no se puede concluir que presenten una afinidad específica hacia una distancia particular. La similitud entre las especies encontradas fue variada: en el caso de Glossodorys sedna, presentó una similitud del 0% respeto al resto de especies, la mayor similitud corresponde a Elysia diomedea y Stilocheilus striatus, con el 41% de similitud. Respecto a la diversidad, la playa que presentó un mayor valor de diversidad fue La Privada, siendo la menos diversa Decameron. Los datos obtenidos en la presente investigación pueden ser empleados en la planificación de actividades de conservación y manejo sostenible del ecosistema.

Determinación de la Flora Bacteriana Nasal y Cloacal de la Tortuga “golfina” Lepidochelys olivacea, Especie Anidante en el Área Natural Protegida Complejo Los Cóbanos. Sonsonate, El Salvador

Durante su ciclo de vida las tortugas marinas están expuestas a muchos peligros, cada año mueren al ser capturadas accidentalmente en las redes de pesca, víctimas de la pérdida de hábitat de áreas de alimentación y anidación, debido al desarrollo costero e incremento del turismo, lo anterior ha ocasionado que se les considere como especies en peligro o amenazadas de extinción. La mayoría de las enfermedades de las tortugas marinas aún no han sido descritas; por lo que es necesario conocer las bacterias que se encuentran presente en el organismo y los posibles vectores de enfermedades. El objetivo del presente estudio fue determinar la composición de la flora bacteriana en el área nasal y cloacal de las tortugas marinas Lepidochelys olivacea durante su época de anidación entre los meses de junio a octubre del año 2012, se colectaron muestras bacteriológicas provenientes de 20 hembras anidantes mediante recorridos nocturnos en tres playas El Faro, El Cocal y Salinitas pertenecientes al Área Natural Protegida Complejos Los Cóbanos Departamento de Sonsonate, El Salvador. Las muestras se colectaron a través del uso de hisopos estériles que se introdujeron en la cloaca durante el desove y en uno de los conductos nasales. Estas fueron trasladadas en al laboratorio de Biología de la Universidad de El Salvador en menos de 24 horas para su posterior análisis. En el laboratorio las muestras nasales fueron cultivadas en agar sangre, MacConkey y agar manitol sal, las cloacales fueron cultivadas en agar sangre, MacConkey, TCBS y XLD, a todas las colonias aisladas se les realizaron pruebas bioquímicas rutinarias IMVIC. Además se utilizó API 20E.

2C-Cas9: a versatile tool for clonal analysis of gene function.

CRISPR/Cas9-mediated targeted mutagenesis allows efficient generation of loss-of-function alleles in zebrafish. To date, this technology has been primarily used to generate genetic knockout animals. Nevertheless, the study of the function of certain loci might require tight spatiotemporal control of gene inactivation. Here, we show that tissue-specific gene disruption can be achieved by driving Cas9 expression with the Gal4/UAS system. Furthermore, by combining the Gal4/UAS and Cre/loxP systems, we establish a versatile tool to genetically label mutant cell clones, enabling their phenotypic analysis. Our technique has the potential to be applied to diverse model organisms, enabling tissue-specific loss-of-function and phenotypic characterization of live and fixed tissues.

Evaluación de la germinación de semillas y propagación vegetativa de Conocarpus erectus (L) con fines de conservación y manejo, en el Área Natural Protegida Complejo Barra de Santiago, sector Barra de Santiago, Departamento de Ahuachapán

El estudio de la evaluación de la germinación de semillas y propagación vegetativa de Conocarpus erectus (L) con fines de conservación y manejo, se llevó a cabo en el Área Natural Protegida Complejo Barra de Santiago, sector Barra de Santiago, Departamento de Ahuachapán, entre los meses de enero a septiembre de 2013. Se evaluaron 100 estacas y 100 acodos aéreos, a los que se les aplicó dos dosis de regulador de crecimiento Kelpak y una dosis del antifúngico Cupravit. En ambas técnicas se utilizó suelo esterilizado. Posteriormente se recolectó un aproximado de 10,000 semillas que se dividieron equitativamente entre dos tratamientos, el tratamiento 1: suelo de manglar y el tratamiento 2: suelo de manglar con excretas de Cardisoma crassum (L) “cangrejo azul”. Para realizar la siembra fue necesario preparar 10 cajas por cada tratamiento y en cada una se sembraron 500 semillas en cada caja. Según los resultados obtenidos después de 15 días, solamente 44 estacas lograron un establecimiento exitoso por que se observaron brotes apicales. Luego de 3 meses solamente se establecieron 19 estacas. En el caso de los acodos aéreos los primeros registros de producción de raíces adventicias se observaron a los 15 días, cuando aún estaban en los árboles, solamente en 30 de los 100 acodos aéreos que se montaron, se establecieron con éxito en el vivero.

Rare sex or out of reach equilibrium? The dynamics of F-IS in partially clonal organisms

Background: Partially clonal organisms are very common in nature, yet the influence of partial asexuality on the temporal dynamics of genetic diversity remains poorly understood. Mathematical models accounting for clonality predict deviations only for extremely rare sex and only towards mean inbreeding coefficient (F-IS) over bar < 0. Yet in partially clonal species, both F-IS < 0 and F-IS > 0 are frequently observed also in populations where there is evidence for a significant amount of sexual reproduction. Here, we studied the joint effects of partial clonality, mutation and genetic drift with a state-and-time discrete Markov chain model to describe the dynamics of F-IS over time under increasing rates of clonality. Results: Results of the mathematical model and simulations show that partial clonality slows down the asymptotic convergence to F-IS = 0. Thus, although clonality alone does not lead to departures from Hardy-Weinberg expectations once reached the final equilibrium state, both negative and positive F-IS values can arise transiently even at intermediate rates of clonality. More importantly, such "transient" departures from Hardy Weinberg proportions may last long as clonality tunes up the temporal variation of F-IS and reduces its rate of change over time, leading to a hyperbolic increase of the maximal time needed to reach the final mean (F-IS,F-infinity) over bar value expected at equilibrium. Conclusion: Our results argue for a dynamical interpretation of F-IS in clonal populations. Negative values cannot be interpreted as unequivocal evidence for extremely scarce sex but also as intermediate rates of clonality in finite populations. Complementary observations (e.g. frequency distribution of multiloci genotypes, population history) or time series data may help to discriminate between different possible conclusions on the extent of clonality when mean (F-IS) over bar values deviating from zero and/or a large variation of F-IS over loci are observed.

Structural Basis for Clonal Diversity of the Public T Cell Response to Dominant Epitopes from Cytomegalovirus and Influenza

A diverse T cell receptor (TCR) repertoire is a prerequisite for effective viral clearance. However, knowledge of human TCR repertoire to defined viral antigens is limited. Recent advances in high-throughput sequencing (HTS) and single-cell sorting have revolutionized the study of human TCR repertoires to different types of viruses. In collaboration with the laboratory of Dr. Nan-ping Weng (National Institute on Aging, NIH), we applied unique molecular identifier (UMI)-labelled HTS, single-cell paired TCR analysis, surface plasmon resonance, and X-ray crystallography to exhaustively interrogate CD8+ TCR repertoires specific for cytomegalovirus (CMV) and influenza A (Flu) in HLA-A2+ humans. Our two CMV-specific TCR-pMHC structures and two Flu-specific TCR-pMHC structures provide a plausible explanation for the much higher diversity of CMV-specific than Flu-specific TCR repertoires in humans. Our comprehensive biochemical and structural portrait of two different anti-viral T cell responses may contribute to the future development of predictors of immunity or disease at the individual level.