Java-kieleen perustuvien www-sovellusten suorituskyvyn testaus ja parantaminen

Testauksesta on tullut oleellinen, yhä tärkeämpi sovelluskehitysprojektien osa. Sovelluksilta vaaditaan luotettavuutta kaikilla niiden toiminnan osa-alueilla. Suorituskykyyn liittyvät asiat ovat keskeinen osa näitä vaatimuksia erityisesti, kun kyse on Internetissä toimivista www-sovelluksista. Aluksi työssä esitellään erilaisia sovellusten testausmenetelmiä. Siinä kerrotaan yleisimmistä menetelmistä, joiden avulla pyritään sovelluksista löytämään vääränlaiset toimintatavat suhteessa niiden määriteltyihin toimintatapoihin. Testauksen tulosten avulla pystytään keskittymään oikeisiin kohtiin sovellusten toiminnan korjaamisessa. Työssä analysoidaan www-sovellusten rakennetta yleisen kerrosarkkitehtuurin eri kerrosten ominaisuuksia ja niihin sisältyviä keskeisimpiä sovellusten suorituskykyyn vaikuttavia tekijöitä kuvaillen. Näiden, www-sovellusten eri osien suorituskykyyn vaikuttavien ominaisuuksien perusteella esitellään esimerkkejä, kuinka Java-kieleen perustuvien www-sovellusten suorituskykyä voidaan parantaa. Lisäksi työssä kuvataan, kuinka erityisesti ilmaisella Apache JMeter-sovelluksella voidaan Java-kieleen perustuvien www-sovellusten suorituskykyä mitata. Työn tuloksena esitellään lopuksi suorituskyvyn testaus- ja parannusprosessi. Sen tarkoitus on selkeyttää erityisesti Java-kieleen perustuvien www-sovellusten suorituskyvyn testauksessa ja parannuksessa huomioon otettavia asioita.

An Open Source, DDI-based Curation System for Social Science Data

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

SYLI - an external workflow system for DSpace

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Preserve your content with LOCKSS-O-Matic

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Cost-efficient virtual machine management : provisioning, admission control, and consolidation

One of the main challenges in Software Engineering is to cope with the transition from an industry based on software as a product to software as a service. The field of Software Engineering should provide the necessary methods and tools to develop and deploy new cost-efficient and scalable digital services. In this thesis, we focus on deployment platforms to ensure cost-efficient scalability of multi-tier web applications and on-demand video transcoding service for different types of load conditions. Infrastructure as a Service (IaaS) clouds provide Virtual Machines (VMs) under the pay-per-use business model. Dynamically provisioning VMs on demand allows service providers to cope with fluctuations on the number of service users. However, VM provisioning must be done carefully, because over-provisioning results in an increased operational cost, while underprovisioning leads to a subpar service. Therefore, our main focus in this thesis is on cost-efficient VM provisioning for multi-tier web applications and on-demand video transcoding. Moreover, to prevent provisioned VMs from becoming overloaded, we augment VM provisioning with an admission control mechanism. Similarly, to ensure efficient use of provisioned VMs, web applications on the under-utilized VMs are consolidated periodically. Thus, the main problem that we address is cost-efficient VM provisioning augmented with server consolidation and admission control on the provisioned VMs. We seek solutions for two types of applications: multi-tier web applications that follow the request-response paradigm and on-demand video transcoding that is based on video streams with soft realtime constraints. Our first contribution is a cost-efficient VM provisioning approach for multi-tier web applications. The proposed approach comprises two subapproaches: a reactive VM provisioning approach called ARVUE and a hybrid reactive-proactive VM provisioning approach called Cost-efficient Resource Allocation for Multiple web applications with Proactive scaling. Our second contribution is a prediction-based VM provisioning approach for on-demand video transcoding in the cloud. Moreover, to prevent virtualized servers from becoming overloaded, the proposed VM provisioning approaches are augmented with admission control approaches. Therefore, our third contribution is a session-based admission control approach for multi-tier web applications called adaptive Admission Control for Virtualized Application Servers. Similarly, the fourth contribution in this thesis is a stream-based admission control and scheduling approach for on-demand video transcoding called Stream-Based Admission Control and Scheduling. Our fifth contribution is a computation and storage trade-o strategy for cost-efficient video transcoding in cloud computing. Finally, the sixth and the last contribution is a web application consolidation approach, which uses Ant Colony System to minimize the under-utilization of the virtualized application servers.

Applying software performance engineering methods to development of IT device management systems

Ohjelmiston suorituskyky on kokonaisvaltainen asia, johon kaikki ohjelmiston elinkaaren vaiheet vaikuttavat. Suorituskykyongelmat johtavat usein projektien viivästymisiin, kustannusten ylittymisiin sekä joissain tapauksissa projektin täydelliseen epäonnistumiseen. Software performance engineering (SPE) on ohjelmistolähtöinen lähestysmistapa, joka tarjoaa tekniikoita suorituskykyisen ohjelmiston kehittämiseen. Tämä diplomityö tutkii näitä tekniikoita ja valitsee niiden joukosta ne, jotka soveltuvat suorituskykyongelmien ratkaisemiseen kahden IT-laitehallintatuotteen kehityksessä. Työn lopputuloksena on päivitetty versio nykyisestä tuotekehitysprosessista, mikä huomioi sovellusten suorituskykyyn liittyvät haasteet tuotteiden elinkaaren eri vaiheissa.

Ohjelmoinnin opetus peruskoulussa: toiminnallisuutta ja graafista ohjelmointikieltä hyödyntävien opetusmenetelmien vertailu

Ohjelmoinnin opettaminen yleissivistävänä oppiaineena on viime aikoina herättänyt kiinnostusta Suomessa ja muualla maailmassa. Esimerkiksi Suomen opetushallituksen määrittämien, vuonna 2016 käyttöön otettavien peruskoulun opintosuunnitelman perusteiden mukaan, ohjelmointitaitoja aletaan opettaa suomalaisissa peruskouluissa ensimmäiseltä luokalta alkaen. Ohjelmointia ei olla lisäämässä omaksi oppiaineekseen, vaan sen opetuksen on tarkoitus tapahtua muiden oppiaineiden, kuten matematiikan yhteydessä. Tämä tutkimus käsittelee yleissivistävää ohjelmoinnin opetusta yleisesti, käy läpi yleisimpiä haasteita ohjelmoinnin oppimisessa ja tarkastelee erilaisten opetusmenetelmien soveltuvuutta erityisesti nuorten oppilaiden opettamiseen. Tutkimusta varten toteutettiin verkkoympäristössä toimiva, noin 9–12-vuotiaille oppilaille suunnattu graafista ohjelmointikieltä ja visuaalisuutta tehokkaasti hyödyntävä oppimissovellus. Oppimissovelluksen avulla toteutettiin alakoulun neljänsien luokkien kanssa vertailututkimus, jossa graafisella ohjelmointikielellä tapahtuvan opetuksen toimivuutta vertailtiin toiseen opetusmenetelmään, jossa oppilaat tutustuivat ohjelmoinnin perusteisiin toiminnallisten leikkien avulla. Vertailututkimuksessa kahden neljännen luokan oppilaat suorittivat samankaltaisia, ohjelmoinnin peruskäsitteisiin liittyviä ohjelmointitehtäviä molemmilla opetus-menetelmillä. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää alakouluoppilaiden nykyistä ohjelmointiosaamista, sitä minkälaisen vastaanoton ohjelmoinnin opetus alakouluoppilailta saa, onko erilaisilla opetusmenetelmillä merkitystä opetuksen toteutuksen kannalta ja näkyykö eri opetusmenetelmillä opetettujen luokkien oppimistuloksissa eroja. Oppilaat suhtautuivat kumpaankin opetusmenetelmään myönteisesti, ja osoittivat kiinnostusta ohjelmoinnin opiskeluun. Sisällöllisesti oppitunneille oli varattu turhan paljon materiaalia, mutta esimerkiksi yhden keskeisimmän aiheen, eli toiston käsitteen oppimisessa aktiivisilla leikeillä harjoitellut luokka osoitti huomattavasti graafisella ohjelmointikielellä harjoitellutta luokkaa parempaa osaamista oppitunnin jälkeen. Ohjelmakoodin peräkkäisyyteen liittyvä osaaminen oli neljäsluokkalaisilla hyvin hallussa jo ennen ohjelmointiharjoituksia. Aiheeseen liittyvän taustatutkimuksen ja luokkien opettajien haastatteluiden perusteella havaittiin koulujen valmiuksien opetussuunnitelmauudistuksen mukaiseen ohjelmoinnin opettamiseen olevan vielä heikolla tasolla.

Conception de microARNs pour attenuer l'expression de genes

Les microARNs appartiennent à la famille des petits ARNs non-codants et agissent comme inhibiteurs des ARN messagers et/ou de leurs produits protéiques. Les mi- croARNs sont différents des petits ARNs interférants (siARN) car ils atténuent l’ex- pression au lieu de l’éliminer. Dans les dernières années, de nombreux microARNs et leurs cibles ont été découverts chez les mammifères et les plantes. La bioinforma- tique joue un rôle important dans ce domaine, et des programmes informatiques de découvertes de cibles ont été mis à la disposition de la communauté scientifique. Les microARNs peuvent réguler chacun des centaines de gènes, et les profils d’expression de ces derniers peuvent servir comme classificateurs de certains cancers. La modélisation des microARNs artificiels est donc justifiable, où l’un pourrait cibler des oncogènes surexprimés et promouvoir une prolifération de cellules en santé. Un outil pour créer des microARNs artificiels, nommé MultiTar V1.0, a été créé et est disponible comme application web. L’outil se base sur des propriétés structurelles et biochimiques des microARNs et utilise la recherche tabou, une métaheuristique. Il est démontré que des microARNs conçus in-silico peuvent avoir des effets lorsque testés in-vitro. Les sé- quences 3’UTR des gènes E2F1, E2F2 et E2F3 ont été soumises en entrée au programme MultiTar, et les microARNs prédits ont ensuite été testés avec des essais luciférases, des western blots et des courbes de croissance cellulaire. Au moins un microARN artificiel est capable de réguler les trois gènes par essais luciférases, et chacun des microARNs a pu réguler l’expression de E2F1 et E2F2 dans les western blots. Les courbes de crois- sance démontrent que chacun des microARNs interfère avec la croissance cellulaire. Ces résultats ouvrent de nouvelles portes vers des possibilités thérapeutiques.

Programmes d’exercices à domicile adaptés à des conditions musculosquelettiques variées : transfert de connaissances

Travail d'intégration réalisé dans le cadre du cours PHT-6113.

Déployer le réseau en images : les Googlegrams d'Abu Ghraib

Le web et les images qui y foisonnent font désormais partie de notre quotidien et ils façonnent notre manière de penser le monde. Certaines œuvres d’art permettent, semble-t-il, de réfléchir à la fois sur l’image, les technologies web, les relations qu’elles entretiennent et les enjeux sociopolitiques qui les sous-tendent. C’est dans cette perspective que ce mémoire s’intéresse aux travaux de la série des Googlegrams (2004-2006) de Joan Fontcuberta, particulièrement à deux œuvres qui reprennent les photographies de torture de la prison d’Abu Ghraib devenues iconiques. Ce sont des photomosaïques utilisant ces images comme matrices dans lesquelles viennent s’insérer des milliers de petites images qui ont été trouvées dans le web grâce au moteur de recherche d’images de Google, selon certains mots-clés choisis par l’artiste de façon à faire écho à ces photographies-matrices. Ces œuvres sont ici considérées en tant qu’outils d’études actifs nous permettant de déployer les assemblages d’images et de technologies qu’elles font interagir. Il s’agit de suivre les acteurs et les réseaux qui se superposent et s’entremêlent dans les Googlegrams : d’abord les photographies d’Abu Ghraib et leur iconisation ; ensuite le moteur de recherche et sa relation aux images ; finalement les effets de la photomosaïque. Cette étude s’effectue donc à partir des interactions entre ces différents éléments qui constituent les œuvres afin de réfléchir sur leurs rôles dans le façonnement de la représentation de l’information.

Dynamic Injection of Scribble Features into Graphical Diagram Editors

Almost everyone sketches. People use sketches day in and day out in many different and heterogeneous fields, to share their thoughts and clarify ambiguous interpretations, for example. The media used to sketch varies from analog tools like flipcharts to digital tools like smartboards. Whereas analog tools are usually affected by insufficient editing capabilities like cut/copy/paste, digital tools greatly support these scenarios. Digital tools can be grouped into informal and formal tools. Informal tools can be understood as simple drawing environments, whereas formal tools offer sophisticated support to create, optimize and validate diagrams of a certain application domain. Most digital formal tools force users to stick to a concrete syntax and editing workflow, limiting the user’s creativity. For that reason, a lot of people first sketch their ideas using the flexibility of analog or digital informal tools. Subsequently, the sketch is "portrayed" in an appropriate digital formal tool. This work presents Scribble, a highly configurable and extensible sketching framework which allows to dynamically inject sketching features into existing graphical diagram editors, based on Eclipse GEF. This allows to combine the flexibility of informal tools with the power of formal tools without any effort. No additional code is required to augment a GEF editor with sophisticated sketching features. Scribble recognizes drawn elements as well as handwritten text and automatically generates the corresponding domain elements. A local training data library is created dynamically by incrementally learning shapes, drawn by the user. Training data can be shared with others using the WebScribble web application which has been created as part of this work.

Instant Storyboarding

This thesis aims at empowering software customers with a tool to build software tests them selves, based on a gradual refinement of natural language scenarios into executable visual test models. The process is divided in five steps: 1. First, a natural language parser is used to extract a graph of grammatical relations from the textual scenario descriptions. 2. The resulting graph is transformed into an informal story pattern by interpreting structurization rules based on Fujaba Story Diagrams. 3. While the informal story pattern can already be used by humans the diagram still lacks technical details, especially type information. To add them, a recommender based framework uses web sites and other resources to generate formalization rules. 4. As a preparation for the code generation the classes derived for formal story patterns are aligned across all story steps, substituting a class diagram. 5. Finally, a headless version of Fujaba is used to generate an executable JUnit test. The graph transformations used in the browser application are specified in a textual domain specific language and visualized as story pattern. Last but not least, only the heavyweight parsing (step 1) and code generation (step 5) are executed on the server side. All graph transformation steps (2, 3 and 4) are executed in the browser by an interpreter written in JavaScript/GWT. This result paves the way for online collaboration between global teams of software customers, IT business analysts and software developers.

Conditional compositional biplots: theory and application

The biplot has proved to be a powerful descriptive and analytical tool in many areas of applications of statistics. For compositional data the necessary theoretical adaptation has been provided, with illustrative applications, by Aitchison (1990) and Aitchison and Greenacre (2002). These papers were restricted to the interpretation of simple compositional data sets. In many situations the problem has to be described in some form of conditional modelling. For example, in a clinical trial where interest is in how patients’ steroid metabolite compositions may change as a result of different treatment regimes, interest is in relating the compositions after treatment to the compositions before treatment and the nature of the treatments applied. To study this through a biplot technique requires the development of some form of conditional compositional biplot. This is the purpose of this paper. We choose as a motivating application an analysis of the 1992 US President ial Election, where interest may be in how the three-part composition, the percentage division among the three candidates - Bush, Clinton and Perot - of the presidential vote in each state, depends on the ethnic composition and on the urban-rural composition of the state. The methodology of conditional compositional biplots is first developed and a detailed interpretation of the 1992 US Presidential Election provided. We use a second application involving the conditional variability of tektite mineral compositions with respect to major oxide compositions to demonstrate some hazards of simplistic interpretation of biplots. Finally we conjecture on further possible applications of conditional compositional biplots

MapFish. A WebGIS 2.0 Framework: toolkit to build rich client WebGIS

MapFish is an open-source development framework for building webmapping applications. MapFish is based on the OpenLayers API and the Geo extension of Ext library, and extends the Pylons general-purpose web development framework with geo-specific functionnalities. This presentation first describes what the MapFish development framework provides and how it can help developers implement rich web-mapping applications. It then demonstrates through real web-mapping realizations what can be achieved using MapFish : Geo Business Intelligence applications, 2D/3D data visualization, on/off line data edition, advanced vectorial print functionnalities, advanced administration suite to build WebGIS applications from scratch, etc. In particular, the web-mapping application for the UN Refugee Agency (UNHCR) and a Regional Spatial Data Infrastructure will be demonstrated

Analysis and regeneration of hypermedia contents through Java and XML tools

This paper presents a tool for the analysis and regeneration of Web contents, implemented through XML and Java. At the moment, the Web content delivery from server to clients is carried out without taking into account clients' characteristics. Heterogeneous and diverse characteristics, such as user's preferences, different capacities of the client's devices, different types of access, state of the network and current load on the server, directly affect the behavior of Web services. On the other hand, the growing use of multimedia objects in the design of Web contents is made without taking into account this diversity and heterogeneity. It affects, even more, the appropriate content delivery. Thus, the objective of the presented tool is the treatment of Web pages taking into account the mentioned heterogeneity and adapting contents in order to improve the performance on the Web