Desarrollo de una aplicación de computador para analizar parámetros estadísticos genético-poblacionales de microsatélites en poblaciones humanas

La información y los datos genéticos que emanan hoy de las investigaciones del genoma humano demandan el desarrollo de herramientas informáticas capaces de procesar la gran cantidad de información disponible. La mayor cantidad de datos genéticos es el resultado de equipos que realizan el análisis simultáneo de cientos o miles de polimorfismos o variaciones genéticas, de nuevas técnicas de laboratorio de mayor rendimiento que, en conjunto, ofrecen una mayor disponibilidad de información en un corto espacio de tiempo. Esta problemática conduce a la necesidad de desarrollar nuevas herramientas informáticas capaces de lidiar con este mayor volumen de datos genéticos. En el caso de la genética de poblaciones, a pesar de que existen herramientas informáticas que permiten procesar y facilitar el análisis de los datos, estas tienen limitaciones como la falta de conocimiento de los usuarios de algunos lenguajes de programación para alimentar la información y otras herramientas informáticas no realizan todas las estimaciones que se requieren y otros presentan limitaciones en cuanto al número de datos que pueden incorporar o manejar. En algunos casos hay redundancia al tener que usarse dos o más herramientas para poder procesar un conjunto de datos de información genética. El presente trabajo tiene por objetivo el desarrollo de una herramienta informática basada en aplicaciones de computador comunes, en este caso Microsoft Excel® y que resuelva todos los problemas y las limitaciones descritas antes. El desarrollo del conjunto de subprogramas que constituyen a Lustro; permiten superar lo anterior, presentar los resultados en un ambiente sencillo, conocido y fácil de operar, simplificando de esta forma el proceso de adaptación del usuario del programa, sin entrenamiento previo, obteniéndose en corto tiempo el procesamiento de la información genética de interés.

Compromiso renal en artritis idiopática juvenil (AIJ) en una población de pacientes colombianos

La artritis idiopática juvenil AIJ es la entidad más frecuente de las enfermedades reumatológicas en la infancia. No se conoce la prevalencia global del compromiso renal en los pacientes con AIJ, considerándose de rara ocurrencia. Objetivo: Describir el compromiso renal en niños con diagnóstico de artritis idiopática juvenil (AIJ) en la Clínica Infantil Colsubsidio atendidos en el periodo comprendido entre marzo de 2006 y marzo de 2010 Materiales y métodos: Estudio retrospectivo descriptivo de serie de casos. Pacientes de la Clínica Infantil Colsubsidio con diagnóstico de AIJ, con posterior revisión sistemática de las historias clínicas. Se introdujeron los datos a una base creada en Excel 2007 y se realizó el análisis estadístico con el programa estadístico STATA 10.1 Resultados: 35 pacientes del género masculino (30.43%) y 80 del femenino (69.57%). Con una mediana de edad de 7 años . La prevalencia de compromiso renal para esta población fue de 30.43%. con diferencias estadísticamente significativas en las variables relación proteinuria / creatinuria y proteinuria de 24 horas .Se realizó biopsia renal en 3 pacientes (2.61% de la población) con nefropatía de cambios mínimos. Se encontraron diferencias estadísticamente significativas en cuanto al uso de prednisolona, metotrexate oral y metotrexate intravenoso. Conclusiones: El compromiso renal representa una complicación importante y no tan infrecuente en los paciente que padecen AIJ. Se observó una mayor prevalencia en los pacientes con AIJ que usaron prednisolona y metotrexate endovenoso, sin que esto represente una asociación causal. Se sugiere la realización de un estudio prospectivo.

Testing for Hidden Information and Action in Automobile Insurance Market

I test the presence of hidden information and action in the automobile insurance market using a data set from several Colombian insurers. To identify the presence of hidden information I find a common knowledge variable providing information on policyholder s risk type which is related to both experienced risk and insurance demand and that was excluded from the pricing mechanism. Such unused variable is the record of policyholder s traffic offenses. I find evidence of adverse selection in six of the nine insurance companies for which the test is performed. From the point of view of hidden action I develop a dynamic model of effort in accident prevention given an insurance contract with bonus experience rating scheme and I show that individual accident probability decreases with previous accidents. This result brings a testable implication for the empirical identification of hidden action and based on that result I estimate an econometric model of the time spans between the purchase of the insurance and the first claim, between the first claim and the second one, and so on. I find strong evidence on the existence of unobserved heterogeneity that deceives the testable implication. Once the unobserved heterogeneity is controlled, I find conclusive statistical grounds supporting the presence of moral hazard in the Colombian insurance market.

Láseres fraccionales en el tratamiento de cicatrices de acné y postquirúrgicas: revisión sistemática de la literatura

Resumen Introducción: el tratamiento de cicatrices de acné y post-quirúrgicas con láseres fraccionales abre una frontera en el manejo de una patología con una alta incidencia alrededor del mundo y sobre la cual no existe un tratamiento gold-standar. Objetivo: determinar la efectividad de los láseres fraccionales en el manejo de cicatrices post acné y postquirúrgicas y al determinar los eventos adversos más comunes asociados al uso de esta tecnología. Materiales y métodos: Se realizó una búsqueda sistemática (Cochrane, Pub Med, Science Direct, Ovid, Hinari, Interscience y Lilacs,) de ensayos clínicos controlados publicados hasta diciembre de 2009. Se seleccionaron cuatro ensayos clínicos controlados aleatorizados con base en su calidad metodológica y se extrajeron los siguientes datos: tamaño de la muestra, parámetros, tipo de cicatrices, resultados, eventos adversos y grado de satisfacción. Igualmente se estudiaron una amplia variedad de revisiones en cuanto a la fisiopatología, morfología y severidad de las cicatrices y los métodos actuales de tratamiento. Resultados: la tecnología fraccional es efectiva en el tratamiento de cicatrices de acné y post-quirúrgicas al lograr mejoría en textura, color y aspecto general, que osciló entre el 50 y 70% evidenciada en los estudios incluidos en la revisión (24, 25, 26, 27). La satisfacción de los pacientes superó el 60%. Se observó una baja incidencia de efectos adversos de carácter leve y transitorio, corta incapacidad y la principal de ellas fue la hiperpigmentación postinflamatoria. Conclusión: la fototermólisis fraccional es efectiva y segura en el tratamiento de cicatrices de acné y post-quirúrgicas y presenta ventajas frente a otros sistemas (26, 27). Los métodos que combinan diferentes láseres aportan un mayor beneficio. Palabras clave: fototermólisis fraccional, láseres fraccionados, cicatrices post-acné, cicatrices postquirúrgicas, cicatrización.

Using zappers in Common Learning Spaces (Windows XP)

This resource is now obsolete and has been replaced by http://www.edshare.soton.ac.uk/5920/ This PowerPoint is an animated step-by-step guide that shows tutors how to use zappers in a teaching session. It covers starting the PC, distributing the zappers, plugging in the receiver, starting the software, running the presentation and managing voting, saving data at the end and collecting the handsets. It takes around 5 minutes to view.

Trombosis de senos venosos cerebrales en pacientes mayores de 18 años en un hospital de cuarto nivel de Bogotá

Aunque la trombosis venosa cerebral representa una pequeña proporción de la enfermedad cerebrovascular, su incidencia y prevalencia se han incrementado en los últimos años. Este fenómeno puede ser explicado por la mejoría en el acceso a métodos diagnósticos no invasivos y el desarrollo de técnicas más especializadas de Resonancia Magnética. Por las razones anteriores es necesario conocer las características demográficas y el comportamiento clínico de esta entidad en nuestro medio. Objetivo. El propósito de este estudio es describir las características clínicas y demográficas de pacientes con trombosis venosa cerebral y sus complicaciones en una población clínica de un hospital de IV nivel de Bogotá, Colombia. Métodos. Se analizaron historias clínicas de pacientes con trombosis venosa cerebral para obtener datos sobre los aspectos demográficos, condición clínica y complicaciones. Resultados. Se encontraron 38 registros clínicos, 76,3% mujeres, con un 60,4% de este grupo menor de 40 años. La trombofilia fue el factor de riesgo más común, siendo el síndrome antifosfolípido su principal causa, otras causas importantes fueron el embarazo y puerperio. Conclusión. La trombosis venosa cerebral es una enfermedad frecuente en la práctica clínica. En este estudio las mujeres en edad fértil fueron el grupo más afectado. Aunque no se encontró una relación estadísticamente significativa, las mujeres con síndrome antifosfolípido representaron el grupo con mayor chance de complicaciones. Se necesitan más estudios a futuro con un mayor tamaño de muestra.

Tamizaje neonatal para fibrosis quística en una muestra de la ciudad de Bogotá

La Fibrosis Quística es la enfermedad autosómica recesiva mas frecuente en caucásicos. En Colombia no se conoce la incidencia de la enfermedad, pero investigaciones del grupo de la Universidad del Rosario indican que podría ser relativamente alta. Objetivo: Determinar la incidencia de afectados por Fibrosis Quística en una muestra de recién nacidos de la ciudad de Bogotá. Metodología: Se analizan 8.297 muestras de sangre de cordón umbilical y se comparan tres protocolos de tamizaje neonatal: TIR/TIR, TIR/DNA y TIR/DNA/TIR. Resultados: El presente trabajo muestra una incidencia de 1 en 8.297 afectados en la muestra analizada. Conclusiones: Dada la relativamente alta incidencia demostrada en Bogotá, se justifica la implementación de Tamizaje Neonatal para Fibrosis Quística en Colombia.

Thanatos Empresarial : muerte empresarial en el sector minero causas y consecuencias

Este trabajo hace parte del proyecto de investigación de Thanatos Empresarial, el propósito del tema fue seleccionado con el fin de encontrar un factor o patrón común existente entre las empresas del sector minero colombiano, teniendo en cuenta aquellas que hayan sido liquidadas, estén cursando un proceso de liquidación obligatoria o aun estén desarrollando actividades. El trabajo fue dividido en tres partes principales. En la primera expresamos la problemática que cursa el país por la mortalidad prematura de empresas en el país, problemática que en lugar de disminuir sigue aumentando, pese a que desde hace más de cuatro décadas se han venido creando y modernizando leyes que buscan fomentar la creación de empresas sostenibles y de la misma manera ayudar a aquellas que se vean en la necesidad de entrar en un proceso de liquidación. La segunda parte de la investigación esta nutrida de datos recogidos por entidades, principalmente del estado, durante los últimos 15 años, por medio de los cuales se puede ver detalladamente las cifras de empresas que han venido entrando a procesos de liquidación, concordato, reorganización etc. y como pese a las leyes, muy pocas son las que logran sobrevivir a este proceso. Los resultados obtenidos mediante el análisis de estos datos corroboran de manera precisa esta premisa, las leyes existentes no están siendo suficientes para frenar la mortalidad de empresas en lo que respecta al sector minero nacional. Las empresas no toman decisiones por si solas, al mando de ellas están diferentes personas que como capitanes de un barco dirigen el rumbo de la misma, dependiendo de qué decisiones se tomen desde la dirección y la gerencia la empresa lograra recorrer el camino del éxito o del fracaso. Lamentablemente muchos de los emprendedores colombianos deciden dirigir su compañía sin buscar ayuda de algunos estamentos que fueron creados para ayudarlos y evitar la crisis de las empresas, tales como las cámaras de comercio, y por lo mismo debido a su inexperiencia o al abuso de toma de decisiones arriesgadas terminan por echar por la borda la empresa y poniendo en dificultades a todos los que de una u otra forma interactuaban con esta. Esta investigación cobra importancia cuando aquellas personas que desean crear empresa, buscan informarse con anterioridad sobre los problemas pueden cursar cuando entren en el mercado, encontrando en este trabajo una herramienta valiosísima en la gestión de la crisis la cual hace las veces de guía para evitar repetir el patrón que causa la muerte prematura de muchas empresas en el sector minero y en general en la economía Colombiana.

Revisión sistemática : uso de imágenes por difusión en RMN, para predecir sobrevida en pacientes adultos con diagnostico de glioblastoma multiforme

El Glioblastoma multiforme (GBM), es el tumor cerebral más frecuente, con pronóstico grave y baja sensibilidad al tratamiento inicial. El propósito de este estudio fue evaluar si la Difusión en RM (IDRM), es un biomarcador temprano de respuesta tumoral, útil para tomar decisiones tempranas de tratamiento y para obtener información pronostica. Metodología La búsqueda se realizo en las bases de datos EMBASE, CENTRAL, MEDLINE; las bibliografías también fueron revisadas. Los artículos seleccionados fueron estudios observacionales (casos y controles, cohortes, corte transversal), no se encontró ningún ensayo clínico; todos los participante tenían diagnostico histopatológico de GBM, sometidos a resección quirúrgica y/o radio-quimioterapia y seguimiento de respuesta al tratamiento con IDRM por al menos 6 meses. Los datos extraídos de forma independiente fueron tipo de estudio, participantes, intervenciones, seguimiento, desenlaces (sobrevida, progresión/estabilización de la enfermedad, muerte) Resultados Quince estudios cumplieron los criterios de inclusión. Entre las técnicas empleadas de IDRM para evaluar respuesta radiológica al tratamiento, fueron histogramas del coeficiente aparente de difusion ADC (compararon valores inferiores a la media y el percentil 10 de ADC, con los valores superiores); encontrando en términos generales que un ADC bajo es un fuerte predictor de sobrevida y/o progresión del tumor. (Esto fue significativo en 5 estudios); mapas funcionales de difusion (FDM) (midieron el porcentaje de cambio de ADC basal vs pos tratamiento) que mostro ser un fuerte predictor de sobrevida en pacientes con progresión tumoral. DISCUSION Desafortunadamente la calidad de los estudios fue intermedia-baja lo que hace que la aplicabilidad de los estudios sea limitada.

Nuevos factores de riesgo para enfermedad cardiovascular en artritis reumatoide

Introducción: Dado que la enfermedad cardiovascular (ECV) es la causa más común de mortalidad en pacientes con artritis reumatoide (AR), el objetivo fue determinar los factores asociados a esta complicación en una serie amplia de pacientes colombianos. Adicionalmente, se efectuó una revisión sistemática de la literatura para abordar el estado del arte sobre los factores de riesgo no tradicionales para la ECV en AR. Métodos: Estudio analítico, de tipo corte transversal en el que 800 pacientes colombianos con AR se evaluaron teniendo en cuenta variables asociadas a ECV. Se siguieron las pautas de los elementos de Información Preferidos para Revisiones Sistemáticas y Meta-análisis (PRISMA). Resultados: Colesterol ≥200 mg/dL (OR 3.44; IC 95% 2.21-5.38; p<0.0001), índice de masa corporal anormal (OR 1.70; IC 95% 1.12-2.58; p=0.011), fueron factores de riesgo tradicionales significativamente asociados con ECV en estos pacientes. Como factores no tradicionales de riesgo, autoinmunidad familiar (OR 2.03; IC 95% 1.13-3.65; p=0.017), más de 10 años de enfermedad (OR 2.12; IC 95% 1.36-3.29; p=0.001), trabajadores en las tareas del hogar (OR 2.29; IC 95% 1.45-3.61; p<0.0001), uso de esteroides sistémicos (OR 2.51; IC 95% 1.18-5.37; p=0.017) se asociaron con ECV en nuestra población. A través de la revisión sistemática varios factores y resultados relacionados con las ECV fueron confirmados e identificados. Conclusiones: Los factores de riesgo tradicionales no explican completamente las altas tasas de ECV en los pacientes con AR. Así, factores de riesgo no tradicionales, relacionados con autoinmunidad se reconocen ahora y actúan sinérgicamente, como predictores de esta comorbilidad.

Prevalencia de edema pulmonar agudo en el embarazo y el puerperio

El edema pulmonar agudo durante el embarazo es una entidad que aunque no es muy común, produce una alta morbimortalidad tanto materna como fetal. Metodología Se realizó un estudio transversal para calcular la prevalencia del edema pulmonar agudo en el embarazo en la Clínica Orquídeas, tomando los datos en un periodo de tres años. Se analizaron las principales características y se calcularon las tasas de morbilidad. Resultados La prevalencia del edema pulmonar agudo es de 0.67/1000 pacientes que ingresan a UCI en la Clínica Orquídeas. La enfermedad asociada más común es la preeclampsia con el 81% de los casos, y el sobrepeso influye de forma notoria. El tipo de ventilación más usada fue ventilación mecánica invasiva con 71% Discusión La prevalencia de edema pulmonar durante el embarazo es mayor en el presente estudio, que en otras series, posiblemente debido a que los datos fueron calculados en una UCI obstétrica únicamente. Este estudio servirá como base para posteriores estudios analíticos, siendo el primero realizado en nuestro país.

Valor diagnostico de la colangioresonancia para la detección de coledocolitiasis en pancreatitis aguda Hospital Mederi-Bogotá

La pancreatitis aguda (PA) es una patología clínica común que abarca un espectro desde leve hasta fatal, donde se produce una inflamación del páncreas por auto digestión enzimática con grado variable de compromiso sistémico. Es una emergencia abdominal grave con una mortalidad del 9-23%. En el 40% de los casos de pancreatitis aguda se encuentra que es de origen biliar. La prevalencia de enfermedad biliar a nivel mundial en adultos varía entre 5,9% y 21,9%, con grandes variaciones geográficas y regionales, se encuentran en el 12% de los hombres y el 24% de las mujeres. La prevalencia aumenta con la edad. Latinoamérica es una región con alta prevalencia. En pacientes con colelitiasis del 5-15 % tienen coledocolitiasis. La alta prevalencia de la patología biliar en nuestro país hace que esta sea una causa frecuente de consulta médica por dolor abdominal. El factor común presente en la gran mayoría de las enfermedades de la vía biliar es la Colelitiasis. La complicación más frecuente, la Coledocolitiasis, se ha reportado con cifras hasta de un 20% y como complicación de esta la pancreatitis. La pancreatitis aguda de origen biliar (PAB) es causada por una obstrucción transitoria o persistente de la ampolla de Váter por barro biliar o por cálculos. En el diagnostico de la PAB se emplean métodos invasivos como la colangiopancreaticografia endoscópica retrograda (CPRE) la cual trae consigo morbilidad y mortalidad asociada y métodos no invasivos como la colangiopancreaticografia magnética (CRM) que emerge como modalidad prometedora en el diagnostico y manejo de la PAB en centros de tercer y cuarto nivel de complejidad. El manejo actual de la PAB es la remoción de la obstrucción del conducto biliar común (CBC) seguida de su tratamiento definitivo, la colecistectomía o CPRE con papilotomia. En nuestro país no se han publicado estudios con datos locales acerca de la utilidad de la CRM para la detección de coledocolitiasis, en las guías de manejo de coledocolitiasis de la asociación colombiana de cirugía publicadas en el año 2004, hace referencia de la utilidad de la CRM para el diagnostico de esta entidad tomando como base una revisión sistemática de estudios publicados en Medline, Pubmed y Cocrane los cuales no incluyen experiencia a nivel nacional. En este estudio pretendimos determinar cuáles son los pacientes que se benefician de la realización de CRM temprana en el marco de la PAB leve para la detección de coledocolitiasis.

Bacteriemia asociada a catéter epicutáneo en la unidad de cuidado intensivo neonatal de la Fundación Cardioinfantil

La bacteriemia asociada a catéter afecta a pacientes en las unidades de cuidado intensivo con una alta morbilidad, mortalidad y aumento de los costos al sistema de salud. Los recién nacidos son la población de más alto riesgo por el mayor uso de catéteres centrales. Objetivo: Caracterizar factores de riesgo para bacteriemia asociada a catéter en la Unidad de Cuidado Intensivo Neonatal de la Fundación Cardioinfantil entre 2005 - 2010 Materiales y método: Estudio descriptivo de corte transversal, incluyó todos los recién nacidos con diagnostico de bacteriemia asociada a catéter. Se analizó la información utilizando frecuencias y medidas de tendencia central. Resultados: Se encontraron 50 pacientes con diagnostico de bacteriemia asociada a catéter. 50% de género masculino, 52% con edad gestacional al nacimiento menor a 36 semanas y 24% con peso menor a 1500 gramos al momento de la inserción del catéter. La edad fue de 24.2 días al momento de la inserción del catéter. En el 66% de los pacientes el sitio de inserción fue el miembro superior, siendo el Sthaphylococcus Epidermidis el germen con el 50% de las bacteriemias. Conclusión: La bacteriemia asociada a catéter afecta paciente prematuros, de bajo peso sin diferencias en genero. La manipulación de dichos dispositivos, el sitio de inserción, el uso previo de antibióticos, la duración del catéter y el uso de nutrición parenteral son factores que están asociados al mayor riesgo de infección. Siendo el Staphylococcus Epidermidis el germen mas frecuente.

Diferencias microbiológicas en pacientes con exacerbación severa de EPOC con o sin consolidación neumónica

La EPOC es una causa importante de morbilidad y mortalidad en el mundo y su prevalencia en Bogotá alcanza hasta 8,5%. Las exacerbaciones están asociadas a deterioro funcional y de la calidad de vida por lo que se consideran un factor cardinal de la enfermedad. En la literatura se ha descrito que las infecciones por bacterias y/o virus son las responsables del 78% de las exacerbaciones. Estos datos han sido descritos en poblaciones diferentes y no hay datos en la literatura que muestren cual es la epidemiología local de las exacerbaciones de EPOC y menos aún de aquellas que se asocian a consolidaciones neumónicas. Objetivo: Comparar la microbiología de las exacerbaciones severas de la EPOC que requieren ingreso a UCI con y sin infiltrados alveolares. Materiales y métodos: Estudio de corte transversal en el que se estudiaron pacientes con EPOC que ingresaron a la UCI Médica de la FCI-IC por exacerbación severa, asociada o no a infiltrados alveolares. Se tomaron muestras de microbiología, serológicas y radiografía de tórax para evaluar la etiología de la exacerbación, si se asocia a coinfección viral y a consolidación neumónica o no. Resultados: No se encontró una diferencia estadísticamente significativa en la microbiología de los diferentes grupos evaluados. Se encontró un resistencia global del 24% y llama la atención que hay una alta prevalencia de Serratia Marcescens AMPc entre los 2 grupos, germen que no está descrito como patógeno común en la literatura. Se encontraron diferencias en cuanto a factores de riesgo para presentar neumonía asociada como lo son un mayor índice de paquetes/año (55.1.6 vs. 36.3 paq/año, sig.=0.021). Así mismo se demostró que los pacientes con neumonía asociada presentan mayor necesidad de IOT (48.9 vs. 23.9, sig.=0.013). No hay diferencia significativa en desenlaces como mortalidad (20.5 vs. 13.0, sig.=0.346). Conclusiones: A pesar de no haber diferencia microbiológica entre los 2 grupos se encontraron variables como factores de riesgo y variables clínicas que pueden ayudar a proponer planes de manejo en los dos escenarios. El hecho de encontrar un paciente con neumonía asociada al cuadro de exacerbación no debe afectar en la toma de decisiones en relación al tratamiento antibiótico.

WAIS seminar: Publication Workflows for Scientific Data

Wednesday 23rd April 2014 Speaker(s): Willi Hasselbring Organiser: Leslie Carr Time: 23/04/2014 11:00-11:50 Location: B32/3077 File size: 669 Mb Abstract For good scientific practice, it is important that research results may be properly checked by reviewers and possibly repeated and extended by other researchers. This is of particular interest for "digital science" i.e. for in-silico experiments. In this talk, I'll discuss some issues of how software systems and services may contribute to good scientific practice. Particularly, I'll present our PubFlow approach to automate publication workflows for scientific data. The PubFlow workflow management system is based on established technology. We integrate institutional repository systems (based on EPrints) and world data centers (in marine science). PubFlow collects provenance data automatically via our monitoring framework Kieker. Provenance information describes the origins and the history of scientific data in its life cycle, and the process by which it arrived. Thus, provenance information is highly relevant to repeatability and trustworthiness of scientific results. In our evaluation in marine science, we collaborate with the GEOMAR Helmholtz Centre for Ocean Research Kiel.