Colligation and Cross Moment-Based Approaches for Independent Component Analysis

Diplomityössä on käsitelty uudenlaisia menetelmiä riippumattomien komponenttien analyysiin(ICA): Menetelmät perustuvat colligaatioon ja cross-momenttiin. Colligaatio menetelmä perustuu painojen colligaatioon. Menetelmässä on käytetty kahden tyyppisiä todennäköisyysjakaumia yhden sijasta joka perustuu yleiseen itsenäisyyden kriteeriin. Työssä on käytetty colligaatio lähestymistapaa kahdella asymptoottisella esityksellä. Gram-Charlie ja Edgeworth laajennuksia käytetty arvioimaan todennäköisyyksiä näissä menetelmissä. Työssä on myös käytetty cross-momentti menetelmää joka perustuu neljännen asteen cross-momenttiin. Menetelmä on hyvin samankaltainen FastICA algoritmin kanssa. Molempia menetelmiä on tarkasteltu lineaarisella kahden itsenäisen muuttajan sekoituksella. Lähtö signaalit ja sekoitetut matriisit ovattuntemattomia signaali lähteiden määrää lukuunottamatta. Työssä on vertailtu colligaatio menetelmään ja sen modifikaatioita FastICA:an ja JADE:en. Työssä on myös tehty vertailu analyysi suorituskyvyn ja keskusprosessori ajan suhteen cross-momenttiin perustuvien menetelmien, FastICA:n ja JADE:n useiden sekoitettujen parien kanssa.

Association of PCK1 with Body Mass Index and Other Metabolic Features in Patients With Psychotropic Treatments.

Weight gain is a major health problem among psychiatric populations. It implicates several receptors and hormones involved in energy balance and metabolism. Phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 is a rate-controlling enzyme involved in gluconeogenesis, glyceroneogenesis and cataplerosis and has been related to obesity and diabetes phenotypes in animals and humans. The aim of this study was to investigate the association of phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 polymorphisms with metabolic traits in psychiatric patients treated with psychotropic drugs inducing weight gain and in general population samples. One polymorphism (rs11552145G > A) significantly associated with body mass index in the psychiatric discovery sample (n = 478) was replicated in 2 other psychiatric samples (n1 = 168, n2 = 188), with AA-genotype carriers having lower body mass index as compared to G-allele carriers. Stronger associations were found among women younger than 45 years carrying AA-genotype as compared to G-allele carriers (-2.25 kg/m, n = 151, P = 0.009) and in the discovery sample (-2.20 kg/m, n = 423, P = 0.0004). In the discovery sample for which metabolic parameters were available, AA-genotype showed lower waist circumference (-6.86 cm, P = 0.008) and triglycerides levels (-5.58 mg/100 mL, P < 0.002) when compared to G-allele carriers. Finally, waist-to-hip ratio was associated with rs6070157 (proxy of rs11552145, r = 0.99) in a population-based sample (N = 123,865, P = 0.022). Our results suggest an association of rs11552145G > A polymorphism with metabolic-related traits, especially in psychiatric populations and in women younger than 45 years.

Association of PCK1 with Body Mass Index and Other Metabolic Features in Patients With Psychotropic Treatments.

Weight gain is a major health problem among psychiatric populations. It implicates several receptors and hormones involved in energy balance and metabolism. Phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 is a rate-controlling enzyme involved in gluconeogenesis, glyceroneogenesis and cataplerosis and has been related to obesity and diabetes phenotypes in animals and humans. The aim of this study was to investigate the association of phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 polymorphisms with metabolic traits in psychiatric patients treated with psychotropic drugs inducing weight gain and in general population samples. One polymorphism (rs11552145G > A) significantly associated with body mass index in the psychiatric discovery sample (n = 478) was replicated in 2 other psychiatric samples (n1 = 168, n2 = 188), with AA-genotype carriers having lower body mass index as compared to G-allele carriers. Stronger associations were found among women younger than 45 years carrying AA-genotype as compared to G-allele carriers (-2.25 kg/m, n = 151, P = 0.009) and in the discovery sample (-2.20 kg/m, n = 423, P = 0.0004). In the discovery sample for which metabolic parameters were available, AA-genotype showed lower waist circumference (-6.86 cm, P = 0.008) and triglycerides levels (-5.58 mg/100 mL, P < 0.002) when compared to G-allele carriers. Finally, waist-to-hip ratio was associated with rs6070157 (proxy of rs11552145, r = 0.99) in a population-based sample (N = 123,865, P = 0.022). Our results suggest an association of rs11552145G > A polymorphism with metabolic-related traits, especially in psychiatric populations and in women younger than 45 years.

The Key Features of Knowledge and Knowledge Management in Product Development Process

Tutkimusongelmana oli kuinka tiedon johtamisella voidaan edesauttaa tuotekehitysprosessia. Mitkä ovat ne avaintekijät tietoympäristössä kuin myös itse tiedossa, joilla on merkitystä erityisesti tuotekehitysprosessin arvon muodostumiseen ja prosessien kehittämiseen? Tutkimus on laadullinen Case-tutkimus. Tutkimusongelmat on ensin selvitetty kirjallisuuden avulla, jonka jälkeen teoreettinen viitekehys on rakennettu tutkimaan rajattua ongelma-aluetta case-yrityksestä. Empiirisen tutkimuksen materiaali koostuu pääasiallisesti henkilökohtaisten teemahaastattelujen aineistosta. Tulokset merkittävimmistä tiedon hyväksikäytön haittatekijöistä, kuten myös parannusehdotukset on lajiteltu teoreettisessa viitekehyksessä esitettyjen oletustekijöiden mukaan. Haastatteluissa saadut vastaukset tukevat kirjallisuudesta ja alan ammattilaiselta saatua käsitystä tärkeimmistä vaikuttavista tekijöistä. Tärkeimmät toimenpiteet ja aloitteet joilla parannettaisiin tiedon muodostumista, koskivat ennnen kaikkea työnteon ulkoisia olosuhteita, eikä niinkään tiedon muodostumisen prosessia itseään. Merkittävimpiä haittatekijöitä olivat kultturiin, fyysiseen ja henkiseen tilaan ja henkilöstöresursseihin liittyvät ongelmat. Ratkaisuja ongelmiin odotettiin saatavan lähinnä tietotekniikan, henkilöstöresurssien ja itse tiedon muokkaamisen avulla. Tuotekehitysprosessin ydin tietovirtojen ja –pääomien luokittelu ja tulkitseminen tiedon muodostusta kuvaavan Learning Spiralin avulla antoi lähinnä teoreettisia viitteitä siitä millaisia keinoja on olemassa tiedon lisäämiseen ja jakamiseen eri tietotyypeittäin. Tulosten perusteella caseyrityksessä pitäisi kiinnittää erityistä huomiota tiedon dokumentointiin ja jakamiseen erityisesti sen tiedon osalta, joka on organisaatiossa vain harvalla ja/tai luonteeltaan hyvin tacitia.

Televerkkojen yhteenliittämisen hinnoittelu- ja kustannuslaskenta-mallit – mallien analysointi

Tutkielman päätavoitteena oli selvittää: - Miten televerkkojen yhteenliittämismaksu tulisi muodostaa Suomen telemarkkinoilla ? - Millaisia ovat televerkkojen yhteenliittämisen hinnoittelussa käytettävät hinnoittelumallit ? Tutkielmassa esitellään Tutkielmassa esitellään ensin telemarkkinoiden rakenne sekä televerkkojen yhteenliittämistä säätelevän lainsäädännön, teleyrityksille asettamat vaatimukset. Tutkielman varsinaisessa teoriaosassa käsitellään mm. yrityksen taloustavoitteita ja niiden yhteyttä hinnoitteluun, tuotekustannuslaskentaa, nykyarvolaskentaa, tuotantokapsiteetin huomioimista sekä yleisten hinnoittelustrategioiden ominaisuuksia. Tutkielmaan ei sisälly varsinaista laajaa empiirista osaa. Yhteenliittämisen hinnoittelumallien vertailu on toteutettu kuviteltuja lukuja sisältävän esimerkkilaskelman avulla. Televerkkojen yhteenliittämismaksujen tulee lainsäädännön mukaan perustua pitkän tähtäyksen keskimääräisiin lisäkustannuksiin.Tällöin yhteenliittämismaksun suuruuteen vaikuttaa oleellisesti vakiintuneen teleyrityksen yhteenliittämisen toteutushetken kapasiteettitilanne. Ratkaiseva tekijä yhteenliittämismaksujen muodostamisen osalta on pitkän tähtäyksen keskimääräisten lisäkustannusten lisäksi veloitettava hinnanlisä/kate, jonka suuruus on käytettävästä hinnoittelumallista riippuvainen. Lainsäädännön mukainen käsite ”kohtuullinen kate” on epätarkasti määritelty, mikä antaa teleyritykselle mahdollisuuden kattaa esimerkiksi yhteenliittämisen aiheuttamat vaihtoehtoiskustannukset tai osan teleyrityksen yleiskustannuksista korkeamman hinnanlisän/katteen avulla.

Mentorointi ja sen kehittämismahdollisuudet S-ryhmässä

Tutkielman tavoitteena oli analysoida mentorointia, sen teoriaa ja menetelmää sekä miten sitä käytetään S-ryhmässä ja millä tavalla mentoroinnin käyttöä voidaan edistää johtamisen tukena S-ryhmässä. Tutkimuksessa tarkasteltiin mentorointia menetelmänä, jolla edistetään toisilta oppimista. Mentorointia analysoidaan myös hiljaisen tiedon, tietopääoman johtamisen ja kehittyvän johtajan ominaisuuksien näkökulmista. Osatavoitteiksi asetettiin kahdella eri tavalla toteutettujen mentorointiohjelmien erojen selvittäminen tuloksiltaan ja vaikutuksiltaan sekä mentoroinnin avulla tapahtuva oppimisen tehostaminen S-ryhmässä. Tutkielmassa käytetty konstruktiivinen metodologia valittiin tutkimusongelman perusteella, koska tarkoituksena oli kehittää S-ryhmään mentoroinnin hyödyntämiseen sopiva malli. Tiedonkeruumenetelmänä käytettiin sekä kyselytutkimusta että tietoverkossa tapahtuvaa strukturoitua teemahaastattelua. Tutkimuksen teoriaosa perustuu alan kirjallisuuteen, aihetta käsitteleviin kotimaisiin ja ulkomaisiin tutkimuksiin sekä tieteellisiin lehti- ja muihin artikkeleihin. Aikaisemman teoreettisen tutkimuksen perusteella laadittiin teoreettinen viitekehys, joka muodosti perustan tutkimuksen empiiriselle osalle. Empiirinen osa koostuu S-ryhmän mentorointiprojektia koskevasta materiaalista, mentorointiprojektiin osallistuneiden henkilöiden kyselytutkimuksista sekä S-ryhmän johtoon kuuluvien yhdeksän johtajan haastattelu-tutkimuksesta. Tutkimuksen päätuloksena oli se, että mentorointi sopii erinomaisen hyvin kehitysmenetelmäksi osaamisen ja kokemustiedon siirtämiseen vanhemmilta johtajilta nuorille potentiaalisille johtajille. Tämä tulos on erityisen merkittävä S-ryhmälle johtajaosaamisen kehittämisessä, kun ryhmään ollaan parhaillaan kasvattamassa uutta johtajasukupolvea. Empiirinen tutkimus tukee myös sitä näkemystä, että mentoroinnin toteuttamiseen S-ryhmässä on olemassa erilaisia tapoja. Keskeisenä tavoitteena toteutuksissa on henkilöiden kehittyminen ja oppiminen. Tutkimustuloksissa korostuivat myös nuoremman eli mentoroitavan tarve päästä kahdenkeskiseen, avoimeen ja luottamukselliseen keskusteluun kokeneemman henkilön kanssa. Näiden tutkimustulosten perusteella päädyttiin seuraaviin johtopäätöksiin: S-ryhmä tarvitsee oman mentorointijärjestelmän, joka toteutetaan ohjatun mentorointimallin mukaisesti. S-ryhmään on tärkeä perustaa oma mentorointipooli, jossa on halukkaita, eri osa-alueita osaavia mentoreita ja meklari, joka yhdyttää osapuolet toisiinsa.

Addition of MR imaging features and genetic biomarkers strengthens glioblastoma survival prediction in TCGA patients.

PURPOSE: The purpose of our study was to assess whether a model combining clinical factors, MR imaging features, and genomics would better predict overall survival of patients with glioblastoma (GBM) than either individual data type. METHODS: The study was conducted leveraging The Cancer Genome Atlas (TCGA) effort supported by the National Institutes of Health. Six neuroradiologists reviewed MRI images from The Cancer Imaging Archive (http://cancerimagingarchive.net) of 102 GBM patients using the VASARI scoring system. The patients' clinical and genetic data were obtained from the TCGA website (http://www.cancergenome.nih.gov/). Patient outcome was measured in terms of overall survival time. The association between different categories of biomarkers and survival was evaluated using Cox analysis. RESULTS: The features that were significantly associated with survival were: (1) clinical factors: chemotherapy; (2) imaging: proportion of tumor contrast enhancement on MRI; and (3) genomics: HRAS copy number variation. The combination of these three biomarkers resulted in an incremental increase in the strength of prediction of survival, with the model that included clinical, imaging, and genetic variables having the highest predictive accuracy (area under the curve 0.679±0.068, Akaike's information criterion 566.7, P<0.001). CONCLUSION: A combination of clinical factors, imaging features, and HRAS copy number variation best predicts survival of patients with GBM.

Neotectonic features in the Catalan Coastal Ranges, Northeastern Spain

The Catalan Coastal Ranges constitute the northwestem emerged sector of the Catalan-Valencian domain of the Valencia trough. Since late Oligocene this domain of the Valencia trough was subjected to extension wich gradually attenuated during later periods. The Miocene tectonic evolution of the Catalan Coastal Ranges is relativelly well known while the Pliocene to-Quaternary stages have not been studied in detail. The recorded seismicity of the area is moderate and constant but not sufficiently intense to cliaracterize and locate recent tectonics. However, geological analysis provides further information. A morphotectonic and deformational analysis of the Catalan Coastal Ranges is presented in this paper.

New features of the layer-by-layer deposition of microcrystalline silicon films revealed by spectroscopic ellipsometry and high resolution transmission electron microscopy

Spectroscopic ellipsometry and high resolution transmission electron microscopy have been used to characterize microcrystalline silicon films. We obtain an excellent agreement between the multilayer model used in the analysis of the optical data and the microscopy measurements. Moreover, thanks to the high resolution achieved in the microscopy measurements and to the improved optical models, two new features of the layer-by-layer deposition of microcrystalline silicon have been detected: i) the microcrystalline films present large crystals extending from the a-Si:H substrate to the film surface, despite the sequential process in the layer-by-layer deposition; and ii) a porous layer exists between the amorphous silicon substrate and the microcrystalline silicon film.

CBS: an open platform that integrates predictive methods and epigenetics information to characterize conserved regulatory features in multiple Drosophila genomes.

Background: Information about the composition of regulatory regions is of great value for designing experiments to functionally characterize gene expression. The multiplicity of available applications to predict transcription factor binding sites in a particular locus contrasts with the substantial computational expertise that is demanded to manipulate them, which may constitute a potential barrier for the experimental community. Results: CBS (Conserved regulatory Binding Sites, http://compfly.bio.ub.es/CBS) is a public platform of evolutionarily conserved binding sites and enhancers predicted in multiple Drosophila genomes that is furnished with published chromatin signatures associated to transcriptionally active regions and other experimental sources of information. The rapid access to this novel body of knowledge through a user-friendly web interface enables non-expert users to identify the binding sequences available for any particular gene, transcription factor, or genome region. Conclusions: The CBS platform is a powerful resource that provides tools for data mining individual sequences and groups of co-expressed genes with epigenomics information to conduct regulatory screenings in Drosophila.

Influence of the claimant’s behavioural features on motor compensation outcomes

The decision to settle a motor insurance claim by either negotiation or trial is analysed. This decision may depend on how risk and confrontation adverse or pessimistic the claimant is. The extent to which these behavioural features of the claimant might influence the final compensation amount are examined. An empirical analysis, fitting a switching regression model to a Spanish database, is conducted in order to analyze whether the choice of the conflict resolution procedure is endogenous to the compensation outcomes. The results show that compensations awarded by courts are always higher, although 95% of cases are settled by negotiation. We show that this is because claimants are adverse to risk and confrontation, and are pessimistic about their chances at trial. By contrast, insurers are risk - confrontation neutral and more objective in relation to the expected trial compensation. During the negotiation insurers accept to pay the subjective compensation values of claimants, since these values are lower than their estimates of compensations at trial.

Unique features of odorant-binding proteins of the parasitoid wasp Nasonia vitripennis revealed by genome annotation and comparative analyses

Insects are the most diverse group of animals on the planet, comprising over 90% of all metazoan life forms, and have adapted to a wide diversity of ecosystems in nearly all environments. They have evolved highly sensitive chemical senses that are central to their interaction with their environment and to communication between individuals. Understanding the molecular bases of insect olfaction is therefore of great importance from both a basic and applied perspective. Odorant binding proteins (OBPs) are some of most abundant proteins found in insect olfactory organs, where they are the first component of the olfactory transduction cascade, carrying odorant molecules to the olfactory receptors. We carried out a search for OBPs in the genome of the parasitoid wasp Nasonia vitripennis and identified 90 sequences encoding putative OBPs. This is the largest OBP family so far reported in insects. We report unique features of the N. vitripennis OBPs, including the presence and evolutionary origin of a new subfamily of double-domain OBPs (consisting of two concatenated OBP domains), the loss of conserved cysteine residues and the expression of pseudogenes. This study also demonstrates the extremely dynamic evolution of the insect OBP family: (i) the number of different OBPs can vary greatly between species; (ii) the sequences are highly diverse, sometimes as a result of positive selection pressure with even the canonical cysteines being lost; (iii) new lineage specific domain arrangements can arise, such as the double domain OBP subfamily of wasps and mosquitoes.