Identificação por PCR dos alelos-S associados à compatibilidade gametofítica em ameixeira japonesa

O objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar molecularmente os alelos-S de cultivares de ameixeira japonesa e verificar a compatibilidade gametofítica entre estes. Foram utilizados dois pares de iniciadores específicos na amplificação dos alelos via PCR, em 18 cultivares: Pluma 7, Gulf Rubi, Blood Plum, Wickson, América, Santa Rosa, Rosa Mineira, Estrela Púrpura, Amarelinha, The First, Harry Pieckstone, Santa Rita, Seleção 16, Seleção A26 (Burbank), Seleção 21, Seleção 19, Methley e Simka. As condições da PCR e as combinações de oligonucleotídeos iniciadores utilizadas permitiram a identificação de alelos-S nas cultivares, bem como a indicação dos polinizadores mais compatíveis. As cultivares América e Santa Rosa, bem como Blood Plum, Wickson, Rosa Mineira, Estrela Púrpura e Seleção 21 apresentam incompatibilidade total entre si, por compartilharem os mesmos alelos.

Identification of parasitoid species using PCR amplification and restriction enzyme digestion

Spodoptera frugiperda is a pest of great economic importance in the Americas. It is attacked by several species of parasitoids, which act as biological control agents. Parasitoids are morphologically identifiable as adults, but not as larvae. Laboratory rearing conditions are not always optimal to rear out parasitic wasps from S. frugiperda larvae collected from wild populations, and it frequently happens that parasitoids do not complete their life cycle and stop developing at the larval stage. Therefore, we explored ways to identify parasitoid larvae using molecular techniques. Sequencing is one possible technique, yet it is expensive. Here we present an alternate, cheaper way of identifying seven species of parasitoids (Cotesia marginiventris, Campoletis sonorensis, Pristomerus spinator, Chelonus insularis, Chelonus cautus, Eiphosoma vitticolle and Meteorus laphygmae) using PCR amplification of COI gene followed by a digestion with a combination of four restriction endonucleases. Each species was found to exhibit a specific pattern when the amplification product was run on an agarose gel. Identifying larvae revealed that conclusions on species composition of a population of parasitic wasps can be biased if only the emerging adults are taken into account.

New diagnostic real-time PCR for specific detection of Parachlamydia acanthamoebae DNA in clinical samples

Given the low sensitivity of amoebal coculture, we developed a specific real-time PCR for the detection of Parachlamydia. The analytical sensitivity was high, and the inter- and intrarun variabilities were low. When the PCR was applied to nasopharyngeal aspirates, it was positive for six patients with bronchiolitis. Future studies should assess the role of Parachlamydia in bronchiolitis.

AVALIAÇÃO DE CARACTERES VEGETATIVOS DE HÍBRIDOS DE COQUEIRO (COCOS NUCIFERA L.) NA REGIÃO NÃO PANTANOSA DO MUNICÍPIO DE POCONÉ, MT

O presente estudo foi realizado entre março de 1999 e março de 2000, na região de Cangas, município de Poconé, MT, com a finalidade de estudar o desenvolvimento inicial de híbridos intervarietais de coqueiros, avaliados para as características: circunferência do coleto (CC), número de folhas vivas (NFV), número de folhas emitidas (NFE), número de folíolos da folha 3 (NFoF3), comprimento de folíolos da folha3 (CFoF3), comprimento da folha 3 (CF3) e comprimento do pecíolo da folha 3 (CPF3). Utilizou-se o delineamento experimental em blocos casualizados, com quatro repetições e cinco tratamentos, tendo em cada parcela 16 plantas úteis. Os resultados das análises estatísticas demonstraram haver diferença significativa para todas as características. O híbrido AVG x GBrPF foi o que melhor expressou o "vigor híbrido" com maiores CC, NFoF3, CFoF3 e CF3. Por outro lado, o AVeJ x GBrRN apresentou os menores valores para estas características, embora tenha expressado o melhor resultado para NFE e NFV nas avaliações finais.

EXTRAÇÃO DE DNA GENÔMICO DE Passiflora spp. PARA ANÁLISES PCR-RAPD

A identificação e caracterização da diversidade genética de plantas por meio de técnicas moleculares envolvem a avaliação de vários indivíduos, necessitando-se, portanto, de métodos rápidos e precisos de extração do DNA. O co-isolamento de polissacarídeos, fenóis e compostos secundários é o principal problema encontrado no isolamento e purificação de DNA vegetal. Folhas das diversas espécies de Passiflora possuem níveis variados desses compostos que podem comprometer este procedimento. O presente estudo foi realizado com o objetivo de avaliar a qualidade e quantidade de DNA de folhas de variedades de Passiflora spp., utilizando-se de três métodos de extração. Os três métodos forneceram DNA em qualidade e quantidade suficientes para a realização da técnica PCR-RAPD.

Comportamento vegetativo de seis cultivares de coqueiro-anão (Cocos nucifera L.), em Santo Antônio de Leverger - MT

A utilização de variedades ou genótipos de coqueiro adaptados às condições edafoclimáticas de uma região é de fundamental importância para a obtenção de altas produtividades. Neste experimento, estudou-se o comportamento vegetativo de seis cultivares de coqueiro-anão no município de Santo Antônio de Leverger - MT. As cultivares avaliadas foram: Anão-Vermelho-da-Malásia (AVM), Anão-Verde-de-Jiqui (AVeJ), Anão-Vermelho-de-Gramame (AVG), Anão-Vermelho-de-Camarões (AVC), Anão-Amarelo-de-Gramame (AAG) e Anão-Amarelo-da-Malásia (AAM) plantadas em maio de 1998, nas quais foram avaliadas, de abril de 1999 a dezembro de 2000, as seguintes características: circunferência do coleto (CC), número de folhas emitidas (NFE), número de folhas vivas (NFV), número de folhas mortas (NFM), número de folíolos na folha 3 (NFoF3), comprimento de folíolo na folha 3 (CFoF3), comprimento da folha 3 (CF3) e comprimento de pecíolo na folha 3 (CPF3). Utilizou-se delineamento experimental em blocos casualizados, com quatro repetições, tendo cada parcela 16 plantas úteis. Para as características circunferência do coleto (CC), número de folíolos na folha 3 (NFoF3) e comprimento da folha 3 (CF3), o AAM apresentou os menores valores. O AVeJ e AVM apresentaram maiores crescimentos de planta, enquanto o AAM, AAG e AVC apresentaram menor crescimento; já o AVG apresentou desempenho intermediário.

Conservação pós-colheita de banana cv. nanicão climatizada e comercializada em Cuiabá - MT e região

A banana cv. Nanicão é a principal cultivar comercializada nos mercados brasileiro e mundial. A maior parte dessa cultivar comercializada no Estado de Mato Grosso vem de outros Estados, embora existam condições edafoclimáticas para ser auto-suficiente na produção dessa cultivar e inclusive atender a outros mercados. O objetivo deste trabalho foi verificar as condições da climatização da banana cv. Nanicão e sua influência na conservação pós-colheita de frutos produzidos no Estado de Mato Grosso (MT) e procedentes do Estado de Santa Catarina (SC). Foram acompanhadas 12 caixas de banana cv. Nanicão, pesando em torno de 21 kg cada, colhidas em pomar comercial do município de Campo Verde-MT, e também 12 caixas oriundas de SC. Anteriormente à climatização e durante todo o período de vida útil dos frutos, foram monitoradas diariamente a temperatura e a umidade relativa do ambiente, a evolução da coloração dos frutos e a perda de peso destes, assim como o teor de sólidos solúveis totais e de acidez potenciométrica nos frutos verdes e maduros. Verificou-se o maior período de vida útil da banana de SC, 3 dias após a retirada da câmara de climatização, apresentando-se totalmente amarela e com valor máximo de 7,07% de perda de peso dos frutos. A banana cv. Nanicão produzida no MT atingiu valores de perda de peso 5,69% no 2º dia, quando após esse período, não estaria mais própria para a comercialização, atingindo coloração amarelo-pálida. Altos índices de perdas foram detectados no período pós-colheita da banana-'Nanicão', representados principalmente por danos mecânicos na procedente de SC e por danos fisiológicos (despencamento) na banana de MT. O despencamento pode estar relacionado com a falta de circulação eficiente do etileno, da exaustão e umidade relativa baixa, 65% em média, durante a climatização. Nos teores de açúcares e de acidez dos frutos, a banana do MT apresentou valores levemente superiores de acidez, o que favorece o seu sabor quando relacionado com os teores de açúcares.

Adequação de nutrientes do meio MT para o cultivo de embriões imaturos de tangerineira 'Cleópatra'

Este trabalho teve como objetivo ajustar a concentração de macronutrientes, micronutrientes e vitaminas do meio de cultura Murashige & Tucker (MT), de modo a permitir a germinação de embriões imaturos, menores que 3 mm, de tangerineira 'Cleópatra'. As sementes foram obtidas a partir de frutos com 4 a 5 meses após a antese, cujos embriões não germinam nos meios de cultura atualmente indicados para citros. Inicialmente, os embriões foram cultivados em meio de cultura básico contendo sacarose e ágar, seguindo uma seqüência de etapas, procedendo-se a ajustes da concentração normal dos macronutrientes (1/1, ½ e ¼), micronutrientes (1/1, ½, ¼ e 1/1, 3/2, 2/1) e vitaminas (2/1, 1/1 e ½) do meio MT. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, em um esquema fatorial 3 (concentrações do MT) x 4 (comprimentos de embriões), com 10 repetições. As variáveis, porcentagem de germinação de embriões, porcentagem de plântulas normais e comprimentos dessas plântulas foram avaliadas 30 dias após a inoculação dos embriões em meio de cultura. Os melhores resultados foram obtidos utilizando-se de metade da concentração normal de macronutrientes, não havendo necessidade de alterar as concentrações de micronutrientes e vitaminas.

Discovery of a 29-gene panel in peripheral blood mononuclear cells for the detection of colorectal cancer and adenomas using high throughput real-time PCR.

Colorectal cancer (CRC) is the second leading cause of cancer-related death in developed countries. Early detection of CRC leads to decreased CRC mortality. A blood-based CRC screening test is highly desirable due to limited invasiveness and high acceptance rate among patients compared to currently used fecal occult blood testing and colonoscopy. Here we describe the discovery and validation of a 29-gene panel in peripheral blood mononuclear cells (PBMC) for the detection of CRC and adenomatous polyps (AP). Blood samples were prospectively collected from a multicenter, case-control clinical study. First, we profiled 93 samples with 667 candidate and 3 reference genes by high throughput real-time PCR (OpenArray system). After analysis, 160 genes were retained and tested again on 51 additional samples. Low expressed and unstable genes were discarded resulting in a final dataset of 144 samples profiled with 140 genes. To define which genes, alone or in combinations had the highest potential to discriminate AP and/or CRC from controls, data were analyzed by a combination of univariate and multivariate methods. A list of 29 potentially discriminant genes was compiled and evaluated for its predictive accuracy by penalized logistic regression and bootstrap. This method discriminated AP >1cm and CRC from controls with a sensitivity of 59% and 75%, respectively, with 91% specificity. The behavior of the 29-gene panel was validated with a LightCycler 480 real-time PCR platform, commonly adopted by clinical laboratories. In this work we identified a 29-gene panel expressed in PBMC that can be used for developing a novel minimally-invasive test for accurate detection of AP and CRC using a standard real-time PCR platform.

Selection of internal control genes for real-time quantitative PCR in ovary and uterus of sows across pregnancy

Reproductive traits play a key role in pig production in order to reduce costs and increase economic returns. Among others, gene expression analyses represent a useful approach to study genetic mechanisms underlying reproductive traits in pigs. The application of reverse-transcription quantitative PCR requires the selection of appropriate reference genes, whose expression levels should not be affected by the experimental conditions, especially when comparing gene expression across different physiological stages.

AVALIAÇÃO DA QUALIDADE FÍSICO-QUÍMICA DE POLPAS DE FRUTA CONGELADAS COMERCIALIZADAS NA CIDADE DE CUIABÁ-MT

RESUMO O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade físico-química das polpas de frutas congeladas comercializadas na cidade de Cuiabá-MT, comparando com os padrões estabelecidos pela legislação vigente. O experimento foi desenvolvido em delineamento inteiramente casualizado, sendo cinco tratamentos (marcas denominadas A, B, C, D e E) e três repetições, para as polpas de abacaxi, acerola, caju, goiaba e maracujá. Foram analisados os parâmetros pH, acidez titulável expressa em ácido cítrico, sólidos solúveis, ratio, vitamina C, açúcar redutor e quantificação da perda de vitamina C após 90 dias de armazenamento sob congelamento, em polpas de acerola e caju. Os dados obtidos foram submetidos à análise de variância, e as médias, comparadas pelo teste de Tukey, ao nível de 5% de probabilidade. A marca D apresentou não conformidade com a legislação para todas as polpas em, pelo menos, um dos parâmetros avaliados. Foi observado maior número de amostras em inadequação para o teor de vitamina C e, de forma geral, as polpas avaliadas apresentaram valores abaixo das especificações exigidas pelos Padrões de Identidade e Qualidade (PIQ) para as mesmas. Todas as amostras avaliadas tiveram redução do teor de vitamina C durante armazenamento sob congelamento, sendo que nenhuma marca de polpa de acerola e apenas uma de caju apresentou, ao final de 90 dias, teor de vitamina C de acordo com o estabelecido pelo PIQ. Conclui-se que é necessária uma intensificação na fiscalização no processamento de polpas de frutas congeladas para garantia da saúde do consumidor.

Angio-RM das artérias carótidas e vertebrais: análise de diferentes técnicas de volume e diluição de contraste em aparelho de 1,0 t e gradiente de 15 mt/m

OBJETIVO: Avaliar as artérias cervicais (carótidas e vertebrais) por meio da angio-RM, utilizando-se diferentes dosagens e diluições de contraste paramagnético. MATERIAIS E MÉTODOS: Estudo prospectivo em 15 pacientes, com análise de 30 artérias carótidas comuns, 30 artérias carótidas internas, 30 artérias carótidas externas e 30 artérias vertebrais, utilizando-se diferentes volumes e dosagens de contraste paramagnético: grupo I - dose única (14 ml de Gd-DTPA); grupo II -dose dupla (28 ml de Gd-DTPA); grupo III - dose única e diluída a 50%. A injeção de contraste foi realizada com a utilização de bomba injetora e com velocidades de injeção de 2 ml/s (grupo I) e 3 ml/s (grupos II e III). Os segmentos arteriais foram analisados por três examinadores em consenso de forma subjetiva, avaliando-se o grau de visibilidade, intensidade de contrastação e definição de seus contornos. RESULTADOS: Em todos os itens analisados os pacientes do grupo II apresentaram melhor resultado (visibilização total, boa contrastação dos vasos e contornos bem definidos). No grupo I houve boa visibilização das artérias carótidas e vertebrais, porém a intensidade de contraste e a definição dos contornos apresentaram variabilidade qualitativa. O grupo III apresentou os piores resultados, com dificuldade de visibilização, intensidade de contrastação baixa e contornos mal definidos. CONCLUSÃO: Entre os grupos analisados, a técnica utilizando dose dupla de gadolínio é a que permite melhor avaliação das artérias cervicais. A utilização de contraste diluído prejudica a avaliação dos vasos do pescoço.

Malaria real-time PCR: correlation with clinical presentation.

Among 112 patients infected only by Plasmodium falciparum, WHO criteria of severity were compared with parasite load assessed by microscopy and quantitative PCR. Clinical severity was significantly correlated with higher parasite load as determined by microscopy (p < 0.001) and by PCR (p < 0.001). Hence, quantitative PCR might be useful to predict outcome.