Pedology, geochronology, palynology and macrofossils of soil profiles in the Altdarss area, german Baltic Sea coast

A new site with Lateglacial palaeosols covered by 0.8 - 2.4 m thick aeolian sands is presented. The buried soils were subjected to multidisciplinary analyses (pedology, micromorphology, geochronology, dendrology, palynology, macrofossils). The buried soil cover comprises a catena from relatively dry ('Nano'-Podzol, Arenosol) via moist (Histic Gleysol, Gleysol) to wet conditions (Histosol). Dry soils are similar to the so-called Usselo soil, as described from sites in NW Europe and central Poland. The buried soil surface covers ca. 3.4 km**2. Pollen analyses date this surface into the late Aller0d. Due to a possible contamination by younger carbon, radiocarbon dates are too young. OSL dates indicate that the covering by aeolian sands most probably occurred during the Younger Dryas. Botanical analyses enables the reconstruction of a vegetation pattern typical for the late Allerod. Large wooden remains of pine and birch were recorded.

Berry production, shoot growth and biomass of E. hermaphroditum, V. vitis-idaea and V. myrtillis at Abisco ANS

Extreme weather events can have strong negative impacts on species survival and community structure when surpassing lethal thresholds. Extreme, short-lived, winter warming events in the Arctic rapidly melt snow and expose ecosystems to unseasonably warm air (for instance, 2-10 °C for 2-14 days) but upon return to normal winter climate exposes the ecosystem to much colder temperatures due to the loss of insulating snow. Single events have been shown to reduce plant reproduction and increase shoot mortality, but impacts of multiple events are little understood as are the broader impacts on community structure, growth, carbon balance, and nutrient cycling. To address these issues, we simulated week-long extreme winter warming events - using infrared heating lamps and soil warming cables - for 3 consecutive years in a sub-Arctic heathland dominated by the dwarf shrubs Empetrum hermaphroditum, Vaccinium vitis-idaea (both evergreen) and Vaccinium myrtillus (deciduous). During the growing seasons after the second and third winter event, spring bud burst was delayed by up to a week for E. hermaphroditum and V. myrtillus, and berry production reduced by 11-75% and 52-95% for E. hermaphroditum and V. myrtillus, respectively. Greater shoot mortality occurred in E. hermaphroditum (up to 52%), V. vitis-idaea (51%), and V. myrtillus (80%). Root growth was reduced by more than 25% but soil nutrient availability remained unaffected. Gross primary productivity was reduced by more than 50% in the summer following the third simulation. Overall, the extent of damage was considerable, and critically plant responses were opposite in direction to the increased growth seen in long-term summer warming simulations and the 'greening' seen for some arctic regions. Given the Arctic is warming more in winter than summer, and extreme events are predicted to become more frequent, this generates large uncertainty in our current understanding of arctic ecosystem responses to climate change.

Plant macrofossils from Lac de Fully

We use pollen, stomata and plant-macrofossil records to infer Holocene timberline fluctuations and changes in forest composition at Lac Superieur de Fully (2135 m a.s.l.), a small lake located near the modern regional timberline on a highland plateau in the Central Alps. Our records suggest that during the early Holocene vegetation was rather open on the plateau (eg, heaths of Dryas octopetala, Juniperus nana). The only tree that was able to build major stands was Betula. Other timberline trees (eg, Pinus cembra and Larix) expanded in the catchment of the lake after 8200 cal. BP, when Abies alba expanded at lower elevation. The late appearance of these timberline trees contrasts with previous plant-macrofossil records in the region, which show that the timberline had reached elevations up to at least 2350 m already at 11 000 cal. BP. We suggest that local climatic conditions may have delayed the expansion of closed stands of coniferous trees in the catchment of Lac de Fully until c. 8200 cal. BP, when climate shifted to more humid and less continental conditions. After c. 4600 cal. BP vegetation around the lake primarily responded to human impact, which caused a local lowering of the timberline by at least 150 m.

Pollen and macroremains from four profiles from site Samerberg 1

Pollen and macrofossil analysis of lake sediments revealed the complete development of vegetation from Riss late-glacial to early Würm glacial times at Samerberg (12°12' E, 47°45' N, 600 m a.s.l) on the northern border of the Alps. The pollen bearing sediments overlie three stratigraphic units, at the base a ground-moraine, then a 13 m thick layer of pollen free silt and clay, and then a younger moraine; all the sediments including the pollen bearing sediments, lie below the Würm moraine. The lake, which had developed in an older glacial basin, became extinct, when the ice of the river Inn glacier filled its basin during Würm full-glacial time at the latest. One interglacial, three interstadials, and the interdigitating treeless periods were identified at Samerberg. Whereas the cold periods cannot be distinguished from one another pollenanalytically, the interglacial and the two older interstadials have distinctive characteristics. A shrub phase with Juniperus initiated reforestation and was followed by a pine phase during the interglacial and each of the three interstadials. The further development of the interglacial vegetation proceeded with a phase when deciduous trees (mainly Quercus, oak) and hazel (Corylus) dominated, though spruce (Picea) was present at the same time in the area. A phase with abundant yew (Taxus) led to an apparently long lasting period with dominant spruce and fir (Abies) accompanied by some hornbeam (Carpinus). The vegetational development shows the main characteristics of the Riss/Würm interglacial, though certain differences in the vegetational development in the northern alpine foreland are obvious. These differences may result from the existence of an altitudinal zonation of the vegetation in the vicinity of the site and are the expression of its position at the border of the Alps. A greater age (e.g. the Holsteinian) can be excluded by reason of the vegetational development, and is also not indicated at first sight from the geological and stratigraphical data of the site. Characteristic of the Riss/Würm vegetational development in southern Germany - at least in the region between Lake Starnberg/Samerberg/Salzach - is the conspicuous yew phase. According to absolute pollen counts, yew not only displaced the deciduous species, but also displaced spruce preferentially, thus indicating climatic conditions less favourable for spruce, caused by mild winters (Ilex spreading!) and by short-term low precipitation, indicated by the reduced sedimentation rate. The oldest interstadials is bipartite, as due to the climatic deterioration the early vegetational development, culminating in a spruce phase, had been interrupted by another expansion of pine. A younger spruce-dominated period with fir and perhaps also with hornbeam and beech (Fagus) followed. An identical climatic development has been reported from other European sites with long pollen sequences (see chapter 6.7). However, different tree species are found in the same time intervals in Middle Europe during Early Würm times. Sediments of the last interglacial (Eem or Riss/Würm) have been found in all cases below the sediments of the bipartite interstadial, and in addition one more interstadial occurs in the overlying sediments. This proves that Eem and Riss/Würm of the north-european plain resp. of the alpine foreland are contemporaneous interglacials although this has been questioned by some authors. The climax vegetation of the second interstadial was a spruce forest without fir and without more demanding deciduous tree species. The vegetational development of the third interstadial is recorded fragmentary only. But it has been established that a spruce forest was present. The oldest interstadial must correspond to the danish Brørup interstadial as it is expressed in northern Germany, the second one to the Odderade interstadial. A third Early Würm interstadial, preserved fragmentarily at Samerberg, is known from other sites. The dutch Amersfoort interstadial most likely is the equivalent to the older part of the bipartite danish Brørup interstadial.

Estudio del empleo de cubiertas vegetales temporales para la regulación del régimen hídrico, crecimiento y manejo sostenible del viñedo

RESUMEN El ensayo se llevo a acabo en un viñedo de Syrah durante 8 años y en un viñedo de Merlot durante 3 años. Ambos viñedos regados y situados en Colmenar de Oreja (Madrid) (40º 8’N, 3º 23’W) con clima típicamente Mediterráneo. Siete tratamientos con cubiertas vegetales se han comparado con dos tratamientos con suelo desnudo usados como control. Las cubiertas vegetales fueron seis tratamientos de cereales (Centeno) y un tratamiento de enyerbado autosembrado (Bromus spp) y los tratamientos de suelo desnudo fueron uno manejado con laboreo y otro manejado con herbicida. Los seis tratamientos de centeno se han manejado de seis formas distintas. La primera sembrada todos los años y eliminada en brotación mediante herbicida de post-emergencia. La segunda sembrada todos los años y eliminada un mes después de la brotación mediante siega. La tercera sembrada todos los años y eliminada en floración mediante siega. La cuarta sembrada todos los años y eliminada en brotación mediante herbicida de post-emergencia. La quinta sembrada todos los años y eliminada un mes después de la brotación mediante siega. La sexta sembrada todos los años y eliminada en floración mediante siega. La utilización de cubiertas vegetales ha tenido efectos beneficiosos sobre el contenido en materia orgánica, la compactación y la infiltración del suelo, mejorando las condiciones para el desarrollo de las raíces. Estas mejoras y la escasa competencia de la competencia durante el crecimiento del sistema radical de la vid han producido un incremento del sistema radical en las plantas mantenidos con cubierta vegetal. La competencia de las cubiertas vegetales ha reducido la disponibilidad hídrica de la vid, incrementándose la absorción en zonas con mayor disponibilidad hídrica (como la línea) antes de floración. El mayor desarrollo radical de las vides con cubierta autosembrada ha permitido agotar más intensamente las reservas de agua en el suelo. La competencia de las cubiertas ha reducido en mayor medida el desarrollo vegetativo que el productivo. Lo que ha disminuido, en algunas cubiertas vegetales, el consumo hídrico de la vid, aumentando el potencial hídrico foliar y la fotosíntesis durante la maduración. Sin embargo, el incremento en la fotosíntesis no ha compensado el mayor desarrollo foliar de los tratamientos con suelo desnudo, lo que ha provocado que estos tratamientos presenten la producción de materia seca más elevada. El empleo de cubiertas vegetales ha reducido la producción principalmente limitando el número de bayas por racimo, ya que el aporte de riego ha minimizado los efectos del manejo del suelo sobre el tamaño de baya. La utilización de cubiertas vegetales temporales ha mejorado la iluminación de los racimos, lo que ha producido un aumento de la síntesis de antocianos durante las primeras fases de la maduración, pero un incremento de la degradación de los mismos al final de la maduración. Esto ha provocado que durante la vendimia los tratamientos de suelo desnudo presenten un mayor contenido de antocianos por baya que los tratamientos mantenidos con cubierta temporal. Estos resultados muestran que el efecto del manejo del suelo depende en gran medida de las condiciones del medio, y que sus efectos en climas calidos y secos son muy distintos a los observados en climas frescos y húmedos. ABSTRACT The trial was conducted over a period of 8 years in a Syrah vineyard and over a period of 3 years in a Merlot vineyard. Both vineyards were irrigated and situated near Colmenar de Oreja (Madrid) (40º 8’N, 3º 23’W) a typical Mediterranean climate. Seven Annual cover crops treatments were compared to two bare soil treatments, used as control. Cover crops were six cereals treatments (Rye) and one auto-sowing treatment (Bromus spp) and the treatments of bare soil were one tilled management treatment and another with herbicide treatment. The six Cereal treatments were managed in different manners. First sowing every year and were eliminated in bud breaking with post-emergency herbicide. The second sowing annually and were eliminated one month after bud breaking through harvesting. The third sowing annually and were eliminated in flowering by mowing. The fourth sowing annually and were eliminated with post-emergency herbicide in bud breaking. The fifth sowing annually and were eliminated by mowing one month after bud breaking. . The third sowing annually was eliminated by mowing in flowering. The use of annual cover crop have improved soil organic matter, soil infiltration rate and soil solidity, resulting in a more favourable environment for roots growth. These improvements and low competitive ability during root growing have increases grapevine root density in plant management with cover crop. The Cover crop ability reduced plant available water, increasing root water uptake in the soil with more available water (such us line) before flowering. More growth of grapevine root density with auto-sowed cover crops has allowed using the water under soil more rapidly. The cover crop ability has reduced vegetative growth more than yield. What has been reduced in some vegetative cover crop has been the consumption of water, and increasing the leaf water potential and foliar and photosynthesis during growth activity. Moreover, the increased in photosynthesis activity could not “Compensate” higher leaf growth of treatment of bare soil, where these treatments had resulted in the greatest amount of dry material. The use of cover crops has reduced the crop mainly reducing the fruit set, because the irrigation had reduced the cover crop effect in the berry growth. The use of temporary cover crop increased berry sunlight exposure and skin anthocyanin synthesis during early rippenig, but excessively high temperature increased anthocyanin degradation during last part of ripenning. So, at the vineyard harvest period the treatments with bare soil plant had a more anthocyanin content per grape than the temporary cover crop plant treatments. These results suggest that the effects of soil handling mainly depends on the environmental condition, and their effects in hot and dry climate are so different from the effects in cold and moist climates.

Podredumbre parda del melocotonero (Monilinia spp.) : detección, identificación de especies y contribución a la epidemiología de la enfermedad

Monilinia spp. (M. laxa, M. fructigena y M. fructicola) causa marchitez en brotes y flores, chancros en ramas y podredumbre de la fruta de hueso provocando pérdidas económicas importantes en años con climatología favorable para el desarrollo de la enfermedad, particularmente en variedades tardías de melocotonero y nectarino. En estos huéspedes en España, hasta el momento, la especie predominante es M. laxa y, en menor proporción, M. fructigena. La reciente introducción en Europa de la especie de cuarentena M. fructicola hace necesaria una detección e identificación rápida de cada una de las especies. Además, hay diversos aspectos de la etiología y epidemiología de la enfermedad que no se conocen en las condiciones de cultivo españolas. En un primer objetivo de esta Tesis se ha abordado la detección e identificación de las especies de Monilinia spp. causantes de podredumbre parda. El estudio de las bases epidemiológicas para el control de la enfermedad constituye el fin del segundo objetivo. Para la detección del género Monilinia en material vegetal por PCR, diferenciándolo de otros hongos presentes en la superficie del melocotonero, se diseñaron una pareja de cebadores siguiendo un análisis del ADN ribosomal. La discriminación entre especies de Monilinia se consiguió utilizando marcadores SCAR (región amplificada de secuencia caracterizada), obtenidos después de un estudio de marcadores polimórficos de ADN amplificados al azar (RAPDs). También fue diseñado un control interno de amplificación (CI) basado en la utilización de un plásmido con secuencias de los cebadores diferenciadores del género, para ser utilizado en el protocolo de diagnóstico de la podredumbre parda con el fin de reconocer falsos negativos debidos a la inhibición de PCR por componentes celulares del material vegetal. Se disponía de un kit comercial que permitía distinguir Monilinia de otros géneros y M. fructicola del resto de especies mediante anticuerpos monoclonales utilizando la técnica DAS-ELISA. En esta Tesis se probaron diferentes fuentes de material como micelio ó conidias procedentes de cultivos en APD, o el micelio de la superficie de frutas o de momias frescas, como formas de antígeno. Los resultados obtenidos con ELISA se compararon con la identificación por métodos morfológico-culturales y por PCR con los cebadores desarrollados en esta Tesis. Los resultados demostraron la posibilidad de una detección temprana en frutas frescas por este método, realzando las posibilidades de una diagnosis temprana para una prevención más eficaz de M. fructicola en fruta de hueso. El estudio epidemiológico de la enfermedad comenzó con la determinación de las principales fuentes de inóculo primario y su importancia relativa en melocotoneros y nectarinos del valle del Ebro. Para ello se muestrearon 9 huertos durante los años 2003 a 2005 recogiendo todas las momias, frutos abortados, gomas, chancros, y brotes necróticos en los árboles. También se recogieron brotes aparentemente sanos y muestras de material vegetal situados en el suelo. En estas muestras se determinó la presencia de Monilinia spp. Los resultados mostraron que la fuente principal de inóculo son las momias que se quedan en los árboles en las que la supervivencia del hongo tras el invierno es muy alta. También son fuentes de inóculo las momias del suelo y los brotes necróticos. De aquí se deriva que una recomendación importante para los agricultores es que deben eliminar este material de los huertos. Un aspecto no estudiado en melocotonero o nectarino en España es la posible relación que puede darse entre la incidencia de infecciones latentes en los frutos inmaduros a lo largo del cultivo y la incidencia de podredumbre en los frutos en el momento de la recolección y en postcosecha. Esta relación se había observado previamente en otros frutales de hueso infectados con M. fructicola en diversos países del mundo. Para estudiar esta relación se realizaron ensayos en cinco huertos comerciales de melocotonero y nectarino situados en el Valle del Ebro en cuatro estados fenológicos durante los años 2000-2002. No se observaron infecciones latentes en botón rosa, dándose la máxima incidencia en precosecha, aunque en algunos huertos se daba otro pico en el endurecimiento del embrión. La especie prevaleciente fue M. laxa. Se obtuvo una correlación positiva significativa entre la incidencia de infecciones latentes y la incidencia de podredumbre en postcosecha. Se desarrolló también un modelo de predicción de las infecciones latentes en función de la temperatura (T) y el periodo de humectación (W). Este modelo indicaba que T y W explicaban el 83% de la variación en la incidencia de infecciones latentes causadas por Monilinia spp. Por debajo de 8ºC no se predecían latentes, necesitándose más de 22h de W para predecir la ocurrencia de latentes con T = 8ºC, mientras que solo se necesitaban 5h de W a 25ºC. Se hicieron también ensayos en condiciones controladas para determinar la relación entre la incidencia de las infecciones latentes, las condiciones ambientales (T y W), la concentración de inóculo del patógeno (I) y el estado de desarrollo del huésped (S) y para validar el modelo de predicción desarrollado con los experimentos de campo. Estos ensayos se llevaron cabo con flores y frutos de nectarino procedentes de un huerto comercial en seis estados fenológicos en los años 2004 y 2005, demostrándose que la incidencia de podredumbre en postcosecha y de infecciones latentes estaba afectada por T, W, I y S. En los frutos se producían infecciones latentes cuando la T no era adecuada para el desarrollo de podredumbre. Una vez desarrollado el embrión eran necesarias más de 4-5h de W al día y un inóculo superior a 104 conidias ml-1 para que se desarrollase o podredumbre o infección latente. La ecuación del modelo obtenido con los datos de campo era capaz de predecir los datos observados en estos experimentos. Para evaluar el efecto del inóculo de Monilinia spp. en la incidencia de infecciones latentes y de podredumbre de frutos en postcosecha se hicieron 11 experimentos en huertos comerciales de melocotonero y nectarino del Valle del Ebro durante 2002 a 2005. Se observó una correlación positiva entre los números de conidias de Monilinia spp. en la superficie de los frutos y la incidencia de infecciones latentes De los estudios anteriores se deducen otras dos recomendaciones importantes para los agricultores: las estrategias de control deben tener en cuenta las infecciones latentes y estimar el riesgo potencial de las mismas basándose en la T y W. Deben tener también en cuenta la concentración de esporas de Monilinia spp. en la superficie de los frutos para disminuir el riesgo de podredumbre parda. El conocimiento de la estructura poblacional de los patógenos sienta las bases para establecer métodos más eficaces de manejo de las enfermedades. Por ello en esta Tesis se ha estudiado el grado de diversidad genética entre distintas poblaciones de M. laxa en diferentes localidades españolas utilizando 144 marcadores RAPDs (59 polimórficos y 85 monomórficos) y 21 aislados. El análisis de la estructura de la población reveló que la diversidad genética dentro de las subpoblaciones (huertos) (HS) representaba el 97% de la diversidad genética (HT), mientras que la diversidad genética entre subpoblaciones (DST) sólo representaba un 3% del total de esta diversidad. La magnitud relativa de la diferenciación génica entre subpoblaciones (GST) alcanzaba 0,032 y el número estimado de migrantes por generación (Nm) fue de 15,1. Los resultados obtenidos en los dendrogramas estaban de acuerdo con el análisis de diversidad génica. Las agrupaciones obtenidas eran independientes del huerto de procedencia, año o huésped. En la Tesis se discute la importancia relativa de las diferentes fuentes evolutivas en las poblaciones de M. laxa. Finalmente se realizó un muestreo en distintos huertos de melocotonero y nectarino del Valle del Ebro para determinar la existencia o no de aislados resistentes a los fungicidas del grupo de los benzimidazoles y las dicarboximidas, fungicidas utilizados habitualmente para el control de la podredumbre parda y con alto riesgo de desarrollar resistencia en las poblaciones patógenas. El análisis de 114 aislados de M. laxa con los fungicidas Benomilo (bencimidazol) (1Bg m.a ml-1), e Iprodiona (dicarboximida) (5Bg m.a ml-1), mostró que ninguno era resistente en las dosis ensayadas. Monilinia spp. (M. laxa, M. fructigena and M. fructicola) cause bud and flower wilt, canker in branches and stone fruit rot giving rise important economic losses in years with appropriate environmental conditions, it is particularly important in late varieties of peach and nectarine. Right now, M. laxa is the major species for peach and nectarine in Spain followed by M. fructigena, in a smaller proportion. The recent introduction of the quarantine organism M. fructicola in Europe makes detection and identification of each one of the species necessary. In addition, there are different aspects of disease etiology and epidemiology that are not well known in Spain conditions. The first goal of this Thesis was the detection and identification of Monilinia spp. causing brown rot. Study of the epidemiology basis for disease control was the second objective. A pair of primers for PCR detection was designed based on the ribosomal DNA sequence in order to detect Monilinia spp. in plant material and to discriminate it from other fungi colonizing peach tree surface. Discrimination among Monilinia spp. was successful by SCAR markers (Sequence Characterized Amplified Region), obtained after a random amplified polymorphic DNA markers (RAPDs) study. An internal control for the PCR (CI) based on the use of a mimic plasmid designed on the primers specific for Monilinia was constructed to be used in diagnosis protocol for brown rot in order to avoid false negatives due to the inhibition of PCR as consequence of remained plant material. A commercial kit based on DAS-ELISA and monoclonals antibodies was successfully tested to distinguish Monilinia from other fungus genera and M. fructicola from other Monilinia species. Different materials such as micelium or conidias from APD cultures, or micelium from fresh fruit surfaces or mummies were tested in this Thesis, as antigens. Results obtained by ELISA were compared to classical identification by morphologic methods and PCR with the primers developed in this Thesis. Results demonstrated the possibility of an early detection in fresh fruits by this method for a more effective prevention of M. fructicola in stone fruit. The epidemiology study of the disease started with the determination of the main sources of primary inoculum and its relative importance in peach trees and nectarines in the Ebro valley. Nine orchards were evaluated during years 2003 to 2005 collecting all mummies, aborted fruits, rubbers, cankers, and necrotic buds from the trees. Apparently healthy buds and plant material located in the ground were also collected. In these samples presence of Monilinia spp. was determined. Results showed that the main inoculum sources are mummies that stay in the trees and where fungus survival after the winter is very high. Mummies on the ground and the necrotics buds are also sources of inoculum. As consequence of this an important recommendation for the growers is the removal of this material of the orchards. An important issue not well studied in peach or nectarine in Spain is the possible relationship between the incidence of latent infections in the immature fruits and the incidence of fruit rot at harvesting and postharvesting. This relationship had been previously shown in other stone fruit trees infected with M. fructicola in different countries over the world. In order to study this relationship experiments were run in five commercial peach and nectarine orchards located in the Ebro Valley in four phenologic states from 2000 to 2002. Latent infections were not observed in pink button, the maxima incidence arise in preharvest, although in some orchards another increase occurred in the embryo hardening. The most prevalence species was M. laxa. A significant positive correlation between the incidence of latent infections and the incidence of rot in postharvest was obtained. A prediction model of the latent infections based on the temperature (T) and the wetness duration (W) was also developed. This model showed that T and W explained 83% of the variation in latent infection incidence caused by Monilinia spp. Below 8ºC latent infection was not predicted, more than 22h of W with T = 8ºC were needed to predict latent infection occurrence of, whereas at 25ºC just 5h of W were enough. Tests under controlled conditions were also made to determine the relationship among latent infections incidence, environmental conditions (T and W), inoculum concentration of the pathogen (I) and development state of the host (S) to validate the prediction model developed on the field experiments. These tests were made with flowers and fruits of nectarine coming from a commercial orchard, in six phenologic states in 2004 and 2005, showing that incidence of rot in postharvest and latent infections were affected by T, W, I and S. In fruits latent infections took place when the T was not suitable for rot development. Once developed the embryo, more than 4-5h of W per day and higher inoculums (104 conidia ml-1) were necessary for rot or latent infection development. The equation of the model obtained with the field data was able to predict the data observed in these experiments. In order to evaluate the effect of inoculum of Monilinia spp. in the incidence of latent infections and of rot of fruits in postharvest, 11 experiments in commercial orchards of peach and nectarine of the Ebro Valley were performed from 2002 to 2005. A positive correlation between the conidial numbers of Monilinia spp. in the surface of the fruits and the incidence of latent infections was observed. Based on those studies other two important recommendations for the agriculturists are deduced: control strategies must consider the latent infections and potential risk based on the T and W. Spores concentration of Monilinia spp. in the surface of fruits must be also taken in concern to reduce the brown rot risk. The knowledge of the population structure of the pathogens determines the bases to establish more effective methods of diseases handling. For that reason in this Thesis the degree of genetic diversity among different M. laxa populations has been studied in different Spanish locations using 144 RAPDs markers (59 polymorphic and 85 monomorphics) on 21 fungal isolates. The analysis of the structure of the population revealed that the genetic diversity within the subpopulations (orchards) (HS) represented 97% of the genetic diversity (HT), whereas the genetic diversity between subpopulations (DST) only represented a 3% of the total of this diversity. The relative magnitude of the genic differentiation between subpopulations (GST) reached 0.032 and the considered number of migrantes by generation (Nm) was of 15.1. The results obtained in dendrograms were in agreement with the analysis of genic diversity. The obtained groupings were independent of the orchard of origin, year or host. In the Thesis the relative importance of the different evolutionary sources in the populations from M. laxa is discussed. Finally a sampling of resistant isolates in different orchards from peach and nectarine of Ebro Valley was made to determine the existence of fungicide resistance of the group of benzimidazoles and the dicarboximidas, fungicides used habitually for the control of rot brown and with high risk of resistance developing in the pathogenic populations. The analysis of 114 isolated ones of M. laxa with the fungicides Benomilo (bencimidazol) (1Bg m.a ml-1), and Iprodiona (dicarboximida) (5Bg m.a ml-1), showed no resistant in the doses evaluated.

Genomic analyses of flowering transition and inflorescence development in grapevine = Análisis genómicos de la transición floral y del desarrollo de la inflorescencia en la vid

The general objective of this work is to analyze the regulatory processes underlying flowering transition and inflorescence and flower development in grapevine. Most of these crucial developmental events take place within buds growing during two seasons in two consecutive years. During the first season, the shoot apical meristem within the bud differentiates all the basic elements of the shoot including flowering transition in lateral primordia and development of inflorescence primordia. These events practically end with bud dormancy. The second season, buds resume shoot growth associated to flower formation and development. In grapevine, the lateral meristems can give rise either to tendril or inflorescence primordia that are homologous organs. With this purpose, we performed global transcriptome analyses along the bud annual cycle and during inflorescence and tendril development. In addition, we approach the genomic analysis of the MIKC type MADS-box gene family in grapevine to identify all its members and assign them putative biological functions. Regarding buds developmental cycle, the results indicate that the main factors explaining the global gene expression differences were the processes of bud dormancy and active growth as well as stress responses. Non dormant buds exhibited up-regulation in functional categories typical of actively proliferating and growing cells (photosynthesis, cell cycle regulation, chromatin assembly) whereas in dormant ones the main functional categories up-regulated were associated to stress response pathways together with transcripts related to starch catabolism. Major transcriptional changes during the dormancy period were associated to the para/endodormancy, endo/ecodormancy and ecodormancy/bud break transitions. Global transcriptional analyses along tendril and inflorescence development suggested that these two homologous organs share a common transcriptional program related to cell proliferation functions. Both structures showed a progressive decrease in the expression of categories such as cell-cycle, auxin metabolism/signaling, DNA metabolism, chromatin assembly and a cluster of five transcripts belonging to the GROWTH-REGULATING FACTOR (GRF) transcription factor family, that are known to control cell proliferation in other species and determine the size of lateral organs. However, they also showed organ specific transcriptional programs that can be related to their differential organ structure and function. Tendrils showed higher transcription of genes related to photosynthesis, hormone signaling and secondary metabolism than inflorescences, while inflorescences have higher transcriptional activity for genes encoding transcription factors (especially those belonging to the MADS-box gene family). Further analysis along inflorescence development evidenced the relevance of additional functions likely related to processes of flower development such as fatty acid and lipid metabolism, jasmonate signaling and oxylipin biosynthesis. The transcriptional analyses performed highlighted the relevance of several groups of transcriptional regulators in the developmental processes studied. The expression profiles along bud development revealed significant differences for some MADS-box subfamilies in relation to other plant species, like the members of the FLC and SVP subfamilies suggesting new roles for these groups in grapevine. In this way, it was found that VvFLC2 and VvAGL15.1 could participate, together with some members of the SPL-L family, in dormancy regulation, as was shown for some of them in other woody plants. Similarly, the expression patterns of the VvFLC1, VvFUL, VvSOC1.1 (together with VvFT, VvMFT1 and VFL) genes could indicate that they play a role in flowering transition in grapevine, in parallel to their roles in other plant systems. The expression levels of VFL, the grapevine LEAFY homolog, could be crucial to specify the development of inflorescence and flower meristems instead of tendril meristems. MADS-box genes VvAP3.1 and 2, VvPI, VvAG1 and 3, VvSEP1-4, as well as VvBS1 and 2 are likely associated with the events of flower meristems and flower organs differentiation, while VvAP1 and VvFUL-L (together with VvSOC1.1, VvAGL6.2) could be involved on tendril development given their expression patterns. In addition, the biological function ofVvAP1 and VvTFL1A was analyzed using a gene silencing approach in transgenic grapevine plants. Our preliminary results suggested a possible role for both genes in the initiation and differentiation of tendrils. Finally, the genomic analysis of the MADS-box gene family in grapevine revealed differential features regarding number and expression pattern of genes putatively involved in the flowering transition process as compared to those involved in the specification of flower and fruit organ identity. Altogether, the results obtained allow identifying putative candidate genes and pathways regulating grapevine reproductive developmental processes paving the way to future experiments demonstrating specific gene biological functions. RESUMEN El objetivo general de este trabajo es analizar los procesos regulatorios subyacentes a la inducción floral así como al desarrollo de la inflorescencia y la flor en la vid. La mayor parte de estos eventos cruciales tienen lugar en las yemas a lo largo de dos estaciones de crecimiento consecutivas. Durante la primera estación, el meristemo apical contenido en la yema diferencia los elementos básicos del pámpano, lo cual incluye la inducción de la floración en los meristemos laterales y el subsiguiente desarrollo de primordios de inflorescencia. Estos procesos prácticamente cesan con la entrada en dormición de la yema. En la segunda estación, se reanuda el crecimiento del pámpano acompañado por la formación y desarrollo de las flores. En la vid, los meristemos laterales pueden dar lugar a primordios de inflorescencia o de zarcillo que son considerados órganos homólogos. Con este objetivo llevamos a cabo un estudio a nivel del transcriptoma de la yema a lo largo de su ciclo anual, así como a lo largo del desarrollo de la inflorescencia y del zarcillo. Además realizamos un análisis genómico de la familia MADS de factores transcripcionales (concretamente aquellos del tipo MIKC) para identificar todos sus miembros y tratar de asignarles posibles funciones biológicas. En cuanto al ciclo de desarrollo de la yema, los resultados indican que los principales factores que explican las diferencias globales en la expresión génica fueron los procesos de dormición de la yema y el crecimiento activo junto con las respuestas a diversos tipos de estrés. Las yemas no durmientes mostraron un incremento en la expresión de genes contenidos en categorías funcionales típicas de células en proliferación y crecimiento activo (como fotosíntesis, regulación del ciclo celular, ensamblaje de cromatina), mientras que en las yemas durmientes, las principales categorías funcionales activadas estaban asociadas a respuestas a estrés, así como con el catabolismo de almidón. Los mayores cambios observados a nivel de transcriptoma en la yema coincidieron con las transiciones de para/endodormición, endo/ecodormición y ecodormición/brotación. Los análisis transcripcionales globales a lo largo del desarrollo del zarcillo y de la inflorescencia sugirieron que estos dos órganos homólogos comparten un programa transcripcional común, relacionado con funciones de proliferación celular. Ambas estructuras mostraron un descenso progresivo en la expresión de genes pertenecientes a categorías funcionales como regulación del ciclo celular, metabolismo/señalización por auxinas, metabolismo de ADN, ensamblaje de cromatina y un grupo de cinco tránscritos pertenecientes a la familia de factores transcripcionales GROWTH-REGULATING FACTOR (GRF), que han sido asociados con el control de la proliferación celular y en determinar el tamaño de los órganos laterales en otras especies. Sin embargo, también pusieron de manifiesto programas transcripcionales que podrían estar relacionados con la diferente estructura y función de dichos órganos. Los zarcillos mostraron mayor actividad transcripcional de genes relacionados con fotosíntesis, señalización hormonal y metabolismo secundario que las inflorescencias, mientras que éstas presentaron mayor actividad transcripcional de genes codificantes de factores de transcripción (especialmente los pertenecientes a la familia MADS-box). Análisis adicionales a lo largo del desarrollo de la inflorescencia evidenciaron la relevancia de otras funciones posiblemente relacionadas con el desarrollo floral, como el metabolismo de lípidos y ácidos grasos, la señalización mediada por jasmonato y la biosíntesis de oxilipinas. Los análisis transcripcionales llevados a cabo pusieron de manifiesto la relevancia de varios grupos de factores transcripcionales en los procesos estudiados. Los perfiles de expresión estudiados a lo largo del desarrollo de la yema mostraron diferencias significativas en algunas de las subfamilias de genes MADS con respecto a otras especies vegetales, como las observadas en los miembros de las subfamilias FLC y SVP, lo cual sugiere que podrían desempeñar nuevas funciones en la vid. En este sentido, se encontró que los genes VvFLC2 y VvAGL15.1 podrían participar, junto con algunos miembros de la familia SPL-L, en la regulación de la dormición. De un modo similar, los patrones de expresión de los genes VvFLC1, VvFUL, VvSOC1.1 (junto con VvFT, VvMFT1 y VFL) podría indicar que desempeñan un papel en la regulación de la inducción de la floración en la vid, como se ha observado en otros sistemas vegetales. Los niveles de expresión de VFL, el homólogo en vid del gen LEAFY de A. thaliana podrían ser cruciales para la especificación del desarrollo de meristemos de inflorescencia y flor en lugar de meristemos de zarcillo. Los genes VvAP3.1 y 2, VvPI, VvAG1 y 3, VvSEP1-4, así como VvBS1 y 2 parecen estar asociados con los eventos de diferenciación de meristemos y órganos florales, mientras que VvAP1 y VvFUL-L (junto con VvSOC1.1 y VvAGL6.2) podrían estar implicados en el desarrollo del zarcillo dados sus patrones de expresión. Adicionalmente, se analizó la función biológica de los genes VvAP1 y VvTFL1A por medio de una estrategia de silenciamiento génico. Los datos preliminares sugieren un posible papel para ambos genes en la iniciación y diferenciación de los zarcillos. Finalmente, el análisis genómico de la familia MADS en vid evidenció diferencias con respecto a otras especies vegetales en cuanto a número de miembros y patrón de expresión en genes supuestamente implicados en la inducción de la floración, en comparación con aquellos relacionados con la especificación de identidad de órganos florales y desarrollo del fruto. En conjunto, los resultados obtenidos han permitido identificar posibles rutas y genes candidatos a participar en la regulación de los procesos de desarrollo reproductivo de la vid, sentando las bases de futuros experimentos encaminados a conocer la funciones biológicas de genes específicos.

Análisis de las diferencias en el crecimiento vegetativo, en los componentes del rendimiento y en la composición de las uvas y vinos del cv. cabernet sauvignon (vitis vinifera L.), producidos por el déficit hídrico durante pre-envero y post-envero

La presente Tesis Doctoral se realizó con el fin de estimar conjuntamente la respuesta agronómica y fisiológica de la vid (Vitis vinifera L.), así como los efectos sobre la evolución de la maduración, composición y la calidad de la uva y del vino, bajo la aplicación de diferentes déficit hídricos en pre-envero y post-envero, dentro de un marco de referencia de cambio climático. La variación climática que prevén los estudios sobre el cambio climático, resulta un factor decisivo en la eficiencia del uso del agua en la vid. En zonas cálidas, las estrategias de cultivo del viñedo frente al cambio climático deben de ir dirigidas a atenuar sus efectos sobre el crecimiento y el desarrollo de la vid, haciéndose imprescindible el estudio pormenorizado del déficit hídrico como factor decisivo en la obtención de las uvas adecuadas, ya que son la clave indispensable para el éxito en la elaboración del vino, y de forma muy especial en los vinos enfocados a un sector de alta calidad. El ensayo se llevó a cabo en un viñedo comercial de Bodegas Licinia, en la Comunidad de Madrid, durante los años 2010 y 2011. La variedad estudiada fue Cabernet sauvignon / 41 B, plantada a un marco de plantación de 3 m x 1 m, con un guiado vertical de la vegetación. El dispositivo experimental fue totalmente al azar, y se establecieron 4 tratamientos experimentales con 4 grados de disponibilidad hídrica, déficit moderado continuo (T0,45-0,6), déficit severo continuo (T0-0,3), déficit severo después de envero (T0,45-0,3) y déficit severo antes de envero (T0-0,6). En cada tratamiento se distribuyeron 3 repeticiones. El año 2010 fue el más lluvioso de los años de ensayo, con 478 mm de precipitaciones anuales, lo que supuso 146 mm más que en el año 2011. Su distribución a lo largo del ciclo fue más homogénea en el año 2010, mientras que en 2011 las precipitaciones contabilizadas en el período de maduración de la uva fueron nulas. La temperatura media subió 0,9ºC en 2011, respecto a 2010 y en cuanto a la integral térmica eficaz, en 2011 se acumularon, desde el 1 de abril hasta el final de ciclo, 217 grados•día más que en 2010. El déficit hídrico en pre-envero, modificó notablemente el crecimiento vegetativo y la producción de cosecha de la parcela de ensayo, no así la fertilidad de las yemas. El tratamiento con mayor disponibilidad hídrica (T0,45-0,6) obtuvo el mayor peso de baya, y los tratamientos con menor déficit hídrico en pre-envero (T0,45-0,6 y T0,45-0,3) registraron los mayores rendimientos de cosecha, mientras que las menores tasas de cuajado correspondieron al tratamiento con un déficit severo continuo (T0-0,3). La parcela de ensayo se caracterizó por un exceso de vigor y un alto crecimiento vegetativo. El pH del mosto se vio afectado por el déficit hídrico, disminuyendo su valor en el tratamiento de déficit hídrico severo antes de envero (T0-0,6). Organolépticamente, no se percibieron diferencias significativas en los vinos elaborados en función del déficit hídrico, y respecto a su composición físico-química, solo existieron diferencias en la concentración de ácido L-Málico, con mayores concentraciones en los tratamientos sin déficit hídrico en pre-envero, T0,45-0,6 y T0,45-0,3. El déficit hídrico modificó notablemente el color del vino, aumentando los valores de las coordenadas CIELAB a* y b*, la luminosidad (L*), croma (C*) y tonalidad (H*), para los tratamientos con un déficit severo en pre-envero (T0-0,3 y T0-0,6) y disminuyendo estas en el tratamiento con mayor disponibilidad hídrica (T0,45-0,6). Del mismo modo, mediante el análisis de color por métodos tradicionales, IPT e IC de los vinos, aumentó en los tratamientos con mayor déficit hídrico en pre-envero (T0-0,3 y T0-0,6), respecto a los tratamientos de mayor disponibilidad (T0,45-0,6 y T0,45-0,3). La concentración de taninos de la baya en vendimia, no se vio afectada por el déficit hídrico, aunque sí estuvo relacionada positivamente con el tamaño de las bayas. Organolépticamente, los hollejos del año 2011 resultaron con menor frescura, acidez, afrutado, sensación herbácea e intensidad tánica, aunque con mayor astringencia respecto a 2010. Las pepitas fueron más astringentes y aromáticas pero menos crujientes, sin llegar a los niveles de madurez del año 2010. El catador relacionó los taninos con la calidad del vino, asociándolos con un mayor cuerpo, acidez, intensidad, equilibrio gustativo, amargor y menor astringencia en la fase gustativa. La concentración de taninos en los vinos se vio favorecida con el déficit hídrico en pre-envero y post-envero. Los tratamientos con mayor déficit hídrico en pre-envero, T0-0,6 y T0-0,3, obtuvieron las menores concentraciones de potasio en mostos y vinos. Las relaciones entre la concentración de potasio, ácido L-Málico y el porcentaje de color rojo puro (dA(%)) resultaron altamente significativas, de modo que las mayores tasas de potasio en el vino se asociaron a los valores más bajos de color rojo y a los mayores de ácido L-Málico. ABSTRACT The present Doctoral Thesis has been done in order to estimate the grapevine (Vitis vinifera L.) agronomic and physiologic performance or response as well as the impact in the grape and wine maturity, composition and quality evolution, with different water deficits. The variation in climate that the global warming studies for seen is a key factor for the grapevine water use efficiency. In warm areas the farming vineyards strategy to face the climatic change, should be focused on diminish the effects on the grapevine growth and development, so that the water deficit detailed analysis becomes decisive to obtain the appropriate grapes, that are the main subject for a successful wine production and especially for top quality wines. The trial was carried out in a commercial vineyard in Chinchón (Madrid), Licinia winery, during the 2010 and 2011 seasons. The grape variety studied was Cabernet Sauvignon grafted onto 41B with a vine spacing 3m x 1m trained as VSP. Experimental design consisted on 4 irrigation treatments with 3 replications totally randomized. Irrigation treatments were: moderate regulated deficit (T0,45-0,6), severe continuous deficit (T0-0,3), severe post-veraison deficit (T0,45-0,3) and severe pre veraison deficit (T0-0,6). The 2010 was rainier year than the 2011; Total annual rain in 2010 was 478 mm, which resulted in 146 mm more than in 2011. The distribution along the vine cycle was more homogeneous in the 2010, whereas precipitations in 2011 along the grape maturity period were nonexistent. The average temperature in 2011 was 0,9ºC higher than that of the 2010 and regarding to the thermal integral, in the 2011 from 1st April to the end of the growing cycle, was 217 degrees•day higher than that in 2010. Water deficit significantly modified the vegetative growth and yield but, it did not modified bud fertility. The treatment with the highest water availability (T0,45-0,6) got the highest berry size, the lowest berry set rates were found in the severe continuous deficit treatment (T0-0,3). The plot studied in this trial was characterized by both excessive vigour and vegetative growth. Water deficit modified the pH must by, reducing it in the severe water deficit during pre-veraison (T0-0,6). There were not differences in wine tasting between the water deficits treatments. Regarding to the physical-chemical composition, it only existed differences in the L-malic acid concentration, resulting higher concentrations in the water deficit pre-veraison treatments: T0,45-0,6 y T0,45-0,3. Water deficit significantly modified wine colour by, increasing the CIELAB coordinates a* and b*, the brightness (L*), croma (C*) and tonality (H*), in the lower water availability pre-veraison treatments (T0-0,3 y T0-0,6), and reducing them in the in the moderate continuous water deficit ones (T0,45-0,6). By means of traditional wine colour parameters analyses, red colour percentage, TPI, they became higher in the lower water availability pre-veraison treatments (T0-0,3 y T0-0,6), than in those with higher availability (T0,45-0,6 y T0,45-0,3). At harvest, berry tannins concentrations was not affected by the water deficit although it did in a positive way, in the berry size. Berry tasting in 2011, resulted in a lower freshness, acidity, fruity, herbaceous flavour and tannic intensity, but with higher astringency respect to the 2010 season. Seeds, in 2011, were more astringent and aromatic as in the 2010, but less crunchy, without getting to the point of maturity. The taster linked the tannins to wine quality, associating them with a higher bodiest wine, acidity, intensity, taste balance, bitterness and with a lower astringency in the tasting stage. Treatments with a higher water deficit up to veraison T0-0,6 y T0-0,3 got less musts and wines potassium concentration. The relation between L-malic acid and the full red color percentage (dA(%)), were highly related, resulting the higher potassium content the lower wine quality.