Genome-wide DNA polymorphism analyses using VariScan

BACKGROUND: DNA sequence polymorphisms analysis can provide valuable information on the evolutionary forces shaping nucleotide variation, and provides an insight into the functional significance of genomic regions. The recent ongoing genome projects will radically improve our capabilities to detect specific genomic regions shaped by natural selection. Current available methods and software, however, are unsatisfactory for such genome-wide analysis. RESULTS: We have developed methods for the analysis of DNA sequence polymorphisms at the genome-wide scale. These methods, which have been tested on a coalescent-simulated and actual data files from mouse and human, have been implemented in the VariScan software package version 2.0. Additionally, we have also incorporated a graphical-user interface. The main features of this software are: i) exhaustive population-genetic analyses including those based on the coalescent theory; ii) analysis adapted to the shallow data generated by the high-throughput genome projects; iii) use of genome annotations to conduct a comprehensive analyses separately for different functional regions; iv) identification of relevant genomic regions by the sliding-window and wavelet-multiresolution approaches; v) visualization of the results integrated with current genome annotations in commonly available genome browsers. CONCLUSION: VariScan is a powerful and flexible suite of software for the analysis of DNA polymorphisms. The current version implements new algorithms, methods, and capabilities, providing an important tool for an exhaustive exploratory analysis of genome-wide DNA polymorphism data.

IFN-gamma-producing CD45RA+CD8+ and IL-10-producing CD45RA-CD4+ T cells generated in response to LACK in naive subjects never exposed to Leishmania.

Leishmania guyanensis (L.g.)-specific CD8+ T cells can be isolated from PBMC of subjects who have never been previously exposed to Leishmania. Cells that produce IFN-gamma in response to live L.g. are generated from naive CD45RA+CD8+ T cells. The generation of L.g.-specific CD8+ T cells requires the presence of whole L.g. or UV-irradiated parasite but not the soluble antigens from L.g. promastigotes. The IFN-gamma-producing T cells recognize a specific antigen, the Leishmania homologue of receptors of activated C kinases (LACK) and this antigen but not live L.g. can produce a strong IL-10 response in CD45RA-CD4+ memory T cells from naive subjects. A single epitope (amino acid 156-173) is found to induce the IL-10 synthesis. While the IFN-gamma-producing cells are present among CD45RA+CD8+ T cells that are CD62L-CDR7- and CLA-, the LACK-reactive IL-10-producing cells are CD4+ T cells that are CD62L+CCR7- and CLA-.

Recruitment advertising and corporate image : The HRM-marketing interface

Extended abstract.

Joint array combining and MLSE for single-user receivers in multipath Gaussian multiuser channels

The well-known structure of an array combiner along with a maximum likelihood sequence estimator (MLSE) receiveris the basis for the derivation of a space-time processor presentinggood properties in terms of co-channel and intersymbol interferencerejection. The use of spatial diversity at the receiver front-endtogether with a scalar MLSE implies a joint design of the spatialcombiner and the impulse response for the sequence detector. Thisis faced using the MMSE criterion under the constraint that thedesired user signal power is not cancelled, yielding an impulse responsefor the sequence detector that is matched to the channel andcombiner response. The procedure maximizes the signal-to-noiseratio at the input of the detector and exhibits excellent performancein realistic multipath channels.

Automated User Interface testing in Symbian Operating System

Tässä diplomityössä tutkitaan automatisoitua testausta ja käyttöliittymätestauksen tekemistä helpommaksi Symbian-käyttöjärjestelmässä. Työssä esitellään Symbian ja Symbian-sovelluskehityksessä kohdattavia haasteita. Lisäksi kerrotaan testausstrategioista ja -tavoista sekä automatisoidusta testaamisesta. Lopuksi esitetään työkalu, jolla testitapausten luominen toiminnalisuus- ja järjestelmätestaukseen tehdään helpommaksi. Graafiset käyttöliittymättuovat ainutlaatuisia haasteita ohjelmiston testaamiseen. Ne tehdään usein monimutkaisista komponenteista ja niitä suunnitellaan jatkuvasti uusiksi ohjelmistokehityksen aikana. Graafisten käyttöliittymien testaukseen käytetään usein kaappaus- ja toistotyökaluja. Käyttöliittymätestauksen testitapausten suunnittelu ja toteutus vaatii paljon panostusta. Koska graafiset käyttöliittymät muodostavat suuren osan koodista, voitaisiin säästää paljon resursseja tekemällä testitapausten luomisesta helpompaa. Käytännön osuudessa toteutettu projekti pyrkii tähän tekemällä testiskriptien luomisesta visuaalista. Näin ollen itse testien skriptikieltä ei tarvitse ymmärtää ja testien hahmottaminen on myös helpompaa.

Utilisation of Statistics in Intelligent Web Applications

Web-portaalien aiheenmukaista luokittelua voidaan hyödyntää tunnistamaan käyttäjän kiinnostuksen kohteet keräämällä tilastotietoa hänen selaustottumuksistaan eri kategorioissa. Tämä diplomityö käsittelee web-sovelluksien osa-alueita, joissa kerättyä tilastotietoa voidaan hyödyntää personalisoinnissa. Yleisperiaatteet sisällön personalisoinnista, Internet-mainostamisesta ja tiedonhausta selitetään matemaattisia malleja käyttäen. Lisäksi työssä kuvaillaan yleisluontoiset ominaisuudet web-portaaleista sekä tilastotiedon keräämiseen liittyvät seikat.

Mice generated by in vitro fertilization exhibit vascular dysfunction and shortened life span.

Children conceived by assisted reproductive technologies (ART) display a level of vascular dysfunction similar to that seen in children of mothers with preeclamspia. The long-term consequences of ART-associated vascular disorders are unknown and difficult to investigate in healthy children. Here, we found that vasculature from mice generated by ART display endothelial dysfunction and increased stiffness, which translated into arterial hypertension in vivo. Progeny of male ART mice also exhibited vascular dysfunction, suggesting underlying epigenetic modifications. ART mice had altered methylation at the promoter of the gene encoding eNOS in the aorta, which correlated with decreased vascular eNOS expression and NO synthesis. Administration of a deacetylase inhibitor to ART mice normalized vascular gene methylation and function and resulted in progeny without vascular dysfunction. The induction of ART-associated vascular and epigenetic alterations appeared to be related to the embryo environment; these alterations were possibly facilitated by the hormonally stimulated ovulation accompanying ART. Finally, ART mice challenged with a high-fat diet had roughly a 25% shorter life span compared with control animals. This study highlights the potential of ART to induce vascular dysfunction and shorten life span and suggests that epigenetic alterations contribute to these problems.

Automating The User Interface Implementation Process by Code Generation

3G-radioverkon asetusten hallinnointi suoritetaan säätämällä radioverkkotietokantaan talletettavia parametreja. Hallinnointiohjelmistossa tuhannetradioverkon parametrit näkyvät käyttöliittymäkomponentteina, joita ohjelmiston kehityskaaressa jatkuvasti lisätään, muutetaan ja poistetaan asiakkaan tarpeidenmukaan. Parametrien lisäämisen toteutusprosessi on ohjelmistokehittäjälle työlästä ja mekaanista. Diplomityön tavoitteeksi asetettiin kehittää koodigeneraattori, joka luo kaiken toteutusprosessissa tuotetun koodin automaattisesti niistä määrittelyistä, jotka ovat nykyäänkin saatavilla. Työssä kehitetty generaattori nopeuttaa ohjelmoijan työtä eliminoimalla yhden aikaa vievän ja mekaanisen työvaiheen. Seurauksena saadaan yhtenäisempää ohjelmistokoodia ja säästetään yrityksen ohjelmistotuotannon kuluissa, kun ohjelmoijan taito voidaan keskittää vaativimpiin tehtäviin.

Advertising in Mobile Games - A Business Model Evaluation

Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää kuinka houkuttelevan liiketoimintamahdollisuuden mobiilipelit tarjoavat mainostusalustana. Tutkimus suoritettiin tapaustutkimuksena. Tutkimus aloitettiin määrittelemällä liiketoimintamalli, jonka jälkeen suoritettiin yleinen katsaus Suomen mobiilipelimarkkinoille. Tämän jälkeen arvoketju-, arvoverkko- sekä markkina-analyysin avulla selvitettiin liiketoimintamallin mahdollisuudet sekä rajoitukset. Tutkimukseen käytettiinteorettista viitekehystä joka pohjautui Hamelin liiketoimintamalliin, Porterin arvoketjuun sekä Alleenin arvoverkoon. Tutkimuksen tuloksena todettiin, että mainostaminen mobiilipeleissä tarjoaa liiketoimintamahdollisuuden ilman esteitä sentoteuttamiselle. Suomalaiset mobiilipelimarkkinat ovat kuitenkin pirstoutuneet,minkä johdosta tutkittu 'mainosten hallinta-alusta'-liiketoimintamalli aiheuttaa liian suuret integraatiokustannukset. Myös suuri määrä pelitoimittajia heikentää mallin tehokkuutta.

Customization, transparency and proximity: a user- centered content strategy applied to the design of a virtual library website

We present a case study of the redesign of the organizational presentation and content of the Virtual Library website at the Universitat Oberta de Catalunya (Open University of Catalonia, UOC), based on a user-centered design strategy. The aim of the redesign was to provide users with more intuitive, usable and understandable content (textual content, resources and services) by implementing criteria of customization, transparency and proximity. The study also presents a selection of best practices for applying these criteria to the design of other library websites.

Omaisuuden luonteessa tapahtunut muutos ja taloudellisen raportoinnin haasteet

Aineettomalla omaisuudellatarkoitetaan sellaisia resursseja, joiden arvo perustuu niiden aineettomiin ominaisuuksiin. Aineeton omaisuus on usein yrityksen sisäisesti synnyttämää ja sen arvo on riippuvainen käyttäjästä, käyttötarkoituksesta ja yrityksen muista resursseista. Aineettoman omaisuuden markkinat ovat kehittymättömät ja sen kirjanpidollinen käsittely on hankalaa. Lailliset omistusoikeudet ja resurssin hankintamenon luotettava määriteltävyys ovat monesti ratkaisevassa asemassa arvioitaessa resurssin kirjaamisedellytyksiä. Taseen ulkopuolelle jäävät aineettomat resurssit ovat tavallisesti sellaisia, jotka eivät varsinaisesti ole yrityksen omaisuutta,kuten ihmisten ajatuksiin ja osaamiseen perustuva arvo. Yritys voi kom­munikoida sidosryhmilleen taseen ulkopuolisista resursseista laajan, epävirallisiin raportteihin perustuvan viestinnän avulla.

End User Perspective to ERP Implementation

Toiminnanohjausjärjestelmät ovat oleellinen osa yrityksien liiketoimintaa. Järjestelmän päivittäminen uudempaan versioon tai kokonaan uuden järjestelmän käyttöönotto saattavat yrityksen ydintoiminnot ja prosessit hyvin haavoittuvaiseen asemaan. Järjestelmien kokonaisvaltaisuus yhdessä reaaliaikaisen käyttöönoton kanssa tekevät näistä projekteista erityisen haasteellisia. Tämä pro gradu -tutkielman tapaustutkimuskohteena toimi Andritz Oy. Tapaustutkimuksen tavoitteena oli arvioida kesäkuussa 2005 suoritettua toiminnanohjausjärjestelmän käyttöönottoa ja sitä kuinka hyvin tässä onnistuttiin. Tutkimus toteutettiin loppukäyttäjännäkökulmasta. Loppukäyttäjä omalla työllään voi vaikuttaa miten hyvin järjestelmästä tavoitellut hyödyt pystytään lunastamaan. Tutkimus on laadullinen tapaustutkimus. Tutkimuksessa kiinnitetään huomiota erityisestiprojektitiimin, johdon ja käyttäjien eroaviin näkemyksiin käyttöönoton onnistumisesta.

Customization, transparency and proximity: a user- centered content strategy applied to the design of a virtual library website

We present a case study of the redesign of the organizational presentation and content of the Virtual Library website at the Universitat Oberta de Catalunya (Open University of Catalonia, UOC), based on a user-centered design strategy. The aim of the redesign was to provide users with more intuitive, usable and understandable content (textual content, resources and services) by implementing criteria of customization, transparency and proximity. The study also presents a selection of best practices for applying these criteria to the design of other library websites.