Identificação e Prevalência de Agentes Rickettsiais (Rickettsiales: Anaplasmataceae) em Cervo-do-pantanal (Blastocerus dichotomus) utilizando métodos sorológico e molecular

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo clássico e molecular de Giardia lamblia isolada de uma população infantil da região de Presidente Prudente-SP/Brasil

Pós-graduação em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia - FCFAR

Caracterização morfológica e molecular de Strongyloides ophidiae (nematoda, strongyloididae) parasitas de serpentes

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

A study of neolignan compounds with biological activity against Paracoccidioides brasiliensis by using quantum chemical and chemometric methods

Métodos quimiométricos (estatísticos) são empregados para classificar um conjunto de compostos derivados de neolignanas com atividade biológica contra a Paracoccidioides brasiliensis. O método AM1 (Austin Model 1) foi utilizado para calcular um conjunto de descritores moleculares (propriedades) para os compostos em estudo. A seguir, os descritores foram analisados utilizando os seguintes métodos de reconhecimento de padrões: Análise de Componentes Principais (PCA), Análise Hierárquica de Agrupamentos (HCA) e o método de K-vizinhos mais próximos (KNN). Os métodos PCA e HCA mostraram-se bastante eficientes para classificação dos compostos estudados em dois grupos (ativos e inativos). Três descritores moleculares foram responsáveis pela separação entre os compostos ativos e inativos: energia do orbital molecular mais alto ocupado (EHOMO), ordem de ligação entre os átomos C1'-R7 (L14) e ordem de ligação entre os átomos C5'-R6 (L22). Como as variáveis responsáveis pela separação entre compostos ativos e inativos são descritores eletrônicos, conclui-se que efeitos eletrônicos podem desempenhar um importante papel na interação entre receptor biológico e compostos derivados de neolignanas com atividade contra a Paracoccidioides brasiliensis.

Molecular evidence of mother-to-child transmission of HTLV-IIc in the Kararao Village (Kayapo) in the Amazon Region of Brazil

Amostras de sangue de índios nativos na aldeia Kararao (Kayapó) foram analisadas, usando-se métodos sorológico e molecular, para caracterizar a infecção e analisar a transmissão do HTLV-II. Observou-se reatividade específica em 3/26 indivíduos, dos quais duas amostras eram de uma mãe e de seu filho. A análise pela RFLP de regiões pX e env confirmou a infecção pelo HTLV-II. A seqüência de nucleotídios do segmento 5'LTR e a análise filogenética mostraram alta similaridade (98%) entre as três amostras e o protótipo HTLV-IIa (mot) e confirmaram a ocorrência do subtipo HTLV-IIc. Houve uma alta similaridade genética (99,9%) entre as amostras da mãe e do filho e a única diferença foi uma deleção de dois nucleotídios (TC) na seqüência materna. Estudos epidemiológicos anteriores entre índios nativos do Brasil forneceram prova da transmissão intrafamilial e vertical do HTLV-IIc. O presente estudo fornece evidência molecular da transmissão do HTLV-IIc de mãe para filho, um mecanismo que em grande parte é responsável pela endemicidade do HTLV nessas populações epidemiologicamente fechadas. Embora a verdadeira via de transmissão seja desconhecida, a amamentação materna poderia ser a mais provável.

Epidemiologia molecular de Escherichia coli patogênica em diversas etapas do abate bovino

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV

Epidemiologia molecular dos Staphylococcus aureus isolados em diferentes pontos do fluxograma de produção do leite

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Caracterização molecular dos genótipos G e P de rotavírus tipo G9 provenientes de crianças com gastrenterite aguda na região metropolitana de Belém, Pará, no período de 1999 a 2007

O rotavírus (RV) é o principal agente viral associado às gastrenterites, ocasionando em média 39% dos casos diarreicos que culminam em hospitalizações, sendo responsável por cerca de 520.000 óbitos entre crianças menores de cinco anos de idade a cada ano. Pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, possui RNA de dupla fita (dsRNA) com 11 segmentos codificando 12 proteínas, sendo seis estruturais (VPs) e seis não estruturais (NSPs). A proteína VP4, juntamente com a VP7, compõem a camada externa do RV, designando os genótipos P e G, respectivamente. Até o momento foram descritos 23 tipos G e 31 tipos P. O genótipo G9 emergiu em escala global e é possivelmente associado a manifestação clínica mais grave, estando geralmente acompanhado do genótipo P[8]. O genótipo G9 possui 6 linhagens distintas e o P[8] 4 linhagens. Este estudo objetivou caracterizar os genes VP7 e VP4 de RV do genótipo G9, circulantes na região metropolitana de Belém, Pará, no período de 1999 a 2007. O dsRNA viral de 38 amostras selecionadas foi extraído a partir das suspensões fecais e submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida para determinação dos eletroferotipos, seguido da reação de seqüenciamento. Na presente investigação, foi possível a análise de 32 amostras selecionadas, sendo todas genótipo G9P[8] associadas ao eletroferotipo longo. A análise filogenética do gene VP7 demonstrou que as amostras G9 agruparam na linhagem 3 com elevados índices de similaridade, apresentando 8 substituições nucleotídicas. Contudo, apenas três modificações aminoacídicas foram observadas nas posições 43 (I→V), 66 (A→V) e 73 (Q→R), sendo estes resíduos 43 e 73 exclusivos das amostras do ano de 2007. A análise do gene VP4 demonstrou que as amostras P[8] agruparam na linhagem 3, identificando-se 15 substituições nucleotídicas, as quais ocasionaram quatro modificações aminoacídicas nos resíduos 108 (V→I), 172 (R→K), 173 (I→V) e 275 (K→R). As modificações nos resíduos 172 e 275 são exclusivos das amostras dos anos de 1999 a 2002. As amostras do presente estudo apresentaram elevada similaridade ao longo do tempo estudado. As amostras de 2007 foram as mais divergentes, tanto para o gene VP4 quanto para o gene VP7. É importante se proceder ao contínuo monitoramento do genótipo G9 na região metropolitana de Belém, a fim de detectar possíveis variantes emergentes que possam representar um desafio as estratégias de imunização atuais.

Diversidade genética de Xanthomonas citri subsp. citri, caracterização molecular e patogênica de Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii e detecção de Xanthomonas alfalfae em citrumelo ‘Swingle’ (Citrus paradisi Macf. x Poncirus trifoliata L. Raf.) no Brasil

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Caracterização molecular e relação filogenética do genoma completo dos arbovírus Bussuquara, Iguape, Ilhéus e Rocio (Família Flaviviridae, Gênero Flavivirus)

Os flavivírus são conhecidos por seu complexo ciclo biológico e importância na saúde pública e na economia mundial. Os aspectos ecológicos e quadros clínicos estão estreitamente relacionados à filogenia e evolução dos flavivírus. Este trabalho objetiva a caracterização molecular dos genomas dos flavivírus Bussuquara (VBSQ), Iguape (VIGU), Ilhéus (VILH) e Rocio (VROC), determinando relações filogenéticas com os demais integrantes do gênero Flavivirus. Foi realizado o seqüenciamento completo da região codificadora (ORF) e regiões não codificantes (RNC) 5’ e 3’; análise da estrutura secundária do RNA viral e das sequências conservadas da 3’RNC; determinação dos sítios de clivagem, glicosilação, resíduos Cis e motivos conservados na poliproteína; e as análises de similaridade e filogenética. Os genomas dos VBSQ, VIGU, VILH e VROC apresentaram a mesma organização que os demais flavivírus, medindo 10.815 nt, 10.922 nt, 10.775 nt, 10.794 nt, respectivamente. O padrão das sequências conservadas da 3’RNC do VBSQ foi RCS2-CS2-CS1, enquanto que para os VIGU, VILH e VROC foram CS3-RCS2-CS2-CS1. As características das estruturas secundárias do RNAs dos flavivírus em estudo foram similares aos demais flavivírus. O número dos sítios de glicosilação das proteínas PrM, E e NS1 foi distinto entre os flavivírus brasileiros, porém o padrão 6,12,12 dos resíduos de Cis e do sítios de clivagem permaneceram conservados. Na proteína E, alterações aminoacídicas pontuais foram observadas no peptídeo de fusão dos VBSQ, VIGU e VROC, e a sequência do tripepídeo RGD foi distinta para os quatro vírus em estudo. Os motivos determinantes das atividades de MTase-SAM da NS5, bem como da helicase e protease da NS3, permanecem conservados. Dentre os oito motivos da polimerase viral (NS5), somente os motivos V, VI e VII possuem alguma substituição nucleotídica para o VILH e VROC. As análises de similaridade mostram que VBSQ apresenta maior relação com VIGU enquanto que o VILH e VROC são mais relacionados entre si, porém sendo consideradas espécies virais distintas. Com base nas análises filogenéticas, características moleculares do genoma e biológicas, propõem-se a formação de três grupos genéticos: o grupo Rocio, que agrupa VROC e VILH; o grupo Bussuquara formado pelos VBSQ e Vírus naranjal e o grupo Aroa que inclui o Vírus Aroa e VIGU.

Caracterização molecular e fenotípica de Salmonella Typhi isolada de casos de febre tifóide no Estado do Pará, no período de 1970 a 2009

A Salmonella Typhi é o agente etiológico da febre tifóide, uma doença infecciosa, sistêmica, que constitui importante problema de saúde pública principalmente nos países em desenvolvimento da África, Ásia, América Central e do Sul. Amostras de Salmonella Typhi isoladas de casos clínicos no período de 1970 a 2009 no Estado do Pará foram caracterizadas por meio da técnica de Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (PFGE). O perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos foi realizado através dos métodos manual e automatizado. Foi empregada a técnica de Reação em Cadeia Mediada pela Polimerase (PCR) para a pesquisa das integrases de classe 1 e 2 e do fator de virulência Vi. Em 151 amostras pôde-se observar 68 diferentes pulsotipos, sendo 66 deles agrupados em 5 clusters. As amostras independente de sua procedência, fonte de isolamento ou ano, apresentaram elevada similaridade genética que variou de 80 a 100%. Verificou-se resistência (1,99%) e resistência intermediária (6,62%) somente à nitrofurontoína, em nenhuma amostra foi detectado integrase de classe 1 e 2, demonstrando, que, no Estado do Pará, as cepas circulantes não apresentam multi-resistência como observado em várias regiões do mundo. Foram encontradas 4 (2,65%) amostras Vi-negativo, que pode ser devido ao longo período de armazenamento, pois a ilha de patogenicidade SPI-7 é geneticamente instável e pode ser perdida após sucessivos repiques.

Diagnóstico molecular e relações filogenéticas entre nove espécies de Triatominae (Hemiptera, Reduviidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Transporte eletrônico e quiralidade molecular: um estudo de dispositivos orgânicos em sistemas de dois terminais

No presente trabalho, investigamos o transporte eletrônico molecular em dois compostos orgânicos, o Ponceau SS (PSS) e o Oligo-(para)fenileno-vinileno (PPV) através de cálculos ab initio e função de Green de não equilíbrio (FGNE). Estes métodos demonstraram equivalência para a descrição destes dispositivos moleculares. Fizemos cálculos quânticos para o Hamiltoniano derivado de Hartree-Fock (HF) e obtivemos as propriedades de corrente-voltagem (I-V) para as duas estruturas moleculares. Com o método FGNE conseguimos modelar o transporte através de um sistema de multiníveis eletrônicos obtendo a corrente descrevendo as regiões de ressonância e a assimetria do sistema. Como resposta o PSS demonstrou assimetria para polarizações direta e reversa e a ressonância é alcançada mostrando que o dispositivo opere como um transistor molecular bi-direcional. Para o PPV investigamos também as propriedades geométricas através da conexão entre transporte eletrônico e o grau de quiralidade molecular que foi calculado usando o índice quiral que depende apenas das posições atômicas. Obtivemos que moléculas quirais e propriedades estruturais podem induzir uma assimetria no transporte eletrônico, resultando num processo de retificação. Também obtivemos que a resposta elétrica (I-V) e momento de dipolo elétrico são proporcionais ao grau de quiralidade molecular. Estes resultados sugerem que o transporte eletrônico neste sistema pode ser explorado na avaliação do seu grau de quiralidade.

Caracterização molecular de espécies da família Anaplasmataceae em leucócitos e plaquetas de cães de Jaboticabal-SP e de Campo Grande-MS

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Diagnóstico molecular de hemoparasitas e frequência de anticorpos anti-Toxoplasma gondii e anti-Neospora caninum, em gatos peridomiciliados na cidade de São Luís, Maranhão

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)