Identification of Genomic Variants Associated with Adolescent Idiopathic Scoliosis (AIS) in French-Canadian Population

La scoliose idiopathique est une déformation tridimensionnelle de la colonne vertébrale dont la pathogenèse reste obscure. Cette maladie affecte 2-4% des adolescents de 10-18 ans parmi les garçons et les filles. Il est à noter que les filles sont plus sévèrement affectées et ce en plus grand nombre que les garçons. Les études de jumeaux ont montré que les facteurs génétiques jouent un rôle important dans la scoliose idiopathique de l'adolescent (SIA). Depuis 2010, les études d'association pan génomiques ont été multipliées dans les recherches, visant à trouver des gènes candidats impliqués dans la SIA à travers des examens des polymorphismes nucléotidiques (SNPs). Un test génétique nommé "ScoliScore" a été publié pour essayer de prédire la progression de courbure dans la population caucasienne. Cependant, l'association n'a pas été reproduite dans une grande étude japonaise, soulignant l'importance d'une étude de réplication dans une population caucasienne indépendante. Dans ce contexte, mon projet de maîtrise a permis de génotyper plus de 1,4 millions de SNPs dans une cohorte canadienne-française dans le but: 1) de valider l'association de ScoliScoreTM; et 2) d’identifier les variants génomiques associées à la SIA dans la population québécoise. Notre étude a montré qu’aucun des variants constituant le test ScoliScoreTM n’était associé à la SIA. Ceci suggère que l'absence d'association dans une cohorte japonaise n'est pas due à l'appartenance ethnique. Aussi, nous avons identifié des variants génomiques associés significativement à l’initiation et/ou la progression de SIA dans la population québécoise, suggérant des gènes candidats impliqués dans la pathogenèse de SIA.

Experimental design on the simplex

Optimum experimental designs depend on the design criterion, the model and the design region. The talk will consider the design of experiments for regression models in which there is a single response with the explanatory variables lying in a simplex. One example is experiments on various compositions of glass such as those considered by Martin, Bursnall, and Stillman (2001). Because of the highly symmetric nature of the simplex, the class of models that are of interest, typically Scheff´e polynomials (Scheff´e 1958) are rather different from those of standard regression analysis. The optimum designs are also rather different, inheriting a high degree of symmetry from the models. In the talk I will hope to discuss a variety of modes for such experiments. Then I will discuss constrained mixture experiments, when not all the simplex is available for experimentation. Other important aspects include mixture experiments with extra non-mixture factors and the blocking of mixture experiments. Much of the material is in Chapter 16 of Atkinson, Donev, and Tobias (2007). If time and my research allows, I would hope to finish with a few comments on design when the responses, rather than the explanatory variables, lie in a simplex. References Atkinson, A. C., A. N. Donev, and R. D. Tobias (2007). Optimum Experimental Designs, with SAS. Oxford: Oxford University Press. Martin, R. J., M. C. Bursnall, and E. C. Stillman (2001). Further results on optimal and efficient designs for constrained mixture experiments. In A. C. Atkinson, B. Bogacka, and A. Zhigljavsky (Eds.), Optimal Design 2000, pp. 225–239. Dordrecht: Kluwer. Scheff´e, H. (1958). Experiments with mixtures. Journal of the Royal Statistical Society, Ser. B 20, 344–360. 1

Factores de riesgo cardiovascular en hermanos de pacientes con enfermedad coronaria temprana y severa

La enfermedad coronaria es la principal causa de mortalidad global. A pesar de la intervención sobre los factores de riesgo las tasas de incidencia de eventos cardiovasculares continúan siendo altas. Se han identificado nuevos factores denominados “no-tradicionales” los cuales estarían presentes temprano en la enfermedad cardiovascular. Objetivo: Demostrar factores de riesgo tradicionales y no-tradicionales hermanos de pacientes con enfermedad coronaria temprana. Metodología: Estudio transversal (n=94), se excluyeron 10 por no cumplir con los criterios de inclusión. Se dividieron en 4 grupos cada uno de 21 sujetos según el caso índice. Diagnosticados con enfermedad coronaria severa por coronariografía. Dividiendo los grupos según la edad de diagnóstico, menores y mayores de 50 años, luego tomando a uno de sus hermanos de cualquier sexo. Resultados: Los niveles de Apolipoproteína A (p 0.001 y 0.003) y HDL (p <0.001 y 0.007) son menores en los pacientes (menores y mayores de 50 años) con un evento coronario agudo que en sus hermanos. La hsCRP no mostró diferencias estadísticamente significativas en los diferentes grupos, pero se observaron mayores niveles de esta a mayor extensión de la enfermedad coronaria. Conclusiones: Los niveles de Apolipoproteina A son menores en pacientes con evento coronaria agudo que en sus hermanos; la hsCRP se correlaciona con mayor extensión de la enfermedad coronaria. Se necesitan más estudios para evaluar si los resultados son reproducibles y proporcionar más pruebas sobre el tema con el fin de formalizar esta práctica. Palabras clave: Enfermedad coronaria, Técnicas de Diagnóstico Cardiovascular, Proteína C-Reactiva, Apolipoproteína A-I

Caracterización familiar en población escolar con déficit de atención e hiperactividad en Bogotá, Colombia.

Introducción: El trastorno por déficit de atención e hiperactividad (TDAH) ha sido ampliamente estudiado, sin poderse establecer con certeza su etiología, se ha observado una mayor frecuencia del trastorno en niños con familiares afectados, sugiriendo un componente familiar y genético en la enfermedad. Objetivo principal: Determinar la asociación entre la presencia de síntomas de TDAH en niños escolares de cinco instituciones educativas de Bogotá y el antecedente de síntomas de TDAH en sus padres utilizando el Cuestionario Wender Utah. Metodología: Estudio de casos y controles seleccionados de 5 instituciones participantes, de acuerdo con los criterios DSM-IV para TDAH , escala BASC para padres y maestros y escala WISC-IV1 para descartar déficit cognitivo. A los padres se les aplicó un cuestionario de Wender-Utah para identificar de manera retrospectiva síntomas de TDAH en su infancia Resultados: De 202 niños disponibles, 117 fueron casos y 85 controles. El subtipo combinado fue el más en los casos (52,2%). No relación entre el antecedente paterno y el TDAH en niños fueron encontradas, pero si con el antecedentes materno y la presencia de TDAH con un OR de 2.36 y un IC 95% (1.05 a 5.36) p=0,02. Discusión: A pesar de que el TDAH se ha asociado a un componente familiar, otros factores podrían estar involucrados en la génesis del trastorno. Palabras clave: Trastorno por déficit de atención, hiperactividad, Impulsividad, Inatención, DSM IV, Wender Utah, conducta.

Presión arterial en preescolares de la localidad de Usaquén en Bogotá

Introducción: La hipertensión arterial es un problema de salud pública tanto en países industrializados como en vía de desarrollo. Su prevalencia en la infancia viene en aumento por lo que es relevante determinarla en niños preescolares a nivel local. Objetivo: Determinar la prevalencia de hipertensión arterial en niños de tres a cinco años de una cohorte de 14 hogares infantiles del ICBF de la localidad de Usaquén en Bogotá. Materiales y métodos: Se realizó un estudio de corte transversal analítico, utilizando la base de datos de un ensayo aleatorizado y controlado del año 200913, y se evaluaron las cifras de tensión arterial de acuerdo a sexo, edad, talla y su correlación con el IMC con un nivel de confianza del 95% y precisión del 1%. Se calcularon las medias, desviaciones estándar, percentiles y prevalencia. Resultados: Se obtuvo una muestra de 1035 casos, encontrándose una prevalencia de 4,5% de HTA sistólica, 10,4% de diastólica, ambas en estadio I; teniendo en cuenta tanto sistólica como diastólica, fue de 11,6% en estadio I. Se determinaron los valores de presión arterial sistólica y diastólica en cuartiles de acuerdo a edad, sexo y talla. El coeficiente de correlación entre el IMC y los niveles de presión arterial sistólica y diastólica fueron de 0.0992 y 0.0362 respectivamente. Conclusión: La prevalencia de HTA general fue de 11,6%, predominando la diastólica en estadio I en niños preescolares. No se encontró correlación entre el IMC y las cifras de tensión arterial sistólica y diastólica.

Cardiovascular disease in latin american patients with systemic lupus erythematosus: a cross-sectional study and a systematic review

Objective. This study was performed to determine the prevalence of and associated risk factors for cardiovascular disease (CVD) in Latin American (LA) patients with systemic lupus erythematosus (SLE). Methods. First, a cross-sectional analytical study was conducted in 310 Colombian patients with SLE in whom CVD was assessed. Associated factors were examined by multivariate regression analyses. Second, a systematic review of the literature on CVD in SLE in LA was performed. Results. There were 133 (36.5%) Colombian SLE patients with CVD. Dyslipidemia, smoking, coffee consumption, and pleural effusion were positively associated with CVD. An independent effect of coffee consumption and cigarette on CVD was found regardless of gender and duration of disease. In the systematic review, 60 articles fulfilling the eligibility criteria were included. A wide range of CVD prevalence was found (4%–79.5%). Several studies reported ancestry, genetic factors, and polyautoimmunity as novel risk factors for such a condition.Conclusions. A high rate of CVD is observed in LA patients with SLE. Awareness of the observed risk factors should encourage preventive population strategies for CVD in patients with SLE aimed at facilitating the suppression of cigarette smoking and coffee consumption as well as at the tight control of dyslipidemia and other modifiable risk factors.

The Autoimmune Tautology: From Polyautoimmunity and Familial Autoimmunity to the Autoimmune Genes

Autoimmune diseases (ADs) are chronic conditions initiated by the loss of immunological tolerance to self-antigens and represent a heterogeneous group of disorders that afflict specific target organs ormultiple organ systems [1]. The chronic nature of these diseases places a significant burden on the utilization of medical care, direct and indirect economic costs, and quality of life. The fact that ADs share several clinical signs and symptoms (i.e., subphenotypes), physiopathological mechanisms, and genetic factors has been called autoimmune tautology and indicates that they have common mechanisms

Nongenetic inheritance, linguistic competence, prenatal experience and behavior manipulation: recent contributions from behavioral neurobiology and neuropsychology to the explanation of behavior

This article gives an overview of presuppositions and explanations posed by behaviorist psychology (particularly its radical branch), cognitive–nativist sciences (i.e. psycholinguistics and a branch of cognitive psychology) and other disciplines regarding important psychological events such as anxiety, stress, fear, mood states and language. In relation to the discussion of environment versus genetics, contributions from behavioral neurobiology and neuropsychology are added, showing evidence of traits that can be multigenerationally inherited in a non-genetic way, which have an impact thought the life of organisms and on their way of interacting with the environment; ways in which behavior can be altered by recently unsuspected environmental agents or events, and the overlooked role of prenatal experiences in the explanation of behavior. The evidence calls into question presuppositions made by the academic disciplines listed above, and suggests alternative behavior reinterpretations and explanations

Susceptibilidad genética para el desarrollo de la sepsis bacteriana grave y choque séptico

Objetivo: presentar el estado del arte de las investigaciones que, hasta el momento, relacionan el polimorfismo genético del paciente con la evolución de la sepsis, como herramienta diagnóstica y un nuevo enfoque terapéutico de esta condición. Los conceptos actuales basados en investigaciones sostienen que el polimorfismo genético del individuo es relevante en la evolución de la enfermedad y en la respuesta efectiva al tratamiento del paciente en estado crítico, en especial con sepsis bacteriana y choque séptico. Materiales y métodos: se revisó literatura indexada que relaciona los factores genéticos con la evolución de algunas enfermedades del paciente en estado crítico. Resultados: las características particulares de la enfermedad estarían influenciadas por el acervo genético del paciente, condicionando en gran medida la respuesta patofisiológica. Se ha evidenciado la susceptibilidad genética de algunos individuos a desarrollar infección; estos individuos con un tratamiento similar no evolucionan de igual forma, desencadenándose una sepsis bacteriana grave y choque séptico. El polimorfismo en los genes que codifican por el factor de necrosis tumoral -α (TNF-α) las interlucinas- 1 (IL-1), IL-6, IL-10, el factor soluble CD-14, los receptores similares a Toll y el inhibidor tipo 1 del activador del plasminógeno estaría asociado con el desarrollo de sepsis grave y choque séptico, en particular las mutaciones TNF-α 308 G/A, PAI-1 4G/4G, IL-6 174 G/C. Conclusiones: el conocimiento de la susceptibilidad genética, los factores de riesgo y el buen funcionamiento del sistema inmune de cada persona ayudan a reducir y compensar las complicaciones de la sepsis bacteriana. Es claro que el tratamiento oportuno individualizado en los pacientes con sepsis se asocia con disminución de la mortalidad y con reducción en el deterioro de la respuesta inflamatoria.

Frequency of Low-level Mosaicism in X-Cromosome in Couples with Antecedent of Recurrent Miscarriages

Recurrent miscarriage occurs in around 1 to 7 percent of couples. The etiology involves genetic, immunologic, anatomic, hormonal, metabolic, thrombophilic and infectious factors. With the aim of establishing the frequency of low-level mosaicism in the X-chromosome, in a population of couples with prior recurrent miscarriages, a prospective case-control cytogenetic study took place on 20 couples, at the biogenetic laboratory in CECOLFES (Colombian Center of Fertility and Sterility). Clinical pathologic evaluation, anatomic, hormonal, infectious, andrologic and genetic studies were performed. As a conventional method in cytogenetic techniques, banding GTG was used for the study of structural and numeric chromosomal abnormalities whereas the molecular method of Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) was used to confirm the mosaicism in sexual chromosomes. According to paraclinic results from the participating couples, diagnosis showed immunologic (75%), anatomic (30%), hormonal (25%), male (25%), infectious (25%), genetic (15%) and idiophatic factors (10%). Results from the cytogenetic analysis, were 10% of low-level mosaicism in the X-chromosome in two women whose final diagnosis included genetic and infectious factors for one and genetic and immunologic factors for the other. Only 10 % of the total miscarriages from the couples were evaluated. Conclusions include aspects such as multifactorial evidence of pathogenesis in recurrent miscarriage, the sub-diagnosis of genetic factors and the need to focus future investigations on cytogenetic interpretation and the clinicalpathological association between low-level mosaicism in the X-cromosome and recurrent miscarriage.

Detección de mutaciones en el gen park2 en pacientes con enfermedad de Parkinson de inicio temprano en población colombiana

Introducción: La Enfermedad de Parkinson (EP) fue descrita por primera vez por James Parkinson en 1817, es el segundo desorden neurodegenerativo más frecuente después de la enfermedad de Alzheimer. Los síntomas aparecen por una deficiencia de dopamina causada por la degeneración y perdida de las neuronas dopaminérgicas en diversas regiones del cerebro, principalmente la sustancia nigra. Se sabe actualmente que existen factores genéticos involucrados en el desarrollo de la enfermedad, principalmente en la EP de inicio temprano. Uno de los genes, que según diversos reportes ha sido frecuentemente implicado con el desarrollo de la enfermedad es el gen PARK2 o PRKN que codifica para la proteína Parkina, una proteína de 465 aminoácidos. Se conoce que la proteína Parkina tiene función de ligasa de las proteínas ubiquitinadas; las mutaciones que se han podido identificar en Parkina llevan a la pérdida de su función, reduciendo su capacidad de regular la degradación de sustratos. Metodología: Se realizó un estudio observacional descriptivo de tipo cross sectional.Para ello se evaluaron 29 pacientes diagnosticados con EP de inicio temprano (anterior a los 40 años de edad) y de 21 individuos sanos que se utilizaron como control. Se tomó una muestra de sangre periférica a los pacientes y controles, y se procedió a realizar la extracción de DNA. Posteriormente se estandarizaron las condiciones para la técnica de PCR para la amplificación de los exones 3, 4, y 5 en cada individuo. Todos los productos amplificados se sometieron a secuenciación automática para evaluar posibles mutaciones y polimorfismos en la población de estudio.

Prevalencia de riesgo psicosocial en personal civil y militar en una unidad militar de Bogotá Colombia 2014

El estudio se realizó en 2014 para establecer la prevalencia de los factores de riesgo psicosocial en el personal civil y militar en una unidad militar de Bogotá D.C. De una población universo de 632 funcionarios, se tomó por muestreo probabilístico aleatorio a 264 funcionarios a quienes se les aplicó los cuestionarios para la evaluación de Factores de Riesgo Psicosocial Intralaboral, extralaboral, síntomas de estrés y la ficha de datos sociodemográficos y ocupacionales, de la Batería de Instrumentos del Ministerio de Trabajo Colombia [1]. El estudio permitió establecer que los niveles de riesgo con síntomas de estrés son altos; el 61,74% presenta riesgo Muy alto y Alto, el 15,53% riesgo medio y 22.73% riesgo Bajo y Muy bajo. El riesgo más alto lo presentan los oficiales, seguido del personal civil y suboficiales. De mantenerse las condiciones actuales sin intervención fácilmente podrían incrementarse y de acuerdo con el modelo sistémico expuesto por Villalobos 2005, se podrían asociar a respuestas de estrés [2], por tanto se recomienda implementar un Sistema de Vigilancia Epidemiológica para riesgo psicosocial con base en los diagnósticos y sistema de gestión en seguridad y salud en el trabajo, donde se involucre personal con diagnóstico de patología mental.

Etnic background and academic performance in Colombia

In Colombia, students from an ethnic group have a lower academic achievement with respect totheir non-ethnic peers in standardized test scores on math and language. This gap is persistentat a state level, especially in high ethnic density states. Using information from the state academictest (SABER 11), this study corroborates the existence of an academic gap between ethnicand non-ethnic students and, additionally, decomposes it in factors related to observable characteristics,such as family and school; and non-observable factors. The methodology proposed byBlinder and Oaxaca applied to quantile regression is used in order to determine the existence oftest score gaps throughout the distribution of academic performance. Results indicate that forstates where there is a statistically significant gap, a sizeable portion of it is attributed to nonobservablefactors. Nonetheless, at distinct levels of academic performance, the gap size and theextent to which it can be attributed non-observable factors vary according to the state

Comparing rice production systems: A challenge for agronomic research and for the dissemination of knowledge-intensive farming practices

This article is a commentary on several research studies conducted on the prospects for aerobic rice production systems that aim at reducing the demand for irrigation water which in certain major rice producing areas of the world is becoming increasingly scarce. The research studies considered, as reported in published articles mainly under the aegis of the International Rice Research Institute (IRRI), have a narrow scope in that they test only 3 or 4 rice varieties under different soil moisture treatments obtained with controlled irrigation, but with other agronomic factors of production held as constant. Consequently, these studies do not permit an assessment of the interactions among agronomic factors that will be of critical significance to the performance of any production system. Varying the production factor of "water" will seriously affect also the levels of the other factors required to optimise the performance of a production system. The major weakness in the studies analysed in this article originates from not taking account of the interactions between experimental and non-experimental factors involved in the comparisons between different production systems. This applies to the experimental field design used for the research studies as well as to the subsequent statistical analyses of the results. The existence of such interactions is a serious complicating element that makes meaningful comparisons between different crop production systems difficult. Consequently, the data and conclusions drawn from such research readily become biased towards proposing standardised solutions for possible introduction to farmers through a linear technology transfer process. Yet, the variability and diversity encountered in the real-world farming environment demand more flexible solutions and approaches in the dissemination of knowledge-intensive production practices through "experiential learning" types of processes, such as those employed by farmer field schools. This article illustrates, based on expertise of the 'system of rice intensification' (SRI), that several cost-effective and environment-friendly agronomic solutions to reduce the demand for irrigation water, other than the asserted need for the introduction of new cultivars, are feasible. Further, these agronomic Solutions can offer immediate benefits of reduced water requirements and increased net returns that Would be readily accessible to a wide range of rice producers, particularly the resource poor smallholders. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

The role of the gastrointestinal microbiota in colorectal cancer

Both environmental and genetic factors contribute to cancers of the gastrointestinal tract including, the stomach, colon and rectum. The mechanisms associated with gastrointestinal cancer causation and prevention are largely unknown and the subject of much research. Many of the proposed mechanisms implicate the metabolic activities of the bacterial biota normally resident in the gastrointestinal tract. This review examines both the adverse and beneficial consequences of bacterial activity of the gastrointestinal tract focusing, in particularly on the stomach and large intestine. Studies on the role of the bacterial biota in colon carcinogenesis have also resulted in several useful biomarkers for use in human.