Assumption-free estimation of heritability from genome-wide identity-by-descent sharing between full siblings

The study of continuously varying, quantitative traits is important in evolutionary biology, agriculture, and medicine. Variation in such traits is attributable to many, possibly interacting, genes whose expression may be sensitive to the environment, which makes their dissection into underlying causative factors difficult. An important population parameter for quantitative traits is heritability, the proportion of total variance that is due to genetic factors. Response to artificial and natural selection and the degree of resemblance between relatives are all a function of this parameter. Following the classic paper by R. A. Fisher in 1918, the estimation of additive and dominance genetic variance and heritability in populations is based upon the expected proportion of genes shared between different types of relatives, and explicit, often controversial and untestable models of genetic and non-genetic causes of family resemblance. With genome-wide coverage of genetic markers it is now possible to estimate such parameters solely within families using the actual degree of identity-by-descent sharing between relatives. Using genome scans on 4,401 quasi-independent sib pairs of which 3,375 pairs had phenotypes, we estimated the heritability of height from empirical genome-wide identity-by-descent sharing, which varied from 0.374 to 0.617 (mean 0.498, standard deviation 0.036). The variance in identity-by-descent sharing per chromosome and per genome was consistent with theory. The maximum likelihood estimate of the heritability for height was 0.80 with no evidence for non-genetic causes of sib resemblance, consistent with results from independent twin and family studies but using an entirely separate source of information. Our application shows that it is feasible to estimate genetic variance solely from within- family segregation and provides an independent validation of previously untestable assumptions. Given sufficient data, our new paradigm will allow the estimation of genetic variation for disease susceptibility and quantitative traits that is free from confounding with non-genetic factors and will allow partitioning of genetic variation into additive and non-additive components.

A(S) CIÊNCIA(S) DA(S) RELIGIÃO(ÕES) NO ALVORECER DE UM NOVO PARADIGMA

A reflexão proposta neste estudo está centrada na possibilidade de o Novo Paradigma Sistêmico , tal qual o concebe o físico norte-americano Fritjof Capra, fundamentar um modelo epistemológico, possível de integrar em seu âmbito os pontos de vista divergentes no debate sobre o tratamento científico do fenômeno religioso. A história das ciências da religião está marcada pelo dilema epistemológico: explicar ou compreender a religião? As ciências da natureza contrapuseram-se às ciências do espírito, que diferiam das primeiras pelo objeto, pelo método e pela relação entre o sujeito e o objeto. O debate que esteve presente no cenário dos séculos XIX e XX mostrou-nos a impossibilidade de se definir um modelo de ciência que incorporasse, em seu seio, uma integração dos pontos de vista divergentes, em razão dos princípios que norteavam o paradigma cientificista. No entanto, a emergência do paradigma dos sistemas vivos ou da complexidade , liderado pela física, veio conceber o caráter sistêmico da realidade; que o concreto material é energia sob o aspecto subatômico; que sob o aspecto subatômico, a matéria não existe em lugares definidos com certeza, mas apenas mostram tendências a existir. Estas e outras descobertas possibilitaram aos cientistas afirmar a existência de um Novo Paradigma , em que as categorias análise, regularidade e objetividade, que caracterizavam o antigo, são substituídas por: síntese, irregularidade e conduta epistêmica. O paradigma emergente possibilitou a construção de um modelo epistemológico do conhecimento científico, que apontamos como legitimador das condutas fenomenológicas, tal qual as concebem G. van der Leeuw e F. Heiler, ao mesmo tempo em que possibilita a integração de pontos de vista divergentes, no debate entre as vertentes, explicação/compreensão.(AU)

A LITURGIA NO CONTEXTO URBANO: APONTAMENTOS PARA A PRÁXIS PASTORAL NA COMUNIDADE DE HELIÓPOLIS

Esta pesquisa propõe-se a analisar a liturgia no contexto urbano, e a forma como a práxis pode influir e se articular com a liturgia cristã construída na cidade, especialmente em áreas empobrecidas e que experimentam as contradições resultantes de um modelo econômico excludente e concentrador de renda. Assim, a pesquisa busca apontar para o desenvolvimento da práxis pastoral litúrgica, tendo como espaço de referência a área da Comunidade de Heliópolis, São Paulo, a segunda maior favela do Brasil. A práxis é a atividade reflexiva e material do ser humano, isto é, ação transformadora que deve insistir na opção preferencial pelos pobres e excluídos. A pastoral litúrgica que tenha o seu referencial na práxis irá, portanto, criar ações que animem as esperanças do povo que celebra, favorecendo a organização e a sensibilização para as lutas sociais necessárias para a superação da exclusão, devolvendo a dignidade aos seres humanos. A pesquisa se desenvolve em três etapas: primeiramente, buscam-se as conceituações teóricas de práxis e urbanizações; em segundo lugar, se analisa o caminho da ocupação da área de Heliópolis; e por último os apontamentos para a práxis pastoral litúrgica no contexto urbano. O resultado será um conjunto de referenciais gerais históricos e teóricos capazes de sustentar uma pastoral litúrgica que contribua para as esperanças humanas e a criação de um novo paradigma de sociedade fundamentado na justiça e na igualdade.(AU)

LITURGIA E ECOLOGIA: APONTAMENTOS PARA UMA PRÁXIS PASTORAL ECOLITÚRGICA NA IGREJA METODISTA.

Esta pesquisa propõe-se a analisar a práxis pastoral litúrgica ecológica na Igreja Metodista. A práxis é a atividade reflexiva e material do ser humano, é ação transformadora, para uma pastoral ecoliturgica na dimensão pública da fé. A pesquisa consiste em estudar a interrelação que deve existir entre Liturgia e Ecologia, a partir dos conceitos bilbicos e a forma como a práxis pode influir e se articular para o desenvolvimento de uma ecoliturgia na realidade atual, tendo como espaço de referência a Igreja Metodista. A pesquisa se desenvolve em três etapas: Na primeira analisa conceitos teóricos de liturgia, sua história, mudanças e experiências do ser humano nas celebrações ligadas aos elementos da natureza; Na segunda, os conceitos de ecologia, sua crise e suas inter-relações com o Todo. Na terceira, os apontamentos para uma práxis pastoral ecolitúrgica na Igreja Metodista, como referencial para criar ações que conscientizem, mobilizem, para o reencantamento da espiritualidade, do sentido da vida e da ecologia, a fim de produzir esperança, diante das causas sociais que dizem respeito à vida integral do ser humano. O resultado será um conjunto de referenciais históricos e teóricos capazes de desconstruir, construir e reconstruir, a fim de sustentar uma práxis pastoral ecolitúrgica. Com o objetivo de realizar uma nova hermenêutica do tema num novo paradigma para as questões da realidade, tendo em vista a dimensão publica da fé na relação de Deus na criação e a práxis da igreja na sociedade. Na necessidade que o ser humano tem de se reencantar, reconhecer, saber cuidar, reconstruir tudo que nos garante a possibilidade da vida e a sustentabilidade no planeta.

TV BRASIL: UMA EMISSORA PÚBLICA EM CONSTRUÇÃO Ações e controvérsias 2007-2010 Universidade Metodista

A pesquisa verifica em que medida a TV Brasil, criada no país em 2007 pelo presidente Luiz Inácio Lula da Silva, se constitui, de fato, em um modelo democrático de TV pública, com o objetivo de desenvolver a consciência crítica do cidadão, mediante programação educativa, artística, cultural, informativa, cientifica e promotora da cidadania , como determina seu Estatuto. O trabalho descreve e analisa o processo de construção da emissora no período de 2007-2010. Examina as relações de poder e o debate entre os diferentes setores do governo e da sociedade civil organizada, envolvidos no processo de democratização da radiodifusão brasileira, e na criação e implementação do modelo de televisão pública no Brasil. Discute os processos de gestão, de produção e de financiamento da emissora, incluindo o sistema de pitching1 adotado. Define como é constituído o perfil da emissora, com base na descrição da grade semanal de programação, distribuída em horários e gêneros, através de um mapeamento geral dos programas, e uma breve análise comparativa da grade entre três emissoras: TV Globo, TV Cultura e TV Brasil 2009-2010. Trata-se de uma pesquisa exploratória. A metodologia central é a de Estudo de Caso (YIN, 2005), de natureza qualitativa. Examina as mudanças e tendências apresentadas no decorrer do período estudado. Apesar de existirem dificuldades de gestão e de ordem técnica relacionadas à transmissão, abrangência e qualidade do sinal, bem como a da ausência de verbas para a divulgação e constituição de sua programação, a TV Brasil oferece um novo paradigma para o campo público de rádio e televisão. Confirma, assim, sua viabilidade como um modelo alternativo e democrático de gestão e de funcionamento da televisão pública no país, ao se transformar num agente de fomento para a integração da sociedade brasileira. Vale ressaltar, no entanto, que a emissora encontra-se, ainda, em busca de novos caminhos e deverá aperfeiçoar-se ao longo do processo de sua consolidação, seja no âmbito de sua gestão ou de sua programação.

COMUNICAÇÃO EMPRESARIAL, INTERATIVIDADE E REDES SOCIAIS: ESTUDO DE CASO DA EMBRAPA SOLOS

Esta pesquisa tem o objetivo de analisar como a interatividade e a transparência passaram a ser os novos paradigmas da comunicação empresarial e a forma como as empresas estão lidando com esta nova realidade, manifestada com o surgimento e proliferação das redes sociais. Não apenas a comunicação corporativa, mas o marketing e o atendimento ao cliente foram profundamente afetados pela Web 2.0 e este trabalho procura fazer uma reflexão deste novo momento, ao optar por um estudo qualitativo, onde foram aplicados questionários estruturados e semi-estruturados, além da observação participante. Trata-se de um estudo de caso na Embrapa Solos, o primeiro centro de pesquisa da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária a implantar blogs corporativos quando pouco se falava no assunto. Nos últimos cinco anos, desde que os primeiros posts foram publicados, muita coisa mudou na delicada balança de poder x informação/ empresa x consumidor. Este estudo conclui que apesar dos avanços que os blogs proporcionaram não só à Embrapa Solos, mas em outras empresas que adotaram esta e outras redes sociais, ainda há um longo caminho a ser percorrido, de horizontalização de estruturas e real democratização da informação.

OS PROCESSOS RESTAURATIVOS EM CONFLITOS ESCOLARES

A escola é uma instituição inserida na sociedade e, portanto reflete seus sintomas, dentre eles a violência, que de maneira geral vem sendo institucionalizada, sendo percebida como algo natural e imutável, e a maneira com a qual ela vem sendo tratada pela escola apenas a perpetua. Comumente a resolução dos conflitos perpassa por uma noção de justiça vinculada à punição e a obediência, havendo sempre uma relação proporcional ou não, entre o ato e sua sanção, sendo o enfoque no crime, ou seja, a justiça retributiva. A proposta de justiça restaurativa, diferentemente, visa exatamente o oposto, pois se fixa não no castigo e na vingança, mas na restauração das relações e na valorização de todos os envolvidos, por meio dos círculos restaurativos. Estes inserem o facilitador e os participantes. Inicialmente é feita uma apresentação do funcionamento do círculo. Afinal esse modo de organização é envolto de uma aura sagrada, em que todos se preparam para a restituição, pois se deve estar disposto a reconciliar-se. Nos círculos pode-se ouvir e falar por meio do bastão da fala que circula, quem está em seu poder conta sua versão da história sem estigmas de vítimas ou ofensores, ao recontar e ao ouvir o posicionamento do outro, há o estabelecimento de novos vínculos. A partir desta formação os sujeitos podem buscar soluções consensuais a fim de restabelecer as relações, sanar as necessidades individuais e eliminar as disputas conflituosas. A ênfase na responsabilização dos sujeitos em uma sociedade que delega responsabilidades promoveu na pesquisa a necessidade da discussão dos conceitos de culpa e vergonha como agentes reparadores. Tem-se por objetivo relatar experiências analisando o uso de processos restaurativos na promoção da resolução dos conflitos escolares. O estudo consta de uma amostra de quatro casos envolvendo adolescentes em conflitos escolares, que foram analisados qualitativamente, considerando as subjetividades envolvidas nos relatos. Assim, este trabalho mostra que o uso de práticas restaurativas no trato dos conflitos escolares, é uma possibilidade de intervenção que atua na melhora do ambiente e da convivência escolar, promovendo aprendizagens e troca de saberes, valorizando a tolerância ao diferente e a possibilidade de escuta, compreendendo o conflito de maneira positiva, abdicando condutas punitivas, mas principalmente restaurando relações. ões. Neste trabalho foi possível entender que a violência esta institucionalizada, naturalizada e reproduzida na escola, e que rompe essa cadeia ao compreender as causas da violência escolar, promovendo a substituição da violência pelo diálogo e por outras tantas outras respostas possíveis. Entender o conflito como inerente aos relacionamentos e o abordar como possibilidade de aprendizagem, os manejando sob a ótica da justiça restaurativa, promove uma rede multiplicadora de paz, em que os alunos disseminam às suas famílias e comunidade estes novos olhares. Reparar, restituir, reintegrar, restabelecer, recuperar, reconstituir, restaurar. A beleza dessa ideia, desse novo paradigma do qual essa pesquisa se apropria é a capacidade humana de se refazer, de se reinventar. Compreender a oportunidade de reiniciar, satisfazendo necessidades e compensando perdas, é validar a própria humanidade.

Data visualization during the early stages of drug discovery

Multidimensional compound optimization is a new paradigm in the drug discovery process, yielding efficiencies during early stages and reducing attrition in the later stages of drug development. The success of this strategy relies heavily on understanding this multidimensional data and extracting useful information from it. This paper demonstrates how principled visualization algorithms can be used to understand and explore a large data set created in the early stages of drug discovery. The experiments presented are performed on a real-world data set comprising biological activity data and some whole-molecular physicochemical properties. Data visualization is a popular way of presenting complex data in a simpler form. We have applied powerful principled visualization methods, such as generative topographic mapping (GTM) and hierarchical GTM (HGTM), to help the domain experts (screening scientists, chemists, biologists, etc.) understand and draw meaningful decisions. We also benchmark these principled methods against relatively better known visualization approaches, principal component analysis (PCA), Sammon's mapping, and self-organizing maps (SOMs), to demonstrate their enhanced power to help the user visualize the large multidimensional data sets one has to deal with during the early stages of the drug discovery process. The results reported clearly show that the GTM and HGTM algorithms allow the user to cluster active compounds for different targets and understand them better than the benchmarks. An interactive software tool supporting these visualization algorithms was provided to the domain experts. The tool facilitates the domain experts by exploration of the projection obtained from the visualization algorithms providing facilities such as parallel coordinate plots, magnification factors, directional curvatures, and integration with industry standard software. © 2006 American Chemical Society.

Ontology-based protein-protein interactions extraction from literature using the hidden vector state model

This paper proposes a novel framework of incorporating protein-protein interactions (PPI) ontology knowledge into PPI extraction from biomedical literature in order to address the emerging challenges of deep natural language understanding. It is built upon the existing work on relation extraction using the Hidden Vector State (HVS) model. The HVS model belongs to the category of statistical learning methods. It can be trained directly from un-annotated data in a constrained way whilst at the same time being able to capture the underlying named entity relationships. However, it is difficult to incorporate background knowledge or non-local information into the HVS model. This paper proposes to represent the HVS model as a conditionally trained undirected graphical model in which non-local features derived from PPI ontology through inference would be easily incorporated. The seamless fusion of ontology inference with statistical learning produces a new paradigm to information extraction.

Knowledge integration for analyzing ChIP-seq

To capture the genomic profiles for histone modification, chromatin immunoprecipitation (ChIP) is combined with next generation sequencing, which is called ChIP-seq. However, enriched regions generated from the ChIP-seq data are only evaluated on the limited knowledge acquired from manually examining the relevant biological literature. This paper proposes a novel framework, which integrates multiple knowledge sources such as biological literature, Gene Ontology, and microarray data. In order to precisely analyze ChIP-seq data for histone modification, knowledge integration is based on a unified probabilistic model. The model is employed to re-rank the enriched regions generated from peak finding algorithms. Through filtering the reranked enriched regions using some predefined threshold, more reliable and precise results could be generated. The combination of the multiple knowledge sources with the peaking finding algorithm produces a new paradigm for ChIP-seq data analysis. © (2012) Trans Tech Publications, Switzerland.

The future of the public library:reimagining the moral economy of the 'people's university'

New media technologies, the digitisation of information, learning archives and heritage resources are changing the nature of the public library and museums services across the globe, and, in so doing, changing the way present and future users of these services interact with these institutions in real and virtual spaces. New digital technologies are rewriting the nature of participation, learning and engagement with the public library, and fashioning a new paradigm where virtual and physical spaces and educative and temporal environments operate symbiotically. It is with such a creatively disruptive paradigm that the £193 million Library of Birmingham project in the United Kingdom is being developed. New and old media forms and platforms are helping to fashion new public places and spaces that reaffirm the importance of public libraries as conceived in the nineteenth century. As people’s universities, the public library service offers a web of connective learning opportunities and affordances. This article considers the importance of community libraries as sites of intercultural understanding and practical social democracy. Their significance is reaffirmed through the initial findings in the first of a series of community interventions forming part of a long-term project, ‘Connecting Spaces and Places’, funded by the Royal Society of Arts.

A cloud-based farm management system:architecture and implementation

Recent technological advances have paved the way for developing and offering advanced services for the stakeholders in the agricultural sector. A paradigm shift is underway from proprietary and monolithic tools to Internet-based, cloud hosted, open systems that will enable more effective collaboration between stakeholders. This new paradigm includes the technological support of application developers to create specialized services that will seamlessly interoperate, thus creating a sophisticated and customisable working environment for the end users. We present the implementation of an open architecture that instantiates such an approach, based on a set of domain independent software tools called "generic enablers" that have been developed in the context of the FI-WARE project. The implementation is used to validate a number of innovative concepts for the agricultural sector such as the notion of a services' market place and the system's adaptation to network failures. During the design and implementation phase, the system has been evaluated by end users, offering us valuable feedback. The results of the evaluation process validate the acceptance of such a system and the need of farmers to have access to sophisticated services at affordable prices. A summary of this evaluation process is also presented in this paper. © 2013 Elsevier B.V.

Bringing engineering education to life:an empirical approach

This paper focuses upon the argument that the role played by the engineering profession within today's society has changed markedly over the past several years from providing the foundations for contemporary life to leading societal change and becoming one of the key driver's of future social development. Coining the term 'Engineering-Sociology' this paper contributes to engineering education and engineering education research by proposing a new paradigm upon which future engineering education programmes and engineering education research might build. Developed out of an approach to learning and teaching practice, Engineering-Sociology encapsulates both traditional and applied approaches to engineering education and engineering education research. It suggests that in order to meet future challenges there is a need to bring together what are generally perceived to be two diametrically opposed paradigms, namely engineering and sociology. Building on contemporary theoretical and pedagogical arguments in engineering education research, the paper concludes that by encouraging engineering educators to 'think differently', Engineering-Sociology can provide an approach to learning and teaching that both enhances the student experience and meets the changing needs of society.

From Anti-equilibrium to The Socialist System and Beyond

This essay attempts to understand János Kornai’s works from a political economy perspective. It argues that Kornai has significantly contributed to the formation of a new paradigm of political economy. The main endeavor of Kornai has been the combination of analytical concepts of economics with the empirical description of real economies. After a certain period of theoretical experimentation János Kornai formulated his research program that can be called the shortage economy explanation of the socialist system. The Economics of Shortage and The Socialist System have created a new theoretical paradigm in a framework in which it has become possible to establish a connection between the analytical and empirical, universal and historical aspects of the theory studying the socialist system as a real economic entity. János Kornai has built his analysis of the socialist system on the primary role of politics in the creation of economic institutions. In his present work on capitalism he has extended this thesis to the capitalist system. This seems to be an important contribution of his to a new political economy paradigm that is just in the process of formation.

A model of mistaken alibis: How innocent alibi providers generate inaccurate alibis

This dissertation comprised two experiments, which addressed three main goals: (a) to test a new paradigm for measuring objectively the accuracy of alibis, (b) to explore the effectiveness of three retrieval cues (time only, location only, and time-and-location) in an alibi context, and (c) to explore the metacognitive strategies of innocent alibi providers who experience different financial incentives as well as different motivations for reporting (be informative vs. be convincing). ^ The novel paradigm appears promising: by surreptitiously controlling the whereabouts of future alibi providers during a critical time, objective accuracy measurements were in fact possible. Such accuracy measurements revealed that time-cued retrieval can be devastating to innocent alibi providers. Participants who attempted to recall their whereabouts via a time cue were significantly less accurate than participants who attempted recall via a location cue (Experiment 1). ^ Innocent alibi providers, when cued effectively, may not, however, report their memories differently from memory reporters in non-alibi contexts. When cued effectively, participants who experienced a goal of being convincing did not differ in accuracy from participants who experienced a goal of merely being informative (Experiment 2). Similarly, participants did not differ from one another in accuracy across different levels of financial incentive (Experiment 2). ^ Despite the indistinguishable accuracy rates of alibi providers and non-alibi memory reporters when retrieval was cued effectively, proffering mistaken alibis presents a real risk for innocent suspects. Future research needs to address methods by which that risk can be reduced. ^