Acasalamento estratégico na seleção assistida por marcadores utilizando análise multivariada

O objetivo deste trabalho foi avaliar o acasalamento seletivo utilizando a distribuição dos valores extremos, entre outras estratégias de acasalamento, na capacidade de otimizar o incremento fenotípico da característica sob seleção assistida por marcadores. Foi utilizada a análise multivariada de agrupamento para comparar estratégias de acasalamento, por meio da aplicação do método de Tocher. O sistema de simulação genética Genesys foi utilizado para a simulação de três genomas, cada qual com uma única característica cuja distinção estava no valor da herdabilidade, e das populações base e inicial. Cada população inicial foi submetida à seleção assistida por marcadores por 20 gerações consecutivas. Para avaliação das estratégias foi estimado o valor fenotípico, em diferentes tamanhos de família, para as três características. Em todos os cenários combinando herdabilidade e tamanho de família, o acasalamento seletivo foi superior aos demais, na capacidade de maximizar o valor fenotípico. O método de Tocher possibilitou diferenciar o acasalamento seletivo das demais estratégias por meio da formação de grupos específicos constituídos por acasalamentos seguindo a distribuição dos valores extremos. A análise multivariada convalidou incrementos fenotípicos ótimos para o acasalamento seletivo, em características quantitativas com valores de herdabilidade de 0,10; 0,40 e 0,70.

Soroprevalência e fatores de risco para a infecção pelo vírus da hepatite B pelos marcadores AgHBs e anti-HBs em prisioneiros e primodoadores de sangue

Foram rastreados 1.033 primodoadores de sangue e 201 prisioneiros, para a infecção pelo vírus da hepatite B (VHB), durante o período de junho de 1988 a fevereiro de 1989, em Goiânia, GO (Brasil). Foi estimada a soroprevalência dos marcadores AgHBs e anti-HBs, e estudados os fatores de risco associados a soropositividade. Os testes sorológicos foram realizados pela técnica de ELISA e a presença de qualquer dos marcadores estudados foi interpretada como exposição ao vírus da hepatite B. Um questionário padronizado foi aplicado em ambos os grupos populacionais para avaliar: transfusão sangüínea prévia, número de parceiros sexuais, atividade homo/bissexual, história de outras doenças sexualmente transmissíveis, uso de droga injetável, uso de medicação injetável, acupuntura, tatuagem e soropositividade ao VDRL. Foram obtidas soroprevalências globais para a infecção pelo VHB de 26,4% e 12,8% para a população carcerária e de primodoadores respectivamente, diferença estatisticamente significante (p<0,05), observando-se tendência crescente da soropositividade com a idade (X² para tendência = 14,0, p<0,05). A população carcerária apresentou maiores percentuais de exposição a todos os fatores de risco quando comparada aos primodoadores, a exceção do número de parceiros sexuais. Grupo etário, encarcera-mento e presença de tatuagem foram os fatores de risco estatisticamente significantes associados a soropositividade, mesmo após análise multivariada controlada por idade e encarceramento. Foram discutidas as dificuldades metodológicas que poderiam ter influenciado nos resultados.

Prevalência de marcadores sorológicos de hepatite B numa pequena comunidade rural do Estado de São Paulo, Brasil

Foi realizado estudo epidemiológico com vistas a determinar a prevalência de marcadores sorológicos de hepatite B na população de um pequeno município, de características rurais, do Estado de São Paulo. Observou-se prevalência total de marcadores igual a 7,74%, com valores de HBsAg, anti-HBs e anti-HBc, respectivamente iguais a 0,10%, 1,69% e 7,64%. Ressalta-se a importância da determinação do anti-HBc em estudos epidemiológicos, bem como discute-se a relevância de se comparar a reduzida circulação viral, observada na área, com as elevadas prevalências verificadas em outras regiões, buscando assim levantar hipóteses acerca de mecanismos alternativos de transmissão.

Influência da migração na prevalência de marcadores sorológicos de hepatite B em comunidade rural: 1- Análise da prevalência segundo local de nascimento

Como parte de uma investigação epidemiológica de campo sobre hepatite B num município de características rurais do Estado de São Paulo, Brasil, foi estudada a distribuição de marcadores sorológicos dessa doença segundo à área de residência e o local de nascimento dos indivíduos. Para o município estudado como um todo, a prevalência encontrada para um ou mais dos marcadores sorológicos de hepatite B foi de 7,7%, com os habitantes rurais apresentando risco mais elevado que os urbanos (9,8% e 4,9%, respectivamente). A análise da positividade, de acordo com o local de nascimento, mostrou valores mais altos entre os migrantes provenientes de outros Estados do País (15,8%), seguidos dos oriundos de outros municípios de São Paulo (9,2%): entre os nascidos no município estudado e, particularmente em Ribeirão Preto, centro urbano de localização próxima ao mesmo, observaram-se as menores prevalências (5,2% e 2,5%, respectivamente). Discute-se a importância de se analisar em estudos epidemiológicos, a procedência dos indivíduos, variável capaz de influir na história natural da hepatite B numa comunidade, e, eventualmente, explicar diferenças nas distribuições de marcadores dessa infecção em populações aparentemente semelhantes.

Influência da migração na prevalência de marcadores sorológicos de hepatite B em comunidade rural: 2 - Análise comparativa de algumas características das populações estudadas

A associação entre prevalência de marcadores sorológicos de hepatite B e local de nascimento, verificado em estudo realizado num município de características rurais do Estado de São Paulo, Cássia dos Coqueiros, sugere existirem diferenças entre migrantes e não-migrantes no que diz respeito a fatores de risco para hepatite B. Esses dois grupos foram analisados segundo as variáveis escolaridade, ocupação profissional, número de hospitalizações, antecedente de transfusões sangüíneas e tipo de tratamento dentário prévio. A comparação entre os grupos mostra que migrantes, particularmente de outros Estados do País, apresentam baixos níveis de escolaridade, elevadas proporções de lavradores empregados, maior número de internações prévias e maiores exposições a transfusões sangüíneas e a procedimentos odontológicos mais agressivos. Observaram-se ainda associações entre a prevalência de marcadores de hepatite B e as variáveis escolaridade, ocupação profissional, número de hospitalizações e tipo de tratamento odontológico, muito embora as duas últimas não justifiquem as maiores prevalências entre os migrantes. A distribuição diferenciada de marcadores de hepatite B parece ser resultado da pior condição socioeconômica dos migrantes, refletida pelo seu nível inferior de escolaridade e pela predominância de ocupações secundárias.

Effects of physical exercise training in DNA damage and repair - could the difference be in hOGG1 Ser326Cys polymorphism?

Acute physical exercise is associated with increased oxygen consumption, which could result in an increased formation of reactive oxygen species (ROS). ROS can react with several organic structures, namely DNA, causing strand breaks and a variety of modified bases in DNA. Physical exercise training seems to decrease the incidence of oxidative stress-associated diseases, and is considered as a key component of a healthy lifestyle. This is a result of exercise-induced adaptation, which has been associated with the possible increase in antioxidant activity and in oxidative damage repair enzymes, leading to an improved physiological function and enhanced resistance to oxidative stress (Radak et al. 2008). Human 8-oxoguanine DNA glycosylase 1 (hOGG1) is involved in the base excision repair (BER) pathway and encodes an enzyme responsible for removing the most common product of oxidative damage in DNA, 8-hydroxyguanine (8-OH-G). The genetic polymorphism of hOGG1 at codon 326 results in a serine (Ser) to cysteine (Cys) amino acid substitution (Ser326Cys). It has been suggested that the carriers of at least one hOGG1Cys variant allele exhibit lower 8-OH-G excision activity than the wild-type (Wilson et al. 2011). The aim of this study was to investigate the possible influence of hOGG1 Ser326Cys polymorphism on DNA damage and repair activity in response to 16 weeks of combined physical exercise training, in thirty healthy Caucasian men. Comet assay was carried out using peripheral blood lymphocytes and enabled the evaluation of DNA damage, both strand breaks and FPG-sensitive sites, and DNA repair activity. Genotypes were determined by PCR-RFLP analysis. The subjects with Ser/Ser genotype were considered as wild-type group (n=20), Ser/Cys and Cys/Cys genotype were analyzed together as mutant group (n=10). Regarding differences between pre and post-training in the wild-type group, the results showed a significant decrease in DNA strand breaks (DNA SBs) (p=0.002) and also in FPG-sensitive sites (p=0.017). No significant differences were observed in weight (p=0.389) and in lipid peroxidation (MDA) (p=0.102). A significant increase in total antioxidant capacity (evaluated by ABTS) was observed (p=0.010). Regarding mutant group, the results showed a significant decrease in DNA SBs (p=0.008) and in weight (p=0.028). No significant differences were observed in FPG-sensitive sites (p=0.916), in ABTS (p=0.074) and in MDA (p=0.086). No significant changes in DNA repair activity were observed in both genotype groups. This preliminary study suggests the possibility of different responses in DNA damage to physical exercise training, considering the hOGG1 Ser326Cys polymorphism.

Prevalência de marcadores sorológicos do vírus da hepatite B em trabalhadores do serviço hospitalar

OBJETIVO: Determinar a prevalência de marcadores sorológicos do vírus da hepatite B (VHB) e identificar fatores de risco, de transmissão desse vírus, no ambiente hospitalar. MÉTODOS: Foram examinados 210 indivíduos de diversas profissões que trabalham em hospital universitário. O método empregado foi o ELISA e utilizou-se, como grupo-controle, 45 doadores voluntários de sangue. RESULTADOS: Constatou-se que 20,5% dos profissionais que trabalham no hospital apresentavam positividade para, pelo menos, um dos três marcadores dos vírus pesquisados, contra 6,6% do grupo-controle. Nos trabalhadores do hospital, a prevalência de cada marcador isoladamente foi: anti-HBc 8,1%, anti-HBs 5,2% e AgHBs 2,9% , sendo que em 4,3% desses indivíduos foi detectada a presença simultânea dos marcadores anti-HBc e anti-HBs. No grupo-controle, foi detectada apenas a presença dos marcadores anti-HBc e anti-HBs, isoladamente, com prevalências de 4,4 e 2,2%, respectivamente. Os maiores índices de positividade observados foram: pessoal de laboratório, 24,0%; pessoal de enfermagem, 23,6%; médicos, 20,8%; e pessoal da limpeza, 18,2%. CONCLUSÕES: Os achados indicam que os profissionais da saúde estão mais expostos à infecção pelo VHB, sugerindo que o contato com pacientes e a manipulação de fluidos corporais são fatores de risco de transmissão ocupacional desse vírus, recomendando-se a vacinação desses profissionais contra a hepatite B.

Marcadores sorológicos de hepatite B em indivíduos submetidos a exames de sangue em unidades de saúde

OBJETIVO: Estudar aspectos da epidemiologia da hepatite B em pessoas submetidas à coleta de sangue em unidades de saúde. MÉTODOS: Indivíduos dos quais se coletou sangue em unidades de saúde de Ribeirão Preto, independentemente do motivo, foram solicitados a fornecer uma quantidade adicional de material, obtida no momento da coleta e submetida à detecção de marcadores de hepatite B. Simultaneamente, por meio de questionário padronizado, foram obtidas informações de possíveis fatores de risco para a doença. Os dados foram analisados por meio de um modelo de regressão logística. RESULTADOS: As prevalências de HBsAg e de anti-HBcAg foram de 0,3% e 13,9%, respectivamente. Os fatores de risco associados à infecção foram: idade, residência na cidade há menos de um ano, antecedente de hepatite, exposição prévia a casas de correção e homo/bissexualismo masculino. CONCLUSÕES: Devido a dificuldades crescentes de obtenção de sangue de indivíduos sadios, essa pode ser uma alternativa para estudos que objetivem fornecer informações sobre a circulação de agentes infecciosos na população. Embora não se possa generalizar os dados obtidos pela metodologia usada, ela traz conhecimento referente à circulação do vírus de hepatite B.

Dissecting the role of CLASP1 in the mammalian development

A mitose é o evento celular, através do qual uma células transmite uma cópias do seu DNA às células filhas. Este processo é mediado pelo fuso mitótico, o qual consiste numa rede bipolar microtubulos. A dinâmica dos microtubulos é regulada por proteínas associadas a estes (MAPs – Microtubule-Associated Proteins), tais como as proteínas associadas às extremidades positivas dos microtubulos (+TIPs – Plus-ends Tracking proteins). As proteínas associadas às CLIPs (CLASPs – CLIP-associated proteins) pertencem a esta família e estão altamente conservadas nos eucariotas. Estas interagem com os microtubulos regulando o fuso mitótico, a segregação dos cromossomas e o comportamento dos microtubulos ao nível do cinetocoro. Assim, as CLASPs têm sido descritas como essenciais à manutenção da integridade genética durante a divisão celular. Um modelo animal knockout para o gene Clasp1 é uma ferramenta indispensável à descoberta do papel da CLASP1 a nível fisiológico. Nos animais knockout foi observado um fenótipo letal, no qual 100% dos recém-nascidos morreram poucos minutos após o nascimento, no decurso de falência respiratória. Após análise histopatológica, observamos que os pulmões dos animais knockout apresentam um atraso no desenvolvimento. Porém, a análise da expressão de marcadores de diferenciação celular, mostrou que os pneumócitos tipo I e II estão presente e diferenciados nos animais knockout aquando do seu nascimento. No entanto, um defeito primário a nível pulmonar ainda não pode ser excluído. Níveis elevados de glicogénio no parênquima alveolar dos animais knockout sugerem imaturidade pulmonar ou deficiente produção do líquido surfactante. Adicionalmente, ainda não está esclarecido de que forma pode este atraso explicar a letalidade observada nos recémnascidos knockout. Verificamos também que expressão de CLASP1 é transiente ao longo do desenvolvimento, sendo particularmente elevada no cérebro, o que pode explicar o seu papel já descrito na biologia dos neurónios. A CLASP1 é ubiquamente expressa em mamíferos adultos, o que sugere que esta proteína é também importante em tecidos diferenciados. Nesta fase, o significado biológico da CLASP1 em mamíferos ainda não foi descortinado. No entanto, nenhum animal knockout para Clasp1 foi capaz de sobreviver ex uterus, o que sugere um papel fundamental desta proteína na fase final do desenvolvimento dos mamíferos.

A disfunção redox espinhal na dor neuropática

As espécies reativas de oxigénio (ROS) estão envolvidas no desenvolvimento de dor neuropática. No entanto, a aplicação clínica de moléculas antioxidantes no tratamento desta patologia tem demonstrado pouca eficácia. A inibição da NADPH oxidase (NOX), uma das principais fontes de ROS, poderá ser uma boa estratégia terapêutica. O nosso grupo verificou que a apocinina (inibidor da NOX) melhora parcialmente os sintomas de dor neuropática e a disfunção redox espinhal no modelo SNI (spared nerve injury). De forma a melhorar este efeito terapêutico, o presente estudo insere-se num projeto maior, que visa identificar as isoformas da NOX envolvidas na fisiopatologia da doença e avaliar o efeito da administração de inibidores específicos para essas isoformas. Assim, propusemo-nos a avaliar a disfunção redox espinhal em fases precoces dador neuropática periférica induzida pelo modelo SNI no Rato, relacionando-a com os comportamentos de dor demonstrados pelos animais. Foram constituídos três grupos experimentais: SNI, sham e naïve, com subgrupos testados e sacrificados aos dias 1, 3, 7 e 14 após a cirurgia. Avaliou-se a sensibilidade mecânica (vonFrey e pinprick) e ao frio (acetona) dos animais, sacrificaram-se e recolheram-se as medulas espinhais para análise imunohistoquímica, com marcadores de dano oxidativo no DNA e de dano nitrosativo. Ao contrário dos animais sham, que demonstraram um comportamento muito próximo dos naïve, os animais SNI desenvolveram alodínia mecânica e ao frio e hiperalgesia mecânica na pata ipsilateral. No entanto, o dano oxidativo no corno dorsal ipsilateral da medula espinhal apresentou-se idêntico nos grupos SNI e sham ao longo dos 14 dias de estudo, não havendo também diferenças entre os cornos ipsi e contralateral à lesão nervosa. É possível que o desenvolvimento de dor neuropática nos animais SNI não se faça acompanhar de disfunção redox espinhal, pelo menos até aos 14 dias pós indução. O facto de a lesão nervosa no modelo SNI se localizar numa porção distal do ciático, ao contrário de outros modelos em que o stresse oxidativo espinhal foi já descrito, poderia explicar essas diferenças. Em todo o caso, considerando que os resultados comportamentais obtidos indicam que as cirurgias SNI e sham causam diferentes níveis de sensibilização nos animais, parece-nos fulcral prolongar os tempos de neuropatia, e executar uma avaliação do estado redox com outros marcadores, de forma a elucidar se, de facto, existem ROS envolvidas nesta sensibilização e, em caso positivo, poder identificar essas espécies, bem como as suas fontes.

DNA interaction and cytotoxicity studies of new ruthenium(II) cyclopentadienyl derivative complexescontaining heteroaromatic ligands

Four ruthenium(II) complexes with the formula [Ru(eta(5)-C(5)H(5))(PP)L][CF(3)SO(3)], being (PP = two triphenylphosphine molecules), L = 1-benzylimidazole, 1; (PP = two triphenylphosphine molecules), L = 2,2'bipyridine, 2; (PP = two triphenylphosphine molecules), L = 4-Methylpyridine, 3; (PP = 1,2-bis(diphenylphosphine) ethane), L = 4-Methylpyridine, 4, were prepared, in view to evaluate their potentialities as antitumor agents. The compounds were completely characterized by NMR spectroscopy and their crystal and molecular structures were determined by X-ray diffraction. Electrochemical studies were carried out giving for all the compounds quasi-reversible processes. The images obtained by atomic force microscopy (AFM) suggest interaction with pBR322 plasmid DNA. Measurements of the viscosity of solutions of free DNA and DNA incubated with different concentrations of the compounds confirmed this interaction. The cytotoxicity of compounds 1234 was much higher than that of cisplatin against human leukemia cancer cells (HL-60 cells). IC(50) values for all the compounds are in the range of submicromolar amounts. Apoptotic death percentage was also studied resulting similar than that of cisplatin. (C) 2010 Elsevier Inc. All rights reserved.

Entropy analysis of DNA code dynamics in human chromosomes

Deoxyribonucleic acid, or DNA, is the most fundamental aspect of life but present day scientific knowledge has merely scratched the surface of the problem posed by its decoding. While experimental methods provide insightful clues, the adoption of analysis tools supported by the formalism of mathematics will lead to a systematic and solid build-up of knowledge. This paper studies human DNA from the perspective of system dynamics. By associating entropy and the Fourier transform, several global properties of the code are revealed. The fractional order characteristics emerge as a natural consequence of the information content. These properties constitute a small piece of scientific knowledge that will support further efforts towards the final aim of establishing a comprehensive theory of the phenomena involved in life.

Shannon, rényie and tsallis entropy analysis of DNA using phase plane

This paper analyzes DNA information using entropy and phase plane concepts. First, the DNA code is converted into a numerical format by means of histograms that capture DNA sequence length ranging from one up to ten bases. This strategy measures dynamical evolutions from 4 up to 410 signal states. The resulting histograms are analyzed using three distinct entropy formulations namely the Shannon, Rényie and Tsallis definitions. Charts of entropy versus sequence length are applied to a set of twenty four species, characterizing 486 chromosomes. The information is synthesized and visualized by adapting phase plane concepts leading to a categorical representation of chromosomes and species.

Fractional dynamics in DNA

This paper addresses the DNA code analysis in the perspective of dynamics and fractional calculus. Several mathematical tools are selected to establish a quantitative method without distorting the alphabet represented by the sequence of DNA bases. The association of Gray code, Fourier transform and fractional calculus leads to a categorical representation of species and chromosomes.

Wavelet analysis of human DNA

This paper studies the human DNA in the perspective of signal processing. Six wavelets are tested for analyzing the information content of the human DNA. By adopting real Shannon wavelet several fundamental properties of the code are revealed. A quantitative comparison of the chromosomes and visualization through multidimensional and dendograms is developed.