Ultrasensitive detection of ovarian cancer marker using immunoliposomes and gold nanoelectrodes

Mucin-16 (MUC16) is the established ovarian cancer marker used to follow the disease during or after treatment for epithelial ovarian cancer. The emerging science of cancer markers also demands for the new sensitive detection methods. In this work, we have developed an electrochemical immunosensor for antigen MUC16 using gold nanoelectrode ensemble (GNEE) and ferrocene carboxylic acid encapsulated liposomes tethered with monoclonal anti-Mucin-16 antibodies ( MUC16). GNEEs were fabricated by electroless deposition of the gold within the pores of polycarbonate track-etched membranes. Afterwards, MUC16 were immobilized on preformed self-assembled monolayer of cysteamine on the GNEE via cross-linking with EDC-Sulfo-NHS. A sandwich immunoassay was performed on MUC16 functionalized GNEE with MUC16 and immunoliposomes. The differential pulse voltammetry was employed to quantify the faradic redox response of ferrocene carboxylic acid released from immunoliposomes. The dose–response curve for MUC16 concentration was found between the range of 0.001–300 U mL−1. The lowest detection limit was found to be 5 × 10−4 U mL−1 (S/N = 3). We evaluated the performance of this developed immunosensor with commercial ELISA assay by comparing results obtained from spiked serum samples and real blood serum samples from volunteers.

Electrochemical immunosensor for multiplexed detection of food-borne pathogens using nanocrystal bioconjugates and MWCNT screen-printed electrode

Bacterial food poisoning is an ever-present threat that can be prevented with proper care and handling of food products. A disposable electrochemical immunosensor for the simultaneous measurements of common food pathogenic bacteria namely Escherichia coli O157:H7 (E. coli), campylobacter and salmonella were developed. The immunosensor was fabricated by immobilizing the mixture of anti-E. coli, anticampylobacter and anti-salmonella antibodies with a ratio of 1:1:1 on the surface of the multiwall carbon nanotube-polyallylamine modified screen printed electrode (MWCNT-PAH/SPE). Bacteria suspension became attached to the immobilized antibodies when the immunosensor was incubated in liquid samples. The sandwich immunoassay was performed with three antibodies conjugated with specific nanocrystal ( -E. coli-CdS, -campylobacter-PbS and -salmonella-CuS) which has releasable metal ions for electrochemical measurements. The square wave anodic stripping voltammetry (SWASV) was employed to measure released metal ions from bound antibody nanocrystal conjugates. The calibration curves for three selected bacteria were found in the range of 1 × 103 – 5 × 105 cells mL−1 with the limit of detection (LOD) 400 cells mL−1 for salmonella, 400 cells mL−1 for campylobacter and 800 cells mL−1 for E. coli. The precision and sensitivity of this method show the feasibility of multiplexed determination of bacteria in milk samples.

An Interface to Retrieve Personal Memories Using an Iconic Visual Language

Relevant past events can be remembered when visualizing related pictures. The main difficulty is how to find these photos in a large personal collection. Query definition and image annotation are key issues to overcome this problem. The former is relevant due to the diversity of the clues provided by our memory when recovering a past moment and the later because images need to be annotated with information regarding those clues to be retrieved. Consequently, tools to recover past memories should deal carefully with these two tasks. This paper describes a user interface designed to explore pictures from personal memories. Users can query the media collection in several ways and for this reason an iconic visual language to define queries is proposed. Automatic and semi-automatic annotation is also performed using the image content and the audio information obtained when users show their images to others. The paper also presents the user interface evaluation based on tests with 58 participants.

Analysis and simulation of a-Si Ha-SiC HPINIP structures for color image detection

It is presented in this paper a study on the photo-electronic properties of multi layer a-Si: H/a-SiC: H p-i-n-i-p structures. This study is aimed to give an insight into the internal electrical characteristics of such a structure in thermal equilibrium, under applied Was and under different illumination condition. Taking advantage of this insight it is possible to establish a relation among-the electrical behavior of the structure the structure geometry (i.e. thickness of the light absorbing intrinsic layers and of the internal n-layer) and the composition of the layers (i.e. optical bandgap controlled through percentage of carbon dilution in the a-Si1-xCx: H layers). Showing an optical gain for low incident light power controllable by means of externally applied bias or structure composition, these structures are quite attractive for photo-sensing device applications, like color sensors and large area color image detector. An analysis based on numerical ASCA simulations is presented for describing the behavior of different configurations of the device and compared with experimental measurements (spectral response and current-voltage characteristic). (c) 2008 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.

Automatic vehicle detection and classification

This paper presents a proposal for an automatic vehicle detection and classification (AVDC) system. The proposed AVDC should classify vehicles accordingly to the Portuguese legislation (vehicle height over the first axel and number of axels), and should also support profile based classification. The AVDC should also fulfill the needs of the Portuguese motorway operator, Brisa. For the classification based on the profile we propose:he use of Eigenprofiles, a technique based on Principal Components Analysis. The system should also support multi-lane free flow for future integration in this kind of environments.

An ultrasound based computer-aided diagnosis tool for steatosis detection

Liver steatosis is a common disease usually associated with social and genetic factors. Early detection and quantification is important since it can evolve to cirrhosis. In this paper, a new computer-aided diagnosis (CAD) system for steatosis classification, in a local and global basis, is presented. Bayes factor is computed from objective ultrasound textural features extracted from the liver parenchyma. The goal is to develop a CAD screening tool, to help in the steatosis detection. Results showed an accuracy of 93.33%, with a sensitivity of 94.59% and specificity of 92.11%, using the Bayes classifier. The proposed CAD system is a suitable graphical display for steatosis classification.

Global and local detection of liver steatosis from ultrasound

Liver steatosis is a common disease usually associated with social and genetic factors. Early detection and quantification is important since it can evolve to cirrhosis. Steatosis is usually a diffuse liver disease, since it is globally affected. However, steatosis can also be focal affecting only some foci difficult to discriminate. In both cases, steatosis is detected by laboratorial analysis and visual inspection of ultrasound images of the hepatic parenchyma. Liver biopsy is the most accurate diagnostic method but its invasive nature suggest the use of other non-invasive methods, while visual inspection of the ultrasound images is subjective and prone to error. In this paper a new Computer Aided Diagnosis (CAD) system for steatosis classification and analysis is presented, where the Bayes Factor, obatined from objective intensity and textural features extracted from US images of the liver, is computed in a local or global basis. The main goal is to provide the physician with an application to make it faster and accurate the diagnosis and quantification of steatosis, namely in a screening approach. The results showed an overall accuracy of 93.54% with a sensibility of 95.83% and 85.71% for normal and steatosis class, respectively. The proposed CAD system seemed suitable as a graphical display for steatosis classification and comparison with some of the most recent works in the literature is also presented.

eTourismGUI - Adaptative Interface

Mestrado em Engenharia Informática. Área de Especialização em Tecnologias do Conhecimento e Decisão.

Framework de controlo de acessos para Triple-stores com interface Sail API

Grande parte dos triples-stores são open source e desenvolvidos em Java, disponibilizando interfaces standards e privadas de acesso. A grande maioria destes sistemas não dispõe de mecanismos de controlo de acessos nativos, o que dificulta ou impossibilita a sua adopção em ambientes em que a segurança dos factos é importante (e.g. ambiente empresarial). Complementarmente observa-se que o modelo de controlo de acesso a triplos e em particular a triplos descritos por ontologias não está standardizado nem sequer estabilizado, havendo diversos modelos de descrição e algoritmos de avaliação de permissões de acesso. O trabalho desenvolvido nesta tese/dissertação propõe um modelo e interface de controlo de acesso que permite e facilite a sua adopção por diferentes triple-stores já existentes e a integração dos triples-stores com outros sistemas já existentes na organização. Complementarmente, a plataforma de controlo de acesso não impõe qualquer modelo ou algoritmo de avaliação de permissões, mas pelo contrário permite a adopção de modelos e algoritmos distintos em função das necessidades ou desejos. Finalmente demonstra-se a aplicabilidade e validade do modelo e interface propostos, através da sua implementação e adopção ao triple-store SwiftOWLIM já existente, que não dispõe de mecanismo de controlo de acessos nativo.

eTourism – Mobile Data Interface (Sistema de Apoio On-Line ao Turista em Dispositivos Móveis com Adaptação de Tours Personalizados)

O intuito principal desta Tese é criar um interface de Dados entre uma fonte de informação e fornecimento de Rotas para turistas e disponibilizar essa informação através de um sistema móvel interactivo de navegação e visualização desses mesmos dados. O formato tecnológico será portátil e orientado à mobilidade (PDA) e deverá ser prático, intuitivo e multi-facetado, permitindo boa usabilidade a públicos de várias faixas etárias. Haverá uma componente de IA (Inteligência Artificial), que irá usar a informação fornecida para tomar decisões ponderadas tendo em conta uma diversidade de aspectos. O Sistema a desenvolver deverá ser, assim, capaz de lidar com imponderáveis (alterações de rota, gestão de horários, cancelamento de pontos de visita, novos pontos de visita) e, finalmente, deverá ajudar o turista a gerir o seu tempo entre Pontos de Interesse (POI – Points os Interest). Deverá também permitir seguir ou não um dado percurso pré-definido, havendo possibilidade de cenários de exploração de POIs, sugeridos a partir de sugestões in loco, similares a Locais incluídos no trajecto, que se enquadravam no perfil dos Utilizadores. O âmbito geográfico de teste deste projecto será a zona ribeirinha do porto, por ser um ex-líbris da cidade e, simultaneamente, uma zona com muitos desafios ao nível geográfico (com a inclinação) e ao nível do grande número de Eventos e Locais a visitar.

Interface HL7 para observation patterns

Com a generalização das tecnologias de informação e comunicação na área da saúde, a monitorização remota de pacientes, a partir de dispositivos móveis, é uma realidade que contribui para uma melhor qualidade de vida dos pacientes. Mas, não são só os pacientes que ganham com a introdução destas tecnologias, também os profissionais de saúde e os hospitais retiram as suas vantagens. Os profissionais de saúde são munidos de uma ferramenta móvel de monitorização permanente de sinais vitais, aumentando desta forma a ligação médico-paciente. Relativamente aos hospitais, estes vêem os custos de manutenção reduzirem, em virtude da possibilidade dos pacientes puderem ser monitorizados a partir dos seus lares. Neste projecto pretende-se identificar mecanismos que possibilitem responder de forma eficaz à necessidade de partilha de informação, nomeadamente protocolos de comunicação, segurança e sistemas de integração. Foi projectado um protótipo, constituído por um middleware e uma aplicação cliente móvel, onde o middleware tem como missão garantir a interoperabilidade entre um servidor HL7 e a aplicação cliente, utilizada pelo profissional de saúde. A normalização da informação médica trocada entre o servidor HL7 e o middleware obedece à norma internacional HL7.

Controlador Boundary-Scan

A crescente complexidade dos sistemas electrónicos associada a um desenvolvimento nas tecnologias de encapsulamento levou à miniaturização dos circuitos integrados, provocando dificuldades e limitações no diagnóstico e detecção de falhas, diminuindo drasticamente a aplicabilidade dos equipamentos ICT. Como forma de lidar com este problema surgiu a infra-estrutura Boundary Scan descrita na norma IEEE1149.1 “Test Access Port and Boundary-Scan Architecture”, aprovada em 1990. Sendo esta solução tecnicamente viável e interessante economicamente para o diagnóstico de defeitos, efectua também outras aplicações. O SVF surgiu do desejo de incutir e fazer com que os fornecedores independentes incluíssem a norma IEEE 1149.1, é desenvolvido num formato ASCII, com o objectivo de enviar sinais, aguardar pela sua resposta, segundo a máscara de dados baseada na norma IEEE1149.1. Actualmente a incorporação do Boundary Scan nos circuitos integrados está em grande expansão e consequentemente usufrui de uma forte implementação no mercado. Neste contexto o objectivo da dissertação é o desenvolvimento de um controlador boundary scan que implemente uma interface com o PC e possibilite o controlo e monitorização da aplicação de teste ao PCB. A arquitectura do controlador desenvolvido contém um módulo de Memória de entrada, um Controlador TAP e uma Memória de saída. A implementação do controlador foi feita através da utilização de uma FPGA, é um dispositivo lógico reconfiguráveis constituído por blocos lógicos e por uma rede de interligações, ambos configuráveis, que permitem ao utilizador implementar as mais variadas funções digitais. A utilização de uma FPGA tem a vantagem de permitir a versatilidade do controlador, facilidade na alteração do seu código e possibilidade de inserir mais controladores dentro da FPGA. Foi desenvolvido o protocolo de comunicação e sincronização entre os vários módulos, permitindo o controlo e monitorização dos estímulos enviados e recebidos ao PCB, executados automaticamente através do software do Controlador TAP e de acordo com a norma IEEE 1149.1. A solução proposta foi validada por simulação utilizando o simulador da Xilinx. Foram analisados todos os sinais que constituem o controlador e verificado o correcto funcionamento de todos os seus módulos. Esta solução executa todas as sequências pretendidas e necessárias (envio de estímulos) à realização dos testes ao PCB. Recebe e armazena os dados obtidos, enviando-os posteriormente para a memória de saída. A execução do trabalho permitiu concluir que os projectos de componentes electrónicos tenderão a ser descritos num nível de abstracção mais elevado, recorrendo cada vez mais ao uso de linguagens de hardware, no qual o VHDL é uma excelente ferramenta de programação. O controlador desenvolvido será uma ferramenta bastante útil e versátil para o teste de PCBs e outras funcionalidades disponibilizadas pelas infra-estruturas BS.

Modelo generalista de páginas Web para motores de pesquisa com interface 3D

Web tornou-se uma ferramenta indispensável para a sociedade moderna. A capacidade de aceder a enormes quantidades de informação, disponível em praticamente todo o mundo, é uma grande vantagem para as nossas vidas. No entanto, a quantidade avassaladora de informação disponível torna-se um problema, que é o de encontrar a informação que precisamos no meio de muita informação irrelevante. Para nos ajudar nesta tarefa, foram criados poderosos motores de pesquisa online, que esquadrinham a Web à procura dos melhores resultados, segundo os seus critérios, para os dados que precisamos. Actualmente, os motores de pesquisa em voga, usam um formato de apresentação de resultados simples, que consiste apenas numa caixa de texto para o utilizador inserir as palavras-chave sobre o tema que quer pesquisar e os resultados são dispostos sobre uma lista de hiperligações ordenada pela relevância que o motor atribui a cada resultado. Porém, existem outras formas de apresentar resultados. Uma das alternativas é apresentar os resultados sobre interfaces em 3 dimensões. É nestes tipos de sistemas que este trabalho vai incidir, os motores de pesquisa com interfaces em 3 dimensões. O problema é que as páginas Web não estão preparadas para serem consumidas por este tipo de motores de pesquisa. Para resolver este problema foi construído um modelo generalista para páginas Web, que consegue alimentar os requisitos das diversas variantes destes motores de pesquisa. Foi também desenvolvido um protótipo de instanciação automático, que recolhe as informações necessárias das páginas Web e preenche o modelo.

Unveiling the Biometric Potential of Finger-Based ECG Signals

The ECG signal has been shown to contain relevant information for human identification. Even though results validate the potential of these signals, data acquisition methods and apparatus explored so far compromise user acceptability, requiring the acquisition of ECG at the chest. In this paper, we propose a finger-based ECG biometric system, that uses signals collected at the fingers, through a minimally intrusive 1-lead ECG setup recurring to Ag/AgCl electrodes without gel as interface with the skin. The collected signal is significantly more noisy than the ECG acquired at the chest, motivating the application of feature extraction and signal processing techniques to the problem. Time domain ECG signal processing is performed, which comprises the usual steps of filtering, peak detection, heartbeat waveform segmentation, and amplitude normalization, plus an additional step of time normalization. Through a simple minimum distance criterion between the test patterns and the enrollment database, results have revealed this to be a promising technique for biometric applications.

Enzymatic determination of choline in milk using a FIA system with potentiometric detection

The development of a FIA system for the determination of total choline content in several types of milk is described. The samples were submitted to hydrochloric acid digestion before injection into the system and passed through an enzymatic reactor containing choline oxidase immobilised on glass beads. This enzymatic reaction releases hydrogen peroxide which then reacts with a solution of iodide. The decrease in the concentration of iodide ion is quantified using an iodide ion selective tubular electrode based on a homogeneous crystalline membrane. Validation of the results obtained with this system was performed by comparison with results from a method described in the literature and applied to the determination of total choline in milks. The relative deviation was always < 5%. The repeatability of the method developed was assessed by calculation of the relative standard deviation (RSD) for 12 consecutive injections of one sample. The RSD obtained was < 0.6%.