Evaluation of mixed chimerism by in vitro amplification of dinucleotide repeat sequences using the polymerase chain reaction

The influence of mixed hematopoietic chimerism (MC) after allogeneic bone marrow transplantation remains unknown. Increasingly sensitive detection methods have shown that MC occurs frequently. We report a highly sensitive novel method to assess MC based on the polymerase chain reaction (PCR). Simple dinucleotide repeat sequences called microsatellites have been found to vary in their repeat number between individuals. We use this variation to type donor-recipient pairs following allogeneic BMT. A panel of seven microsatellites was used to distinguish between donor and recipient cells of 32 transplants. Informative microsatellites were subsequently used to assess MC after BMT in this group of patients. Seventeen of the 32 transplants involved a donor of opposite sex; hence, cytogenetics and Y chromosome-specific PCR were also used as an index of chimerism in these patients. MC was detected in bone marrow aspirates and peripheral blood in 18 of 32 patients (56%) by PCR. In several cases, only stored slide material was available for analysis but PCR of microsatellites or Y chromosomal material could be used successfully to assess the origin of cells in this archival material. Cytogenetic analysis was possible in 17 patients and MC was detected in three patients. Twelve patients received T-cell-depleted marrow and showed a high incidence of MC as revealed by PCR (greater than 80%). Twenty patients received unmanipulated marrow, and while the incidence of MC was lower (44%), this was a high percentage when compared with other studies. Once MC was detected, the percentages of recipient cells tended to increase. However, in patients exhibiting MC who subsequently relapsed, this increase was relatively sudden. The overall level of recipient cells in the group of MC patients who subsequently relapsed was higher than in those who exhibited stable MC. Thus, while the occurrence of MC was not indicative of a poor prognosis per se, sudden increases in the proportions of recipient cells may be a prelude to graft rejection or relapse.

SNP discovery using Next Generation Transcriptomic Sequencing in Atlantic herring (Clupea harengus)

The introduction of Next Generation Sequencing (NGS) has revolutionised population genetics, providing studies of non-model species with unprecedented genomic coverage, allowing evolutionary biologists to address questions previously far beyond the reach of available resources. Furthermore, the simple mutation model of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) permits cost-effective high-throughput genotyping in thousands of individuals simultaneously. Genomic resources are scarce for the Atlantic herring (Clupea harengus), a small pelagic species that sustains high revenue fisheries. This paper details the development of 578 SNPs using a combined NGS and high-throughput genotyping approach. Eight individuals covering the species distribution in the eastern Atlantic were bar-coded and multiplexed into a single cDNA library and sequenced using the 454 GS FLX platform. SNP discovery was performed by de novo sequence clustering and contig assembly, followed by the mapping of reads against consensus contig sequences. Selection of candidate SNPs for genotyping was conducted using an in silico approach. SNP validation and genotyping were performed simultaneously using an Illumina 1,536 GoldenGate assay. Although the conversion rate of candidate SNPs in the genotyping assay cannot be predicted in advance, this approach has the potential to maximise cost and time efficiencies by avoiding expensive and time-consuming laboratory stages of SNP validation. Additionally, the in silico approach leads to lower ascertainment bias in the resulting SNP panel as marker selection is based only on the ability to design primers and the predicted presence of intron-exon boundaries. Consequently SNPs with a wider spectrum of minor allele frequencies (MAFs) will be genotyped in the final panel. The genomic resources presented here represent a valuable multi-purpose resource for developing informative marker panels for population discrimination, microarray development and for population genomic studies in the wild.

Learning Bounded Tree-Width Bayesian Networks via Sampling

Learning Bayesian networks with bounded tree-width has attracted much attention recently, because low tree-width allows exact inference to be performed efficiently. Some existing methods [12, 14] tackle the problem by using k-trees to learn the optimal Bayesian network with tree-width up to k. In this paper, we propose a sampling method to efficiently find representative k-trees by introducing an Informative score function to characterize the quality of a k-tree. The proposed algorithm can efficiently learn a Bayesian network with tree-width at most k. Experiment results indicate that our approach is comparable with exact methods, but is much more computationally efficient.

Project Management within an Urban Site Context: Issues considering External Stakeholders

Large construction projects create numerous hazards, making it one of the most dangerous industries in which to work. This element of risk increases in urban areas and can have a negative impact on the external stakeholders associated with the project, along with their surrounding environments. The aim of this paper is to identify and document, in an urban context, the numerous issues encountered by on-site project managers from external stakeholders and how they affect a construction project. In addressing this aim, the core objective is to identify what issues are involved in the management of these stakeholders. In order to meet this requirement, a qualitative methodology encompassing an informative literature review followed by five individual case study interviews. The data gathered is assessed qualitatively using mind mapping software. A number of issues are identified which have an impact on the external stakeholders involved, and also how they affected proceedings on site. Collectively the most commonly occurring issues are environmental, legal, health and safety and communication issues. These ranged from road closures and traffic disruption to noise, dust and vibrations from site works. It is anticipated that the results of this study will assist and aid project managers in identifying issues considering external stakeholders, particularly on urban construction projects. A wide range of issues can develop depending on the complexity and nature of each project, but this research will illustrate and reinforce to project managers, that identifying issues early, effective communication and appropriate liaising can be used to manage the issues considering external stakeholders.

Learning Bayesian Networks with Bounded Tree-Width via Guided Search

Bounding the tree-width of a Bayesian network can reduce the chance of overfitting, and allows exact inference to be performed efficiently. Several existing algorithms tackle the problem of learning bounded tree-width Bayesian networks by learning from k-trees as super-structures, but they do not scale to large domains and/or large tree-width. We propose a guided search algorithm to find k-trees with maximum Informative scores, which is a measure of quality for the k-tree in yielding good Bayesian networks. The algorithm achieves close to optimal performance compared to exact solutions in small domains, and can discover better networks than existing approximate methods can in large domains. It also provides an optimal elimination order of variables that guarantees small complexity for later runs of exact inference. Comparisons with well-known approaches in terms of learning and inference accuracy illustrate its capabilities.

Estágio em clínica de animais de companhia: síndrome de disfunção cognitiva canina

Este estágio foi realizado em clínica de animais de companhia. Observou e acompanhou-se tanto consultas com carácter preventivo como de clínica médica e cirúrgica. As consultas de medicina preventiva consistiram essencialmente em vacinações e desparasitações, enquanto outras foram meramente informativas. As consultas de clínica médica incidiram em diversas áreas, incluíndo dermatologia, gastroenterologia e cardiologia. As cirurgias efetuadas foram sobretudo eletivas, mas também se assistiu a cirurgias corretivas. Um dos casos observados foi um cão com disfunção cognitiva. Este foi o caso escolhido para ser alvo do estudo mais aprofundado que é apresentado na segunda secção deste relatório. A disfunção cognitiva canina é o equivalente à doença humana de Alzheimer. Esta condição é relativamente desconhecida e os seus sinais clínicos são frequentemente considerados normais da idade. No entanto, quando detetada e tratada atempadamente é possível abrandar a sua evolução, devendo os proprietários de cães afetados ser sensibilizados a procurar assistência profissional; Internship in small animal practice: canine cognitive dysfunction syndrome Abstract: This internship was conducted in small animal clinic. The attended appointments consisted mostly of cases of preventive and internal medicine and also surgical assistance. The appointments of preventive medicine included vaccinations, deworming and some merely informative sessions. The cases of internal medicine concerned areas such as dermatology, gastroenterology and cardiology. The surgical interventions were mainly optional but also corrective procedures. One of the observed cases was a dog with cognitive dysfunction. This case was elected to be the target of further study which is presented in the second section of this report. The canine cognitive dysfunction is the equivalent to the human Alzheimer’s disease. This condition is still largely unknown and its clinical presentation is often considered normal of aging. However, if detected and treated early it is possible to slow down its progress, thus the owners of affected dogs should be encouraged to seek professional assistance.

Promoção de comportamentos saudáveis e prevenção da SIDA no ensino superior

No processo de transição para o ensino superior, o jovem é confrontado com novas experiências como o restabelecimento de relações mais íntimas, a autonomização em relação à família e contactos sociais mais alargado. A infecção pelo Vírus da Imunodeficiência Humana (VHI) e Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (SIDA) representa um dos maiores problemas sócio-sanitários a nível mundial pelo que nesta fase de transição devemos promover comportamentos saudáveis através da educação para a saúde. São objectivos do estudo: Caracterizar as fontes de informação/conhecimentos a que recorrem os estudantes do ensino superior para esclarecimentos na área da SIDA; Identificar o nível de conhecimentos em relação à infecção VIH/sida; Classificar as estratégias da educação para a saúde já aplicadas, recursos utilizados e avaliação efectuada; analisar os aspectos psicológicos face à percepção da educação para a saúde. Participaram 2002 estudantes (60.7% raparigas) com idades entre os 17 a 68 anos, (M=21.76 ± 4.43), dos primeiros e últimos anos do ensino superior das zonas Norte e Centro do país. O protocolo de recolha de informação inclui dados pessoais e académicos, a escala de fontes de informação/conhecimentos sobre SIDA, escala de avaliação de educação para a saúde na área da SIDA construídas para o efeito, escala de saúde e relacionamento, medidas de motivação para pôr em prática comportamentos preventivos relativos à SIDA, escala de eficácia percepcionada dos comportamentos preventivos da SIDA e escala de comportamentos preventivos. Os estudantes recorrem maioritariamente à leitura de material informativo para obter informações/conhecimentos sobre SIDA. Cerca de 37% tem boa informação/conhecimentos sobre SIDA sendo os jovens até aos 25 anos e os que frequentam cursos na área da saúde que apresentam índices mais elevados. São os alunos do primeiro ano e da área da saúde que apresentam melhor percepção na avaliação da educação para a saúde, embora 36.4% da amostra avaliasse como inadequada a educação para a saúde na área da SIDA. Verificamos que existem várias formas de efectuar educação para a saúde direccionada para o jovem, mas nem todas apresentam o mesmo grau de eficácia, pois como observamos a mudança de comportamentos e atitudes dos jovens, tendem a valorizar mais a informação fornecida pela comunicação social. Pensamos que são necessárias alterações nos modelos de Educação para a saúde no âmbito do VIH/sida, pois estas não estão a revelar um nível de eficácia satisfatório. Por outro lado, não há em Portugal, uma Educação para a Saúde estruturada e organizada que motive os jovens à mudança de comportamentos, pois apesar de muitos deles terem conhecimentos, não alteram os comportamentos de risco.

O design dos jornais diários e generalistas portugueses

O presente trabalho é um estudo comparativo de imagem gráfica que visa analisar o estado actual do design gráfico dos jornais diários nacionais de cariz generalista – Público, Diário de Notícias, Jornal de Notícias, Correio da Manhã e 24 Horas. Efectuada a análise dos jornais, é proposto o redesign do Jornal de Notícias, com o objectivo de aplicar as conclusões obtidas de forma teórica num projecto prático. As opiniões resultantes deste trabalho apresentam dois tipos de contributo: em primeiro lugar, permitem caracterizar num determinado período de tempo a apresentação visual das publicações diárias e generalistas em Portugal. Em segundo lugar, contribuem para ultrapassar as soluções de menor eficácia, potenciando a apresentação visual do conteúdo informativo das publicações acima referidas, com o objectivo de fidelizar e aumentar o número de leitores e potenciar as vendas. A metodologia utilizada para a realização da presente tese desenvolve-se em três partes: na primeira parte, a leitura bibliográfica, a investigação e o registo de informações, distribuída ao longo de treze áreas fundamentais para a compreensão e posterior aplicação às restantes partes; na segunda parte, o recurso a entrevistas a profissionais ligados ao design de publicações jornalísticas, bem como a análise de jornais diários nacionais e estrangeiros, tendo como base os resultados obtidos pelo Poynter Institute for Media Sudies no projecto Eye-Trac Research, um dos maiores estudos realizados sobre a importância da cor nas publicações jornalísticas e da forma como o leitor percorre as páginas de um jornal; na terceira parte, a realização de um projecto de redesign para o Jornal de Notícias. Na opinião de alguns especialistas, como Mario García e Rodrigo Fino, no futuro os jornais terão uma função de complementaridade relativamente às restantes plataformas de informação e o público será simultaneamente leitor no ecrã e no papel. Nesse sentido, os designers deverão encontrar novas formas de potenciar o conteúdo e de estabelecer graficamente meios eficazes de ligação entre as diferentes plataformas de informação. Independentemente do suporte, em papel ou no ecrã, a função do designer será sempre a de encontrar soluções mais eficazes para cada caso concreto.

Canto e emoção: indicadores emocionais não verbais na execução do discurso musical cantado

Na performance de uma obra musical cantada, o cantor tem um papel determinante para a transmissão ao público, não só das suas componentes informativas, de natureza conceptual, a nível musical e literário, mas também na indução nos ouvintes dos estados emocionais intrínsecos a cada momento da obra através de indicadores vocais não verbais. Este estudo teve como objectivo central a análise dos parâmetros acústicos que constituem estes indicadores e a sua eficácia. Procurou-se estabelecer uma relação entre as alterações fisiológicas que caracterizam os processos somáticos que acompanham o despoletar dos estados emocionais e os perfis acústicos das vocalizações produzidas nessas condições, partindo de uma reflexão sobre o cantor e a sua função social, passando pela análise do fenómeno da emoção como parte integrante da biologia do indivíduo e da espécie. O grau de indução emocional no público depende da capacidade de o cantor integrar os processos de expressão da emoção na sua execução musical, reflectindo no perfil acústico daí resultante não só a qualidade da sua técnica e as suas características vocais, mas também as alterações fisiológicas que acompanham a libertação de neurotransmissores e neuromoduladores, as modificações na expressão facial, na forma e grau de tensão do tracto vocal, ou no perfil respiratório. Este mecanismo utiliza o relacionamento entre sinais sonoros e estados emocionais do emissor e do receptor processado através de um grupo específico de neurónios, os neurónios de espelho. Para caracterizar os indicadores acústicos dos estados emocionais mais simples, foi elaborado um conjunto de parâmetros, aplicados na análise de vocalizações recolhidas em situações emocionais induzidas. Os cantores que colaboraram no presente estudo passaram pelo mesmo processo, e os seus parâmetros foram comparados com os do paradigma estabelecido. O grau de compatibilidade com a norma foi medido por um índice onde se valorizaram os parâmetros mais significativos. Estes resultados foram posteriormente aferidos com os de testes onde se procurou determinar o grau de identificação pelo público dos sinais acústicos portadores de sentido emocional em exemplos musicais cantados. Destes, foram seleccionados aqueles que atingiram os níveis de identificação acima de 90% e os inferiores a 50%, procedendo-se à análise dos parâmetros acústicos de segmentos particularmente relevantes extraídos desses exemplos, para definir aqueles que se mostraram decisivos para a escolha do público.

Biodiversity and molecular evolution of malacostraca

No actual cenário de perda acelerada de biodiversidade, o nosso conhecimento dos ecossistemas marinhos, apesar da sua extensão e complexidade, continua muito inferior ao dos ecossistemas terrestres. A classe Malacostraca (Arthropoda, Crustacea), um grupo dos mais representativos nos ecossistemas marinhos, apresenta um elevado nível de diversidade morfológica e ecológica, mas difícil sua identificação ao nível de espécie requer frequentemente a ajuda de especialistas em taxonomia. A utilização recente do “barcoding” (código de barras do ADN), revelou ser um método rápido e eficaz para a identificação de espécies em diversos grupos de metazoários, incluindo os Malacostraca. No âmbito desta tese foi construída uma base de dados de código de barras de ADN envolvendo 132 espécies de Malacostraca vários locais de amostragem no Atlântico Nordeste e Mediterrâneo. As sequências de ADN mitocondrial provenientes de 601 espécimes formaram, em 95% dos casos, grupos congruentes com as identificações baseadas em características morfológicas. No entanto, foi detectado polimorfismo em seis casos e a divergência intra-específica foi elevada em exemplares pertencentes a duas espécies morfológicas, sugerindo, neste caso, a ocorrência de especiação críptica. Este estudo confirma a utilidade do código de barras de ADN para a identificação de Malacostraca marinhos. Apesar do sucesso obtido, este método apresenta alguns problemas, como por exemplo a possível amplificação de pseudogenes. A ocorrência de pseudogenes e as possíveisabordagens para a detecção e resolução deste tipo de problemas são discutidas com base em casos de estudo: análises dos códigos de barras ADN na espécie Goneplax rhomboides (Crustacea, Decapoda). A análise dos códigos de barras ADN revelou ainda grupos prioritários de decápodes para estudos taxonómicos e sistemáticos, nomeadamente os decápodes dos géneros Plesionika e Pagurus. Neste âmbito são discutidas as relações filogenéticas entre espécies seleccionadas dos géneros Plesionika e Pagurus. Este trabalho aponta para várias questões no âmbito da biodiversidade e evolução molecular da classe Malacostraca que carecem de um maior esclarecimento, podendo ser considerado como a base para estudo futuros. Análises filogenéticas adicionais integrando dados morfológicos e moleculares de um maior número de espécies e de famílias deverão certamente conduzir a uma melhor avaliação da biodiversidade e da evolução dentro da classe.

Análise do risco de incêndios urbanos do município de Maputo em Moçambique

Tese de doutoramento, Território, Risco e Politícas Públicas, Universidade de Lisboa, Instituto de Geografia e Ordenamento do Território, Universidade de Aveiro, 2015

Detecting Adverse Events in Clinical Trial Free Text

Thesis (Master's)--University of Washington, 2013

Gene Network Inference using Machine Learning and Graph Algorithms on Big Biomedical Data

Thesis (Master's)--University of Washington, 2016-03

Consumer confidence indices and stock markets’ meltdowns

Consumer confidence indices (CCIs) are a closely monitored barometer of countries’ economic health and an informative forecasting tool. Using European and US data, we provide a case study of the two recent stock market meltdowns (the post-dotcom bubble correction of 2000–2002 and the 2007–2009 decline at the beginning of the financial crisis) to contribute to the discussion on their appropriateness as proxies for stock markets’ investor sentiment. Investor sentiment should positively covary with stock market movements (DeLong, Shleifer, Summers, and Waldmann 1990); however, we find that the CCI–stock market relationship is not universally positive.We also do not find support for the information effect documented in the previous literature, but identify a more subtle relationship between consumer expectations about future household finances and stock market fluctuations.

Necessidades de formação em educação para a saúde em contexto escolar: contributos para os currículos de enfermagem

Tese de Doutoramento, Educação (Desenvolvimento Curricular), 9 de Dezembro de 2013, Universidade dos Açores.