Aeromonas hydrophila flagella glycosylation: involvement of a lipid carrier.

Polar flagellin proteins from Aeromonas hydrophila strain AH-3 (serotype O34) were found to be O-glycosylated with a heterogeneous glycan. Mutants unable to produce WecP or Gne enzymes showed altered motility, and the study of their polar flagellin glycosylation showed that the patterns of glycosylation differed from that observed with wild type polar flagellin. This suggested the involvement of a lipid carrier in glycosylation. A gene coding for an enzyme linking sugar to a lipid carrier was identified in strain AH-3 (WecX) and subsequent mutation abolished completely motility, flagella production by EM, and flagellin glycosylation. This is the first report of a lipid carrier involved in flagella O-glycosylation. A molecular model has been proposed. The results obtained suggested that the N-acetylhexosamines are N-acetylgalactosamines and that the heptasaccharide is completely independent of the O34-antigen lipopolysaccharide. Furthermore, by comparing the mutants with differing degrees of polar flagellin glycosylation, we established their importance in A. hydrophila flagella formation and motility.

Role of Aeromonas hydrophila flagella glycosylation in adhesion to Hep-2 cells, biofilm formation and immune stimulation.

Polar flagellin proteins from Aeromonas hydrophila strain AH-3 (serotype O34) were found to be O-glycosylated with a heterogeneous heptasaccharide glycan. Two mutants with altered (light and strong) polar flagella glycosylation still able to produce flagella were previously obtained, as well as mutants lacking the O34-antigen lipopolysaccharide (LPS) but with unaltered polar flagella glycosylation. We compared these mutants, altogether with the wild type strain, in different studies to conclude that polar flagella glycosylation is extremely important for A. hydrophila adhesion to Hep-2 cells and biofilm formation. Furthermore, the polar flagella glycosylation is an important factor for the immune stimulation of IL-8 production via toll receptor 5 (TLR5).

Developing a new service business model for an industrial supplier

Project business companies are moving towards solution offering in order to avoid discontinuity of project business and to gain other advantages. An option to implement solution business could be BOOT (Build-Own-Operate-Transfer) business model where a company is given the responsibilities to design, finance, build, own, operate and maintain for example production facilities of a client. The contract is made for 10-30 years, the client pays the solution during this period of time and after contract termination the facilities are transferred to the ownership of the client. The purpose of this study was to provide knowledge about BOOT business model for the company in question and its employees and to create a settlement of the advantages, disadvantages and risks of it. Furthermore, one of the main objectives was to create a description of the network needed to run a BOOT project. The objectives were met through a literature study and an explorative case study with appropriate interviews. Based on this study, the company should be able to evaluate the applicability of BOOT business model to their business environment better.

The grammar of psychosis

This thesis is concerned with the philosophical grammar of certain psychiatric concepts, which play a central role in delineating the field of psychiatric work. The concepts studied are ‘psychosis’, ‘delusion’, ‘person’, ‘understanding’ and ‘incomprehensibility’. The purpose of this conceptual analysis is to provide a more perspicuous view of the logic of these concepts, how psychiatric work is constituted in relation to them, and what this tells us about the relationships between the conceptual and the empirical in psychiatric concepts. The method used in the thesis is indebted primarily to Ludwig Wittgenstein’s conception of philosophy, where we are urged to look at language uses in relation to practices in order to obtain a clearer overview of practices of interest; this will enable us to resolve the conceptual problems related to these practices. This questioning takes as its starting point the concept of psychosis, a central psychiatric concept during the twentieth century. The conceptual analysis of ‘psychosis’ shows that the concept is logically dependent on the concepts of ‘understanding’ and ‘person’. Following the lead found in this analysis, the logic of person-concepts in psychiatric discourse is analysed by a detailed textual analysis of a psychiatric journal article. The main finding is the ambiguous uses of ‘person’, enabling a specifically psychiatric form of concern in human affairs. The grammar of ‘understanding’ is then tackled from the opposite end, by exploring the logic of the concept of ‘incomprehensibility’. First, by studying the DSM-IV definition of delusion it is shown that its ambiguities boil down to the question of whether psychiatric practice is better accounted for in terms of the grammar of ‘incorrectness’ or ‘incomprehensibility’. Second, the grammar of ‘incomprehensibility’ is further focused on by introducing the distinction between positive and negative conceptions of ‘incomprehensibility’. The main finding is that this distinction has wide-ranging implications for our understanding of psychiatric concepts. Finally, some of the findings gained in these studies are ‘put into practice’ in studying the more practical question of the conceptual and ethical problems associated with the concept of ‘prodromal symptom of schizophrenia’ and the agenda of early detection and intervention in schizophrenia more generally.

Apolipoprotein E and Recovery from Traumatic Brain Injury

The outcome from traumatic brain injury (TBI) is variable and only partly explained by known prognostic factors. This is especially true for predicting long-term outcome. Genetic factors may influence the brain`s susceptibility to injury or capacity for repair and regeneration. To examine the association of apolipoproteinE (apoE) genotype with long-term outcome, hippocampal volumes and general brain atrophy, we determined the apoE genotype from 61 TBI patients who had been injured over on average 31 years earlier. The long-term outcome was evaluated with repeated neuropsychological testing and by applying various measures of everyday functioning and quality of life. Magnetic resonance imaging (MRI) based volumetric analyses of the hippocampus and lateral ventricles were performed. In the prospective study, the purpose was to examine the association between apoE genotype and visibility of traumatic brain lesions during the first year after TBI and the ability of apoE genotype, the Glasgow Coma Score (GCS), MRI findings and duration of posttraumatic amnesia (PTA) to predict the one-year outcome. Thirty-three patients with TBI were studied and the outcome was evaluated with the Head Injury Symptom Checklist (HISC) and the Glasgow Outcome Scale extended version (GOS-E) scores one year after the injury. MRI and apoE genotyping were carried out. After three decades, neither hippocampal nor lateral ventricle volumes differed significantly in those patients with the apoE ε4 allele vs those without this allele, but the TBI patients with the apoE ε4 allele showed significantly poorer general cognitive level than those without this allele. This decline was wholly accounted for by a subgroup of patients who had developed incident or clinical dementia. In the prospective study the apoE genotype was not associated with visible MRI changes or outcome. The duration of PTA and acute MRI were the best predictors of one-year outcome in TBI. A portion of the TBI patients with the apoE ε4 allele seem to be at risk of long-term cognitive decline. This association may involve mechanisms other than those responsible for the development of brain atrophy. The early MRI and PTA have an important role in assessing the injury severity and prognosis.

Näkökulmia kielen oppimisen käytäntöihin. Turun yliopiston kielikeskus 30 vuotta - Perspectives on Language Learning in Practice. University of Turku Language Centre 30-year Celebration

Tämä julkaisu ilmestyy Turussa 18.–19.5.2009 järjestettävien valtakunnallisten kielikeskuspäivien yhteydessä. Turun yliopiston kielikeskus viettää samaan aikaan 30-vuotisjuhlaansa. Erään luokittelun mukaan 30–45-vuotias elää varsinaista keski-ikäänsä, kun taas joissakin katsotaan, että 28–35 vuoden ikä on vasta ns. jäsentymisen vaihe ja että varhainenkin keski-ikä sijoittuu vasta ikävuosiin 35–42. Voitaneen siis sanoa, että kielikeskus on ainakin ohittanut nuoruusvuodet ja on jäsentymässä tai siirtymässä keski-ikään. Tämä tuo mukanaan tietynlaista kypsymistä, itsensä varaan asettumista, imagon ja profiilin vakiintumista. Tähän kasvuun saattaa liittyä myös jonkinlainen aikuistumisen kriisi. Sen myötä kuitenkin ymmärrys lisääntyy ja oman paikan rakentaminen yliopistoyhteisössä voimistuu. Arvo- ja ajatusmaailmaan tulee uusia kehityspiirteitä: olemassaolon ja toiminnan syvemmät perustelut, illuusioiden väheneminen, hallinnan tunne, tyydytys onnistuneesta toiminnasta ja realistinen voiman tunto. Laitos esittäytyy julkaisussa 13 kirjoituksen välityksellä. Tekstit ovat sisällöltään ja käsittelytavaltaan hyvin erilaisia, mutta juuri sellaisina ne valottavat monipuolisesti laitoksen ja sen henkilökunnan toimintaa ja tuntemuksia. Kuvaukset valaisevat laitoksen erikoisluonnetta ja kuvailevat henkilökunnan erilaisia tehtäviä. Kielikeskus paljastuu dynaamisemmaksi ja heterogeenisemmaksi yksiköksi kuin ensi silmäyksellä saattaa luulla, mutta juuri siinä piilee sen voima ja rikkaus. Juhlakirjaan toivottiin kirjoituksia kielikeskuksen opetukseen tai toimintaan liittyvistä aiheista. Kirjaan sisältyy selontekojen ja kuvausten lisäksi muutamia tiukan tieteellisiä artikkeleita. Joukossa on myös joitakin esseitä, jotka koskettelevat kielen ja kulttuurin välisiä suhteita ja luovat katsauksia kielikeskuksen monikulttuuriseen arkeen. Useassa kirjoituksessa käsitellään kielipedagogisia ja -didaktisia kysymyksiä. Erityisesti tulee esiin kielikeskuksessa viime vuosina tehty uudistustyö opetuksen ja oppimisedellytysten parantamiseksi. Samalla kun muun muassa opetusteknologiaa ja kielen oppimisen käytäntöjä virtuaalisissa oppimisympäristöissä on kehitetty, opettajan rooli on muovautunut uudentyyppiseksi: perinteisen opetushenkilöstön ja muun henkilökunnan tehtävät ja toimenkuva ovat selvästi lähentyneet toisiaan. Tämä suuntaus on jatkunut jo kauan ja jatkunee tulevaisuudessakin. Kolmekymmentä viime vuotta ovat olleet yliopistossa erittäin nopean muutoksen aikaa. Tämä on näkynyt erityisesti kielikeskuksen toiminnan laajenemisessa ja kehityksessä, joissa tosin on ollut notkahduksiakin. Varsinkin nopea kansainvälistyminen, Euroopan yhteisön laajentuminen ja koko maailman avautuminen ovat tuoneet mukanaan uusia haasteita, joihin kielikeskus on heti tarttunut: kielivalikoimaa on laajennettava, kielitaitoa kohennettava ja erilaisia kulttuureja tunnettava ja ymmärrettävä syvällisemmin. Turun yliopiston kielikeskus pyrkii omalta osaltaan täyttämään nämä velvoitteet ja luomaan toiminnallaan mahdollisimman hyvät edellytykset yliopiston kansainvälistymiselle. Nämä seikat on otettu huomioon laitoksen toimintalinjojen suunnittelussa ja kehittämisessä. Kieli-ja viestintäopintojen rakenteiden uudistamista jatketaan yhteistyössä tiedekuntien kanssa. Opintojen valinnaisuutta ja vapaaehtoisuutta pyritään lisäämään sekä turvaamaan kielivalintojen monipuolisuus ja kieliosaamisen laajaalaisuus resurssien mukaan. Toimintaa kehitetään niin, että siinä otetaan entistä paremmin huomioon yhteiskunnan monikulttuuristuminen ja Euroopan komission tavoite, jonka mukaan jokaisen EU- kansalaisen tulisi osata oman äidinkielensä lisäksi vähintään kahta yhteisön kieltä. Samalla otetaan huomioon globalisaation tuomat uudet haasteet tukemalla tärkeimpien Euroopan yhteisön ulkopuolisten kielten opetusta (mm. venäjä, kiina, japani, arabia). Edelleen kielikeskus seuraa tarkoin keskustelua Suomen kielikoulutuspolitiikan perusteista ja tavoitteista ja ottaa toimintansa suunnittelussa huomioon valtakunnalliset suositukset Suomen kielikoulutuksen uudistamiseksi vastaamaan nykypäivän ja tulevaisuuden tarpeita ja tavoitteita. Se että kielikeskus on viime vuosina selvästikin vakiinnuttanut asemansa yliopiston strategisesti tärkeänä yksikkönä, ei tarkoita sitä, että nyt voitaisiin turvautua pelkästään vanhoihin toimintamalleihin ja rutiineihin. Päinvastoin, koko maailmassa, suomalaisessa yhteiskunnassa ja yliopistojen toiminnassa tapahtuneet ja tapahtuvat suuret muutokset edellyttävät kielikeskustoimintojen vireää kehittämistä ja uudistusmieltä. Laitos onkin ilmoittanut tulossopimuksessaan tukevansa opetuskokeiluja ja innovatiivisia ratkaisuja. Opettajajohtoisen opetuksen ohella on voimakkaasti kehitetty myös ohjattua itseopiskelua, monimuotoopetusta sekä vaihtoehtoisia ja uudentyyppisiä oppimismuotoja. Uutta opetusteknologiaa käytetään tehokkaasti hyväksi ja kehitetään edelleen. Opetuksessa ja ohjauksessa käytetään suomalaisten ja ulkomaisten opiskelijoiden työpanosta. Laitoksen suunnittelu- ja kehittämistyössä opiskelijat ovat toimineet viime vuosina aktiivisesti ja ansiokkaasti: yhteistyö ylioppilaskunnan kanssa toimii erinomaisesti, ja sitä on tarkoitus vielä tehostaa. Laitos on saanut runsaasti kiitosta korkealaatuisesta toiminnastaan: muun muassa v. 1998 ja 2008 Turun yliopiston vuoden opettajan palkinnon, v. 1999 Turun yliopiston parhaan koulutusyksikön palkinnon ja v. 2007 vuoden opintojaksopalkinnon. On toivottavaa, että tämä tuloksellinen työ jatkuisi ja entisestäänkin paranisi tulevina vuosina. Hyvät tulokset on saavutettu kovilla ponnistuksilla ja tiukalla sitoutumisella työhön. Aina se ei ole ollut aivan helppoa nopeiden muutosten myllerryksessä, tiukentuneessa resurssitilanteessa ja vaatimusten ja odotusten ristiriidoissa. Toivon, että pääosin hyvin sujunut yhteistyö yliopiston johdon, tiedekuntien ja opiskelijoiden kanssa sekä henkilökunnan keskuudessa voisi säilyä ja kehittyä ja että alkava vuosikymmen kielikeskuksen historiassa voisi olla entistä parempi. Hyvä yhteistyö on hyvien tulosten edellytys. Suurten uudistusten vuosi 2010 sisältää mahdollisuuden parempaan, mutta se on samalla myös riski ehkä hyvinkin paljon muuttuvassa toimintaympäristössä. Lainaan lopuksi roomalaisen historioitsijan Sallustiuksen sanat: Concordia res parvae crescunt, discordia maximae dilabuntur. Yksimielisyys saa pienetkin asiat kukoistamaan, eripura suuretkin tuhoaa. Turun yliopistolla on hyvä kielikeskus, jota kannattaa vaalia ja tukea. Kiitän kaikkia kirjoittajia ja juhlajulkaisun toimittajia Minna Maijalaa, Timo Hulkkoa ja Jane Honkaa tämän julkaisun synnystä. Samoin esitän kiitokset kielikeskuksen kirjallisen viestinnän lehtoreille, Markus Lahdelle ja Arja Lampiselle, jot ka ovat nähneet vaivaa tekstien kielellisinä korjaajina. Koko kielikeskuksen nykyistä ja aikaisempaa henkilökuntaa kiitän työstä, jota laitoksen hyväksi on tehty kuluneiden 30 vuoden aikana. Erityisen kiitoksen ansaitsee laitoksen juhlatoimikunta kaikista juhlavuoden järjestelyistä.

Structure and dynamics of the membrane attaching nitric oxide transporter nitrophorin 7

Nitrophorins represent a unique class of heme proteins that are able to perform the delicate transportation and release of the free-radical gaseous messenger nitric oxide (NO) in a pH-triggered manner. Besides its ability to bind to phospholipid membranes, the N-terminus contains an additional Leu-Pro-Gly stretch, which is a unique sequence trait, and the heme cavity is significantly altered with respect to other nitrophorins. These distinctive features encouraged us to solve the X-ray crystallographic structures of NP7 at low and high pH and bound with different heme ligands (nitric oxide, histamine, imidazole). The overall fold of the lipocalin motif is well preserved in the different X-ray structures and resembles the fold of other nitrophorins. However, a chain-like arrangement in the crystal lattice due to a number of head-to-tail electrostatic stabilizing interactions is found in NP7. Furthermore, the X-ray structures also reveal ligand-dependent changes in the orientation of the heme, as well as in specific interactions between the A-B and G-H loops, which are considered to be relevant for the biological function of nitrophorins. Fast and ultrafast laser triggered ligand rebinding experiments demonstrate the pH-dependent ligand migration within the cavities and the exit route. Finally, the topological distribution of pockets located around the heme as well as from inner cavities present at the rear of the protein provides a distinctive feature in NP7, so that while a loop gated exit mechanism to the solvent has been proposed for most nitrophorins, a more complex mechanism that involves several interconnected gas hosting cavities is proposed for NP7.

Osakekurssin reagointi tulosvaroitukseen nousu- ja laskumarkkinoilla

Tutkimuksen tavoitteena on selvittää tapahtuuko tulosvaroituksen yhteydessä yli- tai alireagointia nousu- ja laskumarkkinoiden aikana. Tutkimus tehdään tapahtumatutkimuksena, jossa tarkoituksena on tutkia osakkeiden epänormaaleja tuottoja tulosvaroituspäivän ympärillä. Tapahtumaikkunan pituus on yhteensä 11 päivää [-5, +5]. Aineisto koostuu Helsingin pörssin OMXH25 indeksin yritysten julkaisemista tulosvaroituksista vuosien 1997–2009 välillä. Tälle aikavälille osuu 200 päivän liukuvalla keskiarvolla mitattuna kaksi nousu- ja kaksi laskumarkkinaa. Tutkimuksessa ei havaittu selvää yli- tai alireagointia nousu- tai laskumarkkinoilla. Sen sijaan tietty säännöllisyys reagoinnissa tulosvaroituksiin löydettiin: Nousumarkkinoilla, tulosvaroituspäivän jälkeen näkyy selvä positiivinen tuotto kahden päivän ajalta tulosvaroituksen jälkeen, riippumatta siitä onko kyseessä positiivinen vai negatiivinen tulosvaroitus. Vastaavasti laskumarkkinoilla löydettiin selvä negatiivinen epänormaali tuotto kahden päivän ajalta tulosvaroituksen jälkeen.

Kaukolämpöverkon lämpöhäviöt putkijatkoksissa

Työssä käsitellään kaukolämpöverkon putkijatkosten lämpöhäviöiden vaikutusta DN500 runkolinjan kokonaislämpöhäviöihin.

Probing quantum gravity using photons from a flare of the active galactic nucleus Markarian 501 observed by the MAGIC telescope

We analyze the timing of photons observed by the MAGIC telescope during a flare of the active galactic nucleus Mkn 501 for a possible correlation with energy, as suggested by some models of quantum gravity (QG), which predict a vacuum refractive index similar or equal to 1 + (E/M-QGn)(n), n = 1, 2. Parametrizing the delay between gamma-rays of different energies as Delta t = +/-tau E-1 or Delta t = +/-tau E-q(2), we find tau(1) = (0.030 +/- 0.012) s/GeV at the 2.5-sigma level, and tau(q) = (3.71 +/- 2.57) x 10(-6) s/GeV2, respectively. We use these results to establish lower limits M-QG1 > 0.21 X 10(18) GeV and M-QG2 > 0.26 x 10(11) GeV at the 95% C.L. Monte Carlo studies confirm the MAGIC sensitivity to propagation effects at these levels. Thermal plasma effects in the source are negligible, but we cannot exclude the importance of some other source effect.

Theologie, Konfession und Kultur

Kirjallisuusarvostelu

Lääketieteen arvovalta ja epistemologinen rehellisyys

Keskustelua