Morphological, hydrological, biogeochemical and ecological changes and challenges in river restoration - the Thur River case study

River restoration can enhance river dynamics, environmental heterogeneity and biodiversity, but the underlying processes governing the dynamic changes need to be understood to ensure that restoration projects meet their goals, and adverse effects are prevented. In particular, we need to comprehend how hydromorphological variability quantitatively relates to ecosystem functioning and services, biodiversity as well as ground-and surface water quality in restored river corridors. This involves (i) physical processes and structural properties, determining erosion and sedimentation, as well as solute and heat transport behavior in surface water and within the subsurface; (ii) biogeochemical processes and characteristics, including the turnover of nutrients and natural water constituents; and (iii) ecological processes and indicators related to biodiversity and ecological functioning. All these aspects are interlinked, requiring an interdisciplinary investigation approach. Here, we present an overview of the recently completed RECORD (REstored CORridor Dynamics) project in which we combined physical, chemical, and biological observations with modeling at a restored river corridor of the perialpine Thur River in Switzerland. Our results show that river restoration, beyond inducing morphologic changes that reshape the river bed and banks, triggered complex spatial patterns of bank infiltration, and affected habitat type, biotic communities and biogeochemical processes. We adopted an interdisciplinary approach of monitoring the continuing changes due to restoration measures to address the following questions: How stable is the morphological variability established by restoration? Does morphological variability guarantee an improvement in biodiversity? How does morphological variability affect biogeochemical transformations in the river corridor? What are some potential adverse effects of river restoration? How is river restoration influenced by catchment-scale hydraulics [GRAPHICS] and which feedbacks exist on the large scale? Beyond summarizing the major results of individual studies within the project, we show that these overarching questions could only be addressed in an interdisciplinary framework.

Integration of Economics into Life Cycle Assessment in the Finnish Pulp and Paper Industry

Taloudellisen laskennan yhdistäminen elinkaariarviointiin (LCA) on alkanut kiinnostaa eri teollisuuden aloja maailmanlaajuisesti viime aikoina. Useat LCA-tietokoneohjelmat sisältävät kustannuslaskentaominaisuuksia ja yksittäiset projektit ovat yhdistäneet ympäristö- ja talouslaskentamenetelmiä. Tässä projektissa tutkitaan näiden yhdistelmien soveltuvuutta suomalaiselle sellu- ja paperiteollisuudelle, sekä kustannuslaskentaominaisuuden lisäämistä KCL:n LCA-ohjelmaan, KCL-ECO 3.0:aan. Kaikki tutkimuksen aikana löytyneet menetelmät, jotka yhdistävät LCA:n ja taloudellista laskentaa, on esitelty tässä työssä. Monet näistä käyttävät elinkaarikustannusarviointia (LCCA). Periaatteessa elinkaari määritellään eri tavalla LCCA:ssa ja LCA:ssa, mikä luo haasteita näiden menetelmien yhdistämiselle. Sopiva elinkaari tulee määritellä laskennan tavoitteiden mukaisesti. Työssä esitellään suositusmenetelmä, joka lähtee suomalaisen sellu- ja paperiteollisuuden erikoispiirteistä. Perusvaatimuksena on yhteensopivuus tavanomaisesti paperin LCA:ssa käytetyn elinkaaren kanssa. Menetelmän yhdistäminen KCL-ECO 3.0:aan on käsitelty yksityiskohtaisesti.

Web-palvelut ja niiden käyttö tietojärjestelmän rajapintojen toteutuksessa.

Työssä luodaan yleiskuva Web-palvelut -tekniikasta ja toteutetaan sen avulla kahden tietojärjestelmän integrointi. Web-palvelut on uusi toteutustekniikasta riippumaton lähestymistapa tietojärjestelmien integrointiin, organisaatioiden väliseen sähköiseen liiketoimintaan ja sovelluslogiikan hajautukseen. Työssä keskitytään Web-palveluiden alemman tason perusteknologioiden (SOAP, WSDL ja UDDI) tarkasteluun. Työn teoriaosassa määritellään Web-palvelut ja kuvataan Web-palveluiden arkkitehtuuri sekä arkkitehtuurin toteuttavat standardit. Soveltavassa osassa toteutetaan kahden tietojärjestelmän integrointi Web-palveluiden avulla. Web-palveluiden käyttöä ja luontia helpottamaan toteutettiin yleiskäyttöinen komponentti, jota voidaan käyttää myöhemmin muissa vastaavissa projekteissa. Työssä tarkastellaan Web-palveluiden käytettävyyttä organisaation tietojärjestelmien sisäisessä integroinnissa ja sovelluslogiikan hajautuksessa. Tarkastelun tuloksena todetaan, että Web-palvelut on tällä hetkellä keskeneräinen tekniikka ja soveltuu toistaiseksi vain yksinkertaisten ongelmien ratkaisemiseen. Tulevaisuudessa Web-palveluilla on kuitenkin edellytykset yleistyä sekä integroinnin että sovelluslogiikan hajautuksen perustekniikkana.

Neck Muscle Function and Adolescent Headache

Muscular function of the neck region may be of importance for the etiology of headache, especially of tension-type headache. However, very few data exist on the association of neck muscle function with different types of headache in adolescents. The main aim of the study was to examine the association of neck muscle function with adolescent headache. The associations between leisure time activities, endurance strength of the upper extremities (UE endurance) and mobility of the neck-shoulder region and adolescent headache were studied. In addition, the associations of force production, EMG/force ratio, co-activation and fatigue characteristics, and cross-sectional area (CSA) of neck muscles with adolescent headache were studied. The study is part of a population-based cohort study of 12-year-old children with and without headache. The study had five phases (years 1998-2003). At the age of 13 years, a sample of 183 adolescents (183/311) participated in endurance strength and mobility measurements of the neck-shoulder region. In addition, the type and level of physical and other leisure activity were elicited with open and structured questions. At the age of 17 years, a random sample of 89 adolescents (89/202) participated in force and EMG measurements of the neck-shoulder muscles. In addition, at the age of 17 years, a sample of 65 adolescents (65/89) participated in CSA measurements of the neck muscles. At the age of 13 years, intensive participation in overall sports activity was associated with migraine. Frequent computer use was associated both with migraine and tension-type headache. The type of sports or other leisure activity classified them on the basis of body loading was not associated with headache type. In girls, low UE endurance of both sides, and low cervical rotation of the dominant side, were associated with tension-type headache, and low UE endurance of non-dominant side with migraine. In boys, no associations occurred between UE endurance and mobility variables and headache types. At the age of 17 years, in girls, high EMG/force ratios between the EMG of the left agonist sternocleidomastoid muscle (SCM) and maximal neck flexion and neck rotation force to the right side as well as high co-activation of right antagonist cervical erector spinae (CES) muscles during maximal neck flexion force were associated with migraine-type headache. In girls, neck force production was not associated with headache types but low left shoulder flexion force was associated with tension-type headache. In boys, no associations were found between EMG and force variables and headache. Increased SCM muscles fatigue of both sides was associated with tension-type headache. In boys, the small CSA of the right SCM muscle and, in girls, of combined right SCM and scalenus muscles was associated with tension-type headache. Similarly, in boys, the large CSA of the right SCM muscle, of the combined right SCM and scalenus muscles, of the left semispinalis capitis muscle, of the combined left semispinalis and splenius muscles was associated with migraine. No other differences in the CSA of neck flexion or extension muscles were found. Differences in the neuromucular function of the neck-shoulder muscles were associated with adolescent headache, especially in girls. Differences in the cross-sectional area of unilateral neck muscles were associated with headache, especially in boys. Differences in the neuromuscular function and in the cross-sectional area of the neck muscles also occurred between different types of headache. It remains to be established whether the findings are primary or secondary to adolescent migraine and tension headache. Keywords: adolescent, cross-sectional area, electromyography, endurance strength, fatigue, force, headache, leisure time activity, migraine, mobility, neck muscles, tension-type headache

Characterization of local and systemic immune-modulation in melanoma patients

Le mélanome cutané est un des cancers les plus agressifs et dont l'incidence augmente le plus en Suisse. Une fois métastatique, le pronostic de survie moyenne avec les thérapies actuelles est d'environ huit mois, avec moins de 5% de survie à cinq ans. Les récents progrès effectués dans la compréhension de la biologie de la cellule tumorale mais surtout dans l'importance du système immunitaire dans le contrôle de ce cancer ont permis le développement de nouveaux traitements novateurs et prometteurs. Ces thérapies, appelées immunothérapies, reposent sur la stimulation et l'augmentation de la réponse immunitaire à la tumeur. Alors que les derniers essais cliniques ont démontré l'efficacité de ces traitements chez les patients avec des stades avancés de la maladie, le contrôle de la maladie à long- terme est seulement atteint chez une minorité des patients. La suppression locale et systémique de la réponse immunitaire spécifique anti-tumorale apparaitrait comme une des raisons expliquant la persistance d'un mauvais pronostic clinique chez ces patients. Des études sur les souris ont montré que les vaisseaux lymphatiques joueraient un rôle primordial dans ce processus en induisant une tolérance immune, ce qui permettrait à la tumeur d'échapper au contrôle du système immunitaire et métastatiser plus facilement. Ces excitantes découvertes n'ont pas encore été établi et prouvé chez l'homme. Dans cette thèse, nous montrons pour la première fois que les vaisseaux lymphatiques sont directement impliqués dans la modulation de la réponse immunitaire au niveau local et systémique dans le mélanome chez l'homme. Ces récentes découvertes montrent le potentiel de combiner des thérapies visant le système lymphatique avec les immunothérapies actuellement utilisées afin d'améliorer le pronostic des patients atteint du mélanome. -- Cutaneous melanoma is one of the most invasive and metastatic human cancers and causes 75% of skin cancer mortality. Current therapies such as surgery and chemotherapy fail to control metastatic disease, and relapse occurs frequently due to microscopic residual lesions. It is, thus, essential to develop and optimize novel therapeutic strategies to improve curative responses in these patients. In recent decades, tumor immunologists have revealed the development of spontaneous adaptive immune responses in melanoma patients, leading to the accumulation of highly differentiated tumor-specific T cells at the tumor site. This remains one of the most powerful prognostic markers to date. Immunotherapies that augment the natural function of these tumor-specific T cells have since emerged as highly attractive therapeutic approaches to eliminate melanoma cells. While recent clinical trials have demonstrated great progress in the treatment of advanced stage melanoma, long-term disease control is still only achieved in a minority of patients. Local and systemic immune suppression by the tumor appears to be responsible, in part, for this poor clinical evolution. These facts underscore the need for a better analysis and characterization of immune- related pathways within the tumor microenvironment (TME), as well as at the systemic level. The overall goal of this thesis is, thus, to obtain greater insight into the complexity and heterogeneity of the TME in human melanoma, as well as to investigate immune modulation beyond the TME, which ultimately influences the immune system throughout the whole body. To achieve this, we established two main objectives: to precisely characterize local and systemic immune modulation (i) in untreated melanoma patients and (ii) in patients undergoing peptide vaccination or checkpoint blockade therapy with anti-cytotoxic T- lymphocyte-asisctaed protein-4 (CTLA-4) antibody. In the first and main part of this thesis, we analyzed lymphatic vessels in relation to anti-tumor immune responses in tissues from vaccinated patients using a combination of immunohistochemistry (IHC) techniques, whole slide scanning/analysis, and an automatic quantification system. Strikingly, we found that increased lymphatic vessel density was associated with high expression of immune suppressive molecules, low functionality of tumor-infiltrating CD8+ T cells and decreased cytokine production by tumor-antigen specific CD8+ T cells in the blood. These data revealed a previously unappreciated local and systemic role of lymphangiogenesis in modulating T cell responses in human cancer and support the use of therapies that target lymphatic vessels combined with existing and future T cell based therapies. In the second objective, we describe a metastatic melanoma patient who developed pulmonary sarcoid-like granulomatosis following repetitive vaccination with peptides and CpG. We demonstrated that the onset of this pulmonary autoimmune adverse event was related to the development of a strong and long-lasting tumor-specific CD8+ T cell response. This constitutes the first demonstration that a new generation tumor vaccine can induce the development of autoimmune adverse events. In the third objective, we assessed the use of Fourier Transform Infrared (FTIR) imaging to identify melanoma cells and lymphocyte subpopulations in lymph node (LN) metastasis tissues, thanks to a fruitful collaboration with researchers in Brussels. We demonstrated that the different cell types in metastatic LNs have different infrared spectral features allowing automated identification of these cells. This technic is therefore capable of distinguishing known and novel biological features in human tissues and has, therefore, significant potential as a tool for histopathological diagnosis and biomarker assessment. Finally, in the fourth objective, we investigated the role of colony- stimulating factor-1 (CSF-1) in modulating the anti-tumor response in ipilimumab-treated patients using IHC and in vitro co-cultures, revealing that melanoma cells produce CSF-1 via CTL-derived cytokines when attacked by cytotoxic T lymphocytes (CTLs), resulting in the recruitment of immunosuppressive monocytes. These findings support the combined use of CSF-1R blockade with T cell based immunotherapy for melanoma patients. Taken together, our results reveal the existence of novel mechanisms of immune modulation and thus promote the optimization of combination immunotherapies against melanoma. -- Le mélanome cutané est un des cancers humains les plus invasifs et métastatiques et est responsable de 75% de la mortalité liée aux cancers de la peau. Les thérapies comme la chirurgie et la chimiothérapie ont échoué à contrôler le mélanome métastatique, par ailleurs les rechutes sous ces traitements ont été montrées fréquentes. Il est donc essentiel de développer et d'optimiser de nouvelles stratégies thérapeutiques pour améliorer les réponses thérapeutiques de ces patients. Durant les dernières décennies, les immunologistes spécialisés dans les tumeurs ont démontré qu'un patient atteint du mélanome pouvait développer spontanément une réponse immune adaptative à sa tumeur et que l'accumulation de cellules T spécifiques tumorales au sein même de la tumeur était un des plus puissants facteurs pronostiques. Les immunothérapies qui ont pour but d'augmenter les fonctions naturelles de ces cellules T spécifiques tumorales ont donc émergé comme des approches thérapeutiques très attractives pour éliminer les cellules du mélanome. Alors que les derniers essais cliniques ont démontré un progrès important dans le traitement des formes avancées du mélanome, le contrôle de la maladie à long-terme est seulement atteint chez une minorité des patients. La suppression immune locale et systémique apparaitrait comme une des raisons expliquant la persistance d'un mauvais pronostic clinique chez ces patients. Ces considérations soulignent la nécessité de mieux analyser et caractériser les voies immunitaires non seulement au niveau local dans le microenvironement tumoral mais aussi au niveau systémique dans le sang des patients. Le but de cette thèse est d'obtenir une plus grande connaissance de la complexité et de l'hétérogénéité du microenvironement tumoral dans les mélanomes mais aussi d'investiguer la modulation immunitaire au delà du microenvironement tumoral au niveau systémique. Afin d'atteindre ce but, nous avons établi deux objectifs principaux : caractériser précisément la modulation locale et systémique du système immunitaire (i) chez les patients atteints du mélanome qui n'ont pas reçu de traitement et (ii) chez les patients qui ont été traités soit par des vaccins soit par des thérapies qui bloquent les points de contrôles. Dans la première et majeure partie de cette thèse, nous avons analysé les vaisseaux lymphatiques en relation avec la réponse immunitaire anti-tumorale dans les tissus des patients vaccinés grâce à des techniques d'immunohistochimie et de quantification informatisé et automatique des marquages. Nous avons trouvé qu'une densité élevée de vaisseaux lymphatiques dans la tumeur était associée à une plus grande expression de molécules immunosuppressives ainsi qu'à une diminution de la fonctionnalité des cellules T spécifiques tumoral dans la tumeur et dans le sang des patients. Ces résultats révèlent un rôle jusqu'à là inconnu des vaisseaux lymphatiques dans la modulation directe du système immunitaire au niveau local et systémique dans les cancers de l'homme. Cette recherche apporte finalement des preuves du potentiel de combiner des thérapies visant le système lymphatique avec des autres immunothérapies déjà utilisées en clinique. Dans le second objectif, nous rapportons le cas d'un patient atteint d'un mélanome avec de multiples métastases qui a développé à la suite de plusieurs vaccinations répétées et consécutives avec des peptides et du CpG, un évènement indésirable sous la forme d'une granulomatose pulmonaire sarcoid-like. Nous avons démontré que l'apparition de cet évènement était intimement liée au développement d'une réponse immunitaire durable et spécifique contre les antigènes de la tumeur. Par là- même, nous prouvons pour la première fois que la nouvelle génération de vaccins est aussi capable d'induire des effets indésirables auto-immuns. Pour le troisième objectif, nous avons voulu savoir si l'utilisation de la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) était capable d'identifier les cellules du mélanome ainsi que les différents sous-types cellulaires dans les ganglions métastatiques. Grâce à nos collaborateurs de Bruxelles, nous avons pu établir que les diverses composantes cellulaires des ganglions atteints par des métastases du mélanome présentaient des spectres infrarouges différents et qu'elles pouvaient être identifiées d'une façon automatique. Cette nouvelle technique permettrait donc de distinguer des caractéristiques biologiques connues ou nouvelles dans les tissus humains qui auraient des retombées pratiques importantes dans le diagnostic histopathologique et dans l'évaluation des biomarqueurs. Finalement dans le dernier objectif, nous avons investigué le rôle du facteur de stimulation des colonies (CSF-1) dans la modulation de la réponse immunitaire anti-tumorale chez les patients qui ont été traités par l'Ipilimumab. Nos expériences in vivo au niveau des tissus tumoraux et nos co-cultures in vitro nous ont permis de démontrer que les cytokines secrétées par les cellules T spécifiques anti-tumorales induisaient la sécrétion de CSF-1 dans les cellules du mélanome ce qui résultait en un recrutement de monocytes immunosuppresseurs. Dans son ensemble, cette thèse révèle donc l'existence de nouveaux mécanismes de modulation de la réponse immunitaire anti-tumorale et propose de nouvelles optimisations de combinaison d'immunothérapies contre le mélanome.

Combining T2-preparation with spectral and spatial selectivity for improved coronary MRA

Cardiovascular disease is the leading cause of death worldwide. Within this subset, coronary artery disease (CAD) is the most prevalent. Magnetic resonance angiography (MRA) is an emerging technique that provides a safe, non-invasive way of assessing CAD progression. To generate contrast between tissues, MR images are weighted according to the magnetic properties of those tissues. In cardiac MRI, T2 contrast, which is governed by the rate of transverse signal loss, is often created through the use of a T2-Preparation module. T2-Preparation, or T2-Prep, is a magnetization preparation scheme used to improve blood/myocardium contrast in cardiac MRI. T2-Prep methods generally use a non-selective +90°, 180°, 180°, -90° train of radiofrequency (RF) pulses (or variant thereof), to tip magnetization into the transverse plane, allow it to evolve, and then to restore it to the longitudinal plane. A key feature in this process is the combination of a +90° and -90° RF pulse. By changing either one of these, a mismatch occurs between signal excitation and restoration. This feature can be exploited to provide additional spectral or spatial selectivity. In this work, both of these possibilities are explored. The first - spectral selectivity - has been examined as a method of improving fat saturation in coronary MRA. The second - spatial selectivity - has been examined as a means of reducing imaging time by decreasing the field of view, and as a method of reducing artefacts originating from the tissues surrounding the heart. Two additional applications, parallel imaging and self-navigation, are also presented. This thesis is thus composed of four sections. The first, "A Fat Signal Suppression for Coronary MRA at 3T using a Water-Selective Adiabatic T2-Preparation Technique", was originally published in the journal Magnetic Resonance in Medicine (MRM) with co-authors Ruud B. van Heeswijk and Matthias Stuber. The second, "Combined T2-Preparation and 2D Pencil Beam Inner Volume Selection", again with co-authors Ruud van Heeswijk and Matthias Stuber, was also published in the journal MRM. The third, "A cylindrical, inner volume selecting 2D-T2-Prep improves GRAPPA-accelerated image quality in MRA of the right coronary artery", written with co-authors Jerome Yerly and Matthias Stuber, has been submitted to the "Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance", and the fourth, "Combined respiratory self-navigation and 'pencil-beam' 2D-T2 -Prep for free-breathing, whole-heart coronary MRA", with co¬authors Jerome Chaptinel, Giulia Ginami, Gabriele Bonanno, Simone Coppo, Ruud van Heeswijk, Davide Piccini, and Matthias Stuber, is undergoing internal review prior to submission to the journal MRM. -- Les maladies cardiovasculaires sont la cause principale de décès dans le monde : parmi celles-ci, les maladies coronariennes sont les plus répandues. L'angiographie par résonance magnétique (ARM) est une technique émergente qui fournit une manière sûre, non invasive d'évaluer la progression de la coronaropathie. Pour obtenir un contraste entre les tissus, les images d'IRM sont pondérées en fonction des propriétés magnétiques de ces tissus. En IRM cardiaque, le contraste en T2, qui est lié à la décroissance du signal transversal, est souvent créé grâce à l'utilisàtion d'un module de préparation T2. La préparation T2, ou T2-Prep, est un système de préparation de l'aimantation qui est utilisé pour améliorer le contraste entre le sang et le myocarde lors d'une IRM cardiaque. Les méthodes de T2-Prep utilisent généralement une série non-sélective d'impulsions de radiofréquence (RF), typiquement [+ 90°, 180°, 180°, -90°] ou une variante, qui bascule l'aimantation dans le plan transversal, lui permet d'évoluer, puis la restaure dans le plan longitudinal. Un élément clé de ce processus est la combinaison des impulsions RF de +90° et -90°. En changeant l'une ou l'autre des impulsions, un décalage se produit entre l'excitation du signal et de la restauration. Cette fonction peut être exploitée pour fournir une sélectivité spectrale ou spatiale. Dans cette thèse, les deux possibilités sont explorées. La première - la sélectivité spectrale - a été examinée comme une méthode d'améliorer la saturation de la graisse dans l'IRM coronarienne. La deuxième - la sélectivité spatiale - a été étudiée comme un moyen de réduire le temps d'imagerie en diminuant le champ de vue, et comme une méthode de réduction des artefacts provenant des tissus entourant le coeur. Deux applications supplémentaires, l'imagerie parallèle et la self-navigation, sont également présentées. Cette thèse est ainsi composée de quatre sections. La première, "A Fat Signal Suppression for Coronary MRA at 3T using a Water-Selective Adiabatic T2-Preparation Technique", a été publiée dans la revue médicale Magnetic Resonance .in Medicine (MRM) avec les co-auteurs Ruud B. van Heeswijk et Matthias Stuber. La deuxième, Combined T2-Preparation and 2D Pencil Beam Inner Volume Selection", encore une fois avec les co-auteurs Ruud van Heeswijk et Matthias Stuber, a également été publiée dans le journal MRM. La troisième, "A cylindrical, inner volume selecting 2D-T2-Prep improves GRAPPA- accelerated image quality in MRA of the right coronary artery", écrite avec les co-auteurs Jérôme Yerly et Matthias Stuber, a été présentée au "Journal of Cardiovascular Magnetic Resonance", et la quatrième, "Combined respiratory self-navigation and 'pencil-beam' 2D-T2 -Prep for free-breathing, whole-heart coronary MRA", avec les co-auteurs Jérôme Chaptinel, Giulia Ginami, Gabriele Bonanno , Simone Coppo, Ruud van Heeswijk, Davide Piccini, et Matthias Stuber, subit un examen interne avant la soumission à la revue MRM.

Stable isotopes reveal trophic segregation by sex and age in the southern giant petrel in two different foodwebs

We investigated trophic ecology variation among colonies as well as sex- and age-related differences in the diet of the southern giant petrel Macronectes giganteus, a long-lived seabird that is sexually dimorphic in size. We measured stable isotopes (δ13C, δ15N) in blood samples collected during breeding at Bird Island (South Georgia, Antarctica) in 1998 and at 2 colonies in the Argentinean area of Patagonia in 2000 and 2001. Individuals from South Georgia showed lower δ13C and δ15N values than those in Patagonia, as expected from the more pelagic location and the short length of the Antarctic food web. Males and females showed significant differences in the isotopic signatures at both localities. These differences agree with the sexual differences in diet found in previous studies, which showed that both sexes rely mainly on penguin and seal carrion, but females also feed extensively on marine prey, such as fish, squid and crustaceans. However, males from Patagonia showed significantly higher δ15N and δ13C values than females did, and the reverse trend was observed at South Georgia. This opposite trend is probably related to the different trophic level of carrion between locations: whereas penguins and pinnipeds in Patagonia rely mainly on fish and cephalopods, in South Georgia they rely mainly on krill. Stable isotope values of male and female chicks in Patagonia did not differ; both attained high values, similar to adult males and higher than adult females, suggesting that parents do not provision their single offspring differently in relation to sex; however, they seem to provide offspring with a higher proportion of carrion, probably of higher quality, and more abundant food, than they consume themselves. Stable isotopes at South Georgia were not affected by age of adults. We have provided new information on intraspecific segregation in the diet in a seabird species and have also underlined the importance of considering food web structure when studying intraspecific variability in trophic ecology.

Ajax: Web-sovellusten uudet mahdollisuudet

Tässä työssä selvitettiin Ajax-tekniikan tilannetta web-sovellusten kehityksessä. Sitä varten kehitettiin demosovellus, jonka avulla tekniikoiden käyttökelpoisuutta voitiin arvioida. Samalla työssä on esitelty eri tekniikoita, jotka liittyvät kiinteästi Ajax-sovellusten toteuttamiseen. Demosovellus tehtiin vapaalla LAMP (Linux, Apache, MySQL and PHP) -alustalla. Työssä on arvioitu Ajax-tekniikan käyttökelpoisuutta ja ongelmia nykyisen webin, web-kehittäjien, käytössä olevien selainten ja käyttäjien kannalta. Lopussa on myös pohdittu hieman webin tulevaisuutta ja Ajaxin osaa siinä.

Disseny i elaboració d'un gimnàs on-line

L’evolució que ha experimentat la societat, les grans ciutats, la industrialització i molts altres factors han modificat l’estil de vida de les persones accentuant-ne, irremediablement, el sedentarisme i l’abstinència de realitzar exercici físic. La pràctica esportiva i/o d’exercici físic realitzada sota les condicions recomanades pels professionals, és beneficiosa per millorar el nivell de salut o mantenir-lo en tot el possible, ja que provoca modificacions beneficioses sobre el metabolisme, el sistema cardiovascular i l’aparell locomotor. Lamentablement, l’hàbit de realitzar exercici físic no és comú en totes les persones, ja sigui per l’estil de vida que genera incompatibilitats d’horaris amb la feina, fills i familiars o bé per mandra o desgana d’haver d’aprofitar aquelles estones de temps lliure per dedicar-los al culte del cos i de la salut. Els efectes negatius que suposa una modalitat de vida sedentària per a la salut són notablement elevats, amb la qual cosa, cal buscar sistemes per augmentar l’ interès de la població per la pràctica de l’esport i l’activitat física. La creació d’aquest projecte neix de la idea d’unir el fet d’enginyar un mètode per incrementar l’interès de les persones per l’exercici físic amb els avenços tecnològics que s’han realitzat aquesta última dècada relacionats amb el desenvolupament web i multimèdia. A grans trets, la idea general d’aquest projecte es basa en el cas d’un gimnàs real i en actiu, amb necessitat de crear un portal web que serveixi alhora de pàgina web informativa i d’eina de gestió acadèmica del centre proporcionant certes funcionalitats als clients tot presentant-los una nova modalitat de realitzar exercici físic dirigit: realitzar-lo des de casa. Per desenvolupar tot el sistema informàtic que ho durà a terme, després de realitzar una recerca, anàlisi i elecció de les eines mitjançant les quals poder-ho realitzar, s’ha optat per crear l’entorn web mitjançant els llenguatges HTML i PHP en combinació amb els fulls d’estil CSS. Pel que fa a l’entorn de desenvolupament, s’ha utilitzat Notepad++ i com a entorn de proves, WAMP Server. Per últim, pel que fa a la transmissió del contingut multimèdia (vídeos de les sessions d’activitats) s’ha utilitzat Flash Media Interactive Server en combinació de Flash Media Live Encoder per codificar-ne el contingut. L’usuari final, des de qualsevol punt del planeta, podrà realitzar (sempre i quan disposi del temps i el material necessari i una connexió a Internet) en temps real i en directe les classes dirigides que es realitzen al centre. Tanmateix, també s’ha desenvolupat una botiga virtual on qualsevol persona podrà comprar-hi, entre d’altres coses relacionades amb la pràctica de l’exercici físic, tot el material necessari per realitzar qualsevol de les activitats que s’imparteixen al gimnàs i ho rebrà còmodament a casa. Aprofitar unes circumstàncies econòmiques adverses per generar una nova manera de captar clients proporcionant-los una alternativa econòmica, diferent, nova i original d’anar al gimnàs. Temps de crisis, temps d’oportunitats. Aquesta és la moralitat que pretén donar aquest projecte.

Social competence and loneliness during the school years - Issues in assessment, interrelations and intergenerational transmission

Väitöskirjassa tarkastellaan kouluikäisten lasten ja nuorten sosiaalisen kompetenssin ja yksinäisyyden mittaamista, yhteyksiä ja periytyvyyttä vanhemmilta heidän lapsilleen. Alakouluikäisten lasten tutkimusaineisto (n=985) koostuu lapsilta itseltään, heidän luokkatovereiltaan, opettajiltaan ja vanhemmiltaan vuosina 2000 - 2004 osana Merkitystä etsimässä – tutkimusprojektia (M. Vauras) kerätystä aineistosta. Mukana on itse-, toveri-, opettaja- ja vanhempien arviot lasten sosiaalisesta kompetenssista, seuranta-aineisto lasten yksinäisyydestä, opettajien arviot lasten motivationaalisesta orientaatiosta, standardoiduin testisarjoin arvioidut akateemiset taidot sekä lasten äitien ja isien arviot omasta yksinäisyydestään ja koetusta kyvykkyydestään toimia vanhempana. Yläkouluikäisten nuorten (n=386) aineisto koostuu vuosina 2006 – 2007 osana Sosioemotionaalinen oppiminen ja hyvinvointi yläkouluyhteisössä (P. M. Niemi) kerätystä nuorten yksinäisyyden, sosiaalisen ahdistuneisuuden ja sosiaalisen fobian seuranta-aineistosta. Mitattavuutta (päätavoite 1) tutkittiin erityisesti monitahoarviointien rakenteiden yhtenäisyyksiä, subjektiivisten arvioiden ajallista pysyvyyttä sekä mittareiden validiteettia ja reliabiliteettia testaamalla. Sosiaalisen kompetenssin ja yksinäisyyden keskinäisten yhteyksien lisäksi tarkasteltiin näiden yhteyttä alakoululaisten oppimiseen sekä yläkou¬lulaisten psykososiaaliseen hyvinvointiin (päätavoite 2). Kolmantena päätavoitteena oli selvittää yksinäisyyden mahdollista periytymistä vanhemmilta lapsille. Osana ensimmäistä päätavoitetta kehitettiin Monitahoarviointi sosiaalisesta kompetenssista (MASK) -arviointimenetelmä (artikkeli 1). Konfirmatorisen faktorianalyysin tulosten perusteella nelifaktorinen rakenne (prososiaalisuus sisältäen yhteistyötaidot ja empatiakyvyn sekä antisosiaalisuus sisältäen impulsiivisuuden ja häiritsevyyden) sopi sekä lasten itsensä, heidän luokkatovereidensa, opettajiensa että vanhempiensa tekemiin arviointeihin. Eri tahojen arviointien väliset korrelaatiot olivat tilastollisesti merkitseviä, joskin suhteellisen matalia, ts. eri tahojen näkökulmat lapsen sosiaalisesta kompetenssista ovat toisistaan eriäviä. Täten eri arvioitsijatahojen käyttäminen on kokonaisuuden tutkimisen kannalta tärkeää. Toisena mittaamiseen liittyvänä tavoitteena oli validoida Hozan, Bukowskin ja Beeryn (2000) sosiaalisen ja emotionaalisen yksinäisyyden mittari suomalaisille lapsille (artikkeli 3) ja nuorille (artikkeli 4) soveltuvaksi sekä tutkia, ovatko lasten ja nuorten arviot omasta yksinäisyydestään ajallisesti pysyviä. Alakoululaisten lasten osalta yksinäisyys, erityisesti sosiaalinen yksinäisyys osoittautui suhteellisen pysyväksi, mutta vahvistui entisestään yläkouluikäisten nuorten aineistoa tarkasteltaessa. Huomionarvoista sekä ala- että yläkoululaisten aineistoissa oli poikien kokema vahva emotionaalinen yksinäisyys. Molempien mittareiden osalta sekä validiteetti että reliabiliteetti todettiin hyväksyttäväksi ja niitä voidaan suositella lasten ja nuorten sosiaalisen kompetenssin ja yksinäisyyden arviointimenetelmiksi. Toisena päätavoitteena oli rakenneyhtälömallinnuksen keinoin tarkastella sosiaalisen kompetenssin ja yksinäisyyden yhteyksiä sekä keskenään (artikkelit 2 ja 3) että suhteessa lasten oppimiseen (artikkeli 2) ja nuorten psykososiaaliseen hyvinvointiin (artikkeli 4). Alakouluikäisten lasten osalta sosiaalinen kompetenssi oli yhteydessä pait¬si yksinäisyyteen myös opettajien oppilaistaan tekemiin motivationaalisen orientaation arvioihin sekä standardoiduin testien arvioituihin akateemisiin taitoihin. Yläkouluikäisten nuorten osalta yksinäisyys oli yhteydessä sosiaaliseen ahdistuneisuuteen ja sosiaaliseen fobiaan. Täten sosiaalisen kompetenssin voidaan katsoa olevan koululaisten hyvinvointia ja oppimista vahvistava, ja toisaalta yksinäisyyden nuorten psykososiaalista hyvinvointia heikentävä tekijä. Viimeisenä päätavoitteena mallinnettiin yksinäisyyden mahdollista periytyvyyttä. Ensimmäisessä vaiheessa periytyvyyttä tarkasteltiin koko perheen sisällä, vanhempien tai lasten sukupuolta erottelematta (artikkeli 2). Tässä rakenneyhtälömallissa vanhempien kokema yksinäisyys ennusti heikompaa kyvykkyydentunnetta vanhemmuudesta, joka edelleen ennusti lapsen heikompaa toveriarvioitua sosiaalista kompetenssia koulussa ja tätä kautta vahvempaa yksinäisyyden kokemusta. Toisessa mallissa eroteltiin äitien ja isien sekä tyttöjen ja poikien aineistot, jotta periytyvyyttä voitiin tarkastella äiti-tytär, äiti-poika, isä-tytär ja isä-poika dyadisuhteissa. Rakenneyhtälömallinnuksen tulosten perusteella sekä äitien että isien kokema yksinäisyys ennusti

Evaluating Web Content Management Systems Compatibility for Implementing Online Communities

The purpose of this study is to study whether a Web CMS can be used to implement and host an online community. The study is divided into two parts. The theoretical part contains the definition of Web CMS and clarifies the relation between an online community and a social software. The first part also defines the parameters, which must be taken account when choosing a Web CMS for hosting an online community. The practical part of the study contains analyses of three Web CMSs, Drupal, Liferay and Plone. All the three Web CMSs were analyzed using the technical and social parameters discovered in the theoretical part of the study. The primary objective is to investigate whether the selected Web CMS can be used to implement and host an online community. If hosting is possible, the secondary objective is to investigate whether the selected Web CMS have an effect to the online community.

Web-makrot ja käyttäjäautomaatio web-sovelluksessa: prototyypin suunnittelu ja toteutus

Tämän kandidaatintyön aiheena on web-sovelluksen käyttäjäautomaatio web-makrojen avulla. Työssä esitellään prototyyppitoteutus SaaS-sovellukseen kohdistetusta web-makrojärjestelmästä. Työn teoriaosa esittelee web-automaation ja web-ympäristön keskeisen teknologian. Ratkaisuosa pohjustaa ratkaisuun käytetyn lähestymistavan, esittelee työn prototyyppiratkaisun ja arvioi ratkaisun lopputulosta. Lopputuloksena havaitaan, että prototyyppiratkaisu onnistuu selvittämään makrotoiminnallisuuden toteuttamiseen liittyvät tekniset haasteet. Ratkaisun merkittävimmäksi tekniseksi haasteeksi arvioidaan selainyhteensopivuuden saavutus ja ylläpito. Ratkaisun hyödynnettävyys koko web-sovelluksen mittakaavassa todetaan kuitenkin heikoksi, koska sovelluksen liiketoimintalogiikka rajoittaa makroparadigman käyttöä.

Generation and Characterization of Knockout Mice and Analysis of Patient Material Demonstrates a Role for Tissue Inhibitor of Metalloproteinases 4 (Timp4) in the Cardiovascular System and Tumor Metastasis

This thesis focuses on tissue inhibitor of metalloproteinases 4 (TIMP4) which is the newest member of a small gene and protein family of four closely related endogenous inhibitors of extracellular matrix (ECM) degrading enzymes. Existing data on TIMP4 suggested that it exhibits a more restricted expression pattern than the other TIMPs with high expression levels in heart, brain, ovary and skeletal muscle. These observations and the fact that the ECM is of special importance to provide the cardiovascular system with structural strength combined with elasticity and distensibility, prompted the present molecular biologic investigation on TIMP4. In the first part of the study the murine Timp4 gene was cloned and characterized in detail. The structure of murine Timp4 genomic locus resembles that in other species and of the other Timps. The highest Timp4 expression was detected in heart, ovary and brain. As the expression pattern of Timp4 gives only limited information about its role in physiology and pathology, Timp4 knockout mice were generated next. The analysis of Timp4 knockout mice revealed that Timp4 deficiency has no obvious effect on the development, growth or fertility of mice. Therefore, Timp4 deficient mice were challenged using available cardiovascular models, i.e. experimental cardiac pressure overload and myocardial infarction. In the former model, Timp4 deficiency was found to be compensated by Timp2 overexpression, whereas in the myocardial infarct model, Timp4 deficiency resulted in increased mortality due to increased susceptibility for cardiac rupture. In the wound healing model, Timp4 deficiency was shown to result in transient retardation of re-epithelialization of cutaneous wounds. Melanoma tumor growth was similar in Timp4 deficient and control mice. Despite of this, lung metastasis of melanoma cells was significantly increased in Timp4 null mice. In an attempt to translate the current findings to patient material, TIMP4 expression was studied in human specimens representing different inflammatory cardiovascular pathologies, i.e. giant cell arteritis, atherosclerotic coronary arteries and heart allografts exhibiting signs of chronic rejection. The results showed that cardiovascular expression of TIMP4 is elevated particularly in areas exhibiting inflammation. The results of the present studies suggest that TIMP4 has a special role in the regulation of tissue repair processes in the heart, and also in healing wounds and metastases. Furthermore, evidence is provided suggesting the usefulness of TIMP4 as a novel systemic marker for vascular inflammation.

The role of network externalities in value creating process of the commercial web service for two-sided international markets

Network externalities and two-sided markets in the context of web services and value creation is not very well discussed topic in academic literature. The explosive rise of the Internet users has created a strong base for many successful web services and pushed many firms towards e-business and online service based business models. Thus the subject of this thesis, the role of network externalities in value creating process of the commer-cial web service for two-sided international markets is very current and interesting topic to examine. The objective of this Master’s Thesis is to advance the study of network externalities from the viewpoint of two-sided markets and network effects as well as describe the value creation & value co-creation process in commercial web service business models. The main proposition suggests that the larger network of customers and the bigger number of users the web service is able to attract, the more value and stronger positive net-work externalities the service is able to create for each customer group. The empirical research of this study was implemented for commercial web service, targeted to Russian consumers and Finnish business users. The findings suggest that the size of the network is highly related to the experi-enced value of the customers and the whole value creation process of commercial web targeted for two-sided international markets varies from the value creation for one-sided or pure domestic markets.

Useamman monitorin web-sovellukset: tekniset haasteet ja mahdollisuudet

Työssä tutkikaan, miten web-teknologiat soveltuvat usean monitorin sovelluksiin web-ympäristössä, ja todeta tähän liittyvät ongelmat sekä niiden mahdolliset ratkaisut teknisellä tasolla. Tutkituista teknologioista valitaan parhaiten soveltuva ratkaisu ja sen avulla luodaan usean monitorin sovellus, jonka avulla pureudutaan teknillisiin mahdollisuuksiin ja rajoitteisiin. Työn tuloksena nähdään, että usean monitorin web-sovellukset sisältävät monia ohjelmistoteknillisiä ongelmia ja ne sopivat lähinnä järjestelmiin, joiden ympäristö, esimerkiksi käyttöjärjestelmä tai selain, tiedetään. Tällöin voidaan turvautua käyttökokemusta parantaviin selaimen laajennuksiin tai ulkopuolisiin liitännäisiin, jotka toimivat kyseisessä ympäristössä.