La poétique pathique de Georges Bataille et de Pierre Klossowski

L’objectif de la thèse est de montrer en quoi le roman ou la littérature incarne une forme de connaissance qui lui est propre, que Pierre Klossowski appelle la « connaissance pathétique ». Celle-ci fait appel aux passions plutôt qu’à la seule raison et repose sur des percepts et des affects bien davantage que sur des idées et sur des concepts. L’œuvre romanesque de Georges Bataille et de Pierre Klossowski me servira d’exemple et d’objet d’analyse, dans la mesure où l’écriture fictionnelle y est toujours au service d’une ‘’passion’’ philosophique, dans laquelle l’auteur entraîne ses personnages en même temps que le lecteur. Cette « connaissance pathétique » que le sujet est amené à vivre passe notamment par les mécanismes d’une écriture qui tente d’énoncer l’innommable. Cette orientation esthétique suit la voie tracée par Nietzsche, et les grandes thématiques associées à ce dernier constituent à la fois, au niveau de l’énoncé, un contenu thématique et diégétique récurrent (par exemple : dans Le Baphomet, nous sommes en présence du personnage de Friedrich l’Antéchrist) et, au niveau de l’énonciation, une stratégie narrative qui consiste à piéger le lecteur dans un système d’interprétations ambiguës, contradictoires et provocatrices qui déclenchent chez lui une activité cognitive effrénée, de nature passionnelle ou pathétique (par exemple : Le récit Les lois de l’hospitalité commence par un avertissement au lecteur, où on le met en garde contre « l’attrape concertée » que représente le récit). J’étudierai en détail, sur le plan de l’expression et du contenu, ces stratégies cognitives de la transgression et du simulacre grâce auxquelles l’auteur amène ses personnages et son lecteur à éprouver des pensées comme une forme de passion. L’analyse de la poétique pathique comme forme privilégiée de l’écriture narrative chez Pierre Klossowski et chez Georges Bataille nécessitera le recours à une analyse de l’œuvre de Nietzsche et de Sade dans un premier temps pour retracer ce qui est l’enjeu de la réception de ces œuvres par les deux auteurs français. Dans un deuxième temps, l’analyse des œuvres de Georges Bataille et de Pierre Klossowski me permettra de comprendre comment elles déclenchent chez le lecteur une expérience pathétique où la difficulté d’atteindre à une connaissance rationnelle univoque déclenche chez le destinataire du texte une activité cognitive complexe de nature proprement littéraire ou romanesque. Enfin, le corpus qui me servira d’exemple dans la description de ces phénomènes sera constitué des principales œuvres discursives de Bataille et de Klossowski (L’expérience intérieure, Nietzsche et le cercle vicieux) ainsi que de leurs œuvres romanesques (L’histoire de l’œil, Divinus Deus, L’abbé C., La vocation suspendue, Les lois de l’hospitalité et Le Baphomet).

Improving the microbial production of biofuels through metabolic engineering

Les défis conjoints du changement climatique d'origine anthropique et la diminution des réserves de combustibles fossiles sont le moteur de recherche intense pour des sources d'énergie alternatives. Une avenue attrayante est d'utiliser un processus biologique pour produire un biocarburant. Parmi les différentes options en matière de biocarburants, le bio-hydrogène gazeux est un futur vecteur énergétique attrayant en raison de son efficacité potentiellement plus élevé de conversion de puissance utilisable, il est faible en génération inexistante de polluants et de haute densité d'énergie. Cependant, les faibles rendements et taux de production ont été les principaux obstacles à l'application pratique des technologies de bio-hydrogène. Des recherches intensives sur bio-hydrogène sont en cours, et dans les dernières années, plusieurs nouvelles approches ont été proposées et étudiées pour dépasser ces inconvénients. À cette fin, l'objectif principal de cette thèse était d'améliorer le rendement en hydrogène moléculaire avec un accent particulier sur l'ingénierie métabolique et l’utilisation de bioprocédés à variables indépendantes. Une de nos hypothèses était que la production d’hydrogène pourrait être améliorée et rendue plus économiquement viable par ingénierie métabolique de souches d’Escherichia coli producteurs d’hydrogène en utilisant le glucose ainsi que diverses autres sources de carbone, y compris les pentoses. Les effets du pH, de la température et de sources de carbone ont été étudiés. La production maximale d'hydrogène a été obtenue à partir de glucose, à un pH initial de 6.5 et une température de 35°C. Les études de cinétiques de croissance ont montré que la μmax était 0.0495 h-1 avec un Ks de 0.0274 g L-1 lorsque le glucose est la seule source de carbone en milieu minimal M9. .Parmi les nombreux sucres et les dérivés de sucres testés, les rendements les plus élevés d'hydrogène sont avec du fructose, sorbitol et D-glucose; 1.27, 1.46 et 1.51 mol H2 mol-1 de substrat, respectivement. En outre, pour obtenir les interactions entre les variables importantes et pour atteindre une production maximale d'hydrogène, un design 3K factoriel complet Box-Behnken et la méthodologie de réponse de surface (RSM) ont été employées pour la conception expérimentale et l'analyse de la souche d'Escherichia coli DJT135. Le rendement en hydrogène molaire maximale de 1.69 mol H2 mol-1 de glucose a été obtenu dans les conditions optimales de 75 mM de glucose, à 35°C et un pH de 6.5. Ainsi, la RSM avec un design Box-Behken était un outil statistique utile pour atteindre des rendements plus élevés d'hydrogène molaires par des organismes modifiés génétiquement. Ensuite, l'expression hétérologue de l’hydrogénases soluble [Ni-Fe] de Ralstonia eutropha H16 (l'hydrogénase SH) a tenté de démontrer que la mise en place d'une voie capable de dériver l'hydrogène à partir de NADH pourrait surpasser le rendement stoechiométrique en hydrogène.. L’expression a été démontrée par des tests in vitro de l'activité enzymatique. Par ailleurs, l'expression de SH a restaurée la croissance en anaérobie de souches mutantes pour adhE, normalement inhibées en raison de l'incapacité de réoxyder le NADH. La mesure de la production d'hydrogène in vivo a montré que plusieurs souches modifiées métaboliquement sont capables d'utiliser l'hydrogénase SH pour dériver deux moles d’hydrogène par mole de glucose consommé, proche du maximum théorique. Une autre stratégie a montré que le glycérol brut pourrait être converti en hydrogène par photofermentation utilisant Rhodopseudomonas palustris par photofermentation. Les effets de la source d'azote et de différentes concentrations de glycérol brut sur ce processus ont été évalués. À 20 mM de glycérol, 4 mM glutamate, 6.1 mol hydrogène / mole de glycérol brut ont été obtenus dans des conditions optimales, un rendement de 87% de la théorie, et significativement plus élevés que ce qui a été réalisé auparavant. En prolongement de cette étude, l'optimisation des paramètres a également été utilisée. Dans des conditions optimales, une intensité lumineuse de 175 W/m2, 30 mM glycérol et 4.5 mM de glutamate, 6.69 mol hydrogène / mole de glycérol brut ont été obtenus, soit un rendement de 96% de la valeur théorique. La détermination de l'activité de la nitrogénase et ses niveaux d'expression ont montré qu'il y avait relativement peu de variation de la quantité de nitrogénase avec le changement des variables alors que l'activité de la nitrogénase variait considérablement, avec une activité maximale (228 nmol de C2H4/ml/min) au point central optimal. Dans la dernière section, la production d'hydrogène à partir du glucose via la photofermentation en une seule étape a été examinée avec la bactérie photosynthétique Rhodobacter capsulatus JP91 (hup-). La méthodologie de surface de réponse avec Box-Behnken a été utilisée pour optimiser les variables expérimentales de façon indépendante, soit la concentration de glucose, la concentration du glutamate et l'intensité lumineuse, ainsi que d'examiner leurs effets interactifs pour la maximisation du rendement en hydrogène moléculaire. Dans des conditions optimales, avec une intensité lumineuse de 175 W/m2, 35 mM de glucose, et 4.5 mM de glutamate,, un rendement maximal d'hydrogène de 5.5 (± 0.15) mol hydrogène /mol glucose, et un maximum d'activité de la nitrogénase de 246 (± 3.5) nmol C2H4/ml/min ont été obtenus. L'analyse densitométrique de l'expression de la protéine-Fe nitrogenase dans les différentes conditions a montré une variation significative de l'expression protéique avec un maximum au point central optimisé. Même dans des conditions optimales pour la production d'hydrogène, une fraction significative de la protéine Fe a été trouvée dans l'état ADP-ribosylée, suggérant que d'autres améliorations des rendements pourraient être possibles. À cette fin, un mutant amtB dérivé de Rhodobacter capsulatus JP91 (hup-) a été créé en utilisant le vecteur de suicide pSUP202. Les résultats expérimentaux préliminaires montrent que la souche nouvellement conçue métaboliquement, R. capsulatus DG9, produit 8.2 (± 0.06) mol hydrogène / mole de glucose dans des conditions optimales de cultures discontinues (intensité lumineuse, 175 W/m2, 35 mM de glucose et 4.5 mM glutamate). Le statut d'ADP-ribosylation de la nitrogénase-protéine Fe a été obtenu par Western Blot pour la souche R. capsulatus DG9. En bref, la production d'hydrogène est limitée par une barrière métabolique. La principale barrière métabolique est due au manque d'outils moléculaires possibles pour atteindre ou dépasser le rendement stochiométrique en bio-hydrogène depuis les dernières décennies en utilisant les microbes. À cette fin, une nouvelle approche d’ingénierie métabolique semble très prometteuse pour surmonter cette contrainte vers l'industrialisation et s'assurer de la faisabilité de la technologie de la production d'hydrogène. Dans la présente étude, il a été démontré que l’ingénierie métabolique de bactéries anaérobiques facultatives (Escherichia coli) et de bactéries anaérobiques photosynthétiques (Rhodobacter capsulatus et Rhodopseudomonas palustris) peuvent produire de l'hydrogène en tant que produit majeur à travers le mode de fermentation par redirection métabolique vers la production d'énergie potentielle. D'autre part, la méthodologie de surface de réponse utilisée dans cette étude représente un outil potentiel pour optimiser la production d'hydrogène en générant des informations appropriées concernant la corrélation entre les variables et des producteurs de bio-de hydrogène modifiés par ingénierie métabolique. Ainsi, un outil d'optimisation des paramètres représente une nouvelle avenue pour faire un pont entre le laboratoire et la production d'hydrogène à l'échelle industrielle en fournissant un modèle mathématique potentiel pour intensifier la production de bio-hydrogène. Par conséquent, il a été clairement mis en évidence dans ce projet que l'effort combiné de l'ingénierie métabolique et la méthodologie de surface de réponse peut rendre la technologie de production de bio-hydrogène potentiellement possible vers sa commercialisation dans un avenir rapproché.

L’importance des techniques neurodynamiques dans la prise en charge d’un syndrome du tunnel carpien

Travail d'intégration présenté à France Piotte dans le cadre du cours PHT-6113.

Le contexte interne d’implantation d’un environnement de travail promoteur de santé pour les infirmières d’un centre hospitalier universitaire du Québec

En 2006, un hôpital universitaire de la région de Montréal a décidé d’implanter le projet « Hôpital Promoteur de Santé » dans un contexte où les conditions de travail des infirmières étaient particulièrement difficiles. Une étude de cas a été menée dans le CHU, afin de mieux comprendre le contexte interne d’implantation du sous-projet ‘milieu de travail promoteur de santé’. Des entrevues ont été menées auprès de 7 acteurs-clés du niveau stratégique et 18 infirmières-chefs pour examiner leurs perceptions relativement à l’implantation du projet HPS, et plus particulièrement d’un ‘milieu de travail promoteur de santé’ pour les infirmières. Un questionnaire a aussi été administré par entrevue à quatre acteurs-clés stratégiques du CHU afin d’évaluer la compatibilité des pratiques organisationnelles avec les critères d’une des dimensions du projet HPS, le milieu de travail promoteur de santé. Les résultats montrent des similitudes et des différences parmi les perceptions des acteurs stratégiques au sujet du contexte interne d’implantation. Les similitudes portent sur l’utilité, la compatibilité du sous-projet ‘milieu de travail promoteur de santé’ avec les valeurs de l’organisation, la nécessité d’une implantation graduelle ainsi que sur l’existence d’obstacles à l’implantation. Les différences ont mené à cinq discours d'acteurs stratégiques aux niveaux d’engagement différents, en fonction de facteurs d'intelligibilité (i.e. compréhension du concept HPS, rôle perçu dans l'implantation, stratégie d'implantation, vision des implications du concept HPS). Les résultats révèlent aussi que toutes les infirmières-chefs perçoivent l’utilité et la compatibilité du sous-projet ‘milieu de travail promoteur de santé’ avec les valeurs, normes, stratégies et buts organisationnels, ainsi que les mêmes obstacles à son implantation perçus par les acteurs stratégiques. Ils montrent aussi l’existence de deux groupes différents chez les infirmières-chefs quant aux stratégies proposées et utilisées pour implanter un ‘milieu de travail promoteur de santé’. Ainsi, les stratégies des infirmières-chefs du groupe 1 peuvent être assimilées à celles de leaders transactionnels, tandis que les infirmières-chefs du groupe 2 peuvent être assimilées à celles de leaders transformationnels. Finalement, les résultats de l’analyse des données du questionnaire indiquent divers niveaux de compatibilité des pratiques de l’hôpital par rapport aux critères d’un ‘milieu de travail promoteur de santé’. Ainsi, la compatibilité est élevée pour les critères portant sur l'organisation apprenante et performante, les stratégies pour un milieu de travail sain et sécuritaire, les activités liées à la promotion de saines habitudes de vie ainsi que les modifications de l'environnement physique et social. Cependant, elle est faible pour les critères portant sur la politique de promotion de la santé et la participation des infirmières. Notre étude a souligné l’importance de l’état de préparation d’une organisation de santé à l’implantation d’une innovation, un concept peu étudié dans les études sur l’implantation efficace d’innovations dans les services de santé, plus particulièrement du projet HPS. Nos résultats ont également mis en évidence l’importance, pour un hôpital souhaitant implanter un milieu de travail promoteur de santé, de former son personnel et ses gestionnaires au sujet du projet HPS, de disposer d’un plan de communication efficace, et de réaliser un état des lieux préalablement à l’implantation.

Study of baleen whales’ ecology and interaction with maritime traffic activities to support management of a complex socio-ecological system

Thesis written in co-mentorship with Robert Michaud.

Le Brésil et le MERCOSUR : étude des stratégies de recherche de l'autonomie et de la puissance

Ce mémoire a pour objet de recherche le Marché commun du Sud (MERCOSUR) et le Brésil. La problématique est de comprendre pourquoi les États membres du MERCOSUR ne sont pas, à ce jour, parvenus à la création d’un marché commun dans le Cône Sud. Pour ce faire, nous pensons qu’en plus des causes généralement admises dans la littérature (asymétries, divergences d’intérêts et obstacles au niveau économique), il faut davantage mettre l’accent sur l’augmentation de la puissance du Brésil et les stratégies de recherche de l’autonomie. Les hypothèses avancées sont les suivantes : (1) la stratégie de recherche de l’autonomie par la participation a favorisée la création ainsi que l’approfondissement du MERCOSUR durant ses premières années d’existence; (2) la montée en puissance du Brésil et la stratégie de recherche de l’autonomie par la diversification qui en découle ont réduit l’importance du MERCOSUR pour le Brésil et miné l’approfondissement de cette institution d’intégration économique. Pour ce faire, nous analyserons en parallèle les différentes stratégies de recherche de l’autonomie ainsi que l’évolution du MERCOSUR. Nous utiliserons le PIB comme principal indicateur économique afin de témoigner de la montée en puissance du Brésil entre 1990 et 2012.

Proposition théorique constructiviste du développement de la compétence culturelle infirmière

Dans un contexte de mondialisation, les frontières géographiques et politiques se font de plus en plus diffuses et donnent lieu à un mélange des cultures tant au niveau local qu'international. Ce pluralisme culturel observé dans la population se transpose dans les milieux de soins, amenant son lot d'enjeux et de défis pour la pratique et la formation infirmière. Le développement de la compétence culturelle chez les professionnels de la santé est considéré comme l'une des solutions favorisant la qualité et l'équité dans les soins en contexte de diversité culturelle. La compétence culturelle fait l'objet de nombreux articles scientifiques en sciences infirmières, mais bon nombre d'entre eux sont issus d'une perspective essentialiste. À notre connaissance, aucune étude ne permet de représenter la trajectoire de développement de cette compétence sur un continuum intégrant des apprentissages réalisés à la fois chez des étudiantes et des infirmières selon une perspective constructiviste. Cette étude vise donc à formuler une proposition théorique constructiviste du développement de la compétence culturelle infirmière. L'approche de théorisation ancrée de Corbin et Strauss (2008) a permis de documenter le processus de développement de la compétence culturelle chez des infirmières et des étudiantes dans un Centre de santé et de services sociaux desservant une population qui présente une grande diversité culturelle. Une stratégie d'échantillonnage intentionnel a permis de recruter des infirmières identifiées par leurs pairs comme étant expertes du domaine des soins en contexte de diversité culturelle, des infirmières se disant intéressées par une pratique culturellement compétente et des étudiantes en dernière année d'un programme de baccalauréat en sciences infirmières. Un total de 24 participantes, dont 13 infirmières et 11 étudiantes ont pris part à cette étude. Un questionnaire sociodémographique, des périodes d'observation participante et des entrevues semi-structurées ont servi d'outils de collecte des données. La catégorie centrale « apprendre à réunir les différentes réalités afin d'offrir des soins efficaces en contexte de diversité culturelle » a été construite à partir d'une analyse inductive des données. Cette catégorie centrale se divise en trois sous-catégories : « construire la relation avec l'autre », « sortir du cadre habituel de pratique » et « réinventer sa pratique dans l'action ». La proposition théorique formulée présente l'évolution concomitante de ces trois sous-catégories en trois niveaux de développement de la compétence culturelle infirmière : « s'ouvrir aux différentes réalités entourant la pratique en contexte de diversité culturelle », « mettre à l'épreuve sa pratique » et « réunir les différentes réalités de la pratique en contexte de diversité culturelle de façon intégrée ». La proposition théorique constructiviste est ancrée dans les données empiriques, circonscrit des étapes de développement interreliées et met en contexte les apprentissages du début du développement de la compétence culturelle à l'expertise. Les éléments contextuels précisés suggèrent l'ajout des dimensions sociales et politiques dans la définition du concept de compétence culturelle. Les deux principales contributions théoriques de cette étude soulignent que l'interaction entre l'infirmière et l'environnement de même que l'expérience clinique sont constitutifs du développement de cette compétence. Les retombées de cette recherche se situent non seulement en formation, mais aussi dans la pratique, la gestion et la recherche en sciences infirmières.

Le parcours de réorientation professionnelle d’immigrantes hautement qualifiées à Montréal : une étude exploratoire

Les immigrantes hautement qualifiées rencontrent de nombreux obstacles à leur arrivée au Québec face à leur insertion professionnelle et économique. Les difficultés au plan de la reconnaissance des qualifications étrangères, les pratiques discriminatoires des entreprises et les stratégies et obligations familiales placent de nombreuses immigrantes dans une situation de déqualification professionnelle. Malgré un niveau de scolarité déjà élevé, plusieurs immigrantes vont opter pour un retour aux études, dans l’espoir qu’un diplôme local puisse améliorer leur situation professionnelle. Cette recherche porte sur la réorientation professionnelle des immigrantes hautement qualifiées. Elle étudie le parcours de réorientation, tel un continuum se présentant en quatre étapes, soit la décision de participer à une formation, le choix d’orientation professionnelle, le déroulement de la formation et l’accès à un emploi correspondant à cette formation. L’objectif de cette recherche est d’explorer l’impact des obstacles rencontrés par les immigrantes à leur arrivée au Québec sur ce parcours de réorientation. Les résultats obtenus suite à des entretiens réalisés avec douze immigrantes indiquent notamment une diminution importante du degré de déqualification après l’obtention d’un diplôme local. Si cette stratégie d’adaptation semble porter fruit à cet égard, les résultats montrent également la persistance de certains obstacles. L’analyse de la trajectoire de réorientation révèle aussi un effet en cascades d’une étape du parcours sur l’autre.

Modélisation des émotions de l’apprenant et interventions implicites pour les systèmes tutoriels intelligents

La modélisation de l’expérience de l’utilisateur dans les Interactions Homme-Machine est un enjeu important pour la conception et le développement des systèmes adaptatifs intelligents. Dans ce contexte, une attention particulière est portée sur les réactions émotionnelles de l’utilisateur, car elles ont une influence capitale sur ses aptitudes cognitives, comme la perception et la prise de décision. La modélisation des émotions est particulièrement pertinente pour les Systèmes Tutoriels Émotionnellement Intelligents (STEI). Ces systèmes cherchent à identifier les émotions de l’apprenant lors des sessions d’apprentissage, et à optimiser son expérience d’interaction en recourant à diverses stratégies d’interventions. Cette thèse vise à améliorer les méthodes de modélisation des émotions et les stratégies émotionnelles utilisées actuellement par les STEI pour agir sur les émotions de l’apprenant. Plus précisément, notre premier objectif a été de proposer une nouvelle méthode pour détecter l’état émotionnel de l’apprenant, en utilisant différentes sources d’informations qui permettent de mesurer les émotions de façon précise, tout en tenant compte des variables individuelles qui peuvent avoir un impact sur la manifestation des émotions. Pour ce faire, nous avons développé une approche multimodale combinant plusieurs mesures physiologiques (activité cérébrale, réactions galvaniques et rythme cardiaque) avec des variables individuelles, pour détecter une émotion très fréquemment observée lors des sessions d’apprentissage, à savoir l’incertitude. Dans un premier lieu, nous avons identifié les indicateurs physiologiques clés qui sont associés à cet état, ainsi que les caractéristiques individuelles qui contribuent à sa manifestation. Puis, nous avons développé des modèles prédictifs permettant de détecter automatiquement cet état à partir des différentes variables analysées, à travers l’entrainement d’algorithmes d’apprentissage machine. Notre deuxième objectif a été de proposer une approche unifiée pour reconnaître simultanément une combinaison de plusieurs émotions, et évaluer explicitement l’impact de ces émotions sur l’expérience d’interaction de l’apprenant. Pour cela, nous avons développé une plateforme hiérarchique, probabiliste et dynamique permettant de suivre les changements émotionnels de l'apprenant au fil du temps, et d’inférer automatiquement la tendance générale qui caractérise son expérience d’interaction à savoir : l’immersion, le blocage ou le décrochage. L’immersion correspond à une expérience optimale : un état dans lequel l'apprenant est complètement concentré et impliqué dans l’activité d’apprentissage. L’état de blocage correspond à une tendance d’interaction non optimale où l'apprenant a de la difficulté à se concentrer. Finalement, le décrochage correspond à un état extrêmement défavorable où l’apprenant n’est plus du tout impliqué dans l’activité d’apprentissage. La plateforme proposée intègre trois modalités de variables diagnostiques permettant d’évaluer l’expérience de l’apprenant à savoir : des variables physiologiques, des variables comportementales, et des mesures de performance, en combinaison avec des variables prédictives qui représentent le contexte courant de l’interaction et les caractéristiques personnelles de l'apprenant. Une étude a été réalisée pour valider notre approche à travers un protocole expérimental permettant de provoquer délibérément les trois tendances ciblées durant l’interaction des apprenants avec différents environnements d’apprentissage. Enfin, notre troisième objectif a été de proposer de nouvelles stratégies pour influencer positivement l’état émotionnel de l’apprenant, sans interrompre la dynamique de la session d’apprentissage. Nous avons à cette fin introduit le concept de stratégies émotionnelles implicites : une nouvelle approche pour agir subtilement sur les émotions de l’apprenant, dans le but d’améliorer son expérience d’apprentissage. Ces stratégies utilisent la perception subliminale, et plus précisément une technique connue sous le nom d’amorçage affectif. Cette technique permet de solliciter inconsciemment les émotions de l’apprenant, à travers la projection d’amorces comportant certaines connotations affectives. Nous avons mis en œuvre une stratégie émotionnelle implicite utilisant une forme particulière d’amorçage affectif à savoir : le conditionnement évaluatif, qui est destiné à améliorer de façon inconsciente l’estime de soi. Une étude expérimentale a été réalisée afin d’évaluer l’impact de cette stratégie sur les réactions émotionnelles et les performances des apprenants.

Estimation du modèle GARCH à changement de régimes et son utilité pour quantifier le risque de modèle dans les applications financières en actuariat

Le modèle GARCH à changement de régimes est le fondement de cette thèse. Ce modèle offre de riches dynamiques pour modéliser les données financières en combinant une structure GARCH avec des paramètres qui varient dans le temps. Cette flexibilité donne malheureusement lieu à un problème de path dependence, qui a empêché l'estimation du modèle par le maximum de vraisemblance depuis son introduction, il y a déjà près de 20 ans. La première moitié de cette thèse procure une solution à ce problème en développant deux méthodologies permettant de calculer l'estimateur du maximum de vraisemblance du modèle GARCH à changement de régimes. La première technique d'estimation proposée est basée sur l'algorithme Monte Carlo EM et sur l'échantillonnage préférentiel, tandis que la deuxième consiste en la généralisation des approximations du modèle introduites dans les deux dernières décennies, connues sous le nom de collapsing procedures. Cette généralisation permet d'établir un lien méthodologique entre ces approximations et le filtre particulaire. La découverte de cette relation est importante, car elle permet de justifier la validité de l'approche dite par collapsing pour estimer le modèle GARCH à changement de régimes. La deuxième moitié de cette thèse tire sa motivation de la crise financière de la fin des années 2000 pendant laquelle une mauvaise évaluation des risques au sein de plusieurs compagnies financières a entraîné de nombreux échecs institutionnels. À l'aide d'un large éventail de 78 modèles économétriques, dont plusieurs généralisations du modèle GARCH à changement de régimes, il est démontré que le risque de modèle joue un rôle très important dans l'évaluation et la gestion du risque d'investissement à long terme dans le cadre des fonds distincts. Bien que la littérature financière a dévoué beaucoup de recherche pour faire progresser les modèles économétriques dans le but d'améliorer la tarification et la couverture des produits financiers, les approches permettant de mesurer l'efficacité d'une stratégie de couverture dynamique ont peu évolué. Cette thèse offre une contribution méthodologique dans ce domaine en proposant un cadre statistique, basé sur la régression, permettant de mieux mesurer cette efficacité.

Les réseaux militaires comme acteurs des relations internationales : le cas du Multinational Interoperability Council

Depuis plus de cinquante ans, les puissances occidentales ont créé toutes sortes de réseaux militaires internationaux, afin de renforcer leurs liens et harmoniser leurs techniques, leurs équipements et leurs façons de faire. Jusqu’à ce jour, ces regroupements sont demeurés largement ignorés de la discipline des relations internationales. Or, la mondialisation des échanges et l’essor des technologies de l’information ont ouvert les processus politiques à de nouveaux acteurs, y compris en matière de sécurité, jetant un éclairage nouveau sur le rôle, la mission et les responsabilités que les États délèguent à ces réseaux. En menant une analyse approfondie d’un réseau militaire, le Multinational Interoperability Council, cette recherche a pour objectifs de définir les réseaux militaires internationaux en tant que catégorie d’analyse des relations internationales, de documenter empiriquement leur fonctionnement et de mieux comprendre leur rôle dans le champ de la sécurité internationale. Pour ce faire, la démarche propose de recourir à l’appareil conceptuel de l’institutionnalisme relationnel, de la théorie des champs et du tournant pratiques en relations internationales. Cette combinaison permet d’aborder les dimensions institutionnelle, cognitive et pratique de l’action collective au sein du réseau étudié. L’analyse nous apprend que, malgré une influence limitée, le MIC produit une identité, des capacités, des préférences et des effets qui lui sont propres. Les acteurs du MIC ont eux-mêmes généré certaines conditions de son institutionnalisation, et sont parvenus à faire du réseau, d’abord conçu comme une structure d’échanges d’informations, un acteur intentionnel du champ de la sécurité internationale. Le MIC ne peut agir de façon autonome, sans contrôle des États. Cependant, les relations établies entre les militaires qui y participent leur offrent des capacités – le capital social, politique et d’expertise – dont ils ne disposeraient pas autrement, et qu’ils peuvent mobiliser dans leurs interactions avec les autres acteurs du champ.

Use of cellular impedance to characterize ligand functional selectivity at G protein-coupled receptors

Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPGs) représentent la plus grande famille de cibles thérapeutiques pour le traitement d’une panoplie de pathologies humaines. Bien que plusieurs décennies de recherche aient permis de façonner nos connaissances sur ces protéines membranaires, notre compréhension des déterminants moléculaires de leur activité signalétique reste encore limitée. De ces domaines de recherche, une avancée récente a mis à jour un nouveau phénomène, appelé sélectivité fonctionnelle des ligands, qui a bouleversé les paradigmes décrivant leu fonctionnement de ces récepteurs. Ce concept émane d’observations montrant que l’activité pharmacologique de certains ligands n’est pas nécessairement conservée sur tout le répertoire signalétiques connu du récepteur et peu se restreindre à l'activation sélective d’un sous-groupe de voies de signalisation.Ce nouveau modèle pharmacologique de l'activation des RCPG ouvre de nouvelles possibilités pour la découverte de médicaments plus efficace et sûr, ciblant les RCPGs. En effet, il permet la conception de molécules modulant spécifiquement les voies signalétiques d’intérêt thérapeutique, sans engager les autres voies qui pourraient mener à des effets secondaires indésirables ou de la tolérance. Cette thèse décrit l'utilisation d'une nouvelle approche sans marquage, basée sur la mesure du changement l'impédance cellulaire. Par la mesure des changements cellulaires, comme la morphologie, l’adhésion et/ou la redistribution des macromolécules, cette approche permet de mesurer de façon simultanée l'activité de plusieurs voies de signalisation impliqués dans ces réponses. Utilisant le récepteur β2-adrénergique (β2AR) comme modèle, nous avons démontré que les variations dans l’impédance cellulaire étaient directement liées à l’activation de multiples voies de signalisation suite à la stimulation du récepteur par son ligand. L’agoniste type du β2AR, l’isoprotérénol, s’est avéré induire une réponse d’impédance dose-dépendante constituée, dans le temps, de plusieurs caractéristiques distinctes pouvant être bloquées de façon compétitive par l’antagoniste ICI118,551 Par l’utilisation d’inhibiteurs sélectifs, nous avons été en mesure de déterminer la contribution de plusieurs voies signalétiques canoniques, comme les voies dépendantes de Gs et Gi, la production d’AMPc et l’activation de ERK1/2, sur ces changements. De plus, la dissection de la réponse d’impédance a permis d’identifier une nouvelle voie de mobilisation du Ca2+ contribuant à la réponse globale des changements initiés par la stimulation du β2AR. Dans une autre étude, nous avons rapporté que la réponse calcique induite par le β2AR serait attribuable à une transactivation Gs-dépendant du récepteur purinergique P2Y11, lui-même couplé à la protéine Gq. La mesure d’impédance permettant de distinguer et de décrire une pléiade d’activités signalétiques, nous avons émis l’hypothèse que des ligands arborant des profils signalétiques différents généreraient des réponses d’impédance distinctes. Le criblage d’une librairie de ligands spécifiques au β2AR a révélé une grande variété de signatures d’impédance. Grâce au développement d’une approche computationnelle innovatrice, nous avons été en mesure de regrouper ces signatures en cinq classes de composés, un regroupement qui s’est avéré hautement corrélé avec le profil signalétique des différents ligands. Nous avons ensuite combiné le criblage de composés par impédance avec l’utilisation d’inhibiteurs sélectifs de voies signalétiques afin d’augmenter la résolution du regroupement. En évaluant l’impact d’une voie signalétique donnée sur la signature d’impédance, nous avons été en mesure de révéler une plus grande variété de textures parmi les ligands. De plus, cette méthode s’est avérée efficace pour prédire le profil signalétique d’une librairie de composés non caractérisés, ciblant le β2AR. Ces travaux ont mené à l’élaboration d’une méthode permettant d’exprimer visuellement la sélectivité fonctionnelle de ligands et ont révélé de nouvelles classes de composés pour ce récepteur. Ces nouvelles classes de composés ont ensuite été testées sur des cardiomyocytes humains, confirmant que les composés regroupés dans différentes classes produisent des effets distincts sur la contractilité de ces cellules. Globalement, ces travaux démontrent la pertinence de l’utilisation de l’impédance cellulaire pour une évaluation précise des différences fonctionnelles parmi les composés ciblant les RCPGs. En fournissant une représentation pluridimensionnelle de la signalisation émanant des RCPGs à l’aide d’un seul essai ne requérant pas de marquage, les signatures d’impédance représentent une stratégie simple et innovante pour l’évaluation de la fonctionnalité sélective des ligands. Cette méthode pourrait être d’une grande utilité dans le processus de découverte de nouveaux médicaments.

Étude de la Structure-Fonction du Prosegment et du domaine CHRD de la PCSK9 humaine

L’excès des particules de LDL dans le sang constitue un facteur de risque majeur dans le développement des maladies cardiovasculaires. Dans ce contexte, nous étudions la protéine PCSK9 qui favorise directement ce facteur de risque. Cette protéine est sécrétée en majorité au niveau du foie par les hépatocytes et possède la capacité de reconnaître et de lier le récepteur LDLR. Le rôle premier de ce dernier est d’éliminer les particules de LDL circulant dans le plasma. Ainsi, lorsque la PCSK9 forme un complexe avec le LDLR et l’amène à la dégradation, la conséquence directe de la diminution des ces récepteurs est une accumulation malsaine des particules LDL dans le plasma. L’importante implication de la PCSK9 dans le métabolisme des lipides nous a menés vers des recherches de caractérisation de cette protéine ainsi que dans l’étude de son mode d’action. La PCSK9 est composée de trois domaines et notre intérêt s’est porté sur l’étude structure-fonction des deux domaines dont la fonction était inconnue, soit le domaine en N-terminal : le prodomaine et de son domaine en C-terminal : CHRD. Le premier article présenté dans cette thèse révèle l’importance d’une région acide (acide aminés 33-58) régulatrice de l’activité de la PCSK9 localisée en N-terminal du prodomaine ainsi que l’effet du pH acide, équivalent à celui des endosomes tardifs, qui accroît la capacité de la PCSK9 à induire la dégradation du LDLR. Le deuxième article dissèque davantage la structure de la PCSK9 et met en lumière la différence des prérequis structurels de la région ‘’Hinge’’ ainsi que du module M2, composant du domaine CHRD, dans la voie intracellulaire et la voie extracellulaire d’activité de la PCSK9. La mutation R434W localisée dans la région ‘’Hinge’’ résulte dans une inhibition totale de l’activité intracellulaire de la PCSK9 tandis que son activité extracellulaire est réduite à ~70%. Contrairement, la perte du module M2 du domaine CHRD est bien tolérée par la PCSK9 lors de son activité intracellulaire mais totalement inhibitrice pour son activité extracellulaire. Le troisième article se distingue en présentant une nouvelle stratégie d’inhibition de l’activité de la PCSK9 en utilisant une chimère composée de la fraction Fc de l’immunoglobuline IgG1 humaine couplée avec le prodomaine de la PCSK9. La protéine fusion Fcpro lie directement la PCSK9, crée un encombrement structurel qui résulte dans une régulation négative l’activité de la PCSK9. En résumé, nous présentons dans cette thèse, trois manuscrits qui apportent une contribution à la connaissance des composantes structurelles de la PCSK9 et leur implication dans le rôle de la protéine en tant que régulateur négatif du LDLR.

Identification et caractérisation de gènes chez Salmonella enterica sérovar Typhi impliqués dans l’interaction avec les macrophages humains.

Le genre bactérien Salmonella regroupe plus de 2500 sérovars, mais peu sont responsables de pathologies humaines. Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi) est reconnu pour son importance médicale à travers le globe. S. Typhi cause la fièvre typhoïde chez l’Homme, une maladie infectieuse létale caractérisée par la dissémination systémique de la bactérie vers des organes du système réticulo-endothélial. La fièvre typhoïde représente un fardeau pour la santé mondiale, notamment auprès des pays en développement où les conditions sanitaires sont désuètes. La situation se complique davantage par l’apparition de souches résistantes aux antibiotiques. De plus, les deux vaccins licenciés sont d’efficacité modérée, présentent certaines contraintes techniques et ne sont pas appropriés pour les jeunes enfants et nourrissons. La phase systémique de l’infection par Salmonella repose sur sa survie dans les macrophages du système immunitaire. Dans ce compartiment intracellulaire, la bactérie module les défenses antimicrobiennes grâce à de multiples facteurs de virulence encodés dans son génome. Les mécanismes moléculaires sollicités sont complexes et finement régulés. Malgré les progrès scientifiques réalisés précédemment, plusieurs incompréhensions persistent au sujet de l’adaptation de ce pathogène dans les macrophages de l’hôte. Pour mieux concevoir les déterminants génétiques de S. Typhi impliqués dans l’interaction avec ces cellules, une stratégie de sélection négative a été appliquée afin de vérifier systématiquement l’effet direct des gènes pendant l’infection. En premier temps, une librairie de mutants par transposon chez S. Typhi a été créée pour l’infection de macrophages humains en culture. Après 24 heures d’infection, la présence des mutants fut évaluée simultanément par analyse sur des biopuces de Salmonella. Au total, 130 gènes ont été sélectionnés pour leur contribution potentielle auprès des macrophages infectés. Ces gènes comptaient des composantes d’enveloppe bactérienne, des éléments fimbriaires, des portions du flagelle, des régulateurs, des facteurs de pathogenèse et plusieurs protéines sans fonction connue. En deuxième temps, cette collection de gènes a dirigé la création de 28 mutants de délétion définie chez S. Typhi. Les capacités d’entrée et de réplication intracellulaire de ces mutants au sein des macrophages humains ont été caractérisées. D’abord, les macrophages ont été co-infectés avec les mutants en présence de la souche sauvage, pour vérifier la compétitivité de chacun d’eux envers cette dernière. Ensuite, les mutants ont été inoculés individuellement chez les macrophages et leur infectivité fut mesurée comparativement à celle de la souche sauvage. Sommairement, 26 mutants ont présenté des défauts lorsqu’en compétition, tandis que 14 mutants se sont montrés défectueux lorsque testés seuls. Par ailleurs, 12 mutants ont exposé une déficience lors de l’infection mixte et individuelle, incluant les mutants acrA, exbDB, flhCD, fliC, gppA, mlc, pgtE, typA, waaQGP, STY1867-68, STY2346 et SPI-4. Notamment, 35 nouveaux phénotypes défectueux d’entrée ou de survie intracellulaire chez Salmonella ont été révélés par cette étude. Les données générées ici offrent plusieurs nouvelles pistes pour élucider comment S. Typhi manipule sa niche intracellulaire, menant à l’infection systémique. Les gènes décrits représentent des cibles potentielles pour atténuer la bactérie chez l’humain et pourraient contribuer au développement de meilleures souches vaccinales pour immuniser contre la fièvre typhoïde.

Purification par affinité et marquage isotopique spécifique pour études d’ARN fonctionnels

Il existe un lien étroit entre la structure tridimensionnelle et la fonction cellulaire de l’ARN. Il est donc essentiel d’effectuer des études structurales de molécules d’ARN telles que les riborégulateurs afin de mieux caractériser leurs mécanismes d’action. Une technique de choix, permettant d’obtenir de l’information structurale sur les molécules d’ARN est la spectroscopie RMN. Cette technique est toutefois limitée par deux difficultés majeures. Premièrement, la préparation d’une quantité d’ARN nécessaire à ce type d’étude est un processus long et ardu. Afin de résoudre ce problème, notre laboratoire a développé une technique rapide de purification des ARN par affinité, utilisant une étiquette ARiBo. La deuxième difficulté provient du grand recouvrement des signaux présents sur les spectres RMN de molécules d’ARN. Ce recouvrement est proportionnel à la taille de la molécule étudiée, rendant la détermination de structures d’ARN de plus de 15 kDa extrêmement complexe. La solution émergeante à ce problème est le marquage isotopique spécifique des ARN. Cependant, les protocoles élaborées jusqu’à maintenant sont très coûteux, requièrent plusieurs semaines de manipulation en laboratoire et procurent de faibles rendements. Ce mémoire présente une nouvelle stratégie de marquage isotopique spécifique d’ARN fonctionnels basée sur la purification par affinité ARiBo. Cette approche comprend la séparation et la purification de nucléotides marqués, une ligation enzymatique sur support solide, ainsi que la purification d’ARN par affinité sans restriction de séquence. La nouvelle stratégie développée permet un marquage isotopique rapide et efficace d’ARN fonctionnels et devrait faciliter la détermination de structures d’ARN de grandes tailles par spectroscopie RMN.