Development of user-friendly, high throughput screening for ligands and inhibitors of carbohydrate modifying enzymes

This paper describes the impact of cloud computing and the use of GPUs on the performance of Autodock and Gromacs respectively. Cloud computing was applicable to reducing the ‘‘tail’’ seen in running Autodock on desktop grids and the GPU version of Gromacs showed significant improvement over the CPU version. A large (200,000 compounds) library of small molecules, seven sialic acid analogues of the putative substrate and 8000 sugar molecules were converted into pdbqt format and used to interrogate the Trichomonas vaginalis neuraminidase using Autodock Vina. Good binding energy was noted for some of the small molecules (~-9 kcal/mol), but the sugars bound with affinity of less than -7.6 kcal/mol. The screening of the sugar library resulted in a ‘‘top hit’’ with a-2,3-sialyllacto-N-fucopentaose III, a derivative of the sialyl Lewisx structure and a known substrate of the enzyme. Indeed in the top 100 hits 8 were related to this structure. A comparison of Autodock Vina and Autodock 4.2 was made for the high affinity small molecules and in some cases the results were superimposable whereas in others, the match was less good. The validation of this work will require extensive ‘‘wet lab’’ work to determine the utility of the workflow in the prediction of potential enzyme inhibitors.

Providing User Security Guarantees in Public Infrastructure Clouds

The infrastructure cloud (IaaS) service model offers improved resource flexibility and availability, where tenants - insulated from the minutiae of hardware maintenance - rent computing resources to deploy and operate complex systems. Large-scale services running on IaaS platforms demonstrate the viability of this model; nevertheless, many organizations operating on sensitive data avoid migrating operations to IaaS platforms due to security concerns. In this paper, we describe a framework for data and operation security in IaaS, consisting of protocols for a trusted launch of virtual machines and domain-based storage protection. We continue with an extensive theoretical analysis with proofs about protocol resistance against attacks in the defined threat model. The protocols allow trust to be established by remotely attesting host platform configuration prior to launching guest virtual machines and ensure confidentiality of data in remote storage, with encryption keys maintained outside of the IaaS domain. Presented experimental results demonstrate the validity and efficiency of the proposed protocols. The framework prototype was implemented on a test bed operating a public electronic health record system, showing that the proposed protocols can be integrated into existing cloud environments.

Benchmarking de uma aproximação de ticketing as a service (Taas)

Dissertação de natureza científica realizada para obtenção do grau de Mestre em Engenharia de Redes de Computadores e Multimédia

A bilhética dos transportes de passageiros na nuvem computacional

Relatório de Projeto realizado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

Support System for Rational Use of Electric Energy

This paper presents the system developed to promote the rational use of electric energy among consumers and, thus, increase the energy efficiency. The goal is to provide energy consumers with an application that displays the energy consumption/production profiles, sets up consuming ceilings, defines automatic alerts and alarms, compares anonymously consumers with identical energy usage profiles by region and predicts, in the case of non-residential installations, the expected consumption/production values. The resulting distributed system is organized in two main blocks: front-end and back-end. The front-end includes user interface applications for Android mobile devices and Web browsers. The back-end provides data storage and processing functionalities and is installed in a cloud computing platform - the Google App Engine - which provides a standard Web service interface. This option ensures interoperability, scalability and robustness to the system.

O Futuro dos Centros de Dados

Atualmente, as Tecnologias de Informação (TI) são cada vez mais vitais dentro das organizações. As TI são o motor de suporte do negócio. Para grande parte das organizações, o funcionamento e desenvolvimento das TI têm como base infraestruturas dedicadas (internas ou externas) denominadas por Centro de Dados (CD). Nestas infraestruturas estão concentrados os equipamentos de processamento e armazenamento de dados de uma organização, por isso, são e serão cada vez mais desafiadas relativamente a diversos fatores tais como a escalabilidade, disponibilidade, tolerância à falha, desempenho, recursos disponíveis ou disponibilizados, segurança, eficiência energética e inevitavelmente os custos associados. Com o aparecimento das tecnologias baseadas em computação em nuvem e virtualização, abrese todo um leque de novas formas de endereçar os desafios anteriormente descritos. Perante este novo paradigma, surgem novas oportunidades de consolidação dos CD que podem representar novos desafios para os gestores de CD. Por isso, é no mínimo irrealista para as organizações simplesmente eliminarem os CD ou transforma-los segundo os mais altos padrões de qualidade. As organizações devem otimizar os seus CD, contudo um projeto eficiente desta natureza, com capacidade para suportar as necessidades impostas pelo mercado, necessidades dos negócios e a velocidade da evolução tecnológica, exigem soluções complexas e dispendiosas tanto para a sua implementação como a sua gestão. É neste âmbito que surge o presente trabalho. Com o objetivo de estudar os CD inicia-se um estudo sobre esta temática, onde é detalhado o seu conceito, evolução histórica, a sua topologia, arquitetura e normas existentes que regem os mesmos. Posteriormente o estudo detalha algumas das principais tendências condicionadoras do futuro dos CD. Explorando o conhecimento teórico resultante do estudo anterior, desenvolve-se uma metodologia de avaliação dos CD baseado em critérios de decisão. O estudo culmina com uma análise sobre uma nova solução tecnológica e a avaliação de três possíveis cenários de implementação: a primeira baseada na manutenção do atual CD; a segunda baseada na implementação da nova solução em outro CD em regime de hosting externo; e finalmente a terceira baseada numa implementação em regime de IaaS.

Middleware for Large-scale Distributed Systems

Nos últimos anos o aumento exponencial da utilização de dispositivos móveis e serviços disponibilizados na “Cloud” levou a que a forma como os sistemas são desenhados e implementados mudasse, numa perspectiva de tentar alcançar requisitos que até então não eram essenciais. Analisando esta evolução, com o enorme aumento dos dispositivos móveis, como os “smartphones” e “tablets” fez com que o desenho e implementação de sistemas distribuidos fossem ainda mais importantes nesta área, na tentativa de promover sistemas e aplicações que fossem mais flexíveis, robutos, escaláveis e acima de tudo interoperáveis. A menor capacidade de processamento ou armazenamento destes dispositivos tornou essencial o aparecimento e crescimento de tecnologias que prometem solucionar muitos dos problemas identificados. O aparecimento do conceito de Middleware visa solucionar estas lacunas nos sistemas distribuidos mais evoluídos, promovendo uma solução a nível de organização e desenho da arquitetura dos sistemas, ao memo tempo que fornece comunicações extremamente rápidas, seguras e de confiança. Uma arquitetura baseada em Middleware visa dotar os sistemas de um canal de comunicação que fornece uma forte interoperabilidade, escalabilidade, e segurança na troca de mensagens, entre outras vantagens. Nesta tese vários tipos e exemplos de sistemas distribuídos e são descritos e analisados, assim como uma descrição em detalhe de três protocolos (XMPP, AMQP e DDS) de comunicação, sendo dois deles (XMPP e AMQP) utilzados em projecto reais que serão descritos ao longo desta tese. O principal objetivo da escrita desta tese é demonstrar o estudo e o levantamento do estado da arte relativamente ao conceito de Middleware aplicado a sistemas distribuídos de larga escala, provando que a utilização de um Middleware pode facilitar e agilizar o desenho e desenvolvimento de um sistema distribuído e traz enormes vantagens num futuro próximo.

Modèle de confiance et ontologie probabiliste pilotés par réseaux bayésiens pour la gestion des accords de services dans l’environnement de services infonuagiques

L’infonuage est un nouveau paradigme de services informatiques disponibles à la demande qui a connu une croissance fulgurante au cours de ces dix dernières années. Le fournisseur du modèle de déploiement public des services infonuagiques décrit le service à fournir, le prix, les pénalités en cas de violation des spécifications à travers un document. Ce document s’appelle le contrat de niveau de service (SLA). La signature de ce contrat par le client et le fournisseur scelle la garantie de la qualité de service à recevoir. Ceci impose au fournisseur de gérer efficacement ses ressources afin de respecter ses engagements. Malheureusement, la violation des spécifications du SLA se révèle courante, généralement en raison de l’incertitude sur le comportement du client qui peut produire un nombre variable de requêtes vu que les ressources lui semblent illimitées. Ce comportement peut, dans un premier temps, avoir un impact direct sur la disponibilité du service. Dans un second temps, des violations à répétition risquent d'influer sur le niveau de confiance du fournisseur et sur sa réputation à respecter ses engagements. Pour faire face à ces problèmes, nous avons proposé un cadre d’applications piloté par réseau bayésien qui permet, premièrement, de classifier les fournisseurs dans un répertoire en fonction de leur niveau de confiance. Celui-ci peut être géré par une entité tierce. Un client va choisir un fournisseur dans ce répertoire avant de commencer à négocier le SLA. Deuxièmement, nous avons développé une ontologie probabiliste basée sur un réseau bayésien à entités multiples pouvant tenir compte de l’incertitude et anticiper les violations par inférence. Cette ontologie permet de faire des prédictions afin de prévenir des violations en se basant sur les données historiques comme base de connaissances. Les résultats obtenus montrent l’efficacité de l’ontologie probabiliste pour la prédiction de violation dans l’ensemble des paramètres SLA appliqués dans un environnement infonuagique.

Plan de empresa : TransRed.com

TransRed.com es un servicio de bolsa de carga terrestre mediante el cual los usuarios actualizan la oferta y demanda del servicio en tiempo real (vía internet o teléfono), donde se consulta la disponibilidad de carga o de camiones de los afiliados a la asistencia remota. Este servicio se divide en dos: TransRed Empresaral (TRE) y TransRed Independiente (TRI) los usuarios de estos servicios serán empresas de transporte de carga terrestre y transportadores independientes. Este servicio actualmente no es prestado por ninguna empresa en Colombia y existe una necesidad latente del mismo, lo cual es una oportunidad que TransRed.com quiere aprovechar innovando en el sector. El tamaño del mercado potencial es de 1.849 empresas de transporte de carga terrestre y 47.000 transportadores independientes lo cual podría representar una facturación total de más de 55.000 millones a un precio por cuenta con alta aceptación de mercado de 80.000 mensuales para las TRE y 60.000 mensuales para las TRI. El objetivo de ventas planteado en este proyecto es de 504 cuentas TRE y 2.020 TRI para el tercer año, que representa el 27% del mercado TRE y el 4% del mercado TRI. Teniendo en cuenta que el nivel de aceptación del servicio está entre 70% y 80%, se pretende alcanzar el objetivo de ventas con una fuerza comercial distribuida en las cuatro principales zonas de concentración de nuestro mercado objetivo (Bogotá, Antioquia, Valle y Atlantico). Los resultados financieros del proyecto nos demuestran que cumpliendo los objetivos planteados y con la estructura de costos diseñada se obtiene un ROI de 54,33% para el tercer año, un periodo de recuperación de la inversión de 1 año y dos meses y un margen de utilidad neta de 24,47% en el tercer año. Este servicio permitirá a sus usuarios optimizar sus operaciones mediante el uso de tecnología de vanguardia, mejorando la competitividad del sector e integrando los diferentes actores que participan en él.

Propuesta de computación en la nube para los libreros del sector de San Victorino en Bogotá para el año 2012 estudio de caso

El trabajo de grado titulado “Propuesta de Computación en la Nube para los Libreros del Sector de San Victorino en Bogotá para el Año 2012. Estudio de Caso”, tiene como objetivo elaborar una propuesta de computación en la nube que sea aplicable a uno de los sectores más dinámicos del centro de Bogotá como es el de los libreros de San Victorino; Este trabajo busca la apropiación de las herramientas que proporcionan las nuevas tecnologías de la información y las comunicaciones en la disciplina de la administración de empresas, como un nuevo escenario de competitividad ajustado a las nuevas condiciones de las organizaciones. La computación en la nube como nueva herramienta tecnológica, permite que diversos usuarios - empresas accedan a la información consolidada, la cual puede ser aportada por ellos mismos, para brindar a los clientes un servicio más eficiente y eficaz, con bajos costos y generando innumerables ventajas que aportan a la competitividad de cada una de las unidades de negocio, las cuales se consolidan como una única organización o clúster. En este sentido se determinó, cómo el sector de San Victorino, en particular el de los libreros, comparten una serie de características y metas similares, que permiten su implantación con los beneficios que se señalan en este trabajo de grado, permitiendo el acceso a información general de productos editoriales e inventarios y la ubicación exacta del librero que lo posee.

INFO2009 2012-13 Resource Group 28 Animation on Green IT

Animation on Green IT Container EdShare to be used to assemble resources developed by team for coursework 2. The metadata will be updated by the group, and description modified when the resource set has been completed. The resource has been set up with an instructional readme file. This will be replaced by each group with a new readme file. Each group needs to update this description. Further instructions in readme.txt

COMP1214 Coursework Description

These slides give the instructuions for completing the COMP1214 team project on cloud and mobile computing

Las TIC en la administración de la cadena de suministro y su incidencia en el desempeño operacional

Las tecnologías de la información han empezado a ser un factor importante a tener en cuenta en cada uno de los procesos que se llevan a cabo en la cadena de suministro. Su implementación y correcto uso otorgan a las empresas ventajas que favorecen el desempeño operacional a lo largo de la cadena. El desarrollo y aplicación de software han contribuido a la integración de los diferentes miembros de la cadena, de tal forma que desde los proveedores hasta el cliente final, perciben beneficios en las variables de desempeño operacional y nivel de satisfacción respectivamente. Por otra parte es importante considerar que su implementación no siempre presenta resultados positivos, por el contrario dicho proceso de implementación puede verse afectado seriamente por barreras que impiden maximizar los beneficios que otorgan las TIC.

Las nuevas tecnolog??as en la clase de espa??ol como lengua extranjera

En la segunda d??cada del siglo XXI se asiste a una completa transformaci??n en el proceso de ense??anza-aprendizaje de las lenguas extranjeras en general, y del espa??ol, en particular. En este nuevo contexto, las nuevas tecnolog??as aplicadas al ??mbito educativo juegan un papel muy importante. Este universo es conocido como la Web 2.0. Se presentan las ventajas e inconvenientes de la utilizaci??n de estas tecnolog??as en la clase de idiomas centr??ndose en cuatro herramientas digitales que ofrecen m??s posibilidades para dinamizar las clases de espa??ol: los blogs, los wikis, el podcasting y Google Docs o el cloud computing.

ICT for growth: a targeted approach. Bruegel Policy Contribution 2012/10, June 2012

This Policy Contribution assesses the broad obstacles hampering ICT-led growth in Europe and identifies the main areas in which policy could unlock the greatest value. We review estimates of the value that could be generated through take-up of various technologies and carry out a broad matching with policy areas. According to the literature survey and the collected estimates, the areas in which the right policies could unlock the greatest ICT-led growth are product and labour market regulations and the European Single Market. These areas should be reformed to make European markets more flexible and competitive. This would promote wider adoption of modern data-driven organisational and management practices thereby helping to close the productivity gap between the United States and the European Union. Gains could also be made in the areas of privacy, data security, intellectual property and liability pertaining to the digital economy, especially cloud computing, and next generation network infrastructure investment. Standardisation and spectrum allocation issues are found to be important, though to a lesser degree. Strong complementarities between the analysed technologies suggest, however, that policymakers need to deal with all of the identified obstacles in order to fully realise the potential of ICT to spur long-term growth beyond the partial gains that we report.