A genetic map of macadamia based on randomly amplified DNA fingerprinting (RAF) markers

The first genetic linkage map of macadamia (Macadamia integrifolia and M. tetraphylla) is presented. The map is based on 56 F-1 progeny of cultivars 'Keauhou' and 'A16'. Eighty-four percent of the 382 markers analysed segregated as Mendelian loci. The two-way pseudo-testcross mapping strategy allowed construction of separate parental cultivar maps. Ninety bridging loci enabled merging of these maps to produce a detailed genetic map of macadamia, 1100 cM in length and spanning 70-80% of the genome. The combined map comprised 24 linkage groups with 265 framework markers: 259 markers from randomly amplified DNA fingerprinting (RAF), five random amplified polymorphic DNA (RAPD), and one sequence-tagged microsatellite site (STMS). The RAF marker system unexpectedly revealed 16 codominant markers, one of them a putative microsatellite locus and exhibiting four distinct alleles in the cross. This molecular study is the most comprehensive examination to date of genetic loci of macadamia, and is a major step towards developing marker-assisted selection for this crop.

Prevalência de achados sugestivos de papilomavírus humano (HPV) em biópsias de carcinoma espinocelular de cavidade oral e orofaringe: estudo preliminar

O papilomavírus humano (HPV) é universalmente aceito como agente causal do câncer de colo uterino e, recentemente, vem se especulando sobre sua possível relação com câncer oral e de orofaringe. O carcinoma espinocelular (CEC) oral representa 90% de todos os tumores malignos que afetam a cavidade bucal. Estudos sobre a prevalência de HPV em pacientes com CEC variam de 0 a 100%. O efeito citopático viral mais conhecido é a coilocitose, considerado "critério maior" na infecção pelo HPV do ponto de vista histopatológico. OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi verificar a prevalência de achados sugestivos de HPV - coilocitose - em CEC oral e de orofaringe. FORMA DE ESTUDO: coorte transversal. MATERIAL E MÉTODO: Foram examinadas no microscópio 20 lâminas com o diagnóstico de CEC de cavidade oral ou orofaringe sendo que em 15 delas foi encontrada coilocitose, correspondendo a 75%. RESULTADO: Apesar de termos conhecimento que o método com maior sensibilidade atual para pesquisa de HPV ser a reação de polimerase em cadeia (PCR), iniciamos esta pesquisa com a investigação de coilocitose, o que é muito sugestivo de infecção por HPV. CONCLUSÃO: O estudo em questão trata-se de um projeto-piloto pois será dada continuidade a esta pesquisa através da realização de PCR a fim de confirmar a alta prevalência de infecção por HPV em CEC oral e de orofaringe.

Prevalência do papilomavírus humano (HPV) na cavidade oral e na orofaringe

A prevalência do papilomavírus humano (HPV) na cavidade oral e na orofaringe ainda não está bem esclarecida como nos estudos do trato genital, na qual é bem definida. Entretanto, novas pesquisas estão surgindo após o aparecimento dos exames de biologia molecular. Neste estudo foi realizada uma revisão da literatura com o objetivo de verificar a prevalência do papilomavírus humano na cavidade oral e na orofaringe. Os resultados desta pesquisa mostraram uma prevalência do HPV 16 na mucosa oral normal (infecção latente). Já nas lesões benignas orais associadas ao HPV mostraram uma prevalência do HPV 6 e 11 em papilomas de células escamosas e condilomas, e, nas verrugas, uma prevalência do HPV 2 e 57, enquanto na hiperplasia epitelial focal prevaleceram os HPVs 13 e 32, e no câncer oral, principalmente, no carcinoma de células escamosas (CCE), foi evidenciada uma alta prevalência do HPV 16, o que sugere sua participação na carcinogênese oral, apesar de ser um assunto controverso. Constatou-se também uma enorme discrepância nos resultados da prevalência do papilomavírus humano (HPV) na mucosa oral normal (infecção latente) e no câncer oral, enquanto nas lesões benignas associadas ao vírus, os resultados foram confirmatórios.

Papilomatose laríngea: análise morfológica pela microscopia de luz e eletrônica do HPV-6

Papilomatose laríngea é neoplasia benigna mais freqüente nas crianças, causada pelo HPV, principalmente subtipos 6 e 11 e caracteriza-se pela presença de lesões proliferativas exofíticas e recidivantes sobre a mucosa das vias aérea, em especial na laringe. Forma de Estudo: Clínico prospectivo. OBJETIVOS: Demonstrar alterações epiteliais morfológicas (pela microscopia de luz e eletrônica) em lesões papilíferas casadas pelo HPV-6. MATERIAL E MÉTODOS: Fragmentos de lesões de papilomatose laríngea, colhidos durante procedimento cirúrgico de quatro crianças (1 masculino, 3 femininas), foram submetidos à tipagem do HPV (por método de PCR), análise pela microscopia de luz e microscopia eletrônica (varredura e transmissão). RESULTADOS: Na tipagem, todos os papilomas eram do subtipo 6. A microscopia de varredura identificou projeções epiteliais de vários tamanhos, com células superficiais em descamação. A microscopia de luz demonstrou lesões exofíticas, revestidas por epitélio hiperplásico com coilócitos e binucleações, característicos do HPV. A membrana basal e o córion adjacente estavam íntegros. À microscopia eletrônica de transmissão identificou-se vacuolização perinuclear e alargamento das junções intercelulares. CONCLUSÕES: As alterações morfológicas apresentadas pelo HPV-6 demonstram o caráter não-invasivo da lesão, sendo necessário estudos morfológicos adicionais relacionando os outros tipos de HPV, considerados mais agressivos, com os achados ultra-estruturais.

Calibração de sondas capacitivas, funções físico-hídricas e variação do armazenamento de água em um argissolo cultivado com palma forrageira

Objetivou-se, com este trabalho, realizar a calibração de três sondas capacitivas, visando a utilizá-las na definição de funções físico-hídricas e na análise da variação espacial e temporal do conteúdo (q) e do armazenamento de água, em um Argissolo Vermelho-Amarelo, cultivado com três clones de palma forrageira, no Semiárido pernambucano. O estudo foi executado numa área experimental situada em Serra Talhada, PE. Para isso, foi realizada a calibração de três sondas capacitivas, usando-se dados de densidade aparente do solo, de umidade gravimétrica e de frequências relativas, em cinco condições de umidade do solo. Aplicou-se o método do perfil instantâneo, para determinação do fluxo vertical de água, e do potencial matricial de água no solo. Em seguida, analisou-se a variação espaço-temporal do q e do armazenamento de água no solo. As medidas de frequência relativa das sondas capacitivas apresentaram elevada relação com os dados de q (R2 > 0,87). A partir do método do perfil instantâneo, foi possível determinar as funções da condutividade hidráulica e do potencial total de água no solo, em relação ao q, com elevados coeficientes de determinação (R2 > 0,91). Não houve diferenças significativas do q entre os clones de palma forrageira.

Polimorfismos genéticos no gene XRCC3 e dano no DNA em trabalhadores expostos ocupacionalmente a formaldeído

A exposição a formaldeído (FA), classificado como cancerígeno pela International Agency for Cancer Research (IARC), está epidemiologicamente associada a cancro e a alterações nucleares detectáveis pelo ensaio dos micronúcleos por bloqueio da citocinese (CBMN). Este método permite determinar vários marcadores de genotoxicidade, nomeadamente micronúcleos – biomarcadores de quebra ou perda de cromossomas; pontes nucleoplásmicas – biomarcador de re-arranjo cromossómico, pouca reparação e fusão de telómeros e, protusões nucleares – biomarcador de DNA amplificado. O gene X-ray repair cross-complementing group 3 (XRCC3) está envolvido na reparação de ligações cruzadas na recombinação de homólogos e quebras na cadeia dupla de DNA. Foi reportado pelo menos um polimorfismo no gene, o Thr241Met que tem sido associado a um aumento do dnao no DNA em vários estudos.

Effects of physical exercise training in DNA damage and repair - could the difference be in hOGG1 Ser326Cys polymorphism?

Acute physical exercise is associated with increased oxygen consumption, which could result in an increased formation of reactive oxygen species (ROS). ROS can react with several organic structures, namely DNA, causing strand breaks and a variety of modified bases in DNA. Physical exercise training seems to decrease the incidence of oxidative stress-associated diseases, and is considered as a key component of a healthy lifestyle. This is a result of exercise-induced adaptation, which has been associated with the possible increase in antioxidant activity and in oxidative damage repair enzymes, leading to an improved physiological function and enhanced resistance to oxidative stress (Radak et al. 2008). Human 8-oxoguanine DNA glycosylase 1 (hOGG1) is involved in the base excision repair (BER) pathway and encodes an enzyme responsible for removing the most common product of oxidative damage in DNA, 8-hydroxyguanine (8-OH-G). The genetic polymorphism of hOGG1 at codon 326 results in a serine (Ser) to cysteine (Cys) amino acid substitution (Ser326Cys). It has been suggested that the carriers of at least one hOGG1Cys variant allele exhibit lower 8-OH-G excision activity than the wild-type (Wilson et al. 2011). The aim of this study was to investigate the possible influence of hOGG1 Ser326Cys polymorphism on DNA damage and repair activity in response to 16 weeks of combined physical exercise training, in thirty healthy Caucasian men. Comet assay was carried out using peripheral blood lymphocytes and enabled the evaluation of DNA damage, both strand breaks and FPG-sensitive sites, and DNA repair activity. Genotypes were determined by PCR-RFLP analysis. The subjects with Ser/Ser genotype were considered as wild-type group (n=20), Ser/Cys and Cys/Cys genotype were analyzed together as mutant group (n=10). Regarding differences between pre and post-training in the wild-type group, the results showed a significant decrease in DNA strand breaks (DNA SBs) (p=0.002) and also in FPG-sensitive sites (p=0.017). No significant differences were observed in weight (p=0.389) and in lipid peroxidation (MDA) (p=0.102). A significant increase in total antioxidant capacity (evaluated by ABTS) was observed (p=0.010). Regarding mutant group, the results showed a significant decrease in DNA SBs (p=0.008) and in weight (p=0.028). No significant differences were observed in FPG-sensitive sites (p=0.916), in ABTS (p=0.074) and in MDA (p=0.086). No significant changes in DNA repair activity were observed in both genotype groups. This preliminary study suggests the possibility of different responses in DNA damage to physical exercise training, considering the hOGG1 Ser326Cys polymorphism.

Conhecimento e percepções sobre o HPV, cancro do colo do útero e atitudes face à vacinação entre alunos de saúde do ensino superior da ESTSP, Portugal, e TTK, Estónia

Globalmente, o vírus do papiloma humano (HPV) é a segunda causa mais comum de cancro associado a mortalidade e morbilidade entre as mulheres devido ao seu relacionamento com o cancro do colo do útero (CCU) e caracteriza-se também como uma das doenças sexualmente transmissíveis (DST) mais prevalentes. Entre 2000 e 2006, foram diagnosticados cerca de 1.401.400 casos de CCU e estima-se que seja responsável por cerca de 260.000 mortes anuais. Aproximadamente 80% destas mortes ocorrem nos países em desenvolvimento. Um estudo Americano indicou que cerca de 30% a 40% das mulheres entre os 14 e 40 anos encontram-se infectadas pelo HPV e cerca de 75% foi infectada em alguma altura da sua vida. Estudos mostram que este vírus é também responsável por um razoável numero de casos de cancro da vulva, vagina, ânus, pénis, orofaríngeos e pulmonares. Com um número estimado de mais de 200 diferentes estirpes, este vírus é maioritariamente assintomático. Existem 13 a 18 tipos diferentes de HPV considerados de elevado risco oncogénico (HPV-ERO) responsáveis pela maioria dos casos de cancro. As estirpes consideradas de baixo risco oncogénico (HPV-BRO) estão intimamente relacionadas com riscos clínicos menores como lesões (e.g., verrugas) na mucosa oral, genital, anal e laríngea. Recentemente, o avançado conhecimento molecular da estrutura do HPV permitiu aos investigadores o desenvolvimento de medidas preventivas e de tratamento face ao vírus, incluindo a introdução de uma vacina no mercado aprovada pela FDA muito eficiente especialmente nas mulheres mais jovens.

Identificação do papilomavírus humano por biologia molecular em mulheres assintomáticas

OBJETIVO: Verificar a associação entre fatores epidemiológicos e infecção genital pelo papilomavírus humano (HPV). MÉTODOS: Realizou-se estudo transversal com 975 mulheres atendidas em um serviço público de rastreamento para o câncer cervical, em Porto Alegre, Brasil. As mulheres foram consideradas infectadas pelo HPV quando apresentaram o teste de DNA positivo para esse vírus, tanto pelo método de captura híbrida II (CH II) como pelo método de reação em cadeia da polimerase (PCR). Mulheres infectadas pelo HPV foram comparadas com mulheres não infectadas oriundas da mesma população. RESULTADOS: Foram estudadas 975 mulheres. A prevalência observada de HPV (pela combinação dos métodos de DNA) foi de 27%. Quando a análise de cada método de DNA foi feito isoladamente, a prevalência de HPV-DNA foi de 15% para a CH II e de 16% para PCR. Regressão logística múltipla incondicional foi utilizada na identificação dos fatores associados à infecção pelo HPV. Foi encontrada associação positiva com as seguintes variáveis: anos de escolaridade (11 anos: OR=2,05; IC95%=1,31; 3,20; referência: até oito anos de escolaridade); ser casada (OR=1,69; IC95%=0,78; 2,00; referência: ser solteira); parceiros sexuais ao longo da vida (dois parceiros: OR=1,67; IC95%=1,01; 2,77; quatro ou mais: OR=2,18; IC95%=1,15; 4,13; referência: um parceiro); idade da primeira relação sexual (15-16 anos: OR=4,05; IC95%=0,89; 18,29; referência: > ou = 22 anos). CONCLUSÕES: Vários fatores parecem estar associados à presença de infecção genital pelo HPV, especialmente aqueles referentes ao comportamento sexual (idade da primeira relação sexual, número de parceiros sexuais ao longo da vida e estado marital) e aqueles relacionados à situação socioeconômica (escolaridade).

DNA interaction and cytotoxicity studies of new ruthenium(II) cyclopentadienyl derivative complexescontaining heteroaromatic ligands

Four ruthenium(II) complexes with the formula [Ru(eta(5)-C(5)H(5))(PP)L][CF(3)SO(3)], being (PP = two triphenylphosphine molecules), L = 1-benzylimidazole, 1; (PP = two triphenylphosphine molecules), L = 2,2'bipyridine, 2; (PP = two triphenylphosphine molecules), L = 4-Methylpyridine, 3; (PP = 1,2-bis(diphenylphosphine) ethane), L = 4-Methylpyridine, 4, were prepared, in view to evaluate their potentialities as antitumor agents. The compounds were completely characterized by NMR spectroscopy and their crystal and molecular structures were determined by X-ray diffraction. Electrochemical studies were carried out giving for all the compounds quasi-reversible processes. The images obtained by atomic force microscopy (AFM) suggest interaction with pBR322 plasmid DNA. Measurements of the viscosity of solutions of free DNA and DNA incubated with different concentrations of the compounds confirmed this interaction. The cytotoxicity of compounds 1234 was much higher than that of cisplatin against human leukemia cancer cells (HL-60 cells). IC(50) values for all the compounds are in the range of submicromolar amounts. Apoptotic death percentage was also studied resulting similar than that of cisplatin. (C) 2010 Elsevier Inc. All rights reserved.

Entropy analysis of DNA code dynamics in human chromosomes

Deoxyribonucleic acid, or DNA, is the most fundamental aspect of life but present day scientific knowledge has merely scratched the surface of the problem posed by its decoding. While experimental methods provide insightful clues, the adoption of analysis tools supported by the formalism of mathematics will lead to a systematic and solid build-up of knowledge. This paper studies human DNA from the perspective of system dynamics. By associating entropy and the Fourier transform, several global properties of the code are revealed. The fractional order characteristics emerge as a natural consequence of the information content. These properties constitute a small piece of scientific knowledge that will support further efforts towards the final aim of establishing a comprehensive theory of the phenomena involved in life.

Shannon, rényie and tsallis entropy analysis of DNA using phase plane

This paper analyzes DNA information using entropy and phase plane concepts. First, the DNA code is converted into a numerical format by means of histograms that capture DNA sequence length ranging from one up to ten bases. This strategy measures dynamical evolutions from 4 up to 410 signal states. The resulting histograms are analyzed using three distinct entropy formulations namely the Shannon, Rényie and Tsallis definitions. Charts of entropy versus sequence length are applied to a set of twenty four species, characterizing 486 chromosomes. The information is synthesized and visualized by adapting phase plane concepts leading to a categorical representation of chromosomes and species.

Fractional dynamics in DNA

This paper addresses the DNA code analysis in the perspective of dynamics and fractional calculus. Several mathematical tools are selected to establish a quantitative method without distorting the alphabet represented by the sequence of DNA bases. The association of Gray code, Fourier transform and fractional calculus leads to a categorical representation of species and chromosomes.

Wavelet analysis of human DNA

This paper studies the human DNA in the perspective of signal processing. Six wavelets are tested for analyzing the information content of the human DNA. By adopting real Shannon wavelet several fundamental properties of the code are revealed. A quantitative comparison of the chromosomes and visualization through multidimensional and dendograms is developed.

Histogram-based DNA analysis for the visualization of chromosome, genome and species information

We describe a novel approach to explore DNA nucleotide sequence data, aiming to produce high-level categorical and structural information about the underlying chromosomes, genomes and species. The article starts by analyzing chromosomal data through histograms using fixed length DNA sequences. After creating the DNA-related histograms, a correlation between pairs of histograms is computed, producing a global correlation matrix. These data are then used as input to several data processing methods for information extraction and tabular/graphical output generation. A set of 18 species is processed and the extensive results reveal that the proposed method is able to generate significant and diversified outputs, in good accordance with current scientific knowledge in domains such as genomics and phylogenetics.