Streptococcus anginosus como agentes de infe����o em Humanos: um estudo epidemiol��gico numa taxonomia em mudan��a

Disserta����o para obten����o do grau de Mestre em Microbiologia M��dica

An��lise comparada da classificação ���pixel a pixel��� e orientada por objecto de uma imagem WorldView 2 de Maputo, Mo��ambique

O desenvolvimento das tecnologias associadas �� Detec����o Remota e aos Sistemas de Informa����o Geogr��fica encontram-se cada vez mais na ordem do dia. E, gra��as a este desenvolvimento de m��todos para acelerar a produ����o de informa����o geogr��fica, assiste-se a um crescente aumento da resolu����o geom��trica, espectral e radiom��trica das imagens, e simultaneamente, ao aparecimento de novas aplica����es com o intuito de facilitar o processamento e a an��lise de imagens atrav��s da melhoria de algoritmos para extrac����o de informa����o. Resultado disso s��o as imagens de alta resolu����o, provenientes do sat��lite WorldView 2 e o mais recente software Envi 5.0, utilizados neste estudo. O presente trabalho tem como principal objectivo desenvolver um projecto de cartografia de uso do solo para a cidade de Maputo, com recurso ao tratamento e �� explora����o de uma imagem de alta resolu����o, comparando as potencialidades e limita����es dos resultados extra��dos atrav��s da classificação ���pixel a pixel���, atrav��s do algoritmo M��xima Verossimilhan��a, face ��s potencialidades e eventuais limita����es da classificação orientada por objecto, atrav��s dos algoritmos K Nearest Neighbor (KNN) e Support Vector Machine (SVM), na extrac����o do mesmo n��mero e tipo de classes de ocupa����o/uso do solo. Na classificação ���pixel a pixel���, com a aplica����o do algoritmo classificação M��xima Verosimilhan��a, foram ensaiados dois tipos de amostra: uma primeira constitu��da por 20 classes de ocupa����o/uso do solo, e uma segunda por 18 classes. Ap��s a fase de experimenta����o, os resultados obtidos com a primeira amostra ficaram aqu��m das espectativas, pois observavam-se muitos erros de classificação. A segunda amostra formulada com base nestes erros de classificação e com o objectivo de os minimizar, permitiu obter um resultado pr��ximo das espectativas idealizadas inicialmente, onde as classes de interesse coincidem com a realidade geogr��fica da cidade de Maputo. Na classificação orientada por objecto foram 4 as etapas metodol��gicas utilizadas: a atribui����o do valor 5 para a segmenta����o e 90 para a fus��o de segmentos; a selec����o de 15 exemplos sobre os segmentos gerados para cada classe de interesse; bandas diferentemente distribu��das para o c��lculo dos atributos espectrais e de textura; os atributos de forma Elongation e Form Factor e a aplica����o dos algoritmos KNN e SVM. Confrontando as imagens resultantes das duas abordagens aplicadas, verificou-se que a qualidade do mapa produzido pela classificação ���pixel a pixel��� apresenta um n��vel de detalhe superior aos mapas resultantes da classificação orientada por objecto. Esta diferen��a de n��vel de detalhe �� justificada pela unidade m��nima do processamento de cada classificador: enquanto que na primeira abordagem a unidade m��nima �� o pixel, traduzinho uma maior detalhe, a segunda abordagem utiliza um conjunto de pixels, objecto, como unidade m��nima despoletando situa����es de generaliza����o. De um modo geral, a extrac����o da forma dos elementos e a distribui����o das classes de interesse correspondem �� realidade geogr��fica em si e, os resultados s��o bons face ao que �� frequente em processamento semiautom��tico.

Classificação da ocupa����o do solo atrav��s da segmenta����o de uma imagem de sat��lite de alta resolu����o

Este caso de estudo tem como objetivo demonstrar a utilidade da utiliza����o de imagens de sat��lite de alta resolu����o para a produ����o de cartografia tem��tica em ��reas urbanas, bem como, experimentar a extrac����o de elementos de uma imagem de alta resolu����o a partir de protocolos de segmenta����o, aplicando uma abordagem orientada por regi��es, e recorrendo a dados de uma cena do sat��lite WorldView2 com as suas novas 4 bandas adicionais. Definiu-se uma nomenclatura de ocupa����o de solo com base na fotointerpreta����o da imagem, criou-se uma legenda hierarquizada por 3 n��veis de desagrega����o. No primeiro n��vel incluiu-se sete classes, no segundo n��vel as classes foram classificadas pelo nome dos objetos identificados na fotointerpreta����o, e o terceiro n��vel foram classificados pelas caracter��sticas dos objetos definidos no n��vel anterior. Foram criados segmentos de treino atrav��s do algoritmo da segmenta����o, que tem como fun����o criar segmentos vetoriais com base na similaridade espectral e no valor espectral dos conjuntos dos pix��is vizinhos, testou-se varios par��metros de segmenta����o de modo a obter o n��vel de segmenta����o que visivelmente na imagem se aproximasse mais aos objetos reconhecidos, para assim se gerar as assinaturas espectrais dos objetos representados pela segmenta����o, procedendo-se �� classificação de ocupa����o de solo baseada nos segmentos.

Resist��ncia �� sulfadoxina-pirimetamina em Maputo, Mo��ambique: presen��a de muta����es nos genes dhfr e dhps do Plasmodium falciparum

Foram analisadas a freq����ncia e distribui����o de muta����es nos genes dihidrofolato redutase e dihidropteroato sintetase do Plasmodium falciparum, usando a metodologia de rea����o em cadeia da polimerase e polimorfismos de hidr��lise por enzimas de restri����o, em amostras de sangue infectado proveniente de crian��as mo��ambicanas, residentes em Maputo. A an��lise foi feita antes e 7 dias ap��s o tratamento com sulfadoxina-pirimetamina (S/P). Os resultados mostraram a ocorr��ncia de muta����es pontuais nos genes estudados e a presen��a de combina����es de tr��s alelos em dhfr (51Ile, 59Arg e 108Asn) e do quint��plo mutante (dhfr 51Ile, 59Arg, 108Asn e dhps 437Gly, 540Glu), ambas situa����es associadas �� falha terap��utica no s��timo dia ap��s tratamento com S/P. Esses achados mostram a import��ncia de se estudar a resist��ncia �� S/P em Mo��ambique, e como os marcadores moleculares de resist��ncia aos antimal��ricos podem fornecer dados importantes para a pol��tica nacional de controlo da mal��ria.

A influ��ncia do teste sorol��gico ML Flow na classificação da hansen��ase

Estudo descritivo e explorat��rio correlacionando o ML Flow, a baciloscopia e a classificação em paucibacilar (PB) e multibacilar (MB), envolveu 1.041 casos novos com hansen��ase em 13 munic��pios de Minas Gerais, de outubro de 2002 a mar��o de 2004. A concord��ncia entre o ML Flow e a classificação pelo n��mero de les��es cut��neas e a baciloscopia foi moderada (Kappa:0,51 e 0,48, respectivamente) e, substancial (Kappa:0,77) com a classificação final. De janeiro de 2000 a mar��o de 2004, a propor����o de casos novos MB no Estado, passou de 78,1 para 65,8%. A queda no percentual de MB foi maior nos servi��os participantes da pesquisa ML Flow (73,1 para 53,3%). A diferen��a de PB e MB nos servi��os participantes e n��o participantes, de janeiro a mar��o de 2004, foi estatisticamente significativa, indicando implica����o direta e ben��fica no tratamento e no controle da endemia em Minas Gerais.

Estudo de muta����es germinais em genes de suscetibilidade para o cancro do col��n e reto familiar do tipo X

O cancro do c��lon e reto familiar do tipo X (FCCTX) �� um s��ndrome que define as fam��lias que preenchem os crit��rios de Amesterd��o, mas cujos tumores n��o apresentam instabilidade de microssat��lites e tamb��m nas quais n��o �� identificada muta����o germinal nos genes de repara����o de erros de DNA do tipo mismatch (MMR). A sua causa molecular permanece desconhecida. O presente trabalho teve como objetivo avaliar o envolvimento de genes localizados numa regi��o de suscetibilidade previamente identificada para o FCCTX (13q32-33), assim como de muta����es identificadas previamente numa fam��lia FCCTX, atrav��s da an��lise do exoma por sequencia����o de nova gera����o (NGS). Pretendeuse ainda melhorar a caracteriza����o molecular de tumores FCCTX. Foi efetuada an��lise de muta����es germinais nos genes KDELC1 e ERCC5 em 15 indiv��duos ��ndex de fam��lias FCCTX e 2 familiares de uma dessas fam��lias. No caso do gene TPP2, foi avaliado o envolvimento de um transcrito expresso alternativamente, previamente identificado, atrav��s de an��lise mutacional e da quantifica����o da express��o diferencial dos transcritos por real-time PCR. Foi ainda efetuada a an��lise de segrega����o com a doen��a na fam��lia, de 5 muta����es em genes distintos, selecionadas a partir dos resultados da an��lise do exoma. Foi efetuada a an��lise de altera����es de copy-number e de metila����o nos genes MMR, MGMT e APC em 22 tumores FCCTX por MS-MLPA. N��o foram identificadas muta����es potencialmente patog��nicas nos genes KDELC1 e ERCC5. No entanto, foram identificadas 2 muta����es, uma no ERCC5 (c.2636 A>G) e outra no KDELC1 (c.455A>T) em rela����o ��s quais n��o se pode excluir a sua patogenicidade. N��o foi detetada qualquer muta����o no TPP2 associada �� express��o diferencial dos transcritos, no entanto verificou-se que a express��o difere entre tecidos (sangue e c��lon). A an��lise de segrega����o das muta����es selecionadas a partir da an��lise do exoma, revelou que apenas para um dos genes a altera����o poder�� ser patog��nica. Foram identificados ganhos frequentes, assim como metila����o, nos genes MMR e MGMT, nos tumores FCCTX, sendo significativamente mais frequentes num subgrupo destes tumores que apresenta perdas em genes supressores de tumor (TSG+), em rela����o ao grupo que n��o apresenta estas altera����es. A metila����o no APC tamb��m apresentou padr��es distintos entre os dois subgrupos de tumores FCCTX. Em conclus��o, as variantes observadas nos genes KDELC1, ERCC5 e TPP2, assim como a altera����o identificada no ��mbito da an��lise do exoma n��o devem ser exclu��das, podendo ser poss��vel a sua contribui����o para a suscetibilidade para o FCCTX. O padr��o de altera����es de copy-number e de metila����o nos tumores FCCTX refor��a a exist��ncia de pelo menos duas entidades moleculares distintas no FCCTX e sugere mecanismos de tumorig��nese espec��ficos para a inicia����o tumoral neste s��ndrome.

Levantamento, identifica����o e classificação de dados para a gest��o da manuten����o numa empresa industrial

O presente trabalho refere-se �� an��lise de conceitos gerais de manuten����o e sua gest��o, aplicados a uma ind��stria de produ����o de fibra t��xtil sint��tica. Contempla uma primeira fase de organiza����o e segmenta����o de um registo hist��rico de dados, para a identifica����o de equipamentos cr��ticos e o seu impacto a n��vel capital na instala����o industrial, e uma outra fase de caracteriza����o de tipos de avaria comuns para a defini����o de um plano de ac����es. Neste contexto o trabalho visa o estudo de um equipamento essencial ao processo produtivo, pois a ocorr��ncia de uma avaria/falha traduz-se na paragem da m��quina e consequentemente perda na produ����o. Partindo dos dados organizados sobre avarias comuns identificam-se as causas raiz, com recurso a diagramas de causa e efeito. Acrescenta-se uma an��lise dos investimentos necess��rios para cumprir algumas das ac����es do plano. A estrutura de dados realizada permite �� empresa dispor de uma nova ferramenta de apoio �� gest��o da manuten����o, com vista a uma melhor prepara����o de trabalhos futuros e consequente aumento da produtividade.

Caracteriza����o do papel dos genes TYMS e MTR no desenvolvimento de Cancro Colo-Rectal

RESUMO: O cancro colo-rectal (CCR) �� um dos cancros que possui maior taxa de mortalidade a n��vel mundial. Em Portugal esta patologia �� respons��vel pela morte de cerca de 3700 pessoas por ano, sendo que estes n��meros aumentam de ano para ano. Ao longo das ��ltimas d��cadas o papel das altera����es gen��ticas na etiologia das patologias oncol��gicas tem vindo a ter cada vez mais um maior destaque. O n��mero de estudos que avaliam a import��ncia de polimorfismos, muta����es, altera����es na regula����o g��nica e interac����es entre genes no desenvolvimento destas patologias tem aumentado exponencialmente. Com o aumento do conhecimento da forma como estas altera����es influenciam o desenvolvimento do cancro surgiram os primeiros meios de diagn��stico gen��tico, levando assim a uma altera����o da forma como s��o encarados o diagn��stico e a preven����o destas doen��as. No CCR as formas heredit��rias com altera����es gen��ticas inequivocamente identificadas representam apenas 5% dos casos. Existem cerca de 25% que representam formas heredit��rias para as quais ainda n��o foram estabelecidos os padr��es de altera����es gen��ticas subjacentes. Desta forma, estudos que venham contribuir para um maior conhecimento dos mecanismos moleculares respons��veis pelo aumento da susceptibilidade dos indiv��duos para o desenvolvimento de CCR s��o extremamente importantes. O CCR �� uma patologia multifactorial, onde factores gen��ticos interagem com factores ambientais no surgimento e desenvolvimento da doen��a. Assim, torna-se essencial integrar o estudo das altera����es gen��ticas no contexto ambiental onde os indiv��duos em estudo se encontram. No caso desta patologia um dos principais factores ambientais estudado �� a nutri����o. V��rios estudos t��m sido realizados ao longo dos ��ltimos anos de forma a compreender como pode a ingest��o dos nutrientes influenciar o desenvolvimento de CCR e de que forma interage com as altera����es gen��ticas individuais. O ciclo do folato �� um dos processos metab��licos onde o papel da nutri����o em interac����o com altera����es gen��ticas mais tem sido estudado nos ��ltimos anos. Deste cruzamento entre o estudo das altera����es gen��ticas e ambientais surge a Nutrigen��tica. O conjunto de estudos da presente tese tem como objectivo aumentar o conhecimento do papel das altera����es em genes do ciclo do folato, em interac����o com factores nutricionais e de estilo de vida, n��o s�� no desenvolvimento de CCR, mas tamb��m de outra patologia do tracto gastrointestinal, a Doen��a de Crohn (DC), uma doen��a inflamat��ria muitas vezes associada como factor de risco para o desenvolvimento de CCR. Este estudo debru��ou-se essencialmente no estudo dos genes timidilato sintetase (TYMS) e metionina sintetase (MTR) em popula����es com CCR e DC, bem como no padr��o nutricional destas popula����es com particular incid��ncia nos nutrientes envolvidos no ciclo do folato (folato, metionina, vitamina B6, vitamina B12). Analisando o conjunto de resultados obtidos para os estudos do CCR podemos concluir que quer a TYMS quer a MTR possuem um papel relevante na susceptibilidade para desenvolver esta patologia, assim como t��m destaque no funcionamento do ciclo celular durante o processo oncog��nico. Os resultados demonstram que os factores que levam a uma menor disponibilidade de grupos metil no ciclo de folato (baixos n��veis de folato, altera����o da actividade de MTR, elevada express��o de TYMS) constituem factores de risco, muito provavelmente por contribu��rem para uma desregula����o dos n��veis de metionina dispon��vel para a metila����o do DNA da c��lula. Demonstram ainda que em c��lulas tumorais ocorrem altera����es na regula����o do ciclo do folato de forma a favorecer a s��ntese de DNA em detrimento da metila����o do mesmo, alterando para isso a express��o dos genes de forma a que o fluxo de grupos metil provenientes do folato sejam encaminhados para a enzima TYMS. O polimorfismo de dele����o 6pb da TYMS surge como um factor de diagn��stico e de progn��stico de CCR para a popula����o portuguesa. Dos factores nutricionais analisados apenas o folato aparenta ter um papel relevante na modela����o do risco de desenvolver CCR. Na doen��a de Crohn (DC) podemos verificar que a homociste��na e o seu metabolismo poder��o contribuir para o aparecimento e desenvolvimento da patologia. O aumento da homociste��na poder�� ser o respons��vel por um aumento da resposta auto-imune do organismo, promovendo o aparecimento da DC. O polimorfismo A2756G MTR desempenha um papel preponderante como factor de diagn��stico da DC, tendo sido associado pela primeira vez a esta patologia. Tem tamb��m um papel importante no desenvolvimento da doen��a, uma vez que est�� associado a uma idade de diagn��stico mais baixa, sugerindo assim que o desenvolvimento da doen��a ocorre de forma mais precoce. Concluindo, com este estudo pensamos ter contribu��do para um melhor entendimento do papel do ciclo do folato no desenvolvimento de CCR e DC, sendo um ponto de partida para futuras investiga����es que possam revelar cada vez melhor as complexas interac����es metab��licas desta via e a sua influ��ncia nas patologias estudadas. Do nosso estudo destacamos a import��ncia de uma an��lise global das v��rias etapas do ciclo do folato para que se possa compreender a din��mica que se estabelece no desenvolvimento destas patologias, podendo diversas altera����es, quer a n��vel gen��tico quer a n��vel nutricional, exercerem efeitos diferentes consoante o estado dos restantes intervenientes do ciclo do folato. Acreditamos que no futuro este estudo permitir�� que o conhecimento do ciclo do folato tenha cada vez mais uma relev��ncia fundamental a n��vel de diagn��stico e terap��utica destas patologias.------------ ABSTRACT: Colorectal Cancer (CRC) is one of the cancers that have a higher rate of mortality worldwide. In Portugal this pathology is responsible for the deaths of about 3700 people per year, and these numbers increase each year. Over the past few decades the role of genetic changes in the etiology of oncological pathologies has had an increasingly greater emphasis. The number of studies that evaluate the importance of polymorphisms, mutations, changes in gene regulation and gene interactions in the development of these diseases has increased exponentially. With the increased knowledge of how these changes influence the development of cancer, appeared the first means for genetic diagnostic, leading to a change in the way diagnosis is seen and in the prevention of these diseases. In CRC the hereditary forms with clearly identified genetic changes represent only 5% of cases. There are about 25% representing hereditary forms for which the patterns of genetic changes haven���t been established. In this way, studies that will contribute to a greater understanding of the molecular mechanisms responsible for increased susceptibility of individuals to the CRC development are extremely important. CRC is a multifactorial pathology, where genetic factors interact with environmental factors in the emergence and development of the disease.Thus, it is essential to integrate the study of genetic changes in the environmental context of the individuals under study. In the case of this pathology one of the main environmental factors studied is nutrition. Several studies have been conducted over the past few years in order to understand how the intake of nutrients can influence the development of CRC and how nutrients interact with the individual genetic changes. The folate cycle is one of the metabolic processes where the role of nutrition in interaction with genetic alterations has been studied in recent years. This cross between the study of genetic and environmental changes developed Nutrigenetics. The set of studies of this thesis aims to increase awareness of the role of changes in genes of the folate cycle, in interaction with nutritional factors and lifestyle, not only in the development of CRC, but also of another pathology of the gastrointestinal tract, Crohn's disease (CD), an inflammatory disease often associated as a risk factor for the development of CRC. This study dealt mainly in the study of genes thymidylate synthase (TYMS) and methionine synthase (MTR) in populations with CRC and CD, as well as in the nutritional pattern of these populations with particular focus on nutrients involved in the folate cycle (folate, methionine, vitamin B6, vitamin B12). Analyzing the results obtained for the CRC studies we conclude that either the MTR TYMS have a relevant role in susceptibility to develop this pathology, and have an important role in the functioning of the cell cycle during oncogenesis. The results show that the factors that lead to a lower availability of methyl groups in folate cycle (low levels of folate, change the activity of MTR, high expression of TYMS) constitute risk factors, most likely by contribute to a dysregulation of methionine levels available for DNA methylation of the cell. Our results also demonstrate that in tumor cells occur changes in the regulation of the folate cycle in order to promote the synthesis of DNA, to the detriment of methylation of the same by changing the expression of genes so that the methyl groups from folate are forwarded to the TYMS enzyme reaction. The deletion polymorphism 6bp of TYMS emerges as a diagnostic and prognostic factor of CCR for the Portuguese population. Nutritional factors analyzed only folate appears to have a major role in modulating the risk of developing CCR.In Crohn���s disease (CD) we can check that homocysteine and its metabolism may contribute to the emergence and development of this pathology. Increased homocysteine may be responsible for an increase in the body's autoimmune response, promoting the emergence of CD. The polymorphism A2756G MTR plays a leading role as a factor of diagnosis of DC, having been associated with this pathology for the first time. It also has an important role in the development of the disease, since it is associated with a lower diagnostic age, suggesting that the development of the disease occurs earlier. In conclusion, our study has contributed to a better understanding of the role of folate cycle in the development of CRC and CD, being a starting point for future research that may prove increasingly complex metabolic interactions in this via and its influence on the pathologies studied. In our study we highlight the importance of a comprehensive analysis of the various steps of the folate cycle in order to understand the dynamics that settles in the development of these pathologies, and a number of amendments, whether at the genetic level or at the nutritional level, exercise different effects depending on the stage of the remaining participants in the folate cycle. We believe that in the future this study will allow the knowledge of folate cycle to have increasingly a fundamental relevance at the level of diagnosis and treatment of these diseases.

A Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Sa��de : um modelo multidimensional e multideterminado da funcionalidade em idosos assistidos na Rede

RESUMO: Os estudos sobre a funcionalidade da popula����o idosa t��m uma representa����o importante naquilo que �� o atual conhecimento da demografia do mundo. Portugal posiciona-se e perspetiva-se como pertencendo aos pa��ses mais envelhecidos, possuindo uma rede de cuidados p��s-agudos ��� a Rede Nacional de Cuidados Continuados Integrados (RNCCI)��� que assiste uma parcela importante dessa popula����o. Os aspetos conceptuais da funcionalidade de acordo com a OMS e operacionalizados pela Classificação Internacional de Funcionalidade (CIF), n��o mereceram at�� agora suficiente aplicabilidade no nosso pa��s, inviabilizando a possibilidade de oferecermos contributos para a sua operacionaliza����o. Da mesma forma, tamb��m os Core Sets da Classificação n��o t��m sido sujeitos a processos de valida����o que contemplem amostras portuguesas, mantendo-se desconhecimento da especificidade dos fatores contextuais na nossa popula����o. O presente estudo tem como objetivos conhecer a evolu����o da funcionalidade dos idosos assistidos na RNCCI na regi��o do Algarve nas unidades de convalescen��a e m��dia dura����o, validar o Core Set Geri��trico da OMS e propor uma vers��o abreviada da sua modalidade abrangente, no contexto destes cuidados. A amostra constitu��da por 451 idosos, dos quais 62,1% eram mulheres, revelou na pr��-morbilidade n��veis favor��veis de funcionalidade, com exce����o para as Atividades Dom��sticas. Contudo, os mais idosos (��� 85 anos), os indiv��duos sem escolaridade, as mulheres e os vi��vos/solteiros apresentaram mais casos desfavor��veis quando comparados com os seus pares. Na evolu����o da funcionalidade observ��mos melhorias significativas em todos os dom��nios avaliados, com diferen��as relativamente �� idade e �� escolaridade; apesar dos resultados positivos os mais idosos e os indiv��duos sem escolaridade apresentaram n��veis inferiores de evolu����o. No entanto, a funcionalidade alcan��ada revelou ficar com resultados significativamente inferiores na compara����o com aquela que os indiv��duos possu��am na pr��-morbilidade. Os modelos de regress��o revelaram que as Fun����es Mentais, a Perce����o do Estado de Sa��de e a atividade Usar o Telefone, foram as vari��veis que melhor explicaram os outcomes da funcionalidade alcan��ada. A valida����o do Core Set Geri��trico foi poss��vel na maioria das categorias, sendo que foi no componente das Fun����es do Corpo onde esse processo revelou maior fragilidade. As Fun����es Neuromusculoesquel��ticas e Relacionadas com o Movimento foram aquelas que registaram em ambos os momentos avaliativos frequ��ncias mais elevadas de defici��ncia, enquanto no componente Atividades & Participa����o isso ocorreu na atividade Utiliza����o dos Movimentos Finos da M��o. Os cap��tulos Apoios e Relacionamentos e Atitudes foram considerados os Fatores Ambientais mais Facilitadores mas tamb��m com maior impacto Barreira. A proposta para o Core Set Geri��trico Abreviado resultou das categorias independentes que explicaram os modelos da funcionalidade alcan��ada e cujo resultado engloba um conjunto de 27 categorias, com um enfoque importante no componente Atividades/Participa����o de onde se destacam os dom��nios da Mobilidade e dos Auto Cuidados. A funcionalidade dos indiv��duos e das popula����es deve ser considerada uma vari��vel incontorn��vel da Sa��de P��blica, cuja avalia����o deve refletir uma abordagem biopsicossocial, apoiada na Classificação Internacional de Funcionalidade. A operacionaliza����o da Classificação a partir dos Core Sets necessita de pesquisa mais aprofundada relativamente ��s carater��sticas psicom��tricas dos seus qualificadores e dos seus processos de valida����o.-----------ABSTRACT: The studies about the functioning of the elderly play an important role on what the present knowledge of the demography in the world is. Portugal figures high on the most aged countries, having a network of post-acute care - the National Network of Integrated Continuous Care (RNCCI) - which assists a large part of that population. The conceptual aspects of functioning according to WHO and operated by the International Classification of Functioning (ICF), have been insufficiently addressed concerning its adequate applicability in our country, hindering the contributions of its operation. In the same way, also the Core Sets of the Classification have not been subjected to validation procedures that include portuguese samples, keeping the unawareness of specificity of the contextual factors in our population. The objectives of the present study were to know the evolution of the functioning of the elderly assisted in the RNCCI in the Algarve region in units of convalescence and average duration, validate the WHO Geriatric Core Set and propose an abridged version of this comprehensive core set in this healthcare context. The sample was composed by 451 elderly people, of which 62.1% were women, they showed favourable levels in functioning in the pre-morbid state, except for Domestic Activities. However, the oldest (��� 85 years), the individuals with no education, women and widowed/ unmarried showed more unfavourable cases when compared to their peers. In the evolution of functioning we observed significant improvements in all domains assessed, with diferences with respect to age and education. In spite of positive results, the oldest and the individuals with no education showed lower levels of evolution. However, the functioning achieved showed significantly lower results when compared to the those observed in pre-morbidity state. Regression models reveal that Mental Functions, the Perceived Health Status and the Use of the Phone activity, were the variables that better explain the functioning of the outcomes achieved. The validation of the Geriatric Core Set of ICF was possible in most categories, and Body Functions was the component where this process showed greatest weakness. Neuromusculoskeletal and Movement-Related Functions experienced in both evaluation times with higher rates of disability, while in the Activities & Participation component this occurred in the Fine Hand Use activity. The Support and Relationships and Attitudes chapters were considered the Environmental Factors most Facilitators but also with greater impact Barrier. The proposal for the Brief Geriatric Core Set has resulted from the independent categories that explained the regression models of functioning and includes a set of 27 categories, with na important emphasis on Activities & Participation component where we can highlight the areas of Mobility and Self Care domains. The functioning of individuals and populations should be considered as an unavoidable variable of Public Health, of which the assessment should reflect a biopsychosocial approach, based on the International Classification of Functioning. The operationalization of the Classification from the Core Sets requires further research regarding the psychometric characteristics of their qualifiers and their validation procedure.

A les��o de isqu��mia/reperfus��o em transplante hep��tico: an��lise gen��tica, morfol��gica e correla����o cl��nica

RESUMO: O transplante hep��tico ortot��pico �� uma terap��utica aceite para casos selecionados de fal��ncia hep��tica terminal. O procedimento tem-�����se aperfei��oado, evidenciado pelo aumento da taxa de sobrevida de 30 para 75% aos 5 anos, mas cerca de 13 a 27% dos enxertos desenvolve fal��ncia prim��ria (PNF) ou disfun����o prim��ria (DF) ap��s o transplante. As consequ��ncias s��o devastadoras para a sobrevida do doente e do enxerto. A sua etiologia �� multifactorial, incluindo factores relacionados com o dador e o receptor, tempos de isqu��mia, agress��es cir��rgicas, bem como caracter��sticas anatomopatol��gicas do enxerto. A les��o de isqu��mia/reperfus��o mantem-�����se como um factor de risco intra operat��rio, com implica����es directas sobre toda a evolu����o do transplante : existe uma rela����o ��ntima entre a PNF e a DF, a preserva����o do enxerto, a les��o de isqu��mia/reperfus��o, e a fal��ncia do transplante. Al��m disso, est�� comprovada evid��ncia que sugere que a les��o de I/R torna um aloenxerto mais vulner��vel por aumento da imunogenicidade, aumentando a probabilidade de epis��dios de rejei����o precoce e tardia. Com base na pr��tica cl��nica quotidiana do CHBPT HCC, estudaram-�����se 54 casos de transplante hep��tico, agrupados segundo grupos por aloca����o do enxerto respectivo: Grupo 1(n=27): dador cad��ver para receptor cirr��tico, Grupo 2 (n=15): dador cad��ver para receptor PAF, Grupo 3 (n=12): dador PAF para receptor cirr��tico. Observaram-�����se as altera����es histol��gicas e moleculares sobre o enxerto at�� ao final da opera����o do receptor, e as suas consequ��ncias cl��nicas,avaliando: -����� As diferentes capacidades de resist��ncia e cada enxerto �� les��o de isqu��mia/reperfus��o. -����� As situa����es em que os factores do receptor se sobrep��em ��s do enxerto na defini����o do progn��stico, e vice versa. -����� A relev��ncia das les��es histol��gicas e moleculares precoces no tecido hep��tico na evolu����o do enxerto e do receptor. Foram colhidas bi��psias por agulha dos 54 enxertos hep��ticos,42 provenientes de cad��ver com cora����o batente(morte cerebral) e 12 provenientes de dador vivo com PAF, em tr��s tempos diferentes do processo de colheita e transplante hep��tico: ����� A primeira(T0)antes da clampagem da aorta do dador -����� A segunda (T1) no final da isqu��mia fria -����� A terceira (T2) ap��s a reperfus��o do enxerto, durante o encerramento da parede abdominal. A estas amostras foi extra��do RNA total, convertido em cDNA por transcri����o reversa e feita a an��lise da express��o dos genes da CTLA4, IL-�����1��, IL-�����4, IL-�����6, IL-�����13, TNF-�������, Perforina, Selectina, (SELE), Fas-�����ligando, Granzima-�����B, Heme-�����Oxigenase 1(HO1)e ��xido N��trico Sintetase(iNOS2A)por PCR quantitativo segundo o m��todo do Ct comparativo, utilizando como refer��ncia a express��o dos genes da amostra n��o-�����isqu��mica ���T0. Os fragmentos de todas as bi��psias foram seccionados, para envio de amostra comparativa para processamento histol��gico habitual, sem qualquer altera����o ao protocolo seguido habitualmente na Unidade de Transplanta����o do Hospital Curry Cabral. A presen��a de alguns par��metros histol��gicos definidos, como esteatose, necrose, vacuoliza����o, congest��o sinusoidal e infiltra����o neutrof��lica, foi registada e contabilizada numa classificação num��rica. O seguimento cl��nico e laboratorial, bem como o acompanhamento de eventuais complica����es, foi registado e correlacionado com os dados das colheitas de ��rg��os e com os dados das bi��psias. Foram consideradas as seguintes vari��veis, como as mais relevantes e objectivas para a interpreta����o da evolu����o cl��nica, tendo sido comparadas estatisticamente com os dados recolhidos, laboratoriais e cl��nicos: disfun����o do enxerto, 207 p��s operat��rias, n��mero de internamentos igual ou superior a 2 e rejei����o cr��nica e/ou morte do receptor. Foram identificadas caracter��sticas cl��nicas menos favor��veis, a considerar, nalgumas circunst��ncias: g��nero feminino do receptor (sobretudo associado a enxerto masculino, p=0,077), isqu��mia fria superior a 500 minutos (p=0,074), isqu��mia quente superior a 90 minutos (p=0,099). Na an��lise laboratorial, distinguiram-�����se duas caracter��sticas histol��gicas desfavor��veis e irrevers��veis, como ��ndice de mau progn��stico: a necrose e a baloniza����o (p=0,029); no painel gen��tico escolhido neste estudo,a express��o basal de IL-�����1��(p=0,028), de SELE p=0,013)e de FAS-�����L (p=0,079)relacionaram-�����se com pior progn��stico. Algumas caracter��sticas protectoras intr��nsecas dos enxertos s�� se revelaram indirectamente, como menor infiltra����o neutrof��lica e maior express��o de HO1 e de iNOS nos enxertos PAF, n��o tendo sido poss��vel provar uma interfer��ncia directa nos resultados cl��nicos. N��o se obteve express��o mensur��vel de genes anti-����� inflamat��rios nas biopsias hep��ticas processadas neste estudo, como a IL13 e a I 4: assim, com a metodologia utilizada, n��o foi poss��vel obter um perfil de express��o gen��tica associado a boa evolu����o cl��nica. O perfil inverso foi sugerido apenas pela express��o basal dos 3 genes mencionados (FAS-�����L,IL-�����1�� e SELE)no mesmo painel, com o protocolo seguido neste conjunto de 54 doentes. As caracter��sticas do receptor sobrepuseram-�����se ��s do enxerto no caso de: -����� diagn��stico de PAF no receptor, que determinou uma maior predisposi����o para a disfun����o do enxerto, o que, por sua vez, determina uma menor sobrevida. No entanto, o diagn��stico de PAF no receptor exibe uma curva de sobrevida mais favor��vel. -����� receptores com um baixo balan��o de risco (BAR)definiram caracter��sticas favor��veis para enxertos com n��veis baixos e moderados de esteatose, fazendo que esta caracter��stica, definida como um risco acrescido, n��o s�� n��o se manifestasse clinicamente,como parecesse um factor favor��vel. As caracter��sticas do enxerto sobrepuseram-�����se ��s do receptor no caso de: -����� tempo de isqu��mia fria superior a 500 minutos -����� baloniza����o, necrose, FAS-�����L,IL-�����1�� e SELE em T0 A integra����o dos resultados moleculares e morfol��gicos com a evolu����o cl��nica, real��a o papel da mobiliza����o precoce de neutr��filos nos desempenhos menos favor��veis do enxerto hep��tico. -------------ABSTRACT: Orthotopic liver transplantation is na accepted therapeutic procedure for selected cases of terminal liver failure. The procedure has been improved, evidenced by the rise of survival rates from 30 to 70% at 5 years, but 13 to 27% of the liver grafts develops primary non function (PNF) or primary dysfunction (PDF) after transplantation. The consequences are devastating for the survival of the patient and of the graft. Its etiology is multifactorial, including factos related with the donor and with the recipient, ischemic times, surgical aggressions, as well as the histological characteristics of the graft. The ischemia/reperfusion lesion is still an intraoperative risk factor, with direct implications in the whole transplant outcome: there is a close interrelation between PNF and DF, graft preservation, ischemia / reperfusion lesion and graft failure. Beyond his, there is proved evidence that suggests that I/R lesion turns the allograft more vulnerable by increasing its immunogenity, increasing the probability of precocious and late rejection episodes. Based on the daily clinical practice at CHBPT /HCC, 54 cases of hepatic transplantation have been studied, grouped by allocation of each graft: Group (n=27):deceased do nortocirrhotic recipient, Group 2 (n=15): deceased donor to FAP recipient, Group 3 (n=12): FAP living donor to cirrhotic recipient. The histologic and molecular changes in the liver graft were observed until the end of the recipiente operation,together with its clinical consequences, evaluating:-�����The different capacity of resistance of each graft to the ischemia / reperfusion lesion -����� The situations where the recipiente factos overlap the ones of the graft, in the definition of prognosis, and vice versa.-����� The relevance of the precocious histologic and molecular lesions of the hepatic tissue in the clinical outcome of the graft and the recipient. Needle biopsies were obtained from 54 liver grafts, 42 deceased brain dead donors and 12 from FAP living donors, at three diferente times of the harvesting and the hepatic transplantation: The first one (T0) before clamping the donor aorta -����� The second one (T2) in the end of cold ischemia time -����� The third one (T) after the reperfusion of the graft, during the closure of the abdominal wall. Total RNAwas extracted to these samples, converted to cDNA by reverse transcription and the analysis of gene expression was made for CTLA4,IL-�����1��,IL-�����4,IL-�����6,IL-�����13,TNF-�������,Perforin,E Selectin (SELE),Fas-�����ligand,Granzyme-�����B,Heme-�����oxigenase 1 (HO1) and Nitric Oxide Sintetase (iNOS2A) by quantitative PCR, according with the Ct comparative method, using the expression of the non ischemic sample ��� T0. The fragments of all the biopsies were divided, to send a comparative sample to the usual histologic processement, keeping the same usual protocol at the Transplantation Unit of Curry Cabral Hospital. The presence of some defined histologic parameters, such as steatosis, necrosis, vacuolization, sinusoidal congestion and neutrophilic infiltration, was registered and catalogued in a numeric classification. The clinical and laboratory follow-�����up, as well as the following of eventual complications, was registered and correlated with the data from organ procurement operations and with the data from the biopsies. The following variables were considered as the most relevant and objective ones, to the interpretation of the clinical evolution, being statistically compared with the clinical and laboratorial collected data: graft dysfunction, post-�����operative complications, number of readmissions of 2 or more and chronic rejection and /or recipiente death. There were identified some unfavorable clinical characteristics, to be considered under certain circumstances: recipiente female gender (specially associated with malegraft, p=0,077), cold ischemia time of more than 500 minutes (p=0,074), warm ischemia time of more than 90 minutes (p=0,099). In the laboratory analysis, two histologic characteristics were identified as unfavorable and irreversible, associated with bad prognosis: necrosis and balonization (p=0,029); in the gene panel selected in this study, the basal expression of IL-�����1�� (p=0,028), SELE (p=0,013) and FAS-�����L (p=0,079)were related with worse prognosis.Some intrinsic protective characteristics of the grafts were only indirectly revealed, such as less neutrophilic infiltration and bigger expression of HO1 and iNOS in FAP grafts, being impossible to prove any direct inte ference in the clinical results. A relevant and measurable expression of the anti inflammatory genes IL13 and IL4 was not obtained: with the used methodology, it was impossible to obtain a gene expression profile associated with a favorable clinical outcome.The inverse profile was suggested only by the basal expression of the three mentioned genes (FAS-�����L, IL-����� 1�� e SELE) in the same gene panel, according with the followed protocol in this group of 54 patients. The characteristics of the recipient overlapped those from the graft, in the case of :-����� FAP diagnosis in the recipient, which determined a bigger predisposition to graft dysfunction, which by itself determines a shorter survival. However, FAP diagnosis in the recipiente depicts a more favorable survival curve. -����� Recipients with a low balance risk ��ndex (BAR) defined favorable characteristics to grafts with low and moderate grades of steatosis, making that this characteristic, associated with bad prognosis, looked like a favorable factor, and with no clinical interference. The graft characteristics overlapped those from the receptor in the case of: -����� Cold ischemic time more than 500 minutes -����� Balonization, necrosis, FAS-�����L, IL-�����1�� and SELE at T0. The integration of molecular and morphologic results with the clinical evolution, stresses the role of a precocious neutrophils mobilization in the worse outcomes of liver grafts.

Rapid detection of Van genes in rectal swabs by real time PCR in Southern Brazil

INTRODUCTION: Laboratory-based surveillance is an important component in the control of vancomycin resistant enterococci (VRE). METHODS: The study aimed to evaluate real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) (genes vanA-vanB) for VRE detection on 115 swabs from patients included in a surveillance program. RESULTS: Sensitivity of RT-PCR was similar to primary culture (75% and 79.5%, respectively) when compared to broth enriched culture, whereas specificity was 83.1%. CONCLUSIONS: RT-PCR provides same day results, however it showed low sensitivity for VRE detection.

Multidrug resistance genes, including blaKPC and blaCTX-M-2, among Klebsiella pneumoniae isolated in Recife, Brazil

INTRODUCTION: The prevalence of cephalosporins and carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains is rising in Brazil, with potential serious consequences in terms of patients' outcomes and general care. METHODS: This study characterized 24 clinical isolates of K. pneumoniae from two hospitals in Recife, Brazil, through the antimicrobial susceptibility profile, analyses of β-lactamase genes (blaTEM, blaSHV,blaCTX-MblaKPC, blaVIM, blaIMP, and blaSPM), plasmidial profile and ERIC-PCR (Enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction). RESULTS: ERIC-PCR and plasmidial analysis grouped the isolates in 17 and 19 patterns, respectively. Six isolates from one hospital presented the same pattern by ERIC-PCR, indicating clonal dissemination. All isolates presented blaSHV, 62.5% presented blaCTX-M-2, 29% blaTEM, and 41.7% blaKPC. Metallo-β-lactamase genes blaand blawere not detected. Eleven isolates were identified carrying at least 3 β-lactamase studied genes, and 2 isolates carried blaSHVblaTEM, blaCTX-M-2 and blaKPC simultaneously. CONCLUSIONS: The accumulation of resistance genes in some strains, observed in this study, imposes limitations in the therapeutic options available for the treatment of infections caused by K. pneumoniae in Recife, Brazil. These results should alert the Brazilian medical authorities to establish rigorous methods for more efficiently control the dissemination of antimicrobial resistance genes in the hospital environment.

Prevalence of enterotoxin-encoding genes and antimicrobial resistance in coagulase-negative and coagulase-positive Staphylococcus isolates from black pudding

INTRODUCTION: Staphylococcal species are pathogens that are responsible for outbreaks of foodborne diseases. The aim of this study was to investigate the prevalence of enterotoxin-genes and the antimicrobial resistance profile in staphylococcus coagulase-negative (CoNS) and coagulasepositive (CoPS) isolates from black pudding in southern Brazil. METHODS: Two hundred typical and atypical colonies from Baird-Parker agar were inoculated on mannitol salt agar. Eighty-two mannitol-positive staphylococci were submitted to conventional biochemical tests and antimicrobial susceptibility profiling. The presence of coagulase (coa) and enterotoxin (se) genes was investigated by polymerase chain reaction. RESULTS: The isolates were divided into 2 groups: 75.6% (62/82) were CoNS and 24.4% (20/82) were CoPS. The biochemical tests identified 9 species, of which Staphylococcus saprophyticus (37.8%) and Staphylococcus carnosus (15.9%) were the most prevalent. Antimicrobial susceptibility tests showed resistance phenotypes to antibiotics widely administered in humans, such as gentamicin, tetracycline, chloramphenicol, and erythromycin. The coa gene was detected in 19.5% (16/82) of the strains and 4 polymorphic DNA fragments were observed. Five CoNS isolates carrying the coa gene were submitted for 16S rRNA sequencing and 3 showed similarity with CoNS. Forty strains were positive for at least 1 enterotoxin-encoding gene, the genes most frequently detected were sea (28.6%) and seb (27.5%). CONCLUSIONS: The presence of antimicrobial resistant and enterotoxin-encoding genes in staphylococci isolates from black pudding indicated that this fermented food may represent a potential health risk, since staphylococci present in food could cause foodborne diseases or be a possible route for the transfer of antimicrobial resistance to humans.

Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Sa��de : uma dimens��o do neurodesenvolvimento

RESUMO: Objetivo Principal ��� Determinar a consist��ncia da utiliza����o dos instrumentos de avalia����o da capacidade intelectual ��� escalas de Griffiths e WISC III ��� no enquadramento dos dom��nios e dos qualificadores da CIF-CJ, restrita ��s fun����es mentais do corpo. Objetivo secund��rio: ��� Estudar a efetividade e concord��ncia inter-observador da aplica����o da CIF, com base na leitura dos dados obtidos em avalia����o efetuada com os instrumentos referidos, por duas observadoras independentes, em contexto de articula����o sa��de, respetivamente educa����o e seguran��a social M��todos ��� Estudo observacional, descritivo, transversal e prospetivo. ��� Foi estudada uma amostra de conveni��ncia 355 crian��as, num per��odo de tr��s anos (Maio de 2010 a 30 de Abril de 2013), com patologia da ��rea da pediatria do neurodesenvolvimento (total de 4000 consultas) no Centro de Desenvolvimento (CD) do Hospital de Dona Estef��nia (HDE), Centro Hospitalar de Lisboa Central, EPE (CHLC, EPE). ��� Crit��rios de inclus��o: crian��as de ambos os sexos, observadas no CD do HDE, CHLC (primeiras consultas e consultas de reavalia����o) com idade ���12 meses e ���17 anos e incapacidade intelectual definida de acordo com os crit��rios da DSM-IV-TR, DSM 5 e CID-10. ��� Crit��rios de exclus��o: crian��as com autismo, perturba����es espec��ficas da linguagem, hiperatividade, d��fice de aten����o e concentra����o, d��fices sensoriais cong��nitos (baixa vis��o e ou audi����o), ou com outros diagn��sticos de perturba����es de neurodesenvolvimento. ��� O estudo teve duas fases: na primeira, a investigadora principal colheu ou atualizou a hist��ria cl��nica, observou clinicamente as crian��as solicitando os exames complementares considerados necess��rios e foi efetuada avalia����o psicol��gica com os instrumentos adiante descritos, pela mesma psic��loga cl��nica, devidamente credenciada, e com larga experi��ncia nas escalas referidas. Com base nos dados colhidos, quer por observa����o direta, quer atrav��s dos resultados das escalas Griffiths e WISC ��� III, a investigadora aplicou a CIF-CJ, circunscrita aos dom��nios e fun����es (vari��veis): 1. FUN����ESMENTAIS GLOBAIS (b110- Fun����es da consci��ncia, b114- Fun����es da orienta����o no espa��o e no tempo, b117 ��� Fun����es intelectuais, b122- Fun����es psicossociais globais, b125- Fun����es intrapessoais, b126- Fun����es do temperamento e da personalidade); 2.FUN����ES MENTAIS ESPEC��FICAS (b140- fun����es da aten����o, b147- Fun����es psicomotoras, b152- Fun����es emocionais, b156- Fun����es da perce����o, b163- Fun����es cognitivas b��sicas, b164- Fun����es cognitivas de n��vel superior, b167- Fun����es mentais da linguagem 3. FUN����ES DA VOZ E DA FALA (b320- Fun����es da articula����o, b330- Fun����es da flu��ncia e do ritmo da fala). Numa segunda fase, foi solicitada a colabora����o de duas co-investigadoras, com forma����o espec��fica nas escalas utilizadas e na CIF-CJ, a aplica����o da CIF nos mesmos dom��nios e fun����es. Estas observadoras n��o efetuaram observa����es diretas das crian��as envolvidas. ��� Para efetuar a an��lise estat��stica e analisar a rela����o entre os qualificadores (0 a 4) das vari��veis da CIF em estudo (b117, b122, b147, b163, b164, b167, b320 e b330) e os instrumentos psicom��tricos (escalas de Griffiths e WISC III), que constitui a primeira parte do estudo, recorreu-se �� t��cnica estat��stica n��o param��trica do coeficiente de correla����o de Spearman, que quantifica a intensidade e sinal da eventual correla����o existente entre as vari��veis em estudo. ��� Para determinar as correla����es referentes �� segunda parte do estudo, foram utilizados os programas SPSS��, (IBM SPSS Statistics) e Statistica�� (StatSoft, Inc., 2011). STATISTICA (data analysis software system, version 10. www.statsoft.com.), tendo-se dado prefer��ncia aos gr��ficos deste ��ltimo. Resultados 1. Observou-se um predom��nio do sexo masculino (rela����o de 1:1,9); relativamente �� idade no momento de avalia����o, 242 crian��as (68,1%) tinham entre zero e seis anos e, dentro destas, a maioria (189) situava-se entre os tr��s e os seis anos. 2. De acordo com a DSM-IV e DSM-5, 261 (73,4%) crian��as apresentavam incapacidade intelectual ligeira. 3. A avalia����o da compet��ncia intelectual pelas escalas de Ruth Griffiths e WISC III (QI), revelaram correla����o negativa predominantemente forte e muito forte (��ndice de Spearman) com os qualificadores das fun����es do corpo estudadas (fun����es mentais, mentais espec��ficas e da voz). Os resultados obtidos pela co-investigadora A foram sobrepon��veis aos da investigadora principal. Os resultados obtidos pela co-investigadora B revelaram correla����o negativa moderada e forte, correla����o inferior �� da investigadora principal; Conclus��es Os resultados permitem inferir que as escalas de Ruth Griffiths e WISC-III s��o instrumentos adequados para caracterizar a incapacidade intelectual na CIF-CJ; a concord��ncia inter-observador, moderada, nos qualificadores atribu��dos nas fun����es em an��lise pela investigadora e co-investigadoras, permite concluir que as escalas de Ruth Griffiths e WISC IIIl s��o bons instrumentos para caracterizar os qualificadores nos dom��nios e fun����es estudados, por diferentes grupos de profissionais ligados �� inf��ncia. Subsistem dificuldades na diferencia����o entre qualificadores, designadamente entre os qualificadores 1 e 2, o que tem necessariamente implica����es na elegibilidade das crian��as para os apoios preconizados pelo DL 3/2008. ------------------------ ABSTRACT: Main objective ��� To determine the consistency of the use of assessment tools for intellectual ability - Griffiths and WISC III scales - in the context of domains and qualifiers for the ICF-CY, restricted to the mental functions of the body. Secondary objective ��� Studying the effectiveness and inter-observer concordance concerning the application of the ICF, based on the data recovered from the assessment made with the mentioned instruments, carried out by two independent observers including their perspective on health, education and social security. Methods ��� Observational, descriptive, cross-sectional and prospective study. ��� A convenience sample of 355 children was studied over a period of three years (May 2010 to April 2013), with a pathology in the area of pediatric neurodevelopment ��� intellectual disability (total of 4000 consultations, including first consultations and revaluations) were observed in the Development Centre (CD) in Hospital de Dona Estef��nia (HDE), Centro Hospitalar de Lisboa Central, EPE (CHLC). ��� Inclusion criteria: children of both sexes aged ���12 months and years ���17 and intellectual disability defined according to the criteria in the DSM-IV-TR, DSM 5 and ICD-10. ��� Exclusion criteria: children with autism; specific language impairment, hyperactivity; attention deficit disorder; severe birth sensory deficits (eg, impaired vision and hearing); amongst other diagnoses for neurodevelopmental disorders. ��� The study was conducted in two phases: in the first phase the principal investigator collected or updated medical history, clinically observed children requesting additional investigations if she deemed necessary. Psychological evaluation was performed by a single, duly licensed clinical psychologist with extensive experience in the referred scales using the instruments described below. Based on data collected, either by direct observation or through the results of Griffiths scales and WISC - III, the researcher applied the ICF-CY confined to the following fields and functions (variables): 1. GLOBAL MENTAL FUNCTIONS (b110- functions of consciousness, b114- Functions referring to space and time orientation , b117 - intellectual functions, b122- global psychosocial functions, b125- intrapersonal functions, b126- functions related to temperament and personality); 2. SPECIFIC MENTAL FUNCTIONS ( b140- attention functions, b147-psychomotor functions, b152- Emotional functions, b156- perception functions, b163- basic cognitive functions and cognitive functions b164- top level b167- language related mental functions. ) 3. VOICE AND SPEECH FUNCTIONS (b320-articulation functions, b330- fluency and rhythm of speech functions). ��� In the second phase, two co-investigators, with specific training on the scales used and the ICF-CY have applied the ICF in the domains and functions mentioned above, based on the scales results. These co-investigators did not make any direct observation of the studied children. ��� To perform the statistical analysis and analyze the relationship between the qualifiers (0-4) of the variables in the ICF study (b117, b122, b147, B163, B164, b167, b320 and B330) and psychometric instruments (Griffiths scale and WISC III), which is the first part of the study, the statistical technique of non-parametric Spearman correlation coefficient was used, which quantifies the strength and sign of the possible correlation between the variables under study. ��� For submission of correlations related to the second part of the study, SPSS (IBM SPSS) and Statistica (StatSoft, Inc., 2011) programs were used. STATISTICA (data analysis software system, version 10 www.statsoft.com.). Preference was given to graphs computed in Statistica. Results ��� Male predominated (ratio of 1: 1.9). 242 children (68.1% of the sample) were aged between zero and six years and, among these, the majority (189) was aged largest number between three and six years. ��� According to the DSM-IV and DSM-5, 261 (73.4%) children had mild intellectual disability. The correlation between the assessment of intellectual competence by Ruth Griffiths scales and WISC III (QI), was predominantly negative strong and very strong correlation with the qualifiers of body functions studied (specific mental functions, mental and voice functions using Spearman index). The levels of correlation obtained by the co-investigatores were in agreeance with the results from the principal investigator. The results obtained by co-investigator B showed moderate to strong negative correlation, levels that were lower to the those registered by the principal investigator; Conclusions These results indicate that Ruth Griffiths and WISC-III scales are adequate tools to characterize intellectual disability in the ICF-CY; moderate inter-observer agreement in the qualifiers assigned the functions under analysis by the researcher and co-researchers, shows that the scales are also good tools to measure CIF qualifyers by diferent technicians with different professional orientations, related to children. However, there are still difficulties in differentiating qualifiers, namely between qualifiers 1/2 and 3/4, which necessarily has implications for the eligibility of children for the state support advocated by the Portuguese Decret Law 3/2008.

Evolutionary dynamics of Chlamydia trachomatis genome and identification of molecular patterns of hypothetical protein coding genes

The obligate intracellular bacterium Chlamydia trachomatis is a human pathogen of major public health significance. Strains can be classified into 15 main serovars (A to L3) that preferentially cause ocular infections (A-C), genital infections (D-K) or lymphogranuloma venereum (LGV) (L1-L3), but the molecular basis behind their distinct tropism, ecological success and pathogenicity is not welldefined. Most chlamydial research demands culture in eukaryotic cell lines, but it is not known if stains become laboratory adapted. By essentially using genomics and transcriptomics, we aimed to investigate the evolutionary patterns underlying the adaptation of C. trachomatis to the different human tissues, given emphasis to the identification of molecular patterns of genes encoding hypothetical proteins, and to understand the adaptive process behind the C. trachomatis in vivo to in vitro transition. Our results highlight a positive selection-driven evolution of C. trachomatis towards nichespecific adaptation, essentially targeting host-interacting proteins, namely effectors and inclusion membrane proteins, where some of them also displayed niche-specific expression patterns. We also identified potential "ocular-specific" pseudogenes, and pointed out the major gene targets of adaptive mutations associated with LGV infections. We further observed that the in vivo-derived genetic makeup of C. trachomatis is not significantly compromised by its long-term laboratory propagation. In opposition, its introduction in vitro has the potential to affect the phenotype, likely yielding virulence attenuation. In fact, we observed a "genital-specific" rampant inactivation of the virulence gene CT135, which may impact the interpretation of data derived from studies requiring culture. Globally, the findings presented in this Ph.D. thesis contribute for the understanding of C.trachomatis adaptive evolution and provides new insights into the biological role of C. trachomatishypothetical proteins. They also launch research questions for future functional studies aiming toclarify the determinants of tissue tropism, virulence or pathogenic dissimilarities among C. trachomatisstrains.