Mechanisms of Transposable Element Repression by Piwi Proteins in the piRNA Pathway of Drosophila Germ Cells

The ability to reproduce is a defining characteristic of all living organisms. During reproduction, the integrity of genetic material transferred from one generation to the next is of utmost importance. Organisms have diverse strategies to ensure the fidelity of genomic information inherited between generations of individuals. In sexually reproducing animals, the piRNA pathway is an RNA-interference (RNAi) mechanism that protects the genomes of germ cells from the replication of ‘selfish’ genetic sequences called transposable elements (TE). When left unabated, the replication of TE sequences can cause gene disruption, double-stranded DNA breaks, and germ cell death that results in sterility of the organism. In Drosophila, the piRNA pathway is divided into a cytoplasmic and nuclear branch that involves the functions of three Piwi-clade Argonaute proteins—Piwi, Aubergine (Aub) and Argonaute-3 (Ago3)—which bind piwi-interacting RNA (piRNA) to form the effector complexes that represses deleterious TE sequences.

The work presented in this thesis examines the function and regulation of Piwi proteins in Drosophila germ cells. Chapter 1 presents an introduction to piRNA biogenesis and to the essential roles occupied by each Piwi protein in the repression of TE. We discuss the architecture and function of germ granules as the cellular compartments where much of the piRNA pathway operates. In Chapter 2, we present how Piwi in the nucleus co-transcriptionally targets genomic loci expressing TE sequences to direct the deposition of repressive chromatin marks. Chapter 3 examines the cytoplasmic function of the piRNA pathway, where we find that the protein Krimper coordinates Aub and Ago3 in the piRNA ping-pong pathway to adaptively target and destroy TE transcripts. Chapter 4 explores how interactions of Piwis with associated proteins are modulated by arginine methylation modifications. Lastly, in Chapter 5 I present evidence that the cytoplasmic branch of the piRNA pathway can potentially ‘cross-talk’ with the nuclear branch to transfer sequence information to better target and co-transcriptionally silence the genomic loci coding active TE sequences. Overall, the work presented in this thesis constitutes a part of the first steps in understanding the molecular mechanisms that protect germ cells from invasion by TE sequences.

Large-aperture automatic focimeter for the measurement of optical power and other optical characteristics of ophthalmic lenses

We propose an optical apparatus enabling the measurement of spherical power, cylindrical power, and optical center coordinates of ophthalmic lenses. The main advantage of this new focimeter is to provide a full bidimensional mapping of the characteristics of ophthalmic glasses. This is made possible thanks to the use of a large-area and high-resolution position-sensitive detector. We describe the measurement principle and present some typical mappings, particularly for progressive lenses. We then discuss the advantages in terms of speed and versatility of such a focimeter for the measurement of complex lens mappings. (C) 2002 Optical Society of America.

A theory of strong and weak scintillations with applications to astrophysics

The propagation of waves in an extended, irregular medium is studied under the "quasi-optics" and the "Markov random process" approximations. Under these assumptions, a Fokker-Planck equation satisfied by the characteristic functional of the random wave field is derived. A complete set of the moment equations with different transverse coordinates and different wavenumbers is then obtained from the characteristic functional. The derivation does not require Gaussian statistics of the random medium and the result can be applied to the time-dependent problem. We then solve the moment equations for the phase correlation function, angular broadening, temporal pulse smearing, intensity correlation function, and the probability distribution of the random waves. The necessary and sufficient conditions for strong scintillation are also given.

We also consider the problem of diffraction of waves by a random, phase-changing screen. The intensity correlation function is solved in the whole Fresnel diffraction region and the temporal pulse broadening function is derived rigorously from the wave equation.

The method of smooth perturbations is applied to interplanetary scintillations. We formulate and calculate the effects of the solar-wind velocity fluctuations on the observed intensity power spectrum and on the ratio of the observed "pattern" velocity and the true velocity of the solar wind in the three-dimensional spherical model. The r.m.s. solar-wind velocity fluctuations are found to be ~200 km/sec in the region about 20 solar radii from the Sun.

We then interpret the observed interstellar scintillation data using the theories derived under the Markov approximation, which are also valid for the strong scintillation. We find that the Kolmogorov power-law spectrum with an outer scale of 10 to 100 pc fits the scintillation data and that the ambient averaged electron density in the interstellar medium is about 0.025 cm^-3. It is also found that there exists a region of strong electron density fluctuation with thickness ~10 pc and mean electron density ~7 cm^-3 between the PSR 0833-45 pulsar and the earth.

光纤连接器端面几何参量自动测量仪

报道了一种高精度测量光纤连接器端面几何参量的自动测量仪。叙述了光纤连接器的端面几何参量的测量原理。由光纤连接器端面形貌和纤芯中心坐标，可以高精度得到曲率半径、顶点偏移量、端面倾斜角和光纤高度等影响连接器性能的关键端面几何参量。该仪器体积小，自动化程度高，用户界面友好，使用方便，可测量物理接触、角度式物理接触等类型的光纤连接器端面几何参量。实际测量证明，该测量仪有很好的重复测量精度。该测量仪与美国Dorc公司ZX-1 mini PMS测量仪和Norland公司NC3000测量仪相比，测量精度水平相当。该仪器

Cálculo de área de poligonais geodésicas ou loxodrômicas sobre o elipsóide do Sistema Geodésico WGS-84.

O cálculo da área de poligonais geodésicas é um desafio matemático instigante. Como calcular a área de uma poligonal sobre o elipsóide, se seus lados não possuem parametrização conhecida? Alguns trabalhos já foram desenvolvidos no intuito de solucionar este problema, empregando, em sua maioria, sistemas projetivos equivalentes ou aproximações sobre esferas autálicas. Tais métodos aproximam a superfície de referência elipsoidal por outras de mais fácil tratamento matemático, porém apresentam limitação de emprego, pois uma única superfície não poderia ser empregada para todo o planeta, sem comprometer os cálculos realizados sobre ela. No Código de Processo Civil, Livro IV, Título I, Capítulo VIII, Seção III artigo 971 diz, em seu parágrafo único, que não havendo impugnação, o juiz determinará a divisão geodésica do imóvel. Além deste, existe ainda a Lei 10.267/2001, que regula a obrigatoriedade, para efetivação de registro, dos vértices definidores dos limites dos imóveis rurais terem suas coordenadas georreferenciadas ao Sistema Geodésico Brasileiro (SGB), sendo que áreas de imóveis menores que quatro módulos fiscais terão garantida isenção de custos financeiros.Este trabalho visa fornecer uma metodologia de cálculo de áreas para poligonais geodésicas, ou loxodrômicas, diretamente sobre o elipsóide, bem como fornecer um programa que execute as rotinas elaboradas nesta dissertação. Como a maioria dos levantamentos geodésicos é realizada usando rastreadores GPS, a carga dos dados é pautada em coordenadas (X, Y, Z), empregando o Sistema Geodésico WGS-84, fornecendo a área geodésica sem a necessidade de um produto tipo SIG. Para alcançar o objetivo deste trabalho, foi desenvolvida parametrização diferente da abordagem clássica da Geodésia geométrica, para transformar as coordenadas (X, Y, Z) em geodésicas.

Wave induced oscillations in harbors of arbitrary shape

Theoretical and experimental studies were conducted to investigate the wave induced oscillations in an arbitrary shaped harbor with constant depth which is connected to the open-sea.

A theory termed the “arbitrary shaped harbor” theory is developed. The solution of the Helmholtz equation, ∇²f + k²f = 0, is formulated as an integral equation; an approximate method is employed to solve the integral equation by converting it to a matrix equation. The final solution is obtained by equating, at the harbor entrance, the wave amplitude and its normal derivative obtained from the solutions for the regions outside and inside the harbor.

Two special theories called the circular harbor theory and the rectangular harbor theory are also developed. The coordinates inside a circular and a rectangular harbor are separable; therefore, the solution for the region inside these harbors is obtained by the method of separation of variables. For the solution in the open-sea region, the same method is used as that employed for the arbitrary shaped harbor theory. The final solution is also obtained by a matching procedure similar to that used for the arbitrary shaped harbor theory. These two special theories provide a useful analytical check on the arbitrary shaped harbor theory.

Experiments were conducted to verify the theories in a wave basin 15 ft wide by 31 ft long with an effective system of wave energy dissipators mounted along the boundary to simulate the open-sea condition.

Four harbors were investigated theoretically and experimentally: circular harbors with a 10° opening and a 60° opening, a rectangular harbor, and a model of the East and West Basins of Long Beach Harbor located in Long Beach, California.

Theoretical solutions for these four harbors using the arbitrary shaped harbor theory were obtained. In addition, the theoretical solutions for the circular harbors and the rectangular harbor using the two special theories were also obtained. In each case, the theories have proven to agree well with the experimental data.

It is found that: (1) the resonant frequencies for a specific harbor are predicted correctly by the theory, although the amplification factors at resonance are somewhat larger than those found experimentally,(2) for the circular harbors, as the width of the harbor entrance increases, the amplification at resonance decreases, but the wave number bandwidth at resonance increases, (3) each peak in the curve of entrance velocity vs incident wave period corresponds to a distinct mode of resonant oscillation inside the harbor, thus the velocity at the harbor entrance appears to be a good indicator for resonance in harbors of complicated shape, (4) the results show that the present theory can be applied with confidence to prototype harbors with relatively uniform depth and reflective interior boundaries.

Transonic wind tunnel for investigation of turbomachinery blades

The design of a two-stream wind tunnel was undertaken to allow the simulation and study of certain features of the flow field around the blades of high-speed axial-flow turbomachineries. The mixing of the two parallel streams with designed Mach numbers respectively equal to 1.4 and 0.7 will simulate the transonic Mach number distribution generally obtained along the tips of the first stage blades in large bypass-fan engines.

The GALCIT hypersonic compressor plant will be used as an air supply for the wind tunnel, and consequently the calculations contained in the first chapter are derived from the characteristics and the performance of this plant.

The transonic part of the nozzle is computed by using a method developed by K. O. Friedrichs. This method consists essentially of expanding the coordinates and the characteristics of the flow in power series. The development begins with prescribing, more or less arbitrarily, a Mach number distribution along the centerline of the nozzle. This method has been programmed for an IBM 360 computer to define the wall contour of the nozzle.

A further computation is carried out to correct the contour for boundary layer buildup. This boundary layer analysis included geometry, pressure gradient, and Mach number effects. The subsonic nozzle is calculated {including boundary layer buildup) by using the same computer programs. Finally, the mixing zone downstream of the splitter plate was investigated to prescribe the wall contour correction necessary to ensure a constant-pressure test section.

[Z_Sadaba_Mausoleo] Documentación geométrica del mausoleo romano de «La Sinagoga» (Sádaba, Zaragoza)

[ES] Se conoce como la «Sinagoga» de Sádaba a las ruinas de un pequeño edificio con planta en forma de cruz de 12 por 14 metros, cuyos restos alcanzan una altura máxima de 4 metros, que se encuentra localizado al sureste del casco urbano del municipio de Sádaba (Zaragoza), junto al Canal de las Bardenas. A pesar de esta denominación, en la actualidad se considera que se trata de un mausoleo de época romana.

[Z_Sadaba_Mausoleo] Documentación geométrica del mausoleo romano de «La Sinagoga» (Sádaba, Zaragoza) (II)

[ES] Se conoce como la «Sinagoga» de Sádaba a las ruinas de un pequeño edificio con planta en forma de cruz de 12 por 14 metros, cuyos restos alcanzan una altura máxima de 4 metros, que se encuentra localizado al sureste del casco urbano del municipio de Sádaba (Zaragoza), junto al Canal de las Bardenas. A pesar de esta denominación, en la actualidad se considera que se trata de un mausoleo de época romana. La documentación realizada incluye una red de coordenadas absolutas obtenidas por técnicas GNSS y un volumétrico por topografía clásica. Asimismo se ha generado un modelo 3D mallado con texturas fotográficas a partir de fotografías.

Design, Synthesis, and Study of Novel Platforms for Iron-N2 Chemistry and Photoinduced, Copper-mediated C-N Bond Formation

Several new ligand platforms designed to support iron dinitrogen chemistry have been developed. First, we report Fe complexes of a tris(phosphino)alkyl (CP^iPr₃) ligand featuring an axial carbon donor intended to conceptually model the interstitial carbide atom of the nitrogenase iron-molybdenum cofactor (FeMoco). It is established that in this scaffold, the iron center binds dinitrogen trans to the C_alkyl anchor in three structurally characterized oxidation states. Fe-C_alkyl lengthening is observed upon reduction, reflective of significant ionic character in the Fe-C_alkyl interaction. The anionic (CP^iPr₃)FeN₂^- species can be functionalized by a silyl electrophile to generate (CP^iPr₃)Fe-N₂SiR₃. This species also functions as a modest catalyst for the reduction of N₂ to NH₃. Next, we introduce a new binucleating ligand scaffold that supports an Fe(μ-SAr)Fe diiron subunit that coordinates dinitrogen (N₂-Fe(μ-SAr)Fe-N₂) across at least three oxidation states (Fe^IIFe^II, Fe^IIFe^I, and Fe^IFe^I). Despite the sulfur-rich coordination environment of iron in FeMoco, synthetic examples of transition metal model complexes that bind N₂ and also feature sulfur donor ligands remain scarce; these complexes thus represent an unusual series of low-valent diiron complexes featuring thiolate and dinitrogen ligands. The (N₂-Fe(μ-SAr)Fe-N₂) system undergoes reduction of the bound N₂ to produce NH₃ (~50% yield) and can efficiently catalyze the disproportionation of N₂H₄ to NH₃ and N₂. The present scaffold also supports dinitrogen binding concomitant with hydride as a co-ligand. Next, inspired by the importance of secondary-sphere interactions in many metalloenzymes, we present complexes of iron in two new ligand scaffolds ([SiP^NMe₃] and [SiP^iPr₂P^NMe]) that incorporate hydrogen-bond acceptors (tertiary amines) which engage in interactions with nitrogenous substrates bound to the iron center (NH₃ and N₂H₄). Cation binding is also facilitated in anionic Fe(0)-N₂ complexes. While Fe-N₂ complexes of a related ligand ([SiP^iPr₃]) lacking hydrogen-bond acceptors produce a substantial amount of ammonia when treated with acid and reductant, the presence of the pendant amines instead facilitates the formation of metal hydride species.

Additionally, we present the development and mechanistic study of copper-mediated and copper-catalyzed photoinduced C-N bond forming reactions. Irradiation of a copper-amido complex, ((m-tol)₃P)₂Cu(carbazolide), in the presence of aryl halides furnishes N-phenylcarbazole under mild conditions. The mechanism likely proceeds via single-electron transfer from an excited state of the copper complex to the aryl halide, generating an aryl radical. An array of experimental data are consistent with a radical intermediate, including a cyclization/stereochemical investigation and a reactivity study, providing the first substantial experimental support for the viability of a radical pathway for Ullmann C-N bond formation. The copper complex can also be used as a precatalyst for Ullmann C-N couplings. We also disclose further study of catalytic C_alkyl-N couplings using a CuI precatalyst, and discuss the likely role of [Cu(carbazolide)₂]^- and [Cu(carbazolide)₃]^- species as intermediates in these reactions.

Finally, we report a series of four-coordinate, pseudotetrahedral P₃Fe^II-X complexes supported by tris(phosphine)borate ([PhBP₃Fe^R]^-) and phosphiniminato X-type ligands (-N=PR'₃) that in combination tune the spin-crossover behavior of the system. Low-coordinate transition metal complexes such as these that undergo reversible spin-crossover remain rare, and the spin equilibria of these systems have been studied in detail by a suite of spectroscopic techniques.

Identificação do padrão biomecânico de condutas motoras em escolares: o caso da marcha

A constituição de uma base de dados normativa da marcha é essencial para o diagnóstico e o tratamento de padrões atípicos da locomoção (SUTHERLAND et al., 1997). Não obstante, são escassas as informações relativas aos padrões normais da marcha de crianças (GANLEY e POWERS, 2005), carência ainda mais evidente no tocante à produção acadêmica sobre o padrão biomecânico da locomoção da população de crianças brasileiras. Nesse sentido, especialistas em análise de marcha alertam para o fato que crianças de diferentes populações podem exibir diferentes padrões de marcha de acordo com os grupos étnicos das quais foram extraídas (MORENO-HERNÁNDEZ et al., 2010). Assim sendo, o objetivo do presente estudo foi descrever o padrão biomecânico da marcha de crianças hígidas brasileiras entre 6 e 11 anos de idade. Cento e vinte e duas crianças hígidas, entre seis e 11 anos de idade foram aleatoriamente recrutadas de um universo de 328 alunos. Os sujeitos foram alocados em três grupos etários: Grupo 1 (6-7 anos), Grupo 2 (8-9 anos) e Grupo 3 (10-11 anos). Para o registro das imagens das marchas das crianças foi utilizado um sistema de captura bidimensional de movimento a uma freqüência de aquisição de 30 Hz, composto por uma câmera Sony modelo HC 46 posicionada ortogonalmente a 6 metros da pista. Marcadores esféricos reflexivos de 20mm de diâmetro foram fixados em ambos os lados do corpo dos participantes. Os valores em bruto das coordenadas dos marcadores foram transformadas em coordenadas globais 2D (CALDWELL et al., 2004) e processadas no software SkillSpector (Versão 1.0). A estratégia de Hof (1996) foi utilizada para a normalização dos dados da marcha. Os comprimentos de passo e passada apresentaram uma tendência de aumento com o avanço da idade até 8-9 anos de idade, ao passo que a cadência dos passos apresentou uma tendência de diminuição até o mesmo período. Os números não-dimensionais não apresentaram qualquer tendência de alteração com o avanço da idade. Os três grupos etários apresentaram trajetórias angulares articulares semelhantes. O presente estudo constitui ação pioneira no que tange à descrição do padrão cinemático da marcha de crianças hígidas brasileiras entre 6 e 11 anos de idade. Assim sendo, consideramos que um primeiro passo foi dado no sentido da constituição de uma base de dados normativa da locomoção desses indivíduos.

Avaliação da qualidade das medições fotogramétricas da versão integrada do software livre E-FOTO.

Na década de 90 com o aumento da capacidade de processamento e memória dos computadores, surgiu a fotogrametria digital, que tem como objetivo principal o mapeamento automático das feições naturais e artificiais do terreno, utilizando a imagem fotogramétrica digital como fonte primária de dados. As soluções fotogramétricas se tornaram mais compactas e versáteis. A estação fotogramétrica digital educacional E-FOTO é um projeto multidisciplinar, em desenvolvimento no laboratório de Fotogrametria Digital da Universidade do Estado do Rio de Janeiro, que se baseia em dois pilares: autoaprendizado e gratuidade. Este trabalho tem o objetivo geral de avaliar a qualidade das medições fotogramétricas utilizando a versão integrada 1.0β do E-FOTO. Para isso foram utilizados dois blocos de fotografias de regiões distintas do planeta: um bloco de fotografias (2005) do município de Seropédica-RJ e um bloco de fotografias antigas (1953) da região de Santiago de Compostela, na Espanha. Os resultados obtidos com o E-FOTO foram comparados com os resultados do software comercial de fotogrametria digital Leica Photogrammetry Suite (LPS 2010) e com as coordenadas no espaço-objeto de pontos medidos com posicionamento global por satélite (verdade de campo). Sendo possível avaliar as metodologias dos softwares na obtenção dos parâmetros das orientações interior e exterior e na determinação da exatidão das coordenadas no espaço-objeto dos pontos de verificação obtidas no módulo estereoplotter versão 1.64 do E-FOTO. Os resultados obtidos com a versão integrada 1.0β do E-FOTO na determinação dos parâmetros das orientações interior e exterior e no cálculo das coordenadas dos pontos de verificação, sem a inclusão dos parâmetros adicionais e a autocalibração são compatíveis com o processamento realizado com o software LPS. As diferenças dos parâmetros X0 e Y0 obtidos na orientação exterior com o E-FOTO, quando comparados com os obtidos com o LPS, incluindo os parâmetros adicionais e a autocalibração da câmara fotogramétrica, não são significativas. Em função da qualidade dos resultados obtidos e de acordo com o Padrão de Exatidão Cartográfica, seria possível obter um documento cartográfico Classe A em relação à planimetria e Classe B em relação à altimetria na escala 1/10.000, com o projeto Rural e Classe A em relação à planimetria e Classe C em relação à altimetria na escala 1/25.000, com o Projeto Santiago de Compostela. As coordenadas tridimensionais (E, N e H) dos pontos de verificação obtidas fotogrametricamente no módulo estereoplotter versão 1.64 do E-FOTO, podem ser consideradas equivalentes as medidas com tecnologia de posicionamento por satélites.

新型多氮杂环金属配合物的合成及其光谱研究

采用溶液析出法,合成了以2-（2′-羟基-5′-甲基苯基）苯并三唑（HMPB）为配体的多氮杂环金属配合物M（HMPB）2（M=Co,Ni）,利用元素分析、激光解析飞行时间质谱等进行了表征,并研究了新配合物的红外特征光谱和紫外-可见电子吸收光谱。结果表明：HMPB配体通过N和O原子与中心金属以二齿形式配位,中心金属的配位数为4;配合物红外特征吸收谱带位于400～2 500 cm^-1,形成金属配合物后,2-（2′-羟基-5′-甲基苯基）苯并三唑的羟基的伸缩振动吸收、CN振动峰和C─O特征吸收有明显改变,同时确定了配位键M─N和M─O的特征峰位置;配合物在紫外区有强吸收,其最大吸收峰位于335～345 nm。

[A_Llodio_Goikoetxea] Documentación geométrica de los restos de una prensa de sidra en el Caserío Goikoetxea, barrio de Isusi (Laudio/Llodio, Álava)

[ES] Los restos corresponden a un agujero que se han encontrado en la excavación del pórtico y que se relaciona con un posible poste y un pilar de madera en el interior del caserío que parece una reutilización de los elementos de la antigua prensa.

Fatores Condicionantes do Valor de Mercado das Empresas Negociadas na BM&FBOVESPA

Um dos temas mais estudados na área de finanças corporativas é a determinação de fatores que influenciem o valor de mercado das companhias. Outro tema, também bastante comum, é a relação entre proprietários e agentes. Ambas as questões se entrelaçam porque, em tese, agentes podem orientar suas decisões em benefício próprio, contrariando os interesses dos proprietários, o que, em última análise, impactaria negativamente no valor das empresas. No Brasil, face às características próprias de controle e propriedade das companhias, o conflito de interesses passa a englobar também as relações entre controladores e minoritários. Uma rápida análise da literatura existente irá constatar que são muitas as variáveis consideradas. A tentativa de tratá-las num único modelo esbarra nas correlações muito elevadas que as referidas variáveis possuem entre si. Este estudo pretendeu lançar um novo olhar sobre o problema, utilizando Análise Fatorial para contornar estas dificuldades. Partindo de uma amostra com 114 empresas, foi possível identificar dois fatores aos quais se relacionam as nove variáveis consideradas no trabalho. Os fatores, nomeados Negociabilidade e Governança Corporativa, respondem por mais de 2/3 da variabilidade dos dados. As coordenadas dos fatores, divididas em altas e baixas, combinadas em pares, permitiu a caracterização de quatro quadrantes, pelos quais as empresas se distribuem. Através da utilização de teste não paramétrico de diferenças de médias, foi possível rejeitar a hipótese nula de igualdade do valor médio de mercado das empresas entre os quatro quadrantes. Os resultados encontrados são explicados pelos valores assumidos pelas variáveis para as empresas de cada quadrante.