Hydrogen peroxide sensing, signaling and regulation of transcription factors

The regulatory mechanisms by which hydrogen peroxide (H2O2) modulates the activity of transcription factors in bacteria (OxyR and PerR), lower eukaryotes (Yap1, Maf1, Hsf1 and Msn2/4) and mammalian cells (AP-1, NRF2, CREB, HSF1, HIF-1, TP53, NF-κB, NOTCH, SP1 and SCREB-1) are reviewed. The complexity of regulatory networks increases throughout the phylogenetic tree, reaching a high level of complexity in mammalians. Multiple H2O2 sensors and pathways are triggered converging in the regulation of transcription factors at several levels: (1) synthesis of the transcription factor by upregulating transcription or increasing both mRNA stability and translation; (ii) stability of the transcription factor by decreasing its association with the ubiquitin E3 ligase complex or by inhibiting this complex; (iii) cytoplasm-nuclear traffic by exposing/masking nuclear localization signals, or by releasing the transcription factor from partners or from membrane anchors; and, (iv) DNA binding and nuclear transactivation by modulating transcription factor affinity towards DNA, co-activators or repressors, and by targeting specific regions of chromatin to activate individual genes. We also discuss how H2O2 biological specificity results from diverse thiol protein sensors, with different reactivity of their sulfhydryl groups towards H2O2, being activated by different concentrations and times of exposure to H2O2. The specific regulation of local H2O2 concentrations is also crucial and results from H2O2 localized production and removal controlled by signals. Finally, we formulate equations to extract from typical experiments quantitative data concerning H2O2 reactivity with sensor molecules. Rate constants of 140 M-1s−1 and ≥ 1.3 × 103 M-1s−1 were estimated, respectively, for the reaction of H2O2 with KEAP1 and with an unknown target that mediates NRF2 protein synthesis. In conclusion, the multitude of H2O2 targets and mechanisms provides an opportunity for highly specific effects on gene regulation that depend on the cell type and on signals received from the cellular microenvironment.

Cold-water coral communities in the Azores : diversity, habitat and conservation

Tese de Doutoramento, Ciências do Mar (especialidade em Ecologia Marinha), 11 de Setembro de 2015, Universidade dos Açores.

Immune responses in Bathymodiolus azoricus upon Vibrio challenges : approaches to characterize mussel survival strategies and physiological adaptations in deep sea extreme environments

Tese de Doutoramento, Ciências do Mar, especialidade de Biologia Marinha, 18 de Dezembro de 2015, Universidade dos Açores.

Host-symbiont interactions in the deep-sea vent mussel Bathymodiolus azoricus : a molecular approach

Tese de Doutoramento, Ciências do Mar, especialidade de Biologia Marinha, 19 de Dezembro de 2015, Universidade dos Açores.

Métodos construtivos de pontes

Para a construção de uma estrutura há diversos factores que influenciam a sua concepção, tais como o vão, a topografia do local, acessibilidades, os possíveis acidentes do terreno, como cursos de água ou a sua função. É de ressalvar ainda que o enquadramento paisagístico cada vez mais é tido em conta, embora não seja determinante para a sua função ou dimensionamento. Na construção de pontes existe uma grande variedade de métodos construtivos a usar variando estes com a dimensão da obra ou com a disponibilidade de equipamento por parte do empreiteiro. Cada vez mais deverá ser bem analisado o sistema a usar, uma vez que o custo do processo construtivo constitui uma percentagem elevada do valor final da obra, podendo ser reduzidos os custos pela escolha acertada do método. Com a presente dissertação pretende-se analisar os diferentes métodos construtivos existentes no mercado, sendo estes distinguidos entre sistemas com aplicação de préfabricação ou com betonagem in-situ, e ainda o processo a usar em função do vão a vencer.

Contributo para a determinação simultânea, por cromatografia líquida de alta resolução, de carotenoides, vitamina A e vitamina E em amostras compostas por diferentes matrizes alimentares

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Química e Biológica

Preemption delay analysis for floating non-preemptive region scheduling

In real-time systems, there are two distinct trends for scheduling task sets on unicore systems: non-preemptive and preemptive scheduling. Non-preemptive scheduling is obviously not subject to any preemption delay but its schedulability may be quite poor, whereas fully preemptive scheduling is subject to preemption delay, but benefits from a higher flexibility in the scheduling decisions. The time-delay involved by task preemptions is a major source of pessimism in the analysis of the task Worst-Case Execution Time (WCET) in real-time systems. Preemptive scheduling policies including non-preemptive regions are a hybrid solution between non-preemptive and fully preemptive scheduling paradigms, which enables to conjugate both world's benefits. In this paper, we exploit the connection between the progression of a task in its operations, and the knowledge of the preemption delays as a function of its progression. The pessimism in the preemption delay estimation is then reduced in comparison to state of the art methods, due to the increase in information available in the analysis.

An improved preemption delay upper bound for floating non-preemptive region

In embedded systems, the timing behaviour of the control mechanisms are sometimes of critical importance for the operational safety. These high criticality systems require strict compliance with the offline predicted task execution time. The execution of a task when subject to preemption may vary significantly in comparison to its non-preemptive execution. Hence, when preemptive scheduling is required to operate the workload, preemption delay estimation is of paramount importance. In this paper a preemption delay estimation method for floating non-preemptive scheduling policies is presented. This work builds on [1], extending the model and optimising it considerably. The preemption delay function is subject to a major tightness improvement, considering the WCET analysis context. Moreover more information is provided as well in the form of an extrinsic cache misses function, which enables the method to provide a solution in situations where the non-preemptive regions sizes are small. Finally experimental results from the implementation of the proposed solutions in Heptane are provided for real benchmarks which validate the significance of this work.

Job phasing aware preemption deferral

Preemptions account for a non-negligible overhead during system execution. There has been substantial amount of research on estimating the delay incurred due to the loss of working sets in the processor state (caches, registers, TLBs) and some on avoiding preemptions, or limiting the preemption cost. We present an algorithm to reduce preemptions by further delaying the start of execution of high priority tasks in fixed priority scheduling. Our approaches take advantage of the floating non-preemptive regions model and exploit the fact that, during the schedule, the relative task phasing will differ from the worst-case scenario in terms of admissible preemption deferral. Furthermore, approximations to reduce the complexity of the proposed approach are presented. Substantial set of experiments demonstrate that the approach and approximations improve over existing work, in particular for the case of high utilisation systems, where savings of up to 22% on the number of preemption are attained.

Global-EDF scheduling of multimode real- time systems considering mode independent tasks

Embedded real-time systems often have to support the embedding system in very different and changing application scenarios. An aircraft taxiing, taking off and in cruise flight is one example. The different application scenarios are reflected in the software structure with a changing task set and thus different operational modes. At the same time there is a strong push for integrating previously isolated functionalities in single-chip multicore processors. On such multicores the behavior of the system during a mode change, when the systems transitions from one mode to another, is complex but crucial to get right. In the past we have investigated mode change in multiprocessor systems where a mode change requires a complete change of task set. Now, we present the first analysis which considers mode changes in multicore systems, which use global EDF to schedule a set of mode independent (MI) and mode specific (MS) tasks. In such systems, only the set of MS tasks has to be replaced during mode changes, without jeopardizing the schedulability of the MI tasks. Of prime concern is that the mode change is safe and efficient: i.e. the mode change needs to be performed in a predefined time window and no deadlines may be missed as a function of the mode change.

Gestão de operações de um armazém

i Gestão de Operações de um armazém Patrícia Raquel Freitas Gomes Relatório de estágio apresentado ao Instituto Superior de Contabilidade e Administração do Porto para obtenção de Grau de Mestre em Logística Orientado por: Prof. Doutora Maria Teresa Ribeiro Pereira Coorientado por: Eng.º César Emanuel Marinho Carvalho Teixeira

Reabilitação de edifícios na baixa do Porto: análise de casos de obra

A reabilitação de edifícios antigos tem vindo a alcançar uma maior importância na actual narrativa da organização das cidades, devido à inevitável necessidade de reabilitar o património arquitetónico dos centros degradados, sendo vista pelo setor da construção civil como uma atividade com potencial de desenvolvimento para todos os intervenientes na construção. Torna-se, por isso, num tema consensual e extremamente interessante como objeto de estudo e reflexão, concretamente na cidade do Porto, onde se pode encontrar um centro histórico classificado. Nesta perspetiva deve ser dada a devida relevância à preservação do património construído, reabilitando-o para que a população regresse ao centro urbano. O presente relatório tem como base um estágio desenvolvido na empresa Porto Vivo, Sociedade de Reabilitação Urbana (SRU) da Baixa do Porto. Numa primeira parte deste trabalho será feita uma reflexão sobre a reabilitação urbana, registando a evolução que esta tem vindo a sofrer ao longo dos tempos, tendo posteriormente o foco na cidade do Porto, mais concretamente no centro histórico da cidade. Também será dado ênfase à intervenção da Porto Vivo SRU. Numa segunda parte, serão abordados os tipos de estrutura predominantes no centro histórico da cidade do Porto, nomeadamente, estruturas de madeira e estruturas de alvenaria de pedra. Por fim, na terceira parte deste trabalho analisaremos dois casos de obra. Como corolário, apresentamos a conclusão do trabalho onde se incluem propostas e sugestões para o seu desenvolvimento futuro.

Estudo de campo de verificação metrológica de termómetros clínicos timpânicos

Avaliação da variação da temperatura corporal, e a monitorização da mesma é bastante importante na prática clínica sendo, por vezes, a base de muitas decisões clínicas. Atualmente, os termómetros digitais, em particular os timpânicos são amplamente utilizados, em contexto hospitalar e domiciliário. Muitos estudos têm sido efetuados para determinar a validade das medições obtidas através de termómetros timpânicos. Os defensores destes termómetros afirmam que, se forem utilizados de forma adequada e periodicamente calibrados, a avaliação da temperatura corporal com este tipo de termómetros é eficaz, cómoda, rápida, pouco invasiva emais higiénica reduzindo o número de infeções cruzadas (FarnellMaxwell &Tan, Rhodes& Philips, 2005). A Metrologia como a ciência das medições e suas aplicações ((VIM1: 2.2) (INSTITUTO PORTUGUÊS DA QUALIDADE, 2012)), abrange todos os aspetos teóricos e práticos que asseguram a exatidão e precisão exigida num processo, procurando garantir a qualidade de produtos e serviços através da calibração de instrumentos de medição e da realização de ensaios, sendo a base fundamental para a competitividade das empresas. Só após o ano 1990, com a publicação dos resultados doHarvardMedical Practice Study (T A BRENNAN, 2004), sobre adventos adversos na área da saúde, começaram a surgir preocupação com o risco do uso de equipamentos e instrumentos sem a adequada avaliação metrológica. Neste estudo concluiu-se que 3,7 % dos pacientes hospitalizados sofriam eventos adversos devido ao uso inadequado de equipamento médico, sendo que 13,6% destes eram mortais. Pegando nesta realidade e sabendo que o não controlo de Equipamento de Monitorização e Medição é uma das causas de obtenção de 36%de não conformidades - 7.6 (NP EN ISO 9001:2008), em Auditorias da Qualidade em Serviços de Saúde (Luís Marinho – Centro Hospitalar São João), fez todo o sentido o estudo e trabalho desenvolvido. Foi efetuado um estudo, no que se refere a normalização em vigor e verificou-se que a nível metrológico muito trabalho terá que ser realizado no serviço nacional de saúde por forma este fornecer o suporte material fiável ao sistema de medições, essencial aos mais diversos sectores da saúde. Sabendo-se que os ensaios/calibrações são necessários e não são negligenciáveis na estrutura de custos das instituições de saúde, e por isso são vistas como mais uma fonte de despesas, é intenção com a realização deste trabalho, contribuir em parte para superação deste tema. Este trabalho passou pela execução/realização de um procedimento de calibração para termómetros timpânicos, tendo a necessidade de desenvolver/projetar um corpo negro. A amostra em estudo é constituída por cinco termómetros timpânicos hospitalares em uso dos diferentes serviços do CHSJ2, seleccionados completamente ao acaso. Um termómetro clínico no mínimo terá que ser calibrado a temperatura 35 ºC e 42 ºC. A calibração deverá ser realizada anualmente e por entidade acreditada. O erro máximo admissível é de ± 0,2 ºC (nas condições ambientais de funcionamento). Sem a confirmação metrológica, não é possível garantir a qualidade do produto ou serviço. A Metrologia na área da saúde desperta a exigência por produtos e serviços de qualidade. Esta tencionará ser encarada como um pilar de sustentabilidade para a qualidade na saúde, sendo absolutamente necessária a implementação de novos procedimentos e atitudes.

Cold Urticaria and Infectious Mononucleosis in Children

Physical urticaria includes a heterogeneous group of disorders characterized by the development of urticarial lesions and/or angioedema after exposure to certain physical stimuli. The authors present the case of a child with severe acquired cold urticaria secondary to infectious mononucleosis. Avoidance of exposure to cold was recommended; prophylactic treatment with ketotifen and cetirizine was begun and a self-administered epinephrine kit was prescribed. The results of ice cube test and symptoms significantly improved. Physical urticaria, which involves complex pathogenesis, clinical course and therapy, may be potentially life threatening. Evaluation and diagnosis are especially important in children. To our knowledge this is the first description of persistent severe cold-induced urticaria associated with infectious mononucleosis in a child.