Effects of a harmful algal bloom on the community ecology, movements and spatial distributions of fishes in a microtidal estuary

Harmful algal blooms can adversely affect fish communities, though their impacts are highly context-dependent and typically differ between fish species. Various approaches, comprising univariate and multivariate analyses and multimetric Fish Community Indices (FCI), were employed to characterise the perceived impacts of a Karlodinium veneficum bloom on the fish communities and ecological condition of the Swan Canning Estuary, Western Australia. The combined evidence suggests that a large proportion of the more mobile fish species in the offshore waters of the bloom-affected area relocated to other regions during the bloom. This was indicated by marked declines in mean species richness, catch rates and FCI scores in the bloom region but concomitant increases in these characteristics in more distal regions, and by pronounced and atypical shifts in the pattern of inter-regional similarities in fish community composition during the bloom. The lack of any significant changes among the nearshore fish communities revealed that bloom impacts were less severe there than in deeper, offshore waters. Nearshore habitats, which generally are in better ecological condition than adjacent offshore waters in this system, may provide refuges for fish during algal blooms and other perturbations, mirroring similar observations of fish avoidance responses to such stressors in estuaries worldwide.

Effects of a harmful algal bloom on the community ecology, movements and spatial distributions of fishes in a microtidal estuary

Harmful algal blooms can adversely affect fish communities, though their impacts are highly context-dependent and typically differ between fish species. Various approaches, comprising univariate and multivariate analyses and multimetric Fish Community Indices (FCI), were employed to characterise the perceived impacts of a Karlodinium veneficum bloom on the fish communities and ecological condition of the Swan Canning Estuary, Western Australia. The combined evidence suggests that a large proportion of the more mobile fish species in the offshore waters of the bloom-affected area relocated to other regions during the bloom. This was indicated by marked declines in mean species richness, catch rates and FCI scores in the bloom region but concomitant increases in these characteristics in more distal regions, and by pronounced and atypical shifts in the pattern of inter-regional similarities in fish community composition during the bloom. The lack of any significant changes among the nearshore fish communities revealed that bloom impacts were less severe there than in deeper, offshore waters. Nearshore habitats, which generally are in better ecological condition than adjacent offshore waters in this system, may provide refuges for fish during algal blooms and other perturbations, mirroring similar observations of fish avoidance responses to such stressors in estuaries worldwide.

Multi-purpose utility of circulating plasma DNA testing in patients with advanced cancers.

Tumor genomic instability and selective treatment pressures result in clonal disease evolution; molecular stratification for molecularly targeted drug administration requires repeated access to tumor DNA. We hypothesized that circulating plasma DNA (cpDNA) in advanced cancer patients is largely derived from tumor, has prognostic utility, and can be utilized for multiplex tumor mutation sequencing when repeat biopsy is not feasible. We utilized the Sequenom MassArray System and OncoCarta panel for somatic mutation profiling. Matched samples, acquired from the same patient but at different time points were evaluated; these comprised formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) archival tumor tissue (primary and/or metastatic) and cpDNA. The feasibility, sensitivity, and specificity of this high-throughput, multiplex mutation detection approach was tested utilizing specimens acquired from 105 patients with solid tumors referred for participation in Phase I trials of molecularly targeted drugs. The median cpDNA concentration was 17 ng/ml (range: 0.5-1600); this was 3-fold higher than in healthy volunteers. Moreover, higher cpDNA concentrations associated with worse overall survival; there was an overall survival (OS) hazard ratio of 2.4 (95% CI 1.4, 4.2) for each 10-fold increase in cpDNA concentration and in multivariate analyses, cpDNA concentration, albumin, and performance status remained independent predictors of OS. These data suggest that plasma DNA in these cancer patients is largely derived from tumor. We also observed high detection concordance for critical 'hot-spot' mutations (KRAS, BRAF, PIK3CA) in matched cpDNA and archival tumor tissue, and important differences between archival tumor and cpDNA. This multiplex sequencing assay can be utilized to detect somatic mutations from plasma in advanced cancer patients, when safe repeat tumor biopsy is not feasible and genomic analysis of archival tumor is deemed insufficient. Overall, circulating nucleic acid biomarker studies have clinically important multi-purpose utility in advanced cancer patients and further studies to pursue their incorporation into the standard of care are warranted.

The association between vitamin K2 intake and glucose homeostasis in individuals with and without chronic kidney disease

Thesis (Master's)--University of Washington, 2016-08

Effets des contraintes psychosociales au travail sur la détresse psychologique et les absences médicalement certifiées pour problèmes de santé mentale: une étude prospective de 5 ans

Contexte : Les effets cumulés des contraintes psychosociales du modèle déséquilibre efforts-reconnaissance (DER) sur la santé mentale sont peu connus. Aussi, peu d’études ont évalué les effets du DER sur des indicateurs objectifs de problèmes de santé mentale (PSM). Enfin, aucune étude prospective antérieure n’a évalué l’effet combiné des contraintes psychosociales du DER et du modèle demande-latitude (DL) et sur les PSM médicalement certifiés. La présente thèse vise à combler ces limites. Objectifs : 1) Mesurer l’effet de l’exposition cumulée au déséquilibre efforts-reconnaissance sur la prévalence de la détresse psychologique sur une période de cinq ans; 2) Mesurer l’effet du déséquilibre efforts-reconnaissance sur l’incidence des absences médicalement certifiées pour PSM sur une période de cinq ans; 3) Évaluer l’effet indépendant et l’effet combiné des contraintes psychosociales des modèles Demande-Latitude et Déséquilibre Efforts-Reconnaissance sur l’incidence des absences médicalement certifiées pour PSM sur une période de cinq ans. Méthodes : La cohorte était constituée de plus de 2000 hommes et femmes occupant des emplois de cols blancs. La collecte des données a été réalisée à trois reprises avec une moyenne de suivi de cinq ans. À chaque temps, les contraintes psychosociales et la détresse psychologique ont été mesurées à l’aide d’instruments validés. Les absences médicalement certifiées pour PSM ont été récoltées à partir des fichiers administratifs des employeurs. Les PSM ont été modélisés à l’aide des régressions log-binomiale et de Cox. Les analyses ont été réalisées séparément chez les hommes et les femmes, en ajustant pour les principaux facteurs de confusion. Résultats : Chez les hommes et les femmes, une exposition chronique au DER sur trois ans était associée à une prévalence plus élevée de la détresse psychologique. Les effets observés à trois ans ont persisté à cinq ans chez les hommes (Rapport de prévalence (RP)=1,91 (1,20–3,04)) et les femmes (RP=2,48 (1,97–3,11)). Ces effets étaient de plus grande amplitude que ceux observés en utilisant l’exposition initiale à l’entrée dans l’étude (de +0,30 à +0,94). Par ailleurs, les hommes et les femmes exposés au DER présentaient un risque plus élevé d’absences médicalement certifiées pour PSM (Risque relatif (RR)=1,38 (1,08–1,76)), comparés aux travailleurs non-exposés. La faible reconnaissance au travail était associée à un risque important d’absences pour PSM chez les hommes (RR=3,04 (1,46–6,33)) mais pas chez les femmes (RR=1,24 (0,90–1,72)). Chez les femmes uniquement, un effet indépendant du « job strain » (RR=1,50 (1,12–2,07)) et du DER (RR=1,34 (0,98–1,84)), ainsi qu’un effet de l’exposition combinée au « job strain » (demande psychologique élevée et faible latitude décisionnelle) et au DER (RR=1,97 (1,40–2,78)) sur le risque d’absences médicalement certifiées pour PSM ont également été observés. Conclusion : Les résultats de cette thèse supportent l’effet délétère de l’exposition au DER sur la prévalence de la détresse psychologique et sur le risque d’absences médicalement certifiées pour PSM chez les hommes et les femmes. Chez les hommes et les femmes, l’exposition cumulée au DER était associée à une prévalence élevée de la détresse psychologique à trois ans et à cinq ans. De plus, les contraintes psychosociales du DER ont été associées aux absences médicalement certifiés pour PSM. Chez les femmes particulièrement, un effet combiné du « job strain » et du DER était associé à un risque plus élevé d’absences médicalement certifiées pour PSM, que l’exposition à un seul des deux facteurs. Ces résultats suggèrent que la réduction des contraintes psychosociales au travail pourrait contribuer à réduire l’incidence des PSM, incluant les absences médicalement certifiées pour PSM.

L'accessibilité aux services de physiothérapie en clinique externe dans les centres hospitaliers du Québec

Des contraintes d’accessibilité aux services de physiothérapie en clinique externe ont été rapportées dans les établissements publics au Canada. Celles-ci se traduisent souvent par un temps d’attente élevé avant d’obtenir des services. Différentes stratégies ont été proposées afin de gérer les listes d’attente, mais leur impact sur le temps d’attente est méconnu, notamment dans le contexte des services de physiothérapie au Québec. Le but de cette étude était de documenter l’accessibilité aux services de physiothérapie en clinique externe dans les centres hospitaliers au Québec. Les objectifs spécifiques étaient de 1) décrire les caractéristiques organisationnelles en lien avec l’accessibilité aux services de physiothérapie, 2) quantifier le temps d’attente pour accéder aux services et 3) explorer l’association entre les caractéristiques organisationnelles et le temps d’attente. Une enquête a été réalisée dans les cliniques externes de physiothérapie des centres hospitaliers publics du Québec offrant des services à des adultes souffrant de troubles musculosquelettiques. Des données ont été obtenues auprès de 97 (99%) centres hospitaliers. Au moment de l’enquête, 18 245 personnes étaient sur les listes d’attente. Le temps d’attente médian était de plus de six mois dans 41% des centres hospitaliers. Parmi les pratiques organisationnelles et les stratégies de gestion de listes d’attente évaluées, les politiques en cas d’annulation ou d’absence (99%) et la priorisation des demandes (96%) étaient les plus utilisées. Selon les résultats d’analyses multivariées, seule l’utilisation d’une méthode de priorisation comprenant une rencontre d’évaluation et une intervention initiale était associée au temps d’attente (p=0,008). Les résultats de cette étude démontrent qu’une grande quantité de personnes sont inscrites sur les listes d’attente des services de physiothérapie et que le temps d’attente peut être très élevé. D’après nos résultats, l’implantation d’une méthode de priorisation comprenant une évaluation et une intervention pourrait permettre d’améliorer l’accès en temps opportun aux services de physiothérapie.

Inclusion of salt form on prescription medication labeling as a source of patient confusion: a pilot study

Background: It has been estimated that 10,000 patient injuries occur in the US annually due to confusion involving drug names. An unexplored source of patient misunderstandings may be medication salt forms. Objective: The objective of this study was to assess patient knowledge and comprehension regarding the salt forms of medications as a potential source of medication errors. Methods: A 12 item questionnaire which assessed patient knowledge of medication names on prescription labels was administered to a convenience sample of patients presenting to a family practice clinic. Descriptive statistics were calculated and multivariate analyses were performed. Results: There were 308 responses. Overall, 41% of patients agreed they find their medication names confusing. Participants correctly answered to salt form questions between 12.1% and 56.9% of the time. Taking more prescription medications and higher education level were positively associated with providing more correct answers to 3 medication salt form knowledge questions, while age was negatively associated. Conclusions: Patient misconceptions about medication salt forms are common. These findings support recommendations to standardize the inclusion or exclusion of salt forms. Increasing patient education is another possible approach to reducing confusion.

Distribuição e abundância da malacofauna epibentônica no Parracho de Maracajaú, RN, Brasil

The mollusks present a great taxon variety and life habits in coral reefs being good environmental indicators. It is important to know the distribution pattern of the mollusks and the processes that influence it, so that disturbances in sea ecosystems could be monitored. The present study aims to accomplish the inventory and distribution of epibenthic mollusks in the Parracho of Maracajaú. 23 sites in different habitats of the Parracho were settled: 11 in the reef habitat, 3 in the sandy bottom and 9 in the seagrass bed. Qualitative and quantitative samplings have been done through snorkeling and scuba diving. Three band transects (10m²) were sampled in each site and the data were obtained to each m² of the transect, where the species were counted and the environmental variables (rugosity and recovery of the substratum) were valued. The data were submitted to multivariate analyses in order to find possible distribution patterns that could be associated to the substratum variables. The diversity indexes were calculated for each reef sites and compared with each other. A number of 46 species were registered. The reef habit at should to be the richnest area while the sandy bottom was poorest one. In the reef habitat, the mollusks were associated to rugosity and recovering of frondose algae and zoanthids, while for the seagrass bed, the animals exhibited a richness variation associated to the muddy and sandy sediment. There were found 3 species economically explored, what requires an appropriate management for the maintenance and conservation of the area resources in a sustainable way

Caractérisation et délimitation des sous-espèces de Gesneria viridiflora (Gesneriaceae) dans les Antilles

Une taxonomie révisée et une connaissance des limites d’espèces demeurent toujours importantes dans les points chauds en biodiversité comme les Antilles où de nombreuses espèces endémiques sont retrouvées. Des limites d’espèces divergentes impliquent un différent nombre d’espèces retrouvées dans un écosystème, ce qui peut exercer une influence sur les décisions prises face aux enjeux de conservation. Les genres Gesneria et Rhytidophyllum qui forment les principaux représentants de la famille des Gesneriaceae dans les Antilles comprennent plusieurs taxons aux limites d’espèces ambigües et quelques espèces qui ont des sous-espèces reconnues. C’est le cas de Gesneria viridiflora (Decne.) Kuntze qui comprend quatre sous-espèces géographiquement isolées et qui présentent des caractères végétatifs et reproducteurs similaires et variables. Une délimitation d’espèces approfondie de ce complexe d’espèce est effectuée ici à partir d’une approche de taxonomie intégrative considérant des données morphologiques, génétiques et bioclimatiques. Les données morphologiques quantitatives et qualitatives obtenues à partir de spécimens d’herbier sont utilisées pour délimiter des groupes morphologiques à l’aide d’une analyse en coordonnées principales. Ces groupes sont ensuite testés à l’aide de séquences d’ADN de quatre régions nucléaires en utilisant une méthode bayesienne basée sur la théorie de la coalescence. Finalement, les occurrences et les valeurs de variables de température et de précipitation qui y prévalent sont utilisées dans une analyse en composantes principales bioclimatique pour comparer les groupes délimités morphologiquement et génétiquement. Les résultats de l’analyse morphologique multivariée supportent la distinction entre les groupes formés par les sous-espèces actuellement reconnues de G. viridiflora. Les résultats, incluant des données génétiques, suggèrent une distinction jusqu’ici insoupçonnée des populations du Massif de la Hotte au sud-ouest d’Haïti qui sont génétiquement plus rapprochées des populations de Cuba que de celles d’Hispaniola. Bioclimatiquement, les groupes délimités par les analyses morphologiques et génétiques sont distincts. L’approche de taxonomie intégrative a permis de distinguer cinq espèces distinctes plutôt que les quatre sous-espèces acceptées jusqu’à aujourd’hui. Ces espèces sont : G. acrochordonanthe, G. quisqueyana, G. sintenisii, G. sylvicola et G. viridiflora. Une carte de distribution géographique, un tableau de la nouvelle taxonomie applicable et une clé d’identification des espèces sont présentés. La nouvelle taxonomie déterminée dans cette étude démontre un endémisme insoupçonné dans plusieurs régions du point chaud en biodiversité des Antilles et souligne l’importance d’investiguer les limites d’espèces dans les groupes diversifiés comprenant des taxons aux limites d’espèces incomprises.

Structures familiales, encadrement communautaire et survie des enfants. Une recherche en milieu rural malien

The influence of the family environment on child survival is difficult to study using retrospective data, especially in contexts where family structures are complex and where children are mobile. Data from a follow-up survey in rural Mali (1976-2009) are used here to address this question. Several indicators are constructed to test the effect of family structures on child mortality: morphology of the domestic group, availability of family resources, the child's place in the family and the presence of his or her parents. Bivariate and multivariate analyses find no difference in child mortality across different family environments. This finding suggests that the family and social networks still play a powerful role in regulating and managing risks of unequal treatment and care of children

Roślinność wodna, błotna i bagienna północnej części Dolnych Łużyc

Wydział Biologii

Size-related shifts in dietary composition of Centropomus parallelus (Perciformes: Centropomidae) in an estuarine ecosystem of the southeastern coast of Brazil

Size-related and seasonal evaluation of the dietary composition of fat snook (Centropomus parallelus Poey 1860) in the upper sector of an estuary of the southeastern coast of Brazil were carried out based on stomach analyses of specimens ranging from 40 to 170 mm standard length. Results reveal that C. parallelus is a carnivorous species feeding mainly on benthic crustaceans. Relatively high stomach replenishment suggests that this environment is an important feeding ground for fat snook juveniles. Multivariate analyses indicated that predator size effect is significantly more important than seasonal variation in determining dietary composition. Predator length was associated with increased consumption of palaemonid shrimps (Macrobrachium spp.) and grapsid crabs, and decreased foraging on tanaids (Kalliapseudes schubarti), thus showing a preference shift from smaller to larger prey. Predator length was also positively associated with an increase in the stomach repletion index. Additionally, allometric growth of both gape and head were consistently correlated with this ontogenetic dietary transition, suggesting that such changes might be related to an individual's ability to capture and consume larger, more elusive prey. The digestive tube is short and grows isometrically, which is in accordance with the carnivorous habit of this estuarine fish and its maintenance through ontogeny.

Factores asociados al perfil de lípidos sanguíneos en los pacientes del área de salud de Montes de Oca, Costa Rica

En este estudio se analiza la asociación entre la exposición a diversos factores —de biotipo, socioeconómicos y patológicos— y la alteración del perfil de lípidos sanguíneos (dislipidemia) en pacientes adscritos al Área de Salud de Montes de Oca. Se realizó un estudio de caso-control, con un total de 135 casos e igual cantidad de controles, entre 20 y 65 años, a los que se les hizo un perfil de lípidos sanguíneos durante el año 2006. Las variables estudiadas fueron: edad, sexo, índice de masa corporal, tipo de aseguramiento, estado de portador de hipertensión arterial, de diabetes mellitus o de ambas patologías crónicas a la vez. Se realizó un análisis univariado, seguido de un análisis multivariado, mediante un modelo logístico múltiple. La única variable asociada con la dislipidemia fue el índice de masa corporal, tanto en el análisis univariado como en el multivariado; las variables restantes no mostraron asociación estadística. Aquellos pacientes con mayor índice de masa corporal presentan un mayor riesgo de tener un perfil alterado de lípidos sanguíneos.

Distribuição e abundância da malacofauna epibentônica no Parracho de Maracajaú, RN, Brasil

The mollusks present a great taxon variety and life habits in coral reefs being good environmental indicators. It is important to know the distribution pattern of the mollusks and the processes that influence it, so that disturbances in sea ecosystems could be monitored. The present study aims to accomplish the inventory and distribution of epibenthic mollusks in the Parracho of Maracajaú. 23 sites in different habitats of the Parracho were settled: 11 in the reef habitat, 3 in the sandy bottom and 9 in the seagrass bed. Qualitative and quantitative samplings have been done through snorkeling and scuba diving. Three band transects (10m²) were sampled in each site and the data were obtained to each m² of the transect, where the species were counted and the environmental variables (rugosity and recovery of the substratum) were valued. The data were submitted to multivariate analyses in order to find possible distribution patterns that could be associated to the substratum variables. The diversity indexes were calculated for each reef sites and compared with each other. A number of 46 species were registered. The reef habit at should to be the richnest area while the sandy bottom was poorest one. In the reef habitat, the mollusks were associated to rugosity and recovering of frondose algae and zoanthids, while for the seagrass bed, the animals exhibited a richness variation associated to the muddy and sandy sediment. There were found 3 species economically explored, what requires an appropriate management for the maintenance and conservation of the area resources in a sustainable way

Physical activity and sedentary behaviour among Asian and Anglo-Australian adolescents

Issue addressed Evidence suggests that physical activity (PA) and sedentary behaviour (SB) participation varies among culturally and linguistically diverse (CALD) adolescents. The present study examined differences in PA and SB among a CALD sample of Chinese Australian, South-east Asian and Anglo-Australian adolescents. Methods Data from 286 adolescents aged 12-16 years involved in the Chinese and Australian Adolescent Health Survey in metropolitan Melbourne, Australia, were analysed. Accelerometry outcomes included median activity counts per minute (counts.min-1) and minutes per day (min.day-1) spent in light-intensity PA (LPA), moderate-to-vigorous-intensity PA (MVPA) and sedentary time (ST). Kruskal-Wallis one-way analysis of variance and sequential multiple hierarchical linear regressions were used to examine CALD differences in PA and ST. Results Multivariate analyses of accelerometry data found Chinese Australian and South-east Asian adolescents engaged in significantly less daily MVPA (5-8min.day-1) and LPA (50-58min.day-1; P<0.05), but greater daily ST (40-41min.day-1), than Anglo-Australian adolescents, after adjusting for age, gender and socioeconomic category. Conclusion The results demonstrate lower engagement in daily MVPA and LPA and greater engagement in ST using accelerometry among Chinese Australian and South-east Asian adolescents compared with Anglo-Australian adolescents. These findings have important public health implications in furthering our understanding of CALD differences in PA and SB. So what? An understanding of the CALD differences in physical activity and sedentary behaviour among Australian adolescents has important implications for intervention planning and delivery as well as the wider health implications of these behaviours. This article furthers the current understanding of CALD adolescents' participation in physical activity and sedentary behaviour, of which limited information is available.