Improved SNR efficiency in gradient echo coronary MRA with high temporal resolution using parallel imaging.

Contemporary coronary magnetic resonance angiography techniques suffer from signal-to-noise ratio (SNR) constraints. We propose a method to enhance SNR in gradient echo coronary magnetic resonance angiography by using sensitivity encoding (SENSE). While the use of sensitivity encoding to improve SNR seems counterintuitive, it can be exploited by reducing the number of radiofrequency excitations during the acquisition window while lowering the signal readout bandwidth, therefore improving the radiofrequency receive to radiofrequency transmit duty cycle. Under certain conditions, this leads to improved SNR. The use of sensitivity encoding for improved SNR in three-dimensional coronary magnetic resonance angiography is investigated using numerical simulations and an in vitro and an in vivo study. A maximum 55% SNR enhancement for coronary magnetic resonance angiography was found both in vitro and in vivo, which is well consistent with the numerical simulations. This method is most suitable for spoiled gradient echo coronary magnetic resonance angiography in which a high temporal and spatial resolution is required.

CO2-response function of radiation use efficiency in rice for climate change scenarios

The objective of this work was to evaluate a generalized response function to the atmospheric CO2 concentration [f(CO2)] by the radiation use efficiency (RUE) in rice. Experimental data on RUE at different CO2 concentrations were collected from rice trials performed in several locations around the world. RUE data were then normalized, so that all RUE at current CO2 concentration were equal to 1. The response function was obtained by fitting normalized RUE versus CO2 concentration to a Morgan-Mercer-Flodin (MMF) function, and by using Marquardt's method to estimate the model coefficients. Goodness of fit was measured by the standard deviation of the estimated coefficients, the coefficient of determination (R²), and the root mean square error (RMSE). The f(CO2) describes a nonlinear sigmoidal response of RUE in rice, in function of the atmospheric CO2 concentration, which has an ecophysiological background, and, therefore, renders a robust function that can be easily coupled to rice simulation models, besides covering the range of CO2 emissions for the next generation of climate scenarios for the 21st century.

A random linear functional approach to efficiency bounds

This paper suggests a method for obtaining efficiency bounds in models containing either only infinite-dimensional parameters or both finite- and infinite-dimensional parameters (semiparametric models). The method is based on a theory of random linear functionals applied to the gradient of the log-likelihood functional and is illustrated by computing the lower bound for Cox's regression model

Maintenance requirement and deposition efficiency of lysine in pigs

The objective of this work was to determine the maintenance requirement and the deposition efficiency of lysine in growing pigs. It was used the incomplete changeover experimental design, with replicates over time. Twelve castrated pigs with average body weight (BW) of 52±2 kg were kept in metabolism crates with a controlled temperature of 22ºC. The diets were formulated to supply 30, 50, 60, and 70% of the expected requirements of standardized lysine, and provided at 2.6 times the energy requirements for maintenance. The trial lasted 24 days and was divided into two periods of 12 days: seven days for animal adaptation to the diet and five days for sample collection. The increasing content of lysine in the diet did not affect dry matter intake of the pigs. The amount of nitrogen excreted was 47% of the nitrogen intake, of which 35% was excreted through feces and 65% through urine. The estimated endogenous losses of lysine were 36.4 mg kg-1 BW0.75. The maintenance requirement of lysine for pigs weighing around 50 kg is 40.4 mg kg-1 BW0.75, and the deposition efficiency of lysine is 90%.

Efficiency and significance of multiple vocal signals in sibling competition

Animals can compete for resources by displaying various acoustic signals that may differentially affect the outcome of competition. We propose the hypothesis that the most efficient signal to deter opponents should be the one that most honestly reveals motivation to compete. We tested this hypothesis in the barn owl (Tyto alba) in which nestlings produce more calls of longer duration than siblings to compete for priority access to the indivisible prey item their parents will deliver next. Because nestlings increase call rate to a larger extent than call duration when they become hungrier, call rate would signal more accurately hunger level. This leads us to propose three predictions. First, a high number of calls should be more efficient in deterring siblings to compete than long calls. Second, the rate at which an individual calls should be more sensitive to variation in the intensity of the sibling vocal competition than the duration of its calls. Third, call rate should influence competitors' vocalization for a longer period of time than call duration. To test these three predictions we performed playback experiments by broadcasting to singleton nestlings calls of varying durations and at different rates. According to the first prediction, singleton nestlings became less vocal to a larger extent when we broadcasted more calls compared to longer calls. In line with the second prediction, nestlings reduced vocalization rate to a larger extent than call duration when we broadcasted more or longer calls. Finally, call rate had a longer influence on opponent's vocal behavior than call duration. Young animals thus actively and differentially use multiple signaling components to compete with their siblings over parental resources.

Diversity and nitrogen fixation efficiency of rhizobia isolated from nodules of Centrolobium paraense

The objective of this work was to isolate and characterize rhizobia from nodules of Centrolobium paraense and to evaluate their symbiotic efficiency. Soil samples collected from four sites of the Roraima Cerrado, Brazil, were used to cultivate C. paraense in order to obtain nodules. Isolates (178) were obtained from 334 nodules after cultivation on medium 79. Twenty-five isolates belonging to six morphological groups were authenticated using Vigna unguiculata and they were characterized by 16S rRNA. Isolates identified as Bradyrhizobium were further characterized using rpoB gene sequencing. A greenhouse experiment was carried out with C. paraense to test the 18 authenticated isolates. Approximately 90% of the isolates grew slowly in medium 79. The 16S rRNA analysis showed that 14 authenticated isolates belong to the genus Bradyrhizobium, and rpoB indicated they constitute different groups compared to previously described species. Only four of the 11 fast-growing isolates nodulated V. unguiculata, two of which belong to Rhizobium, and two to Pleomorphomonas, which was not previously reported as a nodulating genus. The Bradyrhizobium isolates ERR 326, ERR 399, and ERR 435 had the highest symbiotic efficiency on C. paraense and showed a contribution similar to the nitrogen treatment. Centrolobium paraense is able to nodulate with different rhizobium species, some of which have not yet been described.

The potential effects of social interactions on reproductive efficiency of stallions

The reproductive efficiency of stabled domestic stallions is often lower than what could be expected from observations in feral herds. In the wild, stallions typically live with mares in harem bands, with other stallions in bachelor bands, or occasionally in mixed-sex transitional bands. We, therefore, argue that permanent contact with mares may increase reproductive efficiency of stallions suffering from low libido and/or fertility. We also provide a summary of our present knowledge of natural conditions, management, and husbandry of domestic stallions, and of intra- and intersexual behavioral interactions in horses.

Increasing the efficiency of disparity computation by interpolation

Tässä diplomityössä tutkitaan dispariteettikartan laskennan tehostamista interpoloimalla. Kolmiomittausta käyttämällä stereokuvasta muodostetaan ensin harva dispariteettikartta, jonka jälkeen koko kuvan kattava dispariteettikartta muodostetaan interpoloimalla. Kolmiomittausta varten täytyy tietää samaa reaalimaailman pistettä vastaavat kuvapisteet molemmissa kameroissa. Huolimatta siitä, että vastaavien pisteiden hakualue voidaan pienentää kahdesta ulottuvuudesta yhteen ulottuvuuteen käyttämällä esimerkiksi epipolaarista geometriaa, on laskennallisesti tehokkaampaa määrittää osa dispariteetikartasta interpoloimalla, kuin etsiä vastaavia kuvapisteitä stereokuvista. Myöskin johtuen stereonäköjärjestelmän kameroiden välisestä etäisyydestä, kaikki kuvien pisteet eivät löydy toisesta kuvasta. Näin ollen on mahdotonta määrittää koko kuvan kattavaa dispariteettikartaa pelkästään vastaavista pisteistä. Vastaavien pisteiden etsimiseen tässä työssä käytetään dynaamista ohjelmointia sekä korrelaatiomenetelmää. Reaalimaailman pinnat ovat yleisesti ottaen jatkuvia, joten geometrisessä mielessä on perusteltua approksimoida kuvien esittämiä pintoja interpoloimalla. On myöskin olemassa tieteellistä näyttöä, jonkamukaan ihmisen stereonäkö interpoloi objektien pintoja.

Relative Technical Efficiency of European Transportation Systems

Talouden kasvaessa myös tavarankuljetusmäärät kasvavat. Kuljetusjärjestelmät ja niiden sujuva toiminta on erittäin tärkeää taloudellisen kasvun kannalta tällä hetkellä, ja se tulee olemaan yhä tärkeämpää tulevaisuudessa. Tulevaisuudessa tarvitaan kokonaisvaltainen ja selkeästi tehokkaampi kuljetusjärjestelmä, mikäli tulevaisuuden kuljetusvirrat halutaan hoitaa kestävästi. Tässä opinnäytetyössäni tutkin kolmen eurooppalaisen kuljetusjärjestelmän (rautatiet, lentoliikenne ja konttiliikenne meritse) suhteellista teknistä tehokkuutta ja menetelmänä on data envelopment analysis (DEA). Vertailtaessa kuljetusjärjestelmiä löytyi suuria eroja kuljetusmuotojen välille. lentoyhtiöt suoriutuivat huomattavan tasaisesti eli tehokkaiden ja ei-tehokkaiden toimijoiden välillä ei ollut suuria eroja. Rautatiepuolella erot venyivät huomattavan suuriksi niin eri yritysten välillä kuin jopa saman yrityksen sisällä eri vuosina. Pikaisemmassa laivayhtiöiden tarkastelussa erot niiden välillä olivat lähes yhtä pieniä kuin lentoyhtiöiden välillä. Tarkasteltaessa omistajuuden vaikutusta lentoyhtiöiden toiminnassa huomattiin, että yksityisessä omistuksessa olevat yritykset olivat huomattavasti tehokkaampia matkustajien kuljettamisessa. Rahtipuolella merkittäviä eroja ei havaittu. Merkittävät korrelaatiot eri mallien välillä antoivat joitain viitteitä myös kuljetuspoliittiseen päätöksentekoon; investoinnit matkustajienkuljetuksiin raiteilla parantaisivat koko rautatiepuolen teokkuutta, mutta myös samalla lentopuolen matkustajakuljetuksen tehokkuutta.

Using software metrics to increase efficiency in product creation

Opinnäytetyö etsii korrelaatiota ohjelmistomittauksella saavutettujen tulosten ja ohjelmasta löytyneiden virheiden väliltä. Työssä käytetään koeryhmänä jo olemassaolevia ohjelmistoja. Työ tutkii olisiko ohjelmistomittareita käyttämällä ollut mahdollista paikallistaa ohjelmistojen ongelmakohdat ja näin saada arvokasta tietoa ohjelmistokehitykseen. Mittausta voitaisiin käyttää resurssien parempaan kohdentamiseen koodikatselmuksissa, koodi-integraatiossa, systeemitestauksessa ja aikataulutuksessa. Mittaamisen avulla nämä tehtävät saisivat enemmän tietoa resurssien kohdistamiseen. Koeryhmänä käytetään erilaisia ohjelmistotuotteita. Yhteistä näille kaikille tuotteille on niiden peräkkäiset julkaisut. Uutta julkaisua tehtäessä, edellistä julkaisua käytetään pohjana, jonka päällekehitetään uutta lähdekoodia. Tämän takia ohjelmistomittauksessa pitää pystyä erottelemaan edellisen julkaisun lähdekoodi uudesta lähdekoodista. Työssä käytettävät ohjelmistomittarit ovat yleisiä ja ohjelmistotekniikassalaajasti käytettyjä mittaamaan erilaisia lähdekoodin ominaisuuksia, joiden arvellaan vaikuttavan virhealttiuteen. Tämän työn tarkoitus on tutkia näiden ohjelmistomittareiden käytettävyyttä koeryhmänä toimivissa ohjelmistoympäristöissä. Käytännön osuus työstä onnistui löytämään korrelaation joidenkinohjelmistomittareiden ja virheiden väliltä, samalla kuin toiset ohjelmistomittarit eivät antaneet vakuuttavia tuloksia. Ohjelmistomittareita käyttämällä näyttää olevan mahdollista tunnistaa virhealttiit kohdat ohjelmasta ja siten parantaa ohjelmistokehityksen tehokkuutta. Ohjelmistomittareiden käyttö tuotekehityksessäon perusteltavaa ja niiden avulla mahdollisesti pystyttäisiin vaikuttamaan ohjelmiston laatuun tulevissa julkaisuissa.

Genomic determinants of the efficiency of internal ribosomal entry sites of viral and cellular origin

Variation in cellular gene expression levels has been shown to be inherited. Expression is controlled at transcriptional and post-transcriptional levels. Internal ribosome entry sites (IRES) are used by viruses to bypass inhibition of cap-dependent translation, and by eukaryotic cells to control translation under conditions when protein synthesis is inhibited. We aimed at identifying genomic determinants of variability in IRES-mediated translation of viral [Encephalomyocarditis virus (EMCV)] and cellular IRES [X-linked inhibitor-of-apoptosis (XIAP) and c-myc]. Bicistronic lentiviral constructs expressing two fluorescent reporters were used to transduce laboratory and B lymphoblastoid cell lines [15 CEPH pedigrees (n = 205) and 50 unrelated individuals]. IRES efficiency varied according to cell type and among individuals. Control of IRES activity has a significant genetic component (h(2) of 0.47 and 0.36 for EMCV and XIAP, respectively). Quantitative linkage analysis identified a suggestive locus (LOD 2.35) on chromosome 18q21.2, and genome-wide association analysis revealed of a cluster of SNPs on chromosome 3, intronic to the FHIT gene, marginally associated (P = 5.9E-7) with XIAP IRES function. This study illustrates the in vitro generation of intermediate phenotypes by using cell lines for the evaluation of genetic determinants of control of elements such as IRES.

Guideline adaptation: an approach to enhance efficiency in guideline development and improve utilisation.

BACKGROUND: Developing and updating high-quality guidelines requires substantial time and resources. To reduce duplication of effort and enhance efficiency, we developed a process for guideline adaptation and assessed initial perceptions of its feasibility and usefulness. METHODS: Based on preliminary developments and empirical studies, a series of meetings with guideline experts were organised to define a process for guideline adaptation (ADAPTE) and to develop a manual and a toolkit made available on a website (http://www.adapte.org). Potential users, guideline developers and implementers, were invited to register and to complete a questionnaire evaluating their perception about the proposed process. RESULTS: The ADAPTE process consists of three phases (set-up, adaptation, finalisation), 9 modules and 24 steps. The adaptation phase involves identifying specific clinical questions, searching for, retrieving and assessing available guidelines, and preparing the draft adapted guideline. Among 330 registered individuals (46 countries), 144 completed the questionnaire. A majority found the ADAPTE process clear (78%), comprehensive (69%) and feasible (60%), and the manual useful (79%). However, 21% found the ADAPTE process complex. 44% feared that they will not find appropriate and high-quality source guidelines. DISCUSSION: A comprehensive framework for guideline adaptation has been developed to meet the challenges of timely guideline development and implementation. The ADAPTE process generated important interest among guideline developers and implementers. The majority perceived the ADAPTE process to be feasible, useful and leading to improved methodological rigour and guideline quality. However, some de novo development might be needed if no high quality guideline exists for a given topic.

Market efficiency and calendar anomalies in the Russian stock market

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tarkastella esiintyykö Venäjän osakemarkkinoilla kalenterianomalioita. Tutkimus keskittyy Halloween-, kuukausi-, kuunvaihde-, viikonpäivä- ja juhlapäiväanomalioiden tarkasteluun. Tutkimusaineistona käytetään RTS (Russian Trading System) indeksiä. Tarkasteluaika alkaa 1. syyskuuta 1995 ja loppuu 31. joulukuuta 2005. Havaintojen kokonaismäärä on 2584. Tutkimusmenetelmänä käytetään pienimmän neliösumman menetelmää (OLS). Tutkimustulokset osoittavat, että Venäjän osakemarkkinoilla esiintyy Halloween-, kuunvaihde- ja viikonpäiväanomalioita. Sen sijaan kuukausi- ja juhlapäiväanomalioita ei tulosten mukaanesiinny Venäjän osakemarkkinoilla. Tulokset osoittavat lisäksi, että suurin osaanomalioista on merkittävämpiä nykyään kuin Venäjän osakemarkkinoiden ensimmäisinä vuosina. Näiden tulosten perusteella voidaan todeta, että Venäjän osakemarkkinat eivät ole vielä tehokkaat.

Testing Weak-Form Efficiency of the Chinese Stock Market

Tämän tutkielman tavoitteena on tarkastella Kiinan osakemarkkinoiden tehokkuutta ja random walk -hypoteesin voimassaoloa. Tavoitteena on myös selvittää esiintyykö viikonpäiväanomalia Kiinan osakemarkkinoilla. Tutkimusaineistona käytetään Shanghain osakepörssin A-sarjan,B-sarjan ja yhdistelmä-sarjan ja Shenzhenin yhdistelmä-sarjan indeksien päivittäisiä logaritmisoituja tuottoja ajalta 21.2.1992-30.12.2005 sekä Shenzhenin osakepörssin A-sarjan ja B-sarjan indeksien päivittäisiä logaritmisoituja tuottoja ajalta 5.10.1992-30.12.2005. Tutkimusmenetelminä käytetään neljä tilastollista menetelmää, mukaan lukien autokorrelaatiotestiä, epäparametrista runs-testiä, varianssisuhdetestiä sekä Augmented Dickey-Fullerin yksikköjuuritestiä. Viikonpäiväanomalian esiintymistä tutkitaan käyttämällä pienimmän neliösumman menetelmää (OLS). Testejä tehdään sekä koko aineistolla että kolmella erillisellä ajanjaksolla. Tämän tutkielman empiiriset tulokset tukevat aikaisempia tutkimuksia Kiinan osakemarkkinoiden tehottomuudesta. Lukuun ottamatta yksikköjuuritestien saatuja tuloksia, autokorrelaatio-, runs- ja varianssisuhdetestien perusteella random walk-hypoteesi hylättiin molempien Kiinan osakemarkkinoiden kohdalla. Tutkimustulokset osoittavat, että molemmilla osakepörssillä B-sarjan indeksien käyttäytyminenon ollut huomattavasti enemmän random walk -hypoteesin vastainen kuin A-sarjan indeksit. Paitsi B-sarjan markkinat, molempien Kiinan osakemarkkinoiden tehokkuus näytti myös paranevan vuoden 2001 markkinabuumin jälkeen. Tutkimustulokset osoittavat myös viikonpäiväanomalian esiintyvän Shanghain osakepörssillä, muttei kuitenkaan Shenzhenin osakepörssillä koko tarkasteluajanjaksolla.