A fully-nonlocal energy-based formulation and high-performance realization of the quasicontinuum method

The quasicontinuum (QC) method was introduced to coarse-grain crystalline atomic ensembles in order to bridge the scales from individual atoms to the micro- and mesoscales. Though many QC formulations have been proposed with varying characteristics and capabilities, a crucial cornerstone of all QC techniques is the concept of summation rules, which attempt to efficiently approximate the total Hamiltonian of a crystalline atomic ensemble by a weighted sum over a small subset of atoms. In this work we propose a novel, fully-nonlocal, energy-based formulation of the QC method with support for legacy and new summation rules through a general energy-sampling scheme. Our formulation does not conceptually differentiate between atomistic and coarse-grained regions and thus allows for seamless bridging without domain-coupling interfaces. Within this structure, we introduce a new class of summation rules which leverage the affine kinematics of this QC formulation to most accurately integrate thermodynamic quantities of interest. By comparing this new class of summation rules to commonly-employed rules through analysis of energy and spurious force errors, we find that the new rules produce no residual or spurious force artifacts in the large-element limit under arbitrary affine deformation, while allowing us to seamlessly bridge to full atomistics. We verify that the new summation rules exhibit significantly smaller force artifacts and energy approximation errors than all comparable previous summation rules through a comprehensive suite of examples with spatially non-uniform QC discretizations in two and three dimensions. Due to the unique structure of these summation rules, we also use the new formulation to study scenarios with large regions of free surface, a class of problems previously out of reach of the QC method. Lastly, we present the key components of a high-performance, distributed-memory realization of the new method, including a novel algorithm for supporting unparalleled levels of deformation. Overall, this new formulation and implementation allows us to efficiently perform simulations containing an unprecedented number of degrees of freedom with low approximation error.

Maila handiko futbolari gazteen ezaugarrien garapena eta eboluzioa

314 p.

Stability analysis of RF amplifiers based on MIMO pole-zero identification

Spurious oscillations are one of the principal issues faced by microwave and RF circuit designers. The rigorous detection of instabilities or the characterization of measured spurious oscillations is still an ongoing challenge. This project aims to create a new stability analysis CAD program that tackles this chal- lenge. Multiple Input Multiple Output (MIMO) pole-zero identification analysis is introduced on the program as a way to create new methods to automate the stability analysis process and to help designers comprehend the obtained results and prevent incorrect interpretations. The MIMO nature of the analysis contributes to eliminate possible controllability and observability losses and helps differentiate mathematical and physical quasi-cancellations, products of overmodeling. The created program reads Single Input Single Output (SISO) or MIMO frequency response data, and determines the corresponding continuous transfer functions with Vector Fitting. Once the transfer function is calculated, the corresponding pole/zero diagram is mapped enabling the designers to analyze the stability of an amplifier. Three data processing methods are introduced, two of which consist of pole/zero elimina- tions and the latter one on determining the critical nodes of an amplifier. The first pole/zero elimination method is based on eliminating non resonant poles, whilst the second method eliminates the poles with small residue by assuming that their effect on the dynamics of a system is small or non-existent. The critical node detection is also based on the residues; the node at which the effect of a pole on the dynamics is highest is defined as the critical node. In order to evaluate and check the efficiency of the created program, it is compared via examples with another existing commercial stability analysis tool (STAN tool). In this report, the newly created tool is proved to be as rigorous as STAN for detecting instabilities. Additionally, it is determined that the MIMO analysis is a very profitable addition to stability analysis, since it helps to eliminate possible problems of loss of controllability, observability and overmodeling.

Identifizierung der Welsart in Filetware durch Protein- und DNA-Analyse

Zusammenfassung Zur Identifizierung der folgenden vier Welsarten bzw. zwei Hybriden (Clarias gariepinus, Pangasius hypophthalmus, Pseudoplatystoma spp., Silurus glanis, Claresse® und Melander®) wurden die isolektrische Fokussierung (IEF) der wasserlöslichen Muskelproteine und die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) zur Vervielfältigung und Sequenzierung eines Abschnittes aus dem Cytochrom b – Gen eingesetzt. Die IEF ergab artspezifische Proteinmuster mit hitzestabilen Proteinbanden im anodalen Gelbereich. Der afrikanische Wels (C. gariepinus) und das Hybriderzeugnis Melander® wiesen das gleiche Proteinmuster auf. Mittels DNA-Analyse ließen sich die Welsarten anhand ihrer Cytochrom b Gensequenzen eindeutig identifizieren. Auch hier zeigte der Welshybrid Melander® ein identisches Ergebnis wie der afrikanische Wels. Die Schwierigkeiten der Identifizierung von Tigerwelsen südamerikanischer Herkunft aus der Gattung Pseudoplatystoma werden diskutiert. Abstract Isoelectric focusing (IEF) of water soluble proteins and PCR-based DNA- analysis were used to differentiate between four catfish species (Clarias gariepinus, Pangasius hypophthalmus, Pseudoplatystoma spp., Silurus glanis) and two hybrids Claresse® and Melander®. Specific protein patterns have been obtained for all species and Claresse®, but in case of Melander® the identical pattern was observed as for the African catfish Clarias gariepinus. By sequencing the PCR products and application of BLAST, authenticity of the different catfish samples was confirmed. The cytochrome b gene sequences of Melander® and African catfish were identical. The difficulties of identifying catfishes of the genus Pseudoplatystoma are discussed.

Avaliação da heterogeneidade molecular de Cryptosporidium sp. em amostras clínicas

O Cryptosporidium é um parasito coccídeo reconhecido por causar diarréia em humanos e animais em todo o mundo. O gênero compreende pelo menos 20 espécies confirmadas, sendo o C. hominis e C. parvum as principais espécies causadoras de criptosporidiose em humanos. Ferramentas moleculares têm sido desenvolvidas para detectar e diferenciar espécies/genótipos e subgenótipos de Cryptosporidium. O objetivo do trabalho foi avaliar a heterogeidade molecular de Cryptosporidium sp. obtidos de amostras clínicas provenientes dos municípios do Rio de Janeiro e de Salvador, através da PCR em tempo real e seqüenciamento automático. Foram analisadas 85 amostras, distribuídas em 3 grupos distintos, sendo 45 delas do município do Rio de Janeiro e 40 amostras provenientes de Salvador, Bahia. Todas as amostras foram positivas para Cryptosporidium sp. pelo método de coloração de Kinyoun a frio. O ensaio da PCR em tempo real combinou uma reação multiplex para a detecção do gênero Cryptosporidium e da espécie C. parvum e uma reação simples para a detecção de C. hominis. Na detecção do gênero Cryptosporidium foram utilizados par de primers e uma sonda TaqMan desenhados a partir do alinhamento de seqüências conservadas do gene 18S rRNA de várias espécies de Cryptosporidium disponíveis no GenBank. Para a detecção das espécies C. parvum e C. hominis foram utilizados primers e sondas específicos obtidos a partir de seqüências de cada espécie disponíveis no GenBank. A detecção do gênero Cryptosporidium através da sonda 18S rRNA, na reação duplex, foi visualizada em 63 de 85 amostras totais. Destas, a sonda TaqMan específica para C. parvum detectou 6 amostras e a sonda TaqMan específica para C. hominis detectou 42 amostras. Quinze amostras não puderam ser detectadas pelas sondas C. hominis ou C. parvum. Nos ensaios da PCR para o gene 18S, 31 amostras foram positivas e 27 delas sequenciadas. As análises filogenéticas confirmaram a presença de C. hominis, C. parvum e C. felis nas amostras estudadas. Na análise da topologia da árvore filogenética obtida por Neighbor Joining, observou-se-se que as sequências obtidas neste estudo se agruparam com espécies do gênero Cryptosporidium já descritas, com 99% ou 100% de similaridade. Conclui-se que os dois métodos utilizados são importantes ferramentas para o diagnóstico da criptosporidiose e diferenciação de C. hominis e C. parvum em investigações epidemiológicas, assim como avaliação da heterogeneidade molecular de Cryptosporidium sp

Incidental Memory of Younger and Older Adults for Objects Encountered in a Real World Context

Effects of context on the perception of, and incidental memory for, real-world objects have predominantly been investigated in younger individuals, under conditions involving a single static viewpoint. We examined the effects of prior object context and object familiarity on both older and younger adults' incidental memory for real objects encountered while they traversed a conference room. Recognition memory for context-typical and context-atypical objects was compared with a third group of unfamiliar objects that were not readily named and that had no strongly associated context. Both older and younger adults demonstrated a typicality effect, showing significantly lower 2-alternative-forced-choice recognition of context-typical than context-atypical objects; for these objects, the recognition of older adults either significantly exceeded, or numerically surpassed, that of younger adults. Testing-awareness elevated recognition but did not interact with age or with object type. Older adults showed significantly higher recognition for context-atypical objects than for unfamiliar objects that had no prior strongly associated context. The observation of a typicality effect in both age groups is consistent with preserved semantic schemata processing in aging. The incidental recognition advantage of older over younger adults for the context-typical and context-atypical objects may reflect aging-related differences in goal-related processing, with older adults under comparatively more novel circumstances being more likely to direct their attention to the external environment, or age-related differences in top-down effortful distraction regulation, with older individuals' attention more readily captured by salient objects in the environment. Older adults' reduced recognition of unfamiliar objects compared to context-atypical objects may reflect possible age differences in contextually driven expectancy violations. The latter finding underscores the theoretical and methodological value of including a third type of objects-that are comparatively neutral with respect to their contextual associations-to help differentiate between contextual integration effects (for schema-consistent objects) and expectancy violations (for schema-inconsistent objects).

Gender equality in life insurance

[EN]This project is going to study the implications of the gender of an individual in the rate-setting process of life insurance. In order to do so there is a review of the continuous changes that have taken place in the national and European legislation following the enactment of the Directive 2004/113/EC, as well as its consequences from the prohibition to differentiate the premiums and benefits on the grounds of gender. In this area, the evolution of the Spanish insurance sector and the influence of the new legislation are examined. Furthermore, there is an analysis of the differences between men and women, which to some extent have a direct impact in the management and development of the life insurance companies. Finally, methods to calculate the premium and the benefits are proposed with the purpose of preventing the restrictions imposed by the Directive 2004/113/EC. In order to check the repercussions of the use of unisex tables a comparison is made between the premiums obtained for a whole life insurance by allocating the same weighing to the actuarial male and female mortality tables and those that would result if the distinction by gender were allowed.

Les saisons marines devant Abidjan

From March 1966 to March 1970 some hydrographic observations were collected twice a week at a coastal station, off Abidjan. These data show the alternation of well defined water masses over the Ivorian Continental shelf. Grouping all observations on a T-S diagram, it is possible to differentiate four marine seasons, which are typical of an austral type of climate such as is observed off Pointe Noire.

The Lune catchment abstraction management strategy. Consultation document September 2003

This consultation document sets out the proposed future licensing strategy for the Lune Catchment Abstraction Management Strategy (CAMS) area. Following the three month consultation period, the Environment Agency will determine the final licensing strategy and publish it in the CAMS document. The strategy will provide an indication of whether new abstraction licences are likely to be available and the conditions that should be expected on licences. Water plays a vital role in the Lune catchment, providing water for public supply, supporting recreation, such as angling and canoeing, and providing sustainable flows to preserve numerous designated sites. There is minimal abstraction throughout much of the catchment, apart from the lower reaches of the River Lune. The document is split into five sections relating to the CAMS process. Sections 1 to 4 outline the CAMS process, and Section 5 outlines the proposed licensing strategy for the Lune CAMS areas. It is important to note that this strategy deals with groundwater and surface water abstractions separately; Sections 4 and 5 are split to differentiate between the surface water and groundwater results and strategy.

O Impacto da colocação secundária na performance das firmas

O objetivo do presente trabalho foi examinar o desempenho das firmas em períodos próximos à realização da colocação secundária, perfazendo uma análise das pesquisas relatadas sobre o evento. Como constatado na literatura, os agentes alienam sua participação acionária por motivos diversos e, dependendo do tipo de informação que o alienante possui, a performance das ações e operacional das firmas tendem a ser robusto em momentos próximos ao fenômeno e fraco conforme vai se distanciando do mesmo. Foi a demonstração dessa repercussão que se buscou comprovar nesse trabalho, tratando de diferenciar os efeitos no mercado quando a venda é feita por um detentor de informação privilegiada da que é realizada por um alienante que não detém esse tipo de informação. O que se depreende da literatura é que os agentes no momento da venda de suas ações tendem a se aproveitar da janela de oportunidade. Apresentando ainda as teorias levantadas sobre o tema, percebe-se que elas possuem um poder de explicação sobre o que ocorre no mercado de capitais no momento da distribuição secundária.

Description of early life history stages of the northern sculpin (Icelinus borealis Gilbert) (Teleostei: Cottidae)

Larvae of the genus Icelinus are collected more frequently than any other sculpin larvae in ichthyoplankton surveys in the Gulf of Alaska and Bering Sea, and larvae of the northern sculpin (Icelinus borealis) are commonly found in the ichthyofauna in both regions. Northern sculpin are geographically isolated north of the Aleutian Islands, Alaska, which allows for a definitive description of its early life history development in the Bering Sea. A combination of morphological characters, pigmentation, preopercular spine pattern, meristic counts, and squamation in later developmental stages is essential to identify Icelinus to the species level. Larvae of northern sculpin have 35–36 myomeres, pelvic fins with one spine and two rays, a bony preopercular shelf, four preopercular spines, 3–14 irregular postanal ventral melanophores, few, if any, melanophores ventrally on the gut, and in larger specimens, two rows of ctenoid scales directly beneath the dorsal fins extending onto the caudal peduncle. The taxonomic characters of the larvae of northern sculpin in this study may help differentiate northern sculpin larvae from its congeners, and other sympatric sculpin larvae, and further aid in solving complex systematic relationships within the family Cottidae.

Atividade in vitro da pterocarpanoquinona LQB-118 sobre o Trypanosoma cruzi

A doença de Chagas é endêmica na América Latina sendo considerada uma doença negligenciada com grande impacto socioeconômico. A infecção é causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi que é transmitido pela forma vetorial, entre outros mecanismos. O tratamento consiste basicamente no uso de dois fármacos, o benznidazol e o Nifurtimox que apresentam uma série de efeitos colaterais e atuam muito pouco nas formas amastigotas intracelulares o que faz com que o tratamento atual seja restrito e insatisfatório.Várias atividades farmacológicas foram atribuídas ao lapachol e a pterocarpanos, tais como atividade antitumoral e antiparasitária. Devido a esse potencial foi sintetizado uma molécula híbrida, a pterocarpanoquinona LQB-118, e algumas moléculas derivadas. A LQB-118 mostrou anteriormente atividade antitumoral e anti-Leishmania. O objetivo do presente trabalho foi investigar a atividade in vitro da LQB-118 e suas moléculas derivadas sobre o Trypanosoma cruzi clone Dm28c. Para avaliação inicial do efeito anti-parasitário das moléculas, amastigotas intracelulares, tripomastigotas metacíclicos e epimastigotas foram incubados com 20 M das LQBs 118, 168, 187, 182 e 236. A LQB-118 demonstrou atividade antiparasitária nas três formas evolutivas (90% na forma amastigota, 44% na forma tripomastigota e 70% na forma epimastigota) do parasito, enquanto as moléculas derivadas não mostraram atividade significativa. Sendo assim os estudos foram continuados com a molécula LQB-118. A ação da LQB-118 sobre as amastigotas intracelulares foi dose dependente, com redução do índice de infecção em 81% e 88% nas concentrações de 20 e 30 M respectivamente. Já sobre tripomastigotas, a LQB-118 foi menos ativa reduzindo a mobilidade dessas formas em até 45% a 30 M. Sobre a forma epimastigota a ação foi dose-dependente chegando a inibir 96% o crescimento dos parasitos a 20 M, com alterações da morfologia tais como arrendondamento do corpo celular e perda do flagelo. A dose capaz de inibir 50% foi de 4,2 M para amastigota intracelular e 38,1 M para tripomastigotas. Para macrófagos, a LC50 ficou em 40 M, uma concentração quase dez vezes maior que a IC50 para amastigotas. A capacidade das formas amastigotas intracelulares se diferenciarem em tripomatigotas e lisar os macrófagos foi avaliada após o tratamento com a LQB-118 por 72h. Observou-se um atraso do ciclo intracelular do parasito de modo dose-dependente, onde na concentração de 30 M o surgimento de tripomastigota foi no 9 dia enquanto nos controles foi no 5 dia de cultura. Para delinear o mecanismo de ação, foi avaliado o efeito direto sobre o parasito como a indução da fragmentação de DNA. A análise de indução da fragmentação do DNA feita pela marcação pelo TUNEL mostrou que o tratamento com a LQB-118 induziu seletivamente a fragmentação do núcleo das amastigotas enquanto o núcleo dos macrófagos se mantiveram íntegros. Macrófagos peritoneais pré-tratados com LQB-118 por 24 horas foram capazes de reduzir o número de amastigotas após 72h de cultivo na ausência da molécula, mas sem alteração na produção de óxido nítrico. Esses resultados mostram que a LQB-118 é ativa contra o T. cruzi, principalmente sobre a forma amastigota intracelular, que é a forma presente na fase crônica da infecção. O mecanismo de ação sugere que a LQB-118 é capaz de ser seletivamente tóxica para o parasito e também ativar os mecanismos microbicidas dos macrófagos de modo independente da produção de óxido nítrico.

Muscle wasting in myotonic dystrophies: a model of premature aging

Myotonic dystrophy type 1 (DM1 or Steinert's disease) and type 2 (DM2) are multisystem disorders of genetic origin. Progressive muscular weakness, atrophy and myotonia are the most prominent neuromuscular features of these diseases, while other clinical manifestations such as cardiomyopathy, insulin resistance and cataracts are also common. From a clinical perspective, most DM symptoms are interpreted as a result of an accelerated aging (cataracts, muscular weakness and atrophy, cognitive decline, metabolic dysfunction, etc.), including an increased risk of developing tumors. From this point of view, DM1 could be described as a progeroid syndrome since a notable age dependent dysfunction of all systems occurs. The underlying molecular disorder in DM1 consists of the existence of a pathological (CTG) triplet expansion in the 3' untranslated region (UTR) of the Dystrophia ll/Iyotonica Protein Kinase (DMPK) gene, whereas (CCTG)n repeats in the first intron of the Cellular Nucleic acid Binding Protein/Zinc Finger Protein 9 (CNBP/ZNF9) gene cause DM2. The expansions are transcribed into (CUG)n and (CCUG)n-containing RNA, respectively, which form secondary structures and sequester RNA binding proteins, such as the splicing factor muscleblind-like protein (MBNL), forming nuclear aggregates known as foci. Other splicing factors, such as CUGBP, are also disrupted, leading to a spliceopathy of a large number of downstream genes linked to the clinical features of these diseases. Skeletal muscle regeneration relies on muscle progenitor cells, known as satellite cells, which are activated after muscle damage, and which proliferate and differentiate to muscle cells, thus regenerating the damaged tissue. Satellite cell dysfunction seems to be a common feature of both age-dependent muscle degeneration (sarcopenia) and muscle wasting in DM and other muscle degenerative diseases. This review aims to describe the cellular, molecular and macrostructural processes involved in the muscular degeneration seen in DM patients, highlighting the similarities found with muscle aging.

El riesgo de orientación en la inversión en spin-offs universitarias. ¿Existe? ¿Es posible identificarlo en los primeros años de vida?

[ES] Diversos estudios han mostrado evidencias de que las empresas creadas desde las universidades (spin-offs) presentan unas tasas de crecimiento menores que otros tipos de start-ups. Esto puede deberse en parte a que un porcentaje de ellas pueden estar orientadas a dar continuidad a proyectos de investigación en base a ayudas públicas, en lugar de a valorizar resultados de investigación en el mercado. El principal objetivo de este trabajo es contrastar si es posible diferenciar dos tipos de spin-offs en función de si están orientadas al mercado o no. Además, en segundo lugar, hemos tratado de comprobar si es posible identificar esta orientación desde las primeras fases de vida de las spin-offs, lo que afectaría al perfil de riesgo desde el punto de vista de los inversores. Para ello hemos utilizado una muestra de 20 spin-offs y se ha procedido a analizar tanto sus estados contables como las ayudas y subvenciones públicas obtenidas durante sus primeros cinco años de actividad. La metodología empleada ha sido el análisis de conglomerados. Los resultados obtenidos sugieren que, si bien efectivamente un número significativo de spin-offs no parecen orientadas al mercado, esta diferenciación no puede inferirse de la información inicial económico financiera de la empresa. Este hecho puede dar lugar a un riesgo de orientación , definido como la imposibilidad por parte del inversor inicial de saber si existe una orientación o no al mercado de la spin-off.

Carcinoma epidermóide invasivo de pênis: subexpressão dos fragmentos C3 e C4A/B do sistema complemento detectado no plasma pela plataforma proteômica ClinProt/MALDI/TOF

O carcinoma epidermóide de pênis (CEP) representa 95% das neoplasias penianas e afeta quase sempre pacientes não circuncidados estando muitas vezes associado à falta de higiene local adequada e à fimose. No Brasil a sua incidência é de 2,7 % porém em algumas áreas do país pode chegar a 17% dos casos diagnosticados por ano. O tumor pode ocorrer em qualquer parte do órgão sexual masculino e o tipo de estadiamento empregado é controverso. A classificação de Broders é a mais utilizada. Estudos sugerem a relação entre o desenvolvimento do carcinoma de pênis com a infecção por HPV (Papiloma Vírus Humano). O método de avaliação dos linfonodos inguinais permanece controverso sendo difícil a diferenciação entre linfadenomegalia inflamatória reacional e metastática. O exame físico não é um preditor confiável do comprometimento linfonodal pois pacientes com linfonodos palpáveis podem não apresentar metástases. Há poucas publicações sobre os mecanismos moleculares envolvidos na gênese e progressão do CEP. Apesar de vários marcadores terem sido avaliados, atualmente a aplicação clínica destes é limitada. A maior parte dos marcadores estudados requer procedimentos invasivos para obtenção do tecido tumoral. Existe a necessidade de encontrar através de uma técnica pouco invasiva marcadores tumorais circulantes capazes de diferenciar portadores de CEP com e sem envolvimento metastático. Neste tipo de neoplasia, a descoberta de biomarcadores que avaliem o prognóstico é relevante, pois o exame físico não é um indicador confiável do comprometimento linfonodal e da sobrevida.Os objetivos foram 1) revisar e discutir a epidemiologia, a etiologia, os diversos tipos de abordagem cirúrgica e as controvérsias no tratamento cirúrgico do câncer de pênis 2) investigar através da plataforma ClinProt/ MALDI / TOF a presença de marcadores plasmáticos capazes de discriminar indivíduos saudáveis de pacientes afetados por carcinoma epidermóide de pênis (CEP) 3) avaliar a importância destes marcadores na evolução da doença. Foram coletados e analisados pela plataforma ClinProt / MALDI / TOF o plasma de 36 indivíduos saudáveis e 25 pacientes com CEP invasivo, submetidos a tratamento cirúrgico entre junho de 2010 e junho de 2011, nos serviços de urologia do Instituto Nacional de Câncer e do Hospital Mário Kröeff (Rio de Janeiro). Nossos resultados apontaram para um conjunto de dois peptídeos (A = m / z 1897,22 + -9 Da e B = m / z 2021,99 + -9 Da) que foram capazes de diferenciar pacientes com CEP de indivíduos controles. Esses peptídeos foram posteriormente identificados como fragmentos C3 e C4 A/B do sistema complemento. A validação cruzada, utilizando toda casuística apresentou 62,5% e 86,76% de sensibilidade e de especificidade, respectivamente, com uma alta sensibilidade (100%) e especificidade (97%) nos pacientes que morreram pela doença. Além disso, os pacientes com envolvimento ganglionar obtiveram uma sensibilidade e uma especificidade de 80 % e 97%, respectivamente. Ficou demonstrado que à medida que a doença progride mais subexpressos está o conjunto de peptídeos quando comparados com indivíduos saudáveis. Estes resultados podem ser úteis como ferramentas para a avaliação do prognóstico destes pacientes.