Broadening the horizon--level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions.

BACKGROUND: Molecular interaction Information is a key resource in modern biomedical research. Publicly available data have previously been provided in a broad array of diverse formats, making access to this very difficult. The publication and wide implementation of the Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative Molecular Interactions (HUPO PSI-MI) format in 2004 was a major step towards the establishment of a single, unified format by which molecular interactions should be presented, but focused purely on protein-protein interactions. RESULTS: The HUPO-PSI has further developed the PSI-MI XML schema to enable the description of interactions between a wider range of molecular types, for example nucleic acids, chemical entities, and molecular complexes. Extensive details about each supported molecular interaction can now be captured, including the biological role of each molecule within that interaction, detailed description of interacting domains, and the kinetic parameters of the interaction. The format is supported by data management and analysis tools and has been adopted by major interaction data providers. Additionally, a simpler, tab-delimited format MITAB2.5 has been developed for the benefit of users who require only minimal information in an easy to access configuration. CONCLUSION: The PSI-MI XML2.5 and MITAB2.5 formats have been jointly developed by interaction data producers and providers from both the academic and commercial sector, and are already widely implemented and well supported by an active development community. PSI-MI XML2.5 enables the description of highly detailed molecular interaction data and facilitates data exchange between databases and users without loss of information. MITAB2.5 is a simpler format appropriate for fast Perl parsing or loading into Microsoft Excel.

Introdução às linguagens de marcas

Apresenta-se o paradigma de gerenciamento da informação que surgiu com o padrão das linguagens ditas "de marcação" (ou markup languages). Faz-se uma rápida introdução à linguagem SGML, e analisam-se as características e os diferenciais que estão por trás do sucesso da linguagem XML, que promete uma revolução na Web. Mostram-se quais são as bases conceituais de uma nova geração de aplicações das áreas da Informação e da tecnologia da informação que democratizarão ainda mais o acesso à informação organizada na Internet. Aborda-se a evolução das pesquisas em direção à chamada Web Semântica, com o desenvolvimento de ontologias.

Biblioteca digital: a experiência do Impa

Relato da experiência do Impa na informatização de sua biblioteca, utilizando o software Horizon, e na construção de um servidor de preprints (dissertações de mestrado, teses de doutorado e artigos ainda não publicados) através da participação no projeto internacional Math-Net.

Introdução ao XBRL: nova linguagem para a divulgação de informações empresariais pela internet

O trabalho tem como objetivo analisar as principais características de divulgação de informações financeiras pela Internet, por meio da linguagem eletrônica XBRL eXtensible Business Reporting Language. Foram estudados a sua trajetória, estado da arte, funcionalidades, principais locais de desenvolvimento, grupos de pesquisa, institutos envolvidos, eventos relacionados, taxonomia de sua estrutura, tendo como base a bibliografia sobre o tema.

IMRT credentialing for prospective trials using institutional virtual phantoms: results of a joint European Organization for the Research and Treatment of Cancer and Radiological Physics Center project.

BACKGROUND AND PURPOSE: Intensity-modulated radiotherapy (IMRT) credentialing for a EORTC study was performed using an anthropomorphic head phantom from the Radiological Physics Center (RPC; RPCPH). Institutions were retrospectively requested to irradiate their institutional phantom (INSTPH) using the same treatment plan in the framework of a Virtual Phantom Project (VPP) for IMRT credentialing. MATERIALS AND METHODS: CT data set of the institutional phantom and measured 2D dose matrices were requested from centers and sent to a dedicated secure EORTC uploader. Data from the RPCPH and INSTPH were thereafter centrally analyzed and inter-compared by the QA team using commercially available software (RIT; ver.5.2; Colorado Springs, USA). RESULTS: Eighteen institutions participated to the VPP. The measurements of 6 (33%) institutions could not be analyzed centrally. All other centers passed both the VPP and the RPC ±7%/4 mm credentialing criteria. At the 5%/5 mm gamma criteria (90% of pixels passing), 11(92%) as compared to 12 (100%) centers pass the credentialing process with RPCPH and INSTPH (p = 0.29), respectively. The corresponding pass rate for the 3%/3 mm gamma criteria (90% of pixels passing) was 2 (17%) and 9 (75%; p = 0.01), respectively. CONCLUSIONS: IMRT dosimetry gamma evaluations in a single plane for a H&N prospective trial using the INSTPH measurements showed agreement at the gamma index criteria of ±5%/5 mm (90% of pixels passing) for a small number of VPP measurements. Using more stringent, criteria, the RPCPH and INSTPH comparison showed disagreement. More data is warranted and urgently required within the framework of prospective studies.

The connectome viewer toolkit: an open source framework to manage, analyze, and visualize connectomes.

Advanced neuroinformatics tools are required for methods of connectome mapping, analysis, and visualization. The inherent multi-modality of connectome datasets poses new challenges for data organization, integration, and sharing. We have designed and implemented the Connectome Viewer Toolkit - a set of free and extensible open source neuroimaging tools written in Python. The key components of the toolkit are as follows: (1) The Connectome File Format is an XML-based container format to standardize multi-modal data integration and structured metadata annotation. (2) The Connectome File Format Library enables management and sharing of connectome files. (3) The Connectome Viewer is an integrated research and development environment for visualization and analysis of multi-modal connectome data. The Connectome Viewer's plugin architecture supports extensions with network analysis packages and an interactive scripting shell, to enable easy development and community contributions. Integration with tools from the scientific Python community allows the leveraging of numerous existing libraries for powerful connectome data mining, exploration, and comparison. We demonstrate the applicability of the Connectome Viewer Toolkit using Diffusion MRI datasets processed by the Connectome Mapper. The Connectome Viewer Toolkit is available from http://www.cmtk.org/

Desarrollo de una aplicación web multiplataforma según el patrón Modelo Vista Controlador

Memoria del desarrollo de una aplicación web siguiendo el patrón de diseño Modelo Vista Controlador, desde la planificación a la implementación. Tecnologías: MySQL, Java2EE, HTML5, Struts2, jQuery, jQueryMobile, JSP, ESAPI, jasypt, XML.

Desarrollo de una aplicación web multiplataforma según el patrón Modelo Vista Controlador

Memoria del desarrollo de una aplicación web siguiendo el patrón de diseño Modelo Vista Controlador, desde la planificación a la implementación. Tecnologías utilizadas: MySQL, Java2EE, HTML5, Struts2, jQuery, jQueryMobile, JSP, ESAPI, Jasypt, XML.

Wikis semánticas

Introducción a las wikis semánticas: ¿Qué son? ¿Cómo son? ¿Cómo trabajan? ¿Cuándo hacen falta?

Mallinnusinformaation hyödyntäminen ohjelmistokehityksessä

Ohjelmistoprosesseissa kulkee käytännössä sama tieto muuntuen eri vaiheissa käyttökohteensa mukaan. Tätä mallinnusinformaatiota on mahdollista siirtää ja käyttää uudelleen, mikä säästää resursseja ja vähentää riskejä kaikissa projektin vaiheissa. Projektin alussa ohjelmiston toimintoja suunnitellaan ja niitä mallinnetaan esim. UML-malleilla. Tätä mallinnusinformaatiota hallitaan erilaisilla CASE-työkaluilla, joiden avullamalleja on helppo konvertoida toteutusvaihetta varten lähdekoodiksi. Lähdekoodivoidaan tuoda takaisin malliksi jatkosuunnittelua varten, jos työkalu tukee ominaisuutta. Testausvaiheessa lähdekoodi voidaan parsia, jotta siitä saadaan esille olennainen mallinnusinformaatio testejä varten. Lopulta dokumentaatiota voidaan generoida automaattisesti esim. Javadocilla. Mallinnusinformaation hyödyntäminen onnistuu hyvin teoriassa, mutta se ei ole niin suoraviivaista käytännössä. Tämänhetkiset työkalut eivät ole tarpeeksi joustavia mallinnusinformaation palauttamiseksi edellisiin vaiheisiin, joten ne ajavat toteuttamaan projekteja lineaarisesti. Keskikokoisessakin ohjelmistoprojektissa on suuri määrä mallinnusinformaatiota ja se lisää haasteita. Vaikka työkalut ovat kankeita, mallinnusinformaation hyödyntämisen on koettu tehostavan ohjelmistoprosesseja. Siksi sen keinoja tutkitaan ahkerasti.

A programming environment having three levels of complexity for mobile robotics = Entorno de programación con tres niveles de complejidad para robótica móvil

This paper presents a programming environment for supporting learning in STEM, particularly mobile robotic learning. It was designed to maintain progressive learning for people with and without previous knowledge of programming and/or robotics. The environment was multi platform and built with open source tools. Perception, mobility, communication, navigation and collaborative behaviour functionalities can be programmed for different mobile robots. A learner is able to programme robots using different programming languages and editor interfaces: graphic programming interface (basic level), XML-based meta language (intermediate level) or ANSI C language (advanced level). The environment supports programme translation transparently into different languages for learners or explicitly on learners’ demand. Learners can access proposed challenges and learning interfaces by examples. The environment was designed to allow characteristics such as extensibility, adaptive interfaces, persistence and low software/hardware coupling. Functionality tests were performed to prove programming environment specifications. UV BOT mobile robots were used in these tests

Web-palveluiden turvallisuus tietojärjestelmien välisessä integraatiossa

Tämän diplomityön tavoitteena oli tutkia liiketoiminnallisessaympäristössä olevia Web-palvelu -teknologialla toteutettujen integraatioprojektien tietoturvaa. Web-palvelut ovat SOAP-muotoisia HTTP-protokollalla välitettäviä viestejä, joilla voidaan välittää tietoa tietojärjestelmästä toiseen tai suorittaa liiketoiminnan tapahtumia. Työssä käsiteltiin erilaisia tietoturvallisuuteen vaikuttavia osa-alueita ja niiden sopivuutta Web-palveluihin. Tietoturvaa on käsitelty enimmäkseen liiketoiminnallisesta näkökulmasta. Työssä havaittiin tietoturvan koostuvan monesta osa-alueesta. Osa-alueista muodostuutietoturvallinen kokonaisuus, jossa on mukana valitut teknologiat, haluttu tietoturvallisuuden taso, integroitavat tietojärjestelmät sekä näiden yhteenliittäminen ja prosessit. Jokaisen integraatioprojektin ollessa oma kokonaisuutensa, on yleispätevän tietoturvan rakentaminen vaikeaa. Tämän seurauksena tietoturvaa tulee käsitellä jatkuvasti integraatioprojektin eri vaiheissa tietoturvan vaatimusten mukaan.

Reporting Framework: Implementation and Performance Analysis

Fenix on suuri metsäteollisuuden tuotannonohjausjärjestelmä. Fenix-järjestelmän raportointi- ja tulostuspalvelut elävätvaihdekautta. Aikaisemmin käytetyt raportointityökalut ovat vanhentumassa ja neon korvattava uusilla. Uusi raportointialusta, Global Printing System (GPS), onrakennettu StreamServe Business Communication Platformin ympärille. Uuden alustan on tarkoitus hoitaa Fenixin tulostus sekä raportointitehtävät. Työ kuvaa raportointialustan toteutuksen sekä sen tärkeimmät ominaisuudet. Uuden alustan suorituskyvyssä on ollut toivomisen varaa. Etenkin suurien raporttien generoiminen on kestänyt joskus toivottoman pitkään. Työssä analysoidaan raportointialustan suorituskykyä ja etsitään mahdolliset pullonkaulat. Suorituskyvyn heikkouksiin pyritään löytämään ratkaisut ja annetaan ehdotuksia suorituskyvyn parantamiseksi. XML pohjaisena järjestelmänä GPS:n suorituskyvyssä suurta osaaesittää XML:n tehokkuus. GPS sisääntuleva data tulee XML-muodossa ja sisääntulon parsimisen tehokkuus on avaintekijöitä koko GPS:n tehokkuuden kannalta. Suorituskyvyn parantamisessa keskitytäänki vahvasti XML:n tehokkaampaan käyttöön ja esitetään ehdotuksia sen parantamiseksi.