Identification of active oxalotrophic bacteria by Bromodeoxyuridine DNA labeling in a microcosm soil experiments

The oxalate-carbonate pathway (OCP) leads to a potential carbon sink in terrestrial environments. This process is linked to the activity of oxalotrophic bacteria. Although isolation and molecular characterizations are used to study oxalotrophic bacteria, these approaches do not give information on the active oxalotrophs present in soil undergoing the OCP. The aim of this study was to assess the diversity of active oxalotrophic bacteria in soil microcosms using the Bromodeoxyuridine (BrdU) DNA labeling technique. Soil was collected near an oxalogenic tree (Milicia excelsa). Different concentrations of calcium oxalate (0.5%, 1%, and 4% w/w) were added to the soil microcosms and compared with an untreated control. After 12days of incubation, a maximal pH of 7.7 was measured for microcosms with oxalate (initial pH 6.4). At this time point, a DGGE profile of the frc gene was performed from BrdU-labeled soil DNA and unlabeled soil DNA. Actinobacteria (Streptomyces- and Kribbella-like sequences), Gammaproteobacteria and Betaproteobacteria were found as the main active oxalotrophic bacterial groups. This study highlights the relevance of Actinobacteria as members of the active bacterial community and the identification of novel uncultured oxalotrophic groups (i.e. Kribbella) active in soils.

2008 Iowa Real Property Appraisal Manual, May 2008

********NOTE: There are nine sections to this manual, all in separate files.************* **********NOTE: Large files may take longer to open******** The basis of real property assessment in Iowa is market value as defined in Iowa Code §441.21. Iowa Code §§ 421.17(17) and 441.21(h) provide that assessment jurisdictions follow the guidelines and rules in this manual to help achieve uniformity in assessments. Assessors are encouraged to use the International Association of Assessing Officers’ Standard on Mass Appraisal of Real Property in their mass appraisal practices. Estimating market value in mass appraisal involves accurately listing properties, developing a sales file that includes the primary influences on market value, and developing models for subsets of properties that share common market influences using recognized mass appraisal techniques. The assessment of an individual property should not be based solely on the sale price. The Uniform Standards of Professional Appraisal Practice (USPAP) standard 6 says “In developing a mass appraisal, an appraiser must be aware of, understand, and correctly employ those recognized methods and techniques necessary to produce and communicate credible mass appraisals.” Accurate listing of property is the basis of a good mass appraisal program. On-site inspection and listing of property is essential in developing a good data base for revaluation. A physical review, including an on-site verification of property characteristics, should be conducted at least every four to six years. Land values should be reviewed every two years. Factors influencing the market of each property type should be identified and collected so that these factors can be considered in the mass appraisal model. It is equally important to maintain the data once it is collected. Accessing local government permit systems should be a part of a good data maintenance program along with an inspection program. Current cadastral maps and geographical information systems (GIS) are tools that are integral in checking accuracy of listings and maintaining a comprehensive data base.

Manual de evaluación de peces Nº 2. Análisis de cohortes

Uso de métodos independientes que permitan un acercamiento al tamaño del stock y obtención de valores de mortalidad por pesca que reflejan lo mejor posible la actividad pesquera sobre una población de peces

A Escrita em Língua Francesa no 2º Ciclo do Ensino Secundário em Cabo Verde: Análise do Manual Escolar e de Concepções e Práticas dos Supervisores

A relevância do ensino da escrita na educação em línguas estrangeiras decorre do papel que ela assume no desenvolvimento expressivo e cognitivo do aluno, sendo fundamental para a sua integração em diversos contextos sociais, incluindo o contexto escolar. No entanto, o processo de aprendizagem da escrita não ocorre espontaneamente e requer um ensino explícito e sistematizado, o que nem sempre acontece. O estudo efectuado centra-se em concepções e práticas de escrita em língua estrangeira – Francês – no contexto do ensino secundário em Cabo Verde. O programa de Língua Francesa para este nível de ensino reconhece a importância da escrita, mas não a perspectiva como processo nas propostas de actividades de produção textual que apresenta. O estudo incide na análise do manual adoptado e nas concepções de supervisores de estágio, no sentido de compreender em que medida num e noutro caso se atende a uma concepção actualizada da escrita. Teve como objectivos: 1. Caracterizar as propostas de aprendizagem da escrita num manual escolar de Francês do 2º ciclo do ensino secundário; 2. Caracterizar as concepções de escrita de um grupo de supervisores de estágio de Francês, da universidade e da escola; 3. Comparar as concepções de escrita patentes no manual analisado com as concepções de escrita dos supervisores; 4. Caracterizar práticas supervisivas de promoção do ensino da escrita. Os resultados obtidos na análise do manual evidenciam o predomínio de uma concepção redutora das práticas de escrita, essencialmente concebida como produto, em detrimento da escrita como processo, com provável reflexo nas práticas pedagógicas dos professores. As concepções dos supervisores aproximam-se de uma visão mais actual da escrita, mas verifica-se algum desfasamento entre essas concepções e as suas percepções das práticas supervisivas, nomeadamente no que diz respeito a alguma falta de apoio aos estagiários em termos de informação sobre a escrita e análise de práticas à luz de referenciais teóricos. Concluindo, verifica-se a necessidade de maior formação neste domínio, que possibilite um olhar crítico sobre os manuais e as práticas escolares, por referência a uma concepção actualizada do que significa ensinar e aprender a escrever.

Genetic Variations and Diseases in UniProtKB/Swiss-Prot: The Ins and Outs of Expert Manual Curation.

During the last few years, next-generation sequencing (NGS) technologies have accelerated the detection of genetic variants resulting in the rapid discovery of new disease-associated genes. However, the wealth of variation data made available by NGS alone is not sufficient to understand the mechanisms underlying disease pathogenesis and manifestation. Multidisciplinary approaches combining sequence and clinical data with prior biological knowledge are needed to unravel the role of genetic variants in human health and disease. In this context, it is crucial that these data are linked, organized, and made readily available through reliable online resources. The Swiss-Prot section of the Universal Protein Knowledgebase (UniProtKB/Swiss-Prot) provides the scientific community with a collection of information on protein functions, interactions, biological pathways, as well as human genetic diseases and variants, all manually reviewed by experts. In this article, we present an overview of the information content of UniProtKB/Swiss-Prot to show how this knowledgebase can support researchers in the elucidation of the mechanisms leading from a molecular defect to a disease phenotype.

Manual de muestreo de la pesquería pelágica

Describe la técnicas que se necesitan para realizar un muestreo cuantitativo de peces y así obtener información básica que represente los principales aspectos biológicos de los recursos pelágicos a estudiar.

Comissão Nacional do Codex Alimentarius - Manual de Procedimentos

Em 1963, num programa conjunto entre a FAO e a OMS, foi criada a Comissão do Codex Alimentarius, cuja designação foi herdada do latim, que significa “Código Alimentar”. Esta Comissão tem como principais objetivos a proteção da saúde dos consumidores, a garantia da existência de práticas leais no comércio dos produtos alimentares e a coordenação dos trabalhos de normalização na área alimentar, empreendidos tanto pelas estruturas governamentais como não-governamentais, nos diferentes países membros. O Codex Alimentarius é um Órgão intergovernamental que integra 186 Estados Membros, abrangendo também a União Europeia – organização de integração económica regional – e também os seus órgãos subsidiários. As normas produzidas pelo Codex Alimentarius, os códigos, as diretivas e outras recomendações são de referência mundial para os consumidores, fabricantes, comerciantes e Autoridades Competentes que fazem o controlo dos géneros alimentícios. Deste modo, a participação de um país nos trabalhos da Comissão do Codex Alimentarius e a utilização dos documentos aprovados por essa instância, trazem benefícios em diversas vertentes. Todos os paises membros da Organização Mundial do Comércio (OMC) devem respeitar o estabelecido nos acordos de OTC - Obstáculos Técnicos ao Comércio e de SPS - Medidas Sanitárias e Fitossanitárias, acordos estes que fazem referência às normas do Codex. Estas normas são utilizadas para avaliar as medidas e regulamentos nacionais, no sentido de assegurar que não constituem barreiras ao comércio. Outro benefício é que permitem a publicação de legislações atualizadas e de acordo com exigências internacionais, que visam a melhoria da segurança dos alimentos consumidos pela população. Cabo Verde é membro da Comissão do Codex Alimentarius desde Abril de 1981, sendo que o Ponto de Contato do Codex (PCC) foi suportado até o ano de 2007, pelo antigo Ministério do Ambiente e Agricultura (MAA), atual Ministério de Desenvolvimento Rural (MDR). Atualmente, a Agência de Regulação e Supervisão de Produtos Farmacêuticos e Alimentares (ARFA) assegura esta função. Em Julho de 2012 foi criada, através do Decreto-Lei nº19/2012, a Comissão Nacional do Codex Alimentarius (CNCA). A CNCA é o Órgão Consultivo do Governo sobre as questões ligadas ao Codex Alimentarius e Fórum de debate e de formulação das posições e respostas nacionais às propostas e/ou à política do Codex Alimentarius. Este órgão é dotado de autonomia técnica e cientifica. No âmbito da implementação da CNCA, foi desenvolvido o presente Manual, que contém instrumentos de apoio à gestão da CNCA. Este é composto pelo Regimento interno desta Comissão, assim como um conjunto de procedimentos, que têm por objetivo auxiliar a sua organização e funcionamento. O Procedimento de “Designação de delegados nacionais para representarem o País nas reuniões da Comissão do Codex Alimentarius e seus órgãos subsidiários” visa orientar os membros da CNCA sobre o processo de constituição das Delegações Nacionais que irão participar nas reuniões da Comissão do Codex Alimentarius, delineando as suas responsabilidades antes, durante e depois de cada reunião. O Procedimento para a “Preparação e aprovação da posição nacional” pretender ajudar na formulação de uma posição nacional para um determinado tema a ser discutido numa reunião da Comissão do Codex Alimentarius, de modo que Cabo Verde tenha uma posição definida em relação ao tema em questão. O Procedimento de “Organização e circulação de informação processual no seio da CNCA” tem como objetivo apresentar um conjunto de orientações relativas à organização da documentação referente ao Codex e à circulação de informação e/ou documentação no seio das estruturas do Codex em Cabo Verde (CNCA, PCC).

Manual de Operaciones del Proyecto Bitácoras de Pesca

Examina detalladamente las actividades de las embarcaciones de la flota industrial en cada viaje de pesca, con la finalidad de determinar adecuados índices de captura y esfuerzo en pesquería pelágica, especialmente del recurso anchoveta. Adicionalmente, se brinda información sobre la interacción de la pesquería pelágica con los cetáceos, a fin de estimar la mortalidad de mamíferos marinos en la pesca industrial.

Synthesis of a radioiodinated photoreactive MAGE-1 peptide derivative and photoaffinity labeling of cell-associated human leukocyte antigen-A1 molecules.

The synthesis of a photoreactive derivative of the human leukocyte antigen-A1 (HLA-A1)-restricted MAGE-1 peptide 161-169 (EADPTGHSY) is described. Using conventional automated solid-phase peptide synthesis, a photoreactive derivative of this peptide was synthesized by replacing histidine-167 with photo-reactive N-beta-4-azidosalicyloyl-L-2,3-diaminopropionic acid. The C-terminal tyrosine was incorporated as phosphotyrosine. This peptide derivative was radioiodinated in the presence of chloramine T. This iodination took place selectively at the photoreactive group, because the phosphate ester prevented tyrosine iodination. Following dephosphorylation with alkaline phosphatase and chromatographic purification, the radiolabeled peptide derivative was incubated with cells expressing HLA-A1 or other HLA molecules. Photoactivation resulted in efficient photoaffinity labeling of HLA-A1. Other HLA molecules or other cellular components were not detectably labeled. This labeling was inhibited by HLA-A1 but not by HLA-A2-binding peptides. This synthesis is generally applicable and can also be adapted to the synthesis of well-defined radiolabeled nonphotoreactive peptide derivatives.

Metabolic labeling and protein linearization technology allow the study of proteins secreted by cultured cells in serum-containing media.

Supernatants from cell cultures (also called conditioned media, CMs) are commonly analyzed to study the pool of secreted proteins (secretome). To reduce the exogenous protein background, serum-free media are often used to obtain CMs. Serum deprivation, however, can severely affect cell viability and phenotype, including protein secretion. We present a strategy to analyze the proteins secreted by cells in fetal bovine serum-containing CMs, which combines the advantage of metabolic labeling and protein concentration linearization techniques. Incubation of CMs with a hexapeptide ligand library was used to reduce the dynamic range of the samples and led to the identification of 3 times more proteins than in untreated CM samples. Labeling with a deuterated amino acid was used to distinguish between cellular proteins and homologous bovine proteins contained in the medium. Application of the strategy to two breast cancer cell lines led to the identification of proteins secreted in different amounts and which could correlate with their varying degree of aggressiveness. Selected reaction monitoring (SRM)-based quantitation of three proteins of interest in the crude samples yielded data in good agreement with the results from concentration-equalized samples.

Manual de quenya: llengua i història dels Èldar fins a la primera edat

Treball de recerca realitzat per alumnes d’ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l’any 2010. L’objectiu general del treball ha estat conèixer en profunditat el món creat per JRR Tolkien, especialment la llengua quenya, i transmetre de forma entenedora els coneixements obtinguts. Altres objectius més específics han estat estudiar les llengües inventades per Tolkien; establir els criteris lingüístics necessaris per construir una gramàtica i un manual de quenya que reculli llengua i cultura, així com exercicis i activitats diversos. Els resultats han quedat reflectits en l'autoedició d'un llibre de text.

Continuous arterial spin labeling of mouse cerebral blood flow using an actively-detuned two-coil system at 9.4T.

Among numerous magnetic resonance imaging (MRI) techniques, perfusion MRI provides insight into the passage of blood through the brain's vascular network non-invasively. Studying disease models and transgenic mice would intrinsically help understanding the underlying brain functions, cerebrovascular disease and brain disorders. This study evaluates the feasibility of performing continuous arterial spin labeling (CASL) on all cranial arteries for mapping murine cerebral blood flow at 9.4 T. We showed that with an active-detuned two-coil system, a labeling efficiency of 0.82 ± 0.03 was achieved with minimal magnetization transfer residuals in brain. The resulting cerebral blood flow of healthy mouse was 99 ± 26 mL/100g/min, in excellent agreement with other techniques. In conclusion, high magnetic fields deliver high sensitivity and allowing not only CASL but also other MR techniques, i.e. (1)H MRS and diffusion MRI etc, in studying murine brains.

Manual introductorio de ecotoxicología acuática

El presente Manual muestra los métodos revisados de pruebas de toxicidad por agencias ambientales extranjeras, los cuales han sido adaptados empleando organismos que habitan el mar peruano. Se presenta la recopilación de las experiencias propias realizadas mediante la estandarización de protocolos que se han desarrollado desde 1988 en el Instituto del Mar del Perú.