Composition analysis of high-Tc superconducting thin films by quantitative x-ray fluorescence

A method is presented for determining the composition of thin films containing the elements Bi, Sr, Br, Cu, and Ca. Quantitative x-ray fluorescence (XRF) consisting of radioactive sources (secondary foil excitor 241Am-Mo source and 55Pe source), a Si(Li) detector, and a multichannel analyzer were employed. The XRF system was calibrated by using sol gel thin films of known element composition and also by sputtered thin films analyzed by the conventional Rutherford Back Scattering (RBS). The XRF system has been used to assist and optimize the sputter target composition required to produce high-Tc BiSrCaCuO films with the desired metal composition.

The effect of feeding regime on larval black fly (Diptera: simuliidae) primary head fan ray number

Identification of larval simuliids has always been difficult due to the morphological similarity many species bear to one another. For this reason all characters available have been drawn upon to aid in species identification, including head fan ray number. Even in light of an increasing body of anecdotal reports that head fan ray number is not fixed, it has continued to be used to aid species identification. In the current experiment simuliid larvae were reared under controlled laboratory conditions to last instar in one of three feeding regimes. Out of nine trials, the results of six showed a significant inverse relationship between feeding regime and head fan ray number. In addition to the laboratory experiments, larvae were also collected from the field over the course of the spring and summer, 1994. From these samples significant interspecific and intraspecific variations in head fan ray number were found both spatially and temporally within Algonquin Park. From these data it is concluded that head fan ray number for the species analysed is a developmentally plastic character, which varies in response to food availability. Furthermore, given the extreme variations in head fan ray number found in some species, I recommend that head fan ray number not be used as an aid to identification unless it can be shown to be a fixed character for the species in question.

The measured variation of the Debye-Waller factor of aluminum from 295K to 815K by using the energy dispersive x-ray diffraction technique

The Energy Dispersive X-ray Diffraction System at Brock University has been used to measure the intensities of the diffraction lines of aluminum powder sample as a function of temperature. At first, intensity measurements at high temperature were not reproducible. After some modifications have been made, we were able to measure the intensities of the diffraction lines to 815K, with good accuracy and reproducibility. Therefore the changes of the Debye-Waller factor from room temperature up to 815K for aluminum were determined with precision. Our results are in good agreement with those previously published.

X-ray diffraction studies of muscle : observations on the anterior byssus retractor muscle of Mytilus edulis and the insect flight muscle from Sarcophaga bullata

The interfilament spacing of the anterior byssus retractor muscle from Mytilus edulis was studied as the muscle was extended. It was found that variations in this spacing were very small and consistent with the hypothesis that the interfilament spacing was independent of the extension of the muscle. It was observed that the interfilament spacing was dependent on the osmolarity of the bathing medium. In concentrated solutions of the artificial seawater, the interfilament spacing decreased; while in dilute solutions of artificial seawater, it was observed that the interfilament spacing was increasing. X-ray diffraction patterns were obtained from fresh, and glutaraldehyde fixed, specimens of insect flight muscle from Sarcophaga bullata. There patterns were in general agreement with previous X-ray diffraction studies of insect flight muscle. A reflexion G at 93A was observed and interpreted as arising from diffraction in the mitochondria. Specimens of dried insect flight muscle produced a diffraction pattern consisting of arc and ring reflexions. This was interpreted as suggesting an ordered arrangement of cristae, in the mitochondria from these muscles.

X-ray diffraction from Al powder using energy dispersive technique

Using the energy dispersive x ...ray diffraction (EDXD) technique, the room temperature diffraction pattern of Al powder was obtained at diffraction angles ~ 30° and 50°. From the small angle diffraction pattern the average relative intensities (IR) of the (111), (200), and (220) lines were measured to be equal to 100, 62, and 32 respectively. From the large diffraction angle IR for the (220), (311+222), (400), (331+420), and (422) lines were measured to be 100,201,17,90, and 19.5 respectively. The diffraction pattern at those two angles were obtained at several higher temperatures to measure the change in the intensities of the Al lines. From the intensity changes the increase of the Debye- Waller temperature factor, i.e ~B(T), with respect to the value at room temperature was determined to be 0.6+0.1 at 250°C, 1.10+0.15 at 350°C, 1.45+0.20 at 450°C, and 2.20±0.35 at 550°C.

X-ray diffraction of a gram-negative bacterial membrane mimetic

This thesis applies x-ray diffraction to measure he membrane structure of lipopolysaccharides and to develop a better model of a LPS bacterial melilbrane that can be used for biophysical research on antibiotics that attack cell membranes. \iVe ha'e Inodified the Physics department x-ray machine for use 3.'3 a thin film diffractometer, and have lesigned a new temperature and relative humidity controlled sample cell.\Ve tested the sample eel: by measuring the one-dimensional electron density profiles of bilayers of pope with 0%, 1%, 1G :VcJ, and 100% by weight lipo-polysaccharide from Pse'udo'lTwna aeTuginosa. Background VVe now know that traditional p,ntibiotics ,I,re losing their effectiveness against ever-evolving bacteria. This is because traditional antibiotic: work against specific targets within the bacterial cell, and with genetic mutations over time, themtibiotic no longer works. One possible solution are antimicrobial peptides. These are short proteins that are part of the immune systems of many animals, and some of them attack bacteria directly at the membrane of the cell, causing the bacterium to rupture and die. Since the membranes of most bacteria share common structural features, and these featuret, are unlikely to evolve very much, these peptides should effectively kill many types of bacteria wi Lhout much evolved resistance. But why do these peptides kill bacterial cel: '3 , but not the cells of the host animal? For gramnegative bacteria, the most likely reason is that t Ileir outer membrane is made of lipopolysaccharides (LPS), which is very different from an animal :;ell membrane. Up to now, what we knovv about how these peptides work was likely done with r !10spholipid models of animal cell membranes, and not with the more complex lipopolysa,echaricies, If we want to make better pepticies, ones that we can use to fight all types of infection, we need a more accurate molecular picture of how they \vork. This will hopefully be one step forward to the ( esign of better treatments for bacterial infections.

Modeling Metal Protein Complexes from Experimental Extended X-ray Absorption Fine Structure using Computational Intelligence

Experimental Extended X-ray Absorption Fine Structure (EXAFS) spectra carry information about the chemical structure of metal protein complexes. However, pre- dicting the structure of such complexes from EXAFS spectra is not a simple task. Currently methods such as Monte Carlo optimization or simulated annealing are used in structure refinement of EXAFS. These methods have proven somewhat successful in structure refinement but have not been successful in finding the global minima. Multiple population based algorithms, including a genetic algorithm, a restarting ge- netic algorithm, differential evolution, and particle swarm optimization, are studied for their effectiveness in structure refinement of EXAFS. The oxygen-evolving com- plex in S1 is used as a benchmark for comparing the algorithms. These algorithms were successful in finding new atomic structures that produced improved calculated EXAFS spectra over atomic structures previously found.

Rôle de la protéine ScFRK1 dans le développement du sac embryonnaire et son impact sur le guidage des tubes polliniques

Le gène Solanum chacoense Fertilization-Related Kinase 1 (ScFRK1) code pour une protéine de la famille des MAPKK kinases exprimée spécifiquement dans les ovules. Son transcrit s’accumule principalement dans la zone micropylaire du sac embryonnaire à l’anthèse et diminue rapidement après pollinisation. Ces résultats suggèrent un rôle possible avant ou pendant la fécondation. Bien qu'aucune expression ne soit détectée dans le pollen à maturité, la protéine est cependant présente dans les cellules mères de microspores. Des plantes transgéniques sous-exprimant ScFRK1 ne montrent aucun phénotype au niveau des tissus végétatifs, mais présentent de petits fruits dépourvus de graines. L’étude microscopique du gamétophyte femelle révèle que son développement ne progresse pas au-delà du stade de la mégaspore fonctionnelle et une grande proportion de sacs embryonnaires anormaux est corrélée avec une faible expression de ScFRK1. De plus, la production de pollen viable diminue en fonction de la baisse des niveaux d’expression du gène, ce qui pourrait s’expliquer par un problème au cours de la mitose I. Puisque l’intégrité du sac embryonnaire est essentielle au guidage des tubes polliniques, nous avons conçu un système de guidage semi-in vivo permettant d’évaluer la capacité des ovules du mutant ScFRK1 à les attirer. L’attraction est sévèrement affectée dans de telles conditions, ce qui confirme l'implication des cellules de la zone micropylaire comme source attractive. Notre système nous a également permis de démontrer que le guidage est très spécifique à l’espèce et que cette attraction constitue un mécanisme important favorisant la spéciation et la maintenance des barrières interspécifiques dans la reproduction sexuée des végétaux.

Synthèse du LiXFePO4 par voie fondue et l’étude de la couche de carbone sur LiFePO4

Le LiFePO4 est un matériau prometteur pour les cathodes des batteries au lithium. Il possède une bonne stabilité à haute température et les précurseurs utilisés pour la synthèse sont peu couteux. Malheureusement, sa faible conductivité nuit aux performances électrochimiques. Le fait de diminuer la taille des particules ou d’enrober les particules d’une couche de carbone permet d’augmenter la conductivité. Nous avons utilisé une nouvelle méthode appelée « synthèse par voie fondue » pour synthétiser le LiFePO4. Cette synthèse donne des gros cristaux et aucune impureté n’est détectée par analyse Rayon-X. En revanche, la synthèse de LiXFePO4 donne un mélange de LiFePO4 pur et d’impureté à base de lithium ou de fer selon l’excès de fer ou de lithium utilisé. La taille des particules de LiFePO4 est réduite à l’aide d’un broyeur planétaire et plusieurs paramètres de broyage sont étudiés. Une couche de carbone est ensuite déposée sur la surface des particules broyées par un traitement thermique sur le LiFePO4 avec du -lactose. L’influence de plusieurs paramètres comme la température du traitement thermique ou la durée du chauffage sont étudiés. Ces expériences sont réalisées avec un appareil d’analyse thermogravimétrique (ATG) qui donne la quantité de chaleur ainsi que la variation de masse durant le chauffage de l’échantillon. Ce nouveau chauffage pour la couche de carbone donne des échantillons dont les performances électrochimiques sont similaires à celles obtenues précédemment avec la méthode de chauffage pour la couche de carbone utilisant le four tubulaire.

Modélisation MHD tridimensionnelle de tubes de flux coronaux utilisant l'assimilation des donnés 4D-VAR

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Cell wall composition regulates cell shape and growth behaviour in pollen tubes

L’une des particularités fondamentales caractérisant les cellules végétales des cellules animales est la présence de la paroi cellulaire entourant le protoplaste. La paroi cellulaire joue un rôle primordial dans (1) la protection du protoplaste, (2) est impliquée dans les mécanismes de filtration et (3) est le lieu de maintes réactions biochimiques nécessaires à la régulation du métabolisme et des propriétés mécaniques de la cellule. Les propriétés locales d’élasticité, d’extensibilité, de plasticité et de dureté des composants pariétaux déterminent la géométrie et la forme des cellules lors des processus de différentiation et de morphogenèse. Le but de ma thèse est de comprendre les rôles que jouent les différents composants pariétaux dans le modelage de la géométrie et le contrôle de la croissance des cellules végétales. Pour atteindre cet objectif, le modèle cellulaire sur lequel je me suis basé est le tube pollinique ou gamétophyte mâle. Le tube pollinique est une protubérance cellulaire qui se forme à partir du grain de pollen à la suite de son contact avec le stigmate. Sa fonction est la livraison des cellules spermatiques à l’ovaire pour effectuer la double fécondation. Le tube pollinique est une cellule à croissance apicale, caractérisée par la simple composition de sa paroi et par sa vitesse de croissance qui est la plus rapide du règne végétal. Ces propriétés uniques font du tube pollinique le modèle idéal pour l’étude des effets à courts termes du stress sur la croissance et le métabolisme cellulaire ainsi que sur les propriétés mécaniques de la paroi. La paroi du tube pollinique est composée de trois composantes polysaccharidiques : pectines, cellulose et callose et d’une multitude de protéines. Pour comprendre les effets que jouent ces différents composants dans la régulation de la croissance du tube pollinique, j’ai étudié les effets de mutations, de traitements enzymatiques, de l’hyper-gravité et de la gravité omni-directionnelle sur la paroi du tube pollinique. En utilisant des méthodes de modélisation mathématiques combinées à de la biologie moléculaire et de la microscopie à fluorescence et électronique à haute résolution, j’ai montré que (1) la régulation de la chimie des pectines est primordiale pour le contrôle du taux de croissance et de la forme du tube et que (2) la cellulose détermine le diamètre du tube pollinique en partie sub-apicale. De plus, j’ai examiné le rôle d’un groupe d’enzymes digestives de pectines exprimées durant le développement du tube pollinique : les pectate lyases. J’ai montré que ces enzymes sont requises lors de l’initiation de la germination du pollen. J’ai notamment directement prouvé que les pectate lyases sont sécrétées par le tube pollinique dans le but de faciliter sa pénétration au travers du style.