MB-MDR: Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction for detecting interactions in high-dimensional genomic data

L’anàlisi de l’efecte dels gens i els factors ambientals en el desenvolupament de malalties complexes és un gran repte estadístic i computacional. Entre les diverses metodologies de mineria de dades que s’han proposat per a l’anàlisi d’interaccions una de les més populars és el mètode Multifactor Dimensionality Reduction, MDR, (Ritchie i al. 2001). L’estratègia d’aquest mètode és reduir la dimensió multifactorial a u mitjançant l’agrupació dels diferents genotips en dos grups de risc: alt i baix. Tot i la seva utilitat demostrada, el mètode MDR té alguns inconvenients entre els quals l’agrupació excessiva de genotips pot fer que algunes interaccions importants no siguin detectades i que no permet ajustar per efectes principals ni per variables confusores. En aquest article il•lustrem les limitacions de l’estratègia MDR i d’altres aproximacions no paramètriques i demostrem la conveniència d’utilitzar metodologies parametriques per analitzar interaccions en estudis cas-control on es requereix l’ajust per variables confusores i per efectes principals. Proposem una nova metodologia, una versió paramètrica del mètode MDR, que anomenem Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction (MB-MDR). La metodologia proposada té com a objectiu la identificació de genotips específics que estiguin associats a la malaltia i permet ajustar per efectes marginals i variables confusores. La nova metodologia s’il•lustra amb dades de l’Estudi Espanyol de Cancer de Bufeta.

Disseny d'itineraris d'educació ambiental en ambients de fons de vall

L’anàlisi de l’estat actual dels equipaments i activitats d’educació ambiental (EA) en l’àmbit del Parc Natural de l’Alt Pirineu (PNAP) ha detectat un grau de desenvolupament molt baix d’aquesta disciplina. Per aquest motiu, s’elabora una nova eina, amb l’objectiu d’establir unes pautes per a l’elaboració d’una activitat d’EA concreta: els itineraris d’EA; i així ampliar l’escassa oferta actual. El protocol per al disseny d’itineraris d’EA, dóna unes directrius per a estandarditzar la descripció i l’anàlisi de la zona proposada. La finalitat del qual és facilitar i agilitar la implantació d’itineraris que presentin unes condicions mínimes establertes. La eficiència d’aquesta eina, queda verificada amb els resultats obtinguts en la realització de dues proves pilot en dues zones amb possibilitats de desenvolupar-hi itineraris d’EA. Una de les zones ha quedat descartada, per l’incompliment d’un dels criteris que s’ha definit en el protocol com a imprescindibles pel bon desenvolupament de l’activitat que es planteja. Mentre que en l’altre zona, el compliment de totes aquestes condicions o criteris, fan viable la implantació de l’itinerari d’EA, duent a terme així el seu posterior disseny. Malgrat l’estudi es centri en un espai natural protegit concret, és una eina que pretén ser extrapolable en d’altres espais d’aquesta categoria.

Ullals de Baltasar -Delta de l'Ebre: proposta de pla de gestió i ús social

Les zones humides han sofert durant anys les velles concepcions de gestió de l'aigua, promovent la seva dessecació fins els anys 60. Com a resposta han sorgit un seguit de directives europees i lleis estatals i autonòmiques per intentar recuperar i restaurar aquests hàbitats amenaçats.

Estudio de las diferentes alternativas para mejorar la respuesta de los filtros BAW (Bulk Acoustic Wave) con topología en escalera

Los requisitos de los dispositivos empleados en los nuevos sistemas de telecomunicaciones son: unas avanzadas prestaciones, reducido tamaño y bajo coste. Actualmente, se utilizan filtros basados en la tecnología SAW para trabajar a frecuencias de microondas. Dado los inconvenientes que presentan dicho tipo de filtros, se pretende substituirlos por filtros basados en tecnología BAW. La topología en escalera es hasta el momento la más extendida para diseñar estos filtros.

Sistema telemètric per el sensat de temperatura

El protocol de transplants, especifica que l'òrgan a ser transplantat es conserva a una temperatura de 4ºC en el seu nucli, just després de ser extret del donant. Aquesta temperatura es manté durant el seu transport fins el destinatari. L'extracció es realitza mitjançant la isquèmia, en la qual es suspèn la circulació arterial. Un cop l'òrgan ha arribat a la destinació final i el pacient està a punt, es retira l'òrgan de la banyera de gel i es coseix en el lloc pertinent del receptor. En aquest estat, previ a la reperfusió (reactivació del rec sanguini) l'òrgan va guanyant temperatura a poc a poc per l'exposició a la temperatura ambient o del propi cos del receptor. En tot aquest procés, cal tenir controlada la temperatura de l'òrgan, ja que la isquèmia calenta el podria malmetre irreversiblement. Aquest projecte proporciona un producte per al mesurament remot de la temperatura. Està destinat a la monitorització de l'estat tèrmic dels òrgans dins el protocol de transplants explicat. El producte està format per un dispositiu transmissor, en contacte directe amb l'òrgan i un receptor connectat a un ordinador així com el seu software. La comunicació entre els aparells transmissor i receptor es realitza mitjançant radiofreqüència. L’aparell transmissor té característiques de baix cost, baix consum i petites dimensions. En el desenvolupament del projecte s'intenta en tot moment donar-hi dimensió de producte. Per això juntament amb la informació referent al producte en si, amb més caire tècnic, es mostra un breu estudi legislatiu en el capítol introductori i es realitza una valoració dels costs reals que comporta la seva fabricació.

Análisis y diseño de un procesador RISC simple para adquisición y proceso de datos

Aquest projecte té com a objectiu l'anàlisi de prestacions de processadors RISC de baix cost i el disseny d'un processador RISC simple per a aplicacions de propòsit general relacionades amb l'adquisició i el procés simple de dades. Com a resultat es presenta el processador SR3C de 32 bits i arquitectura RISC. Aquest processador s'ha descrit i simulat mitjançant el llenguatge de descripció de hardware VHDL i s'ha sintetitzat en una FPGA. El processador està preparat per poder utilitzar-se en SoCs reals gràcies al compliment de l'estàndard de busos Wishbone. A més també es pot utilitzar com plataforma educativa gràcies a l'essamblador i simulador desenvolupats.

Estudis funcionals i de plegament dels dominis d'activació de les procarboxipeptidases

Els dominis d’activació (ADs) de les procarboxipeptidases de la subfamília A/B sempre han sorprès ja que representen una quarta part del proenzim. S’han realitzat alguns estudis per intentar descobrir-ne alguna possible funció alternativa, però no han estat fructífers. El descobriment de l’elevada velocitat de plegament del domini d’activació de la procarboxipeptidasa A2 humana, (ADA2h), emperò, va portar a proposar la possibilitat de que realitzessin una funció d’assistència al plegament del domini enzimàtic. Posteriorment, l’anàlisi del plegament d’ADA2h a pH baix va revelar la capacitat d’aquest domini per formar fibres amiloides, a més de demostrar que un increment de l’estabilitat proteica podia prevenir la formació d’aquests agregats. La profunda caracterització del plegament d’ADA2h va fer que aquesta proteïna fos un bon model amiloidogènic, de manera que es van proposar un seguit d’experiments que s’han desenvolupat en el present treball per tal de conèixer millor aquest procés. S’han dut a terme estudis cinètics d’agregació per tal de valorar la contribució dels diferents aminoàcids de la seqüència polipeptídica, utilitzant 29 variants puntuals d’ADA2h. Es va eliminar la contribució de l’estabilitat mitjançant la utilització d’urea, i per dicroïsme circular conjuntament amb un aparell de flux detingut, es van obtenir dues velocitats diferents, v1 i v2, que corresponen a la formació d’un intermediari i a la seva reorganització, respectivament. Experiments complementaris utilitzant espectroscòpia d’infraroig (IR) revelaren la reorganització de l’estat natiu (en aquest cas) per a donar la forma agregada. Les cinètiques d’IR van mostrar que ADA2h forma l’estructura _ típica de les fibres amiloides, previ desplegament les seves hèlixs-_. Finalment, s’han realitzat estudis de biocomputació per tal d’esbrinar possibles funcions alternatives dels ADs. Les superposicions estructurals semblen mostrar similaritat dels ADs amb dominis de reconeixement d’RNA (RRM). Aquesta hipòtesi s’ha comprovat experimentalment amb ADA4h, mostrant una dèbil, però existent, unió a RNA.

Scenario-based assessment of future land use change on butterfly species distributions

Species distribution models (SDMs) are increasingly used to predict environmentally induced range shifts of habitats of plant and animal species. Consequently SDMs are valuable tools for scientifically based conservation decisions. The aims of this paper are (1) to identify important drivers of butterfly species persistence or extinction, and (2) to analyse the responses of endangered butterfly species of dry grasslands and wetlands to likely future landscape changes in Switzerland. Future land use was represented by four scenarios describing: (1) ongoing land use changes as observed at the end of the last century; (2) a liberalisation of the agricultural markets; (3) a slightly lowered agricultural production; and (4) a strongly lowered agricultural production. Two model approaches have been applied. The first (logistic regression with principal components) explains what environmental variables have significant impact on species presence (and absence). The second (predictive SDM) is used to project species distribution under current and likely future land uses. The results of the explanatory analyses reveal that four principal components related to urbanisation, abandonment of open land and intensive agricultural practices as well as two climate parameters are primary drivers of species occurrence (decline). The scenario analyses show that lowered agricultural production is likely to favour dry grassland species due to an increase of non-intensively used land, open canopy forests, and overgrown areas. In the liberalisation scenario dry grassland species show a decrease in abundance due to a strong increase of forested patches. Wetland butterfly species would decrease under all four scenarios as their habitats become overgrown

Programación de un robot autónomo: diseño, construcción, programación e integración de un robot autónomo en el entorno Pyro

En aquest projecte, s'ha dissenyat, construït i programat un robot autònom, dotat de sistema de locomoció i sensors que li permeten navegar sense impactar en un entorn controlat. Per assolir aquests objectius s'ha dissenyat i programat una unitat de control que gestiona el hardware de baix volum de dades amb diferents modes d'operació, abstraient-lo en una única interfície. Posteriorment s'ha integrat aquest sistema en l'entorn de robòtica Pyro. Aquest entorn permet usar i adaptar, segons es necessiti, eines d'intel·ligència artificial ja desenvolupades.

Enabling dCache to use preexistent mass storage systems

A mesura que la investigació depèn cada vegada més dels computadors, l'emmagatzematge de dades comença a convertir-se en un recurs escàs per als projectes, i suposa una gran part del cost total. Alguns projectes intenten resoldre aquest problema emprant emmagatzament distribuït. És doncs necessari que alguns centres proveeixin de grans quantitats d'emmagatzematge massiu de baix cost basat en cintes magnètiques. L'inconvenient d'aquesta solució és que el rendiment disminueix, particularment a l'hora de tractar-se de grans quantitats d'arxius petits. El nostre objectiu és crear un híbrid entre un sistema d'alt cost i rendiment basat en discs, i un de baix cost i rendiment basat en cintes. Per això, unirem dCache, un sistema d'emmagatzematge distribuït, amb Castor, un sistema d'emmagatzematge jeràrquic, creant sistemes de fitxers virtuals que contindran grans quantitats d'arxius petits per millorar el rendiment global del sistema.

Valoració dels mètodes d'estimació de l'abundància de la Cotorreta de pit gris (Myiopsitta monachus) en medis urbans

En el present estudi s’han comparat diferents mètodes d’estimació de mida poblacional, per tal de valorar la seva efectivitat en la determinació de la població de la Cotorreta de pit gris, Myiopsitta monachus, a la ciutat de Barcelona. Concretament, es pretén determinar quin dels mètodes de baix cost, el de recompte per mitjà de transsectes o el de recompte de nius, és el que estima la població d’una manera més fiable. Per poder assolir aquest objectiu, s’han analitzat i valorat els dos mètodes en termes d’exactitud i precisió, comparant-los amb el mètode de captura-recaptura, el qual s’ha considerat prèviament com el mètode més fiable. Els resultats obtinguts constaten que el recompte de nius, a més de ser el mètode amb el cost més baix, és més fiable que el recompte per mitjà de transsectes. Així doncs, dit mètode és el més recomanable per aplicar en els futurs estudis d’estimació de mides poblacionals de la Cotorra de pit gris.

Escenaris possibles del canvi climàtic, simulació de la línia costera catalana

S’ha realitzat una simulació de la futura línia de costa catalana per tal d’avaluar els impactes del possible augment del nivell del mar, estudiant dels usos del sòl afectats a partir d’un programa de tractament d’imatge de satèl•lit. Es parla sobre el sistema climàtic com a un sistema obert i tancat alhora, internament inestable i en equilibri amb l’exterior, amb una dinàmica temporal i espacial interconnectada. L’impacte més important es dóna a les àrees de costa baixa, pràcticament tot el litoral en seria afectat. La superfície total ocupada per la mar seria de més de 20.000 ha. Les regions més afectades serien l’Alt Empordà i el Baix Empordà i els deltes del Llobregat i de l’Ebre. Així doncs, es conclou, cal canviar la forma de vida, abans que sigui el canvi climàtic qui ens hi obligui, i això ho ha de fer cadascú.

Estudi de tecnologies a través de ressonadors acoblats per a la síntesi de filtres

Aquest treball és un estudi de viabilitat sobre una tecnologia, actualment molt desenvolupada i de baix cost, per a la implementació de circuits de microones anomenada LTCC (Low Temperature Cofired Ceramic), i que permet, entre altres coses, la implementació i miniaturització dels dissenys de circuits de RF i microones gràcies als processos de fabricació i als materials que empra. S’ha comparat aquesta tecnologia, que està a l’abast de la UAB ja que s’utilitza en el departament de química, amb la tecnologia utilitzada en el departament d’electrònica de la UAB, i que es basa en un substrat anomenat Rogers3010. Les característiques electromagnètiques d’uns i altres materials, i les limitacions tecnològiques i de fabricació d’ambdues tecnologies han sigut la base d’aquest estudi.

El temps de fa temps: anàlisi de fenòmens meteorològics del segle XIX a Reus

Treball de recerca realitzat per una alumna d’ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l’any 2008. Aquest treball recopila i interpreta tota la informació meteorològica del segle XIX trobada sobre la ciutat de Reus i caracteritza, quan és possible fer-ho, alguns paràmetres meteorològics tant del període sencer com d’alguns anys en concret.

Extracció minera a la Selva del Camp

Treball de recerca realitzat per un alumne d’ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l’any 2008. L’objectiu d’aquest treball és localitzar i descriure algunes de les mines que s’havien explotat al municipi de la Selva del Camp -comarca del Baix Camp, Tarragona - durant el segle XIX i inici del XX. També es pretén estudiar els minerals extrets en aquestes mines i recollir-ne mostres. Finalment, s’investiga la situació de les mines en el context geològic general i quin és l’origen dels filons explotats. La metodologia seguida ha tingut diverses fases. Primerament, s’ha obtingut informació bibliogràfica i cartogràfica sobre la geologia de la Selva del Camp. En segon lloc, s’ha obtingut informació sobre les mines que s’explotaven al terme a l’Arxiu Municipal i s’han localitzat les mines en un mapa. En tercer lloc, s’ha recollit informació oral sobre la ubicació i l’explotació de les mines amb entrevistes a gent gran del poble. Posteriorment s’ha realitzat un treball al camp per buscar les mines. Un vegada trobades s’han descrit confeccionant esquemes del seu recorregut, localitzant les escombreres i recollint-ne mostres. Finalment s’han estudiat les mostres al laboratori i s’ha elaborat una col•lecció. Els resultats de la recerca mostren que les mines explotaven filons metàl•lics formats per precipitació de sulfurs i òxids dins de les llicorelles del carbonífer-permià. Els minerals explotats eren principalment galena, mena del plom i pirolusita, d’on s’obtenia manganès. Es recomana crear algun itinerari per donar difusió a aquest patrimoni.