Species distribution models for conservation-oriented studies in Switzerland : filling data and tools gaps

SUMMARYSpecies distribution models (SDMs) represent nowadays an essential tool in the research fields of ecology and conservation biology. By combining observations of species occurrence or abundance with information on the environmental characteristic of the observation sites, they can provide information on the ecology of species, predict their distributions across the landscape or extrapolate them to other spatial or time frames. The advent of SDMs, supported by geographic information systems (GIS), new developments in statistical models and constantly increasing computational capacities, has revolutionized the way ecologists can comprehend species distributions in their environment. SDMs have brought the tool that allows describing species realized niches across a multivariate environmental space and predict their spatial distribution. Predictions, in the form of probabilistic maps showing the potential distribution of the species, are an irreplaceable mean to inform every single unit of a territory about its biodiversity potential. SDMs and the corresponding spatial predictions can be used to plan conservation actions for particular species, to design field surveys, to assess the risks related to the spread of invasive species, to select reserve locations and design reserve networks, and ultimately, to forecast distributional changes according to scenarios of climate and/or land use change.By assessing the effect of several factors on model performance and on the accuracy of spatial predictions, this thesis aims at improving techniques and data available for distribution modelling and at providing the best possible information to conservation managers to support their decisions and action plans for the conservation of biodiversity in Switzerland and beyond. Several monitoring programs have been put in place from the national to the global scale, and different sources of data now exist and start to be available to researchers who want to model species distribution. However, because of the lack of means, data are often not gathered at an appropriate resolution, are sampled only over limited areas, are not spatially explicit or do not provide a sound biological information. A typical example of this is data on 'habitat' (sensu biota). Even though this is essential information for an effective conservation planning, it often has to be approximated from land use, the closest available information. Moreover, data are often not sampled according to an established sampling design, which can lead to biased samples and consequently to spurious modelling results. Understanding the sources of variability linked to the different phases of the modelling process and their importance is crucial in order to evaluate the final distribution maps that are to be used for conservation purposes.The research presented in this thesis was essentially conducted within the framework of the Landspot Project, a project supported by the Swiss National Science Foundation. The main goal of the project was to assess the possible contribution of pre-modelled 'habitat' units to model the distribution of animal species, in particular butterfly species, across Switzerland. While pursuing this goal, different aspects of data quality, sampling design and modelling process were addressed and improved, and implications for conservation discussed. The main 'habitat' units considered in this thesis are grassland and forest communities of natural and anthropogenic origin as defined in the typology of habitats for Switzerland. These communities are mainly defined at the phytosociological level of the alliance. For the time being, no comprehensive map of such communities is available at the national scale and at fine resolution. As a first step, it was therefore necessary to create distribution models and maps for these communities across Switzerland and thus to gather and collect the necessary data. In order to reach this first objective, several new developments were necessary such as the definition of expert models, the classification of the Swiss territory in environmental domains, the design of an environmentally stratified sampling of the target vegetation units across Switzerland, the development of a database integrating a decision-support system assisting in the classification of the relevés, and the downscaling of the land use/cover data from 100 m to 25 m resolution.The main contributions of this thesis to the discipline of species distribution modelling (SDM) are assembled in four main scientific papers. In the first, published in Journal of Riogeography different issues related to the modelling process itself are investigated. First is assessed the effect of five different stepwise selection methods on model performance, stability and parsimony, using data of the forest inventory of State of Vaud. In the same paper are also assessed: the effect of weighting absences to ensure a prevalence of 0.5 prior to model calibration; the effect of limiting absences beyond the environmental envelope defined by presences; four different methods for incorporating spatial autocorrelation; and finally, the effect of integrating predictor interactions. Results allowed to specifically enhance the GRASP tool (Generalized Regression Analysis and Spatial Predictions) that now incorporates new selection methods and the possibility of dealing with interactions among predictors as well as spatial autocorrelation. The contribution of different sources of remotely sensed information to species distribution models was also assessed. The second paper (to be submitted) explores the combined effects of sample size and data post-stratification on the accuracy of models using data on grassland distribution across Switzerland collected within the framework of the Landspot project and supplemented with other important vegetation databases. For the stratification of the data, different spatial frameworks were compared. In particular, environmental stratification by Swiss Environmental Domains was compared to geographical stratification either by biogeographic regions or political states (cantons). The third paper (to be submitted) assesses the contribution of pre- modelled vegetation communities to the modelling of fauna. It is a two-steps approach that combines the disciplines of community ecology and spatial ecology and integrates their corresponding concepts of habitat. First are modelled vegetation communities per se and then these 'habitat' units are used in order to model animal species habitat. A case study is presented with grassland communities and butterfly species. Different ways of integrating vegetation information in the models of butterfly distribution were also evaluated. Finally, a glimpse to climate change is given in the fourth paper, recently published in Ecological Modelling. This paper proposes a conceptual framework for analysing range shifts, namely a catalogue of the possible patterns of change in the distribution of a species along elevational or other environmental gradients and an improved quantitative methodology to identify and objectively describe these patterns. The methodology was developed using data from the Swiss national common breeding bird survey and the article presents results concerning the observed shifts in the elevational distribution of breeding birds in Switzerland.The overall objective of this thesis is to improve species distribution models as potential inputs for different conservation tools (e.g. red lists, ecological networks, risk assessment of the spread of invasive species, vulnerability assessment in the context of climate change). While no conservation issues or tools are directly tested in this thesis, the importance of the proposed improvements made in species distribution modelling is discussed in the context of the selection of reserve networks.RESUMELes modèles de distribution d'espèces (SDMs) représentent aujourd'hui un outil essentiel dans les domaines de recherche de l'écologie et de la biologie de la conservation. En combinant les observations de la présence des espèces ou de leur abondance avec des informations sur les caractéristiques environnementales des sites d'observation, ces modèles peuvent fournir des informations sur l'écologie des espèces, prédire leur distribution à travers le paysage ou l'extrapoler dans l'espace et le temps. Le déploiement des SDMs, soutenu par les systèmes d'information géographique (SIG), les nouveaux développements dans les modèles statistiques, ainsi que la constante augmentation des capacités de calcul, a révolutionné la façon dont les écologistes peuvent comprendre la distribution des espèces dans leur environnement. Les SDMs ont apporté l'outil qui permet de décrire la niche réalisée des espèces dans un espace environnemental multivarié et prédire leur distribution spatiale. Les prédictions, sous forme de carte probabilistes montrant la distribution potentielle de l'espèce, sont un moyen irremplaçable d'informer chaque unité du territoire de sa biodiversité potentielle. Les SDMs et les prédictions spatiales correspondantes peuvent être utilisés pour planifier des mesures de conservation pour des espèces particulières, pour concevoir des plans d'échantillonnage, pour évaluer les risques liés à la propagation d'espèces envahissantes, pour choisir l'emplacement de réserves et les mettre en réseau, et finalement, pour prévoir les changements de répartition en fonction de scénarios de changement climatique et/ou d'utilisation du sol. En évaluant l'effet de plusieurs facteurs sur la performance des modèles et sur la précision des prédictions spatiales, cette thèse vise à améliorer les techniques et les données disponibles pour la modélisation de la distribution des espèces et à fournir la meilleure information possible aux gestionnaires pour appuyer leurs décisions et leurs plans d'action pour la conservation de la biodiversité en Suisse et au-delà. Plusieurs programmes de surveillance ont été mis en place de l'échelle nationale à l'échelle globale, et différentes sources de données sont désormais disponibles pour les chercheurs qui veulent modéliser la distribution des espèces. Toutefois, en raison du manque de moyens, les données sont souvent collectées à une résolution inappropriée, sont échantillonnées sur des zones limitées, ne sont pas spatialement explicites ou ne fournissent pas une information écologique suffisante. Un exemple typique est fourni par les données sur 'l'habitat' (sensu biota). Même s'il s'agit d'une information essentielle pour des mesures de conservation efficaces, elle est souvent approximée par l'utilisation du sol, l'information qui s'en approche le plus. En outre, les données ne sont souvent pas échantillonnées selon un plan d'échantillonnage établi, ce qui biaise les échantillons et par conséquent les résultats de la modélisation. Comprendre les sources de variabilité liées aux différentes phases du processus de modélisation s'avère crucial afin d'évaluer l'utilisation des cartes de distribution prédites à des fins de conservation.La recherche présentée dans cette thèse a été essentiellement menée dans le cadre du projet Landspot, un projet soutenu par le Fond National Suisse pour la Recherche. L'objectif principal de ce projet était d'évaluer la contribution d'unités 'd'habitat' pré-modélisées pour modéliser la répartition des espèces animales, notamment de papillons, à travers la Suisse. Tout en poursuivant cet objectif, différents aspects touchant à la qualité des données, au plan d'échantillonnage et au processus de modélisation sont abordés et améliorés, et leurs implications pour la conservation des espèces discutées. Les principaux 'habitats' considérés dans cette thèse sont des communautés de prairie et de forêt d'origine naturelle et anthropique telles que définies dans la typologie des habitats de Suisse. Ces communautés sont principalement définies au niveau phytosociologique de l'alliance. Pour l'instant aucune carte de la distribution de ces communautés n'est disponible à l'échelle nationale et à résolution fine. Dans un premier temps, il a donc été nécessaire de créer des modèles de distribution de ces communautés à travers la Suisse et par conséquent de recueillir les données nécessaires. Afin d'atteindre ce premier objectif, plusieurs nouveaux développements ont été nécessaires, tels que la définition de modèles experts, la classification du territoire suisse en domaines environnementaux, la conception d'un échantillonnage environnementalement stratifié des unités de végétation cibles dans toute la Suisse, la création d'une base de données intégrant un système d'aide à la décision pour la classification des relevés, et le « downscaling » des données de couverture du sol de 100 m à 25 m de résolution. Les principales contributions de cette thèse à la discipline de la modélisation de la distribution d'espèces (SDM) sont rassemblées dans quatre articles scientifiques. Dans le premier article, publié dans le Journal of Biogeography, différentes questions liées au processus de modélisation sont étudiées en utilisant les données de l'inventaire forestier de l'Etat de Vaud. Tout d'abord sont évalués les effets de cinq méthodes de sélection pas-à-pas sur la performance, la stabilité et la parcimonie des modèles. Dans le même article sont également évalués: l'effet de la pondération des absences afin d'assurer une prévalence de 0.5 lors de la calibration du modèle; l'effet de limiter les absences au-delà de l'enveloppe définie par les présences; quatre méthodes différentes pour l'intégration de l'autocorrélation spatiale; et enfin, l'effet de l'intégration d'interactions entre facteurs. Les résultats présentés dans cet article ont permis d'améliorer l'outil GRASP qui intègre désonnais de nouvelles méthodes de sélection et la possibilité de traiter les interactions entre variables explicatives, ainsi que l'autocorrélation spatiale. La contribution de différentes sources de données issues de la télédétection a également été évaluée. Le deuxième article (en voie de soumission) explore les effets combinés de la taille de l'échantillon et de la post-stratification sur le la précision des modèles. Les données utilisées ici sont celles concernant la répartition des prairies de Suisse recueillies dans le cadre du projet Landspot et complétées par d'autres sources. Pour la stratification des données, différents cadres spatiaux ont été comparés. En particulier, la stratification environnementale par les domaines environnementaux de Suisse a été comparée à la stratification géographique par les régions biogéographiques ou par les cantons. Le troisième article (en voie de soumission) évalue la contribution de communautés végétales pré-modélisées à la modélisation de la faune. C'est une approche en deux étapes qui combine les disciplines de l'écologie des communautés et de l'écologie spatiale en intégrant leurs concepts de 'habitat' respectifs. Les communautés végétales sont modélisées d'abord, puis ces unités de 'habitat' sont utilisées pour modéliser les espèces animales. Une étude de cas est présentée avec des communautés prairiales et des espèces de papillons. Différentes façons d'intégrer l'information sur la végétation dans les modèles de répartition des papillons sont évaluées. Enfin, un clin d'oeil aux changements climatiques dans le dernier article, publié dans Ecological Modelling. Cet article propose un cadre conceptuel pour l'analyse des changements dans la distribution des espèces qui comprend notamment un catalogue des différentes formes possibles de changement le long d'un gradient d'élévation ou autre gradient environnemental, et une méthode quantitative améliorée pour identifier et décrire ces déplacements. Cette méthodologie a été développée en utilisant des données issues du monitoring des oiseaux nicheurs répandus et l'article présente les résultats concernant les déplacements observés dans la distribution altitudinale des oiseaux nicheurs en Suisse.L'objectif général de cette thèse est d'améliorer les modèles de distribution des espèces en tant que source d'information possible pour les différents outils de conservation (par exemple, listes rouges, réseaux écologiques, évaluation des risques de propagation d'espèces envahissantes, évaluation de la vulnérabilité des espèces dans le contexte de changement climatique). Bien que ces questions de conservation ne soient pas directement testées dans cette thèse, l'importance des améliorations proposées pour la modélisation de la distribution des espèces est discutée à la fin de ce travail dans le contexte de la sélection de réseaux de réserves.

L'exégèse et l'air du temps

La théologie est-elle une science ? Ce débat n'est pas nouveau, et il accompagne les différentes disciplines de la théologie au moins depuis le siècle des Lumières. Dans la discussion actuelle, par exemple entre théologie et sciences religieuses, les disciplines théologiques qui apparaissent souvent comme les plus "scientifiques" sont les sciences bibliques et l'histoire du christianisme. Il ne fait à mon avis aucun doute qu'il s'agit là des disciplines qui posent le moins problème pour une position qu'on pourrait qualifier de "laïque". Et cependant, ce serait un leurre de croire que ces méthodes sont exemptes de présuppositions théologiques ou idéologiques. Je n'ai pas l'intention d'entrer ici dans le débat sur le problème de l'objectivité de la science, faute de temps et de compétence. J'aimerais plus modestement montrer, à partir de l'exégèse de la Bible hébraïque, l'interconnexion - pas toujours consciente - entre certains modèles exégétiques et les options idéologiques des savants qui défendent ou promeuvent ces modèles.

Hegel, Heidegger : pensée absolue, pensée abyssale (Heidegger lit Hegel)

Cette thèse de doctorat porte sur l'endurant travail d'interprétation auquel Martin Heidegger (1889-1976) s'est livré à propos de la pensée de Hegel (1770-1831), l'un des représentants de ce que l'on appelle « l'idéalisme allemand ». Ce travail d'interprétation résulte et prend place dans ce que Heidegger entend par le mot allemand Aus-einander-setzung : non pas la recherche de points communs entre deux pensées, par-delà des différences particulières qu'il s'agirait dès lors dépasser, mais au contraire la mise en évidence de leurs différends au sein même d'une appartenance commune à la pensée européo-occidentale. Notre présent travail s'est donné trois tâches : reconstruire l'explication de Heidegger avec Hegel qui se déroule sur près de quarante ans et qui se trouve éparpillée dans une multitude de textes d'époques et de statuts fort divers ; réfléchir et exposer le sens et les enjeux d'une telle explication ; indiquer et mettre à l'épreuve, par une étude immanente de plusieurs textes du corpus hégélien, l'apport de la phénoménologie herméneutique heideggerienne à l'intelligibilité actuelle de la pensée hégélienne. La pensée occidentale, qui a pour nom la philosophie, s'interroge toujours d'une manière ou d'une autre à propos de l'être. Et cela, à partir de Platon, dans un mouvement métaphysique qui va de ce qui est ou de l'étant à son être, ce dernier étant lui-même compris comme le genre commun de l'étant, soit comme « étantité (ousía, Seiendheit) ». Chez Hegel, cette manière bimillénaire de s'enquérir ainsi de l'être de l'étant parvient à son aboutissement, dans une compréhension dialectico-spéculative de l'être en tant que ce processus d'autocompréhension et d'autoproduction que Hegel nomme « l'esprit absolu ». À partir de cet aboutissement, de l'être, il n'en sera plus rien pour la pensée occidentale - « dernière fumée d'une réalité s'évaporant » dira Nietzsche. C'est ce phénomène, nommé par Heidegger « l'oubli de l'être (die Seinsvergessenheit) », qui constituera pour lui la motivation centrale de sa tentative de commencer autrement à penser l'être : dans un mouvement qui ne va plus de l'étant à l'être en tant qu'étantité, mais de l'être (Sein ou Seyn) à l'étant : où cela, qui d'ores et déjà se refuse (sich verweigert) à être un étant, ouvre par là même la possibilité à l'étant d'être ce qu'il est en propre. L'être est alors pensé en tant qu'Ereignis, cela qui advient en appropriant, c'est-à-dire en conduisant l'homme et l'étant à leur propre. Notre travail distingue, dans la lecture heideggerienne de Hegel, deux grandes périodes. Cellesci sont solidaires des deux manières non-métaphysiques d'élaborer la question de l'être qui rythment le chemin de pensée de Heidegger (la première ayant abouti à une impasse) : 1°) l'élaboration horizontaletranscendantale de la question de l'être, centrée sur le premier Hauptwerk de Heidegger de 1927, Être et temps, où la question de l'être est considérée primordialement à partir de ce phénomène qu'est l'entente qu'a l'homme de son être et de son destin qui est celui d'être l'espace ouvert, le là pour l'être en général (Dasein) ; 2°) l'élaboration destinale (seynsgeschichtliche) de la question de l'être, centrée sur le deuxième Hauptwerk de Heidegger que sont les Apports à la philosophie (Beiträge zur Philosophie) (1936- 1938), où la question de l'être est considérée cette fois à partir de l'être lui-même en tant qu'Ereignis. Dans l'interprétation horizontale-transcendantale de Hegel, Heidegger oppose à l'être hégélien en tant qu'esprit absolu, éternel et infini, la transcendance finie du rapport temporel de l'homme à l'être. L'explication se concentre ainsi sur les notions de finitude (chapitre II de notre thèse), de transcendance (chapitre III) et de temporalité (chapitre IV), dans laquelle Heidegger fait jouer son interprétation de Kant contre Hegel. Dans l'interprétation destinale de Hegel, qui est l'interprétation décisive, Hegel est compris, dans la perspective de l'histoire-destinée de l'estre (die Geschichte des Seyns), comme celui qui accomplit ce qui se trouve au coeur même de cette histoire-destinée, dès Héraclite et Parménide : le refus qu'a l'homme occidental de prendre en garde la nihilité (Nichthaftigkeit) de l'être. Hegel serait ainsi celui qui accomplit l'occidental refus du refus (Verweigerung) de l'être. Heidegger repère le site de cet accomplissement hégélien dans la conception dialectico-spéculative de la négativité, laquelle en tant que « négativité absolue (absolute Negativität) » constitue le coeur et l'âme de l'être qu'est le processus de l'esprit absolu (chapitre V). L'enjeu de l'interprétation heideggerienne de Hegel devient dès lors de montrer qu'une négativité plus originaire que la négativité absolue se trouve à l'oeuvre en l'être, une négativité non dialectique que nous avons nommé la « négativité abyssale » (chapitre VII). C'est de la compréhension et l'élaboration de cette dernière que dépend la possibilité pour la pensée occidentale de surmonter une bonne fois le nihilisme - gisant au coeur de la métaphysique - tel qu'il se déchaîne actuellement dans la civilisation technique devenue aujourd'hui planétaire (chapitre VI). Tels sont selon nous le sens et l'enjeu derniers de l'explication de Heidegger avec Hegel.

Geolocalitzáció en temps real sobre Google Maps

L’objectiu d’aquest projecte és crear un sistema de seguiment d’una flota de vehicles amb GPS en temps real. A partir d’un mòdul de captació, el servidor recull la informació geogràfica dels vehicles i l’emmagatzema. I amb un mòdul de processament, es mostra i controla els vehicles, els punts d’interès i els polígons del sistema de Geofencing. En primer lloc, faig una introducció a l’estat de l’art dels sistemes de seguiment de vehicles. A continuació, analitzo els requeriments, especifico el comportament desitjat del sistema, explico el disseny i la implementació. Per últim, faig un seguit de proves per extreure’n les conclusions.

Dawn for the galaxy: creació d'un joc web d'estratègia en temps real, multijugador i massiu

“Dawn or the Galaxy” és un treball de final de carrera que té com a objectiu principal la creació i desenvolupament d’una versió de demostració per a un joc del tipus MMORTS (massive multiplayer online real-time strategy) tractant d’incloure elements innovadors en aquest gènere de jocs i oferint un ampli ventall estratègic des de l’inici del joc. Per tal d’assolir l’objectiu es realitzarà un petit sondeig de mercat inicial i un estudi de models de jocs d’estratègia. El joc estarà integrat per més de seixanta fitxers de codi, una base de dades amb catorze taules interrelacionades no normalitzades i podrà tenir cabuda per a uns cinc-cents jugadors. Un cop programat l’aplicatiu, el joc es provarà en un entorn real, amb usuaris reals. Per a resoldre els problemes durant el transcurs del joc de forma ràpida, la aplicació serà sotmesa a un seguiment exhaustiu. La col·laboració dels jugadors en aquest punt serà fonamental.

Birth records from Swiss married couples analyzed over of the past 35 years reveal an aging of first-time mothers by 5.1 years while the interpregnancy interval has shortened

RésuméIntroduction : Le travail de thèse est un article publié dans le journal « Fertility & Sterility » s'intitulant « Birth records from Swiss married couples analyzed over the past 35 years reveal an aging of first-time mothers by 5.1 years while the interpregnancy interval has shortened ».Méthodes : Les données concernant l'âge auquel les femmes mariées donnaient naissance ont été obtenues de l'Office fédéral de la statistique. Nous avons examiné la période allant de 1969 à 2006. Cet intervalle de temps choisi nous a permis de prendre en considération un total de 2'716'370 naissances. L'âge moyen des parturientes à la naissance de leur 1er, 2ème et 3ème enfant a été calculé pour chaque année à l'aide du logiciel Excel. Grâce à ces données on a pu obtenir les intervalles inter-gestationnels théoriques entre le 1er et 2ème enfant, ainsi qu'entre le 2ème et 3ème enfant.Résultats : Nous pouvons constater que l'intervalle inter-gestationnel théorique entre la première et la deuxième grossesse était de 23.2 mois en 1969 et passait à 13.0 mois en 2006. L'intervalle compris entre la deuxième et la troisième grossesse passait de 22.4 mois en 1969 à 7.9 mois en 2006. Notre analyse suggère donc que c'est le facteur social qui exerce un effet plus important que le facteur biologique sur les intervalles inter-gestationnels, car ces intervalles diminuaient malgré l'augmentation de l'âge des mères à la naissance.

Conservation genetics and population monitoring of the Alpine Salamander (Salamandra Atra) :

SUMMARYIn the context of the biodiversity crisis, amphibians are experiencing the most severe worldwide decline of all vertebrates and are in urgent need of better management. Efficient conservation strategies rely on sound knowledge of the species biology and of the genetic and demographic processes that might impair their welfare. Nonetheless, these processes are poorly understood in amphibians. Delineating population boundaries remains consequently problematic for these species, while it is of critical importance to define adequate management units for conservation. In this study, our attention focused on the alpine salamander (Salamandra atra), a species that deserves much interest in terms of both conservation biology and evolution. This endemic alpine species shows peculiar life-history traits (viviparity, reduced activity period, slow maturation) and has a slow population turnover, which might be problematic for its persistence in a changing environment. Due to its elusive behaviour (individuals spend most of their time underground and are unavailable for sampling), dynamic processes of gene and individuals were poorly understood for that species. Consequently, its conservation status could hardly be reliably assessed. Similarly the fire salamander (Salamandra salamandra) also poses special challenges for conservation, as no clear demarcation of geographical populations exists and dispersal patterns are poorly known. Through a phylogeographic analysis, we first studied the evolutionary history of the alpine salamander to better document the distribution of the genetic diversity along its geographical range. This study highlighted the presence of multiple divergent lineages in Italy together with a clear genetic divergence between populations from Northern and Dinaric Alps. These signs of cryptic genetic differentiation, which are not accounted for by the current taxonomy of the species, should not be neglected for further definition of conservation units. In addition, our data supported glacial survival of the species in northern peripheral glacial réfugia and nunataks, a pattern rarely documented for long-lived species. Then, we evaluated the level of gene flow between populations at the local scale and tested for asymmetries in male versus female dispersal using both field-based (mark-recapture) and genetic approaches. This study revealed high level of gene flow between populations, which stems mainly from male dispersal. This corroborated the idea that salamanders are much better dispersers than hitherto thought and provided a well- supported example of male-biased dispersal in amphibians. In a third step, based on a mark- recapture survey, we addressed the problem of sampling unavailability in alpine salamanders and evaluated its impact on two monitoring methods. We showed that about three quarters of individuals were unavailable for sampling during sampling sessions, a proportion that can vary with climatic conditions. If not taken into account, these complexities would result in false assumptions on population trends and misdirect conservation efforts. Finally, regarding the daunting task of delineating management units, our attention was drawn on the fire salamander. We conducted a local population genetic study that revealed high levels of gene flow among sampling sites. Management units for this species should consequently be large. Interestingly, despite the presence of several landscape features often reported to act as barriers, genetic breaks occurred at unexpected places. This suggests that landscape features may rather have idiosyncratic effects on population structure. In conclusion, this work brought new insights on both genetic and demographic processes occurring in salamanders. The results suggest that some biological paradigms should be taken with caution when particular species are in focus. Species- specific studies remain thus fundamental for a better understanding of species evolution and conservation, particularly in the context of current global changes.RESUMEDans le contexte de la crise de la biodiversité actuelle, les amphibiens subissent le déclin le plus important de tous les vertébrés et ont urgemment besoin d'une meilleure protection. L'établissement de stratégies de conservation efficaces repose sur des connaissances solides de la biologie des espèces et des processus génétiques et démographiques pouvant menacer leur survie. Ces processus sont néanmoins encore peu étudiés chez les amphibiens.Dans cette étude, notre attention s'est portée sur la salamandre noire (Salamandra atra), une espèce endémique des Alpes dont les traits d'histoire de vie atypiques (viviparité, phase d'activité réduite, lent turnover des populations) pourraient la rendre très vulnérable face aux changements environnementaux. Par ailleurs, en raison de son comportement cryptique (les individus passent la plupart de leur temps sous terre) la dynamique des gènes et des individus est mal comprise chez cette espèce. Il est donc difficile d'évaluer son statut de conservation de manière fiable. La salamandre tachetée {Salamandra salamandra), pour qui il n'existe aucune démarcation géographique apparente des populations, pose également des problèmes en termes de gestion. Dans un premier temps, nous avons étudié l'histoire évolutive de la salamandre noire afin de mieux décrire la distribution de sa diversité génétique au sein de son aire géographique. Cela a permis de mettre en évidence la présence de multiples lignées en Italie, ainsi qu'une nette divergence entre les populations du nord des Alpes et des Alpes dinariques. Ces résultats seront à prendre en compte lorsqu'il s'agira de définir des unités de conservation pour cette espèce. D'autre part, nos données soutiennent l'hypothèse d'une survie glaciaire dans des refuges nordiques périglaciaires ou dans des nunataks, fait rarement documenté pour une espèce longévive. Nous avons ensuite évalué la différentiation génétique des populations à l'échelle locale, ce qui a révélé d'important flux de gènes, ainsi qu'une asymétrie de dispersion en faveur des mâles. Ces résultats corroborent l'idée que les amphibiens dispersent mieux que ce que l'on pensait, et fournissent un exemple robuste de dispersion biaisée en faveur des mâles chez les amphibiens. Nous avons ensuite abordé le problème de Γ inaccessibilité des individus à la capture. Nous avons montré qu'environ trois quarts des individus sont inaccessibles lors des échantillonnages, une proportion qui peut varier en fonction des conditions climatiques. Ignoré, ce processus pourrait entraîner une mauvaise interprétation des fluctuations de populations ainsi qu'une mauvaise allocation des efforts de conservation. Concernant la définition d'unités de gestion pour la salamandre tachetée, nous avons pu mettre en évidence un flux de gènes important entre les sites échantillonnés. Les unités de gestion pour cette espèce devraient donc être étendues. Etonnamment, malgré la présence de nombreuses barrières potentielles au flux de gènes, les démarcations génétiques sont apparues à des endroits inattendus. En conclusion, ce travail a apporté une meilleure compréhension des processus génétiques et démographiques en action chez les salamandres. Les résultats suggèrent que certains paradigmes biologiques devraient être considérés avec précaution quand il s'agit de les appliquer à des espèces particulières. Les études spécifiques demeurent donc fondamentales pour une meilleure compréhension de l'évolution des espèces et leur conservation, tout particulièrement dans le contexte des changements globaux actuels.

« L'esthétique du chant dans la piété calviniste aux premiers temps de la Réforme (1536-1545) »

Contrairement aux idées reçues, l'esthétique assume bien une fonction dans les formes rituelles adoptées par les Eglises issues de la Réforme calviniste. Mais il revient moins à l'image, considérée avant tout comme une source de distraction, qu'à la musique de porter cette dimension dans la piété réformée. Retraçant la formation de la pensée calvinienne sur la question des rapports entre culte et musique entre 1536 et 1543, cette étude montre comment le théologien en vient durant ces années à considérer que le chant des psaumes permet de concilier dans la dévotion, un processus cognitif, guidé par le sens des paroles, et un mouvement affectif, suscité par la mélodie. C'est, aux yeux de Calvin, de la jonction de ces deux dynamiques que naît l'élévation spirituelle à laquelle le culte doit conduire. Notwithstanding common belief, aesthetics had an important function in ritual forms implemented by Reformed Calvinist Churches. The impact of aesthetics on reformed piety rested less on images, considered to be a source of distraction, than on music. By reconsidering the evolution of Calvin's thoughts on the relationship between music and religious services between 1536 and 1543, this study reveals how Calvin came to consider that by singing the psalms, Christians could conciliate in prayer a cognitive process which was to be guided by both the meaning of the words and the emotions triggered by the tune. For Calvin, the spiritual elevation to which religious services should lead was to emerge from the conjunction of these two impetuses.

La prueba testifical en el proceso penal ¿De libre valoración?

La prova testifical és una de les proves principals del procés penal, és pel que s'ha intentat donar una visió de quins són els factors que afecten la seua validesa, tant des d'un punt de vista personal com processal, per a després marcar unes pautes que ha de seguir qualsevol jutge per a arribar a la convicció que la dita prova testifical pot enervar la presumpció d'innocència. El treball consisteix en respondre a la pregunta elemental que si realment el Jutge o Tribunal té plena llibertat per valorar la prova testifical en el procés penal, sobre aquesta qüestió es va a desenvolupar el treball, però sempre haurem de respectar uns principis bàsics en el procés penal, i a partir de que aquests principis li donin validesa a aquesta prova, podrem dir que el Jutge a *quo té plena llibertat per arribar a determinar si realment aquesta prova testifical trenca amb la presumpció d'innocència, sense que els tribunals d'instàncies superiors puguin modificar aspectes subjectius d'aquesta valoració sobre la base del principi de inmediació. També és cert, que la casuística en matèria de testimonis és immensa, per la qual cosa s'ha intentat analitzar cada cas particular a fi d'integrar-ho dins dels principis bàsics establerts en el procés penal, i així determinar quan es pot donar validesa a aquesta prova, i quins són els factors que ha de tenir en compte el Jutge per valorar-los com a prova determinant de càrrec o de descàrrec.