Prying into the intimate secrets of animal lives; software beyond hardware for comprehensive annotation in 'Daily Diary' tags

BACKGROUND: Smart tags attached to freely-roaming animals recording multiple parameters at infra-second rates are becoming commonplace, and are transforming our understanding of the way wild animals behave. Interpretation of such data is complex and currently limits the ability of biologists to realise the value of their recorded information.

DESCRIPTION: This work presents Framework4, an all-encompassing software suite which operates on smart sensor data to determine the 4 key elements considered pivotal for movement analysis from such tags (Endangered Species Res 4: 123-37, 2008). These are; animal trajectory, behaviour, energy expenditure and quantification of the environment in which the animal moves. The program transforms smart sensor data into dead-reckoned movements, template-matched behaviours, dynamic body acceleration-derived energetics and position-linked environmental data before outputting it all into a single file. Biologists are thus left with a single data set where animal actions and environmental conditions can be linked across time and space.

CONCLUSIONS: Framework4 is a user-friendly software that assists biologists in elucidating 4 key aspects of wild animal ecology using data derived from tags with multiple sensors recording at high rates. Its use should enhance the ability of biologists to derive meaningful data rapidly from complex data.

Step by step: reconstruction of terrestrial animal movement paths by dead-reckoning

BACKGROUND: Research on wild animal ecology is increasingly employing GPS telemetry in order to determine animal movement. However, GPS systems record position intermittently, providing no information on latent position or track tortuosity. High frequency GPS have high power requirements, which necessitates large batteries (often effectively precluding their use on small animals) or reduced deployment duration. Dead-reckoning is an alternative approach which has the potential to 'fill in the gaps' between less resolute forms of telemetry without incurring the power costs. However, although this method has been used in aquatic environments, no explicit demonstration of terrestrial dead-reckoning has been presented.

RESULTS: We perform a simple validation experiment to assess the rate of error accumulation in terrestrial dead-reckoning. In addition, examples of successful implementation of dead-reckoning are given using data from the domestic dog Canus lupus, horse Equus ferus, cow Bos taurus and wild badger Meles meles.

CONCLUSIONS: This study documents how terrestrial dead-reckoning can be undertaken, describing derivation of heading from tri-axial accelerometer and tri-axial magnetometer data, correction for hard and soft iron distortions on the magnetometer output, and presenting a novel correction procedure to marry dead-reckoned paths to ground-truthed positions. This study is the first explicit demonstration of terrestrial dead-reckoning, which provides a workable method of deriving the paths of animals on a step-by-step scale. The wider implications of this method for the understanding of animal movement ecology are discussed.

Envolvimento dos estudantes na escola e perceção de suporte social: um estudo com alunos dos 2º e 3º ciclos do ensino básico

O envolvimento dos estudantes na escola tem ganho relevância no âmbito da comunidade científica. Apesar de não existir um consenso face à sua definição, todas apontam para o facto do envolvimento se relacionar com a forma como os estudantes se identificam e valorizam os resultados escolares, bem como, a sua participação em atividades escolares curriculares e extracurriculares. O suporte social visto como a perceção que o indivíduo tem de ser valorizado e aceite pelos outros contidos na sua rede social. A investigação tem demonstrado a relação existente entre estes dois conceitos. A existência de suporte social, mais especificamente o estabelecimento de relações positivas com o grupo de pares parece estar relacionada com um maior envolvimento dos estudantes na escola. O objetivo do presente estudo é compreender a relação entre o envolvimento dos estudantes na escola e a perceção de suporte social. O mesmo foi realizado numa escola em Évora, com alunos do 2º e 3º ciclos do ensino básico (335 alunos). Foram utilizados dois questionários: o QEEE – Questionário acerca do Envolvimento dos Estudantes na Escola e o QPSS – Questionário de Percepção de Suporte Social. Os resultados do presente estudo apontam para correlações estatisticamente significativas entre o suporte social e o envolvimento dos estudantes na escola, corroborando assim investigações já realizadas; ABSTRACT: Students engagement with school has won relevance within the scientific community. Although there is no consensus over its definition, all point to the fact that the engagement relate to how the students to identify and value the school results as well as their participation in curricular and extracurricular activities. The social support seen as the perception that the individual must be valued and accepted by others contained in your social network. The research has demonstrated the relationship between these both. The existence of social support, specifically the establishment of good relations with the peer group seems to be related to greater student engagement with school. The aim of this study is to understand the link between student engagement with school and perceived social support. It was conducted in a school in Évora, with students from 2nd and 3th cycles of middle school (335 students). We used two questionnaires: QEEE – Questionnaire about the Student Engagement with School and QPSS – Questionnaire for Perceived Social Support. The results of this study show statistically significant correlations between social support and students engagement with school, thus confirming previous research.

Analgesia em modelo animal superior para ortopedia

O teste de novos biomateriais para aplicações clínicas em ortopedia, ou noutras áreas da medicina, em modelos animais vivos e sencientes, em prol do benefício humano, deve ser objecto de planeamento cuidado e ponderado, dado o conflito ético que se coloca. Compete-nos, enquanto investigadores, garantir que as condições de vida, saúde e bem-estar são asseguradas. O uso de ovinos como modelo superior pré-clínico, para investigação em Ortopedia, tem-se evidenciado devido às suas características translacionais para a espécie humana. Neste estudo retrospectivo deu-se ênfase ao plano anestésico/ analgésico instituído em três tipos de técnicas cirúrgicas ortopédicas, realizadas em ovinos. Os animais intervencionados foram adquiridos com 2 meses de antecedência em relação às cirurgias e mantidos em rebanho, com condições adequadas de abrigo, alimentação e maneio. As técnicas cirúrgicas inovadoras foram treinadas previamente em peças anatómicas adquiridas no matadouro. Todas as cirurgias e anestesias foram realizadas por médicos veterinários devidamente qualificados. Durante os períodos pós-operatórios os animais foram mantidos no Hospital Veterinário, sob vigilância e tratamento, após o que regressaram ao pasto. Considera-se que os protocolos anestésico e analgésico instituídos foram suficientes para eliminar a dor ortopédica/ neuropática causada pelas técnicas cirúrgicas referidas.

Modelo animal ex vivo para vertebroplastia percutânea

O teste de novos biomateriais para vertebroplastia percutânea (VP), depende da escolha de um modelo animal adequado. O objectivo deste estudo foi o desenvolvimento ex vivo de um modelo animal reprodutível e fiável para VP, para posterior aplicação in vivo, tendo em consideração a necessidade de evitar o derrame de cimento para o canal vertebral e estruturas vasculares adjacentes. Foi seleccionado um modelo animal superior (ovino), pelas suas reconhecidas propriedades translacionais para a espécie humana. Foram realizadas VP’s em vértebras lombares sob controlo táctil e fluoroscópico, através de uma abordagem parapedicular bilateral. O volume médio de defeito obtido foi 1234±240 mm3, o que assegura defeitos viáveis para o teste de novos biomateriais injectáveis. Seis vértebras foram injectadas com um cimento comercial (Cerament®, Bone Support, Suécia) tendo-se observado preenchimento adequado dos defeitos em todas as vértebras. Todas as vértebras foram avaliadas por microtomografia axial computorizada (microTAC) antes e após a criação dos defeitos e após injecção dos cimentos. Realizaram-se testes mecânicos de compressão, tendo as vértebras sido sujeitas a cargas superiores às fisiológicas e inspeccionadas macroscopicamente. Em conclusão considera-se este modelo adequado para estudos in vivo pré-clínicos, mimetizando aplicações clínicas.

Analgesia em modelo animal superior para ortopedia

O teste de novos biomateriais para aplicações clínicas em ortopedia, ou noutras áreas da medicina, em modelos animais vivos e sencientes, em prol do benefício humano, deve ser objecto de planeamento cuidado e ponderado, dado o conflito ético que se coloca. Compete-nos, enquanto investigadores, garantir que as condições de vida, saúde e bem-estar são asseguradas. O uso de ovinos como modelo superior pré-clínico, para investigação em Ortopedia, tem-se evidenciado devido às suas características translacionais para a espécie humana. Neste estudo retrospectivo deu-se ênfase ao plano anestésico/ analgésico instituído em três tipos de técnicas cirúrgicas ortopédicas, realizadas em ovinos. Os animais intervencionados foram adquiridos com 2 meses de antecedência em relação às cirurgias e mantidos em rebanho, com condições adequadas de abrigo, alimentação e maneio. As técnicas cirúrgicas inovadoras foram treinadas previamente em peças anatómicas adquiridas no matadouro. Todas as cirurgias e anestesias foram realizadas por médicos veterinários devidamente qualificados. Durante os períodos pós-operatórios os animais foram mantidos no Hospital Veterinário, sob vigilância e tratamento, após o que regressaram ao pasto. Considera-se que os protocolos anestésico e analgésico instituídos foram suficientes para eliminar a dor ortopédica/ neuropática causada pelas técnicas cirúrgicas referidas.

Modelo animal ex vivo para vertebroplastia percutânea

O teste de novos biomateriais para vertebroplastia percutânea (VP), depende da escolha de um modelo animal adequado. O objectivo deste estudo foi o desenvolvimento ex vivo de um modelo animal reprodutível e fiável para VP, para posterior aplicação in vivo, tendo em consideração a necessidade de evitar o derrame de cimento para o canal vertebral e estruturas vasculares adjacentes. Foi seleccionado um modelo animal superior (ovino), pelas suas reconhecidas propriedades translacionais para a espécie humana. Foram realizadas VP’s em vértebras lombares sob controlo táctil e fluoroscópico, através de uma abordagem parapedicular bilateral. O volume médio de defeito obtido foi 1234±240 mm3, o que assegura defeitos viáveis para o teste de novos biomateriais injectáveis. Seis vértebras foram injectadas com um cimento comercial (Cerament®, Bone Support, Suécia) tendo-se observado preenchimento adequado dos defeitos em todas as vértebras. Todas as vértebras foram avaliadas por microtomografia axial computorizada (microTAC) antes e após a criação dos defeitos e após injecção dos cimentos. Realizaram-se testes mecânicos de compressão, tendo as vértebras sido sujeitas a cargas superiores às fisiológicas e inspeccionadas macroscopicamente. Em conclusão considera-se este modelo adequado para estudos in vivo pré-clínicos, mimetizando aplicações clínicas.

Analgesia em modelo animal superior para ortopedia

O teste de novos biomateriais para aplicações clínicas em ortopedia, ou noutras áreas da medicina, em modelos animais vivos e sencientes, em prol do benefício humano, deve ser objecto de planeamento cuidado e ponderado, dado o conflito ético que se coloca. Compete-nos a nós, enquanto investigadores, garantir que as condições de vida, saúde e bem-estar são asseguradas. O uso de ovinos como modelo superior pré-clínico, para investigação em Ortopedia, tem-se evidenciado devido às suas características translacionais para a espécie humana. Neste estudo retrospectivo deu-se ênfase ao plano anestésico/ analgésico instituído em três tipos de técnicas cirúrgicas ortopédicas, realizadas em ovinos. Os animais intervencionados foram adquiridos com 2 meses de antecedência em relação às cirurgias e mantidos em rebanho, com condições condignas de abrigo e alimentação. As técnicas cirúrgicas inovadoras foram treinadas previamente em peças anatómicas adquiridas no matadouro. Todas as cirurgias e anestesias foram realizadas por médicos veterinários devidamente qualificados. Durante os períodos pós-operatórios os animais foram mantidos no Hospital Veterinário, sob vigilância e tratamento, após o que regressaram ao pasto. Considera-se que os protocolos anestésico e analgésico instituídos foram suficientes para eliminar a dor ortopédica/ neuropática causada pelas técnicas cirúrgicas referidas.

Perceção de risco no one-night stand – Um estudo com adultos emergentes

O presente trabalho teve como objetivos estudar o envolvimento dos estudantes universitários em sexo ocasional (one-night stand) compreendendo a relação entre esta e as variáveis perceção de risco, riscos físicos, emocionais e psicológicos associados ao sexo ocasional e os fatores de influência associados ao envolvimento no mesmo. Neste estudo participaram 203 estudantes universitários, do 1o ciclo, pertencentes à Universidade de Évora, com idades compreendidas entre os 18 e os 25 anos (adultos emergentes). Os resultados obtidos sugerem que existe uma correlação significativa entre o envolvimento em sexo ocasional e a ausência de perceção de risco, porém existindo diferenças relativamente à mesma no momento do envolvimento em sexo ocasional e na fase posterior a este, revelando que antes e durante o comportamento os estudantes universitários não parecem percecionar os riscos reais, sendo que, em alguns casos, não utilizam estratégias para reduzir os mesmos. Esta perceção tardia dos possíveis riscos corridos, muitas vezes influenciada pelo consumo de bebidas alcoólicas, leva a um grande nível de arrependimento (principalmente nas mulheres). Sendo que o arrependimento traz aos indivíduos um sentimento de vazio, de rejeição, de perda, de desapontamento e perda de auto estima é de extrema importância perceber que impacto terão estes fatores no desenvolvimento dos adultos emergentes e no self de cada indivíduo. A partir dos resultados obtidos procuram retirar-se implicações para o trabalho no âmbito da prevenção e promoção da saúde com estudantes universitários.

Systematics and evolution of coastal and deepwater Hydrozoa from the NE Atlantic

The study of the Portuguese Hydrozoa fauna has been abandoned for more than half a century, except for the Azores archipelago. One of the main aims of this Ph.D. project was to contribute new hydrozoan records leading to a more accurate perception of the actual hydrozoan diversity found in Portuguese waters, including the archipelagos of Azores and Madeira, and neighbouring geographical areas, for habitats ranging from the deep sea to the intertidal. Shallow water hydroids from several Portuguese marine regions (including the Gorringe Bank) were sampled by scuba-diving. Deep-water hydroids, from the Azores, Madeira, Gulf of Cadiz and Alboran Sea, were collected by researchers of different institutions during several oceanographic campaigns. Occasional hydroid sampling by scuba-diving was performed in the UK, Malta and Spain. Over 300 hydroid species were identified and about 600 sequences of the hydrozoan ‘DNA barcode’ 16S mRNA were generated. The families Sertulariidae, Plumulariidae, Lafoeidae, Hebellidae, Aglaopheniidae, Campanulinidae, Halopterididae, Kirchenpaueriidae, Haleciidae and Eudendriidae, were studied in greater detail. About 350 16S sequences were generated for these taxa, allowing phylogenetic, phylogeographic and evolutionary inferences, and also more accurate taxonomic identifications. Phylogenetic analyses integrated molecular and morphological characters. Subsequent results revealed: particularly high levels of cryptic biodiversity, polyphyly in many taxonomic groups, pairs of species that were synonymous, the identity of several varieties as valid species, and highlighted phylogeographic associations of hydroids in deep and shallow-water areas of the NE Atlantic and W Mediterranean. It was proved that many (but not all) marine hydroid species with supposedly widespread vertical and/or horizontal geographical distributions, correspond in fact to complexes of cryptic taxa. This study further revealed that, in the NE Atlantic, shallow environments sustain higher hydrozoan diversity and abundance, but the importance of bathyal habitats as a source of phylogenetic diversity was also revealed. The Azorean seamounts were shown to be particularly important in the segregation of populations of hydroids with reduced dispersive potential. The bathyal habitats of the Gulf of Cadiz proved to harbour a considerably high number of cryptic species, which may mainly be a consequence of habitat heterogeneity and convergence of various water masses in the Gulf. The main causes proposed for speciation and population divergence of hydroids were: species population size, dispersal mechanisms and plasticity to inhabit different environmental conditions, but also the influence of oceanic currents (and its properties), habitat heterogeneity, climate change and continental drift. Higher phylogenetic resolution obtained for the family Plumulariidae revealed particularly that glacial cycles likely facilitated population divergence, ultimately speciation, and also faunal evolutionary transitions from deep to shallow waters.

Conhecimento comum e perceção do risco na gestão territorial costeira

As zonas costeiras, pelas suas características naturais, disponibilizam à sociedade múltiplas oportunidades e serviços, o que favorece uma ocupação desmedida deste território e a ocorrência de transformações relevantes provocadas pela intervenção humana. A simultaneidade da influência das atividades e intervenções humanas e da ocorrência das funções naturais deste território, revestidas de um forte caráter dinâmico, encontra-se na base do desenvolvimento quer de conflitos do tipo socioambiental, quer de situações de risco costeiro. A contribuir para esta situação, surge também a problemática das alterações climáticas, com impactos em domínios diversos, como por exemplo biodiversidade, pesca ou turismo, com um registo de aumento e intensidade de acidentes naturais associados a fenómenos meteorológicos. Apesar da existência de um conjunto de instrumentos de preservação dos recursos naturais e de ordenamento e gestão territorial, a degradação do sistema natural costeiro é muito visível, com impactos negativos de complexa recuperação. Refira-se, também, o caráter de exceção dos planos de ordenamento da orla costeira, em particular em frentes urbanas consolidadas ou em consolidação, permitindo o contínuo aumento da urbanização na orla costeira. A atuação das entidades responsáveis pela gestão do território costeiro tem sido desenvolvida com um baixo nível de envolvimento da população e maioritariamente no sentido de dar resposta às situações de perigo que vão surgindo, com a implementação de estruturas de defesa costeira, suportadas pelo erário público, cujos impactos se traduzem num agravamento do estado da zona costeira portuguesa, em geral. A região de Aveiro é um exemplo da problemática exposta, onde se registam frequentemente episódios de perigo costeiro, considerando-se urgente a tomada de medidas que contribuam para a sustentabilidade deste território, associada a uma visão de longo prazo, e que deverão passar pela integração do risco na gestão territorial costeira. Esta investigação, com a qual se pretende aumentar o conhecimento científico, desenvolver uma abordagem integrada de diversos domínios disciplinares, demonstrar a relevância da valorização do conhecimento comum e da perceção social na gestão do território, bem como desenvolver uma ferramenta de suporte à gestão territorial da zona costeira, tem como propósito contribuir para a preservação do sistema natural costeiro e para o aumento dos níveis de segurança humana face ao risco costeiro. Nesse sentido, desenvolveu-se um estudo de perceção social em aglomerados urbanos costeiros da região de Aveiro, para avaliação da perceção do risco costeiro e da gestão do território e recolha de conhecimento comum sobre a dinâmica costeira. Concebeu-se, também, um sistema de informação geográfica que permite às entidades de gestão do território costeiro uma atuação facilitada, articulada e de caráter preventivo, suportada na integração de conhecimentos científico, técnico e comum, de perceções e aspirações, de limites, propostas e condicionantes de planos de ordenamento e gestão do território existentes, entre outra informação, e com potencialidade para evoluir simultaneamente para um sistema de aviso de acidentes. Como resultados do estudo empírico destacam-se a forte ligação da população ao mar, de caráter afetivo ou pela pretensão de utilização da praia, a desvalorização do risco costeiro, apesar do reconhecimento do recuo da linha de costa, a valorização das estruturas de defesa costeira, a escassa disponibilização de informação à população acerca do risco costeiro a que está exposta, e a importância atribuída à participação da população no processo de gestão territorial costeira. O sistema de informação geográfica foi validado para o caso da Praia de Esmoriz, permitindo identificar, por exemplo, para cada proprietário de habitação localizada em área de risco, a disponibilidade para participar no processo de gestão territorial costeira ou a abertura para aderir a um processo de relocalização da habitação. Face à pertinência do tema e à expectativa do mesmo ser considerado uma prioridade da política da atualidade, considera-se a necessidade de desenvolvimentos futuros de aprofundamento de conhecimentos em paralelo com uma aproximação ao sistema institucional de gestão territorial costeira, no sentido da minimização dos conflitos entre dinâmica costeira e uso do território e da prevenção do risco costeiro, particularmente risco de inundação e de erosão.

O género e o uso das tecnologias da comunicação no ensino superior público português: as questões de género na perceção e avaliação das tecnologias da comunicação usadas para suporte à aprendizagem

O processo de convergência europeu da educação superior, mais conhecido por Processo de Bolonha, tem promovido mudanças profundas ao nível do Ensino Superior (ES). Entre as várias diretrizes propostas, destaca-se a necessidade de se usarem Tecnologias da Informação e Comunicação (TIC), no sentido de promover uma participação mais ativa, participativa e autónoma dos estudantes nos processos de aprendizagem. No entanto, a escassez de estudos abrangentes não permite a construção de uma visão fundamentada do uso de Tecnologias da Comunicação (TC) ao nível do ES. Surge assim a necessidade de se identificar e caracterizar o uso de TC, numa tentativa de construir uma imagem atual sobre quais as TC que são usadas, em que contextos, com que finalidades e como é que o seu uso é percecionado pelos estudantes. A tese aqui apresentada tem, assim, como objetivo principal procurar contribuir para uma compreensão mais alargada do uso de TC no Ensino Superior Público Português (ESPP), partindo das perceções dos estudantes e dando especial enfoque ao estudo da influência do género na perceção e avaliação do uso dessas tecnologias para suporte à aprendizagem. Para a prossecução dos objetivos propostos e, tendo presente a questão de investigação, desenvolveu-se um estudo nacional de cariz descritivo e exploratório, tendo os dados sido recolhidos e tratados com recurso a métodos quantitativos e, posteriormente, interpretados de forma mais qualitativa. A recolha de dados decorreu entre 27 de outubro de 2010 e 11 fevereiro de 2011, período em que esteve disponível para participação um questionário online dirigido a todos os estudantes do ESPP. Durante este período foram levadas a cabo diversas ações de divulgação que visaram, sobretudo, fomentar uma participação elevada neste estudo, o que se traduziu num total de 2.207 respostas validadas. Apesar das limitações identificadas, considera-se que as conclusões deste estudo são significativas sobre as características da realidade atual sobre o uso de TC por parte dos estudantes do ESPP, no sentido em que existiu uma elevada participação no questionário, a maioria das IESPP estão representadas, bem como se identificam muitas semelhanças entre os participantes e o universo em estudo. Os resultados alcançados permitem, assim, conhecer as TC usadas pelos estudantes e identificar diferenças de género na perceção desse uso, com especial evidência na perceção das atitudes, benefícios e problemas, bem como nas atividades e competências para o uso de TC. Conclui-se, ainda, que os alunos reveem utilidade nas TC que utilizam, exprimem grande concordância em relação aos benefícios e têm uma perceção positiva face aos impactos associados ao uso dessas TC.

Molecular determinants of virus-like nanoparticle assembly in vitro and in animal cell culture

Tese de doutoramento, Ciências Biotecnológicas (Engenharia Bioquímica), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011