Impact d'une mitochondrie exogène sur le protéome du cybride Chrosomus eos

On retrouve dans le complexe Chrosomus eos-neogaeus une forme cybride ayant le génome nucléaire de C. eos et le génome mitochondrial de C. neogaeus. Ce modèle particulier fournit une occasion unique d’étudier l’influence d’une mitochondrie exogène sur le métabolisme et la physiologie d'organismes vivant en milieu naturel, et s'étant donc adaptés à cette situation cellulaire atypique. La mitochondrie jouant un rôle fondamental vital, nous nous attendons à ce que la présence d’une mitochondrie exogène chez la forme cybride ait un impact sur l’expression de son génome et du protéome qui en découle. L’objectif de ce projet est d’étudier les différences au niveau protéomique entre des individus C. eos purs (forme sauvage) et des cybrides provenant d'habitats similaires afin de faire ressortir au maximum les différences dues à la présence de mitochondries C. neogaeus chez la forme cybride. Pour ce faire, nous avons comparé les protéomes des formes cybride et sauvage en utilisant l'électrophorèse en deux dimensions. Un sous-groupe de protéines produisant un signal spécifique révélé par l’analyse comparative a été identifié et analysé par spectrométrie de masse (LC/MS). Les résultats indiquent que la présence de mitochondries C. neogaeus chez le cybride influence fortement la régulation génique chez ce dernier. De plus, les protéines identifiées apportent des pistes intéressantes supportant l'hypothèse que la présence de mitochondries C. neogaeus chez le cybride rendrait ce biotype plus résistant au froid que la forme sauvage.

Étude du contrôle postural quasi-statique et dynamique en position debout des personnes ayant une lésion médullaire incomplète.

L’atteinte sensorimotrice découlant d’une lésion médullaire traumatique affecte la capacité à se tenir debout de façon sécuritaire. Chez les individus ayant une lésion médullaire incomplète, les chutes lors des tâches locomotrices sont fréquentes après la réadaptation, entraînant des blessures qui affectent la participation sociale et la qualité de vie. Une meilleure compréhension du contrôle postural en clinique aiderait à cibler des interventions efficaces à ce niveau. L’objectif général de cette thèse était donc d’étudier le contrôle postural debout lors de tâches variées chez les personnes avec lésion médullaire traumatique en utilisant une approche biomécanique. Les objectifs spécifiques étaient d’étudier divers aspects du contrôle postural en lien avec chacune des tâches et d’identifier les variables prédictives de la stabilité. Vingt-cinq (25) personnes ayant une lésion médullaire traumatique incomplète ont été recrutées. Elles ont été évaluées au laboratoire d’analyse de mouvement lors du maintien de la station debout quasi-statique yeux ouverts et fermés, de l’exécution d’un test des limites de stabilité multidirectionnelles, de la marche naturelle et de l’initiation et l’arrêt de la marche. Des mesures biomécaniques caractérisant le déplacement du centre de pression (COP) ainsi que le modèle du contrôle postural dynamique des forces stabilisantes et déstabilisantes ont été utilisés pour comparer le contrôle postural des patients à celui d’un groupe formé de 33 personnes en santé. Les résultats ont montré une diminution du contrôle postural quasi-statique et dynamique chez les personnes ayant une lésion médullaire comparativement aux personnes en santé. Cette diminution s’accompagnait d’une contribution élevée des informations visuelles à la station debout quasi-statique qui était associée au score du mini BESTest. Le déplacement du COP lors du test des limites de stabilité multidirectionnelle se caractérisait par une difficulté à suivre la direction indiquée. Ce manque de précision causait une augmentation du trajet nécessaire pour atteindre la distance maximale dans chacune des directions. Les résultats au maintien de la station debout quasi-statique et au test des limites de stabilité multidirectionnelle n’étaient pas corrélés. La phase unipodale de la marche des personnes ayant une lésion médullaire différait de celle des personnes en santé par une force stabilisante maximale moindre et une force déstabilisante plus grande alors que l’arrêt de la marche se révélait plus instable que l’initiation de la marche chez les personnes ayant une lésion médullaire. Pour l’ensemble des tâches de marche, la vitesse du COM et la distance entre le COP et la base de support étaient les facteurs explicatifs principaux des forces stabilisantes et déstabilisantes. En somme, les résultats confirment l’impression clinique d’une atteinte générale du contrôle postural debout des personnes ayant une lésion médullaire; ils en précisent les caractéristiques et ciblent les paramètres à considérer dans la rééducation.

À l’intérieur des murs : comprendre la violence en milieu carcéral à partir du point de vue d’hommes incarcérés à l’Unité spéciale de détention

L’étude qui nous concerne vise à mieux comprendre la violence en milieu carcéral. C’est à l’aide d’entrevues menées auprès de treize hommes incarcérés à l’Unité spéciale de détention, une unité canadienne spécifiquement conçue pour loger des personnes qui ont fait usage de violence intra murale ou sont soupçonné de l’avoir fait, que nous avons tenté d’atteindre l’objectif principal de ce projet. Plus spécifiquement, le point de vue des participants a été recueilli sur l’incarcération, sur les moyens utilisés afin de s’accoutumer aux défis de l’enfermement ainsi que la manière dont les individus justifient l’usage de violence dans ce contexte. Les résultats de nos analyses suggèrent que le milieu carcéral est un monde hostile et imprévisible où les individus se perçoivent constamment vulnérables à de multiples formes d’agression. Placés en hyper vigilance et orientés vers la survie, les détenus font usage de diverses stratégies d’adaptation afin de répondre aux situations difficiles qu’ils rencontrent en contexte de perte de liberté. La violence représente donc un des moyens dont disposent les individus pour survivre à l’intérieur des murs. Les diverses formes d’adaptation violente rencontrées en milieu carcéral peuvent ainsi informer sur les enjeux de survie présents dans un milieu et donc, du risque de violence ou de victimisation dans ce milieu, que cette violence soit interpersonnelle, collective, auto dirigée, axée sur la fuite ou contre les biens. Puisque l’usage de violence par une personne engendre une possibilité accrue de choisir la violence pour une autre, et ce, avec les conséquences qui s’en suivent pour les détenus et les membres du personnel, nous avons tenté d’identifier et de comprendre les diverses logiques d’action qui motivent le choix d’avoir recours à la violence dans les institutions carcérales. Or, il appert que certaines caractéristiques des individus tendent à faire augmenter le risque pour une personne d’avoir recours à la violence carcérale. De même, il semble que certaines institutions sont davantage propices à l’usage de violence que d’autres. De surcroît, des éléments appartenant aux individus et au milieu en interrelation semblent favoriser la possibilité qu’un condamné fasse usage de violence intra murale. Ainsi, le recours à la violence est davantage probable si elle est légitimée par les individus et le milieu, si le niveau d’adhésion aux valeurs des sous-cultures délinquantes des individus est élevé et si la philosophie du milieu en favorise le maintien, si des groupes influents en quête de contrôle et de pouvoir sont présents dans le milieu et qu’un individu désire y être affilié, s’il y a présence de marchés illicites comme réponse à la privation et qu’un individu y participe ou encore, si le milieu et l’individu sont pris dans l’engrenage d’un climat de survie. Par conséquent, une réflexion concernant le sentiment de sécurité préoccupant les reclus, sentiment qui est un besoin fondamental chez tous les êtres humains, un retour sur les divers modèles théoriques en fonction des données que nous avons obtenues ainsi qu’une réflexion portant sur les moyens dont disposent les individus et le milieu afin de diminuer les possibilités que la violence soit utilisée, ont été amorcées en conclusion.

Caractérisation structurale et thermodynamique de la reconnaissance du substrat par le ribozyme VS de Neurospora

Les interactions ARN/ARN de type kissing-loop sont des éléments de structure tertiaire qui jouent souvent des rôles clés chez les ARN, tant au niveau fonctionnel que structural. En effet, ce type d’interaction est crucial pour plusieurs processus dépendant des ARN, notamment pour l’initiation de la traduction, la reconnaissance des ARN antisens et la dimérisation de génome rétroviral. Les interactions kissing-loop sont également importantes pour le repliement des ARN, puisqu’elles permettent d’établir des contacts à longue distance entre différents ARN ou encore entre les domaines éloignés d’un même ARN. Ce type d’interaction stabilise aussi les structures complexes des ARN fonctionnels tels que les ARNt, les riborégulateurs et les ribozymes. Comme d’autres ARN fonctionnels, le ribozyme VS de Neurospora contient une interaction kissing-loop importante. Celle-ci est impliquée dans la reconnaissance du substrat et se forme entre la tige-boucle I (stem-loop I, SLI) du substrat et la tige-boucle V (stem-loop V, SLV) du domaine catalytique. Des études biochimiques ont démontré que l’interaction kissing-loop I/V, dépendante du magnésium, implique trois paires de bases Watson-Crick (W-C). De plus, cette interaction est associée à un réarrangement de la structure du substrat, le faisant passer d’une conformation inactive dite unshifted à une conformation active dite shifted. Les travaux présentés dans cette thèse consistent en une caractérisation structurale et thermodynamique de l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme VS, laquelle est formée de fragments d’ARN représentant les tige-boucles I et V dérivées du ribozyme VS (SLI et SLV). Cette caractérisation a été réalisée principalement par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) et par titrage calorimétrique isotherme (isothermal titration calorimetry, ITC) en utilisant différents complexes SLI/SLV dans lesquels l’ARN SLV est commun à tous les complexes, alors que différentes variations de l’ARN SLI ont été utilisées, soit en conformation shiftable ou preshifted. Les données d’ITC ont permis de démontrer qu’en présence d’une concentration saturante de magnésium, l’affinité d’un substrat SLI preshifted pour SLV est extrêmement élevée, rendant cette interaction plus stable que ce qui est prédit pour un duplexe d’ARN équivalent. De plus, l’étude effectuée par ITC montre que des ARN SLI preshifted présentent une meilleure affinité pour SLV que des ARN SLI shiftable, ce qui a permis de calculer le coût énergétique associé au réarrangement de structure du substrat. En plus de confirmer la formation des trois paires de bases W-C prédites à la jonction I/V, les études de RMN ont permis d’obtenir une preuve structurale directe du réarrangement structural des substrats SLI shiftable en présence de magnésium et de l’ARN SLV. La structure RMN d’un complexe SLI/SLV de grande affinité démontre que les boucles terminales de SLI et SLV forment chacune un motif U-turn, ce qui facilite l’appariement W-C intermoléculaire. Plusieurs autres interactions ont été définies à l’interface I/V, notamment des triplets de bases, ainsi que des empilements de bases. Ces interactions contribuent d’ailleurs à la création d’une structure présentant un empilement continu, c’est-à-dire qui se propage du centre de l’interaction jusqu’aux bouts des tiges de SLI et SLV. Ces études de RMN permettent donc de mieux comprendre la stabilité exceptionnelle de l’interaction kissing-loop I/V au niveau structural et mènent à l’élaboration d’un modèle cinétique de l’activation du substrat par le ribozyme VS. En considérant l’ensemble des données d’ITC et de RMN, l’étonnante stabilité de l’interaction I/V s’explique probablement par une combinaison de facteurs, dont les motifs U-turn, la présence d’un nucléotide exclu de la boucle de SLV (U700), la liaison de cations magnésium et l’empilement de bases continu à la jonction I/V.

Écologie politique de l'écotourisme dans les aires protégées des pays du Sud : le cas de Chi Phat dans les Cardamomes au Cambodge

L'écotourisme est souvent perçu comme une panacée capable de concilier le développement économique, la protection de l'environnement et le bien-être des communautés autour des aires protégées des pays en développement. La réalité sur le terrain est cependant tout autre, car son caractère complexe, politique et transcalaire est trop souvent négligé lors de la mise en œuvre des interventions. Le but de ce projet de recherche est de jeter un nouvel éclairage sur le développement de l'écotourisme dans les aires protégées des pays du Sud à travers une analyse critique des pratiques et des discours qui lui sont associés. Adoptant un cadre conceptuel dérivé de l'écologie politique, nous avons cherché à comprendre comment l'écotourisme affecte l'accès aux ressources naturelles pour différents acteurs sociaux. L'approche méthodologique s'appuie sur une étude de cas essentiellement qualitative qui s'attarde à un projet spécifique amorcé à Chi Phat, dans une forêt protégée des Cardamomes, au sud-ouest du Cambodge. Elle fait appel à l'analyse documentaire et discursive, à l'observation participante ainsi qu'à plus de 80 entretiens semi-directifs auprès d'acteurs clés. Nos résultats montrent d'abord qu'en matière d'écotourisme au Cambodge, il y a absence de lignes directrices claires et on observe très peu de collaboration, et ce, à tous les niveaux. Cela n'est pas étranger au fait que le gouvernement actuel accorde en général la priorité au développement devant la conservation. Ensuite, le projet d'écotourisme permet à Wildlife Alliance de justifier le maintien de la forêt protégée. Cette ONG se démarque par ailleurs des autres organisations au pays par son approche plus musclée. Le pouvoir dont elle jouit et les résultats qu'elle obtient sur le terrain tiennent en sa capacité à mobiliser, en temps opportun, l'ensemble des moyens disponibles pour contrôler l'accès. Globalement, nous pouvons affirmer que les principaux acteurs qui voient leur accès aux ressources naturelles touché négativement sont les paysans. Finalement, nous proposons deux ajouts au cadre conceptuel, soit la considération de l'aspect géographique de l'exclusion et l'introduction de modalités d'exclusion, qui permettent à notre avis une analyse plus juste de la situation.

Détection moléculaire des métastases des ganglions lymphatique dans le cancer du col de l'utérus

Le Cancer du Col Utérin (CCU) chez la femme est provoqué par le virus oncogénique VPH. La métastase lymphatique ganglionnaire est un facteur pronostique majeur pour l’évolution de ce cancer et sa présence influence la décision thérapeutique. En général, l’envahissement ganglionnaire est diagnostiqué par histologie, mais cette méthode est laborieuse et parfois prise en défaut pour détecter les micrométastases et les cellules cancéreuses isolées et pour donner des résultats rapides en per opératoire. L’outil moléculaire que nous désirons développer pour combler cette lacune est basé sur une analyse d’ARN des gènes du VPH exprimés par les cellules du CCU. Ceci sera fait par transcription réverse de l’ARN cellulaire couplé à une réaction quantitative en chaine par polymérase en temps réel (RT-qPCR). Cette technique devrait nous permettre une détection et une évaluation rapide des micrométastases pour aider à déterminer immédiatement un pronostic fiable et la thérapie associée. C’est un test précis, sensible et rapide pour détecter un envahissement ganglionnaire dans le CCU visant à améliorer la gestion thérapeutique. Le projet est basé sur trois objectifs. En premier lieu, valider les marqueurs moléculaires E6 et E7 de VPH16 et 18 à partir des échantillons frais et des échantillons fixés dans des blocs de paraffine. En deuxième lieu, déterminer la fiabilité et la sensibilité des marqueurs pour la détection des macrométastases, des micrométastases et les cellules tumorales isolées en utilisant la technique de RT-qPCR. En troisième lieu et parallèlement au travail présenté dans ce mémoire, il est nécessaire de constituer une base de données des patientes qui ont le virus VPH16 et 18 intégré dans leur génome, qui ont été traitées et dont nous connaissons déjà le diagnostic final afin de valider la méthode (biobanque). Nous avons réussi à extraire de l’ARNm de haute qualité à partir d’échantillons complexes, à détecter les gènes E6 et E7 de VPH16 et 18 en RT-qPCR, et à déterminer précisément la limite de détection de E6 et E7 dans les échantillons frais qui est une proportion de 0,008% de cellules cancéreuses. Dans les échantillons fixés dans la paraffine, cette limite est de 0,02% et 0,05% pour E6-E7-VPH16 et E6-E7-VPH18 respectivement. Ceci comparativement à une limite de détection histologique de 1% qui est déterminée par immunohistochimie de CK19. Enfin, notre protocole est validé pour VPH18 dans les ganglions lymphatiques du CCU.

La réforme du Conseil de sécurité des Nations Unies

L’adoption de la Charte des Nations unies à San Francisco le 26 juin 1945 et son entrée en vigueur le 24 octobre de la même année a matérialisé la volonté des Vainqueurs d'éviter une troisième catastrophe à l'humanité. Cet accord a eu la bénédiction des super puissances et scellé la naissance d'une Organisation à vocation universelle qu'est l'ONU, susceptible de faire asseoir des instruments nécessaires pour pallier aux manquements de la défunte SDN. Aussi, cette naissance est perçue comme le parachèvement de l'évolution du droit international, ayant édifié, non seulement une structure plus solide, mais aussi capable d'encadrer l'usage de la force par les États. Par ailleurs, cet encadrement est confié au Conseil de sécurité, son organe le plus puissant dans la mesure où il est le seul compétent pour constater la violation par un État de ses obligations en matière de respect de la paix et de la sécurité internationales. Cependant, les critiques sont de plus en plus nombreuses à son égard. En effet, dans son ossature actuelle, il paraît obsolète, car n'est pas en phase avec les réalités géopolitiques et économiques du moment. Depuis plusieurs décennies, des propositions de réforme ont été suggérées sans pourtant parvenir à un consensus au niveau des États membres, plus spécifiquement des membres permanents du Conseil. Ce mémoire vise premièrement à effectuer une analyse des différentes propositions puis deuxièmement à présenter une formule de « sortie de crise ». Des deux types de propositions que nous avons identifiés (Groupes de travail vs Groupes d'États), à l'exception de l'équipe « Unis pour le consensus », préconisent à l'unanimité la modification de la catégorie des membres permanents. Notre analyse révèle que les principaux privilèges, à savoir le droit de véto et la permanence au Conseil de sécurité constituent les points d'achoppement de la réforme dans la mesure où leur modification reviendrait à amoindrir les prérogatives du club des cinq. À cet effet, nous courons le risque de nous engager dans une solution utopique. Pour notre part, nous avons souhaité la solution de la « régionalisation de la sécurité », c'est-à-dire, confier les opérations de maintien de la paix et de la sécurité de chacune des régions du monde à son organisation correspondante. Pour y parvenir, il est primordial de renforcer les pouvoirs desdites organisations, afin d'avoir toute l'autonomie nécessaire dans les prises de décisions dans la prévention et la gestion de ces différents conflits régionaux.

Analyse foucaldienne du dispositif policier à l'ère des manifestations altermondialistes et assembléistes

Cette thèse poursuit la réflexion de Foucault sur les « sociétés de sécurité » en abordant le thème de l’inflexion des (in)conduites des « sujets interstitiels » : les individus qui s’inscrivent en marge du pouvoir politique et qui par leurs revendications et leurs présences suscitent des inquiétudes, provoquent des dérangements. Plus précisément, elle interroge l’histoire de la police et les stratégies de gestion des manifestations pour dégager les facteurs menant, dans la foulée des grandes mobilisations altermondialistes, à l’adoption de l’incapacitation stratégique. Sur le plan méthodologique et théorique, elle convoque les réflexions de Foucault sur la police, la loi et la communication pour élaborer un cadre à partir duquel les travaux des sociologues des manifestations et des historiens de la police, portant sur l’évolution du contrôle des foules, seront interrogés dans l’objectif de dégager les tendances « lourdes » et la rationalité policière (et étatique) marquant le maintien de l’ordre contemporain. De même, elle examine des lois encadrant les manifestations pour mettre en lumière que celles-ci sont le fruit de tactiques permettant d’accroître la puissance d’action de leurs « convocateurs ». En parallèle à cette réflexion sur les caractéristiques de la ratio sécuritaire actuelle et sur les tactiques de contrôle, cette thèse identifie les principaux objets utilisés pour circonscrire les pratiques manifestantes afin d’en dégager leurs « fonctions », mais aussi, de relever les indices permettant de schématiser les relations constitutives du dispositif policier. Ainsi, en plus de réaliser une « analytique du présent », cette thèse explicite un diagramme de pouvoir.

Localisation régionale et subcellulaire du récepteur EphA7 dans l'hippocampe et le cervelet du rat adulte

EphA7 est un membre de la famille des récepteurs à tyrosine kinase, Eph, qui assume plusieurs rôles durant le développement du système nerveux central. Par ailleurs, il continue d’être fortement exprimé dans le cerveau adulte, notamment dans les régions reconnues pour leur grande plasticité synaptique, telles que l’hippocampe et le cervelet. Par hybridation in situ, nous avons cartographié la distribution de l’ARNm d’EphA7 dans le cerveau de rats et souris adultes. Les couches pyramidales du CA1 et CA3 et granulaire du gyrus dentelé de la formation de l’hippocampe ont montré le plus fort marquage. Un niveau d’ARNm d’EphA7 plus modéré a été observé dans l’habenula, le striatum, l’amygdale, le cervelet et le cortex cingulaire, piriforme et entorhinal. Quant à la protéine détectée par immunohistochimie, elle était fortement exprimée dans le neuropile de l’hippocampe et la couche des cellules de Purkinje du cervelet. En microscopie électronique, dans toutes les couches de l’hippocampe et du cervelet examinées, des épines dendritiques, des dendrites, des axones non-myélinisés, des terminaisons axonales et quelquefois des prolongements astrocytaires constituaient les éléments immunopositifs. Comme on pouvait déjà le voir en microscopie photonique, les corps cellulaires des cellules pyramidales et granulaires de l’hippocampe ainsi que des cellules de Purkinje du cervelet montraient aussi du marquage, surtout intracellulaire. L’analyse quantitative a révélé la localisation préférentielle d’EphA7 dans des dendrites et épines dendritiques. La majorité des épines marquées formaient des synapses asymétriques (excitatrices) avec des terminaisons axonales non marquées. La double localisation préférentielle d’EphA7 dans les dendrites ainsi que les densités post-synaptiques des épines dendritiques est compatible avec l’hypothèse d’un rôle d’EphA7 dans le maintien ou la fonction de certaines synapses du SNC adulte.

Une étude multicas des pratiques de soutien des enseignants du primaire auprès d’élèves immigrants

Cette recherche a pour but d’étudier les pratiques enseignantes de soutien auprès des élèves immigrants récemment arrivés au Québec, ne maîtrisant pas le français et intégrés dans des classes ordinaires au primaire. Pour ce faire, nous avons mené une recherche de type qualitatif avec deux enseignantes et leurs trois élèves immigrantes. Afin de documenter les pratiques de soutien en contexte réel de la classe, comprendre les raisons des enseignantes à l’égard du soutien et le point de vue des élèves, nous avons procédé à des observations de classe et à des entrevues individuelles générales et spécifiques avec les participantes, en plus de consulter certaines productions écrites des élèves immigrantes participantes. La présentation des données prend la forme d’une étude multicas décrivant les pratiques de soutien mises en place par chacune des deux enseignantes à partir de 22 séquences de soutien qui ont été décrites en tenant compte du contexte de chaque classe, puis analysées à la lumière de deux cadres théoriques complémentaires, le cadre d’analyse du travail enseignant et l’approche sociohistorico-culturelle. Les résultats de cette recherche mettent en exergue le sens de la pratique enseignante de soutien qui se coconstruit dans les interactions entre l’enseignante et l’élève, selon leurs apports mutuels, et selon les facteurs de la classe. L’analyse des raisons des enseignantes à l’égard du soutien montre que devant les difficultés des élèves immigrantes anticipées, constatées ou signalées, les enseignantes prennent des décisions pour prendre ces difficultés en considération, les traiter et mettre en place des pratiques de soutien. Les décisions des enseignantes découlent d’un processus de négociation interne entre la prise en compte des difficultés, notamment imprévues, et le maintien de leurs tâches prescrites, tout en considérant les facteurs contextuels de la classe. Le processus de négociation se poursuit et se déplace ensuite entre l’enseignante et l’élève, lesquelles construisent le sens de soutien à travers leurs interactions. Les concepts empruntés de l’approche sociohistorico-culturelle nous permettent de comprendre la relation dialectique entre l’élève et l’enseignante lors des interactions. Les deux s’ajustent l’une par rapport à l’autre dans le but d’arriver à un consensus sur le sens de la difficulté. De ce fait, la pratique enseignante de soutien est construite suite aux négociations entre l’élève et l’enseignante, mais aussi suite à la négociation interne de l’enseignante, et ce, dépendamment des facteurs du contexte. Notre recherche a contribué à apporter cette clarification sur la manière d’appréhender les pratiques enseignantes de soutien en contexte de classe ordinaire.

Caractérisation biochimique du complexe Smc5-6

Les membres de la famille SMC (Structural Maintenance of Chromosomes), présents dans tous les domaines de la vie, sont impliqués dans des processus allant de la cohésion des chromatides-sœurs jusqu’à la réparation de l’ADN. Chacun des membres de cette famille, composée de 6 membres (Smc1 à Smc6), s’associe avec un autre membre ainsi qu’à des sous-unités non-SMC pour former 3 complexes : cohésine, condensine et Smc5-6. L’implication du complexe Smc5-6 dans plusieurs aspects du maintien de l’intégrité génomique est bien démontrée. Néanmoins, une question fondamentale concernant ce complexe demeure encore sans réponse: comment peut-il être impliqué dans autant d’aspects de la vie d’une cellule? Encore à ce jour, il est difficile de répondre à cette question en raison du manque d’information disponible au sujet des activités biochimiques de ce complexe. C’est pourquoi l’objectif de ce travail consiste en la caractérisation biochimique du complexe Smc5-6. La biochimie de cohésine et condensine suggère diverses possibilités en ce qui a trait aux activités biochimiques du complexe Smc5-6. La première étape de mon projet fut donc d’élaborer une procédure pour la purification de Smc5 et Smc6 après surexpression en levure. Après plusieurs expériences, il apparut clair que les deux protéines possèdent une activité de liaison à l’ADN simple brin (ADNsb) ainsi qu’à l’ADN double brins (ADNdb) et que, même si les protéines peuvent se lier aux deux types d’ADN, elles possèdent une plus grande affinité pour l’ADNsb. De plus, ces expériences permirent de démontrer que l’interaction entre Smc5 ou Smc6 et l’ADNsb est très stable, alors que l’interaction avec l’ADNdb ne l’est pas. Suite à l’obtention de ces résultats, la seconde étape fut la détermination de la ou des partie(s) de Smc5 et Smc6 permettant la liaison à l’ADN. Pour répondre à cette question, une dissection moléculaire fut réalisée, suivi d’une caractérisation des différents domaines constituants Smc5 et Smc6. De cette façon, il fut possible de démontrer qu’il existe deux sites de liaison à l’ADN sur Smc5 et Smc6 ; le premier site se trouvant dans le domaine «hinge» ainsi que dans la région adjacente du domaine «coiled-coil» et le second au niveau de la tête ATPase des deux protéines. Bien que les deux domaines puissent lier l’ADNsb, il fut démontré qu’une différence majeure existe au niveau de leur affinité pour ce type d’ADN. En effet, le domaine «hinge» possède une affinité plus forte pour l’ADNsb que la tête ATPase. De plus, cette dernière est incapable de lier l’ADNdb alors que le domaine «hinge» le peut. L’identification des sites de liaison à l’ADN sur Smc5 et Smc6 permettra de créer de nouveaux mutants possédant un défaut dans la liaison à l’ADN. Ainsi, l’étude du complexe Smc5-6 durant la réparation de l’ADN in vivo sera facilité.

Étude de tour béta actif dans les modulateurs allostériques du récepteur de la prostaglandine F2alpha

La naissance avant terme constitue un important problème de santé périnatale partout dans le monde. Chaque année près de 15 millions de bébés naissent prématurément. Notre laboratoire s’intéresse depuis une décennie à la conception et le développement de nouvelles classes thérapeutiques (appelés agents tocolytiques) capables d’inhiber les contractions utérines et prolonger le temps de gestation. Due à son implication directe dans le déclanchement des contractions utérines, la prostaglandine F2α (FP) est devenue notre cible de choix. Le PDC 113.824 et aza-glycinyl-proline sont apparus comme des inhibiteurs allostériques puissants du récepteur de la prostaglandine F2α, capables de prolonger la durée de gestation chez les souris. Le travail réalisé au cours de ce mémoire a pour objectif d’étudier le tour β nécessaire pour la reconnaissance sur le récepteur de la prostaglandine F2α. Dans la conception de mime peptidique sélectif efficace et puissant, le repliement β est un élément structural essentiel pour le maintien ou l’amélioration de l’activité du mime peptidique. Les études conformationelles du PDC113.824 et l’aza-glycinyl-proline montrent que les squelettes centraux de ces mimes peptidiques pourraient adopter essentiellement un tour β de type I ou II`, ce qui suggère l’implication des deux types de tours dans l’activité biologique. La synthèse de mimes peptidiques adoptant le tour β de type I et II` est devenue une stratégie logique dans la recherche de nouveaux agents tocolytiques. Au cours de ces études quatre analogues du PDC113.824 ont été synthétisés, un azabicyclo[5.3.0]alkanone et un dipeptide macrocyclique (mimes du tours β de type I) pour étudier l’implication du tour β type I. Par la suite la synthèse de glycinyl-proline et le D-alaninyl-proline (des mimes du tour β du type II`) a été réalisée afin de valider l’implication du tour β type II` dans la reconnaissance sur le récepteur. Nous avons utilisé une stratégie de synthèse efficace pour obtenir les deux analogues (azabicyclo [5.3.0]alkanone et dipeptides macrocycles) à partir d’un intermédiaire commun, en procédant par une cyclisation transannulaire diastéréosélective du tétra-peptide.

Impact d'un traumatisme crânio-cérébral léger sur l’architecture du sommeil et le transcriptome dans un modèle murin

Le traumatisme crânien léger (TCL) est l'un des troubles neurologiques les plus courants affectant la santé publique. Aussi, les troubles du sommeil sont fréquents chez les patients atteints de TCL. Les études chez les rongeurs montrent que certains marqueurs de plasticité synaptique diminuent après le TCL, ce qui pourrait nuire à la plasticité du cerveau. Nous suggérons que la perte de sommeil intensifie l'effet négatif de TCL, qui peut refléter les changements des marqueurs de plasticité synaptique ou des changements des voies physiologiques qui régulent le sommeil. En utilisant un modèle de traumatisme crânien sur crâne fermé (closed head injury), nous avons étudié la relation bidirectionnelle entre le TCL et le sommeil en évaluant les effets de TCL sur l’activité électrique du cerveau par électroencéphalographie (EEG), et ceux de la privation de sommeil (PS) sur l'expression génique post-TCL. Premièrement, l'activité EEG a été enregistrée pour voir si l'architecture du sommeil est altérée suite au TCL. Nous avons ensuite voulu tester si la PS suite TCL induit des changements dans l'expression des gènes : Arc, Homer1a, Hif1a, Bdnf, Fos et éphrines, qui ont été liés à la plasticité synaptique et à la régulation du sommeil. Nous avons également étudié l'effet de la PS post-TCL sur le génome complet dans les régions cibles (cortex et l'hippocampe). Les principaux résultats obtenus dans cette étude confirment que TCL modifie de manière significative l'activité spectrale pendant l'éveil, le sommeil Rapid Eye Movement (REM) et le sommeil non-REM dans le deuxième 24 heures post-TCL. Fait intéressant, la capacité de maintenir de longues périodes d'éveil a été altérée immédiatement après TCL (première 24h post-TCL). La dynamique de l'activité delta pendant l'éveil a été modifié par le TCL. Parallèlement à ces modifications, des changements dans l'expression des gènes ont été observés dans le cortex et l'hippocampe. Seulement Arc et EfnA3 ont montré une interaction TCL / PS et ce dans l’hippocampe, tandis que l'expression de tous les autres gènes semblait être affectée par la PS ou TCL indépendamment. Nos résultats montrent pour la première fois que le TCL induit l'expression de deux chimiokines (Ccl3 et Cxcl5) à la fois dans le cortex cérébral et l'hippocampe 2,5 jours post-TCL. Également, nous avons observé que le TCL induit une diminution de l'expression de Lgals3 et S100A8 dans le cortex, et une augmentation d’Olig2 dans l'hippocampe. Les résultats concernant les effets de la PS sur le génome complet du cortex et de l'hippocampe montrent des changements significatifs dans les gènes impliqués dans diverses fonctions physiologiques, telles que les rythmes circadiens, la réponse inflammatoire, ainsi que de l'activation des cellules gliales. En général, nos résultats précisent les changements dans la qualité de l’éveil ainsi que dans l'expression de divers gènes après TCL.

Étude des interactions interhémisphériques entre les représentations des muscles de l'épaule et du tronc dans le cortex moteur primaire.

Après un accident vasculaire cérébral (AVC), 30% des personnes ont une atteinte de la fonction motrice du membre supérieur. Un des mécanismes pouvant intervenir dans la récupération motrice après un AVC est la réorganisation des interactions interhémisphériques. À ce jour, la plupart des études se sont intéressées aux interactions entre les représentations des muscles de la main. Or la réalisation de mouvements de la main nécessite une coordination précise des muscles proximaux de l’épaule et le maintien d’une stabilité assurée par les muscles du tronc. Cependant, il existe peu d’informations sur le contrôle interhémisphérique de ces muscles. Ainsi, l’objectif de cette étude était de caractériser les interactions entre les représentations corticales des muscles proximaux (Deltoïde antérieur (DA)), et axiaux (Erecteur spinal (ES L1)) chez le sujet sain et de les comparer avec les interactions interhémisphériques entre les représentations des muscles distaux (1er interosseux dorsal (FDI)). Deux techniques de stimulation magnétique transcrânienne ont été utilisées pour évaluer ces interactions. La stimulation du cortex moteur ipsilatéral évoque une période de silence ipsilatérale (iSP)-reflétant l’inhibition interhémiphérique-dans le FDI et le DA. Dans ES L1, l’iSP est précédée d’une facilitation. Le paradigme de l’impulsion pairée démontre aussi la présence d’inhibition interhémisphérique dans les trois muscles. Ces résultats suggèrent un patron distinct d’interactions réciproques entre les représentations des muscles distaux, proximaux et axiaux qui peut être expliqué à la fois par des changements d’excitabilité au niveau cortical et sous-cortical. Ces résultats pourraient servir de bases normatives afin d’évaluer les changements survenant suite à un AVC.

Étude de la régulation de l'activité du ligand Delta dans le cadre de la signalisation Notch

La voie de signalisation Notch est conservée au cours de l'évolution. Elle joue un rôle clé dans le développement, et elle est impliquée dans de nombreuses décisions de destin cellulaire, dans le maintien des cellules souches, et dans le contrôle de la prolifération et de la différenciation cellulaires. Une dérégulation de la signalisation Notch est impliquée dans diverses maladies et cancers, y compris les tumeurs solides, comme les cancers du sein et du col de l'utérus, et les leucémies, comme la Leucémie Aiguë Lymphoblastique des cellules T (LAL-T). Notch est un récepteur transmembranaire activé par des ligands transmembranaires de la famille DSL (Delta/Serrate/Lag-2). Bien que plusieurs mutations oncogéniques ont été identifiées au niveau du récepteur Notch, de nombreux cancers modulés par Notch demeurent ligand-dépendants. Étonnamment, les mécanismes moléculaires régulant l'activation du ligand sont encore relativement peu caractérisés par rapport à ceux qui régissent le récepteur Notch lui-même. Utilisant un essai de co-culture avec un rapporteur luciférase de Notch, nous avons effectué le premier crible d'ARNi pan-génomique visant spécifiquement à identifier des régulateurs des ligands de Notch dans la cellule émettrice du signal. Nous avons ainsi pu découvrir de nouvelles classes de régulateurs communs pour les ligands Delta-like1 et 4. Ces régulateurs comprennent des inhibiteurs de protéases, des facteurs de transcription, et des gènes divers à fonction inconnue, tels que Tmem128 « Transmembrane protein 128 », ou à fonction préalablement caractérisée tels que la co-chaperonne moléculaire Cdc37 « Cell division cycle 37 homolog ». Par la suite, nous avons développé des cribles secondaires fonctionnels où nous avons démontré l'importance de ces régulateurs pour des événements Notch-dépendants, comme la différenciation des cellules T normales, et la survie des cellules souches pré-leucémiques isolées à partir d'un modèle murin de LAL-T. En outre, nous avons prouvé que les régulateurs les plus forts du crible de survie sont également nécessaires pour l'activité d'auto-renouvellement des cellules souches pré-leucémiques. Finalement, nous avons entamé une caractérisation moléculaire préliminaire de deux régulateurs nouvellement identifiés; Tmem128 et Cdc37 afin d'étudier leur mécanisme d'action sur les ligands. En conclusion, cette étude nous a permis d'identifier de nouveaux régulateurs de la voie Notch qui pourraient servir de cibles thérapeutiques potentielles dans les cancers; tel qu'illustré par le modèle LAL-T. La compréhension des détails moléculaires sous-jacents aux fonctions de ces régulateurs sera essentielle afin de développer des inhibiteurs pharmacologiques pour bloquer leur action et entraver la signalisation Notch dans le cancer.