PCR in the First Oropharynx Aspirate of the Newborn: A Possible Source for Identification of Congenital Infection Agents

We present a case of prenatal diagnosis of congenital rubella. After birth, in addition to traditional serologic and clinical examinations to confirm the infection, we could identify the virus in the "first fluid aspirated from the oropharynx of the newborn", using polimerase chain reaction (PCR). We propose that this first oropharynx fluid (collected routinely immediately after birth) could be used as a source for identification of various congenital infection agents, which may not always be easily identified by current methods

Cochineal, a precious source of red: cochineal dyes characterization by high performance liquid chromatography with diode array detection and principal component analysis

Presented at Faculdade de Ciências e Tecnologias, Universidade de Lisboa, to obtain the Master Degree in Conservation and Restoration of Textiles

FATAL GROUP A STREPTOCOCCAL TOXIC SHOCK-LIKE SYNDROME IN A CHILD WITH VARICELLA: REPORT OF THE FIRST WELL DOCUMENTED CASE WITH DETECTION OF THE GENETIC SEQUENCES THAT CODE FOR EXOTOXINS SPE A AND B, IN SÃO PAULO, BRAZIL

A previously healthy seven-year-old boy was admitted to the intensive care unit because of toxaemia associated with varicella. He rapidly developed shock and multisystem organ failure associated with the appearance of a deep-seated soft tissue infection and, despite aggressive treatment, died on hospital day 4. An M-non-typable, spe A and spe B positive Group A Streptococcus was cultured from a deep soft tissue aspirate. The criteria for defining Streptococcal toxic shock-like syndrome were fulfilled. The authors discuss the clinical and pathophysiological aspects of this disease as well as some unusual clinical findings related to this case.

Modelação numérica de uma caldeira doméstica a pellets

A biomassa é uma das fontes de energia renovável com maior potencial em Portugal, sendo a capacidade de produção de pellets de biomassa atualmente instalada superior a 1 milhão de toneladas/ano. Contudo, a maioria desta produção destina-se à exportação ou à utilização em centrais térmicas a biomassa, cujo crescimento tem sido significativo nos últimos anos, prevendo-se que a capacidade instalada em 2020 seja de aproximadamente 250 MW. O mercado português de caldeiras a pellets é bastante diversificado. O estudo que realizamos permitiu concluir que cerca de 90% das caldeiras existentes no mercado português têm potências inferiores a 60 kW, possuindo na sua maioria grelha fixa (81%), com sistema de ignição eléctrica (92%) e alimentação superior do biocombustível sólido (94%). O objetivo do presente trabalho foi o desenvolvimento de um modelo para simulação de uma caldeira a pellets de biomassa, que para além de permitir otimizar o projeto e operação deste tipo de equipamento, permitisse avaliar as inovações tecnológicas nesta área. Para tal recorreu-se o BiomassGasificationFoam, um código recentemente publicado, e escrito para utilização com o OpenFOAM, uma ferramenta computacional de acesso livre, que permite a simulação dos processos de pirólise, gasificação e combustão de biomassa. Este código, que foi inicialmente desenvolvido para descrever o processo de gasificação na análise termogravimétrica de biomassa, foi por nós adaptado para considerar as reações de combustão em fase gasosa dos gases libertados durante a pirólise da biomassa (recorrendo para tal ao solver reactingFoam), e ter a possibilidade de realizar a ignição da biomassa, o que foi conseguido através de uma adaptação do código de ignição do XiFoam. O esquema de ignição da biomassa não se revelou adequado, pois verificou-se que a combustão parava sempre que a ignição era inativada, independentemente do tempo que ela estivesse ativa. Como alternativa, usaram-se outros dois esquemas para a combustão da biomassa: uma corrente de ar quente, e uma resistência de aquecimento. Ambos os esquemas funcionaram, mas nunca foi possível fazer com que a combustão fosse autossustentável. A análise dos resultados obtidos permitiu concluir que a extensão das reações de pirólise e de gasificação, que são ambas endotérmicas, é muito pequena, pelo que a quantidade de gases libertados é igualmente muito pequena, não sendo suficiente para libertar a energia necessária à combustão completa da biomassa de uma maneira sustentável. Para tentar ultrapassar esta dificuldade foram testadas várias alternativas, , que incluíram o uso de diferentes composições de biomassa, diferentes cinéticas, calores de reação, parâmetros de transferência de calor, velocidades do ar de alimentação, esquemas de resolução numérica do sistema de equações diferenciais, e diferentes parâmetros dos esquemas de resolução utilizados. Todas estas tentativas se revelaram infrutíferas. Este estudo permitiu concluir que o solver BiomassGasificationFoam, que foi desenvolvido para descrever o processo de gasificação de biomassa em meio inerte, e em que a biomassa é aquecida através de calor fornecido pelas paredes do reator, aparentemente não é adequado à descrição do processo de combustão da biomassa, em que a combustão deve ser autossustentável, e em que as reações de combustão em fase gasosa são importantes. Assim, é necessário um estudo mais aprofundado que permita adaptar este código à simulação do processo de combustão de sólidos porosos em leito fixo.

Isolation of Fonsecaea pedrosoi from thorns of Mimosa pudica, a probable natural source of chromoblastomycosis

We report the isolation of Fonsecaea pedrosoi from thorns of the plant Mimosa pudica L. at the place of infection identified by one of our patients. Clinical diagnosis of chromoblastomycosis was established by direct microscopic examination and cultures from the patient's lesion. The same species was isolated from the patient and from the plant. Scanning electron microscopy of the surface of the thorns showed the characteristic conidial arrangement of F. pedrosoi. These data indicate that M. pudica could be a natural source of infection for the fungus F. pedrosoi.

Punçoamento em lajes fungiformes pré-esforçadas no model code 2010

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Civil - Perfil Estruturas

mRPL: Boosting mobility in the Internet of Things

The 6loWPAN (the light version of IPv6) and RPL (routing protocol for low-power and lossy links) protocols have become de facto standards for the Internet of Things (IoT). In this paper, we show that the two native algorithms that handle changes in network topology – the Trickle and Neighbor Discovery algorithms – behave in a reactive fashion and thus are not prepared for the dynamics inherent to nodes mobility. Many emerging and upcoming IoT application scenarios are expected to impose real-time and reliable mobile data collection, which are not compatible with the long message latency, high packet loss and high overhead exhibited by the native RPL/6loWPAN protocols. To solve this problem, we integrate a proactive hand-off mechanism (dubbed smart-HOP) within RPL, which is very simple, effective and backward compatible with the standard protocol. We show that this add-on halves the packet loss and reduces the hand-off delay dramatically to one tenth of a second, upon nodes’ mobility, with a sub-percent overhead. The smart-HOP algorithm has been implemented and integrated in the Contiki 6LoWPAN/RPL stack (source-code available on-line mrpl: smart-hop within rpl, 2014) and validated through extensive simulation and experimentation.

Eruca sativa: Benefits as antioxidants source versus risks of already banned pesticides

Eruca sativa (rocket salad) has been intensely consumed all over the world, insomuch as, this work was undertaken to evaluate the antioxidant status and the environmental contamination (positive and negative nutritional contribution) of leaves and stems from this vegetable. Antioxidant capacity of rocket salad was assessed by mean of optical methods, such as the total phenolic content (TPC), reducing power assay and DPPH radical scavenging activity. The extent of the environmental contamination was reached through the quantification of thirteen organochlorine pesticides (OCP) by using gas chromatography coupled with electron-capture detector (GC-ECD) and compound confirmations employing gas chromatography tandem mass-spectrometry (GC-MS/MS). The OCP residues were extracted by using Quick, Easy, Cheap, Effective, Rugged and Safe (QuEChERS) methodology.The extent of the environmental contamination was reached through the quantification of thirteen OCP by using gas chromatography coupled with electron-capture detector (GC-ECD) and compound confirmations employing GC-MS/MS. The OCP residues were extracted by using Quick, Easy, Cheap, Effective, Rugged and Safe (QuEChERS) methodology. This demonstrated that leaves presented more antioxidant activity than stems, emphasizing that leaves contained six times more polyphenolic compounds than stems. In what concerns the OCP occurrence, the average recoveries obtained at the three levels tested (40, 60 and 80 µg kg−1) ranged from 55% to 149% with a relative standard deviation of 11%, (except hexachrorobenzene). Three vegetables samples were collected from supermarkets and analysed following this study. According to data, only one sample achieved 16.21 of β-hexachlorocyclohexane, confirmed by GC-MS/MS. About OCP quantification, the data indicated that only one sample achieved 16.21 µg kg−1 of β-hexachlorocyclohexane, confirmed by GC-MS/MS, being the QuEChERS a good choice for the of OCPs extraction. Furthermore, the leaves consumption guaranty higher levels of antioxidants than stems.

SHõWA: A Self-healing Framework for Web-based Applications

The complexity of systems is considered an obstacle to the progress of the IT industry. Autonomic computing is presented as the alternative to cope with the growing complexity. It is a holistic approach, in which the systems are able to configure, heal, optimize, and protect by themselves. Web-based applications are an example of systems where the complexity is high. The number of components, their interoperability, and workload variations are factors that may lead to performance failures or unavailability scenarios. The occurrence of these scenarios affects the revenue and reputation of businesses that rely on these types of applications. In this article, we present a self-healing framework for Web-based applications (SHõWA). SHõWA is composed by several modules, which monitor the application, analyze the data to detect and pinpoint anomalies, and execute recovery actions autonomously. The monitoring is done by a small aspect-oriented programming agent. This agent does not require changes to the application source code and includes adaptive and selective algorithms to regulate the level of monitoring. The anomalies are detected and pinpointed by means of statistical correlation. The data analysis detects changes in the server response time and analyzes if those changes are correlated with the workload or are due to a performance anomaly. In the presence of per- formance anomalies, the data analysis pinpoints the anomaly. Upon the pinpointing of anomalies, SHõWA executes a recovery procedure. We also present a study about the detection and localization of anomalies, the accuracy of the data analysis, and the performance impact induced by SHõWA. Two benchmarking applications, exercised through dynamic workloads, and different types of anomaly were considered in the study. The results reveal that (1) the capacity of SHõWA to detect and pinpoint anomalies while the number of end users affected is low; (2) SHõWA was able to detect anomalies without raising any false alarm; and (3) SHõWA does not induce a significant performance overhead (throughput was affected in less than 1%, and the response time delay was no more than 2 milliseconds).

A framework for scientific computing with GPUs

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

gvSIG An Open Source GIS solution for the Android Platform

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

An Open Source BI Approach: Concept Proof Tracking Fleet

É possível assistir nos dias de hoje, a um processo tecnológico evolutivo acentuado por toda a parte do globo. No caso das empresas, quer as pequenas, médias ou de grandes dimensões, estão cada vez mais dependentes dos sistemas informatizados para realizar os seus processos de negócio, e consequentemente à geração de informação referente aos negócios e onde, muitas das vezes, os dados não têm qualquer relacionamento entre si. A maioria dos sistemas convencionais informáticos não são projetados para gerir e armazenar informações estratégicas, impossibilitando assim que esta sirva de apoio como recurso estratégico. Portanto, as decisões são tomadas com base na experiência dos administradores, quando poderiam serem baseadas em factos históricos armazenados pelos diversos sistemas. Genericamente, as organizações possuem muitos dados, mas na maioria dos casos extraem pouca informação, o que é um problema em termos de mercados competitivos. Como as organizações procuram evoluir e superar a concorrência nas tomadas de decisão, surge neste contexto o termo Business Intelligence(BI). A GisGeo Information Systems é uma empresa que desenvolve software baseado em SIG (sistemas de informação geográfica) recorrendo a uma filosofia de ferramentas open-source. O seu principal produto baseia-se na localização geográfica dos vários tipos de viaturas, na recolha de dados, e consequentemente a sua análise (quilómetros percorridos, duração de uma viagem entre dois pontos definidos, consumo de combustível, etc.). Neste âmbito surge o tema deste projeto que tem objetivo de dar uma perspetiva diferente aos dados existentes, cruzando os conceitos BI com o sistema implementado na empresa de acordo com a sua filosofia. Neste projeto são abordados alguns dos conceitos mais importantes adjacentes a BI como, por exemplo, modelo dimensional, data Warehouse, o processo ETL e OLAP, seguindo a metodologia de Ralph Kimball. São também estudadas algumas das principais ferramentas open-source existentes no mercado, assim como quais as suas vantagens/desvantagens relativamente entre elas. Em conclusão, é então apresentada a solução desenvolvida de acordo com os critérios enumerados pela empresa como prova de conceito da aplicabilidade da área Business Intelligence ao ramo de Sistemas de informação Geográfica (SIG), recorrendo a uma ferramenta open-source que suporte visualização dos dados através de dashboards.

Estudo e Avaliação de Plataformas de Business Intelligence em contexto empresarial

O crescente interesse pela área de Business Intelligence (BI) tem origem no reconhecimento da sua importância pelas organizações, como poderoso aliado dos processos de tomada de decisão. O BI é um conceito dinâmico, que se amplia à medida que são integradas novas ferramentas, em resposta a necessidades emergentes dos mercados. O BI não constitui, ainda, uma realidade nas pequenas e médias empresas, sendo, até, desconhecido para muitas. São, essencialmente, as empresas de maior dimensão, com presença em diferentes mercados e/ou áreas de negócio mais abrangentes, que recorrem a estas soluções. A implementação de ferramentas BI nas organizações depende, pois, das especificidades destas, sendo fundamental que a informação sobre as plataformas disponíveis e suas funcionalidades seja objetiva e inequívoca. Só uma escolha correta, que responda às necessidades da área de negócio desenvolvida, permitirá obter dados que resultem em ganhos, potenciando a vantagem competitiva empresarial. Com este propósito, efectua-se, na presente dissertação, uma análise comparativa das funcionalidades existentes em diversas ferramentas BI, que se pretende que venha auxiliar os processos de seleção da plataforma BI mais adaptada a cada organização e/ou negócio. As plataformas BI enquadram-se em duas grandes vertentes, as que implicam custos de aquisição, de índole comercial, e as disponibilizadas de forma livre, ou em código aberto, designadas open source. Neste sentido, equaciona-se se estas últimas podem constituir uma opção válida para as empresas com recursos mais escassos. Num primeiro momento, procede-se à implementação de tecnologias BI numa organização concreta, a operar na indústria de componentes automóveis, a Yazaki Saltano de Ovar Produtos Eléctricos, Ltd., implantada em Portugal há mais de 25 anos. Para esta empresa, o desenvolvimento de soluções com recurso a ferramentas BI afigura-se como um meio adequado de melhorar o acompanhamento aos seus indicadores de performance. Este processo concretizou-se a partir da stack tecnológica pré-existente na organização, a plataforma BI comercial da Microsoft. Com o objetivo de, por um lado, reunir contributos que possibilitem elucidar as organizações na escolha da plataforma BI mais adequada e, por outro, compreender se as plataformas open source podem constituir uma alternativa credível às plataformas comerciais, procedeu-se a uma pesquisa comparativa das funcionalidades das várias plataformas BI open source. Em resultado desta análise, foram selecionadas duas plataformas, a SpagoBI e a PentahoBI, utilizadas na verificação do potencial alternativo das open source face às plataformas comerciais. Com base nessas plataformas, reproduziu-se os processos e procedimentos desenvolvidos no âmbito do projeto de implementação BI realizado na empresa Yazaki Saltano.

Adaptation and Localization of Open Source ERPs - The case of Parties in OFBiz

O software tem vindo a tornar-se uma parte importante de qualquer empresa, cobrindo várias áreas funcionais, tais como manufaturação, vendas ou recursos humanos. O facto de uma empresa possuir um software capaz de ligar todas ou a maior parte das suas áreas funcionais e de acomodar as suas regras de negócio permite que estas tenham acesso a dados em tempo real nos quais se podem basear para tomar decisões. Estes tipos de software podem ser categorizados como Enterprise resource planning (ERP). Tendo em conta que estes tipos de software têm um papel importante dentro de uma empresa, a aquisição dos mesmos é algo que deve ser bem estudado. As grandes empresas normalmente optam pela aquisição de soluções comerciais uma vez que estas tendem a ter mais funcionalidades, maior suporte e certificações. Os ERPs comerciais representam, no entanto, um esforço elevado para que a sua compra possa ser feita, o que limita a possibilidade de aquisição dos mesmos por parte de pequenas ou médias empresas. No entanto, tal como acontece com a maior parte dos tipos de software, existem alternativas open-source. Se nos colocássemos na posição de uma pequena empresa, a tentar iniciar o seu negócio em Portugal, que tipo de ERP seria suficiente para os nossos requisitos? Teríamos que optar por comprar uma solução comercial, ou uma solução open-source seria suficiente? E se optássemos por desenvolver uma solução à medida? Esta tese irá responder a estas questões focando-se apenas num dos componentes base de qualquer ERP, a gestão de entidades. O componente de gestão de entidades é responsável por gerir todas as entidades com as quais a empresa interage abrangindo colaboradores, clientes, fornecedores, etc. A nível de funcionalidades será feita uma comparação entre um ERP comercial e um ERP open-source. Como os ERPs tendem a ser soluções muito genéricas é comum que estes não implementem todos os requisitos de um negócio em particular, como tal os ERPs precisam de ser extensíveis e adaptáveis. Para perceber até que ponto a solução open-source é extensível será feita uma análise técnica ao seu código fonte e será feita uma implementação parcial de um gerador de ficheiros de auditoria requerido pela lei Portuguesa, o SAF-T (PT). Ao estudar e adaptar a solução open-source podemos especificar o que teria que ser desenvolvido para podermos criar uma solução à medida de raiz.

Interictal Spike EEG Source Analysis in Hypothalamic Hamartoma Epilepsy

Objective: The epilepsy associated with the hypothalamic hamartomas constitutes a syndrome with peculiar seizures, usually refractory to medical therapy, mild cognitive delay, behavioural problems and multifocal spike activity in the scalp electroencephalogram (EEG). The cortical origin of spikes has been widely assumed but not specifically demonstrated. Methods: We present results of a source analysis of interictal spikes from 4 patients (age 2–25 years) with epilepsy and hypothalamic hamartoma, using EEG scalp recordings (32 electrodes) and realistic boundary element models constructed from volumetric magnetic resonance imaging (MRIs). Multifocal spike activity was the most common finding, distributed mainly over the frontal and temporal lobes. A spike classification based on scalp topography was done and averaging within each class performed to improve the signal to noise ratio. Single moving dipole models were used, as well as the Rap-MUSIC algorithm. Results: All spikes with good signal to noise ratio were best explained by initial deep sources in the neighbourhood of the hamartoma, with late sources located in the cortex. Not a single patient could have his spike activity explained by a combination of cortical sources. Conclusions: Overall, the results demonstrate a consistent origin of spike activity in the subcortical region in the neighbourhood of the hamartoma, with late spread to cortical areas.