PCR-based identification of Burkholderia pseudomallei

DNA amplification techniques are being used increasingly in clinical laboratories to confirm the identity of medically important bacteria. A PCR-based identification method has been in use in our centre for 10 years for Burkholderia pseudomallei and was used to confirm the identity of bacteria isolated from cases of melioidosis in Ceará since 2003. This particular method has been used as a reference standard for less discriminatory methods. In this study we evaluated three PCR-based methods of B. pseudomallei identification and used DNA sequencing to resolve discrepancies between PCR-based results and phenotypic identification methods. The established semi-nested PCR protocol for B. pseudomallei 16-23s spacer region produced a consistent negative result for one of our 100 test isolates (BCC #99), but correctly identified all 71 other B. pseudomallei isolates tested. Anomalous sequence variation was detected at the inner, reverse primer binding site for this method. PCR methods were developed for detection of two other B. pseudomallei bacterial metabolic genes. The conventional lpxO PCR protocol had a sensitivity of 0.89 and a specificity of 1.00, while a real-time lpxO protocol performed even better with sensitivity and specificity of 1.00, and 1.00. This method identified all B. pseudomallei isolates including the PCR-negative discrepant isolate. The phaC PCR protocol detected the gene in all B. pseudomallei and all but three B. cepacia isolates, making this method unsuitable for PCR-based identification of B. pseudomallei. This experience with PCR-based B. pseudomallei identification methods indicates that single PCR targets should be used with caution for identification of these bacteria, and need to be interpreted alongside phenotypic and alternative molecular methods such as gene sequencing.

Gesture based interface for image annotation

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Tuple-based morphisms for interoperability establishment of financial information models

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e Computadores

FireSpotter a VGI-Based Forest Fire Reporting System

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Parametric portfolio policies: An application for a global tactical asset allocation model

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Finance from the NOVA – School of Business and Economics

Aconselhamento médico na prevenção da doença e promoção da saúde : análise a propósito do consumo de tabaco

RESUMO - O consumo de tabaco foi responsável por 100 milhões de mortes no século XX. Apesar dos grandes avanços alcançados no controlo deste problema a nível mundial, sob os auspícios da OMS, no contexto da Convenção-Quadro para o Controlo do Tabaco da OMS, se não forem adoptadas medidas consistentes e efectivas de saúde pública, a morbi-mortalidade que lhe está associada continuará a aumentar durante o presente século. A promoção da cessação tabágica constitui a estratégia populacional que permitirá obter ganhos em saúde a mais curto prazo. Embora a larga maioria dos fumadores faça, ao longo da vida, várias tentativas para parar de fumar sem apoio, apenas uma pequena minoria consegue manter-se abstinente a longo prazo. Os médicos de Medicina Geral e Familiar são, de entre todos os profissionais de saúde, os que podem intervir de modo mais consistente e efectivo neste âmbito e que melhores resultados obtêm na cessação tabágica dos pacientes fumadores, dado o vínculo terapêutico e a interacção frequente e continuada que com eles estabelecem ao longo do seu ciclo de vida. O aconselhamento breve, tendo por base a adopção de um estilo de comunicação motivacional centrado no paciente, adaptado aos estádios de mudança comportamental, tem-se revelado efectivo no apoio à mudança de comportamentos relacionados com a saúde e à resolução da ambivalência que caracteriza este processo. A revisão de literatura evidenciou o facto de os médicos nem sempre intervirem nas áreas preventivas e de promoção da saúde, em particular na área da cessação tabágica, com o investimento e a continuidade desejáveis. Por outro lado, muitos pacientes fumadores referem nunca ter sido aconselhados pelo seu médico a deixar de fumar.. Não são conhecidos estudos de âmbito nacional que permitam conhecer esta realidade, bem como os factores associados às melhores práticas de intervenção ou as barreiras sentidas pelos médicos de MGF à actuação nesta área. O presente trabalho teve como objectivos: (i) avaliar a hipótese de que os médicos que disseram adoptar o método clínico centrado no paciente teriam atitudes mais favoráveis relativamente à cessação tabágica e uma maior probabilidade de aconselhar os seus pacientes a parar de fumar; (ii) estudar a relação entre as atitudes, a percepção de auto-eficácia, a expectativa de efectividade e as práticas de aconselhamento sobre cessação tabágica, auto-referidas pelos médicos; (iii) Identificar as variáveis preditivas da adopção de intervenções breves de aconselhamento adaptadas ao estádio de mudança comportamental dos pacientes fumadores; (iv) identificar as barreiras e os incentivos à adopção de boas práticas de aconselhamento nesta área. A população de estudo foi constituída pelo total de médicos de medicina geral e familiar inscritos na Associação Portuguesa de Médicos de Clínica Geral, residentes em Portugal. Para recolha de informação, foi utilizado um questionário de resposta anónima, de autopreenchimento, aplicado por via postal a 2942 médicos, em duas séries de envio. O questionário integrou perguntas fechadas, semifechadas, escalas de tipo Likert e escalas de tipo visual analógico. Para avaliação da adopção do método clínico centrado no paciente, foi usada a Patient Practitioner Orientation Scale (PPOS). O tratamento estatístico dos dados foi efectuado com o Programa PASW Statistics (ex-SPSS), versão 18. Foram utilizados: o índice de α de Cronbach, diversos testes não paramétricos e a análise de regressão logística binária. Foi obtida uma taxa de resposta de 22,4%. Foram analisadas 639 respostas (67,4% de mulheres e 32,6% de homens). Referiram ser fumadores 23% dos homens e 14% das mulheres. Foi identificada uma grande carência formativa em cessação tabágica, tendo apenas 4% dos médicos afirmado não necessitar de formação nesta área. Responderam necessitar de formação em entrevista motivacional 66%, em prevenção da recaída 59%, de treino numa consulta de apoio intensivo 55%, em intervenção breve 54% e em terapêutica farmacológica 55%. Cerca de 92% dos respondentes consideraram que o aconselhamento para a cessação tabágica é uma tarefa que faz parte das suas atribuições, mas apenas 76% concordaram totalmente com a realização de uma abordagem oportunística deste assunto em todos os contactos com os seus pacientes. Como prática mais frequente, perante um paciente em preparação para parar, 85% dos médicos disseram tomar a iniciativa de aconselhar, 79% avaliar a motivação, 67% avaliar o grau de dependência, 60% marcar o “dia D” e 50% propor terapêutica farmacológica. Apenas 21% assumiram realizar com frequência uma intervenção breve com pacientes em preparação (5 Ás); 13% uma intervenção motivacional com pacientes não motivados para mudar (5 Rs) e 20% uma intervenção segundo os princípios da entrevista motivacional, relativamente a pacientes ambivalentes em relação à mudança. A análise multivariada de regressão logística permitiu concluir que as variáveis com maior influência na decisão de aconselhar os pacientes sobre cessação tabágica foram a percepção de auto-eficácia, o nível de atitudes negativas, a adopção habitual do Programa-tipo de cessação tabágica da DGS, a posse de formação específica nesta área e a não identificação de barreiras ao aconselhamento, em particular organizacionais ou ligadas ao processo de comunicação na consulta. Embora se tenha confirmado a existência de associação entre a adopção do método clínico centrado no paciente e as atitudes face à cessação tabágica, não foi possível confirmar plenamente a associação entre a adopção deste método e as práticas autoreferidas de aconselhamento. Os médicos que manifestaram um nível baixo ou moderado de atitudes negativas, uma percepção elevada de auto-eficácia, que nunca fumaram, que referiram adoptar o Programa-tipo de cessação tabágica e que não identificaram barreiras organizacionais apresentaram uma maior probabilidade de realizar uma intervenção breve (“5 Ás”) de aconselhamento de pacientes fumadores em preparação para parar de fumar. Nunca ter fumado apresentou-se associado a uma probabilidade de realizar uma intervenção breve (“5 Ás”) com frequência, superior à verificada entre os médicos que referiram ser fumadores (Odds-ratio ajustado = 2,6; IC a 95%: 1,1; 5,7). Os médicos com o nível de auto-eficácia no aconselhamento mais elevado apresentaram uma probabilidade superior à encontrada entre os médicos com o menor nível de auto-eficácia de realizar com frequência uma intervenção breve de aconselhamento, integrando as cinco vertentes dos “5 Ás” (Odds ratio ajustado = 2,6; IC a 95%: 1,3; 5,3); de realizar uma intervenção motivacional breve com fumadores renitentes a parar de fumar (Odds ratio ajustado = 3,1; IC a 95%: 1,4; 6,5) ou de realizar com frequência uma intervenção motivacional com pacientes em estádio de ambivalência (Odds ratio = 8,8; IC a 95%: 3,8; 19,9). A falta de tempo, a falta de formação específica e a falta de equipa de apoio foram as barreiras ao aconselhamento mais citadas. Como factores facilitadores de um maior investimento nesta área, cerca de 60% dos médicos referiram a realização de um estágio prático de formação; 57% a possibilidade de dispor do apoio de outros profissionais; cerca de metade a melhoria da sua formação teórica. Cerca de 25% dos médicos investiria mais em cessação tabágica se dispusesse de um incentivo financeiro e 20% se os pacientes demonstrassem maior interesse em discutir o assunto ou existisse uma maior valorização desta área por parte dos colegas e dos órgãos de gestão. As limitações de representatividade da amostra, decorrentes da taxa de resposta obtida, impõem reservas à possibilidade de extrapolação destes resultados para a população de estudo, sendo de admitir que os respondentes possam corresponder aos médicos mais interessados por este tema e que optam por não fumar. Outra importante limitação advém do facto de não ter sido estudada a vertente relativa aos pacientes, no que se refere às suas atitudes, percepções e expectativas quanto à actuação do médico neste campo. Pesem embora estas limitações, os resultados obtidos revelaram uma grande perda de oportunidades de prevenção da doença e de promoção da saúde. Parece ter ficado demonstrada a importante influência que as atitudes, em especial as negativas, e as percepções, em particular a percepção de auto-eficácia, podem exercer sobre as práticas de aconselhamento auto-referidas. Todavia, será necessário aprofundar os resultados agora encontrados com estudos de natureza qualitativa, que permitam compreender melhor, por um lado, as percepções, expectativas e necessidades dos pacientes, por outro, as estratégias de comunicação que deverão ser adoptadas pelo médico, atendendo à complexidade do problema e ao tempo disponível na consulta, tendo em vista aumentar a literacia dos pacientes para uma melhor autogestão da sua saúde. Parece ter ficado igualmente patente a grande carência formativa neste domínio. A adopção do modelo biomédico como paradigma da formação médica pré e pós-graduada, proposto, há precisamente cem anos, por Flexner, tem contribuído para a desvalorização das componentes psicoemocionais e sociais dos fenómenos de saúde e de doença, assim como para criar clivagens entre cuidados curativos e preventivos e entre medicina geral e familiar e saúde pública. Porém, o actual padrão de saúde/doença próprio das sociedades desenvolvidas, caracterizado por “pandemias” de doenças crónicas e incapacitantes, determinadas por factores de natureza sociocultural e comportamental, irá obrigar certamente à revisão daquele paradigma e à necessidade de se (re)adoptarem os grandes princípios Hipocráticos de compreensão dos processos de saúde/doença e do papel da medicina.

Mental health care assessed based on structure, process and outcome : a retrospective cohort study

RESUMO: As doenças mentais são comuns, universais e associadas a uma significativa sobrecarga pessoal, familiar, social e económica. Os Serviços de Saúde Mental devem abordar de forma adequada as necessidades dos pacientes e familiares tanto ao nível clínico como também ao nível social. O presente estudo foi realizado num período de grande transformação nos sistemas de saúde primário e de saúde mental em Portugal, num Departamento de Psiquiatria desenvolvido com base nos princípios da OMS. Os objectivos incluem a caracterização: 1) das Unidades Funcionais do Departamento; 2) dos pacientes internados pela primeira vez no internamento de agudos; 3) da utilização dos serviços nas equipas comunitárias após a alta; e 4) da avaliação de alguns dos indicadores de qualidade do departamento, com recurso ao modelo de Donabedian sobre a articulação entre a Estrutura-Processo-Resultados. Metodologia: Foi escolhido um estudo de coorte retrospectivo. Todos os pacientes internados pela primeira vez entre 2008 e 2010 foram incluídos no estudo. Os seus processos clínicos e a base de dados do hospital onde são registados todos os contactos que estes tiveram com os profissionais de saúde mental foram revistos de forma a obter dados sociodemográficos e clínicos, durante o período do estudo e após a alta. Os instrumentos utilizados foram o WHO-ICMHC (Classificação Internacional de Cuidados de Saúde Mental), para caracterizar o Departamento, o AIESMP (Avaliação Inicial de Enfermagem em Saúde Mental e Psiquiatria) para recolha dos dados sociodemográficos, e o VSSS (Escala de Satisfação com os Serviços de Verona) de forma a avaliar a satisfação dos pacientes em relação aos cuidados recebidos. A análise estatística incluiu a análise descritiva, quantitativa e qualitativa dos dados. Resultados: As Unidades Funcionais do Departamento revelaram níveis elevados de articulação e consistência com as necessidades de cuidados psiquiátricos e reabilitação psicossocial dos pacientes. Os 543 pacientes admitidos pela primeira vez eram maioritariamente (56.9%) mulheres, caucasianas (81.2%), com diagnóstico de perturbações do humor (66.3%), internadas voluntariamente (59.7%), e uma idade média de 45.1 anos. Estas eram significativamente mais velhas, mais frequentemente empregadas, casadas/coabitar e tinham uma prevalência mais elevada de perturbações do humor, comparativamente aos homens. O internamento compulsivo era mais significativo nos homens (54.7%). A taxa de abandono no pós-alta (4.2%) e a taxa de reinternamentos (2.9%) na quinzena após a alta revelaram-se inferiores aos padrões na literatura internacional. De forma global, a satisfação dos pacientes com os cuidados de saúde mental foi positiva. Conclusões: Os cuidados prestados mostraram-se eficazes, adaptados e baseados nas necessidades e problemas específicos dos pacientes. A continuidade e a abrangência de cuidados foram difundidos e mantidos ao longo do processo de cuidados. Este Departamento pode ser considerado um exemplo de como proporcionar tratamento digno e eficiente, e uma referência para futuros serviços de psiquiatria.-------------- ABSTRACT: Mental health disorders are common, universal, and associated with heavy personal, family, social and economic burden. Mental health services should be aimed at adequately addressing patients’ and families’ needs at clinical and social level. The current study was carried out at a time of great transformation in the health and mental health systems in Portugal, in a Psychiatric Department developed taking in consideration the WHO principles. The objectives included characterizing: 1) the Psychiatric Department’s different units; 2) the patients admitted for the first time to the inpatient unit; 3) their use of community mental health services after discharge; and 4) assessing some of the department’s quality indicators, with resource to Donabedian’s Structure-Process-Outcome model. Methodology: A retrospective cohort design was chosen. All the firstly admitted patients in the period between 2008 and 2010 were included in the study. Their clinical records and the hospital’s database which registers all of the contacts the patients had with the mental health professionals during the study period, were reviewed to retrieve sociodemographic and clinical data and information on follow-up. The instruments used were the WHO International Classification of Mental Health Care (ICMHC) to characterize the department, the Initial Nurses’ Assessment in Mental Health and Psychiatry (AIESMP) for patients’ sociodemographic data, and the Verona Service Satisfaction Scale (VSSS) to assess patients’ satisfaction with care received. Statistical analysis included descriptive, quantitative and qualitative analysis of the data. Results: The Department’s Functional units revealed high levels of articulation, and were consistent with patients’ needs for psychiatric care and psychosocial rehabilitation. The 543 patients firstly admitted were mainly (56.9%) female, Caucasian (81.2%), diagnosed with mood disorders (66.3%), voluntarily admitted (59.7%), and with a mean age of 45.1 years. Female patients were significantly older, more frequently employed, married/cohabiting and had a higher prevalence of mood disorders when compared to males. Involuntary admission was more significant in males (54.7%). Dropout rates during follow-up (4.2%) and readmission rates (2.9%) in the fortnight following discharge were lower than standards in international literature. Overall patients’ satisfaction with mental health care was positive. Conclusions: The care delivered was effective, adapted and based on the patients’ specific needs and problems. Continuity and comprehensiveness of care was endorsed and maintained throughout the care process. This department may be considered an example of both humane and effective treatment, and a reference for future psychiatric care.

Bioinspired polyethersulfone-based hollow fiber membranes as the scaffolds in renal assist device for protein-bound toxins removal from blood

Dissertation for obtaining the Master degree in Membrane Engineering

A semi-automatic approach to code smells detection

Eradication of code smells is often pointed out as a way to improve readability, extensibility and design in existing software. However, code smell detection remains time consuming and error-prone, partly due to the inherent subjectivity of the detection processes presently available. In view of mitigating the subjectivity problem, this dissertation presents a tool that automates a technique for the detection and assessment of code smells in Java source code, developed as an Eclipse plugin. The technique is based upon a Binary Logistic Regression model that uses complexity metrics as independent variables and is calibrated by expert‟s knowledge. An overview of the technique is provided, the tool is described and validated by an example case study.

Characterization of an OPCPA laser amplifier based on the nonlinear crystal YCOB

The work described in this thesis was performed at the Laboratory for Intense Lasers (L2I) of Instituto Superior Técnico, University of Lisbon (IST-UL). Its main contribution consists in the feasibility study of the broadband dispersive stages for an optical parametric chirped pulse amplifier based on the nonlinear crystal yttrium calcium oxi-borate (YCOB). In particular, the main goal of this work consisted in the characterization and implementation of the several optical devices involved in pulse expansion and compression of the amplified pulses to durations of the order of a few optical cycles (20 fs). This type of laser systems find application in fields such as medicine, telecommunications and machining, which require high energy, ultrashort (sub-100 fs) pulses. The main challenges consisted in the preliminary study of the performance of the broadband amplifier, which is essential for successfully handling pulses with bandwidths exceeding 100 nm when amplified from the μJ to 20 mJ per pulse. In general, the control, manipulation and characterization of optical phenomena on the scale of a few tens of fs and powers that can reach the PW level are extremely difficult and challenging due to the complexity of the phenomena of radiation-matter interaction and their nonlinearities, observed at this time scale and power level. For this purpose the main dispersive components were characterized in detail, specifically addressing the demonstration of pulse expansion and compression. The tested bandwidths are narrower than the final ones, in order to confirm the parameters of these elements and predict the performance for the broadband pulses. The work performed led to additional tasks such as a detailed characterization of laser oscillator seeding the laser chain and the detection and cancelling of additional sources of dispersion.

A função continente como capacidade de transformação para uma melhor expressão da criatividade

Dissertação de Mestrado apresentada ao ISPA - Instituto Universitário

Reallocation of resources between the tradable and non-tradable sector in Portugal: Assessing the degree of structural transformation in the Portuguese economy

Portugal implemented a large number of structural reforms in the recent years, which are expected to enhance the allocation of resources in the economy, namely from the non-tradable to tradable sector. We argue that the methodology to identify the tradable sector used by some international institutions is outdated and may hamper an accurate assessment of the progress achieved so far. Based on an enhanced methodology to identify the tradable sector, we are able to provide a more accurate, clearer picture of the recent structural developments of the Portuguese economy.

Implementation of a probabilistic based framework for safety assessment of existing timber elements

The assessment of existing timber structures is often limited to information obtained from non or semi destructive testing, as mechanical testing is in many cases not possible due to its destructive nature. Therefore, the available data provides only an indirect measurement of the reference mechanical properties of timber elements, often obtained through empirical based correlations. Moreover, the data must result from the combination of different tests, as to provide a reliable source of information for a structural analysis. Even if general guidelines are available for each typology of testing, there is still a need for a global methodology allowing to combine information from different sources and infer upon that information in a decision process. In this scope, the present work presents the implementation of a probabilistic based framework for safety assessment of existing timber elements. This methodology combines information gathered in different scales and follows a probabilistic framework allowing for the structural assessment of existing timber elements with possibility of inference and updating of its mechanical properties, through Bayesian methods. The probabilistic based framework is based in four main steps: (i) scale of information; (ii) measurement data; (iii) probability assignment; and (iv) structural analysis. In this work, the proposed methodology is implemented in a case study. Data was obtained through a multi-scale experimental campaign made to old chestnut timber beams accounting correlations of non and semi-destructive tests with mechanical properties. Finally, different inference scenarios are discussed aiming at the characterization of the safety level of the elements.

Ontology-based representation and generation of workflows for micro-task human-machine computation

Doctoral Program in Computer Science

A construção de um currículo de project-based learning: o currículo ideal e o currículo formal

O objetivo deste trabalho é apresentar os resultados da análise das concepções de dois protagonistas de uma reforma curricular que está sendo implementada numa escola de engenharia. A principal característica do novo currículo é o uso de projetos e oficinas como atividades complementares a serem realizadas pelos estudantes. As atividades complementares acontecerão em paralelo ao trabalho realizado nas disciplinas sem que haja uma relação de interdisciplinaridade. O novo currículo está sendo implantado desde fevereiro de 2015. Segundo Pacheco (2005) há dois momentos, dentre outros, no processo de mudança curricular, o currículo “ideal”, determinado por dimensões epistemológica, política, econômica, ideológica, técnica, estética, e histórica e, que recebe influência direta daquele que idealiza e cria o novo currículo e, o currículo “formal” que se traduz na prática implementada na escola. São essas duas etapas estudadas nesta pesquisa. Para isso serão considerados como fontes de dados dois protagonistas, um mais ligado à concepção do currículo e outro da sua implementação, a partir dos quais se busca compreender as motivações, crenças e percepções que, por sua vez, determinam a reforma curricular. Entrevistas semiestruturadas foram utilizadas como técnica de pesquisa, com o propósito de se entender a gênese da proposta e as mudanças entre essas duas etapas. Os dados revelam que mudanças aconteceram desde a idealização até a formalização do currículo, motivadas por demandas do processo de implementação, revela ainda diferenças na visão de currículo e a motivação para romper com padrões na formação de engenheiros no Brasil.