Temporal and spatial expression of fibroblast growth factor receptor 4 isoforms in murine tissues

Fibroblast growth factor receptors (FGFRs) undergo highly regulated spatial and temporal changes of expression during development. This study describes the use of quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction and immunochemistry to assess the changes in expression of FGFR4 as compared to its FGFR4-17a and -17b isoforms in mouse tissues, from early embryogenesis through to adulthood. Compared to FGFR4, the expression of the isoforms is more restricted at all developmental stages tested. The reverse transcriptase-polymerase chain reaction demonstrated that FGFR4 is expressed in more tissue types than either of its isoforms: it was found predominantly in lung, liver, brain, skeletal muscle and kidney, whereas the FGFR4-17a form was detected in lung and skeletal muscle, and the FGFR4-17b form only in lung, liver, skeletal muscle and kidney. Immunohistochemistry confirmed strong FGFR4-17b expression in the postnatal lung. When combined, the results suggest that FGFR4 variants play important roles particularly in lung and skeletal muscle development.

Significance in replication of the terminal nucleotides of the Flavivirus genome

Point mutations that resulted in a substitution of the conserved 3'-penultimate cytidine in genomic RNA or the RNA negative strand of the self-amplifying replicon of the Flavivirus Kunjin virus completely blocked in vivo replication. Similarly, substitutions of the conserved 3'-terminal uridine in the RNA negative or positive strand completely blocked replication or caused much-reduced replication, respectively. The same preference for cytidine in the 3'-terminal dinucleotide was noted in reports of the in vitro activity of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) for the other genera of Flaviviridae that also employ a double-stranded RNA (dsRNA) template to initiate asymmetric semiconservative RNA positive-strand synthesis. The Kunjin virus replicon results were interpreted in the context of a proposed model for initiation of RNA synthesis based on the solved crystal structure of the RdRp of phi6 bacteriophage, which also replicates efficiently using a dsRNA template with conserved 3'-penultimate cytidines and a 3'-terminal pyrimidine. A previously untested substitution of the conserved pentanucleotide at the top of the 3'-terminal stem-loop of all Flavivirus species also blocked detectable in vivo replication of the Kunjin virus replicon RNA.

eMelanoBase: An online locus-specific variant database for familial melanoma

A proportion of melanoma,prone individuals in both familial and non,familial contexts has been shown to carry inactivating mutations in either CDKN2A or, rarely, CDK4. CDKN2A is a complex locus that encodes two unrelated proteins from alternately spliced transcripts that are read in different frames. The alpha transcript (exons 1a, 2, and 3) produces the p16INK4A cyclin-dependent kinase inhibitor, while the beta transcript (exons 1beta and 2) is translated as p14ARF, a stabilizing factor of p53 levels through binding to MDM2. Mutations in exon 2 can impair both polypeptides and insertions and deletions in exons 1alpha, 1beta, and 2, which can theoretically generate p16INK4A,p14ARF fusion proteins. No online database currently takes into account all the consequences of these genotypes, a situation compounded by some problematic previous annotations of CDKN2A related sequences and descriptions of their mutations. As an initiative of the international Melanoma Genetics Consortium, we have therefore established a database of germline variants observed in all loci implicated in familial melanoma susceptibility. Such a comprehensive, publicly accessible database is an essential foundation for research on melanoma susceptibility and its clinical application. Our database serves two types of data as defined by HUGO. The core dataset includes the nucleotide variants on the genomic and transcript levels, amino acid variants, and citation. The ancillary dataset includes keyword description of events at the transcription and translation levels and epidemiological data. The application that handles users' queries was designed in the model,view. controller architecture and was implemented in Java. The object-relational database schema was deduced using functional dependency analysis. We hereby present our first functional prototype of eMelanoBase. The service is accessible via the URL www.wmi.usyd.e, du.au:8080/melanoma.html.

Influence of ageing, heat shock treatment and in vivo total antioxidant status on gene-expression profile and protein synthesis in human peripheral lymphocytes

Ageing results in a progressive, intrinsic and generalised imbalance of the control of regulatory systems. A key manifestation of this complex biological process includes the attenuation of the universal stress response. Here we provide the first global assessment of the ageing process as it affects the heat shock response, utilising human peripheral lymphocytes and cDNA microarray analysis. The genomic approach employed in our preliminary study was supplemented with a proteomic approach. In addition, the current study correlates the in vivo total antioxidant status with the age-related differential gene expression as well as the translational kinetics of heat shock proteins (hsps). Most of the genes encoding stress response proteins on the 4224 element microarray used in this study were significantly elevated after heat shock treatment of lymphocytes obtained from both young and old individuals albeit to a greater extent in the young. Cell signaling and signal transduction genes as well as some oxidoreductases showed varied response. Results from translational kinetics of induction of major hsps, from 0 to 24 It recovery period were broadly consistent with the differential expression of HSC 70 and HSP 40 genes. Total antioxidant levels in plasma from old individuals were found to be significantly lower by comparison with young, in agreement with the widely acknowledged role of oxidant homeostasis in the ageing process. (C) 2002 Elsevier Science Ireland Ltd. All rights reserved.

Characterization of Treponema phagedenis-like spirochetes isolated from papillomatous digital dermatitis lesions in dairy cattle

Four spirochete strains were isolated from papillomatous digital dermatitis (PDD) lesions in Iowa dairy cattle and compared with two previously described spirochete strains isolated from dairy cattle in California. These six strains shared an identical 16S ribosomal DNA sequence that was 98% similar to Treponema phagedenis and 99% similar to the uncultivated PDD spirochete sequence DDLK-4. The whole-cell protein profiles resolved by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis of these six strains were similar. However, these strains showed differences in the antigenic diversity of lipopolysaccharide (LPS). Genetic diversity was also detected by pulsed-field gel electrophoresis of genomic DNA digests, revealing differences among five of the six strains. Serum immunoglobulin G antibodies from dairy cattle with active PDD lesions reacted with the LPS of all but one PDD spirochete strain. Likewise, peripheral blood mononuclear cells from cattle with active PDD lesions produced blastogenic responses to one of the two California isolates. Both antibody and lymphocyte blastogenic responses were reduced in convalescent dairy cattle, suggesting the immune response to these spirochetes has short duration. These results demonstrate genetic and antigenic diversity among T. phagedenis-like treponemes and provide further evidence for the involvement of these spirochetes in the pathogenesis of PDD.

A Generic Library for GUI Reasoning and Testing

Graphical user interfaces (GUIs) make software easy to use by providing the user with visual controls. Therefore, correctness of GUI's code is essential to the correct execution of the overall software. Models can help in the evaluation of interactive applications by allowing designers to concentrate on its more important aspects. This paper presents a generic model for language-independent reverse engineering of graphical user interface based applications, and we explore the integration of model-based testing techniques in our approach, thus allowing us to perform fault detection. A prototype tool has been constructed, which is already capable of deriving and testing a user interface behavioral model of applications written in Java/Swing.

Development of a library for clients of ONVIF video cameras: challenges and solutions

The interoperability of IP video equipment is a critical problem for surveillance systems and other video application developers. ONVIF is one of the two specifications addressing the standardization of networked devices interface, and it is based on SOAP. This paper addresses the development of an ONVIF library to develop clients of video cameras. We address the choice of a web services toolkit, and how to use the selected toolkit to develop a basic library. From that, we discuss the implementation of features that ...

XAdES4J: a java library for XAdES signature services

As comunicações electrónicas são cada vez mais o meio de eleição para negócios entre entidades e para as relações entre os cidadãos e o Estado (e-government). Esta diversidade de transacções envolve, muitas vezes, informação sensível e com possível valor legal. Neste contexto, as assinaturas electrónicas são uma importante base de confiança, fornecendo garantias de integridade e autenticação entre os intervenientes. A produção de uma assinatura digital resulta não só no valor da assinatura propriamente dita, mas também num conjunto de informação adicional acerca da mesma, como o algoritmo de assinatura, o certificado de validação ou a hora e local de produção. Num cenário heterogéneo como o descrito anteriormente, torna-se necessária uma forma flexível e interoperável de descrever esse tipo de informação. A linguagem XML é uma forma adequada de representar uma assinatura neste contexto, não só pela sua natureza estruturada, mas principalmente por ser baseada em texto e ter suporte generalizado. A recomendação XML Signature Syntax and Processing (ou apenas XML Signature) foi o primeiro passo na representação de assinaturas em XML. Nela são definidas sintaxe e regras de processamento para criar, representar e validar assinaturas digitais. As assinaturas XML podem ser aplicadas a qualquer tipo de conteúdos digitais identificáveis por um URI, tanto no mesmo documento XML que a assinatura, como noutra qualquer localização. Além disso, a mesma assinatura XML pode englobar vários recursos, mesmo de tipos diferentes (texto livre, imagens, XML, etc.). À medida que as assinaturas electrónicas foram ganhando relevância tornou-se evidente que a especificação XML Signature não era suficiente, nomeadamente por não dar garantias de validade a longo prazo nem de não repudiação. Esta situação foi agravada pelo facto da especificação não cumprir os requisitos da directiva 1999/93/EC da União Europeia, onde é estabelecido um quadro legal para as assinaturas electrónicas a nível comunitário. No seguimento desta directiva da União Europeia foi desenvolvida a especificação XML Advanced Electronic Signatures que define formatos XML e regras de processamento para assinaturas electrónicas não repudiáveis e com validade verificável durante períodos de tempo extensos, em conformidade com a directiva. Esta especificação estende a recomendação XML Signature, definindo novos elementos que contêm informação adicional acerca da assinatura e dos recursos assinados (propriedades qualificadoras). A plataforma Java inclui, desde a versão 1.6, uma API de alto nível para serviços de assinaturas digitais em XML, de acordo com a recomendação XML Signature. Contudo, não existe suporte para assinaturas avançadas. Com este projecto pretende-se desenvolver uma biblioteca Java para a criação e validação de assinaturas XAdES, preenchendo assim a lacuna existente na plataforma. A biblioteca desenvolvida disponibiliza uma interface com alto nível de abstracção, não tendo o programador que lidar directamente com a estrutura XML da assinatura nem com os detalhes do conteúdo das propriedades qualificadoras. São definidos tipos que representam os principais conceitos da assinatura, nomeadamente as propriedades qualificadoras e os recursos assinados, sendo os aspectos estruturais resolvidos internamente. Neste trabalho, a informação que compõe uma assinatura XAdES é dividia em dois grupos: o primeiro é formado por características do signatário e da assinatura, tais como a chave e as propriedades qualificadoras da assinatura. O segundo grupo é composto pelos recursos assinados e as correspondentes propriedades qualificadoras. Quando um signatário produz várias assinaturas em determinado contexto, o primeiro grupo de características será semelhante entre elas. Definiu-se o conjunto invariante de características da assinatura e do signatário como perfil de assinatura. O conceito é estendido à verificação de assinaturas englobando, neste caso, a informação a usar nesse processo, como por exemplo os certificados raiz em que o verificador confia. Numa outra perspectiva, um perfil constitui uma configuração do serviço de assinatura correspondente. O desenho e implementação da biblioteca estão também baseados no conceito de fornecedor de serviços. Um fornecedor de serviços é uma entidade que disponibiliza determinada informação ou serviço necessários à produção e verificação de assinaturas, nomeadamente: selecção de chave/certificado de assinatura, validação de certificados, interacção com servidores de time-stamp e geração de XML. Em vez de depender directamente da informação em causa, um perfil — e, consequentemente, a operação correspondente — é configurado com fornecedores de serviços que são invocados quando necessário. Para cada tipo de fornecedor de serviços é definida um interface, podendo as correspondentes implementações ser configuradas de forma independente. A biblioteca inclui implementações de todos os fornecedores de serviços, sendo algumas delas usadas for omissão na produção e verificação de assinaturas. Uma vez que o foco do projecto é a especificação XAdES, o processamento e estrutura relativos ao formato básico são delegados internamente na biblioteca Apache XML Security, que disponibiliza uma implementação da recomendação XML Signature. Para validar o funcionamento da biblioteca, nomeadamente em termos de interoperabilidade, procede-se, entre outros, à verificação de um conjunto de assinaturas produzidas por Estados Membros da União Europeia, bem como por outra implementação da especificação XAdES.

Exploração da Point Cloud Library aplicada à percepção em sistemas autónomos

A navegação e a interpretação do meio envolvente por veículos autónomos em ambientes não estruturados continua a ser um grande desafio na actualidade. Sebastian Thrun, descreve em [Thr02], que o problema do mapeamento em sistemas robóticos é o da aquisição de um modelo espacial do meio envolvente do robô. Neste contexto, a integração de sistemas sensoriais em plataformas robóticas, que permitam a construção de mapas do mundo que as rodeia é de extrema importância. A informação recolhida desses dados pode ser interpretada, tendo aplicabilidade em tarefas de localização, navegação e manipulação de objectos. Até à bem pouco tempo, a generalidade dos sistemas robóticos que realizavam tarefas de mapeamento ou Simultaneous Localization And Mapping (SLAM), utilizavam dispositivos do tipo laser rangefinders e câmaras stereo. Estes equipamentos, para além de serem dispendiosos, fornecem apenas informação bidimensional, recolhidas através de cortes transversais 2D, no caso dos rangefinders. O paradigma deste tipo de tecnologia mudou consideravelmente, com o lançamento no mercado de câmaras RGB-D, como a desenvolvida pela PrimeSense TM e o subsequente lançamento da Kinect, pela Microsoft R para a Xbox 360 no final de 2010. A qualidade do sensor de profundidade, dada a natureza de baixo custo e a sua capacidade de aquisição de dados em tempo real, é incontornável, fazendo com que o sensor se tornasse instantaneamente popular entre pesquisadores e entusiastas. Este avanço tecnológico deu origem a várias ferramentas de desenvolvimento e interacção humana com este tipo de sensor, como por exemplo a Point Cloud Library [RC11] (PCL). Esta ferramenta tem como objectivo fornecer suporte para todos os blocos de construção comuns que uma aplicação 3D necessita, dando especial ênfase ao processamento de nuvens de pontos de n dimensões adquiridas a partir de câmaras RGB-D, bem como scanners laser, câmaras Time-of-Flight ou câmaras stereo. Neste contexto, é realizada nesta dissertação, a avaliação e comparação de alguns dos módulos e métodos constituintes da biblioteca PCL, para a resolução de problemas inerentes à construção e interpretação de mapas, em ambientes indoor não estruturados, utilizando os dados provenientes da Kinect. A partir desta avaliação, é proposta uma arquitectura de sistema que sistematiza o registo de nuvens de pontos, correspondentes a vistas parciais do mundo, num modelo global consistente. Os resultados da avaliação realizada à biblioteca PCL atestam a sua viabilidade, para a resolução dos problemas propostos. Prova da sua viabilidade, são os resultados práticos obtidos, da implementação da arquitectura de sistema proposta, que apresenta resultados de desempenho interessantes, como também boas perspectivas de integração deste tipo de conceitos e tecnologia em plataformas robóticas desenvolvidas no âmbito de projectos do Laboratório de Sistemas Autónomos (LSA).

Genomic and transcriptomic features of Chlamydia trachomatis. Tracking the basis for the ecological success

Dissertation presented to obtain a Ph.D degree in Biology, speciality in Molecular Genetics, by Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Genomic characterization of adenovirus serotype 7 isolated in Brazil from acute respiratory disease patients during the period from 1980 to 1991

Forty isolates of adenovirus type 7 were analized by restriction enzyme digestion with BamHI, SmaI, EcoRI and HindIII. These isolates were obtained from acute respiratory disease patients during the years 1980 to 1991. Only two genomic types were found: Ad7b and Ad7e, with Ad7b (87.5%) being more frequent than Ad7e (12.5%). The genomic type Ad7e appeared in the years 1980, 1981 and 1983. Ad7b appeared in 1982 and it was the only genomic type found from 1984 to 1991. Both genomic types were responsible for lower (LRTI) and upper (URTI) respiratory tract infection, but the proportion LRTI/URTI is higher for Ad7b (25/6) than for Ad7e (1/4).

Rapid Characterization of S. mansoni Expression Library Clones of Potential Interest

A S. mansoni adult worm cDNA expression library was screened with sera from baboons in a early phase after infection. The clones that were positive with the early infection sera were examined for reactivity with pre-infection sera and heterologous infection sera. In order to discriminate a positive antibody reaction from the reactivity due to residual anti-E. coli antibodies, an unrelated cDNA clone was plated with the positive clone. The unrelated clone provided the negative background and the contrast necessary to discern a positive antibody reaction. In this way, we were able to eliminate selected clones that were positive with the pre-infection sera or heterologous infection sera. This characterization of the expression library clones enabled us to quickly target only clones with the desired pattern of antibody reactivity for sequencing, subcloning, and expressing

Penicillium glabrum cork colonising isolates – preliminary analysis of their genomic similari

Cork stopper manufacturing process includes an operation, known as stabilisation, by which humid cork slabs are extensively colonised by fungi. The effects of fungal growth on cork are yet to be completely understood and are considered to be involved in the so called “cork taint” of bottled wine. It is essential to identify environmental constraints which define the appearance of the colonising fungal species and to trace their origin to the forest and/or as residents in the manufacturing space. The present article correlates two sets of data, from consecutive years and the same season, of systematic biologic sampling of two manufacturing units, located in the North and South of Portugal. Chrysonilia sitophila dominance was identified, followed by a high diversity of Penicillium species. Penicillium glabrum, found in all samples, was the most frequent isolated species. P. glabrum intra-species variability was investigated using DNA fingerprinting techniques revealing highly discriminative polymorphic markers in the genome. Cluster analysis of P. glabrum data was discussed in relation to the geographical location of strains, and results suggest that P. glabrum arise from predominantly the manufacturing space, although cork resident fungi can also contrib

Molecular analysis of the dengue virus type 1 and 2 in Brazil based on sequences of the genomic envelope-nonstructural protein 1 junction region

The genomic sequences of the Envelope-Non-Structural protein 1 junction region (E/NS1) of 84 DEN-1 and 22 DEN-2 isolates from Brazil were determined. Most of these strains were isolated in the period from 1995 to 2001 in endemic and regions of recent dengue transmission in São Paulo State. Sequence data for DEN-1 and DEN-2 utilized in phylogenetic and split decomposition analyses also include sequences deposited in GenBank from different regions of Brazil and of the world. Phylogenetic analyses were done using both maximum likelihood and Bayesian approaches. Results for both DEN-1 and DEN-2 data are ambiguous, and support for most tree bipartitions are generally poor, suggesting that E/NS1 region does not contain enough information for recovering phylogenetic relationships among DEN-1 and DEN-2 sequences used in this study. The network graph generated in the split decomposition analysis of DEN-1 does not show evidence of grouping sequences according to country, region and clades. While the network for DEN-2 also shows ambiguities among DEN-2 sequences, it suggests that Brazilian sequences may belong to distinct subtypes of genotype III.