Five vicarious genera from Gondwana: the Velloziaceae as shown by molecules and morphology

Background and Aims The amount of data collected previously for Velloziaceae neither clarified relationships within the family nor helped determine an appropriate classification, which has led to huge discordance among treatment by different authors. To achieve an acceptable phylogenetic result and understand the evolution and roles of characters in supporting groups, a total evidence analysis was developed which included approx. 20 % of the species and all recognized genera and sections of Velloziaceae, plus outgroups representatives of related families within Pandanales. Methods Analyses were undertaken with 48 species of Velloziaceae, representing all ten genera, with DNA sequences from the atpB-rbcL spacer, trnL-trnF spacer, trnL intron, trnH-psbA spacer, ITS ribosomal DNA spacers and morphology. Key Results Four groups consistently emerge from the analyses. Persistent leaves, two phloem strands, stem cortex divided in three regions and violet tepals support Acanthochlamys as sister to Velloziaceae s. s., which are supported mainly by leaves with marginal bundles, transfusion tracheids and inflorescence without axis. Within Velloziaceae s. s., an African Xerophyta + Talbotia clade is uniquely supported by basal loculicidal capsules; an American clade, Barbacenia s. l. + Barbaceniopsis + Nanuza + Vellozia, is supported by only homoplastic characters. Barbacenia s. l. (Aylthonia + Barbacenia + Burlemarxia + Pleurostima) is supported by a double sheath in leaf vascular bundles and a corona; Barbaceniopsis + Nanuza + Vellozia is not supported by an unambiguous character, but Barbaceniopsis is supported by five characters, including diclinous flowers, Nanuza + Vellozia is supported mainly by horizontal stigma lobes and stem inner cortex cells with secondary walls, and Vellozia alone is supported mainly by pollen in tetrads. Conclusions The results imply recognition of five genera (Acanthochlamys (Xerophyta (Barbacenia (Barbaceniopsis, Vellozia)))), solving the long-standing controversies among recent classifications of the family. They also suggest a Gondwanan origin for Velloziaceae, with a vicariant pattern of distribution.

Plant or fungal sequences? An alternative optimized PCR protocol to avoid ITS (nrDNA) misamplification

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Infectious bronchitis virus: detection and vaccine Strain differentiation by semi-nested RT-PCR

A semi-nested reverse transcription-polymerase chain reaction (Semi-N-RT-PCR) was developed and used to detect the S glycoprotein gene of infectious bronchitis virus (IBV) strains and to discriminate H120 vaccine strain from other strains. Viral RNA was extracted from the allantoic fluid of chicken embryos and from tissues of chickens experimentally infected with different strains of IBV. Amplification and identification of the viral RNA was performed using two sets of primers complementary to a region of the S glycoprotein gene in the Semi-N-RT-PCR assay. The pair of primers used in the first PCR consisted of universal oligonucleotides flanking a more variable region of S1-S2 gene. The second primer pair was used in the Semi-N-RT-PCR and was comprised of one of the primers from the first universal pair together with either another universal internal oligolucleotide or a oligonucleotide sequence specific for the H120 strain of IBV. The universal primers detected all reference IBV strains and field isolates tested herein. The Semi-N-RT-PCR had high sensitivity and specificity, and was able to differentiate the H120 vaccine strain from other reference IBV strains; including M41 strain. All tissue samples collected from chickens experimentally infected with H120 or M41 strains were positive in the semi-nested RT-PCR using universal primers, while only the H120-infected tissue samples were amplified by the set of primers containing the H120-oligonucleotide. In conclusion, the ability of Semi-N-RT-PCR to detect distinct IBV strains and preliminarily discriminate the vaccine strain (H120) closes a diagnostic gap and offers the opportunity to use comprehensive PCR procedures for the IBV diagnosis.

Prevalence of Lettuce mosaic virus - common strain on three lettuce producing areas from São Paulo State

O LMV ocorre em todo o mundo e é considerado um dos patógenos mais importantes para a cultura da alface. de acordo com a habilidade em contornar os genes de resistência mo1¹ e mo1² encontrados em alface, os isolados de LMV podem ser dividos em dois sub-grupos: LMV-Most, capazes de contornar a resistência propiciada por estes genes e de serem transmitidos pela semente nestas cutivares, e LMV-Common, que não são capazes de causar sintomas nestes cultivares, além de serem transmitidos pela semente somente em cultivares suscetíveis. Para avaliar a ocorrência destes dois tipos de isolados de LMV foram coletadas, durante 2002-2005, amostras de alface com sintomas de mosaico em áreas de produção de alface comercial das regiões de Campinas, Mogi das Cruzes e Bauru no estado de São Paulo. O RNA total foi utilizado para detecção por RT-PCR utilizando-se oligonucleotídeos universais para LMV que amplificam a porção N-terminal variável da capa protéica, localizada no terminal 3´do genoma. As amostras positivas foram analisadas por um segundo primer que amplifica um fragmento da região central (CI-VPg) do genoma viral. Um total de 1362 amostras foram avaliadas, tendo sido detectado o LMV em 504 amostras (37,29%). O LMV-Common prevaleceu em variedades suscetíveis (77,3%). O LMV-Most foi encontrado frequentemente associado a variedades portadoras do gene de tolerância mo1¹. Apesar da existência dos LMV-Most capazes de contornar a resistência em alface, estes não predominam em nossa condições.

Diversidade genética de begomovírus em cultivos de tomateiro no Centro-Oeste Paulista

A diversidade genética de vírus pertencentes ao gênero Begomovirus em tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill) foi analisada em regiões produtoras do Centro-Oeste paulista. No período de janeiro de 2003 a fevereiro de 2004, cento e sessenta e seis amostras de tomate foram coletadas e a presença de begomovírus observada em 60% das amostras, por PCR, utilizando-se oligonucleotídeos universais para o gênero Begomovirus. O sequenciamento direto do produto de PCR de 16 dessas amostras indicou a possível presença do Tomato severe rugose virus (ToSRV), Sida mottle virus (SiMoV-[BR]) e da espécie tentativa Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV-[BR]). em duas amostras foi detectada uma possível nova espécie de begomovírus. A presença do ToSRV e do SiMoV ainda não havia sido verificada em tomateiro no estado de São Paulo. Estes resultados indicam a existência de diversidade de espécies de begomovírus infectando o tomateiro nesta região, servindo como um alerta para melhoristas que trabalham na busca de fontes de resistência a esse importante grupo de patógenos.

Candidatus Liberibacter americanus, associated with citrus huanglongbing (greening disease) in São Paulo State, Brazil

Symptoms of huanglongbing (HLB) were reported in São Paulo State (SPS), Brazil, in March 2004. In Asia, HLB is caused by 'Candidatus Liberibacterasiaticus'and in Africa by 'Candidatus Liberibacter africanus'. Detection of the liberibacters is based on PCR amplification of their 16S rRNA gene with specific primers. Leaves with blotchy mottle symptoms characteristic of HLB were sampled in several farms of SIPS and tested for the presence of liberibacters. 'Ca. L. asiaticus' was detected in a small number of samples but most samples gave negative PCR results. Therefore, a new HLB pathogen was suspected. Evidence for an SPS-HLB bacterium in symptomatic leaves was obtained by PCR amplification with universal primers for prokaryotic 16S rRNA gene sequences. The amplified 16S rRNA gene was cloned and sequenced. Sequence analysis and phylogeny studies showed that the 16S rRNA gene possessed the oligonucleotide signatures and the secondary loop structure characteristic of the alpha-Proteobacteria, including the liberibacters. The 16S rRNA gene sequence phylogenetic tree showed that the SPS-HLB bacterium clustered within the a-Proteobacteria, the liberibacters being its closest relatives. For these reasons, the SPS-HLB bacterium is considered a member of the genus 'Ca. Liberibacter'. However, while the 16S rRNA gene sequences of 'Ca. L. asiaticus' and 'Ca. L. africanus' had 98-4% similarity, the 16S rRNA gene sequence of the SPS-HLB liberibacter had only 96(.)0% similarity with the 16S rRNA gene sequences of 'Ca. L. asiaticus'or'Ca. L. africanus'. This lower similarity was reflected in the phylogenetic tree, where the SPS-HLB liberibacter did not cluster within the 'Ca. L asiaticus'/'Ca. L. africanus group', but as a separate branch. Within the genus 'Candidatus Liberibacter' and for a given species, the 16S/23S intergenic region does not vary greatly. The intergenic regions of three strains of 'Ca. L. asiaticus', from India, the People's Republic of China and Japan, were found to have identical or almost identical sequences. In contrast, the intergenic regions of the SPS-HLB liberibacter, 'Ca. L. asiaticus' and 'Ca. L. africanus' had quite different sequences, with similarity between 66(.)0 and 79(.)5%. These results confirm that the SPS-HLB liberibacter is a novel species for which the name 'Candidatus Liberibacter americanus' is proposed. Like the African and the Asian liberibacters, the 'American' liberibacter is restricted to the sieve tubes of the citrus host. The liberibacter could also be detected by PCR amplification of the 16S rRNA gene in Diaphorina citri, the psyllid vector of 'Ca. L. asiaticus', suggesting that this psyllid is also a vector of 'Ca. L. americanus' in SPS. 'Ca. L. americanus' was detected in 216 of 218 symptomatic leaf samples from 47 farms in 35 municipalities, while 'Ca. L. asiaticus' was detected in only 4 of the 218 samples, indicating that 'Ca. L. americanus' is the major cause of HLB in SIPS.

Prospecção gênica e diversidade bacteriana de um consórcio degradador de óleo diesel

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Avaliação de diferentes metodologias para extração de DNA de solo sob cultivo de cana-de-açúcar

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise da diversidade genética de Begomovírus em tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill) no Centro-Oeste Paulista

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Caracterização de allexivirus em alho nas regiões sul, sudeste e centro-oeste brasileiro e análise da sanidade vegetal do alho obtido por cultura de meristema e termoterapia na FCA/UNESP

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Epidemiologia da infecção genital pelo Papilomavírus humano (HPV) em população urbana e rural da Amazônia Oriental Brasileira

A infecção genital pelo Papilomavírus humano (HPV) é a principal causa para o desenvolvimento de lesões precursoras e processos neoplásicos na cérvice uterina. O câncer cervical representa a segunda maior causa de óbito por câncer em mulheres brasileiras, constituindo-se em uma das principais causas de morbimortalidade feminina na região Norte do Brasil. Este estudo teve o intuito de investigar os aspectos epidemiológicos da infecção genital pelo Papilomavírus humano (HPV) em mulheres de população urbana e rural oriundas de duas regiões distintas da Amazônia Oriental Brasileira. Para tanto foi conduzido um estudo Transversal analítico com 444 mulheres de 13 a 74 anos que se submeteram ao exame preventivo do câncer do colo uterino, sendo 233 urbanas oriundas de uma unidade básica de saúde da cidade de Belém do Pará e 211 rurais provenientes das margens direita e esquerda do lago da U.H.T de Tucuruí - PA, no período de janeiro de 2008 a março de 2010. Amostras da cérvice uterina foram coletadas para a realização da colpocitologia convencional e para a detecção do DNA do HPV através da reação em cadeia da polimerase (PCR) mediada pelos oligonucleotídeos iniciadores universais MY9/11. Todas as mulheres responderam a um formulário clínico e epidemiológico. Para análise das associações epidemiológicas entre os fatores de risco e a infecção pelo HPV dividiu-se a amostra em três faixas etárias, sendo obtidas a Razão de Chances de Prevalência (ORp) com IC95%, com sua significância verificada por meio do teste do qui-quadrado ou exato de Físher, além do emprego final do modelo de regressão logística multivariado. Entre as 444 mulheres analisadas, a prevalência geral de infecção genital pelo HPV foi de 14,6%, variando entre 15,0% para a amostra urbana e 14,2% para a rural. A faixa etária mais acometida foi a de 13 a 25 anos (17,9%), tanto na amostra urbana (19,0%) quanto rural (17,2%). O DNA do HPV foi detectado em 13,6% das mulheres com citologia normal e em 41,6% daquelas com citologia alterada, sendo este resultado mais significativo para a porção urbana do estudo com idades compreendidas entre 26 a 44 anos. Anormalidades colpocitológicas, início precoce da atividade sexual, situação conjugal, número de parceiros sexuais novos e antigos, o uso pregresso de anticoncepcionais orais e preservativos, história de DST e de sintomas genitais, além de tabagismo atual, foram fatores que se mostraram associados à infecção genital pelo HPV de maneira diferenciada nas três faixas etárias analisadas entre amostras urbana e rural da Amazônia Oriental Brasileira.

Epidemiologia da infecção genital pelo Papilomavírus humano (HPV) em população feminina geral e população carcerária

A infecção genital pelo Papilomavírus humano (HPV) é considerada uma das doenças sexualmente transmissíveis (DSTs) mais comum, representando um importante problema na Saúde Pública, além de estar diretamente relacionado à promoção do câncer de colo uterino. Este estudo teve o intuito de investigar os aspectos epidemiológicos da infecção genital pelo HPV em dois grupos distintos: mulheres de população geral e mulheres encarceradas. Para tanto foi conduzido um estudo transversal analítico com 423 mulheres a partir dos 18 anos que se submeteram ao exame preventivo do câncer do colo uterino, sendo 233 mulheres da população geral oriundas de uma unidade básica de saúde da cidade de Belém do Pará e 190 provenientes do Centro de Reeducação Feminino em Ananindeua no mesmo Estado, no período de janeiro de 2008 a março de 2010. Amostras da cérvice uterina foram coletadas para a realização da colpocitologia convencional e para a detecção do DNA do HPV através da reação em cadeia da polimerase (PCR) mediada pelos oligonucleotídeos iniciadores universais MY9/11. Todas as mulheres responderam a um formulário clínico e epidemiológico. Entre as 423 mulheres analisadas, a prevalência geral de infecção genital pelo HPV foi de 13,0% com variação entre 15,0% para a amostra geral e 10,5% para a carcerária. A faixa etária mais acometida foi a de 13 a 25 anos (19%) na amostra geral; e em mulheres com 45 anos ou mais (21,1%), nas carcerárias. Anormalidades Colpocitológicas, situação conjugal, número de parceiros sexuais novos, o uso de anticoncepcionais orais, história de DST e de sintomas genitais, além de tabagismo atual, foram fatores que se mostraram associados à infecção genital pelo HPV de maneira diferenciada entre amostras da população geral e carcerária.

Caracterização parcial e desenvolvimento de oligonucleotídeos específicos para detecção de sequivírus infectando alface

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Bulbilhos aéreos de alho, provenientes de escapes florais, são infectados por vírus

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Novel organization of the mitochondrial genome in the deep-sea coral, Madrepora oculata (Hexacorallia, Scleractinia, Oculinidae) and its taxonomic implications

Madrepora is one of the most ecologically important genera of reef-building scleractinians in the deep sea, occurring from tropical to high-latitude regions. Despite this, the taxonomic affinities and relationships within the genus Madrepora remain unclear. To clarify these issues, we sequenced the mitochondrial (mt) genome of the most widespread Madrepora species, M. oculata, and compared this with data for other scleractinians. The architecture of the M. oculara mt genome was very similar to that of other scleractinians, except for a novel gene rearrangement affecting only cox2 and cox3. This pattern of gene organization was common to four geographically distinct M. oculata individuals as well as the congeneric species M. minutiseptum, but was not shared by other genera that are closely related on the basis of cox1 sequence analysis nor other oculinids, suggesting that it might be unique to Madrepora. (C) 2012 Elsevier Inc. All rights reserved.