A real-time quantitative assay for hepatitis B DNA virus (HBV) developed to detect all HBV genotypes

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of chronic liver disease worldwide. Besides genotype, quantitative analysis of HBV infection is extensively used for monitoring disease progression and treatment. Affordable viral load monitoring is desirable in resource-limited settings and it has been already shown to be useful in developing countries for other viruses such as Hepatitis C virus (HCV) and HIV. In this paper, we describe the validation of a real-time PCR assay for HBV DNA quantification with TaqMan chemistry and MGB probes. Primers and probes were designed using an alignment of sequences from all HBV genotypes in order to equally amplify all of them. The assay is internally controlled and was standardized with an international HBV panel. Its efficacy was evaluated comparing the results with two other methods: Versant HBV DNA Assay 3.0 (bDNA, Siemens, NY, USA) and another real-time PCR from a reference laboratory. Intra-assay and inter-assay reproducibilities were determined and the mean of CV values obtained were 0.12 and 0.09, respectively. The assay was validated with a broad dynamic range and is efficient for amplifying all HBV genotypes, providing a good option to quantify HBV DNA as a routine procedure, with a cheap and reliable protocol.

Ocorrência do órgão cupuliforme com bordos pelífenos, no colo dos "seedlings" de algumas Myrtaceae

After verifing the presence of the cupuliform organ on the seedlings from 105 species of Eucalyptus (ACCORSI, 1955-56), the author concluded that it is a morphological characteristic of the genus, which is peculiar to the plants only in first stages of their life. In this paper, the author resumes his study carried out on 20 species of Myrtaceae, distributed among 13 genus and he could certify, until now, that, in relation to the cupuliform organ, they may divided in three groups: 1.° Group - Without cupuliform organ 1. Campomanesia aurea Berg 2. Eugenia campestris DC. 3. Eugenia tomentosa Camb. 4. Eugenia uniflora L. 5. Myrciaria edulis Berg 6. Myrciaria trunciflora Berg 7. Pitangueira-gigante - As it was difficulty to identify this species, I use its common name. 2.° Group - With rudiment of cupuli orm organ 1. Eugenia uvalha Camb. 2. Jambosa vulgaris DC. 3. Myrciaria cauliflora Berg 3.° Group - With full cupuliform organ 1. Amomyrtus luma (Mol) Legr. et Kaus. 2. Blepharocalyx angustifolius Berg 3. Britoa acida Berg 4. Callistemon speciosus DC. o. Callistemon viminalis Cheel. 6. Feijoa sellowiana Berg 7. Myrceugenia glaucescens (Camb.) Legrand 8. Myrrhinium rubriflorum Berg 9. Psidium guayava Raddi 10. Psidium littorale Raddi During his observations, he could identify also in many, seeds an "operculum", further observations about it will be published opportunely.

Percepção química e visual de Anastrepha fraterculus (Diptera, Tephritidae) em laboratório

A mosca-das-frutas-sul-americana, Anastrepha fraterculus (Wiedemann, 1830), é uma das principais pragas da fruticultura no Brasil. Durante a alimentação, as larvas fazem galerias nos frutos, alterando o sabor e prejudicando a produção e comercialização dos mesmos. O presente trabalho teve como objetivo estudar fatores envolvidos na escolha do hospedeiro por A. fraterculus. Foram avaliadas as respostas eletroantenográficas de machos e fêmeas a extratos etanólicos de frutos verdes e maduros de pessegueiro - Prunus persica, cultivar Chimarrita (Rosaceae), pitangueira - Eugenia uniflora (Myrtaceae), guabirobeira - Campomanesia xanthocarpa (Myrtaceae) e araçazeiro - Psidium cattleianum (Myrtaceae). Foram também observadas as influências da cor (amarela, verde e vermelha) e da composição do substrato de oviposição (polpas de araçá, guabiroba, pitanga e pêssego) na fecundidade da espécie. As respostas eletroantenográficas de fêmeas foram significativamente distintas para os extratos de guabiroba verde e madura, araçá maduro e pitanga verde. Em antenas de machos, as maiores despolarizações médias foram registradas em resposta aos extratos de guabiroba verde e madura, araçá verde e maduro e pitanga verde. As respostas eletrofisiológicas geradas não diferiram estatisticamente entre os sexos, para todos os tratamentos. A cor do substrato não afetou a oviposição. As fêmeas ovipositaram mais nos substratos contendo polpa de pêssego e de guabiroba, quando comparados aos respectivos controles.

New gall midges (Diptera, Cecidomyiidae) associated with Eugenia uniflora and Psidium cattleianum (Myrtaceae)

Two new species and a new genus of gall midges (Diptera, Cecidomyiidae) are described and illustrated. Both species induce leaf galls on Myrtaceae, the former on Eugenia uniflora and the latter on Psidium cattleianum.

Full-length genomic sequence of hepatitis B virus genotype C2 isolated from a native Brazilian patient

The hepatitis B virus (HBV) is among the leading causes of chronic hepatitis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In Brazil, genotype A is the most frequent, followed by genotypes D and F. Genotypes B and C are found in Brazil exclusively among Asian patients and their descendants. The aim of this study was to sequence the entire HBV genome of a Caucasian patient infected with HBV/C2 and to infer the origin of the virus based on sequencing analysis. The sequence of this Brazilian isolate was grouped with four other sequences described in China. The sequence of this patient is the first complete genome of HBV/C2 reported in Brazil.

Propagação vegetativa de camu-camu por meio de enxertia intergenérica na família Myrtaceae

O camu-camu [Myrciaria dubia (Humb., Bonpl. & Kunth) McVaugh], da família Myrtaceae, é encontrado em áreas inundáveis da Região Amazônica e utilizado como conservante em antioxidantes por seu alto teor de ácido ascórbico. O objetivo deste trabalho foi avaliar porta-enxertos desta família, adaptados a terra firme, visando à propagação vegetativa de camu-camu. Selecionaram-se duzentas e quarenta mudas de camu-camu, goiabeira (Psidium guajava L.) e pitangueira (Eugenia uniflora L.), que receberam quatro tipos de enxertia, originando doze tratamentos de sessenta plantas, com cinco repetições. Apenas o porta-enxerto de camu-camu se mostrou compatível. A incompatibilidade entre camu-camu e os porta-enxertos de goiabeira e pitangueira foi demonstrada por análises anatômicas.

Relações filogenéticas e diversidade de isolados de Guignardia spp oriundos de diferentes hospedeiros nas regiões ITS1-5,8S-ITS2

Fungos do gênero Guignardia são frequentemente isolados em diferentes espécies de plantas, sendo muitas vezes caracterizados como fungos endofíticos. Entretanto, algumas espécies deste fungo, a exemplo de G. citricarpa e G. psidii, são causadores de importantes doenças que afetam culturas agrícolas, como a Mancha-Preta dos Citros (MPC) e a podridão dos frutos de goiabeira, respectivamente. Também são apontados como causadores de manchas foliares em diferentes espécies de frutíferas e também em outras culturas. Este trabalho teve o objetivo de isolar, identificar e caracterizar a diversidade genética existente entre isolados de Guignardia oriundos de citros, mangueira, goiabeira, eucaliptos, jabuticabeira e pitangueira através da análise da sequência de DNA do cístron ITS1-5,8-S-ITS2. Verificou-se que os isolados obtidos pertencem às espécies G. citricarpa e G. mangiferae. Entretanto, dois grupos encontrados em mangueira não puderam ser identificados em nível de espécie com base em sua sequência de DNA em função da baixa similaridade com as sequências de diferentes espécies de Guignardia já depositadas em banco de dados. Desta forma, goiabeira, eucaliptos, jabuticabeira e pitangueira são hospedeiras de G. mangiferae, enquanto os citros hospedam duas formas, G. citricarpa e G. mangiferae. Já a mangueira é hospedeira de G. mangiferae e de dois outros grupos ainda não identificados. Verificou-se ainda que isolados de Guignardia obtidos de sintomas de podridão de fruto de goiabeira foram identificados como G. mangiferae.

Fenologia da floração e frutificação de mirtáceas nativas da floresta com araucária

Estudos de fenologia são importantes para definição de vários tratos culturais de espécies frutíferas. Assim, estudou-se a fenologia da floração e da frutificação de mirtáceas nativas da Floresta com Araucária, na região sudoeste do Paraná. Foram feitas observações fenológicas em pitangueira, cerejeira-do-mato, uvalheira, guabirobeira e araçazeiro, de julho de 2007 a fevereiro de 2008, em três plantas por espécie. Foram determinadas as curvas de crescimento dos frutos com base nos seus valores de massa da matéria seca, em duas avaliações semanais. A floração das espécies ocorreu entre o final de agosto e o início de novembro. A cerejeira-do-mato é a espécie mais precoce (ciclo de 43 dias), com maturação dos frutos entre meados e fim de outubro, enquanto o araçazeiro apresenta ciclo reprodutivo mais longo (98 dias), com maturação durante o mês de fevereiro. Há diferenças no comportamento do acúmulo de matéria seca nos frutos entre genótipos da mesma espécie.

Enxertia herbácea em Myrtaceae nativas do Rio Grande do Sul

O objetivo deste trabalho foi testar a viabilidade da técnica de enxertia herbácea em frutíferas nativas da família Myrtaceae. O experimento foi realizado em casa de vegetação do Departamento de Horticultura e Silvicultura/ UFRGS, em Porto Alegre. Duas espécies de Myrtaceae nativas foram usadas, tanto como porta-enxerto quanto como enxerto, Eugenia uniflora (Pitangueira) e E. involucrata (Cerejeira-do-rio-grande ou Cerejeira-do-mato), totalizando quatro combinações. O método de enxertia adotado foi por garfagem em fenda cheia, em ramos herbáceos, com diâmetro médio do porta-enxerto de 0,1cm, enquanto os ramos dos enxertos apresentavam diâmetro médio entre 0,08 a 0,1cm, para as duas espécies. As análises foram quinzenais e, após 70 dias, foram analisadas estatisticamente a pega e a altura média das brotações emitidas. O delineamento experimental foi o completamente casualizado, com quatro repetições, sendo cada unidade experimental composta de cinco enxertos. Os resultados indicaram pega de 60% na combinação Pitangueira-Pitangueira (porta enxerto - enxerto). As demais combinações mostraram-se ineficientes.

Is there any association between Hashimoto’s thyroiditis and thyroid cancer? A retrospective data analysis

AbstractObjective:To evaluate the association between Hashimoto's thyroiditis (HT) and papillary thyroid carcinoma (PTC).Materials and Methods:The patients were evaluated by ultrasonography-guided fine needle aspiration cytology. Typical cytopathological aspects and/or classical histopathological findings were taken into consideration in the diagnosis of HT, and only histopathological results were considered in the diagnosis of PTC.Results:Among 1,049 patients with multi- or uninodular goiter (903 women and 146 men), 173 (16.5%) had cytopathological features of thyroiditis. Thirty-three (67.4%) out of the 49 operated patients had PTC, 9 (27.3%) of them with histopathological features of HT. Five (31.3%) out of the 16 patients with non-malignant disease also had HT. In the groups with HT, PTC, and PCT+HT, the female prevalence rate was 100%, 91.6%, and 77.8%, respectively. Mean age was 41.5, 43.3, and 48.5 years, respectively. No association was observed between the two diseases in the present study where HT occurred in 31.1% of the benign cases and in 27.3% of malignant cases (p = 0.8).Conclusion:In spite of the absence of association between HT and PCT, the possibility of malignancy in HT should always be considered because of the coexistence of the two diseases already reported in the literature.

Atividade inibidora da germinação em extratos de sementes Eugenia uniflora L.

Estudos de germinação após o fracionamento de sementes monoembriônicas de diversas espécies de Eugenia demonstraram seu potencial regenerativo. Entretanto, a formação de novas plântulas não ocorre de maneira espontânea em sementes intactas, sugerindo a presença de inibidores de germinação na semente germinante. Para investigar a presença de possíveis inibidores, seis concentrações de extratos de sementes de pitangueira (Eugenia uniflora) foram utilizados em testes de germinação, além do controle (água pura). O possível efeito osmótico desses extratos foram aferidos com soluções de PEG 6000 e de NaCl, de -0,05 a -0,40 MPa. Os extratos de pitanga não apresentaram inibição de germinação para a própria espécie. Contudo, para aquênios de alface e para sementes de feijão os resultados apresentaram diferenças significativas, revelando potencial inibidor da germinação e do desenvolvimento inicial das plântulas. Simulando-se os potenciais hídricos dos extratos de pitanga que causaram inibição da germinação, quando as soluções foram preparadas com PEG 6000 houve semelhante inibição, mas não quando as soluções foram preparadas com NaCl. Esta diferença de comportamento apresentada pelos diferentes solutos sugere que soluções de PEG 6000 resultem em alterações não apenas do potencial hídrico.

Deterioração de sementes de espécies brasileiras de Eugenia em função da incidência e do controle de fungos

A conservação de sementes intolerantes à dessecação como as do gênero Eugenia é realizada com alto grau de umidade, favorecendo o ataque de microrganismos. Essa interação da semente com fungos de armazenamento pode acelerar consideravelmente a velocidade de deterioração das mesmas. O tratamento com fungicidas pode contaminar o meio ambiente com resíduos tóxicos, tornando necessário o desenvolvimento de métodos alternativos como os tratamentos térmicos e osmóticos. No presente trabalho, objetivou-se analisar a influência da redução do teor de água e a eficiência de tratamentos térmicos (imersão das sementes em água, de 35 °C a 75 °C, por 30 a 150 min), osmóticos (imersão contínua em solução osmótica a -1,5 MPa a -4,0 MPa) e químicos (fungicidas carboxin+tiram, captan e carbendazin+tiram) na redução do potencial de inóculo inicial de fungos. Os tratamentos químicos foram os mais eficientes para o controle de Penicillium sp., Cladosporium sp., Fusarium sp., Pestalotiopsis sp. e Alternaria sp., detectados com mais frequência em sementes de Eugenia brasiliensis (grumixameira), E. pyrifomis (uvaieira) e E. uniflora (pitangueira). Tratamentos térmicos e osmóticos demonstram grande potencial de controle, mas necessitam ajustes metodológicos, incluindo-se a associação de ambos e a reaplicação dos tratamentos durante o armazenamento.

Caracterização dos fatores de relevância do usuário no processo de recuperação de informação : estudo em ambiente de pesquisa em pós-graduação

Com o desenvolvimento e crescimento das tecnologias de informação e, em especial, a Internet, encontrar informação relevante e útil tornou-se uma tarefa complexa que envolve os aspectos computacionais dos Sistemas de Recuperação de Informação (SRIs) e os aspectos situacionais, psicológicos e cognitivos dos usuários. No entanto, há um desequilíbrio neste cenário pois o enfoque das pesquisas de recuperação de informação (RI) está extremamente voltado para a abordagem computacional. Decorrente deste viés, o aspecto central da recuperação de informação – o julgamento de relevância – tornou-se muito limitado e acarretou em baixo desempenho dos SRIs. Notando esta problemática, esta pesquisa teve como objetivo caracterizar os fatores de relevância empregados pelos usuários durante o processo de RI com o intuito de contribuir para a especificação de requisitos e avaliação daqueles sistemas. Assim, a pesquisa foi composta por duas etapas de avaliação denominadas ex ante e ex post para verificar a mudança de percepção em torno dos julgamentos de relevância. Para tanto, foi criado um instrumento de pesquisa para verificar os julgamentos de relevância que foram avaliados por 49 respondentes, obtendo um total de 238 objetos informacionais avaliados no momento ex ante e destes, 224 foram retornados (ex post). Os resultados encontrados mostraram que existe uma significativa mudança de percepção dos usuários nas duas medições, e demonstraram que os fatores de relevância obedecem a um processo decisório bem definido. Observou-se também que a utilidade e os aspectos cognitivos são as manifestações de relevância consideradas mais importantes pelos usuários e as demais servem para ter a noção de rejeição ou não do objeto informacional.

Relações filogenéticas e diversidade de isolados de Guignardia spp oriundos de diferentes hospedeiros nas regiões ITS1-5,8S-ITS2

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Otimização para a obtençao de extrato aquoso de tremoço branco (Lupinus albus L.) adicionado de suco de pitanga

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)